Algorithmes de pooling 1 Présentation générale Le système cobas s 201 peut être configuré pour créer des grands pools. Les grands pools contiennent des fractions aliquotes égales de n échantillons de donneur. n correspond à 24, 48 ou 96. Les grands pools sont uniquement utilisés pour les tests MPX. Pooling primaire Le pooling primaire pour les grands pools est un processus en deux étapes : 02/2008, version 1.0 1 Analyse sur plaque - Pool n (MPX) : des pools provisoires, chacun contenant des fractions aliquotes de 12 échantillons de donneur, sont créés dans des puits de plaque intermédiaire. Dans la configuration par défaut, le système cobas s 201 prépare également une plaque de stockage afin de stocker une fraction aliquote de chaque tube d'échantillon de donneur au cas où un deuxième test s'avère nécessaire. 2 Analyse de batch - Pool n (MPX) : les contrôles sont pipetés puis des fractions aliquotes égales provenant des puits de la plaque intermédiaire sont associées dans les tubes S pour créer des pools de 24 (deux puits), 48 (quatre puits) ou 96 (huit puits) échantillons. 1.1 Pooling secondaire Un test complémentaire (secondaire) est nécessaire si les résultats de test d'un grand pool primaire sont invalides ou réactifs. Les options de pooling secondaire suivantes sont disponibles : 1.2 • Analyse de batch de répétition - Pool n (MPX) : l'étape 2 de l'analyse du pooling primaire est répétée pour analyser de nouveau les échantillons de donneur provenant de pools présentant des résultats de test invalides. • Pooling (MPX) en deux dimensions (2D) : une matrice de pools de donneur est créée lorsque chaque échantillon de donneur est pipeté dans un ensemble unique de deux pools séparés. Ainsi, si ces deux pools sont réactifs, les résultats peuvent être attribués à un échantillon de donneur particulier. • Pooling (MPX) de confirmation : des pools à spécimen unique sont créés pour confirmer les résultats suspects d'échantillons de donneur réactifs, et les échantillons restants sont mis en pools de quatre, six, onze ou douze spécimens afin de confirmer les résultats de test non réactifs. • Pooling (MPX) de résolution : des pools à spécimen unique sont préparés pour tester individuellement des échantillons de pools invalides ou réactifs. 02/2008, version 1.0 Algorithmes de pooling Déroulement de l'analyse Le déroulement par défaut de l'analyse des échantillons en grands pools est représenté dans la figure 1.1. Pools primaires de 24, 48 ou 96 (analyse sur plaque) Non Error Oui Aspiré État du pipetage OK Pools primaires de 24, 48 ou 96 (analyse de batch) Error État du pipetage OK Non réactif Complete, Non-Reactive Résultat Invalide Analyse de batch de répétition Réactif Non Pooling en 2D Petit pool Oui Exclure les échantillons de donneur présentant un test externe positif Batch invalide Pooling de confirmation Complete, Non-Reactive Non réactif Évaluation de la matrice en 2D Invalide Non réactif Complete, Non-Reactive Autre Résultat Réactif Égale à 1 Complete, Reactive Taille du pool Supérieure à 1 Pooling de résolution Invalide Non réactif Complete, Non-Reactive Résultat Réactif Figure 1.1 Déroulement de l'analyse pour des grands pools Complete, Reactive Les étapes décrites dans la figure 1.1 sont attribuées par le système. L'administrateur de laboratoire peut décider de modifier le déroulement par défaut de l'analyse et d'utiliser par exemple un pooling de résolution pour analyser de nouveau les échantillons issus de pools réactifs ou invalides (voir Modification des demandes de pooling dans le manuel de référence du logiciel et du matériel du système cobas s 201). 02/2008, version 1.0 1.3 Analyse sur plaque L'analyse sur plaque est la première étape du processus de pooling primaire. Les échantillons correctement pipetés dans une plaque intermédiaire au cours de l'analyse sur plaque sont programmés pour une analyse de batch. La deuxième étape est le processus de pooling primaire. Les échantillons présentant des erreurs de pipetage sont programmés pour un pooling de résolution (figure 1.19) s'ils ont été correctement aspirés, sinon ils sont destinés à une autre analyse sur plaque (figure 1.2). Non Error Aspiré Oui Figure 1.2 Analyse sur plaque 1.4 Pooling de résolution Pools primaires de 24, 48 ou 96 (analyse sur plaque) État du pipetage OK Pools primaires de 24, 48 ou 96 (analyse de batch) 02/2008, version 1.0 Algorithmes de pooling Analyse de batch L'analyse de batch est la deuxième étape du processus de pooling primaire. Les échantillons correctement pipetés dans un grand pool au cours d'une analyse de batch sont testés pour rechercher la présence de la substance à dépister (figure 1.3). • Tous les échantillons de donneur sont signalés comme étant non réactifs si le pool est non réactif. • Si le pool est réactif et contient le nombre attendu de 96, 48 ou 24 échantillons, les échantillons de donneur du pool sont programmés pour un pooling en 2D (figure 1.4). • Si le pool est réactif mais contient un nombre d'échantillons inférieur aux 96, 48 ou 24 prévus (en raison d'erreurs de pipetage), les échantillons de donneur du petit pool sont programmés pour un pooling de confirmation (figure 1.18). • Une autre analyse de batch (analyse de batch de répétition) est programmée si le résultat du test est invalide. Les échantillons présentant des erreurs de pipetage sont programmés pour un pooling de résolution. Pools primaires de 24, 48 ou 96 (analyse de batch) Pooling de résolution Error État du pipetage OK Complete, Non-Reactive Non réactif Résultat Invalide Analyse de batch de répétition Réactif Non Petit pool Pooling en 2D Oui Pooling de confirmation Figure 1.3 Analyse de batch 02/2008, version 1.0 1.5 Pooling en 2D Un pooling en 2D est programmé si le résultat du test effectué sur un pool primaire ou sur un pool de batch de répétition est réactif et si le pool contient le nombre complet (24, 48 ou 96) d'échantillons de donneur. L'administrateur de laboratoire peut également décider d'utiliser un pooling en 2D au lieu d'une analyse de batch de répétition pour réanalyser un pool primaire invalide. Le pooling en 2D permet de créer une matrice de pools d'échantillons de donneur dans laquelle chaque échantillon de donneur issu du pool d'origine est pipeté dans un ensemble unique de deux pools différents. Les résultats des deux pools sont évalués pour déterminer si l'échantillon de donneur est non réactif ou si un pooling de résolution est nécessaire (figure 1.4). Pooling en 2D Batch invalide Complete, Non-Reactive Non réactif Évaluation de la matrice en 2D Autre Pooling de résolution Figure 1.4 Pooling en 2D Le nombre de pools dans la matrice en 2D dépend de la taille du pool primaire de départ : Taille du pool primaire 1.6 Nombre de pools 2D MxN 24 4 pools de 6 spécimens 6 pools de 4 spécimens 4x6 48 8 pools de 6 spécimens 6 pools de 8 spécimens 8x6 96 Deux batch contenant chacun : 8 x 6 8 pools de 6 spécimens (deux matrices) 6 pools de 8 spécimens 02/2008, version 1.0 Algorithmes de pooling Évaluation de la matrice en 2D L'évaluation de la matrice de pooling en 2D MxN est basée sur l'examen des résultats de pool horizontaux, PH(M), des résultats de pool verticaux PV(N) et sur l'interprétation des résultats d'échantillons de donneurs, où se recoupent les deux types de résultats, (Rh,Rv). Résultat vertical Résultat horizontal L'intersection représente un échantillon de donneur Figure 1.5 Présentation de l'évaluation du pooling en 2D Les diagrammes sur les pages présentent différents cas de matrice de pooling en 2D Les cercles (apparaissant à l'extérieur de la matrice) contiennent les résultats de test de pool (tube S). Les carrés (indiqués à l'intérieur de la matrice) représentent les résultats d'échantillon de donneur interprétés en fonction des résultats des deux pools dans lesquels l'échantillon de donneur a été testé. Une matrice 6x4 est utilisée dans tous les exemples. 02/2008, version 1.0 1.7 Exemple 1 Tous les résultats des tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Toutes les intersections (-,-) sont interprétées comme non-réactives. Tous les échantillons de donneur sont rapportés comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.6). Figure 1.6 Matrice en 2D : exemple 1 Exemple 2 Un test de pool en 2D horizontal et un test de pool en 2D vertical sont réactifs (+). Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont nonréactifs (-). L'échantillon de donneur situé à l'intersection des pools réactifs (+,+) est programmé pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes [(-,-), (+,-), (-,+)] sont interprétées comme nonréactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.7). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.7 Matrice en 2D : exemple 2 1.8 02/2008, version 1.0 Algorithmes de pooling Exemple 3 Un test de pool en 2D horizontal et un test de pool en 2D vertical ne sont pas valides (I). Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont nonréactifs (-). L'échantillon de donneur situé à l'intersection des pools non valides (I,I) est programmé pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes [(-,-), (I,-), (-,I)] sont interprétées comme nonréactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.8). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.8 Matrice en 2D : exemple 3 Exemple 4 Un test de pool en 2D horizontal est réactif (+) et un test de pool en 2D vertical n'est pas valide (I) (ou vice-versa). Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). L'échantillon de donneur situé à l'intersection du pool réactif et du pool non valide [(+,I) ou (I,+)] est programmé pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes [(-,-), (+,-), (-,+), (-,I), (I,-)] sont interprétées comme nonréactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.9). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.9 Matrice en 2D : exemple 4 02/2008, version 1.0 1.9 Exemple 5 Un test de pool en 2D horizontal et deux tests de pool en 2D vertical (ou vice-versa) sont réactifs (+). Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur situés aux intersections (+,+) sont programmés pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes [(-,-), (+,-), (-,+)] sont interprétées comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.10). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.10 Matrice en 2D : exemple 5 Exemple 6 Un test de pool en 2D horizontal et un test de pool en 2D vertical sont réactifs (+). Un test de pool en 2D (horizontal ou vertical) n'est pas valide (I). Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur situés aux intersections [(+,+), (+,I), (I,+)] sont programmés pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes [(-,-), (+,-), (-+), (-,I), (I,-)] sont interprétées comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.11). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.11 Matrice en 2D : exemple 6 1.10 02/2008, version 1.0 Algorithmes de pooling Exemple 7 Deux tests de pool en 2D verticaux sont réactifs (+) et un test de pool en 2D horizontal n'est pas valide (I) (ou vice-versa). Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur situés aux intersections [(I,+), (+,I)] sont programmés pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes [(-,-), (-,+), (+,-), (-,I), (I,-)] sont interprétées comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.12). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.12 Matrice en 2D : exemple 7 Exemple 8 Tous les tests des pools en 2D sont non valides (I) ou éliminés par l'utilisateur. La grille entière n'est pas valide. Tous les échantillons de donneurs sont programmés pour un pool (de répétition) en 2D (figure 1.13). Un pool de répétition en 2D n'est disponible que lorsque tous les pools en 2D sont non valides. Figure 1.13 Matrice en 2D : exemple 8 02/2008, version 1.0 1.11 Exemple 9 Un test de pool en 2D horizontal est réactif (+). Il n'existe aucun test réactif correspondant pour un pool en 2D vertical. Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur situés aux intersections (+,-) sont programmés pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes, (-,-), sont interprétées comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.14). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.14 Matrice en 2D : exemple 9 Exemple 10 Un test de pool en 2D vertical est réactif (+). Il n'existe aucun test réactif correspondant pour un pool en 2D horizontal. Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur situés aux intersections (-,+) sont programmés pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes, (-,-), sont interprétées comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.15). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.15 Matrice en 2D : exemple 10 1.12 02/2008, version 1.0 Algorithmes de pooling Exemple 11 Un test de pool en 2D horizontal est non valide (I). Il n'existe aucun test non valide correspondant pour un pool en 2D vertical. Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur situés aux intersections (I,-) sont programmés pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes, (-,-), sont interprétées comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.16). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.16 Matrice en 2D : exemple 11 Exemple 12 Un test de pool en 2D vertical est non valide (I). Il n'existe aucun test non valide correspondant pour un pool en 2D horizontal. Tous les autres résultats de tests de pools en 2D sont non-réactifs (-). Les échantillons de donneur situés aux intersections (-,I) sont programmés pour un pooling de résolution. Toutes les intersections restantes, (-,-), sont interprétées comme non-réactives et ces échantillons de donneur sont marqués comme étant Complete, Non-Reactive (figure 1.17). Programmation d'un pooling de résolution Figure 1.17 Matrice en 2D : exemple 12 02/2008, version 1.0 1.13 Pooling de confirmation Un pooling de confirmation est programmé à la place d'un pooling en 2D si un pool primaire réactif contient moins d'échantillons que prévu en raison d'une ou de plusieurs erreurs de pipetage. L'administrateur de laboratoire peut également décider d'utiliser un pooling de confirmation à la place d'un pooling en 2D. Cependant, une fois un pooling en 2D démarré, il est nécessaire de suivre l'algorithme de pooling en 2D pour terminer. Le pooling de confirmation permet de tester certains échantillons individuellement (p. ex. pour confirmer la positivité des résultats de test sérologique). Les échantillons de donneur potentiellement réactifs sont identifiés avant le démarrage du pooling de confirmation (voir la partie Exclusion des échantillons de donneur dans le manuel de référence du logiciel et du matériel du système cobas s 201). Ces échantillons sont pipetés dans des pools à spécimen unique. Les échantillons restants sont pipetés dans des pools plus petits. Tous les pools sont analysés pour détecter la présence de la substance à dépister (figure 1.18). • L'échantillon de donneur est signalé comme étant non réactif si un pool à spécimen unique est non réactif. • Tous les échantillons de donneur sont signalés comme étant non réactifs si un pool à plusieurs spécimens est non réactif. • L'échantillon de donneur est signalé comme étant réactif si un pool à spécimen unique est réactif. • Tous les échantillons de donneur du pool sont programmés pour un pooling de résolution (figure 1.19) si un pool à plusieurs spécimens est réactif. • Un pooling de confirmation peut être répété si le résultat du test est invalide. Exclure les échantillons de donneur présentant un test externe positif Pooling de confirmation Invalide Complete, Non-Reactive Non réactif Résultat Réactif Complete, Reactive Égale à 1 Taille du pool Supérieure à 1 Figure 1.18 Pooling de confirmation 1.14 Pooling de résolution 02/2008, version 1.0 Algorithmes de pooling Pooling de résolution Un pooling de résolution est programmé pour les échantillons présentant des erreurs de pipetage au cours de l'analyse de pooling primaire et pour les échantillons provenant d'un pool de confirmation réactif ou d'un pool en 2D réactif. Chaque pool de résolution contient une fraction aliquote d'un échantillon de donneur unique. L'administrateur de laboratoire peut également décider d'utiliser un pooling de résolution pour résoudre les résultats invalides ou réactifs. Les pools de résolution sont analysés pour détecter la présence de la ou des substances à dépister (figure 1.19). • L'échantillon de donneur est signalé comme étant non réactif si le pool de résolution est non réactif. • L'échantillon de donneur est signalé comme étant réactif si le pool de résolution est réactif. • L'échantillon de donneur doit être inclus dans un autre pool de résolution si le pool de résolution est invalide. Pooling de résolution Invalide Complete, Non-Reactive Non réactif Résultat Réactif Figure 1.19 Pooling de résolution 02/2008, version 1.0 Complete, Reactive 1.15 Cette page est intentionnellement laissée vierge. 1.16 02/2008, version 1.0 ">
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