Algorithmes de
pooling
1
Présentation générale
Le système cobas s 201 peut être configuré pour créer des grands pools.
Les grands pools contiennent des fractions aliquotes égales de n
échantillons de donneur.
n correspond à 24, 48 ou 96.
Les grands pools sont uniquement utilisés pour les tests MPX.
Pooling primaire
Le pooling primaire pour les grands pools est un processus en deux étapes :
02/2008, version 1.0
1
Analyse sur plaque - Pool n (MPX) : des pools provisoires, chacun
contenant des fractions aliquotes de 12 échantillons de donneur, sont
créés dans des puits de plaque intermédiaire. Dans la configuration par
défaut, le système cobas s 201 prépare également une plaque de stockage
afin de stocker une fraction aliquote de chaque tube d'échantillon de
donneur au cas où un deuxième test s'avère nécessaire.
2
Analyse de batch - Pool n (MPX) : les contrôles sont pipetés puis des
fractions aliquotes égales provenant des puits de la plaque intermédiaire
sont associées dans les tubes S pour créer des pools de 24 (deux puits),
48 (quatre puits) ou 96 (huit puits) échantillons.
1.1
Pooling secondaire
Un test complémentaire (secondaire) est nécessaire si les résultats de test
d'un grand pool primaire sont invalides ou réactifs. Les options de pooling
secondaire suivantes sont disponibles :
1.2
•
Analyse de batch de répétition - Pool n (MPX) : l'étape 2 de
l'analyse du pooling primaire est répétée pour analyser de nouveau
les échantillons de donneur provenant de pools présentant des
résultats de test invalides.
•
Pooling (MPX) en deux dimensions (2D) : une matrice de pools de
donneur est créée lorsque chaque échantillon de donneur est pipeté
dans un ensemble unique de deux pools séparés. Ainsi, si ces deux
pools sont réactifs, les résultats peuvent être attribués à un
échantillon de donneur particulier.
•
Pooling (MPX) de confirmation : des pools à spécimen unique
sont créés pour confirmer les résultats suspects d'échantillons de
donneur réactifs, et les échantillons restants sont mis en pools de
quatre, six, onze ou douze spécimens afin de confirmer les résultats
de test non réactifs.
•
Pooling (MPX) de résolution : des pools à spécimen unique sont
préparés pour tester individuellement des échantillons de pools
invalides ou réactifs.
02/2008, version 1.0
Algorithmes de pooling
Déroulement de l'analyse
Le déroulement par défaut de l'analyse des échantillons en grands pools
est représenté dans la figure 1.1.
Pools primaires
de 24, 48 ou 96
(analyse sur
plaque)
Non
Error
Oui
Aspiré
État du
pipetage
OK
Pools primaires
de 24, 48 ou 96
(analyse de
batch)
Error
État du
pipetage
OK
Non réactif
Complete,
Non-Reactive
Résultat
Invalide
Analyse de
batch de
répétition
Réactif
Non
Pooling en
2D
Petit pool
Oui
Exclure les
échantillons de
donneur
présentant un
test externe
positif
Batch invalide
Pooling de
confirmation
Complete,
Non-Reactive
Non réactif
Évaluation
de la matrice
en 2D
Invalide
Non réactif
Complete,
Non-Reactive
Autre
Résultat
Réactif
Égale à 1
Complete,
Reactive
Taille du pool
Supérieure à 1
Pooling de
résolution
Invalide
Non réactif
Complete,
Non-Reactive
Résultat
Réactif
Figure 1.1
Déroulement de l'analyse pour des grands pools
Complete,
Reactive
Les étapes décrites dans la figure 1.1 sont attribuées par le système.
L'administrateur de laboratoire peut décider de modifier le déroulement
par défaut de l'analyse et d'utiliser par exemple un pooling de résolution
pour analyser de nouveau les échantillons issus de pools réactifs ou
invalides (voir Modification des demandes de pooling dans le manuel de
référence du logiciel et du matériel du système cobas s 201).
02/2008, version 1.0
1.3
Analyse sur plaque
L'analyse sur plaque est la première étape du processus de pooling
primaire. Les échantillons correctement pipetés dans une plaque
intermédiaire au cours de l'analyse sur plaque sont programmés pour une
analyse de batch. La deuxième étape est le processus de pooling primaire.
Les échantillons présentant des erreurs de pipetage sont programmés pour
un pooling de résolution (figure 1.19) s'ils ont été correctement aspirés,
sinon ils sont destinés à une autre analyse sur plaque (figure 1.2).
Non
Error
Aspiré
Oui
Figure 1.2
Analyse sur plaque
1.4
Pooling de
résolution
Pools primaires
de 24, 48 ou 96
(analyse sur
plaque)
État du
pipetage
OK
Pools primaires
de 24, 48 ou 96
(analyse de
batch)
02/2008, version 1.0
Algorithmes de pooling
Analyse de batch
L'analyse de batch est la deuxième étape du processus de pooling
primaire. Les échantillons correctement pipetés dans un grand pool au
cours d'une analyse de batch sont testés pour rechercher la présence de la
substance à dépister (figure 1.3).
•
Tous les échantillons de donneur sont signalés comme étant non
réactifs si le pool est non réactif.
•
Si le pool est réactif et contient le nombre attendu de 96, 48 ou 24
échantillons, les échantillons de donneur du pool sont programmés
pour un pooling en 2D (figure 1.4).
•
Si le pool est réactif mais contient un nombre d'échantillons
inférieur aux 96, 48 ou 24 prévus (en raison d'erreurs de pipetage),
les échantillons de donneur du petit pool sont programmés pour
un pooling de confirmation (figure 1.18).
•
Une autre analyse de batch (analyse de batch de répétition) est
programmée si le résultat du test est invalide.
Les échantillons présentant des erreurs de pipetage sont programmés pour
un pooling de résolution.
Pools primaires
de 24, 48 ou 96
(analyse de
batch)
Pooling de
résolution
Error
État du
pipetage
OK
Complete,
Non-Reactive
Non réactif
Résultat
Invalide
Analyse de
batch de
répétition
Réactif
Non
Petit pool
Pooling en 2D
Oui
Pooling de
confirmation
Figure 1.3
Analyse de batch
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1.5
Pooling en 2D
Un pooling en 2D est programmé si le résultat du test effectué sur un pool
primaire ou sur un pool de batch de répétition est réactif et si le pool
contient le nombre complet (24, 48 ou 96) d'échantillons de donneur.
L'administrateur de laboratoire peut également décider d'utiliser
un pooling en 2D au lieu d'une analyse de batch de répétition pour
réanalyser un pool primaire invalide.
Le pooling en 2D permet de créer une matrice de pools d'échantillons de
donneur dans laquelle chaque échantillon de donneur issu du pool
d'origine est pipeté dans un ensemble unique de deux pools différents. Les
résultats des deux pools sont évalués pour déterminer si l'échantillon de
donneur est non réactif ou si un pooling de résolution est nécessaire
(figure 1.4).
Pooling en 2D
Batch invalide
Complete,
Non-Reactive
Non réactif
Évaluation
de la matrice
en 2D
Autre
Pooling de
résolution
Figure 1.4
Pooling en 2D
Le nombre de pools dans la matrice en 2D dépend de la taille du pool
primaire de départ :
Taille du pool
primaire
1.6
Nombre de pools 2D
MxN
24
4 pools de 6 spécimens
6 pools de 4 spécimens
4x6
48
8 pools de 6 spécimens
6 pools de 8 spécimens
8x6
96
Deux batch contenant chacun : 8 x 6
8 pools de 6 spécimens
(deux matrices)
6 pools de 8 spécimens
02/2008, version 1.0
Algorithmes de pooling
Évaluation de la matrice en 2D
L'évaluation de la matrice de pooling en 2D MxN est basée sur l'examen
des résultats de pool horizontaux, PH(M), des résultats de pool verticaux
PV(N) et sur l'interprétation des résultats d'échantillons de donneurs, où
se recoupent les deux types de résultats, (Rh,Rv).
Résultat vertical
Résultat horizontal
L'intersection représente un échantillon de donneur
Figure 1.5
Présentation de l'évaluation du pooling en 2D
Les diagrammes sur les pages présentent différents cas de matrice de
pooling en 2D Les cercles (apparaissant à l'extérieur de la matrice)
contiennent les résultats de test de pool (tube S). Les carrés (indiqués à
l'intérieur de la matrice) représentent les résultats d'échantillon de
donneur interprétés en fonction des résultats des deux pools dans lesquels
l'échantillon de donneur a été testé.
Une matrice 6x4 est utilisée dans tous les exemples.
02/2008, version 1.0
1.7
Exemple 1
Tous les résultats des tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Toutes les
intersections (-,-) sont interprétées comme non-réactives. Tous les
échantillons de donneur sont rapportés comme étant Complete,
Non-Reactive (figure 1.6).
Figure 1.6
Matrice en 2D : exemple 1
Exemple 2
Un test de pool en 2D horizontal et un test de pool en 2D vertical sont
réactifs (+). Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont nonréactifs (-). L'échantillon de donneur situé à l'intersection des pools
réactifs (+,+) est programmé pour un pooling de résolution. Toutes les
intersections restantes [(-,-), (+,-), (-,+)] sont interprétées comme nonréactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant
Complete, Non-Reactive (figure 1.7).
Programmation d'un pooling
de résolution
Figure 1.7
Matrice en 2D : exemple 2
1.8
02/2008, version 1.0
Algorithmes de pooling
Exemple 3
Un test de pool en 2D horizontal et un test de pool en 2D vertical ne sont
pas valides (I). Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont nonréactifs (-). L'échantillon de donneur situé à l'intersection des pools non
valides (I,I) est programmé pour un pooling de résolution. Toutes les
intersections restantes [(-,-), (I,-), (-,I)] sont interprétées comme nonréactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant
Complete, Non-Reactive (figure 1.8).
Programmation d'un pooling
de résolution
Figure 1.8
Matrice en 2D : exemple 3
Exemple 4
Un test de pool en 2D horizontal est réactif (+) et un test de pool en 2D
vertical n'est pas valide (I) (ou vice-versa). Tous les autres résultats de tests
de pools en 2D sont non-réactifs (-). L'échantillon de donneur situé à
l'intersection du pool réactif et du pool non valide [(+,I) ou (I,+)] est
programmé pour un pooling de résolution. Toutes les intersections
restantes [(-,-), (+,-), (-,+), (-,I), (I,-)] sont interprétées comme nonréactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant
Complete, Non-Reactive (figure 1.9).
Programmation d'un
pooling de résolution
Figure 1.9
Matrice en 2D : exemple 4
02/2008, version 1.0
1.9
Exemple 5
Un test de pool en 2D horizontal et deux tests de pool en 2D vertical (ou
vice-versa) sont réactifs (+). Tous les autres résultats de tests de pools en
2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur situés aux
intersections (+,+) sont programmés pour un pooling de résolution.
Toutes les intersections restantes [(-,-), (+,-), (-,+)] sont interprétées
comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme
étant Complete, Non-Reactive (figure 1.10).
Programmation d'un
pooling de résolution
Figure 1.10
Matrice en 2D : exemple 5
Exemple 6
Un test de pool en 2D horizontal et un test de pool en 2D vertical sont
réactifs (+). Un test de pool en 2D (horizontal ou vertical) n'est pas valide
(I). Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-).
Les échantillons de donneur situés aux intersections [(+,+), (+,I), (I,+)]
sont programmés pour un pooling de résolution. Toutes les
intersections restantes [(-,-), (+,-), (-+), (-,I), (I,-)] sont interprétées
comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme
étant Complete, Non-Reactive (figure 1.11).
Programmation d'un
pooling de résolution
Figure 1.11
Matrice en 2D : exemple 6
1.10
02/2008, version 1.0
Algorithmes de pooling
Exemple 7
Deux tests de pool en 2D verticaux sont réactifs (+) et un test de pool en
2D horizontal n'est pas valide (I) (ou vice-versa). Tous les autres résultats
de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur
situés aux intersections [(I,+), (+,I)] sont programmés pour un pooling
de résolution. Toutes les intersections restantes [(-,-), (-,+), (+,-), (-,I),
(I,-)] sont interprétées comme non-réactives et ces échantillons de
donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive
(figure 1.12).
Programmation d'un
pooling de résolution
Figure 1.12
Matrice en 2D : exemple 7
Exemple 8
Tous les tests des pools en 2D sont non valides (I) ou éliminés par
l'utilisateur. La grille entière n'est pas valide. Tous les échantillons de
donneurs sont programmés pour un pool (de répétition) en 2D
(figure 1.13).
Un pool de répétition en 2D n'est disponible que lorsque tous les
pools en 2D sont non valides.
Figure 1.13
Matrice en 2D : exemple 8
02/2008, version 1.0
1.11
Exemple 9
Un test de pool en 2D horizontal est réactif (+). Il n'existe aucun test
réactif correspondant pour un pool en 2D vertical. Tous les autres résultats
de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur
situés aux intersections (+,-) sont programmés pour un pooling de
résolution. Toutes les intersections restantes, (-,-), sont interprétées
comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme
étant Complete, Non-Reactive (figure 1.14).
Programmation d'un pooling
de résolution
Figure 1.14
Matrice en 2D : exemple 9
Exemple 10
Un test de pool en 2D vertical est réactif (+). Il n'existe aucun test réactif
correspondant pour un pool en 2D horizontal. Tous les autres résultats de
tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur
situés aux intersections (-,+) sont programmés pour un pooling de
résolution. Toutes les intersections restantes, (-,-), sont interprétées
comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme
étant Complete, Non-Reactive (figure 1.15).
Programmation d'un pooling
de résolution
Figure 1.15
Matrice en 2D : exemple 10
1.12
02/2008, version 1.0
Algorithmes de pooling
Exemple 11
Un test de pool en 2D horizontal est non valide (I). Il n'existe aucun test
non valide correspondant pour un pool en 2D vertical. Tous les autres
résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de
donneur situés aux intersections (I,-) sont programmés pour un pooling
de résolution. Toutes les intersections restantes, (-,-), sont interprétées
comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme
étant Complete, Non-Reactive (figure 1.16).
Programmation d'un pooling
de résolution
Figure 1.16
Matrice en 2D : exemple 11
Exemple 12
Un test de pool en 2D vertical est non valide (I). Il n'existe aucun test non
valide correspondant pour un pool en 2D horizontal. Tous les autres
résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de
donneur situés aux intersections (-,I) sont programmés pour un pooling
de résolution. Toutes les intersections restantes, (-,-), sont interprétées
comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme
étant Complete, Non-Reactive (figure 1.17).
Programmation d'un pooling
de résolution
Figure 1.17
Matrice en 2D : exemple 12
02/2008, version 1.0
1.13
Pooling de confirmation
Un pooling de confirmation est programmé à la place d'un pooling en 2D
si un pool primaire réactif contient moins d'échantillons que prévu en
raison d'une ou de plusieurs erreurs de pipetage.
L'administrateur de laboratoire peut également décider d'utiliser
un pooling de confirmation à la place d'un pooling en 2D.
Cependant, une fois un pooling en 2D démarré, il est nécessaire de
suivre l'algorithme de pooling en 2D pour terminer.
Le pooling de confirmation permet de tester certains échantillons
individuellement (p. ex. pour confirmer la positivité des résultats de test
sérologique). Les échantillons de donneur potentiellement réactifs sont
identifiés avant le démarrage du pooling de confirmation (voir la partie
Exclusion des échantillons de donneur dans le manuel de référence du logiciel
et du matériel du système cobas s 201). Ces échantillons sont pipetés dans
des pools à spécimen unique. Les échantillons restants sont pipetés dans
des pools plus petits. Tous les pools sont analysés pour détecter la présence
de la substance à dépister (figure 1.18).
•
L'échantillon de donneur est signalé comme étant non réactif si un
pool à spécimen unique est non réactif.
•
Tous les échantillons de donneur sont signalés comme étant non
réactifs si un pool à plusieurs spécimens est non réactif.
•
L'échantillon de donneur est signalé comme étant réactif si un pool
à spécimen unique est réactif.
•
Tous les échantillons de donneur du pool sont programmés pour
un pooling de résolution (figure 1.19) si un pool à plusieurs
spécimens est réactif.
•
Un pooling de confirmation peut être répété si le résultat du test est
invalide.
Exclure les échantillons de donneur
présentant un test
externe positif
Pooling de
confirmation
Invalide
Complete,
Non-Reactive
Non réactif
Résultat
Réactif
Complete,
Reactive
Égale à 1
Taille du pool
Supérieure à 1
Figure 1.18
Pooling de confirmation
1.14
Pooling de
résolution
02/2008, version 1.0
Algorithmes de pooling
Pooling de résolution
Un pooling de résolution est programmé pour les échantillons présentant
des erreurs de pipetage au cours de l'analyse de pooling primaire et pour
les échantillons provenant d'un pool de confirmation réactif ou d'un pool
en 2D réactif. Chaque pool de résolution contient une fraction aliquote
d'un échantillon de donneur unique.
L'administrateur de laboratoire peut également décider d'utiliser
un pooling de résolution pour résoudre les résultats invalides ou
réactifs.
Les pools de résolution sont analysés pour détecter la présence de la ou des
substances à dépister (figure 1.19).
•
L'échantillon de donneur est signalé comme étant non réactif si le
pool de résolution est non réactif.
•
L'échantillon de donneur est signalé comme étant réactif si le pool
de résolution est réactif.
•
L'échantillon de donneur doit être inclus dans un autre pool de
résolution si le pool de résolution est invalide.
Pooling de
résolution
Invalide
Complete,
Non-Reactive
Non réactif
Résultat
Réactif
Figure 1.19
Pooling de résolution
02/2008, version 1.0
Complete,
Reactive
1.15
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1.16
02/2008, version 1.0
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