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cobas omni Utility Channel IVD Assistance Utilisateur Version 2.0 Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 Outil d’optimisation, version du logiciel 3.0 2 Informations sur la publication Version de la publication Version du logiciel canal utilitaire DIV cobas omni Version du logiciel Date de révision Description de la modification cobas omni Optimization Tool 1.0 3.0 3.0 Juillet 2017 2.0 3.1 3.0 Août 2017 Première version Modifications mineures u Nouveautés de la version 2.0 de la publication (10) y Historique des révisions Notice d'édition Cette publication est destinée aux opérateurs des cobas omni Utility Channel IVD. Tout a été mis en œuvre pour que les informations contenues dans ce document soient correctes au moment de la publication. Toutefois, le fabricant de ce produit pourrait devoir mettre à jour les informations contenues dans ce document à la suite des activités de surveillance des produits, ce qui donnerait lieu à une nouvelle version du document. ! Remarque de sécurité générale Pour éviter d'obtenir des résultats incorrects, prenez soin de bien connaître les instructions et les informations de sécurité. r Soyez particulièrement attentif aux mises en garde de sécurité. r Suivez toujours les instructions contenues dans ce document. r N'utilisez pas le logiciel d'une façon non décrite dans ce document. r Conservez tous les documents dans un endroit sûr et facile d'accès. Formation N'effectuez aucune tâche d'opérateur ou opération de maintenance sans y avoir été formé au préalable par Roche Diagnostics. Les tâches qui ne sont pas décrites dans la documentation utilisateur sont réservées aux représentants Roche Service. Captures d'écran Les captures d'écran de cette publication ont été ajoutées exclusivement à des fins d'illustration. Les données configurables et variables telles que les tests, résultats et noms de chemin d'accès, visibles dans ce document, ne doivent pas être utilisées en laboratoire. Garantie Toute modification du système effectuée par le client met fin à la garantie ou au contrat de service. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Pour connaître les conditions de garantie, veuillez contacter votre représentant commercial local ou votre partenaire de contrat de garantie. Les mises à jour logicielles doivent toujours être effectuées par ou avec l'assistance d'un représentant Roche Service. Copyright © 2015-2017, F. Hoffmann-La Roche Ltd. Tous droits réservés. Informations de licence Les logiciels cobas omni Utility Channel Tool et cobas omni Optimization Tool sont régis par le droit contractuel et sont protégés par les lois sur les droits d'auteurs et les traités internationaux. L'utilisation des logiciels cobas omni Utility Channel Tool et cobas omni Optimization Tool est régie par un accord de licence entre F. Hoffmann-La Roche Ltd. et l'utilisateur final. Seuls les utilisateurs autorisés peuvent avoir accès aux logiciels et les utiliser. Une utilisation et une distribution non autorisées sont passibles d'actions civiles et de poursuites pénales. Logiciels libres et commerciaux Les logiciels cobas omni Utility Channel Tool et cobas omni Optimization Tool peuvent inclure des composants ou modules de logiciels libres ou commerciaux. Pour plus d'informations sur la propriété intellectuelle et d'autres avertissements, ainsi que sur les licences relatives aux programmes logiciels inclus dans les logiciels cobas omni Utility Channel Tool et cobas omni Optimization Tool, reportez-vous à la documentation fournie avec ce produit au format électronique. Ces logiciels libres et commerciaux et les logiciels cobas omni Utility Channel Tool et cobas omni Optimization Tool dans leur ensemble peuvent constituer un dispositif soumis aux dispositions légales. Pour plus d'informations, consultez le manuel d'utilisation et reportez-vous aux étiquettes. Veuillez noter qu'en cas de modifications non autorisées apportées aux logiciels cobas omni Utility Channel Tool et cobas omni Optimization Tool, l'autorisation n'est plus valide selon la législation correspondante. Marques commerciales Les marques commerciales suivantes sont reconnues : COBAS, COBAS OMNI, TAQMAN, AMPERASE et LIFE NEEDS ANSWERS sont des marques commerciales de Roche. Toutes les autres marques commerciales appartiennent à leurs propriétaires respectifs. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 4 Remarques Tout a été mis en œuvre pour que cette publication corresponde à l'usage prévu. Toute remarque concernant un des aspects de cette publication est la bienvenue et sera prise en compte au cours des mises à jour. Veuillez contacter votre représentant Roche si vous avez des remarques. Homologations cobas omni Utility Channel Reagent Kit Le logiciel cobas omni Utility Channel Reagent Kit répond aux exigences décrites dans les directives suivantes : Directive 98/79/CE du Parlement européen et du Conseil du 27 octobre 1998 relative aux dispositifs médicaux de diagnostic in vitro. Le respect de la conformité est démontré par les marques suivantes : IVD Pour une utilisation de diagnostic in vitro. Conformité avec la directive DIV 98/79/CE. La déclaration de conformité prouve la conformité à ces directives. Dispositif de lecture/écriture RFID Le dispositif de lecture/écriture RFID fourni avec le cobas omni Utility Channel IVD répond aux exigences décrites dans la directive suivante : Directive 2014/53/UE du Parlement européen et du Conseil du 16 avril 2014 relative à l’harmonisation des législations des États membres concernant la mise à disposition sur le marché d’équipements radioélectriques et abrogeant la directive 1999/5/CE. Le respect de la conformité est démontré par les marques suivantes : Conforme à la directive 2014/53/CE concernant les équipement radioélectriques Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 5 La déclaration de conformité prouve la conformité à ces directives. Pour afficher la déclaration de conformité 2014/53/CE en intégralité, rendez-vous sur le site Web international Roche DiaLog (https://dialog1.roche.com/) et sélectionnez le lien eLabDoc. Si vous ne parvenez pas à accéder à Roche DiaLog, contactez votre représentant service Roche. Coordonnées Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse 116 68305 Mannheim Allemagne Fabriqué en Suisse Distribué aux États-Unis par : Roche Diagnostics 9115 Hague Road Indianapolis, Indiana 46256 États-Unis Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 6 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Table des matières Table des matières Informations sur la publication Coordonnées Table des matières Usage prévu Symboles et abréviations Nouveautés de la version 2.0 de la publication Classifications de sécurité Informations de sécurité 2 5 7 9 9 Index Index 10 10 12 Opération 1 Logiciel d’exploitation Flux de travail Logiciel de canal utilitaire Dispositif de lecture/écriture RFID Installation de fichiers d'analyse CU sur le système Préparation des cassettes de réactifs Réalisation et affichage des tests 17 19 31 34 39 47 Logiciel d'optimisation 2 Logiciel d'optimisation À propos du logiciel d'optimisation À propos de l'interface utilisateur du logiciel d'optimisation Flux de travail Utilisation du logiciel d'optimisation 55 56 58 60 Annexe 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Recommandations pour la conception de test Avis de non-responsabilité Amorce et sonde Profil de PCR Contrôles Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel Références Annexe 1 : Exemples de profils de PCR Annexe 2 : Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet 77 78 79 87 90 92 103 104 105 4 Installation du logiciel Installation du logiciel de canal utilitaire Installation du logiciel d'optimisation 109 112 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 117 7 8 Table des matières Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 9 Usage prévu La cobas omni Utility Channel suite of products est destinée à être utilisée avec la fonctionnalité de canal utilitaire des cobas® 6800/8800 Systems. Symboles et abréviations Noms de produits À moins que le contexte ne s'y oppose clairement, les noms de produits et abréviations suivants sont utilisés : Nom du produit Abréviation cobas 6800/8800 Systems système cobas® Buffer Negative Control Kit contrôle négatif cobas omni Optimization Kit kit d'optimisation cobas omni Utility Channel Tool logiciel de canal utilitaire ® cobas omni Utility Channel Reagent kit de réactifs Kit cobas omni Utility Channel Master Mix Reagent 2 réactif de master mix 2 cobas omni Optimization Tool logiciel d'optimisation Master Mix Reagent 1 réactif de master mix 1 y Noms de produits Symboles utilisés dans cette publication Symbole Explication o Élément d'une liste u Thèmes liés contenant de plus amples informations q Conseil. Informations supplémentaires sur l'utilisation correcte ou astuces utiles. r Début d'une tâche I Informations supplémentaires dans une tâche f Résultat d’une action dans une tâche. c Fréquence d’une tâche. n Durée d’une tâche. d Matériels requis pour une tâche. j Prérequis d’une tâche. u Thème. Utilisé dans les références croisées vers les thèmes. p Tâche. Utilisé dans les références croisées vers les tâches. w Figure. Utilisé dans les titres des figures et les références croisées vers les figures. y Symboles utilisés dans cette publication Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 10 Symbole Explication y Tableau. Utilisé dans les titres des tableaux et les références croisées vers les tableaux. z Équation. Utilisé dans les références croisées vers les équations. k Exemple de code. Utilisé dans les titres des codes et les références croisées vers les codes. y Symboles utilisés dans cette publication Abréviations Les abréviations suivantes sont utilisées. Abréviation Définition ANSI American National Standards Institute CSA Association canadienne de normalisation CE Communauté européenne DIV Diagnostic in vitro TCP Protocole de contrôle de transmission UL Underwriters Laboratories Inc. y Abréviations Nouveautés de la version 2.0 de la publication Les modifications principales incluent notamment : Logiciels système compatibles Les versions compatibles du logiciel système et du logiciel de canal utilitaire ont été mises à jour. u Logiciels système compatibles (19) Classifications de sécurité Les précautions de sécurité et remarques importantes destinées à l'utilisateur sont classées selon la norme ANSI Z535.6-2011. Nous vous invitons à vous familiariser avec les symboles suivants et leur signification : ! r Alerte de sécurité Le symbole d'alerte de sécurité sert à vous avertir de risques potentiels de blessures physiques. Respectez tous les messages de sécurité précédés par ce symbole afin d'éviter tout risque d'endommagement du système, de blessure ou de mort. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 11 Ces symboles et mentions d'avertissement correspondent à des dangers spécifiques : ! AVERTISSEMENT Avertissement... r ... signale une situation dangereuse susceptible de provoquer de graves blessures ou d'entraîner la mort si elle n'est pas évitée. ! ATTENTION Attention... r ... signale une situation dangereuse susceptible de provoquer des blessures légères ou mineures si elle n'est pas évitée. MISE EN GARDE Mise en garde... ... signale une situation dangereuse susceptible de provoquer un endommagement du système si elle n'est pas évitée. Les informations importantes autres que les informations relatives à la sécurité sont représentées par le symbole suivant : q Conseil... ... signale des informations supplémentaires relatives à une utilisation correcte du matériel ou des recommandations utiles. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 12 Informations de sécurité Informations de sécurité Perte de données ou indisponibilité du système due à un logiciel malveillant ou à un accès non autorisé au système Un logiciel malveillant ou un accès non autorisé au système peut entraîner une perte de données ou une indisponibilité du système. Pour éviter toute infection par un logiciel malveillant ou toute mauvaise utilisation du système, suivez les recommandations suivantes : r Les clients sont responsables de la sécurité de leur réseau local, notamment de la protection contre les logiciels malveillants et les attaques. La protection comprend un pare-feu afin d'isoler le dispositif des réseaux non contrôlés, ainsi que des mesures visant à s'assurer que le réseau connecté est exempt de code malveillant. r Assurez-vous que tous les logiciels tiers nécessaires sont à jour. r Utilisez un logiciel antivirus et un antiprogrammes malveillants adaptés et à jour sur le PC sur lequel le logiciel de canal utilitaire est exécuté. r Activez la fonction de prévention d'exécution des données (option de sécurité Windows) sur le système client pour le logiciel de canal utilitaire. r Ne connectez aucun dispositif de stockage externe non approuvé (comme des périphériques flash USB ou des disques durs externes) au système. Risque d'inflammation de la peau ou de blessure Tout contact direct avec les réactifs, détergents, solutions de nettoyage ou autres solutions de travail entraîne un risque d'irritation cutanée, d'inflammation ou de brûlure. r Observez les précautions de manipulation de réactifs. r Portez un équipement de protection individuelle approprié. r Respectez les consignes énoncées dans les instructions d’utilisation. r Respectez les informations des fiches de sécurité des produits chimiques (disponibles pour les réactifs et solutions de nettoyage Roche Diagnostics). r Si des réactifs, des détergents ou des solutions de nettoyage entrent en contact avec la peau, rincez immédiatement à l'eau et au savon et appliquez un désinfectant. Consultez un médecin. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Opération Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 15 Table des matières Dans ce chapitre 1 1 Flux de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Flux de travail de développement de test . . . . . . . Flux de travail de routine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 17 18 Logiciel de canal utilitaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Logiciels système compatibles . . . . . . . . . . . . . . . . À propos de l'interface utilisateur. . . . . . . . . . . . . . Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . À propos des profils de pipetage . . . . . . . . . . . . . . Définition et modification de fichiers d'analyse CU. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Publier des fichiers d'analyse CU . . . . . . . . . . . . . . Création de nouveaux fichiers d'analyse CU à partir de fichiers publiés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs 19 19 20 20 21 23 23 27 28 29 Dispositif de lecture/écriture RFID. . . . . . . . . . . . . . . . À propos du dispositif de lecture/écriture RFID. . Lecture et écriture sur une puce RFID. . . . . . . . . . 31 31 31 Installation de fichiers d'analyse CU sur le système . Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur le système via une connexion à distance. Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 34 36 37 Préparation des cassettes de réactifs . . . . . . . . . . . . . À propos du kit de réactifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Préparation du réactif de master mix 2 . . . . . . . . . Remplissage de la cassette de réactifs . . . . . . . . . Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 Réalisation et affichage des tests. . . . . . . . . . . . . . . . . Réalisation d'un test de canal utilitaire . . . . . . . . . À propos de l'affichage des résultats de test . . . . 47 47 48 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 39 39 40 42 1 Logiciel d’exploitation Logiciel d’exploitation 16 1 Logiciel d’exploitation Table des matières Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 17 Flux de travail Dans cette partie Flux de travail de développement de test (17) Flux de travail de routine (18) Flux de travail de développement de test 1 &UpDWLRQGHÀFKLHUV d'analyse Dispositif de lecture/ écriture RFID 2 Cassette de réactifs Écriture de l'ID et du n° de lot de la cassette de réactifs sur la puce RFID 4 cobas® 6800/8800 Systems 3 Installation des ÀFKLHUVG DQDO\VH sur le système 5 Exécution du test 6 Réception des résultats de test Préparation de la cassette de réactifs HWFKDUJHPHQW sur le système analytique u Sujets connexes • Logiciel d'optimisation (53) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation Logiciel de canal utilitaire 18 Flux de travail Flux de travail de routine À utiliser lorsque les fichiers d’analyse CU sont déjà installés sur le système. Logiciel de canal utilitaire 1 Ouverture des ÀFKLHUVG DQDO\VH publiés Dispositif de lecture/ écriture RFID 2 Cassette de réactifs eFULWXUHGHO ,' et du n° de lot de la cassette de réactifs sur la puce RFID 3 Préparation de la cassette de réactifs et FKDUJHPHQW sur le système analytique cobas® 6800/8800 Systems 4 Sélection du test CU installé sur le système analytique 5 Exécution du test 6 Réception des résultats de test u Sujets connexes Logiciel d'optimisation (53) 1 Logiciel d’exploitation • Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 19 Logiciel de canal utilitaire Dans cette partie Logiciels système compatibles (19) À propos de l'interface utilisateur (20) Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié (20) Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié (21) À propos des profils de pipetage (23) Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23) Publier des fichiers d'analyse CU (27) Création de nouveaux fichiers d'analyse CU à partir de fichiers publiés (28) Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs (29) Logiciels système compatibles Le tableau suivant répertorie les versions compatibles du logiciel système et du logiciel de canal utilitaire : Version du logiciel de canal utilitaire Version du logiciel des cobas® 6800/8800 Systems 3.0 1.2 3.1 1.3 y Versions du logiciel compatibles u Sujets connexes • • Logiciel d'optimisation (53) Installation du logiciel (107) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation q Seuls les fichiers d’analyse CU créés dans une version compatible du logiciel de canal utilitaire peuvent être utilisés et chargés sur le système. 20 Logiciel de canal utilitaire À propos de l'interface utilisateur L'interface utilisateur du logiciel de canal utilitaire se présente sous la même forme que les cobas® 6800/8800 Systems. L'interface utilisateur est extrêmement simplifiée et comprend seulement 5 panneaux. Les panneaux sont décrits dans le tableau suivant : Panneaux Utility channel tool Description Panneau d'accueil de l'interface utilisateur. Le panneau Utility channel tool comprend une liste des fichiers d'analyse CU récemment utilisés. Vous pouvez ouvrir un groupe de fichiers d'analyse en sélectionnant l'icône dans la liste. Ouvrez un groupe de fichiers d'analyse non publié pour poursuivre la modification ou ouvrez un groupe de fichiers d'analyse publié pour écrire sur une puce RFID. Le panneau Utility channel tool comprend aussi les boutons de tâches suivants : o Create UC analysis package from template o Create from published UC analysis package o Open unpublished UC analysis package o Open published UC analysis package to write on reagent cassette RFID tag 1 Logiciel d’exploitation UC analysis package Le panneau UC analysis package s'affiche lorsque vous créez ou ouvrez un groupe de fichiers d'analyse CU. Vous pouvez définir ou modifier les informations de fichiers d'analyse dans les champs suivants : o UC analysis package name o Reagent cassette ID Vous pouvez accéder à d'autres définitions de fichiers en sélectionnant les boutons PCR profile, Parameter et Reagent cassette. Lorsque vous avez terminé, vous pouvez enregistrer ou publier les fichiers en sélectionnant les boutons Publish, Save as ou Save en bas du panneau. PCR profile Le panneau détaillé PCR profile s'affiche lorsque vous sélectionnez le bouton PCR profile dans le panneau UC analysis package. Ce panneau vous permet de définir le nombre de phases, la température et le temps de rétention durant les phases de pré-PCR, de première mesure et de seconde mesure de la PCR. Parameter Le panneau détaillé Parameter s'affiche lorsque vous sélectionnez le bouton Parameter dans le panneau UC analysis package. Ce panneau vous permet de définir les échantillons, le volume de traitement, le nombre de canaux (y compris le nom cible et la sensibilité) et une validation de contrôle interne facultative. Si la validation de contrôle interne est sélectionnée, elle inclut des définitions pour la confirmation de cible positive avec ou sans IC, les limites de Ct inférieures et supérieures et la sensibilité. Reagent cassette Le panneau détaillé Reagent cassette s'affiche lorsque vous sélectionnez le bouton Reagent cassette dans le panneau UC analysis package. Ce panneau vous permet de lire ou d'écrire des données sur une puce RFID. y Description des panneaux de l'interface utilisateur Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié Suivez cette procédure pour configurer de nouveaux fichiers d’analyse CU non publiés. Fichiers d'analyse CU Les fichiers d'analyse CU contiennent des paramètres et des spécifications pertinents pour un test spécifique. Ils comprennent la définition de test pour la robotique, des fichiers de calcul pour le calcul de résultat et des bibliothèques pour le calcul de vraisemblance. Vous pouvez créer des fichiers d'analyse CU à partir d'un modèle ou à partir de fichiers publiés existants. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation Dénomination 21 Assurez-vous que chaque groupe de fichiers d'analyse CU dispose d'un nom unique (p. ex. en ajoutant une version au nom). Il est impossible d'installer des groupes de fichiers d'analyse du même nom sur le système. r Pour créer un groupe de fichiers d'analyse CU non publié 2 1 Dans le panneau Utility channel tool, effectuez l'une des actions suivantes : • Sélectionnez le bouton Create UC analysis package from template. • Sélectionnez le bouton Create from published UC analysis package. Dans la boîte de dialogue Open, accédez au groupe de fichiers à ouvrir et sélectionnez le bouton Open. I Les fichiers d’analyse CU publiés à ouvrir doivent être des fichiers .ZIP . 2 Dans le panneau UC analysis package, remplissez les champs UC analysis package name et Reagent cassette ID. I Les entrées pour les champs UC analysis package name et Reagent cassette ID doivent commencer par le préfixe « U_ ». 3 Enregistrez le groupe de fichiers d'analyse CU comme suit : • Sélectionnez le bouton Save as ou le bouton Save. • Accédez à l'emplacement de sauvegarde des fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier, puis sélectionnez le bouton Save. I Les fichiers d’analyse CU sont stockés en tant que fichiers .UDF . u Sujets connexes • Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23) Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié Suivez cette procédure pour ouvrir des fichiers d'analyse CU non publiés. q Le fichier à ouvrir doit être un fichier .UDF . Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation 1 22 Logiciel de canal utilitaire d m Fichiers d'analyse CU r Pour ouvrir des fichiers d'analyse CU non publiés 1 2 1 Logiciel d’exploitation 3 1 Dans le panneau Utility channel tool, sélectionnez le bouton Open unpublished UC analysis package. 2 Dans la boîte de dialogue Open, accédez au groupe de fichiers à ouvrir et sélectionnez le bouton Open. I Le fichier à ouvrir doit être un fichier .UDF . 3 Le logiciel de canal utilitaire conserve les raccourcis vers les fichiers d'analyse CU récemment utilisés. Pour ouvrir des fichiers d'analyse CU, en bas du panneau Utility channel tool, sélectionnez un raccourci. 4 Enregistrez le groupe de fichiers d'analyse CU comme suit : • Sélectionnez le bouton Save as ou le bouton Save. • Accédez à l'emplacement de sauvegarde des fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier, puis sélectionnez le bouton Save. u Sujets connexes • Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 23 À propos des profils de pipetage Le profil de pipetage permet de définir les échantillons et le volume de traitement pour les types d'échantillon utilisés. Échantillons En fonction du type d'échantillon, le tube échantillon peut contenir différents composants (avec ou sans écouvillon) ou milieux de prélèvement (alcool ou eau). Lors de la création d'un groupe de fichiers d'analyse CU, vous pouvez spécifier les échantillons pour les types d'échantillons utilisés. Pour chaque échantillon, vous pouvez attribuer 1 ou plusieurs volumes de traitement. Volume de traitement Le volume de traitement est le volume pipeté à partir d'un tube échantillon. Un volume mort d'au moins 150 μL par tube échantillon est requis. Par exemple, pour un volume de traitement de 850 μL, le volume de tube minimal est de 1 000 μL (850 μL + 150 μL). Échantillons Volume de traitement [μL] Description Échantillon simple 200, 350, 500 ou 850 o o o Adapté aux échantillons dans un milieu de prélèvement aqueux. Validé par Roche pour les types d'échantillon de plasma et de sérum Si vous l'utilisez pour des échantillons contenant un écouvillon, vous devez retirer ce dernier avant de charger l'échantillon. Échantillon avec écouvillon 400 o o Adapté aux échantillons contenant des écouvillons Validé par Roche pour les échantillons avec écouvillons dans le cobas® PCR Media Échantillon à base d'alcool 400 o o Conçu pour le pipetage en milieux de prélèvement volatils Adapté aux échantillons en milieu de prélèvement contenant un nombre élevé de composants volatils tels que le méthanol y Profils de pipetage Définition et modification de fichiers d'analyse CU Suivez cette procédure pour définir le profil de PCR, les paramètres de test et les informations de cassette de réactifs sur des fichiers d'analyse CU. Profil de PCR Le profil de PCR inclut 3 phases définissables : • • • La première est appelée phase de pré-PCR et implique la transcription inverse d'ARN. La deuxième phase de PCR est appelée 1ère mesure et implique une sensibilité accrue. La troisième phase de PCR est appelée 2ème mesure et implique une spécificité accrue. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation Le tableau suivant explique les relations entre les échantillons et le volume de traitement. 24 Logiciel de canal utilitaire Le tableau ci-dessous présente les paramètres de profil de PCR pouvant être modifiés à l'aide du logiciel de canal utilitaire : Paramètre Série N° d'intervalle de températures 1 à 10 (phase de pré-PCR) 2 ou 3 (1ère mesure) 2 ou 3 (2ème mesure) Température 55-95 °C (par phase) Temps de rétention >0 s (par phase) La durée totale de la PCR ne peut dépasser 10 800 s. y Paramètres de profil de PCR ajustables Le profil de PCR est décrit de façon plus détaillée dans les consignes pour l'exécution de tests : u Profil de PCR (87) Paramètres de test Le tableau ci-dessous présente les paramètres de test pouvant être modifiés à l'aide du logiciel de canal utilitaire : 1 Logiciel d’exploitation Paramètre Commentaire/plage Échantillons Options disponibles : o Échantillon simple o Échantillon avec écouvillon o Échantillon à base d'alcool Volume de traitement Pour chaque type d'échantillon, vous pouvez attribuer 1 ou plusieurs volumes de traitement. Plage : 200-850 μL Sensibilité (RFImin) 1,1-100 Limite de Ct 0-50 o Pour les contrôles internes, vous pouvez définir les limites de Ct inférieure et supérieure. o Pour les canaux cibles, vous ne pouvez pas définir de limite de Ct. y Paramètres de test ajustables u Pour plus d'informations concernant les échantillons et le volume de traitement, voir À propos des profils de pipetage (23). d m Fichiers d'analyse CU Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 25 r Pour définir et modifier des fichiers d'analyse CU 2 3 4 5 1 Dans le panneau Utility channel tool, créez des fichiers d'analyse CU ou ouvrez des fichiers d'analyse existants non publiés. I Si vous souhaitez ouvrir des fichiers d’analyse CU à partir de la liste de fichiers récemment utilisés, le format de fichier doit être .UDF . 2 Dans le panneau UC analysis package, mettez à jour le nom du groupe de fichiers d'analyse CU ou les informations d'ID de la cassette de réactifs, si nécessaire. 3 Dans le panneau UC analysis package, sélectionnez le bouton PCR profile. 4 Le panneau PCR profile comprend les définitions des profils de pré-PCR, 1ère mesure, 2nde mesure. Ajoutez les informations de profil suivantes : • Attribuez ou supprimez une phase en la sélectionnant, puis en cliquant sur le bouton ou . • Dans les champs Temperature et Hold time, définissez les températures des phases et les temps de rétention. I Développez ou réduisez la zone de groupe PrePCR, 1st measurement ou 2nd measurement à l'aide du bouton ou . 5 Dans le panneau UC analysis package, sélectionnez le bouton Parameter pour définir ou modifier les paramètres suivants : échantillons, volume de traitement, noms des canaux cibles, seuil de détection cible, et validation de contrôle interne facultative. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation 1 26 Logiciel de canal utilitaire 6 7 1 Logiciel d’exploitation 8 6 Dans la zone de groupe Pipetting profiles, créez les profils de pipetage. • Dans la liste déroulante Sample material, choisissez l'échantillon pour les types d'échantillon utilisés dans ce test. • Dans la liste déroulante Processing volume (μL), attribuez un volume de traitement à l'échantillon sélectionné. • Sélectionnez le bouton Add. I Vous pouvez créer plusieurs profils mais vous devez en créer au moins 1. 7 Pour définir les noms cibles et les sensibilités, dans la zone de groupe Channel, cochez les cases situées à côté des canaux disponibles. Remplissez les champs Target name et Sensitivity (RFI min)(1) . I Les fluorophores pris en charges sont la coumarine/thréo-coumarine, FAM/FAM-dT, HEX/Sima-dT et JA270. Les échantillons présentant une RFI inférieure à 1,1 sont considérés comme négatifs par le système. Confirmez que les canaux sélectionnés correspondent aux amorces et sondes utilisées pour le test. 8 Pour permettre la validation de contrôle interne, dans la zone de groupe Internal control validation, cochez la case Channel 5. Définissez les paramètres suivants : • Pour définir la confirmation de cible positive, sélectionnez l'option with IC ou l'option without IC. • Pour définir la plage de validité de Ct, remplissez les champs Lower Ct limit (Ct min) et Upper Ct limit (Ct max). • Pour définir la sensibilité, remplissez le champ Sensitivity (RFI min). I Si la validation de contrôle interne est activée et que vous cochez l'option Positive target confirmation without IC, les échantillons qui sont positifs pour une ou plusieurs cibles seront positifs et valides sur le système, indépendamment des résultats du contrôle interne. Si vous sélectionnez l’option Positive target confirmation with IC, seuls les échantillons présentant un contrôle interne valide seront valides. (1) Voir Augmentation relative de la fluorescence (84) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 27 9 Enregistrez le groupe de fichiers d'analyse CU comme suit : • Sélectionnez le bouton Save as ou le bouton Save. • Accédez à l'emplacement de sauvegarde des fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier, puis sélectionnez le bouton Save. u Sujets connexes • • À propos des profils de pipetage (23) Publier des fichiers d'analyse CU (27) Publier des fichiers d'analyse CU Suivez cette procédure pour préparer vos fichiers d'analyse CU en vue de leur importation sur le système. Pour que les fichiers d'analyse CU publiés soient acceptés par le système, des noms et des identificateurs de service universels uniques doivent être utilisés pour les fichiers. Un groupe de fichiers d'analyse CU ne peut pas être chargé sur le système si l'identificateur de service universel correspondant est associé à des fichiers précédemment chargés. q Les fichiers d'analyse CU publiés ne peuvent plus être modifiés. Vous devez créer de nouveaux fichiers d’analyse CU à partir des fichiers publiés puis les publier. u Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs (29) d m Fichiers d'analyse CU définis r Pour publier des fichiers d'analyse CU 1 1 Dans le panneau Utility channel tool, ouvrez les fichiers d'analyse CU à publier. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation u Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié (20) 28 Logiciel de canal utilitaire 2 2 Assurez-vous que le nom du groupe de fichiers d'analyse CU, l'ID de la cassette de réactifs, les paramètres de PCR et les informations de la cassette de réactifs sont corrects. 3 Publiez les fichiers d'analyse CU comme suit : • En bas du panneau UC analysis package, sélectionnez le bouton Publish. • Confirmez puis accédez à l'emplacement de publication des fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier, puis sélectionnez le bouton Save. I Les fichiers d'analyse CU publiés sont stockés en tant que fichiers .ZIP . Un identificateur de service universel est automatiquement généré. 4 Si vous recevez le message suivant lors de la publication de fichiers d’analyse CU, contactez Roche Service pour obtenir un nouvel ensemble de bibliothèques d'exécution : • Error occurred while creating a UC analysis package. A library retrieval error occurred. Possible cause: No unused libraries left. Contact Roche Service for additional identifiers. 1 Logiciel d’exploitation Création de nouveaux fichiers d'analyse CU à partir de fichiers publiés Ouvrez des fichiers d'analyse CU publiés en vue de les utiliser comme modèle pour un nouveau groupe de fichiers. d m Fichiers d'analyse CU publiés Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 29 r Pour créer un groupe de fichiers à partir d'un groupe de fichiers d'analyse CU publié 1 2 1 Dans le panneau Utility channel tool, sélectionnez le bouton Create from published UC analysis package. f La boîte de dialogue Open de Windows s'affiche. 2 Accédez aux fichiers publiés à ouvrir et sélectionnez le bouton Open. I Le groupe de fichiers doit être un fichier .ZIP . f Le panneau UC analysis package s'affiche. 4 Enregistrez ou publiez les fichiers d'analyse CU comme suit : • Pour enregistrer les fichiers d'analyse CU, en bas du panneau UC analysis package, sélectionnez le bouton Save as ou Save. • Pour publier les fichiers d'analyse CU, en bas du panneau UC analysis package, sélectionnez le bouton Publish. I Assurez-vous que le groupe de fichiers d’analyse CU a un nom unique, sinon il ne peut pas être installé sur le système analytique. u Sujets connexes • • Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23) Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié (20) Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs Ouvrez un groupe de fichiers d'analyse CU publié pour écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs. d m Fichiers d'analyse CU publiés Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation 3 Modifiez les fichiers d'analyse CU si nécessaire. 30 Logiciel de canal utilitaire r Pour ouvrir des fichiers d'analyse CU publiés en vue de l'écriture de données 1 2 3 1 Logiciel d’exploitation 4 1 Dans le panneau Utility channel tool, sélectionnez le bouton Open published UC analysis package to write on reagent cassette RFID tag. f La boîte de dialogue Open de Windows s'affiche. 2 Accédez au groupe de fichiers à importer et sélectionnez le bouton Open. I Le groupe de fichiers doit être un fichier .ZIP . f Le panneau Reagent cassette s'affiche. 3 Le logiciel de canal utilitaire conserve les raccourcis vers les fichiers d'analyse CU récemment publiés. Pour ouvrir des fichiers d'analyse CU publiés, en bas du panneau Utility channel tool, sélectionnez le raccourci. f Le panneau Reagent cassette s'affiche. 4 Pour ajouter un numéro de lot de cassette de réactifs facultatif, remplissez le champ Reagent cassette lot No. Cela fournit des informations supplémentaires facultatives affichées sur le système à propos de la cassette de réactifs. 5 ATTENTION! L'utilisation de réactifs MMx-R2 périmés peut entraîner des résultats faux négatifs. 5 Ajoutez la date de péremption du réactif MMx-R2 dans le champ Reagent cassette lot No. Il est important d’établir la stabilité du réactif MMx-R2 après l’ajout d’amorce et de sonde, de même que de faire le suivi de la date de péremption du réactif MMxR2. u Sujets connexes • Lecture et écriture sur une puce RFID (31) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 31 Dispositif de lecture/écriture RFID Dans cette partie À propos du dispositif de lecture/écriture RFID (31) Lecture et écriture sur une puce RFID (31) À propos du dispositif de lecture/écriture RFID Le dispositif de lecture/écriture RFID vous permet de lire et d'écrire des données sur des puces RFID. Le dispositif de lecture/écriture RFID est un dispositif autonome contrôlé par le logiciel de canal utilitaire. Il se connecte à votre PC via un port USB. Les puces RFID à utiliser avec le logiciel de canal utilitaire sont fournies par Roche et sont déjà apposées sur la cassette de réactifs. Les puces RFID incluent déjà les modèles nécessaires à utiliser avec le logiciel de canal utilitaire. Spécifications de l'équipement radioélectrique Le tableau ci-dessous résume les spécifications du dispositif de lecture/écriture fournies avec le cobas omni Utility Channel IVD (TWN3 Legic NFC) : Fréquence (MHz) 13,56 Puissance radioélectrique maximale (mW) < 100 Nombre de lecteurs RFID 1 Lecture et écriture sur une puce RFID Cette section décrit la manière d'écrire les informations de fichiers d'analyse CU sur une puce RFID. q En cas d’étiquetage incorrect, l’ID et le n° de lot de la cassette de réactifs présents sur la puce RFID peuvent être écrasés. u Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs (29) d m Fichiers d'analyse CU publiés m Dispositif de lecture/écriture RFID fourni par Roche m Puces RFID Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation y Spécifications de l'équipement radioélectrique 32 Dispositif de lecture/écriture RFID r Pour lire et écrire sur une puce RFID 1 2 1 Logiciel d’exploitation 3 1 Lancez le logiciel de canal utilitaire et ouvrez des fichiers d'analyse CU publiés. f Le panneau Reagent cassette s'affiche. 2 Connectez le dispositif de lecture/écriture RFID à votre PC via le port USB. 3 Pour ajouter un numéro de lot de cassette de réactifs facultatif, remplissez le champ Reagent cassette lot No. Cela fournit des informations supplémentaires facultatives affichées sur le système à propos de la cassette de réactifs. • Plusieurs cassettes peuvent être attribuées à un même groupe de fichiers d’analyse CU. Pour distinguer les cassettes, attribuez un n° de lot. I Différents groupes de fichiers d’analyse CU ne devraient pas avoir le même ID de cassette. Ne partagez pas les cassettes. q Analysez un échantillon positif pour contrôler la stabilité du moniteur. 4 ATTENTION! L'utilisation de réactifs MMx-R2 périmés peut entraîner des résultats faux négatifs. 4 Ajoutez la date de péremption du réactif MMx-R2 dans le champ Reagent cassette lot No. Il est important d’établir la stabilité du réactif MMx-R2 après l’ajout d’amorce et de sonde, de même que de faire le suivi de la date de péremption du réactif MMxR2. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 5 B A A Bord incliné de la cassette de réactifs 33 5 Placez le dispositif de lecture/écriture RFID immédiatement à côté de la puce RFID à lire. I Tenez le dispositif de lecture/écriture RFID de sorte que le haut du dispositif se trouve à côté de la puce RFID. B Puce RFID 6 7 6 Pour vous assurer que rien n'a encore été écrit sur la puce RFID, dans le panneau Reagent cassette, sélectionnez le bouton Read data from RFID tag. f Toute information présente sur la puce RFID s'affiche dans le panneau Read data from RFID tag. 7 Si le dispositif de lecture/écriture RFID n'est pas connecté, ou si la puce RFID n'inclut pas le modèle nécessaire, un message d'avertissement s'affiche. 9 Pour vous assurer que la puce RFID contient ce que vous avez écrit, placez le dispositif de lecture/écriture RFID à côté de la puce RFID et dans le panneau Reagent cassette, sélectionnez le bouton Read data from RFID tag. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation 8 Si rien n'a encore été écrit sur la puce RFID, placez le dispositif de lecture/écriture RFID à côté de la puce RFID sur laquelle vous souhaitez écrire et dans le panneau Reagent cassette, sélectionnez le bouton Write data on RFID tag. 34 Installation de fichiers d'analyse CU sur le système Installation de fichiers d'analyse CU sur le système Dans cette partie Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur le système via une connexion à distance (34) Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système (36) Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système (37) Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur le système via une connexion à distance Utilisez cette procédure pour installer des fichiers d'analyse CU depuis un PC externe. Cette section est destinée aux utilisateurs déjà familiarisés avec les cobas® 6800/8800 Systems. u Documentation utilisateur des cobas® 6800/8800 Systems. q Jusqu'à 20 groupes de fichiers d'analyse peuvent être installés sur le système. Avant d'installer des fichiers d'analyse CU supplémentaires, vous devez désinstaller du système les fichiers précédemment installés. 1 Logiciel d’exploitation u Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système (36) d j m Un PC externe avec connexion à distance au système est requis pour importer et installer des fichiers d’analyse CU. m Internet Explorer 7 ou supérieur est requis. m Des fichiers d'analyse CU publiés doivent être disponibles sur le PC externe. Seuls les fichiers d’analyse CU créés dans une version compatible du logiciel de canal utilitaire peuvent être chargés sur le système. m L'importation de fichiers d'analyse CU est limitée aux utilisateurs disposant de droits d'utilisateur superviseur. m Tous les instruments connectés au serveur IG doivent afficher l’état Standby avant l’installation de fichiers d’analyse CU. u Logiciels système compatibles (19) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 35 r Pour importer et installer des fichiers d'analyse CU 1 Sur le PC externe, accédez à la connexion à distance. I Assurez-vous de vous connecter en tant qu'utilisateur superviseur. q Si vous ne pouvez pas voir l’IU du système via la connexion à distance, modifiez le zoom de la fenêtre jusqu’à pouvoir voir l’interface utilisateur complète du système. 3 4 2 Dans la connexion à distance, sélectionnez Administration > Software installation et cliquez sur le bouton Import UC analysis package. 3 Accédez au groupe de fichiers d'analyse CU à importer et ouvrez-le. I Seuls les fichiers d’analyse CU publiés (fichiers .ZIP ) peuvent être importés. Pour pouvoir être installés sur le système, les fichiers d'analyse CU doivent avoir un nom et un identificateur de service universel uniques. Si l'identificateur de service universel est associé à des fichiers précédemment installés, l'installation est impossible. f Le groupe de fichiers d'analyse CU importé est ajouté à la liste Available packages. Le statut du groupe sera Pending. 4 Sur le système, sélectionnez Administration > Software installation. I Assurez-vous que vous êtes connecté en tant qu'utilisateur superviseur. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation 2 36 Installation de fichiers d'analyse CU sur le système 5 6 5 Dans le panneau Available packages, sélectionnez le(s) groupe(s) de fichiers d'analyse CU que vous avez importé(s). 6 Dans le panneau Package content, sélectionnez le bouton Install package. I Une fois l'installation réussie, le statut du groupe de fichiers d'analyse CU devient Installed. u Sujets connexes • Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système (36) Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système Utilisez cette procédure pour désinstaller des fichiers d'analyse CU du système en vue d'installer des fichiers supplémentaires. q Les fichiers d'analyse CU désinstallés restent dans la liste Available packages sur le système et peuvent être réinstallés. 1 Logiciel d’exploitation u Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système (37) r Pour désinstaller des fichiers d'analyse CU 1 1 Sur le système, sélectionnez Administration > Software installation. I Assurez-vous que vous êtes connecté en tant qu'utilisateur superviseur. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 2 3 37 2 Dans le panneau Available packages, sélectionnez le groupe de fichiers d'analyse CU à désinstaller. 3 Dans le panneau Package content, sélectionnez le bouton Uninstall package. f Le statut du groupe de fichiers d'analyse CU devient Uninstalled. Le groupe reste dans la liste des fichiers disponibles. f Le bouton Uninstall package devient automatiquement le bouton Install package. u Sujets connexes • Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système (37) Utilisez cette procédure pour réinstaller des fichiers d'analyse CU désinstallés du système. r Pour réinstaller des fichiers d'analyse CU 1 1 Sur le système, sélectionnez Administration > Software installation. I Assurez-vous que vous êtes connecté en tant qu'utilisateur superviseur. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système 38 Installation de fichiers d'analyse CU sur le système 2 3 Dans le panneau Package content, sélectionnez le bouton Install package. f Le statut du groupe de fichiers d'analyse CU devient Installed. f Le bouton Install package devient automatiquement le bouton Uninstall package. 1 Logiciel d’exploitation 3 2 Dans le panneau Available packages, sélectionnez le groupe de fichiers d'analyse CU à réinstaller. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 39 Préparation des cassettes de réactifs Dans cette partie À propos du kit de réactifs (39) Préparation du réactif de master mix 2 (40) Remplissage de la cassette de réactifs (42) Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs (45) À propos du kit de réactifs q Pour plus d'informations sur le kit de réactifs, reportez-vous aux Instructions d'utilisation. • • cobas omni Utility Channel Master Mix Reagent 2 (UC MMx-R2) : le réactif de master mix spécifique au canal utilitaire est contenu dans un bidon distinct et est basé sur la structure de master mix des cobas® 6800/8800 Systems, y compris l'amorce et les sondes pour l'amplification et la détection du contrôle interne. cobas omni Utility Channel Reagent Cassette : une cassette de réactifs pré-assemblée avec protéase, contrôle interne, tampon d'élution, Master Mix Reagent 1 (MMx-R1) et un réservoir vide pour réactif de master mix 2 préparé. Préparez la cassette de réactifs et le réactif de master mix 2 préparé. Remplissez la cassette de réactifs avec le réactif de master mix 2 préparé comme décrit dans les sections suivantes. u Sujets connexes • • Préparation du réactif de master mix 2 (40) Remplissage de la cassette de réactifs (42) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation Pour effectuer des tests à l'aide du canal utilitaire, Roche fournit le cobas omni Utility Channel Reagent Kit. Ce kit de réactifs contient les éléments suivants : 40 Préparation des cassettes de réactifs Préparation du réactif de master mix 2 Utilisez cette procédure pour préparer le réactif de master mix 2 préparé à utiliser dans le cadre des tests définis par l'utilisateur. Vue d'ensemble Pour préparer le réactif de master mix 2 préparé, transférez 8,0 mL de réactif de master mix 2 (du bidon UC MMx-R2) dans un tube ou un bidon temporaire. Les amorces et sondes spécifiques à la cible et définies par l'utilisateur sont ensuite ajoutées au réactif de master mix 2. Remplissez le réactif de master mix 2 jusqu'à atteindre un volume final de 8,48 mL à l'aide d'eau de qualité PCR. q La réaction de PCR finale a un volume total de 52 μL et contient un échantillon de 27 μL, un réactif de master mix 2 de 15 μL et un réactif de master mix 1 de 10 μL. ! ATTENTION Résultats incorrects dus à l'utilisation d’un réactif de master mix 2 périmé 1 Logiciel d’exploitation L’utilisation d’un réactif de master mix 2 périmé peut entraîner des faux négatifs. r N'utilisez pas de réactifs ou consommables ayant dépassé leur date de péremption. r Utilisez uniquement le flacon UC MMx-R2 fourni avec la cassette de réactifs. ! ATTENTION Interprétation erronée des données à l'aide du cobas omni Optimization Tool en raison d'amorces et de sondes manquantes Les amorces et sondes manquantes peuvent entraîner une optimisation inexacte des tests liée à une interprétation erronée des données à l'aide du cobas omni Optimization Tool. r Ajoutez toutes les amorces et sondes nécessaires compatibles avec les canaux cibles définis dans l'UCAP. d m m m m Mélangeur à cylindres Pipette Réactif de master mix 2 Tube de polypropylène neuf et protégé de la lumière Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 41 r Pour préparer le réactif de master mix 2 1 2 1 Mélangez le bidon de MMx-R2 CU sur un mélangeur à cylindres pendant 5 minutes à température ambiante. I Si aucun mélangeur à cylindres n'est disponible, retournez le bidon 20 fois. 2 ATTENTION! Risque de blessure dû au contact avec les réactifs ou d'autres solutions de travail. Portez un équipement de protection individuelle approprié. 2 Ouvrez le bidon et pipetez 8,0 mL de MMx-R2 CU dans un tube de polypropylène neuf et protégé de la lumière. 4 3 Pipetez un total de 480 μL d'amorces, de sondes et d'eau de qualité PCR dans un tube de polypropylène neuf et protégé de la lumière. I Le volume total de réactif de master mix 2 préparé doit être de 8,48 mL. 4 Mélangez le réactif de master mix 2 préparé sur un mélangeur à cylindres pendant 5 minutes à température ambiante. I Si aucun mélangeur à cylindres n'est disponible, retournez le bidon 20 fois. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation 3 42 Préparation des cassettes de réactifs Remplissage de la cassette de réactifs Suivez cette procédure pour remplir la cassette de réactifs avec le réactif de master mix 2 préparé. Vue d'ensemble La cassette de réactifs fournit un réservoir vide pour remplir le réactif de master mix 2 préparé pour les tests de canal utilitaire. Pipetez 7,0 mL de réactif de master mix 2 préparé dans ce compartiment à l'aide d'une pipette ou d'une seringue. u Préparation du réactif de master mix 2 (40) ! Emplacement de la deuxième rangée du kit de réactifs ATTENTION Risque de résultats faux négatifs ou de perte de réactif dû à un chargement et une manipulation incorrects 1 Logiciel d’exploitation Le chargement de réactif MMx-R2 dans la mauvaise rangée de cassette de réactifs peut entraîner une perte ou un endommagement des réactifs. r Chargez le réactif MMx-R2 uniquement dans la deuxième rangée (en partant de la droite) de la cassette de réactifs. r Utilisez un échantillon positif comme contrôle positif pour surveiller les réactifs. w Grille de position : emplacement de la deuxième rangée du kit de réactifs en partant de la droite (la rangée est mise en évidence) Remplissez au moins 7,0 mL de réactif de master mix 2 préparé dans la deuxième rangée de la cassette en partant de la droite Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 43 q Assurez-vous de vérifier la date de péremption du réactif MMx-R2 avant de l’utiliser. d j m m m m Cassette de réactifs Réactif de master mix 2 préparé 1 mL d'embout de pipetage en plastique Pipette à répétition avec embout de pipetage de 10 mL m Balance m Le réactif de master mix 2 préparé a été mélangé (y compris les amorces et les sondes spécifiques à la cible). r Pour remplir la cassette de réactifs 1 Pesez la cassette de réactifs et notez-en le poids. 2 2 Positionnez la cassette de réactifs en plaçant le bord incliné dans le coin inférieur droit. f La deuxième rangée en partant du côté droit contient désormais le réservoir vide. q Utilisez la grille de position comme référence. 3 3 Placez un embout de pipetage en plastique d’1 mL dans l’orifice supérieur du septum de la deuxième rangée. I L'embout de pipetage permet d'ajuster la pression de l'air dans le réservoir lors de l'ajout du réactif de master mix 2 préparé. 4 ATTENTION! Risque de blessure dû au contact avec les réactifs ou d'autres solutions de travail. Portez un équipement de protection individuelle approprié. 4 Munissez-vous d’une pipette à répétition avec embout de pipetage de 10 mL. Chargez l'embout de pipetage avec 7,0 mL de réactif de master mix 2 préparé. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation u Grille de position : emplacement de la deuxième rangée du kit de réactifs en partant de la droite (la rangée est mise en évidence) Remplissez au moins 7,0 mL de réactif de master mix 2 préparé dans la deuxième rangée de la cassette en partant de la droite w (42) 44 Préparation des cassettes de réactifs 5 5 ATTENTION! Risque de déversement de réactif. 5 Insérez la pipette remplie dans l’orifice inférieur du septum de la cassette de réactifs. Percez le septum suffisamment profondément pour éviter un déversement. 6 6 Inclinez la cassette de réactifs à un angle de 45° dans le sens de la longueur à partir du fond. Assurez-vous d’incliner la cassette le long du bord où la pipette avec l’embout de 10 mL est inséré. 7 Pipetez soigneusement et lentement 7,0 mL du réactif de master mix 2 préparé à travers le septum inférieur dans le réservoir vide de la deuxième rangée. q Si possible, distribuez le mélange de réactif de master mix 2 d'un seul coup. 8 ATTENTION! Un volume de réactif insuffisant pourrait entraîner des résultats faux négatifs. 8 Assurez-vous de pipeter le volume correct de réactif de master mix 2. 1 Logiciel d’exploitation 9 9 ATTENTION! Un volume de réactif insuffisant pourrait entraîner des résultats faux négatifs. 9 Assurez-vous qu’il n’y a pas de liquide dans l’embout de pipetage d’1 mL. S’il y a du liquide dans l’embout, faites pivoter soigneusement l’embout pour renvoyer le liquide dans le flacon de réactif de master mix 2. S’il y a toujours du liquide dans l’embout de 1 mL, procédez comme suit : • Avec la pipette à répétition équipée d’un embout de 10 mL, prélevez un peu de réactif de master mix 2 pipeté du flacon de la cassette jusqu’à ce qu’il n’y ait plus de liquide dans l’embout d’1 mL. • Pipetez soigneusement et lentement tout liquide se trouvant dans l'embout de pipetage de 10 mL pour le remettre dans le flacon. • Une fois les deux embouts vides, ils peuvent être retirés de la cassette. 10 Retirez l'embout de pipetage en plastique d'1 mL du septum. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 11 45 11 Basculez doucement la cassette de réactifs 20 fois pour libérer les bulles d'air provenant du réservoir tout juste rempli. 12 Pesez la cassette de réactifs et assurez-vous qu’elle est 7,5 ± 1 g plus lourde que sans le réactif de master mix 2. 13 MISE EN GARDE N'apposez pas d'étiquette ou d'autocollant supplémentaire à la cassette de réactifs. 13 Identifiez la cassette de réactifs en écrivant sur l'étiquette contrôlable de visu déjà apposée sur celleci ou en écrivant directement sur la cassette de réactifs. Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs Réussir un test de canal utilitaire requiert que vous formuliez le réactif de master mix 2 préparé et en remplissiez la cassette de réactifs correctement. Le tableau de référence rapide ci-dessous suppose que vous soyez familiarisé avec le contenu des rubriques concernées. Préparation du réactif de master mix 2 Action de l'utilisateur 1. Mélangez le flacon de réactif de master mix 2 préparé sur un mélangeur à cylindres pendant 5 minutes à température ambiante. 2. Ouvrez le bidon et pipetez 8,0 mL de réactif de master mix 2 dans un tube de polypropylène neuf et protégé de la lumière. 3. Pipetez un total de 480 μL d'amorces, de sondes et d'eau de qualité PCR dans un tube de polypropylène neuf et protégé de la lumière. 4. Mélangez le réactif de master mix 2 préparé sur un mélangeur à cylindres pendant 5 minutes à température ambiante. y Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation Étapes 1 46 Préparation des cassettes de réactifs Étapes 2 Action de l'utilisateur Remplissage de la cassette de réactifs 1. Pesez la cassette de réactifs et notez-en le poids. 2. Positionnez la cassette de réactifs en plaçant vers vous le bord incliné dans le coin inférieur droit. 3. Placez un embout de pipetage en plastique d’1 mL dans l’orifice supérieur du septum de la deuxième rangée. 4. Chargez 7,0 mL de réactif de master mix 2 préparé dans une pipette à répétition avec embout de pipetage de 10 mL. 5. Inclinez la cassette de réactifs à un angle de 45° dans le sens de la longueur à partir du fond. 6. Insérez avec précaution l’embout dans le septum inférieur de la deuxième rangée et pipetez lentement 7,0 mL du réactif de master mix 2 préparé. 7. Retirez l'embout de pipetage en plastique d'1 mL du septum. 8. Basculez doucement la cassette de réactifs 20 fois pour libérer les bulles d'air. 9. Pesez la cassette de réactifs et assurez-vous qu’elle est 7,5 ± 1 g plus lourde que sans le réactif de master mix 2 préparé. y Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs u Sujets connexes Préparation du réactif de master mix 2 (40) Remplissage de la cassette de réactifs (42) 1 Logiciel d’exploitation • • Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation 47 Réalisation et affichage des tests Dans cette partie Réalisation d'un test de canal utilitaire (47) À propos de l'affichage des résultats de test (48) Réalisation d'un test de canal utilitaire Cette section explique comment effectuer un test de canal utilitaire. Cette section est destinée aux utilisateurs déjà familiarisés avec les cobas® 6800/8800 Systems. u Documentation utilisateur des cobas® 6800/8800 Systems. j m Les fichiers d'analyse CU sont installés sur le système m La cassette de réactifs a été préparée et chargée sur le système m Un contrôle négatif est disponible sur le système u Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur le système via une connexion à distance (34) u Préparation des cassettes de réactifs (39) 1 Un test de canal utilitaire peut être demandé en suivant l'une des procédures disponibles pour effectuer une demande de tests sur le système (par exemple, à partir du SIL, en tant que demande de test saisie manuellement ou en tant que demande par racks). Créez une demande de test comme décrit dans la documentation utilisateur des cobas® 6800/8800 Systems. 2 2 Dans le champ Sample type, sélectionnez l'option UC sample. I Le champ Sample type s'affiche avec les demandes de SIL, les demandes de test saisies manuellement et les demandes par racks. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 1 Logiciel d’exploitation r Pour effectuer un test de canal utilitaire 48 Réalisation et affichage des tests 3 3 Dans la zone de groupe Tests:, effectuez les actions suivantes : • Dans le champ d'options Test, sélectionnez les fichiers d'analyse CU. Plusieurs lots de fichiers d’analyse CU aux paramètres de PCR identiques peuvent être attribués à un même run. • Dans le champ Volume, sélectionnez les volumes d'échantillon. I Les volumes disponibles sont définis dans les fichiers d'analyse CU. 4 Enregistrez et effectuez le test comme décrit dans la documentation utilisateur des cobas® 6800/8800 Systems. À propos de l'affichage des résultats de test Cette section fournit des informations sur la manière d'afficher des résultats de test pour un test de canal utilitaire. L'affichage des résultats de test pour un test de canal utilitaire suppose d'être familiarisé avec les cobas® 6800/8800 Systems. 1 Logiciel d’exploitation Les résultats de test pour un test de canal utilitaire peuvent être affichés de la même manière que les autres résultats de test. Les résultats d'échantillon sont identifiés à l'aide du nom de fichiers d'analyse CU, et les résultats s'affichent dans le panneau Routine > Test results ou le panneau Routine > Control batch. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d’exploitation Exportation des fichiers XML 49 Pour le développement de test et pour l'utilisation du logiciel d'optimisation, il est nécessaire d'exporter les résultats de test au format XML. u Pour plus d'informations concernant l'affichage et la gestion des résultats de test et pour l'exportation des résultats au format XML, reportez-vous à la documentation utilisateur des cobas® 6800/8800 Systems u Sujets connexes Logiciel d'optimisation (53) 1 Logiciel d’exploitation • Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Réalisation et affichage des tests 1 Logiciel d’exploitation 50 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 53 Table des matières Logiciel d'optimisation Dans ce chapitre 2 2 À propos du logiciel d'optimisation . . . . . . . . . . . . . . . 55 À propos de l'interface utilisateur du logiciel d'optimisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 Flux de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 Utilisation du logiciel d'optimisation . . . . . . . . . . . . . . Configuration requise pour les données brutes . . Mise en place d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . . . Démarrage d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . . Chargement des fichiers de données brutes . Vérification des données brutes à partir du système analytique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Réglage des paramètres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Gestion des sessions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Création d'une nouvelle session . . . . . . . . . . . . Enregistrement ou modification du nom d'une session. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Ouverture d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . . . Suppression d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . Personnalisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Personnalisation du schéma . . . . . . . . . . . . . . . Personnalisation du tableau d'analyse des données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 60 60 61 61 63 64 65 66 66 67 67 68 69 2 Logiciel d'optimisation 70 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 54 2 Logiciel d'optimisation Table des matières Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation 55 À propos du logiciel d'optimisation Objectif et usage prévu du logiciel d'optimisation Le logiciel d'optimisation est destiné à aider au développement du logiciel de fichiers d'analyse personnalisé requis pour effectuer les dosages définis par l'utilisateur sur les cobas® 6800/8800 Systems. Il permet aux développeurs d'évaluer l'impact des différentes valeurs de RFI et valeurs seuils de Ct selon des courbes générées au cours du développement de tests. Le logiciel d'optimisation est un logiciel autonome s'exécutant sur un PC Windows séparé. Il ne fait pas partie d'un système analytique. Le logiciel d'optimisation n'assure pas la génération ou la vérification de résultats de diagnostic. 2 Logiciel d'optimisation L’ensemble de la propriété intellectuelle contenue dans ce produit appartient à Roche. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 56 À propos de l'interface utilisateur du logiciel d'optimisation À propos de l'interface utilisateur du logiciel d'optimisation Cette section décrit les principaux éléments de l'interface utilisateur du logiciel d'optimisation. A G B F C E D A Barre de menu C Zone de groupe d'analyse E de données Zone de groupe Results B Zone de groupe Growth curve D Barre verticale Zone de groupe Parameters F G Zone de groupe Test selection 2 Logiciel d'optimisation w Éléments de l'interface utilisateur L'interface utilisateur du logiciel d'optimisation se compose d'une seule vue ou zone de travail. Cette dernière se divise en 2 panneaux et en 5 zones de groupe. Les éléments de l'interface utilisateur sont décrits dans le tableau suivant : Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation Élément 57 Description Barre de menu Inclut les boutons suivants : o Create : sélectionnez ce bouton pour créer une nouvelle session du logiciel d'optimisation. o Save : sélectionnez ce bouton pour enregistrer la session en cours. o Save as : sélectionnez ce bouton pour enregistrer la session en cours avec un nom de fichier différent. o Open : sélectionnez ce bouton pour ouvrir une session existante. o Delete Sessions : sélectionnez ce bouton pour supprimer les sessions enregistrées. o About : sélectionnez ce bouton pour obtenir des informations légales et des détails sur la version. Zone de groupe Growth curve Présente des vues graphiques détaillées des courbes de croissance (brutes et normalisées). Des fonctions de zoom complètes sont disponibles et le schéma obtenu peut être enregistré dans le presse-papiers du PC ou exporté dans un fichier d'image. Les options disponibles permettent de définir la légende, la façon dont les courbes sont mises en surbrillance, de même que le titre et les indications de l'axe. Zone de groupe d'analyse de données Présente une liste de résultats sélectionnés pour chaque puits et chaque canal. Des fonctions de filtre et de tri sont disponibles dans la liste. Barre verticale Sépare les panneaux droit et gauche de la zone de travail. En faisant glisser la barre verticale à l'aide de la souris, vous pouvez augmenter ou réduire la largeur du panneau droit ou du panneau gauche. Zone de groupe Results Présente un résumé des courbes positives et négatives de la dernière analyse lancée. Le bouton Analyze and display vous permet de mettre à jour la courbe affichée à l'aide des paramètres définis. Zone de groupe Parameters Permet de définir divers paramètres de test. Parmi ces cibles, la plus importante est la sensibilité (Sensitivity ou RFImin), laquelle définit le seuil de détection. Zone de groupe Test selection Permet le chargement de fichiers de données brutes, de même que leurs runs respectifs inclus pour le calcul ou supprimés. 2 Logiciel d'optimisation y Description des éléments de l'interface utilisateur Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 58 Flux de travail Flux de travail Cette section offre un aperçu des principales tâches que vous pouvez réaliser à l'aide du logiciel d'optimisation. Flux de travail principal 2 Logiciel d'optimisation cobas® 6800/8800 Systems 1 Sélection du test CU installé sur le système 4 Exécution du test 5 Réception et export des résultats de test Canal utilitaire et dispositif de lecture/ écriture RFID 2 Écriture de l'ID et du n° de lot de la cassette de réactifs sur la puce RFID Cassette de réactifs 3 /RJLFLHOG RSWLPLVDWLRQ Préparation de la cassette de réactifs et FKDUJHPHQWGH la cassette sur le système 6 Analyse ultérieure des résultats u Flux de travail de développement de test (17) Flux de travail de routine (18) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation 59 Flux de travail post-analyse )OX[GHWUDYDLOGXORJLFLHOG RSWLPLVDWLRQ 1 &RQÀJXUDWLRQGHODVHVVLRQ &KDUJHPHQWGHVÀFKLHUVGH GRQQpHVEUXWHV IRUPDW5') 6pOHFWLRQGHVUXQVHWGHVWHVWV 2 9pULÀFDWLRQGHVGRQQpHV EUXWHV *HVWLRQGHVVHVVLRQV 9pULÀFDWLRQGHODFRXUEHGH FURLVVDQFHGHO DQDO\VHGHV GRQQpHVHWGHVUpVXOWDWV 3 5pJODJHGHVSDUDPqWUHV 5pJODJHGHODVHQVLELOLWpGX FDQDO 5),PLQ 5pJODJHGHVSDUDPqWUHVGH FRQWU{OHLQWHUQH 4 9pULÀFDWLRQGHVQRXYHDX[ UpVXOWDWV $QDO\VHGHVGRQQpHVHW DIÀFKDJHGHVFRXUEHVGH FURLVVDQFHVHORQOHVQRXYHDX[ SDUDPqWUHV 5 3HUVRQQDOLVDWLRQ 2 Logiciel d'optimisation 3HUVRQQDOLVDWLRQGXVFKpPD 3HUVRQQDOLVDWLRQGXWDEOHDX G DQDO\VHGHVGRQQpHV Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 60 Utilisation du logiciel d'optimisation Utilisation du logiciel d'optimisation Dans cette partie Configuration requise pour les données brutes (60) Mise en place d'une session (60) Vérification des données brutes à partir du système analytique (63) Réglage des paramètres (64) Gestion des sessions (65) Personnalisation (68) Configuration requise pour les données brutes Cette section indique la configuration requise pour les fichiers de données brutes utilisés avec le logiciel d'optimisation. Les fichiers de données brutes importés dans le logiciel d'optimisation doivent satisfaire aux critères suivants : • • • Seules les données d'exportation cobas® 6800/8800 de tests cobas omni Utility Channel IVD peuvent être importées dans le logiciel d'optimisation. Les données doivent être au format XML. Les données d'exportation de tests de diagnostic in vitro ne peuvent pas être importées. 2 Logiciel d'optimisation u Pour obtenir des informations sur l'exportation de données de test, voir la documentation utilisateur du cobas® 6800/8800. Accès aux fichiers de données Les fichiers de données sont transférés des cobas® 6800/8800 Systems vers l'ordinateur hébergeant le logiciel d'optimisation via l'accès au réseau. Mise en place d'une session Dans cette partie Démarrage d'une session (61) Chargement des fichiers de données brutes (61) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation 61 Démarrage d'une session Cette section explique comment ouvrir le logiciel d'optimisation, créer une nouvelle session et charger des fichiers de données brutes. u Installation du logiciel d'optimisation (112) j m Le logiciel d'optimisation a été installé. r Pour démarrer une session 2 2 L'outil crée automatiquement une nouvelle session, vide. 3 3 Pour enregistrer la session, sélectionnez le bouton Save dans la barre de menu. Chargement des fichiers de données brutes Cette section explique comment charger les fichiers de données brutes pour l'analyse. u Pour obtenir des informations sur l'exportation de données de test, voir la documentation utilisateur du cobas® 6800/8800. d j m Les fichiers de résultats de tests CU doivent être disponibles au format XML. m Le logiciel d'optimisation est ouvert. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 2 Logiciel d'optimisation 1 Ouvrez le logiciel de l'une des manières suivantes : • Dans le menu Start, sélectionnez l'icône du logiciel d'optimisation. • Sur le bureau, double-cliquez sur le raccourci. 62 Utilisation du logiciel d'optimisation r Pour charger les fichiers de données brutes 1 2 2 Logiciel d'optimisation 3 4 5 1 Dans la zone de groupe Test selection, sélectionnez le bouton Import Data. f La boîte de dialogue Select raw data file s'affiche. 2 Naviguez jusqu'à l'emplacement du fichier de données brutes et sélectionnez le bouton Open. 3 Si les fichiers de données brutes incluent des paramètres de calcul incohérents, les valeurs par défaut sont chargées. I Les paramètres de calcul par défaut sont les suivants : Tous les canaux activés, Sensitivity (RFImin) = 2,5 (tous les canaux), Ct range = [0-50] (tous les canaux), Positive target confirmation with IC. 4 Si les données brutes incluent des tests de diagnostic in vitro, elles ne peuvent pas être importées par le logiciel d'optimisation. 5 Pour importer des fichiers de données brutes supplémentaires, choisissez le bouton Import Data dans la zone de groupe Test selection. Procédez comme à l'étape 1. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation 6 7 8 63 6 Si les données brutes incluent des runs présentant des valeurs de paramètres différentes, le logiciel d'optimisation demande si les valeurs en cours ou les valeurs par défaut doivent être utilisées. 7 Pour voir les différents paramètres d’origine de chaque groupe de fichiers d’analyse CU, déplacez le curseur sur le nom du groupe de fichiers d’analyse CU dans la liste UCAP. f L’infobulle Original UCAP parameters s’affiche. 8 Pour désactiver l'affichage et l'analyse des données, cochez la case de la première colonne de chaque ligne dans la zone de groupe Test selection. 9 Pour supprimer des données brutes de la session, sélectionnez le bouton Delete dans la zone de groupe Test selection. Vérification des données brutes à partir du système analytique Juste après le chargement des fichiers de données brutes, le logiciel d'optimisation affiche les informations de résultats de test. Vérifiez les courbes de croissance des résultats d'origine afin de vous assurer que le jeu de paramètres par défaut défini dans les fichiers d'analyse CU correspond à vos besoins. Si les résultats ne sont pas satisfaisants, vous pouvez ajuster certains des paramètres. Affichage des résultats Condition Contrôle négatif invalide Dans les cas suivants, pour interpréter des données brutes, le logiciel d'optimisation affiche des résultats différents de ceux du système analytique : Système analytique Logiciel d'optimisation Résultats du canal : « Invalid » (pour tous les échantillons du lot) Résultats du canal : « Negative » ou « Positive » (selon le signal). Résultats globaux : « Invalid » Résultats globaux : « Invalid ». y Différences dans l'affichage des résultats entre le logiciel d'optimisation et le système analytique Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 2 Logiciel d'optimisation Cette section explique comment afficher les résultats d'origine dans le logiciel d'optimisation à partir du système analytique. 64 Utilisation du logiciel d'optimisation Condition Échantillons invalidés en raison d’un contrôle interne négatif ou invalide (selon la logique de résultat) Système analytique Logiciel d'optimisation Résultat global : « Invalid » Résultats du canal : « Negative » ou « Positive ». Canal cible valide : « Negative » ou « Positive » Canal cible invalide : « Invalid » y Différences dans l'affichage des résultats entre le logiciel d'optimisation et le système analytique r Pour vérifier les données brutes 1 2 2 Logiciel d'optimisation 3 1 Les courbes de croissance d'origine des données de test sont affichées graphiquement dans la zone de groupe Growth curve. Pour passer de l'affichage des données brutes à celui de données normalisées ou inversement, sélectionnez votre préférence dans la liste déroulante Curves:. 2 Les données de test d'origine sont affichées sous forme de tableau dans la zone de groupe d'analyse des données. Des fonctions de tri et de filtre des données sont disponibles dans le tableau. I Seules les colonnes des résultats d'origine présentent un contenu. 3 La zone de groupe Results présente un résumé du nombre de résultats positifs et négatifs pour chaque panneau. I Aucune valeur n'est affichée pour les canaux désactivés. Réglage des paramètres Cette section décrit la modification du nombre de canaux et de la sensibilité de canal, de même que les paramètres de validation du contrôle interne. Paramètres Le tableau ci-dessous montre les paramètres pouvant être modifiés à l'aide du logiciel d'optimisation : Paramètre Série Sensibilité (RFImin) 1-100 Limite de Ct 0-50 y Paramètres ajustables u Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation 65 r Pour régler les paramètres 2 3 4 5 1 Pour régler les sensibilités cibles, modifiez les valeurs dans les champs Sensitivity (RFI min) dans la zone de groupe Parameters. 2 Les paramètres suivants peuvent être ajustés pour le contrôle interne : • Pour définir la sensibilité, renseignez le champ Sensitivity (RFI min). • Pour régler la plage de validité de Ct, renseignez les champs Lower Ct limit (Ct min) et Upper Ct limit (Ct max). 3 Pour afficher les valeurs de sensibilité dans les courbes de croissance, sélectionnez le bouton dans la zone de groupe Growth curve. Sélectionnez l'option Show parameters. 4 Les niveaux de sensibilité dans les courbes de croissance sont mis à jour juste après avoir modifié la valeur de RFI min dans la zone de groupe Parameters (voir étape 1). 5 Dès qu'un paramètre est modifié, un message s'affiche indiquant qu'une nouvelle analyse est requise (New analysis required). Pour analyser les données et afficher les courbes de croissance avec les nouveaux paramètres, sélectionnez le bouton Analyze and display dans la zone de groupe Results. Gestion des sessions Dans cette partie Création d'une nouvelle session (66) Enregistrement ou modification du nom d'une session (66) Ouverture d'une session (67) Suppression d'une session (67) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 2 Logiciel d'optimisation 1 66 Utilisation du logiciel d'optimisation Création d'une nouvelle session r Pour créer une nouvelle session 1 2 1 Pour créer une nouvelle session, sélectionnez le bouton Create dans la barre de menu. 2 Si des modifications apportées à la session en cours n'ont pas été enregistrées, le logiciel d'optimisation demande si la session en cours doit être enregistrée. 3 Une nouvelle session est créée. Enregistrement ou modification du nom d'une session r Pour enregistrer ou renommer une session 1 2 Logiciel d'optimisation 2 1 Pour enregistrer une nouvelle session, sélectionnez le bouton Save dans la barre de menu. 2 Dans la boîte de dialogue Save session, saisissez le nom de la session. I Une fois que vous avez enregistré une session, le nom existant est utilisé lors de l’enregistrement. 3 3 Pour modifier le nom d'une session, sélectionnez le bouton Save as dans la barre de menu. 4 4 Dans la boîte de dialogue Save session, saisissez le nouveau nom de la session. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation 67 Ouverture d'une session Cette section décrit l'ouverture d'une session préalablement enregistrée. r Pour ouvrir une session 1 2 3 1 Pour ouvrir une session préalablement enregistrée, sélectionnez le bouton Open dans la barre de menu. 2 Dans la boîte de dialogue Open session, sélectionnez la session dans la liste, puis sélectionnez le bouton Open. 3 Le logiciel d'optimisation demande si la session en cours doit être enregistrée. Cette section fournit des instructions de suppression des sessions permettant de gérer la taille de la base de données locale. Les sessions du logiciel d'optimisation sont stockées dans une base de données locale. Le logiciel d'optimisation vous avertit lorsque la taille de la base de données atteint sa limite. r Pour supprimer une session 1 1 Pour supprimer une session préalablement enregistrée, sélectionnez le bouton Delete Sessions dans la barre de menu. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 2 Logiciel d'optimisation Suppression d'une session 68 Utilisation du logiciel d'optimisation 2 3 2 Dans la boîte de dialogue Delete session, sélectionnez la session à supprimer, puis sélectionnez le bouton Delete. 3 Confirmez que vous souhaitez supprimer la session. Personnalisation Dans cette partie 2 Logiciel d'optimisation Personnalisation du schéma (69) Personnalisation du tableau d'analyse des données (70) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation 69 Personnalisation du schéma Cette section décrit les options de personnalisation de la vue du schéma de courbe de croissance. r Pour personnaliser le schéma 2 3 1 Les options de souris suivantes sont disponibles pour le schéma de courbe de croissance : • Pour mettre à l'échelle le schéma automatiquement, faites un double-clic. • Pour déplacer le schéma, faites un glisser-déposer en maintenant le bouton gauche de la souris enfoncé. • Pour faire un zoom avant ou arrière, utilisez la molette de la souris. • Pour zoomer sur une zone spécifique, mettez une zone du schéma en surbrillance tout en appuyant sur le bouton droit de la souris. • Pour copier le schéma dans le presse-papiers ou pour enregistrer le schéma sous forme de fichier graphique, placez le curseur de la souris dans la zone de groupe Growth curve et faites un clic droit. 2 Pour ajouter une légende au schéma, sélectionnez le bouton dans la zone de groupe Growth curve. Sélectionnez l'option Show legend. 3 Pour renommer le titre et les indications de schéma, sélectionnez le bouton dans la zone de groupe Growth curve. Sélectionnez le bouton Titles and axis labels. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 2 Logiciel d'optimisation 1 70 Utilisation du logiciel d'optimisation 4 5 4 Pour mettre des données en surbrillance dans les courbes de croissance, procédez comme suit : • Dans le tableau dans la zone de groupe d'analyse des données, mettez en surbrillance une ou plusieurs rangées en cliquant avec le bouton gauche de la souris. • Dans la zone de groupe Growth curve, sélectionnez le bouton . • Pour afficher toutes les courbes dans le schéma, sélectionnez l'option Normal dans la liste Highlight mode. • Pour mettre en surbrillance les courbes sélectionnées dans le schéma, sélectionnez l'option Emphasize dans la liste Highlight mode. • Pour afficher uniquement les courbes sélectionnées dans le schéma, sélectionnez l'option Selection dans la liste Highlight mode. 5 Pour modifier un style de ligne pour une courbe, mettez en surbrillance une rangée dans la zone de groupe d'analyse de données et faites un clic droit. Dans le menu contextuel, sélectionnez la commande Edit line style. 2 Logiciel d'optimisation Personnalisation du tableau d'analyse des données Cette section fournit des informations sur le tri et l'affichage des données dans le tableau d'analyse. r Pour personnaliser le tableau d'analyse des données 1 1 Pour trier les données, cliquez sur un en-tête de colonne. 2 Pour modifier la position d'une colonne, faites glisser l'en-tête en maintenant le bouton gauche de la souris enfoncé. 3 Pour figer ou libérer une colonne dans l'affichage, sélectionnez l'icône de punaise dans l'en-tête. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Logiciel d'optimisation 5 6 7 4 Pour filtrer les données d'une colonne, sélectionnez le bouton dans l'en-tête et choisissez les entrées pertinentes. Sélectionnez le bouton OK. f Le schéma est mis à jour selon les courbes filtrées. 5 Pour des fonctions supplémentaires, mettez en surbrillance une rangée dans la zone de groupe d'analyse de données et faites un clic droit. f Le menu contextuel s'affiche. 6 Pour ajouter ou supprimer une colonne dans le tableau, sélectionnez la commande Column selector dans le menu contextuel. Dans la boîte de dialogue Column Chooser, sélectionnez les colonnes à afficher. 7 Pour regrouper les données en fonction de certaines valeurs dans une colonne, sélectionnez la commande Group by dans le menu contextuel. f Un nouvel en-tête de regroupement de données s'affiche au-dessus du tableau. 8 Faites un glisser-déposer de la colonne présentant la valeur selon laquelle trier les données et déplacez-la dans l'en-tête supérieur. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 2 Logiciel d'optimisation 4 71 Utilisation du logiciel d'optimisation 2 Logiciel d'optimisation 72 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Annexe 3 4 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire ....................... 75 Installation du logiciel.........................................................................................107 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 75 Table des matières Consignes pour l'exécution de tests Dans ce chapitre 3 3 Recommandations pour la conception de test. . . . . . 77 Avis de non-responsabilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78 Amorce et sonde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Recommandations de conception d'amorce. . . . . Recommandations de conception de sonde. . . . . Conception de sonde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . À propos de la tolérance des mésappariements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . À propos des réactions croisées . . . . . . . . . . . Test multiplex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 80 81 82 Profil de PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 Contrôles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Contrôle interne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90 90 85 85 86 Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92 À propos du kit d’optimisation . . . . . . . . . . . . . . . . 93 Amorce et sonde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94 Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94 Amorces et sondes manquantes . . . . . . . . . . . 96 Optimisation du test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 À propos de l’optimisation du test . . . . . . . . . . 98 Concentration d'amorce et de sonde . . . . . . . . 98 Paramètres de profil de PCR . . . . . . . . . . . . . . . 99 Performances de test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99 Courbe de croissance standard et efficacité de la PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 Test multiplex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 Performances de contrôle interne . . . . . . . . . . . . . 101 Références. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103 Annexe 1 : Exemples de profils de PCR. . . . . . . . . . . . 104 Annexe 2 : Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet . . . . . . . . . . . . . . . . 105 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire avec canal utilitaire 76 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Table des matières Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 77 Recommandations pour la conception de test Le cobas omni Utility Channel IVD prend en charge le développement et la réalisation de routine de tests de PCR en temps réel définis par l'utilisateur sur les cobas® 6800/8800 Systems. Le cobas omni Utility Channel IVD utilise une procédure standardisée de préparation des échantillons de même que des réactifs En combinaison avec l'éluat standardisé, une structure de master mix standardisée est fournie. Pour garantir des performances optimales de test défini par l'utilisateur, il est recommandé de procéder à une optimisation de la conception d'amorce et de sonde sur la base de la structure de master mix standardisée. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire cobas omni sur les cobas® 6800/8800 Systems, permettant d'obtenir un éluat standardisé. 78 Avis de non-responsabilité Avis de non-responsabilité 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Roche n'est pas en mesure d'indiquer des protocoles spécifiques aux utilisateurs, ni de spécifier les résultats attendus. Les opérateurs sont responsables de l'intégralité de la validation de test, y compris le protocole de validation, les résultats attendus, une cohorte de test statistiquement valide (nombre et types de cas), la comparaison à des tests similaires (par exemple un autre test de PCR concernant la même cible) et la documentation de test. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 79 Amorce et sonde Les conceptions d'amorce et de sonde doivent être basées sur les évaluations de tests existants, de bases de données de séquence et de séquences potentiellement responsables de réactions croisées. Le résultat de la conception doit être une séquence ciblant une région génétique hautement conservée et qui ne soit pas hautement polymorphe. Recommandations de conception d'amorce (80) Recommandations de conception de sonde (81) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Dans cette partie 80 Amorce et sonde Recommandations de conception d'amorce Les séquences d'amorce doivent répondre aux caractéristiques générales suivantes : 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire • • • • • • • Taille de l'amplicon : 50 à 250 bp Longueur de l'amorce : 18 à 25 bp Ne pas contenir de structure secondaire interne Évitez les mésappariements à proximité de l'extrémité 3' de l'amorce, en particulier pour les amorces inverses. Les mésappariements de paire de bases sont susceptibles de réduire l'efficacité de la synthèse d'ADNc dans les dosages de PCR inverse. Il est essentiel d'éviter les mésappariements sur les trois bases 3'. Le type de mésappariement de l'amorce est en corrélation avec l'efficacité de la transcription inverse. Les mésappariements G:T sont mieux tolérés que les autres mésappariements. La déstabilisation thermodynamique d'un mésappariement a un impact moindre que les perturbations structurelles et électrostatiques qu'elle cause dans la zone active de l'ADN polymérase. Les mésappariements sur des amorces non inverses sont mieux tolérés. Plus un mésappariement est proche de l'extrémité 3', plus son effet est important. Si possible, les amorces doivent être conçues en suivant les règles suivantes : - Les amorces se terminent par A ou C. - La teneur en GC doit être comprise entre 35 et 65 %. - Évitez les séquences de nucléotides identiques (par exemple 4 résidus consécutifs ou plus, tels que CCCC ou GGGG). - Les amorces ne sont pas complémentaires entre elles au niveau de leurs extrémités 3' et ne sont pas auto-complémentaires. - La température de fusion (TM) des amorces est comprise entre 60 et 70 °C, au moins 3 à 5 °C de plus que la température d'hybridation. L'hybridation a lieu à une température comprise entre 55 et 65 °C. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 81 q Le cobas omni Utility Channel IVD ne permet pas de températures de PCR inférieures à 55 °C et supérieures à 95 °C. u Profil de PCR (87) Oligonucléotide Concentration de départ Plage de concentration Amorce 0,3 μM 0,02 μM à 0,6 μM Sonde 0,1 μM 0,02 μM à 0,3 μM Recommandations de conception de sonde Dans cette partie Conception de sonde (82) À propos de la tolérance des mésappariements (85) À propos des réactions croisées (85) Test multiplex (86) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire y Suggestions de concentrations de test pour amorce et sonde 82 Amorce et sonde Conception de sonde La conception de sonde doit répondre aux caractéristiques générales suivantes : • • • 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire • • • • • • • • • • Longueur de sonde : 18 à 30 bp La teneur en GC doit être comprise entre 45% et 65 %. Évitez les runs de nucléotides identiques (par exemple 4 résidus consécutifs ou plus, tels que CCCC ou GGGG). Évitez d'avoir un « G » à l'extrémité 5', étant donné qu'un résidu « G » peut avoir un effet suppresseur si le fluorophore se situe à l'extrémité 5'. La température de fusion de la sonde doit être supérieure (de 5 à 10 °C) à la température de fusion de l'amorce. Si la sonde ne se lie pas avant l'hybridation des amorces, l'ADN polymérase prolonge les amorces avant que l'hybridation de la sonde n'ait lieu. Par conséquent, le clivage de TaqMan® est inefficace ou insignifiant. Les fluorophores quenchers foncés permettent d'obtenir de meilleurs signaux de fluorescence. Les sondes d'hydrolyse comportant un suppresseur (quencher) interne plutôt qu'un suppresseur d'extrémité 3' présentent des lignes de base plus basses et des valeurs de RFI plus élevées. Ne calculez pas la température de fusion de la sonde en vous basant sur la séquence cible conservée. Calculez la température de fusion en vous basant sur une plage de séquences à partir des variantes du virus les plus susceptibles d'être détectées par le dosage. Pour les dosages basés sur la PCR inverse : pour réduire l'interférence potentielle avec l'efficacité de la transcriptase inverse, évitez que la sonde ne se lie à l'ARN cible. Les sondes portant un suppresseur (quencher) interne présentent des avantages pour la conception et la production de dosage mais elles ne tolèrent que peu les cibles mésappariées. De plus, elles présentent une fluorescence de ligne de base plus basse que les autres modèles de sondes. Les mésappariements entre le rapporteur et le suppresseur (quencher) peuvent entraîner une hybridation avec une formation 5’ flap et un clivage non productif de la sonde TaqMan®. Pour accroître la tolérance des mésappariements, utilisez des sondes plus espacées (>12) ou étiquetées à l'extrémité. Pour les sondes portant un suppresseur (quencher) interne, utilisez le fluorophore BHQ2 en tant qu'insertion et non en tant que substitution d'une base. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Prise en compte du fluorophore rapporteur et du fluorophore quencher appropriés (voir tableaux cidessous). Le cobas omni Utility Channel IVD sur les cobas® 6800/8800 Systems utilise un kit de filtres avec les longueurs d'onde d'excitation et d'émission indiquées ci-dessous : Longueur / largeur d'onde d'excitation [nm] Longueur / largeur d'onde d'émission [nm] Fluorophores proposés(1) Canal 1 435/25 470/20 Coumarine/thréo-coumarine Canal 2 495/10 521/10 FAM/FAM-dT Canal 3 540/10 580/20 HEX/Sima-dT Canal 4 610/20 645/20 JA270 Canal 5 680/10 730/LP Réservé au contrôle interne Canal ® y Longueurs d'onde d'excitation et d'émission sur les cobas 6800/8800 Systems (1) D'autres fluorophores peuvent être utilisés dans certaines limites (voir Optimisation du test (98)) Fluorophore quencher Plage d'absorbance [nm] BHQ-1 480 - 580 BHQ-2 550 - 650 BHQ-3 620 - 730 BBQ 550 - 750 TAMRA 550 - 576 DABCYL 453 y Plages de fluorophore quencher Les jeux de sondes candidates peuvent être évalués au regard des caractéristiques de leurs courbes de croissance. Par exemple, les valeurs de RFI (Relative Fluorescence Increase ou augmentation relative de la fluorescence) et d'AFI (Absolute Fluorescence Increase ou augmentation absolue de la fluorescence) donnent des informations sur la puissance de signal totale de la réaction et les moyennes de ligne de base peuvent être intéressantes quant à l'arrêt de la réaction. Au niveau du test des sondes candidates, assurez-vous d'évaluer non seulement les sondes mais aussi diverses concentrations de chaque sonde, étant donné que les performances du test risquent de varier selon la sonde et sa concentration fonctionnelle. u Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher (94) u Suggestions de concentrations de test pour amorce et sonde y (81) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire • 83 84 Amorce et sonde Augmentation relative de la fluorescence z RFI = PFL BFL 1 • • 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire • Augmentation absolue de la fluorescence RFI = Relative Fluorescence Increase (augmentation relative de la fluorescence) PFL = Plateau Fluorescence Level (niveau de fluorescence de plateau) BFL = Baseline Fluorescence Level (niveau de fluorescence de ligne de base) z AFI = PFL – BFL 2 • • • Visualisation des tests AFI = Absolute Fluorescence Increase (augmentation absolue de la fluorescence) PFL = Plateau Fluorescence Level (niveau de fluorescence de plateau) BFL = Baseline Fluorescence Level (niveau de fluorescence de ligne de base) Pour visualiser les tests de canal utilitaire avec les cobas® 6800/8800 Systems, utilisez le logiciel d'optimisation. u Logiciel d'optimisation (53) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 85 À propos de la tolérance des mésappariements Les mésappariements sont presque inévitables, surtout si la sonde est conçue pour avoir une large couverture des génotypes. • • • • Pour modifier la stabilité d'hybridation du duplex sonde-cible, utilisez des analogues de base. Parmi les nucléotides stabilisants, on trouve notamment la 5-méthyl-désoxycytidine (5-Methyl-dC), la 5-propynyl-désoxyuridine (pdU) ou la 5-propynyldésoxycytosine (pdC). Utilisez une base universelle, telle que la désoxyinosine, dans une position de mésappariement fournissant aux 4 bases naturelles une stabilité de paire de bases similaire. Un analogue de ce type est susceptible de masquer les effets de certains mésappariements. Il est également possible d'utiliser cette approche pour réduire la puissance de l'appariement des bases dans toute paire de bases G:C. Modifiez la largeur (équivalent à TM) ou la position de l'oligonucléotide pour compenser l'impact du mésappariement. À propos des réactions croisées Les approches suivantes vous permettent de vérifier et réduire les réactions croisées. • • • Pour éviter les réactions croisées à des cibles très proches (organismes ou pseudogènes proches), utilisez des outils bio-informatiques pour protéger les amorces et sondes potentielles. Utilisez la fonction BLAST du logiciel adapté pour les protéger contre les réactions croisées générales (notamment avec d'autres séquences à l'intérieur du génome humain). Vérifiez tous les oligonucléotides susceptibles de générer une réaction croisée. Réalisez une analyse BLAST selon la base de données de séquences appropriée dans le dosage en cours d'élaboration. Dans le cas d'un dosage multiplex, vérifiez les cibles multiplexes pouvant faire l'objet d'une coamplification grâce aux cibles initiales. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Les approches suivantes vous permettent de réduire les effets indésirables des mésappariements. 86 Amorce et sonde Test multiplex 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Lors de l'exécution de tests multiplex, la spécificité de détection est importante au niveau du fluorophore unique car il est capital que le signal détecté soit généré spécifiquement à partir de la chimie de détection et non à partir de sources alternatives. Le phénomène dit de « crosstalk » en est un exemple significatif. Il survient lors de réactions multiplex lorsque le signal provenant d'un fluorophore est détecté comme signal provenant de l'autre fluorophore dans le cadre de la réaction. Le cobas omni Utility Channel IVD comprend une compensation crosstalk entre tous les canaux de détection qui élimine le crosstalk indésirable. L'efficacité de la compensation crosstalk peut varier en fonction de la chimie du fluorophore et il est possible que des phénomènes de crosstalk résiduels persistent. Si un signal indésirable est émis, il est possible de l'éliminer en augmentant la sensibilité (valeur de RFI min). u Sujets connexes • Test multiplex (101) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 87 Profil de PCR Le logiciel de canal utilitaire autorise les profils de PCR d'une durée maximale de trois heures, à des températures comprises entre 55 °C et 95 °C et avec un nombre de phases ajustable pour la pré-PCR, la 1ère mesure Le logiciel de canal de mesure fournit un profil de PCR standardisé avec la possibilité de modifier certains paramètres (voir tableaux ci-dessous). u Annexe 1 : Exemples de profils de PCR (104) Si une validation de contrôle interne est requise par les cobas® 6800/8800 Systems, ne modifiez pas le profil de pré-PCR. q Pour permettre 50 cycles avec des paramètres identiques, alignez les paramètres pour la 1ère et la 2nde mesure. q Les performances de validation de contrôle interne ont été optimisées dans le profil de PCR par défaut fourni par le logiciel de canal utilitaire de même que dans les échantillons de plasma/sérum. La fonctionnalité du contrôle interne peut être perturbée en cas de modifications apportées aux paramètres de profil de PCR ou si d'autres échantillons sont utilisés. L'utilisateur peut choisir d'activer la validation de la cible en fonction du résultat de contrôle interne. Nb de cycles Nb de phases Incubation UNG Phase de pré-PCR 1ère mesure 2nde mesure Refroidissement Prédéfini 1 5 45 Prédéfini 3 2 2 Température 55 °C 60 °C 65 °C 95 °C 55 °C 91 °C 58 °C Temps de rétention 120 s 360 s 240 s 5 s 30 s 5s 25 s Acquisition des données Aucune Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle y Profil de PCR par défaut pour le cobas omni Utility Channel IVD fourni par le logiciel de canal utilitaire Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire (5 cycles) et la 2nde mesure (45 cycles). La première et la deuxième mesure permettent la création de profils de PCR pour ajuster la sensibilité ou la spécificité de la réaction. 88 Profil de PCR Phase de pré-PCR* 1ère mesure* 2nde mesure* Nb de cycles 1 5 45 N° d'intervalle de températures 1 à 10 2 ou 3 2 ou 3 55-95 °C (par phase) 55-95 °C (par phase) 55-95 °C (par phase) ≥0s (par phase) ≥0s (par phase) ≥0s (par phase) Aucune Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle Incubation UNG Plage de températures Ne peut pas être modifiée Temps de rétention(1) Acquisition des données Refroidissement Ne peut pas être modifié * Les paramètres indiqués en gras ne peuvent pas être modifiés dans les plages données 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire y Plage de profil de PCR pour le cobas omni Utility Channel IVD (1) La durée totale de la PCR, incubation UNG et refroidissement inclus, ne peut dépasser 10 800 s. Si une modification de profil de PCR est nécessaire, suivez les recommandations ci-après : • • • • • Caractéristique du test ou de la séquence cible Si le contrôle interne du cobas omni Utility Channel IVD doit être utilisé, ne modifiez pas le programme de pré-PCR. Maintenez les durées de dénaturation réduites et les températures de dénaturation les plus basses possible. Choisissez la température d'hybridation selon la température de fonte de l'amorce et les exigences du test en termes de spécificité. Choisissez une durée d'extension en fonction de la longueur de la séquence cible à amplifier Vous trouverez ci-dessous davantage de consignes pour modifier les paramètres de profil de PCR : Suggestions de modification de profil de PCR Teneur en GC élevée o o o Température de dénaturation plus élevée Température plus élevée de transcription inverse Inclusion de bases modifiées visant à déstabiliser l'hybridation des amorces et des sondes Faible teneur en GC o o o Température de dénaturation plus faible Température plus basse de transcription inverse Inclusion de bases modifiées visant à stabiliser l'hybridation des amorces et des sondes y Modification de paramètres de profil de PCR Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Suggestions de modification de profil de PCR Amplicon long o Durée d'extension plus importante Haute spécificité requise (par exemple génotype rare) o o o o o o o Test plus rigoureux que tolérant Température d'hybridation la plus haute possible Durée d'hybridation la plus courte possible Durée d'extension la plus courte possible Température d'extension la plus haute possible Durée de transcription inverse la plus courte possible Température de transcription inverse la plus haute possible Faible spécificité requise (importance de l'inclusion) o o o o o o Température d'hybridation la plus basse possible Durée d'hybridation la plus longue possible Durée d'extension la plus longue possible Température d'extension la plus basse possible Durée de transcription inverse la plus longue possible Température de transcription inverse la plus basse possible y Modification de paramètres de profil de PCR Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Caractéristique du test ou de la séquence cible 89 90 Contrôles Contrôles Dans l'idéal, chaque cible doit avoir un jeu de contrôles spécifique (à la fois positifs et négatifs) utilisés lors de chaque run d'un test défini par l'utilisateur. De plus, un contrôle interne est fourni par Roche avec la cobas omni Utility Channel Reagent Cassette. Un contrôle négatif est également fourni par Roche (cobas® Buffer Negative Control Kit). 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Pour respecter les recommandations, l'utilisateur doit fournir le matériel de contrôle positif. q Les contrôles positifs peuvent être ajoutés en tant qu'échantillons. Utilisez un code-barres approprié. Contrôle interne Le contrôle interne du cobas omni Utility Channel IVD est utilisé comme contrôle de procédure. Sa séquence d'ARN non humaine a été sélectionnée pour réduire au maximum les interférences avec les amorces et les sondes spécifiques aux cibles humaines, virales ou bactériennes. q Les performances de validation de contrôle interne ont été optimisées dans le profil de PCR par défaut fourni par le logiciel de canal utilitaire de même que dans les échantillons de plasma/sérum. La fonctionnalité du contrôle interne peut être perturbée en cas de modifications apportées aux paramètres de profil de PCR ou si d'autres échantillons sont utilisés. C'est le cas en particulier pour la phase de pré-PCR, requise pour la transcription d’ARN du contrôle interne. L'utilisateur peut choisir d'activer la validation de la cible en fonction du résultat de contrôle interne. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 91 Des critères de validité peuvent être définis pour le contrôle interne concernant la plage de Ct attendue et la valeur de RFI minimale attendue. La valeur par défaut pour la valeur de RFI minimale est de 2,5. Pour les données concernant les performances de contrôle interne dans des échantillons à base de plasma, effectuez un run avec le profil de PCR par défaut fourni par le logiciel de canal utilitaire. u Augmentation relative de la fluorescence (84) u Courbes de croissance du contrôle interne testé avec 3 lots de réactifs différents w (102) • Test multiplex (101) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire u Sujets connexes 92 Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel Les sections suivantes sont organisées en fonction d'une série de décisions recommandée, devant être prises de façon progressive afin d'établir la faisabilité et de fixer la conception de test (voir tableau ci-dessous). Nous abordons ici des stratégies d'optimisation de test qualitatif de PCR en temps réel. Nous mettons l'accent en particulier sur la sélection d'une chimie d'amorce et de sonde appropriée et sur l'optimisation des concentrations d'amorce et de sonde à l'aide du réactif de master mix 2. Phase Description Activités 1 Conception des oligonucléotides et détermination de la faisabilité o o o o Conception d'amorce et de sonde pour le test Configuration de contrôles externes Détermination d'une concentration initiale d'amorce et de sonde Détermination de la faisabilité du test 2 Optimisation et définition des concentrations o Optimisation et définition des concentrations d'amorce et de sonde Utilisation de différents lots d’amorce et de sondes pour l’optimisation Optimisation et définition des paramètres de profil de PCR si nécessaire Démonstration de respect des exigences du produit Finalisation de l’optimisation de test par un run de performances sur cobas® 6800/8800 avec une série de dilutions o o o o 3 Finalisation de la conception à partir d'études d'établissement de valeurs limites o Établissement de tolérances de test à partir d'expériences de valeurs limites y Aperçu des activités de développement q Pour visualiser les résultats au cours de la phase d'optimisation, utilisez le logiciel d'optimisation. u Logiciel d'optimisation (53) Dans cette partie À propos du kit d’optimisation (93) Amorce et sonde (94) Optimisation du test (98) Performances de test (99) Performances de contrôle interne (101) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 93 À propos du kit d’optimisation Un kit d'optimisation optionnel est disponible pour les premières étapes de développement sur d'autres Le cobas omni Optimization Kit contient le réactif de master mix 1 et le réactif de master mix 2, tels qu’utilisés dans la cassette cobas omni Utility Channel Reagent. Le kit d'optimisation peut être utilisé sur des thermocycleurs dotés de capacités de détection fluorescente au cours des phases de développement de test primaires, avant la validation du test avec le canal utilitaire sur les cobas® 6800/8800 Systems. Les étapes d’incubation et de refroidissement ainsi que les vitesses de chauffage et de refroidissement ne peuvent pas être modifiées dans le canal utilitaire pour les cobas® 6800/8800 Systems. Pour imiter fidèlement la procédure effectuée avec le canal utilitaire sur les cobas® 6800/8800 Systems, il est recommandé d’utiliser les paramètres suivants : • • • • • Un programme de PCR commençant par une étape d’incubation (2 min à 50 °C, 5 s à 94 °C). - Remarque : si le contrôle interne du canal utilitaire doit être utilisé, cette étape doit être suivie d'un pré-programme de PCR (55 °C pendant 120 s, 60 °C pendant 360 s, 65 °C pendant 240 s). Un programme de PCR se terminant par une étape de refroidissement (40 °C pendant 60 s). Un programme de PCR avec des vitesses de chauffage de 4,4 °C/s. Un programme de PCR avec des vitesses de refroidissement de 2,2 °C/s. Une réaction de PCR contenant : Éluat 27 μL Réactif de master mix 1 10 μL Réactif de master mix 2 préparé 15 μL Volume total 52 μL y Réactif de master mix 2 préparé Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire systèmes que la plateforme des cobas® 6800/8800 Systems. 94 Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel Amorce et sonde Pour commencer, évaluez une faible quantité d'oligonucléotides candidats et déterminez la meilleure combinaison d'amorce et de sonde en termes de performances de manière expérimentale. 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Pour assurer une performance optimale, il est préférable de concevoir des dosages multiplex dès le départ (compatibilité avec le même MMx et conditions du profil de cycle thermique, pour éviter les interactions d'oligonucléotides indésirables). Pour développer un dosage cible unique existant de façon à ce qu'il couvre des cibles multiples, utilisez des simulations informatiques adaptées. La nouvelle cible s'ajoute à la cible et aux oligonucléotides existants également inclus. Si vous souhaitez combiner 2 dosages uniplex existants, il est possible de produire une co-simulation des oligonucléotides et des cibles permettant de déceler une hybridation croisée susceptible d'avoir un impact sur les performances. Si besoin, adaptez vos amorces et sondes. Lors des tests de séries d'oligonucléotides candidats, veillez à évaluer la sonde et l'amorce à des concentrations différentes, les performances du test étant susceptibles de varier selon la concentration. Ajoutez une conception d'expérience (DOE) pour l'optimisation d'amorce et de sonde. u Suggestions de concentrations de test pour amorce et sonde y (81) Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher Pour les fluorophores détectables par le logiciel de canal utilitaire, référez-vous au tableau suivant : u Longueurs d'onde d'excitation et d'émission sur les cobas® 6800/8800 Systems (83) D'autres fluorophores avec une émission similaire sont également détectés mais peuvent provoquer des niveaux de fluorescence différents ou une forte incidence de crosstalk dans le cadre de tests multiplex. u Longueurs d'onde d'excitation et d'émission sur les cobas® 6800/8800 Systems y (83) u Fluorophores HEX et Sima-dT détectés au niveau du canal 3 sur les cobas® 6800/8800 Systems w (95) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 95 Il est important de s'assurer que le fluorophore rapporteur et le fluorophore quencher sont compatibles. Lors de la conception de réactions multiplex, l'incidence du phénomène de crosstalk doit être minimisée. Les suppresseurs foncés offrent l'avantage de ne pas produire de fluorescence native et de réduire la fluorescence de fond. Les suppresseurs peuvent également être placés en interne et ainsi positionnés plus près du fluorophore lié. u Plages de fluorophore quencher (83) u Annexe 2 : Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet (105) La figure ci-dessous montre comment les suppresseurs internes ont permis d'obtenir le signal le plus fort et le plus clair lorsqu'ils sont utilisés avec le cobas omni Utility Channel IVD. w Fluorophores HEX et Sima-dT détectés au niveau du canal 3 sur les cobas® 6800/8800 Systems w Effet des différentes positions de suppresseur sur les niveaux de fluorescence et la hauteur du signal Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire u Références (103) 96 Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel Amorces et sondes manquantes 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Si les amorces et les sondes ne sont pas ajoutées au master mix R2 pour la détection des cibles, les courbes dans le logiciel d'optimisation présentent du bruit. Exemple de graphique avec une ligne de base perturbée par du bruit : À titre comparatif, le graphique suivant présente une courbe de croissance normale (résultat positif, cible non détectée) : Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 97 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 98 Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel Optimisation du test Dans cette partie À propos de l’optimisation du test (98) Concentration d'amorce et de sonde (98) Paramètres de profil de PCR (99) 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire À propos de l’optimisation du test Une optimisation du test peut être nécessaire pour obtenir un dosage robuste et sensible. Pour l’optimisation, certains paramètres peuvent être adaptés, comme les séquences d’amorce et de sonde, l’association de fluorophores par paires, les positions de suppresseur, la concentration d’amorce et de sonde ou le profil de PCR. Concentration d'amorce et de sonde Pour évaluer la concentration d'amorce et de sonde, choisissez une ou deux concentrations de cible pour lesquelles un signal puissant est attendu. Vous pouvez augmenter la spécificité du test en réduisant la concentration d’amorce et de sonde. u Amorce et sonde (79) Les chiffres ci-dessous indiquent le potentiel d’augmentation des performances de test en termes de valeur de Ct et de signal de fluorescence lors de l’optimisation de concentrations d’amorce et de sonde. L’optimisation de la spécificité d’amorce et de sonde ne correspondait pas uniquement à la réduction de leur concentration mais également au passage de concentrations équilibrées à des concentrations déséquilibrées d’amorces. La concentration de l’amorce sens a été augmentée et la concentration de l’amorce antisens a été réduite. w Augmentation des performances du test par l'optimisation des concentrations d'amorce et de sonde Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 99 Paramètres de profil de PCR À partir des performances du test, il peut être nécessaire de modifier le profil de PCR pour améliorer les caractéristiques de performances d'un test. Dans ce cas, vous trouverez dans les tableaux ci-dessous des instructions pour modifier le profil de PCR afin d'améliorer les performances : u Profil de PCR par défaut pour le cobas omni Utility Channel IVD fourni par le logiciel de canal utilitaire y (87) u Modification de paramètres de profil de PCR y (88) q Si vous supprimez l’étape de transcription inverse de la phase de pré-PCR pour les cibles d'ADN, le signal de contrôle interne est perdu, le contrôle interne étant composé d’ARN. Performances de test Après la conception d'un test, il est nécessaire d'établir les principales caractéristiques de performances du test. Cette section fournit des suggestions d'estimation des performances de test. Dans cette partie Courbe de croissance standard et efficacité de la PCR (100) Test multiplex (101) Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire u Plage de profil de PCR pour le cobas omni Utility Channel IVD y (88) 100 Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Courbe de croissance standard et efficacité de la PCR Une courbe standard, générée par une PCR en temps réel avec la dilution en série d'un modèle, est un excellent outil pour tester l'efficacité, la précision, la sensibilité et la plage de travail. Préparez au moins trois, de préférence cinq ou plus, dilutions en série de 10x à partir d'un échantillon d'ADN ou d'ARN contenant la cible. Réalisez la PCR en temps réel avec toutes les dilutions et à l'aide d'un contrôle autre qu'un modèle, sur la base de concentrations d'amorce et de sonde préalablement optimisées. Préparez un tracé de valeurs de Ct par rapport au journal de niveau d'entrée d'acides nucléiques et effectuez une régression linéaire. Calculez l'efficacité de la réaction à partir de la pente de la ligne à l'aide de l'équation ci-dessous : z Efficiency = 10 – 1 m – 1 3 • m = pente1 Si la PCR est 100 % efficace, la quantité d'amplicon double avec chaque cycle et la pente de la courbe de croissance standard est de –3,33 (100 = 100 % = 10 (–1/–3,33) -1). Une pente entre –3,9 et –3,0 (80-110 % d'efficacité) est généralement considérée comme acceptable. Le coefficient de corrélation linéaire, R2, est une mesure permettant d'évaluer la pertinence des données par rapport au modèle et par rapport à une droite sur l'ensemble de la plage du test. w Courbe standard de test HEX Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 101 Test multiplex Après la sélection des concentrations de sonde, la matrice de crosstalk doit être vérifiée afin de s'assurer que les concentrations finales de sonde sélectionnées n'ont pas d'effets défavorables sur les canaux adjacents. Pour vérifier l'absence de phénomène de crosstalk d'un canal à un autre, analysez les échantillons contenant une cible unique dans une concentration de sorte qu'une valeur de Ct d'environ 20 - 30 soit atteinte. Vérifiez qu'aucun signal n'est détecté dans le canal adjacent. Si le phénomène de crosstalk se produit bien d'un canal à l'autre, il est possible d'éviter les signaux faussement positifs en introduisant une valeur de RFI minimale (RFI min) pour le canal cible concerné, ou en réduisant la concentration de la sonde choisie. Pour vérifier qu'il ne se produise aucun effet de crosstalk entre les puits, combinez des échantillons positifs et négatifs sur une même plaque. Performances de contrôle interne Au besoin, la plage de validité pour le contrôle interne peut être adaptée pour chaque test. Les résultats résumés dans les figures ci-dessous indiquent les performances de contrôle interne attendues dans des réactions non inhibitrices. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire w Courbe standard de test YAK 102 Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire w Courbes de croissance du contrôle interne testé avec 3 lots de réactifs différents Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 103 Références Titre du document Manuel de l'utilisateur des cobas® 6800/8800 Systems PCR Application Manual 3rd Edition de Roche Saunders, Nick A. and Lee, Martin A., Real-Time PCR: Advanced Technologies and Applications, 2014. https://www.genscript.com/ssl-bin/app/primer https://www.idtdna.com/scitools/Applications/RealTimePCR/ http://simgene.com/Primer3 y Références dans cette publication Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire http://www.gene-quantification.de/ 104 Annexe 1 : Exemples de profils de PCR Annexe 1 : Exemples de profils de PCR Profil de PCR en 3 phases pour la 1ère et la 2nde mesures 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Nb de cycles Exemple de profil de PCR pour l’amélioration de la sensibilité et de la spécificité. Il s’agit du profil de PCR par défaut. Incubation UNG Étape de transcription inverse 1ère mesure 2nde mesure Refroidissement Prédéfini Prédéfini 1 5 45 Nb de phases 3 3 3 Température 55 °C 60 °C 65 °C 95 °C 55 °C 72 °C 91 °C 58 °C 72 °C Temps de rétention 120 s 360 s 240 s 5 s Acquisition des données Aucune 10 s 30 s 5s 10 s 30 s Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle y Exemple de profil de PCR en 3 phases pour la 1ère et la 2nde mesures Profil de PCR sans phase de transcription inverse Nb de cycles Exemple de PCR pour l’amplification d’une cible d'ADN. Sans l’étape de transcription inverse, le signal pour le contrôle interne à base d'ARN n'est pas détecté. Incubation UNG Étape de transcription inverse 1ère mesure 2nde mesure Refroidissement Prédéfini 1 5 45 Prédéfini 3 Nb de phases 1 3 Température 95 °C 95 °C 55 °C 72 °C 91 °C 58 °C 72 °C Temps de rétention 0s 5s Acquisition des données Aucune Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle 10 s 30 s 5s 10 s 30 s y Exemple de profil de PCR sans phase de transcription inverse Profil de PCR avec paramètres identiques Nb de cycles Exemple de profil de PCR avec paramètres identiques pour l'ensemble des 50 cycles. Si l’optimisation de la sensibilité et de la spécificité dans les 2 mesures séparées n'est pas nécessaire, définissez des paramètres identiques pour les deux mesures. Incubation UNG Étape de transcription inverse 1ère mesure 2nde mesure Refroidissement Prédéfini Prédéfini 1 5 45 Nb de phases 1 3 3 Température 95 °C 95 °C 55 °C 72 °C 95 °C 55 °C 72 °C Temps de rétention 0s 5s Acquisition des données Aucune Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle 10 s 30 s 5s 10 s 30 s y Exemple de profil de PCR avec paramètres identiques pour l'ensemble des 50 cycles Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 105 Logiciel Systèmes d'exploitation Disponible à l'adresse NCBI En ligne http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Blast En ligne http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi GenScript En ligne https://www.genscript.com/ssl-bin/app/primer Integrated DNA technologies En ligne http://www.idtdna.com/Primerquest/Home/Index Primer3 En ligne http://simgene.com/Primer3 y Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire Annexe 2 : Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet Annexe 2 : Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet 3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire 106 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 107 Table des matières Installation du logiciel Dans ce chapitre 4 4 Installation du logiciel de canal utilitaire. . . . . . . . . . . 109 4 Installation du logiciel Installation du logiciel d'optimisation. . . . . . . . . . . . . . 112 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 108 4 Installation du logiciel Table des matières Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Installation du logiciel 109 Installation du logiciel de canal utilitaire Suivez cette procédure pour installer le logiciel de canal utilitaire sur votre PC. Configuration système La configuration système requise pour le logiciel de canal utilitaire est la suivante : Composant Matériel Spécification PC Port USB Système d'exploitation Microsoft Windows 7 ou supérieur (32 bits ou 64 bits) Les ports TCP suivants doivent être disponibles : 80, 4510 Navigateur Microsoft Internet Explorer 8 ou supérieur Mode FIPS Désactivé Microsoft NET-Framework Version 4.5.2 ou supérieure Microsoft Silverlight Version 5 ou supérieure Format de langue et de paramètres régionaux Le caractère « . » doit être utilisé comme décimale (point). Il est fortement recommandé de paramétrer la langue sur Anglais (États-Unis) sur l'ordinateur hôte. Sinon, le bouton Publish est inactif. Dispositif de lecture/écriture RFID prise en charge ELATEC TWN3 Legic NFC USB V3.12/4.35 Go j m Avant d'installer le logiciel, copiez les programmes d'installation sur votre PC. r Pour installer le logiciel 1 1 Double-cliquez sur l'un des fichiers d'installation suivants : • Pour la version 32 bits : RocheUCT.msi • Pour la version 64 bits : RocheUCT64.msi Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 4 Installation du logiciel y Configuration système 110 Installation du logiciel de canal utilitaire 2 3 4 Installation du logiciel 4 5 2 Dans la boîte de dialogue de bienvenue, sélectionnez le bouton Suivant. 3 Dans la boîte de dialogue de contrat de licence d’utilisateur final, cochez la case et sélectionnez le bouton Suivant. 4 Dans la boîte de dialogue de préparation à l’installation, sélectionnez le bouton Install. 5 Dans la boîte de dialogue User Account Control, confirmez que le programme d'installation peut apporter des modifications au système en sélectionnant le bouton Yes. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Installation du logiciel 6 Dans la boîte de dialogue d’information sur le dispositif de lecture/écriture RFID, sélectionnez le bouton OK. 7 7 Dans la boîte de dialogue finale, sélectionnez le bouton Finish. 8 8 Connectez le dispositif de lecture/écriture RFID à un port USB libre. 9 9 Vous pouvez lancer le logiciel de canal utilitaire de l'une des manières suivantes : • Sur le bureau, double-cliquez sur le raccourci : cobas omni Utility Channel Tool xx.yy.zz.vvv • Dans le menu de démarrage, choisissez All Programs > Roche Diagnostics > cobas omni Utility Channel Tool xx.yy.zz.vvv > cobas omni Utility Channel Tool 10 Si le logiciel de canal utilitaire est installé sur plusieurs PC différents, vérifiez que le dossier suivant contient bien différents fichiers sur chaque PC (par exemple en supprimant une partie des fichiers) : C:\ProgramData\Roche Diagnostics\cobas omni Utility Channel Tool\RuntimeDLLs Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 4 Installation du logiciel 6 111 112 Installation du logiciel d'optimisation Installation du logiciel d'optimisation Suivez cette procédure pour installer le logiciel d'optimisation sur votre PC. Configuration système La configuration système requise pour le logiciel d'optimisation est la suivante : Composant Spécification Système d'exploitation Microsoft Windows 7 ou supérieur (32 bits ou 64 bits) Microsoft NET-Framework Version 4,5 ou supérieure Format de langue et de paramètres régionaux Le caractère « . » doit être utilisé comme décimale (point). Il est fortement recommandé de paramétrer la langue sur Anglais (États-Unis) sur l'ordinateur hôte. y Configuration système d m CD cobas omni Optimization Tool r Pour installer le logiciel d'optimisation 1 2 Sélectionnez le bouton Install. 4 Installation du logiciel 2 1 Insérez le CD cobas omni Optimization Tool dans le lecteur de CD et double-cliquez sur le fichier setup.exe. I Suivez les instructions de l'assistant d'installation. Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Installation du logiciel 3 4 Sélectionnez le bouton Next. 4 Cochez la case I accept the terms in the License Agreement, puis sélectionnez le bouton Next. 5 Sélectionnez le bouton Install. 4 Installation du logiciel 5 3 113 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 114 Installation du logiciel d'optimisation 6 Une fois l'installation terminée, sélectionnez le bouton Finish. f Le raccourci suivant vers le logiciel d'optimisation a été créé sur votre bureau. 4 Installation du logiciel 6 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Index Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Index 117 Index AFI (Absolute Fluorescence Increase ou augmentation absolue de la fluorescence), 83 Amorce, 79, 80 Amorce et sonde, 94 Avertissement sur les captures d'écran, 2 Avis de non-responsabilité, 78 – nom, 21 – réinstallation, 37 Fichiers d'analyse CU publiés – création à partir de, 28 – ouverture pour écriture, 29 Fluorophore, 83 Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher, 94 Flux de travail principal, 17 C G Canal utilitaire – panneaux, 20, 56 Cassette de réactifs, 20 – préparation, 45 – remplissage, 42 Classification de sécurité, 10 cobas omni Utility Channel Reagents, 39 Colorants pris en charge, 24, 64 Concentration d'amorce et de sonde, 98 Conception de sonde, 82 Conception de test – recommandations, 77 Connexion à distance, 34 Contact, 5 Conventions utilisées dans cette publication, 9 – abréviations, 10 – symboles, 9 Coordonnées, 5 Copyright, 3 Courbe standard, 100 Création de fichiers d'analyse CU, 20 Garantie, 2 D Définition et modification de fichiers d'analyse CU, 23 Dénomination – unique, 21 Données brutes – chargement de fichiers, 61 – suppression de données, 61 – suppression de fichiers, 61 H Historique des révisions, 2 Homologations de l'instrument, 4 I Importation de fichiers d'analyse CU – via une connexion à distance, 34 Interface utilisateur, 20 Intervalle de températures, 24 K Kit d'optimisation, 93 L Limite de Ct, 24, 64 Logiciels système, 19 Logiciels système compatibles, 19 M Marques commerciales, 3 Master mix – préparation, 40 E N Échantillons, 23 Exactitude/précision des résultats mesurés, 40 Notice d'édition, 2 F Fichiers d'analyse CU, 20 – création, 28 – désinstallation, 36 O Oligonucléotide, 94 Optimisation du test, 98 Outil d'optimisation – affichage des résultats, 63 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0 Index A 118 Index – confirmation de cible positive, 64 – création de session, 61, 66 – démarrage du logiciel, 61 – données brutes, 61 – réglage des paramètres, 64 – sensibilité du canal, 64 – validation de contrôle interne, 64 – vérification des données brutes, 63 Outil d'ouverture – enregistrement d’une session, 66 – modification du nom d’une session, 66 – options de souris, 69 – ouverture d’une session, 67 – personnalisation d’un schéma, 69 Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié, 21 Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés en vue de l'écriture sur la puce RFID, 29 Ouverture de l'outil d'optimisation, 61 U Usage prévu, 9 Utility channel tool, 20 V Visualisation des tests, 84 Volume de traitement, 23 P Paramètre, 20 Paramètres de PCR, 24, 64 Paramètres de profil de PCR, 99 Performances de contrôle interne, 101 Performances de test, 99 Plage de températures, 24 Profil de PCR, 20 Profil de pipetage, 23 R Remarques, 4 RFI (Relative Fluorescence Increase ou augmentation relative de la fluorescence), 83 RFID – lecture/écriture, 31 S Sensibilité, 24, 64 Sonde, 79, 81 Spécifications de l'équipement radioélectrique, 31 Suppresseur, 83 Système – configuration, 109, 112 Index T Temps de rétention, 24 Test de canal utilitaire – réalisation, 47 Test de PCR, 92 – exemple d'optimisation, 92 Test multiplex, 86, 101 Roche Diagnostics canal utilitaire DIV cobas omni · Outil canal utilitaire, version du logiciel 3.1 · Assistance Utilisateur · Version 2.0