cobas 8800 | Roche cobas 6800 Manuel utilisateur

cobas omni Utility Channel IVD
Assistance Utilisateur version 1.0
Logiciel de canal utilitaire, version 3.0
Logiciel d'optimisation, version 3.0
2
Informations sur la publication
Version de la
publication
1.0
Version logicielle
Date de révision
Description de la modification
3.0
Juillet 2015
Première version
y Historique des révisions
Notice d'édition
Cette publication est destinée aux opérateurs des
cobas omni Utility Channel.
Tout a été mis en œuvre pour que les informations
contenues dans ce document soient correctes au
moment de la publication. Toutefois, le fabricant de ce
produit pourrait devoir mettre à jour les informations
contenues dans ce document à la suite des activités de
surveillance des produits, ce qui donnerait lieu à une
nouvelle version du document.
!
Remarque de sécurité générale
Pour éviter d'obtenir des résultats incorrects, prenez soin
de bien connaître les instructions et les informations de
sécurité.
r Soyez particulièrement attentif aux mises en garde de
sécurité.
r Suivez toujours les instructions contenues dans ce
document.
r N'utilisez pas le logiciel d'une façon non décrite dans
ce document.
r Conservez tous les documents dans un endroit sûr et
facile d'accès.
Formation
N'effectuez aucune tâche d'opérateur ou opération de
maintenance sans y avoir été formé au préalable par
Roche Diagnostics. Les tâches qui ne sont pas décrites
dans la documentation utilisateur sont réservées aux
représentants Roche Service.
Captures d'écran
Les captures d'écran de cette publication ont été ajoutées
exclusivement à des fins d'illustration. Les données
configurables et variables telles que les tests, résultats et
noms de chemin d'accès, visibles dans ce document, ne
doivent pas être utilisées en laboratoire.
Garantie
Toute modification du système effectuée par le client met
fin à la garantie ou au contrat de service.
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3
Pour connaître les conditions de garantie, veuillez
contacter votre représentant commercial local ou votre
partenaire de contrat de garantie.
Les mises à jour logicielles doivent toujours être
effectuées par ou avec l'assistance d'un représentant
Roche Service.
Copyright
© 2015-2017, F. Hoffmann-La Roche Ltd. Tous droits
réservés.
Informations de licence
Les logiciels cobas omni Utility Channel Tool et
cobas omni Optimization Tool sont régis par le droit
contractuel et sont protégés par les lois sur les droits
d'auteurs et les traités internationaux. L'utilisation des
logiciels cobas omni Utility Channel Tool et cobas omni
Optimization Tool est régie par un accord de licence entre
F. Hoffmann-La Roche Ltd. et l'utilisateur final. Seuls les
utilisateurs autorisés peuvent avoir accès aux logiciels et
les utiliser. Une utilisation et une distribution non
autorisées sont passibles d'actions civiles et de poursuites
pénales.
Logiciels libres et commerciaux
Les logiciels cobas omni Utility Channel Tool et
cobas omni Optimization Tool peuvent inclure des
composants ou modules de logiciels libres ou
commerciaux. Pour plus d'informations sur la propriété
intellectuelle et d'autres avertissements, ainsi que sur les
licences relatives aux programmes logiciels inclus dans
les logiciels cobas omni Utility Channel Tool et
cobas omni Optimization Tool, reportez-vous à la
documentation fournie avec ce produit au format
électronique.
Ces logiciels libres et commerciaux et les logiciels
cobas omni Utility Channel Tool et cobas omni
Optimization Tool dans leur ensemble peuvent constituer
un dispositif soumis aux dispositions légales. Pour plus
d'informations, consultez le manuel d'utilisation et
reportez-vous aux étiquettes.
Veuillez noter qu'en cas de modifications non autorisées
apportées aux logiciels cobas omni Utility Channel Tool
et cobas omni Optimization Tool, l'autorisation n'est plus
valide selon la législation correspondante.
Marques commerciales
Les marques commerciales suivantes sont reconnues :
COBAS, COBAS OMNI, TAQMAN, AMPERASE et LIFE
NEEDS ANSWERS sont des marques commerciales de
Roche.
Toutes les autres marques commerciales appartiennent à
leurs propriétaires respectifs.
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4
Remarques
Tout a été mis en œuvre pour que cette publication
corresponde à l'usage prévu. Toute remarque concernant
un des aspects de cette publication est la bienvenue et
sera prise en compte au cours des mises à jour. Veuillez
contacter votre représentant Roche si vous avez des
remarques.
Homologations
cobas omni Utility Channel Reagent Kit
Le logiciel cobas omni Utility Channel Reagent Kit
répond aux exigences décrites dans les directives
suivantes :
Directive 98/79/CE du Parlement européen et du Conseil
du 27 octobre 1998 relative aux dispositifs médicaux de
diagnostic in vitro.
Le respect de la conformité est démontré par les marques
suivantes :
IVD
Pour une utilisation de diagnostic in vitro.
Conformité avec la directive DIV 98/79/CE.
La déclaration de conformité prouve la conformité à ces
directives.
Dispositif de lecture/écriture RFID
Le dispositif de lecture/écriture RFID fourni avec le
cobas omni Utility Channel répond aux exigences
décrites dans la directive suivante :
Directive 2014/53/UE du Parlement européen et du
Conseil du 16 avril 2014 relative à l’harmonisation des
législations des États membres concernant la mise à
disposition sur le marché d’équipements radioélectriques
et abrogeant la directive 1999/5/CE.
Le respect de la conformité est démontré par les marques
suivantes :
Conforme à la directive 2014/53/CE concernant les
équipement radioélectriques
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5
La déclaration de conformité prouve la conformité à ces
directives. Pour afficher la déclaration de conformité
2014/53/CE en intégralité, rendez-vous sur le site Web
international Roche DiaLog (https://dialog1.roche.com/)
et sélectionnez le lien eLabDoc. Si vous ne parvenez pas
à accéder à Roche DiaLog, contactez votre représentant
service Roche.
Coordonnées
Roche Diagnostics GmbH
Sandhofer Strasse 116
68305 Mannheim
Allemagne
Fabriqué en Suisse
Distribué aux États-Unis par :
Roche Diagnostics
9115 Hague Road
Indianapolis
Indiana
États-Unis
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6
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Table des matières
Table des matières
Informations sur la publication
Coordonnées
Table des matières
Usage prévu
Symboles et abréviations
Classifications de sécurité
Informations de sécurité
2
5
7
9
9
10
12
Opération
1 Opération
Flux de travail
Logiciel de canal utilitaire
Dispositif de lecture/écriture RFID
Installation de fichiers d'analyse CU sur le
système
Préparation des cassettes de réactifs
Réalisation et affichage des tests
17
19
31
34
39
47
Logiciel d'optimisation
2 Logiciel d'optimisation
À propos du logiciel d'optimisation
À propos de l'interface utilisateur du logiciel
d'optimisation
Flux de travail
Utilisation du logiciel d'optimisation
55
56
58
60
Annexe
3 Consignes pour l'exécution de tests avec
canal utilitaire
Recommandations pour la conception de
test
Avis de non-responsabilité
Amorce et sonde
Profil de PCR
Contrôles
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en
temps réel
Références
Annexe 1 : Exemples de profils de PCR
Annexe 2 : Programmes logiciels de
conception d'amorce disponibles sur
Internet
77
78
79
87
90
92
103
104
105
4 Installation du logiciel
Installation du logiciel de canal utilitaire
Installation du logiciel d'optimisation
109
112
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Index
Index
117
7
8
Table des matières
Roche Diagnostics
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9
Usage prévu
La suite de produits cobas omni Utility Channel est
destinée à être utilisée avec la fonctionnalité de canal
utilitaire des cobas® 6800/8800 Systems.
Symboles et abréviations
Noms de produits
À moins que le contexte ne s'y oppose clairement, les
noms de produits et abréviations suivants sont utilisés :
Nom du produit
Abréviation
cobas 6800/8800 Systems
système
cobas® Buffer Negative
Control Kit
contrôle négatif
cobas omni Optimization Kit
kit d'optimisation
Outil cobas omni Utility
Channel
logiciel de canal utilitaire
cobas omni Utility Channel
Reagent Kit
kit de réactifs
cobas omni Utility Channel
Master Mix Reagent 2
réactif de master mix 2
cobas omni Optimization
Tool
logiciel d'optimisation
Master Mix Reagent 1
réactif de master mix 1
®
y Noms de produits
Symboles utilisés dans cette publication
Symbole
Explication
o
Élément d'une liste
u
Thèmes liés contenant de plus amples
informations
q
Conseil. Informations supplémentaires sur
l'utilisation correcte ou astuces utiles.
r
Début d'une tâche
I
Informations supplémentaires dans une tâche
f
Résultat d’une action dans une tâche.
c
Fréquence d’une tâche.
n
Durée d’une tâche.
d
Matériels requis pour une tâche.
j
Prérequis d’une tâche.
u
Thème. Utilisé dans les références croisées
vers les thèmes.
p
Tâche. Utilisé dans les références croisées
vers les tâches.
w
Figure. Utilisé dans les titres des figures et les
références croisées vers les figures.
y Symboles utilisés dans cette publication
Roche Diagnostics
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10
Symbole
Explication
y
Tableau. Utilisé dans les titres des tableaux et
les références croisées vers les tableaux.
z
Équation. Utilisé dans les références croisées
vers les équations.
k
Exemple de code. Utilisé dans les titres des
codes et les références croisées vers les
codes.
y Symboles utilisés dans cette publication
Abréviations
Les abréviations suivantes sont utilisées.
Abréviation
Définition
ANSI
American National Standards
Institute
CSA
Association canadienne de
normalisation
CE
Communauté européenne
DIV
Diagnostic in vitro
TCP
Protocole de contrôle de
transmission
UL
Underwriters Laboratories Inc.
y Abréviations
Classifications de sécurité
Les précautions de sécurité et remarques importantes
destinées à l'utilisateur sont classées selon la norme
ANSI Z535.6-2011. Nous vous invitons à vous familiariser
avec les symboles suivants et leur signification :
!
r
Alerte de sécurité
Le symbole d'alerte de sécurité sert à vous avertir de
risques potentiels de blessures physiques. Respectez
tous les messages de sécurité précédés par ce
symbole afin d'éviter tout risque d'endommagement
du système, de blessure ou de mort.
Ces symboles et mentions d'avertissement correspondent
à des dangers spécifiques :
!
AVERTISSEMENT
Avertissement...
r
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... signale une situation dangereuse susceptible de
provoquer de graves blessures ou d'entraîner la mort
si elle n'est pas évitée.
11
!
ATTENTION
Attention...
r
... signale une situation dangereuse susceptible de
provoquer des blessures légères ou mineures si elle
n'est pas évitée.
MISE EN GARDE
Mise en garde...
... signale une situation dangereuse susceptible de
provoquer un endommagement du système si elle n'est
pas évitée.
Les informations importantes autres que les informations
relatives à la sécurité sont représentées par le symbole
suivant :
q Conseil...
... signale des informations supplémentaires relatives à
une utilisation correcte du matériel ou des
recommandations utiles.
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12
Informations de sécurité
Informations de sécurité
Perte de données ou indisponibilité du
système due à un logiciel malveillant ou à un
accès non autorisé au système
Un logiciel malveillant ou un accès non autorisé au
système peut entraîner une perte de données ou une
indisponibilité du système.
Pour éviter toute infection par un logiciel malveillant ou
toute mauvaise utilisation du système, suivez les
recommandations suivantes :
r Les clients sont responsables de la sécurité de leur
réseau local, notamment de la protection contre les
logiciels malveillants et les attaques. La protection
comprend un pare-feu afin d'isoler le dispositif des
réseaux non contrôlés, ainsi que des mesures visant à
s'assurer que le réseau connecté est exempt de code
malveillant.
r Assurez-vous que tous les logiciels tiers nécessaires
sont à jour.
r Utilisez un logiciel antivirus et un antiprogrammes
malveillants adaptés et à jour sur le PC sur lequel le
logiciel de canal utilitaire est exécuté.
r Activez la fonction de prévention d'exécution des
données (option de sécurité Windows) sur le système
client pour le logiciel de canal utilitaire.
r Ne connectez aucun dispositif de stockage externe
non approuvé (comme des périphériques flash USB
ou des disques durs externes) au système.
Risque d'inflammation de la peau ou de
blessure
Tout contact direct avec les réactifs, détergents, solutions
de nettoyage ou autres solutions de travail entraîne un
risque d'irritation cutanée, d'inflammation ou de brûlure.
r Observez les précautions de manipulation de réactifs.
r Portez un équipement de protection individuelle
approprié.
r Respectez les consignes énoncées dans les
instructions d’utilisation.
r Respectez les informations des fiches de sécurité des
produits chimiques (disponibles pour les réactifs et
solutions de nettoyage Roche Diagnostics).
r Si des réactifs, des détergents ou des solutions de
nettoyage entrent en contact avec la peau, rincez
immédiatement à l'eau et au savon et appliquez un
désinfectant.
Consultez un médecin.
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Opération
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15
Table des matières
1
Dans ce chapitre
1
Flux de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Flux de travail de développement de test . . . . . . .
Flux de travail de routine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
17
17
18
Logiciel de canal utilitaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Logiciels système compatibles . . . . . . . . . . . . . . . .
À propos de l'interface utilisateur. . . . . . . . . . . . . .
Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU
non publié . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU
non publié . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
À propos des profils de pipetage . . . . . . . . . . . . . .
Définition et modification de fichiers d'analyse
CU. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Publier des fichiers d'analyse CU . . . . . . . . . . . . . .
Création de nouveaux fichiers d'analyse CU à
partir de fichiers publiés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour
écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs
19
19
20
20
21
23
23
27
28
29
Dispositif de lecture/écriture RFID. . . . . . . . . . . . . . . .
À propos du dispositif de lecture/écriture RFID. .
Lecture et écriture sur une puce RFID. . . . . . . . . .
31
31
31
Installation de fichiers d'analyse CU sur le système .
Importation et installation de fichiers d'analyse
CU sur le système via une connexion à distance.
Désinstallation de fichiers d'analyse CU du
système . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le
système . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
34
34
36
37
Préparation des cassettes de réactifs . . . . . . . . . . . . .
À propos du kit de réactifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Préparation du réactif de master mix 2 . . . . . . . . .
Remplissage de la cassette de réactifs . . . . . . . . .
Référence rapide : Préparation des cassettes de
réactifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
45
Réalisation et affichage des tests. . . . . . . . . . . . . . . . .
Réalisation d'un test de canal utilitaire . . . . . . . . .
À propos de l'affichage des résultats de test . . . .
47
47
48
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
39
39
40
42
1 Opération
Opération
16
1 Opération
Table des matières
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Logiciel de canal utilitaire, version 3.0 · Assistance Utilisateur · version 1.0
Opération
17
Flux de travail
Dans cette partie
Flux de travail de développement de test (17)
Flux de travail de routine (18)
Flux de travail de développement de test
Logiciel de canal utilitaire
1
&UpDWLRQGHÀFKLHUV
d'analyse
Dispositif de lecture/
écriture RFID
2
Cassette de réactifs
Écriture de l'ID et
du n° de lot de la
cassette de réactifs
sur la puce RFID
4
cobas® 6800/8800
Systems
3
Installation des
ÀFKLHUVG DQDO\VH
sur le système
5
Exécution du test
6
Réception des
résultats de test
Préparation de la
cassette de réactifs
HWFKDUJHPHQW
sur le système
analytique
u Sujets connexes
Logiciel d'optimisation (53)
1 Opération
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
18
Flux de travail
Flux de travail de routine
À utiliser lorsque les fichiers d’analyse CU sont déjà
installés sur le système.
Logiciel de canal
utilitaire
1
Ouverture des
ÀFKLHUVG DQDO\VH
publiés
Dispositif de lecture/
écriture RFID
2
Cassette de réactifs
eFULWXUHGHO ,'
et du n° de lot
de la cassette
de réactifs sur la
puce RFID
3
Préparation
de la cassette
de réactifs et
FKDUJHPHQW
sur le système
analytique
u Sujets connexes
1 Opération
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation (53)
cobas® 6800/8800
Systems
4
Sélection du
test CU installé
sur le système
analytique
5
Exécution du test
6
Réception des
résultats de test
Opération
19
Logiciel de canal utilitaire
Dans cette partie
Logiciels système compatibles (19)
À propos de l'interface utilisateur (20)
Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié (20)
Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié (21)
À propos des profils de pipetage (23)
Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23)
Publier des fichiers d'analyse CU (27)
Création de nouveaux fichiers d'analyse CU à partir de
fichiers publiés (28)
Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire sur
la puce RFID d'une cassette de réactifs (29)
Logiciels système compatibles
Le tableau suivant répertorie les versions compatibles du
logiciel système et du logiciel de canal utilitaire :
Version logicielle de canal
utilitaire
3.0
Version logicielle des
cobas® 6800/8800 Systems
1.02
y Versions du logiciel compatibles
q
Seuls les fichiers d’analyse CU créés dans une
version compatible du logiciel de canal utilitaire peuvent
être utilisés et chargés sur le système.
u Sujets connexes
Logiciel d'optimisation (53)
Installation du logiciel (107)
1 Opération
•
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
20
Logiciel de canal utilitaire
À propos de l'interface utilisateur
L'interface utilisateur du logiciel de canal utilitaire se
présente sous la même forme que les cobas® 6800/8800
Systems. L'interface utilisateur est extrêmement simplifiée
et comprend seulement 5 panneaux. Les panneaux sont
décrits dans le tableau suivant :
Panneaux
Utility channel tool
Description
Panneau d'accueil de l'interface utilisateur. Le panneau Utility channel tool comprend une liste des
fichiers d'analyse CU récemment utilisés. Vous pouvez ouvrir un groupe de fichiers d'analyse en
sélectionnant l'icône dans la liste. Ouvrez un groupe de fichiers d'analyse non publié pour poursuivre
la modification ou ouvrez un groupe de fichiers d'analyse publié pour écrire sur une puce RFID.
Le panneau Utility channel tool comprend aussi les boutons de tâches suivants :
o Create UC analysis package from template
o Create from published UC analysis package
o Open unpublished UC analysis package
o Open published UC analysis package to write on reagent cassette RFID tag
UC analysis package Le panneau UC analysis package s'affiche lorsque vous créez ou ouvrez un groupe de fichiers
d'analyse CU. Vous pouvez définir ou modifier les informations de fichiers d'analyse dans les champs
suivants :
o UC analysis package name
o Reagent cassette ID
Vous pouvez accéder à d'autres définitions de fichier en sélectionnant les boutons PCR profile,
Parameter et Reagent cassette. Lorsque vous avez terminé, vous pouvez enregistrer ou publier les
fichiers en sélectionnant les boutons Publish, Save as, ou Save en bas du panneau.
PCR profile
Le panneau de détails PCR profile s'affiche lorsque vous sélectionnez le bouton PCR profile dans le
panneau UC analysis package. Ce panneau vous permet de définir le nombre de phases, la
température et le temps de rétention durant les phases de pré-PCR, de première mesure et de
seconde mesure de la PCR.
Parameter
Le panneau de détails Parameter s'affiche lorsque vous sélectionnez le bouton Parameter dans le
panneau UC analysis package. Ce panneau vous permet de définir les échantillons, le volume de
traitement, le nombre de canaux (y compris le nom cible et la sensibilité) et une validation de contrôle
interne facultative. Si la validation de contrôle interne est sélectionnée, elle inclut des définitions pour
la confirmation de cible positive avec ou sans IC, les limites de Ct inférieures et supérieures et la
sensibilité.
Reagent cassette
Le panneau de détails Reagent cassette s'affiche lorsque vous sélectionnez le bouton Reagent
cassette dans le panneau UC analysis package. Ce panneau vous permet de lire ou d'écrire des
données sur une puce RFID.
y Description des panneaux de l'interface utilisateur
1 Opération
Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié
Suivez cette procédure pour configurer de nouveaux
fichiers d’analyse CU non publiés.
Fichiers d'analyse CU
Les fichiers d'analyse CU contiennent des paramètres et
des spécifications pertinents pour un test spécifique. Ils
comprennent la définition de test pour la robotique, des
fichiers de calcul pour le calcul de résultat et des
bibliothèques pour le calcul de vraisemblance.
Vous pouvez créer des fichiers d'analyse CU à partir d'un
modèle ou à partir de fichiers publiés existants.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Opération
Dénomination
21
Assurez-vous que chaque groupe de fichiers d'analyse
CU dispose d'un nom unique (p. ex. en ajoutant une
version au nom). Il est impossible d'installer des groupes
de fichiers d'analyse du même nom sur le système.
r Pour créer un groupe de fichiers
d'analyse CU non publié
1
2
1 Dans le panneau Utility channel tool, effectuez l'une
des actions suivantes :
• Sélectionnez le bouton Create UC analysis
package from template.
• Sélectionnez le bouton Create from published
UC analysis package. Dans la boîte de
dialogue Open, accédez au groupe de fichiers à
ouvrir et sélectionnez le bouton Open.
I Les fichiers d’analyse CU publiés à ouvrir doivent
être des fichiers .ZIP .
2 Dans le panneau UC analysis package, remplissez
les champs UC analysis package name et Reagent
cassette ID.
I Les entrées pour les champs UC analysis
package name et Reagent cassette ID doivent
commencer par le préfixe « U_ ».
3 Enregistrez le groupe de fichiers d'analyse CU comme
suit :
• Sélectionnez le bouton Save as ou le bouton
Save.
• Accédez à l'emplacement de sauvegarde des
fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier,
puis sélectionnez le bouton Save.
I Les fichiers d’analyse CU sont stockés en tant que
fichiers .UDF .
u Sujets connexes
Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23)
Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié
Suivez cette procédure pour ouvrir des fichiers d'analyse
CU non publiés.
q Le fichier à ouvrir doit être un fichier .UDF .
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
1 Opération
•
22
Logiciel de canal utilitaire
d
m Fichiers d'analyse CU
r Pour ouvrir des fichiers d'analyse CU
non publiés
1
2
3
1 Dans le panneau Utility channel tool, sélectionnez le
bouton Open unpublished UC analysis package.
2 Dans la boîte de dialogue Open, accédez au groupe
de fichiers à ouvrir et sélectionnez le bouton Open.
I Le fichier à ouvrir doit être un fichier .UDF .
3 Le logiciel de canal utilitaire conserve les raccourcis
vers les fichiers d'analyse CU récemment utilisés. Pour
ouvrir un groupe de fichiers d'analyse CU,
sélectionnez le raccourci Utility channel tool en bas
du panneau.
1 Opération
4 Enregistrez le groupe de fichiers d'analyse CU comme
suit :
• Sélectionnez le bouton Save as ou le bouton
Save.
• Accédez à l'emplacement de sauvegarde des
fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier,
puis sélectionnez le bouton Save.
u Sujets connexes
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23)
Opération
23
À propos des profils de pipetage
Le profil de pipetage permet de définir les échantillons et
le volume de traitement pour les types d'échantillon
utilisés.
Échantillons
En fonction du type d'échantillon, le tube échantillon peut
contenir différents composants (avec ou sans écouvillon)
ou milieux de prélèvement (alcool ou eau). Lors de la
création d'un groupe de fichiers d'analyse CU, vous
pouvez spécifier les échantillons pour les types
d'échantillons utilisés. Pour chaque échantillon, vous
pouvez attribuer 1 ou plusieurs volumes de traitement.
Volume de traitement
Le volume de traitement est le volume pipeté à partir d'un
tube échantillon. Un volume mort d'au moins 150 μL par
tube échantillon est requis. Par exemple, pour un volume
de traitement de 850 μL, le volume de tube minimal est de
1 000 μL (850 μL + 150 μL).
Le tableau suivant explique les relations entre les
échantillons et le volume de traitement.
Échantillons
Volume de traitement
[μL]
Description
Échantillon simple
200, 350, 500 ou 850
o
o
o
Adapté aux échantillons dans un milieu de prélèvement aqueux.
Validé par Roche pour les types d'échantillon de plasma et de sérum
Si vous l'utilisez pour des échantillons contenant un écouvillon, vous
devez retirer ce dernier avant de charger l'échantillon.
Échantillon avec
écouvillon
400
o
o
Adapté aux échantillons contenant des écouvillons
Validé par Roche pour les échantillons avec écouvillons dans le
cobas® PCR Media
Échantillon à base
d'alcool
400
o
o
Conçu pour le pipetage en milieux de prélèvement volatils
Adapté aux échantillons en milieu de prélèvement contenant un
nombre élevé de composants volatils tels que le méthanol
y Profils de pipetage
Suivez cette procédure pour définir le profil de PCR, les
paramètres de test et les informations de cassette de
réactifs sur des fichiers d'analyse CU.
Profil de PCR
Le profil de PCR inclut 3 phases définissables :
•
•
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
La première est appelée phase de pré-PCR et
implique la transcription inverse d'ARN.
La deuxième phase de PCR est appelée 1ère mesure et
implique une sensibilité accrue.
La troisième phase de PCR est appelée 2ème mesure
et implique une spécificité accrue.
1 Opération
Définition et modification de fichiers d'analyse CU
24
Logiciel de canal utilitaire
Le tableau ci-dessous présente les paramètres de profil
de PCR pouvant être modifiés à l'aide du logiciel de canal
utilitaire :
Paramètre
Série
N° d'intervalle de
températures
1 à 10 (phase de pré-PCR)
2 ou 3 (1ère mesure)
2 ou 3 (2ème mesure)
Température
55-95 °C (par phase)
Temps de rétention
>0 s (par phase)
La durée totale de la PCR ne peut
dépasser 10 800 s.
y Paramètres de profil de PCR ajustables
Le profil de PCR est décrit de façon plus détaillée dans
les consignes pour l'exécution de tests :
u Profil de PCR (87)
Paramètres de test
Le tableau ci-dessous présente les paramètres de test
pouvant être modifiés à l'aide du logiciel de canal
utilitaire :
Paramètre
Commentaire/plage
Échantillons
Options disponibles :
o Échantillon simple
o Échantillon avec écouvillon
o Échantillon à base d'alcool
Volume de traitement
Pour chaque type d'échantillon, vous
pouvez attribuer 1 ou plusieurs
volumes de traitement.
Plage : 200-850 μL
Sensibilité (RFImin)
1,1-100
Limite de Ct
0-50
o Pour les contrôles internes, vous
pouvez définir les limites de Ct
inférieure et supérieure.
o Pour les canaux cibles, vous ne
pouvez pas définir de limite de
Ct.
y Paramètres de test ajustables
1 Opération
u Pour plus d'informations concernant les échantillons
et le volume de traitement, voir À propos des profils de
pipetage (23)
d
m Fichiers d'analyse CU
Roche Diagnostics
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Opération
25
r Pour définir et modifier des fichiers
d'analyse CU
2
3
4
5
1 Dans le panneau Utility channel tool, créez des
fichiers d'analyse CU ou ouvrez des fichiers d'analyse
existants non publiés.
I Si vous souhaitez ouvrir des fichiers d’analyse CU à
partir de la liste de fichiers récemment utilisés, le
format de fichier doit être .UDF .
2 Dans le panneau UC analysis package, mettez à
jour le nom du groupe de fichiers d'analyse CU ou les
informations d'ID de la cassette de réactifs, si
nécessaire.
3 Dans le panneau UC analysis package, sélectionnez
le bouton PCR profile.
4 Le panneau PCR profile comprend les définitions des
profils de pré-PCR, 1ère mesure et 2nde mesure.
Ajoutez les informations de profil suivantes :
• Attribuez ou supprimez une phase en la
sélectionnant, puis en cliquant sur le bouton
ou
.
• Dans les champs Temperature et Hold time ,
définissez les températures des phases et les
temps de rétention.
I Développez ou réduisez les zones de groupe PrePCR, 1st measurement ou 2nd measurement
en utilisant le bouton
ou le bouton .
5 Dans le tableau UC analysis package, sélectionnez
le bouton Parameter pour définir ou modifier les
paramètres suivants : échantillons, volume de
traitement, noms des canaux cibles, seuil de détection
cible, et validation de contrôle interne facultative.
Roche Diagnostics
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1 Opération
1
26
Logiciel de canal utilitaire
6
7
1 Opération
8
6 Dans la zone de groupe Pipetting profiles, créez les
profils de pipetage.
• Dans la liste déroulante Sample material,
choisissez l'échantillon pour les types d'échantillon
utilisés dans ce test.
• Dans la liste déroulante Processing volume (μL)
, attribuez un volume de traitement à l'échantillon
sélectionné.
• Sélectionnez le bouton Add.
I Vous pouvez créer plusieurs profils mais vous
devez en créer au moins 1.
7 Pour définir les noms cibles et les sensibilités, dans la
zone de groupe Channel, cochez l'une des cases, ou
les deux cases, situées à côté des canaux disponibles.
Remplissez les champs Target name et Sensitivity
(RFI min)(1) .
I Les fluorophores pris en charges sont la
coumarine/thréo-coumarine, FAM/FAM-dT,
HEX/Sima-dT et JA270.
Les échantillons présentant une RFI inférieure à
1,1 sont considérés comme négatifs par le
système. Confirmez que les canaux sélectionnés
correspondent aux amorces et sondes utilisées
pour le test.
8 Pour permettre la validation de contrôle interne, dans
la zone de groupe Internal control validation,
cochez la case Channel 5 . Définissez les paramètres
suivants :
• Pour définir la confirmation de cible positive,
sélectionnez l'option with IC ou without IC.
• Pour définir la plage de validité de Ct, remplissez
les champs Lower Ct limit (Ct min) et Upper Ct
limit (Ct max).
• Pour définir la sensibilité, remplissez le champ
Sensitivity (RFI min).
I Si la validation de contrôle interne est activée et
que vous cochez l'option Positive target
confirmation without IC, les échantillons qui
sont positifs pour une ou plusieurs cibles seront
positifs et valides sur le système, indépendamment
des résultats du contrôle interne. Si vous
sélectionnez l'option Positive target
confirmation with IC, seuls les échantillons
présentant un contrôle interne valide seront
valides.
(1) Voir Augmentation relative de la fluorescence (84).
Roche Diagnostics
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Opération
27
9 Enregistrez le groupe de fichiers d'analyse CU comme
suit :
• Sélectionnez le bouton Save as ou le bouton
Save.
• Accédez à l'emplacement de sauvegarde des
fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier,
puis sélectionnez le bouton Save.
u Sujets connexes
•
•
À propos des profils de pipetage (23)
Publier des fichiers d'analyse CU (27)
Publier des fichiers d'analyse CU
Suivez cette procédure pour préparer vos fichiers
d'analyse CU en vue de leur importation sur le système.
Pour que les fichiers d'analyse CU publiés soient acceptés
par le système, des noms et des identificateurs de service
universels uniques doivent être utilisés pour les fichiers.
Un groupe de fichiers d'analyse CU ne peut pas être
chargé sur le système si l'identificateur de service
universel correspondant est associé à des fichiers
précédemment chargés.
q Les fichiers d'analyse CU publiés ne peuvent plus
être modifiés. Vous devez créer de nouveaux fichiers
d’analyse CU à partir des fichiers publiés puis les publier.
u Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié (20)
u Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire
sur la puce RFID d'une cassette de réactifs (29)
m Fichiers d'analyse CU définis
r Pour publier des fichiers d'analyse CU
1
1 Dans le panneau Utility channel tool, ouvrez les
fichiers d'analyse CU à publier.
Roche Diagnostics
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1 Opération
d
28
Logiciel de canal utilitaire
2
2 Assurez-vous que le nom du groupe de fichiers
d'analyse CU, l'ID de la cassette de réactifs, les
paramètres de PCR et les informations de la cassette
de réactifs sont corrects.
3 Publiez les fichiers d'analyse CU comme suit :
• En bas du panneau UC analysis package,
sélectionnez le bouton Publish.
• Confirmez puis accédez à l'emplacement de
publication des fichiers d'analyse CU, saisissez le
nom du fichier, puis sélectionnez le bouton Save.
I Les fichiers d'analyse CU publiés sont stockés en
tant que fichiers .ZIP .
Un identificateur de service universel est
automatiquement généré.
4 Si vous recevez le message suivant lors de la
publication de fichiers d’analyse CU, contactez Roche
Service pour obtenir un nouvel ensemble de
bibliothèques d'exécution :
• Error occurred while creating a UC analysis
package. A library retrieval error occurred.
Possible cause: No unused libraries left.
Contact Roche Service for additional
identifiers.
Création de nouveaux fichiers d'analyse CU à partir de
fichiers publiés
Ouvrez des fichiers d'analyse CU publiés en vue de les
utiliser comme modèle pour un nouveau groupe de
fichiers.
m Fichiers d'analyse CU publiés
1 Opération
d
Roche Diagnostics
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Opération
29
r Pour créer un groupe de fichiers à
partir d'un groupe de fichiers
d'analyse CU publié
1
2
1 Dans le panneau Utility channel tool, sélectionnez le
bouton Create from published UC analysis
package.
f La boîte de dialogue Open de Windows s'affiche.
2 Accédez aux fichiers publiés à ouvrir et sélectionnez le
bouton Open.
I Le groupe de fichiers doit être un fichier .ZIP .
f Le panneau UC analysis package s'affiche.
3 Modifiez les fichiers d'analyse CU si nécessaire.
4 Enregistrez ou publiez les fichiers d'analyse CU
comme suit :
• Pour enregistrer les fichiers d'analyse CU, en bas
du panneau UC analysis package , sélectionnez
le bouton Save as ou Save.
• Pour publier les fichiers d'analyse CU, sélectionnez
le bouton Publish en bas du panneau UC
analysis package .
I Assurez-vous que le groupe de fichiers d’analyse
CU a un nom unique, sinon il ne peut pas être
installé sur le système analytique.
u Sujets connexes
Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23)
Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié (20)
Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire sur
la puce RFID d'une cassette de réactifs
Ouvrez un groupe de fichiers d'analyse CU publié pour
écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs.
d
m Fichiers d'analyse CU publiés
Roche Diagnostics
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1 Opération
•
•
30
Logiciel de canal utilitaire
r Pour ouvrir des fichiers d'analyse CU
publiés en vue de l'écriture de
données
1
2
3
4
1 Dans le panneau Utility channel tool, sélectionnez le
bouton Open published UC analysis package to
write on reagent cassette RFID tag.
f La boîte de dialogue Open de Windows s'affiche.
2 Accédez au groupe de fichiers à importer et
sélectionnez le bouton Open.
I Le groupe de fichiers doit être un fichier .ZIP .
f Le panneau Reagent cassette s'affiche.
3 Le logiciel de canal utilitaire conserve les raccourcis
vers les fichiers d'analyse CU récemment publiés. Pour
ouvrir des fichiers d'analyse CU publiés, sélectionnez
le raccourci en bas du panneauUtility channel tool.
f Le panneau Reagent cassette s'affiche.
4 Pour ajouter un numéro de lot de cassette de réactifs
facultatif, remplissez le champ Reagent cassette lot
No.. Cela fournit des informations supplémentaires
facultatives affichées sur le système à propos de la
cassette de réactifs.
1 Opération
5 ATTENTION! L'utilisation de réactifs MMx-R2 périmés
peut entraîner des résultats faux négatifs.
5 Ajoutez la date de péremption du réactif MMx-R2
dans le champ Reagent cassette lot No.. Il est
important d’établir la stabilité du réactif MMx-R2
après l’ajout d’amorce et de sonde, de même que de
faire le suivi de la date de péremption du réactif MMxR2.
u Sujets connexes
•
Roche Diagnostics
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Lecture et écriture sur une puce RFID (31)
Opération
31
Dispositif de lecture/écriture RFID
Dans cette partie
À propos du dispositif de lecture/écriture RFID (31)
Lecture et écriture sur une puce RFID (31)
À propos du dispositif de lecture/écriture RFID
Le dispositif de lecture/écriture RFID vous permet de lire
et d'écrire des données sur des puces RFID. Le dispositif
de lecture/écriture RFID est un dispositif autonome
contrôlé par le logiciel de canal utilitaire. Il se connecte à
votre PC via un port USB.
Les puces RFID à utiliser avec le logiciel de canal utilitaire
sont fournies par Roche et sont déjà apposées sur la
cassette de réactifs. Les puces RFID incluent déjà les
modèles nécessaires à utiliser avec le logiciel de canal
utilitaire.
Spécifications de l'équipement
radioélectrique
Le tableau ci-dessous résume les spécifications du
dispositif de lecture/écriture fournies avec le
cobas omni Utility Channel (TWN3 Legic NFC) :
Fréquence (MHz)
13,56
Puissance radioélectrique maximale (mW)
< 100
Nombre de lecteurs RFID
1
y Spécifications de l'équipement radioélectrique
Lecture et écriture sur une puce RFID
q En cas d’étiquetage incorrect, l’ID et le n° de lot de la
cassette de réactifs présents sur la puce RFID peuvent
être écrasés.
u Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire
sur la puce RFID d'une cassette de réactifs (29)
d
m Fichiers d'analyse CU publiés
m Dispositif de lecture/écriture RFID fourni par Roche
m Puces RFID
Roche Diagnostics
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1 Opération
Cette section décrit la manière d'écrire les informations
de fichiers d'analyse CU sur une puce RFID.
32
Dispositif de lecture/écriture RFID
r Pour lire et écrire sur une puce RFID
1
2
3
1 Lancez le logiciel de canal utilitaire et ouvrez des
fichiers d'analyse CU publiés.
f Le panneau Reagent cassette s'affiche.
2 Connectez le dispositif de lecture/écriture RFID à
votre PC via le port USB.
3 Pour ajouter un numéro de lot de cassette de réactifs
facultatif, remplissez le champ Reagent cassette lot
No.. Cela fournit des informations supplémentaires
facultatives affichées sur le système à propos de la
cassette de réactifs.
• Plusieurs cassettes peuvent être attribuées à un
même groupe de fichiers d’analyse CU. Pour
distinguer les cassettes, attribuez un n° de lot.
I Différents groupes de fichiers d’analyse CU ne
devraient pas avoir le même ID de cassette. Ne
partagez pas les cassettes.
q Analysez un échantillon positif pour contrôler la
stabilité du moniteur.
1 Opération
4 ATTENTION! L'utilisation de réactifs MMx-R2 périmés
peut entraîner des résultats faux négatifs.
4 Ajoutez la date du réactif MMx-R2 dans le champ
Reagent cassette lot No.. Il est important d’établir la
stabilité du réactif MMx-R2 après l’ajout d’amorce et
de sonde, de même que de faire le suivi de la date de
péremption du réactif MMx-R2.
Roche Diagnostics
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Opération
5
B
A
A Bord incliné de la
cassette de réactifs
33
5 Placez le dispositif de lecture/écriture RFID
immédiatement à côté de la puce RFID à lire.
I Tenez le dispositif de lecture/écriture RFID de
sorte que le haut du dispositif se trouve à côté de
la puce RFID.
B Puce RFID
6
7
6 Pour vous assurer que rien n'a encore été écrit sur la
puce RFID, dans le panneau Reagent cassette,
sélectionnez le bouton Read data from RFID tag.
f Toute information présente sur la puce RFID
s'affiche dans le panneau Read data from RFID
tag.
7 Si le dispositif de lecture/écriture RFID n'est pas
connecté, ou si la puce RFID n'inclut pas le modèle
nécessaire, un message d'avertissement s'affiche.
8 Si rien n'a encore été écrit sur la puce RFID, placez le
dispositif de lecture/écriture RFID à côté de la puce
RFID sur laquelle vous souhaitez écrire et dans le
panneau Reagent cassette, sélectionnez le bouton
Write data on RFID tag.
1 Opération
9 Pour vous assurer que la puce RFID contient ce que
vous avez écrit, placez le dispositif de lecture/écriture
RFID à côté de la puce RFID et dans le panneau
Reagent cassette, sélectionnez le bouton Read
data from RFID tag.
Roche Diagnostics
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34
Installation de fichiers d'analyse CU sur le système
Installation de fichiers d'analyse CU sur le
système
Dans cette partie
Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur le
système via une connexion à distance (34)
Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système (36)
Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système (37)
Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur le
système via une connexion à distance
Utilisez cette procédure pour installer des fichiers
d'analyse CU depuis un PC externe.
Cette section est destinée aux utilisateurs déjà
familiarisés avec les cobas® 6800/8800 Systems.
u Documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems.
q
Jusqu'à 20 groupes de fichiers d'analyse peuvent
être installés sur le système. Avant d'installer des fichiers
d'analyse CU supplémentaires, vous devez désinstaller du
système les fichiers précédemment installés.
u Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système (36)
1 Opération
d
j
m Un PC externe avec connexion à distance au système
est requis pour importer et installer des fichiers
d’analyse CU.
m Internet Explorer 7 ou supérieur est requis.
m Des fichiers d'analyse CU publiés doivent être
disponibles sur le PC externe.
Seuls les fichiers d’analyse CU créés dans une version
compatible du logiciel de canal utilitaire peuvent être
chargés sur le système.
m L'importation de fichiers d'analyse CU est limitée aux
utilisateurs disposant de droits d'utilisateur
superviseur.
m Tous les instruments connectés au serveur IG doivent
afficher le statut Standby avant l'installation de
fichiers d'analyse CU.
u Logiciels système compatibles (19)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Opération
35
r Pour importer et installer des fichiers
d'analyse CU
1 Sur le PC externe, accédez à la connexion à distance.
I Assurez-vous de vous connecter en tant
qu'utilisateur superviseur.
q Si vous ne pouvez pas voir l’IU du système via la
connexion à distance, modifiez le zoom de la fenêtre
jusqu’à pouvoir voir l’interface utilisateur complète du
système.
3
4
2 Depuis la connexion à distance, sélectionnez
Administration > Software installation, puis
sélectionnez le bouton Import UC analysis
package.
3 Accédez au groupe de fichiers d'analyse CU à
importer et ouvrez-le.
I Seuls les fichiers d’analyse CU publiés (fichiers
.ZIP ) peuvent être importés.
Pour pouvoir être installés sur le système, les
fichiers d'analyse CU doivent avoir un nom et un
identificateur de service universel uniques. Si
l'identificateur de service universel est associé à
des fichiers précédemment installés, l'installation
est impossible.
f Le groupe de fichiers d'analyse CU importé est
ajouté à la liste Available packages. Le statut du
groupe de fichiers sera Pending
4 Dans le système, sélectionnez Administration
> Software installation.
I Assurez-vous que vous êtes connecté en tant
qu'utilisateur superviseur.
Roche Diagnostics
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1 Opération
2
36
Installation de fichiers d'analyse CU sur le système
5
6
5 Dans le panneau Available packages , sélectionnez
le(s) groupe(s) de fichiers d'analyse CU que vous avez
importé(s).
6 Dans le panneau Package content , sélectionnez le
bouton Install package.
I Une fois l'installation réussie, le statut du groupe
de fichiers d'analyse CU devient Installed.
u Sujets connexes
•
Désinstallation de fichiers d'analyse CU du
système (36)
Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système
Utilisez cette procédure pour désinstaller des fichiers
d'analyse CU du système en vue d'installer des fichiers
supplémentaires.
q
Les fichiers d'analyse CU désinstallés restent dans la
liste Available packages du système et peuvent être
réinstallés.
u Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système (37)
r Pour désinstaller des fichiers
d'analyse CU
1 Opération
1
1 Dans le système, sélectionnez Administration
> Software installation.
I Assurez-vous que vous êtes connecté en tant
qu'utilisateur superviseur.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Opération
2
3
37
2 Dans le panneau Available packages , ouvrez les
fichiers d'analyse CU à désinstaller.
3 Dans le panneau Package content , sélectionnez le
bouton Uninstall package.
f Le statut du groupe de fichiers d'analyse CU
devient Uninstalled. Le groupe reste dans la liste
des fichiers disponibles.
f Le bouton Uninstall package devient
automatiquement le bouton Install package.
u Sujets connexes
•
Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le
système (37)
Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système
Utilisez cette procédure pour réinstaller des fichiers
d'analyse CU désinstallés du système.
1
1 Dans le système, sélectionnez Administration
> Software installation.
I Assurez-vous que vous êtes connecté en tant
qu'utilisateur superviseur.
Roche Diagnostics
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1 Opération
r Pour réinstaller des fichiers d'analyse
CU
38
Installation de fichiers d'analyse CU sur le système
2
3 Dans le panneau Package content , sélectionnez le
bouton Install package.
f Le statut du groupe de fichiers d'analyse CU
devient Installed.
f Le bouton Install package devient
automatiquement le bouton Uninstall package.
1 Opération
3
2 Dans le panneau Available packages , ouvrez les
fichiers d'analyse CU à réinstaller.
Roche Diagnostics
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Opération
39
Préparation des cassettes de réactifs
Dans cette partie
À propos du kit de réactifs (39)
Préparation du réactif de master mix 2 (40)
Remplissage de la cassette de réactifs (42)
Référence rapide : Préparation des cassettes de
réactifs (45)
À propos du kit de réactifs
q Pour plus d'informations sur le kit de réactifs,
reportez-vous aux Instructions d'utilisation.
Pour effectuer des tests à l'aide du canal utilitaire, Roche
fournit le cobas omni Utility Channel Reagent Kit. Ce kit
de réactifs contient les éléments suivants :
•
•
cobas omni Utility Channel Master Mix Reagent 2
(MMx-R2 CU) : le réactif de master mix spécifique au
canal utilitaire est contenu dans un bidon distinct et
est basé sur la structure de master mix des
cobas® 6800/8800 Systems, y compris l'amorce et les
sondes pour l'amplification et la détection du contrôle
interne.
cobas omni Utility Channel Reagent Cassette : une
cassette de réactifs pré-assemblée avec protéase,
contrôle interne, tampon d'élution, Master Mix
Reagent 1 (MMx-R1) et un réservoir vide pour réactif
de master mix 2 préparé.
Préparez la cassette de réactifs et le réactif de master
mix 2 préparé. Remplissez la cassette de réactifs avec le
réactif de master mix 2 préparé comme décrit dans les
sections suivantes.
•
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Préparation du réactif de master mix 2 (40)
Remplissage de la cassette de réactifs (42)
1 Opération
u Sujets connexes
40
Préparation des cassettes de réactifs
Préparation du réactif de master mix 2
Utilisez cette procédure pour préparer le réactif de master
mix 2 préparé à utiliser dans le cadre des tests définis par
l'utilisateur.
Vue d'ensemble
Pour préparer le réactif de master mix 2 préparé,
transférez 8,0 mL de réactif de master mix 2 (du bidon UC
MMx-R2) dans un tube ou un bidon temporaire.
Les amorces et sondes spécifiques à la cible et définies
par l'utilisateur sont ensuite ajoutées au réactif de master
mix 2. Remplissez le réactif de master mix 2 jusqu'à
atteindre un volume final de 8,48 mL à l'aide d'eau de
qualité PCR.
q
La réaction de PCR finale a un volume total de
52 μL et contient un échantillon de 27 μL, un réactif de
master mix 2 de 15 μL et un réactif de master mix 1 de
10 μL.
!
ATTENTION
Résultats incorrects dus à l'utilisation d’un réactif de
master mix 2 périmé
L’utilisation d’un réactif de master mix 2 périmé peut
entraîner des faux négatifs.
r N'utilisez pas de réactifs ou consommables ayant
dépassé leur date de péremption.
r Utilisez uniquement le flacon UC MMx-R2 fourni avec
la cassette de réactifs.
!
ATTENTION
1 Opération
Interprétation erronée des données à l'aide du
cobas omni Optimization Tool en raison d'amorces
et de sondes manquantes.
Les amorces et sondes manquantes peuvent entraîner
une optimisation inexacte des tests liée à une
interprétation erronée des données à l'aide du
cobas omni Optimization Tool.
r Ajoutez toutes les amorces et sondes nécessaires
compatibles avec les canaux cibles définis dans
l'UCAP.
d
m
m
m
m
Roche Diagnostics
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Mélangeur à cylindres
Pipette
Réactif de master mix 2
Tube de polypropylène neuf et protégé de la lumière
Opération
41
r Pour préparer le réactif de master
mix 2
1
2
1 Mélangez le bidon de MMx-R2 CU sur un mélangeur
à cylindres pendant 5 minutes à température
ambiante.
I Si aucun mélangeur à cylindres n'est disponible,
retournez le bidon 20 fois.
2 ATTENTION! Risque de blessure dû au contact avec
les réactifs ou d'autres solutions de travail. Portez un
équipement de protection individuelle approprié.
2 Ouvrez le bidon et pipetez 8,0 mL de MMx-R2 CU
dans un tube de polypropylène neuf et protégé de la
lumière.
3
4 Mélangez le réactif de master mix 2 préparé sur un
mélangeur à cylindres pendant 5 minutes à
température ambiante.
I Si aucun mélangeur à cylindres n'est disponible,
retournez le bidon 20 fois.
1 Opération
4
3 Pipetez un total de 480 μL d'amorces, de sondes et
d'eau de qualité PCR dans un tube de polypropylène
neuf et protégé de la lumière.
I Le volume total de réactif de master mix 2 préparé
doit être de 8,48 mL.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
42
Préparation des cassettes de réactifs
Remplissage de la cassette de réactifs
Suivez cette procédure pour remplir la cassette de
réactifs avec le réactif de master mix 2 préparé.
Vue d'ensemble
La cassette de réactifs fournit un réservoir vide pour
remplir le réactif de master mix 2 préparé pour les tests
de canal utilitaire. Pipetez 7,0 mL de réactif de master
mix 2 préparé dans ce compartiment à l'aide d'une
pipette ou d'une seringue.
u Préparation du réactif de master mix 2 (40)
!
Emplacement de la deuxième rangée du kit de
réactifs
ATTENTION
Risque de résultats faux négatifs ou de perte de
réactif dû à un chargement et une manipulation
incorrects
1 Opération
Le chargement de réactif MMx-R2 dans la mauvaise
rangée de cassette de réactifs peut entraîner une perte
ou un endommagement des réactifs.
r Chargez le réactif MMx-R2 uniquement dans la
deuxième rangée (en partant de la droite) de la
cassette de réactifs.
r Utilisez un échantillon positif comme contrôle positif
pour surveiller les réactifs.
w Grille de position : emplacement de la deuxième rangée du kit de réactifs en partant de la droite (la rangée est mise en
évidence)
Remplissez au moins 7,0 mL de réactif de master mix 2 préparé dans la deuxième rangée de la cassette en partant de la
droite
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Opération
43
q Assurez-vous de vérifier la date de péremption du
réactif MMx-R2 avant de l’utiliser.
d
j
m
m
m
m
Cassette de réactifs
Réactif de master mix 2 préparé
1 mL d'embout de pipetage en plastique
Pipette à répétition avec embout de pipetage de
10 mL
m Balance
m Le réactif de master mix 2 préparé a été mélangé (y
compris les amorces et les sondes spécifiques à la
cible).
r Pour remplir la cassette de réactifs
1 Pesez la cassette de réactifs et notez-en le poids.
2
2
Positionnez la cassette de réactifs en plaçant le bord
incliné dans le coin inférieur droit.
f La deuxième rangée en partant du côté droit
contient désormais le réservoir vide.
q Utilisez la grille de position comme référence.
u Grille de position : emplacement de la deuxième rangée
du kit de réactifs en partant de la droite (la rangée est
mise en évidence) Remplissez au moins 7,0 mL de
réactif de master mix 2 préparé dans la deuxième
rangée de la cassette en partant de la droite w (42)
3 Placez un embout de pipetage en plastique d’1 mL
dans l’orifice supérieur du septum de la deuxième
rangée.
I L'embout de pipetage permet d'ajuster la pression
de l'air dans le réservoir lors de l'ajout du réactif de
master mix 2 préparé.
4 ATTENTION! Risque de blessure dû au contact avec
les réactifs ou d'autres solutions de travail.
Portez un équipement de protection individuelle
approprié.
4 Munissez-vous d’une pipette à répétition avec embout
de pipetage de 10 mL. Chargez l'embout de pipetage
avec 7,0 mL de réactif de master mix 2 préparé.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
1 Opération
3
44
Préparation des cassettes de réactifs
5
5 ATTENTION! Risque de déversement de réactif.
5 Insérez la pipette remplie dans l’orifice inférieur du
septum de la cassette de réactifs. Percez le septum
suffisamment profondément pour éviter un
déversement.
6
6 Inclinez la cassette de réactifs à un angle de 45° dans
le sens de la longueur à partir du fond. Assurez-vous
d’incliner la cassette le long du bord où la pipette avec
l’embout de 10 mL est inséré.
7 Pipetez soigneusement et lentement 7,0 mL du
réactif de master mix 2 préparé à travers le septum
inférieur dans le réservoir vide de la deuxième rangée.
q Si possible, distribuez le mélange de réactif de
master mix 2 d'un seul coup.
8 ATTENTION! Un volume de réactif insuffisant pourrait
entraîner des résultats faux négatifs.
8 Assurez-vous de pipeter le volume correct de réactif
de master mix 2.
1 Opération
9
9 ATTENTION! Un volume de réactif insuffisant pourrait
entraîner des résultats faux négatifs.
9 Assurez-vous qu’il n’y a pas de liquide dans l’embout
de pipetage d’1 mL.
S’il y a du liquide dans l’embout, faites pivoter
soigneusement l’embout pour renvoyer le liquide dans
le flacon de réactif de master mix 2.
S’il y a toujours du liquide dans l’embout de 1 mL,
procédez comme suit :
• Avec la pipette à répétition équipée d’un embout
de 10 mL, prélevez un peu de réactif de master
mix 2 pipeté du flacon de la cassette jusqu’à ce
qu’il n’y ait plus de liquide dans l’embout d’1 mL.
• Pipetez soigneusement et lentement tout liquide se
trouvant dans l'embout de pipetage de 10 mL pour
le remettre dans le flacon.
• Une fois les deux embouts vides, ils peuvent être
retirés de la cassette.
10 Retirez l'embout de pipetage en plastique d'1 mL du
septum.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Opération
11
45
11 Basculez doucement la cassette de réactifs 20 fois
pour libérer les bulles d'air provenant du réservoir tout
juste rempli.
12 Pesez la cassette de réactifs et assurez-vous qu’elle
est 7,5 ± 1 g plus lourde que sans le réactif de master
mix 2.
13 MISE EN GARDE N'apposez pas d'étiquette ou
d'autocollant supplémentaire à la cassette de réactifs.
13 Identifiez la cassette de réactifs en écrivant sur
l'étiquette contrôlable de visu déjà apposée sur celleci ou en écrivant directement sur la cassette de
réactifs.
Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs
Réussir un test de canal utilitaire requiert que vous
formuliez le réactif de master mix 2 préparé et en
remplissiez la cassette de réactifs correctement.
Le tableau de référence rapide ci-dessous suppose que
vous soyez familiarisé avec le contenu des rubriques
concernées.
Étapes
1
Préparation du réactif de master
mix 2
Action de l'utilisateur
1. Mélangez le flacon de réactif de master mix 2
préparé sur un mélangeur à cylindres
pendant 5 minutes à température ambiante.
2. Ouvrez le bidon et pipetez 8,0 mL de réactif
de master mix 2 dans un tube de
polypropylène neuf et protégé de la lumière.
3. Pipetez un total de 480 μL d'amorces, de
sondes et d'eau de qualité PCR dans un tube
de polypropylène neuf et protégé de la
lumière.
4. Mélangez le réactif de master mix 2 préparé
sur un mélangeur à cylindres pendant
5 minutes à température ambiante.
1 Opération
y Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
46
Préparation des cassettes de réactifs
Étapes
2
Action de l'utilisateur
Remplissage de la cassette de
réactifs
1. Pesez la cassette de réactifs et notez-en le
poids.
2. Positionnez la cassette de réactifs en plaçant
vers vous le bord incliné dans le coin inférieur
droit.
3. Placez un embout de pipetage en plastique
d’1 mL dans l’orifice supérieur du septum de
la deuxième rangée.
4. Chargez 7,0 mL de réactif de master mix 2
préparé dans une pipette à répétition avec
embout de pipetage de 10 mL.
5. Inclinez la cassette de réactifs à un angle de
45° dans le sens de la longueur à partir du
fond.
6. Insérez avec précaution l’embout dans le
septum inférieur de la deuxième rangée et
pipetez lentement 7,0 mL du réactif de master
mix 2 préparé.
7. Retirez l'embout de pipetage en plastique
d'1 mL du septum.
8. Basculez doucement la cassette de réactifs
20 fois pour libérer les bulles d'air.
9. Pesez la cassette de réactifs et assurez-vous
qu’elle est 7,5 ± 1 g plus lourde que sans le
réactif de master mix 2 préparé.
y Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs
u Sujets connexes
1 Opération
•
•
Roche Diagnostics
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Préparation du réactif de master mix 2 (40)
Remplissage de la cassette de réactifs (42)
Opération
47
Réalisation et affichage des tests
Dans cette partie
Réalisation d'un test de canal utilitaire (47)
À propos de l'affichage des résultats de test (48)
Réalisation d'un test de canal utilitaire
Cette section explique comment effectuer un test de
canal utilitaire.
Cette section est destinée aux utilisateurs déjà
familiarisés avec les cobas® 6800/8800 Systems.
u Documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems.
j
m Les fichiers d'analyse CU sont installés sur le système
m La cassette de réactifs a été préparée et chargée sur
le système
m Un contrôle négatif est disponible sur le système
u Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur
le système via une connexion à distance (34)
u Préparation des cassettes de réactifs (39)
1 Un test de canal utilitaire peut être demandé en
suivant l'une des procédures disponibles pour
effectuer une demande de tests sur le système (par
exemple, à partir du SIL, en tant que demande de test
saisie manuellement ou en tant que demande par
racks). Créez une demande de test comme décrit dans
la documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems.
2
2 Dans le champ Sample type, sélectionnez l'option
UC sample.
I Le champ Sample type s'affiche avec les
demandes de SIL, les demandes de test saisies
manuellement et les demandes par racks.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
1 Opération
r Pour effectuer un test de canal
utilitaire
48
Réalisation et affichage des tests
3
3 Dans la zone de groupe Tests:, effectuez les actions
suivantes :
• Dans le champ d'options Test, sélectionnez les
fichiers d'analyse CU. Plusieurs lots de fichiers
d’analyse CU aux paramètres de PCR identiques
peuvent être attribués à un même run.
• Dans le champ Volume, sélectionnez les volumes
d'échantillon.
I Les volumes disponibles sont définis dans les
fichiers d'analyse CU.
4 Enregistrez et effectuez le test comme décrit dans la
documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems.
À propos de l'affichage des résultats de test
Cette section fournit des informations sur la manière
d'afficher des résultats de test pour un test de canal
utilitaire.
L'affichage des résultats de test pour un test de canal
utilitaire suppose d'être familiarisé avec les
cobas® 6800/8800 Systems.
1 Opération
Les résultats de test pour un test de canal utilitaire
peuvent être affichés de la même manière que les autres
résultats de test. Les résultats d'échantillon sont identifiés
à l'aide du nom des fichiers d'analyse CU et les résultats
s'affichent dans le panneau Routine > Test results ou le
panneau Routine > Control batch .
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Opération
Exportation des fichiers XML
49
Pour le développement de test et pour l'utilisation du
logiciel d'optimisation, il est nécessaire d'exporter les
résultats de test au format XML.
u Pour plus d'informations concernant l'affichage et la
gestion des résultats de test et pour l'exportation des
résultats au format XML, reportez-vous à la
documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems
u Sujets connexes
Logiciel d'optimisation (53)
1 Opération
•
Roche Diagnostics
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Réalisation et affichage des tests
1 Opération
50
Roche Diagnostics
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Logiciel d'optimisation
Roche Diagnostics
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53
Table des matières
Logiciel d'optimisation
Dans ce chapitre
2
2
À propos du logiciel d'optimisation . . . . . . . . . . . . . . .
55
À propos de l'interface utilisateur du logiciel
d'optimisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
56
Flux de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
58
Utilisation du logiciel d'optimisation . . . . . . . . . . . . . .
Configuration requise pour les données brutes . .
Mise en place d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Démarrage d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . .
Chargement des fichiers de données brutes .
Vérification des données brutes à partir du
système analytique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Réglage des paramètres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Gestion des sessions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Création d'une nouvelle session . . . . . . . . . . . .
Enregistrement ou modification du nom
d'une session. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ouverture d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Suppression d'une session . . . . . . . . . . . . . . . .
Personnalisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Personnalisation du schéma . . . . . . . . . . . . . . .
Personnalisation du tableau d'analyse des
données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
60
60
60
61
61
63
64
66
66
66
67
67
68
69
2 Logiciel d'optimisation
70
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
54
2 Logiciel d'optimisation
Table des matières
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Logiciel de canal utilitaire, version 3.0 · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation
55
À propos du logiciel d'optimisation
Objectif et usage prévu du logiciel
d'optimisation
Le logiciel d'optimisation est destiné à aider au
développement du logiciel de fichiers d'analyse
personnalisé requis pour effectuer les dosages définis par
l'utilisateur sur les cobas® 6800/8800 Systems. Il permet
aux développeurs d'évaluer l'impact des différentes
valeurs de RFI et valeurs seuils de Ct selon des courbes
générées au cours du développement de tests. Le logiciel
d'optimisation est un logiciel autonome s'exécutant sur un
PC Windows séparé. Il ne fait pas partie d'un système
analytique. Le logiciel d'optimisation n'assure pas la
génération ou la vérification de résultats de diagnostic.
2 Logiciel d'optimisation
L’ensemble de la propriété intellectuelle contenue dans
ce produit appartient à Roche.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
56
À propos de l'interface utilisateur du logiciel d'optimisation
À propos de l'interface utilisateur du
logiciel d'optimisation
Cette section décrit les principaux éléments de l'interface
utilisateur du logiciel d'optimisation.
A
G
B
F
C
E
D
A Barre de menu
C Zone de groupe d'analyse E
de données
Zone de groupe Results
B Zone de groupe Growth
curve
D Barre verticale
Zone de groupe
Parameters
F
G Zone de groupe Test
selection
2 Logiciel d'optimisation
w Éléments de l'interface utilisateur
L'interface utilisateur du logiciel d'optimisation se
compose d'une seule vue ou zone de travail. Cette
dernière se divise en 2 panneaux et en 5 zones de
groupe. Les éléments de l'interface utilisateur sont décrits
dans le tableau suivant :
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation
Élément
57
Description
Barre de menu
Inclut les boutons suivants :
o Create : sélectionnez ce bouton pour créer une nouvelle session du logiciel
d'optimisation.
o Save : sélectionnez ce bouton pour enregistrer la session en cours.
o Save as : sélectionnez ce bouton pour enregistrer la session en cours avec un nom de
fichier différent.
o Open : sélectionnez ce bouton pour ouvrir une session existante.
o Delete Sessions : sélectionnez ce bouton pour supprimer les sessions enregistrées.
o About : sélectionnez ce bouton pour obtenir des informations légales et des détails sur
la version.
Zone de groupe Growth curve
Présente des vues graphiques détaillées des courbes de croissance (brutes et normalisées).
Des fonctions de zoom complètes sont disponibles et le schéma obtenu peut être enregistré
dans le presse-papiers du PC ou exporté dans un fichier d'image. Les options disponibles
permettent de définir la légende, la façon dont les courbes sont mises en surbrillance, de
même que le titre et les indications de l'axe.
Zone de groupe d'analyse de
données
Présente une liste de résultats sélectionnés pour chaque puits et chaque canal. Des
fonctions de filtre et de tri sont disponibles dans la liste.
Barre verticale
Sépare les panneaux droit et gauche de la zone de travail. En faisant glisser la barre
verticale à l'aide de la souris, vous pouvez augmenter ou réduire la largeur du panneau droit
ou du panneau gauche.
Zone de groupe Results
Présente un résumé des courbes positives et négatives de la dernière analyse lancée. Le
bouton Analyze and display vous permet de mettre à jour la courbe affichée à l'aide des
paramètres définis.
Zone de groupe Parameters
Permet de définir divers paramètres de test. Parmi ces cibles, la plus importante est la
sensibilité (Sensitivity ou RFImin), laquelle définit le seuil de détection.
Zone de groupe Test selection
Permet le chargement de fichiers de données brutes, de même que leurs runs respectifs
inclus pour le calcul ou supprimés.
2 Logiciel d'optimisation
y Description des éléments de l'interface utilisateur
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
58
Flux de travail
Flux de travail
Cette section offre un aperçu des principales tâches que
vous pouvez réaliser à l'aide du logiciel d'optimisation.
Flux de travail principal
2 Logiciel d'optimisation
cobas® 6800/8800
Systems
1
Sélection du test
CU installé sur le
système
4
Exécution du test
5
Réception et
export des
résultats de test
Canal utilitaire
et dispositif de lecture/
écriture RFID
2
Cassette de réactifs
Écriture de l'ID
et du n° de lot
de la cassette
de réactifs sur la
puce RFID
3
/RJLFLHOG RSWLPLVDWLRQ
Préparation
de la cassette
de réactifs et
FKDUJHPHQWGH
la cassette sur le
système
6
Analyse ultérieure
des résultats
u Flux de travail de développement de test (17)
Flux de travail de routine (18)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation
59
Flux de travail post-analyse
)OX[GHWUDYDLOGXORJLFLHOG RSWLPLVDWLRQ
1
&RQÀJXUDWLRQGHODVHVVLRQ
‡&KDUJHPHQWGHVÀFKLHUVGH
GRQQpHVEUXWHV IRUPDW5')
‡6pOHFWLRQGHVUXQVHWGHVWHVWV
2
9pULÀFDWLRQGHVGRQQpHV
EUXWHV
*HVWLRQGHVVHVVLRQV
‡9pULÀFDWLRQGHODFRXUEHGH
FURLVVDQFHGHO DQDO\VHGHV
GRQQpHVHWGHVUpVXOWDWV
3
5pJODJHGHVSDUDPqWUHV
‡5pJODJHGHODVHQVLELOLWpGX
FDQDO 5),PLQ
‡5pJODJHGHVSDUDPqWUHVGH
FRQWU{OHLQWHUQH
4
9pULÀFDWLRQGHVQRXYHDX[
UpVXOWDWV
‡$QDO\VHGHVGRQQpHVHW
DIÀFKDJHGHVFRXUEHVGH
FURLVVDQFHVHORQOHVQRXYHDX[
SDUDPqWUHV
5
3HUVRQQDOLVDWLRQ
2 Logiciel d'optimisation
‡3HUVRQQDOLVDWLRQGXVFKpPD
‡3HUVRQQDOLVDWLRQGXWDEOHDX
G DQDO\VHGHVGRQQpHV
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
60
Utilisation du logiciel d'optimisation
Utilisation du logiciel d'optimisation
Dans cette partie
Configuration requise pour les données brutes (60)
Mise en place d'une session (60)
Vérification des données brutes à partir du système
analytique (63)
Réglage des paramètres (64)
Gestion des sessions (66)
Personnalisation (68)
Configuration requise pour les données brutes
Cette section indique la configuration requise pour les
fichiers de données brutes utilisés avec le logiciel
d'optimisation.
Les fichiers de données brutes importés dans le logiciel
d'optimisation doivent satisfaire aux critères suivants :
•
•
•
Seules les données d'exportation cobas® 6800/8800
de tests cobas omni Utility Channel peuvent être
importées dans le logiciel d'optimisation.
Les données doivent être au format XML.
Les données d'exportation de tests de diagnostic in
vitro ne peuvent pas être importées.
2 Logiciel d'optimisation
u Pour obtenir des informations sur l'exportation de
données de test, voir la documentation utilisateur du
cobas® 6800/8800.
Accès aux fichiers de données
Les fichiers de données sont transférés des
cobas® 6800/8800 Systems vers l'ordinateur hébergeant
le logiciel d'optimisation via l'accès au réseau.
Mise en place d'une session
Dans cette partie
Démarrage d'une session (61)
Chargement des fichiers de données brutes (61)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation
61
Démarrage d'une session
Cette section explique comment ouvrir le logiciel
d'optimisation, créer une nouvelle session et charger des
fichiers de données brutes.
u Installation du logiciel d'optimisation (112)
j
m Le logiciel d'optimisation a été installé.
r Pour démarrer une session
2
2 L'outil crée automatiquement une nouvelle session,
vide.
3
3 Pour enregistrer la session, sélectionnez le
bouton Save dans la barre de menu.
Chargement des fichiers de données brutes
Cette section explique comment charger les fichiers de
données brutes pour l'analyse.
u Pour obtenir des informations sur l'exportation de
données de test, voir la documentation utilisateur du
cobas® 6800/8800.
d
j
m Les fichiers de résultats de tests CU doivent être
disponibles au format XML.
m Le logiciel d'optimisation est ouvert.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
2 Logiciel d'optimisation
1 Ouvrez le logiciel de l'une des manières suivantes :
• Dans le menu Start, sélectionnez l'icône du
logiciel d'optimisation.
• Sur le bureau, double-cliquez sur le raccourci.
62
Utilisation du logiciel d'optimisation
r Pour charger les fichiers de données
brutes
1
2
2 Logiciel d'optimisation
3
4
5
1 Dans la zone de groupe Test selection, sélectionnez
le bouton Import Data.
f La boîte de dialogue Select raw data file
s'affiche.
2 Naviguez jusqu'à l'emplacement du fichier de données
brutes et sélectionnez le bouton Open.
3 Si les fichiers de données brutes incluent des
paramètres de calcul incohérents, les valeurs par
défaut sont chargées.
I Les paramètres de calcul par défaut sont les
suivants :
Tous les canaux activés,
Sensitivity (RFImin) = 2,5 (tous les canaux),
Ct range = [0-50] (tous les canaux),
Positive target confirmation with IC.
4 Si les données brutes incluent des tests de diagnostic
in vitro, elles ne peuvent pas être importées par le
logiciel d'optimisation.
5 Pour importer des fichiers de données brutes
supplémentaires, choisissez le bouton Import Data
dans la zone de groupe Test selection. Procédez
comme à l'étape 1.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation
6
7
8
63
6 Si les données brutes incluent des runs présentant
des valeurs de paramètres différentes, le logiciel
d'optimisation demande si les valeurs en cours ou les
valeurs par défaut doivent être utilisées.
7 Pour voir les différents paramètres d'origine de
chaque groupe de fichiers d'analyse CU, déplacez le
curseur sur le nom du groupe de fichiers d'analyse CU
dans la liste UCAP.
f L'infobulle Original UCAP parameters s'affiche.
8 Pour désactiver l'affichage et l'analyse des données,
cochez la case de la première colonne de chaque
ligne dans la zone de groupe Test selection.
9 Pour supprimer des données brutes de la session,
sélectionnez le bouton Delete dans la zone de groupe
Test selection.
Vérification des données brutes à partir du système
analytique
Juste après le chargement des fichiers de données
brutes, le logiciel d'optimisation affiche les informations
de résultats de test.
Vérifiez les courbes de croissance des résultats d'origine
afin de vous assurer que le jeu de paramètres par défaut
défini dans les fichiers d'analyse CU correspond à vos
besoins. Si les résultats ne sont pas satisfaisants, vous
pouvez ajuster certains des paramètres.
Affichage des résultats
Condition
Contrôle négatif invalide
Dans les cas suivants, pour interpréter des données
brutes, le logiciel d'optimisation affiche des résultats
différents de ceux du système analytique :
Système analytique
Logiciel d'optimisation
Résultats du canal : « Invalid »
(pour tous les échantillons du lot)
Résultats du canal : « Negative » ou
« Positive » (selon le signal).
Résultats globaux : « Invalid »
Résultats globaux : « Invalid ».
y Différences dans l'affichage des résultats entre le logiciel d'optimisation et le système analytique
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
2 Logiciel d'optimisation
Cette section explique comment afficher les résultats
d'origine dans le logiciel d'optimisation à partir du
système analytique.
64
Utilisation du logiciel d'optimisation
Condition
Échantillons invalidés en raison d’un
contrôle interne négatif ou invalide
(selon la logique de résultat)
Système analytique
Logiciel d'optimisation
Résultat global : « Invalid »
Résultats du canal : « Negative » ou
« Positive ».
Canal cible valide : « Negative » ou
« Positive »
Canal cible invalide : « Invalid »
y Différences dans l'affichage des résultats entre le logiciel d'optimisation et le système analytique
r Pour vérifier les données brutes
1
2
2 Logiciel d'optimisation
3
1 Les courbes de croissance d'origine des données de
test sont affichées graphiquement dans la zone de
groupe Growth curve. Pour passer de l'affichage des
données brutes à celui de données normalisées ou
inversement, sélectionnez votre préférence dans la
liste déroulante Curves:.
2 Les données de test d'origine sont affichées sous
forme de tableau dans la zone de groupe d'analyse
des données. Des fonctions de tri et de filtre des
données sont disponibles dans le tableau.
I Seules les colonnes des résultats d'origine
présentent un contenu.
3 La zone de groupe Results présente un résumé du
nombre de résultats positifs et négatifs pour chaque
canal.
I Aucune valeur n'est affichée pour les canaux
désactivés.
Réglage des paramètres
Cette section décrit la modification du nombre de canaux
et de la sensibilité de canal, de même que les paramètres
de validation du contrôle interne.
Paramètres
Le tableau ci-dessous montre les paramètres pouvant
être modifiés à l'aide du logiciel d'optimisation :
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation
Paramètre
65
Série
Sensibilité (RFImin)
1-100
Limite de Ct
0-50
y Paramètres ajustables
u Définition et modification de fichiers d'analyse CU (23)
r Pour régler les paramètres
2
3
4
5
1 Pour régler les sensibilités cibles, modifiez les valeurs
dans les champs Sensitivity (RFI min) dans la zone
de groupe Parameters.
2 Les paramètres suivants peuvent être ajustés pour le
contrôle interne :
• Pour ajuster la sensibilité, remplissez le champ
Sensitivity (RFI min).
• Pour ajuster la plage de validité de Ct, remplissez
les champs Lower Ct limit (Ct min) et Upper Ct
limit (Ct max).
3 Pour afficher les valeurs de sensibilité dans les
courbes de croissance, sélectionnez le bouton dans
la zone de groupe Growth curve. Sélectionnez
l'option Show parameters.
4 Les niveaux de sensibilité dans les courbes de
croissance sont mis à jour juste après avoir modifié la
valeur de RFI min dans la zone de groupe
Parameters (voir étape 1)
5 Dès qu'un paramètre est modifié, un message
s'affiche indiquant qu'une nouvelle analyse est requise
(New analysis required). Pour analyser les données et
afficher les courbes de croissance avec les nouveaux
paramètres, sélectionnez le bouton Analyze and
display dans la zone de groupe Results.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
2 Logiciel d'optimisation
1
66
Utilisation du logiciel d'optimisation
Gestion des sessions
Dans cette partie
Création d'une nouvelle session (66)
Enregistrement ou modification du nom d'une
session (66)
Ouverture d'une session (67)
Suppression d'une session (67)
Création d'une nouvelle session
r Pour créer une nouvelle session
1
2
1 Pour créer une nouvelle session, sélectionnez le
bouton Create dans la barre de menu.
2 Si des modifications apportées à la session en cours
n'ont pas été enregistrées, le logiciel d'optimisation
demande si la session en cours doit être enregistrée.
3 Une nouvelle session est créée.
2 Logiciel d'optimisation
Enregistrement ou modification du nom d'une session
r Pour enregistrer ou renommer une
session
1
2
3
1 Pour enregistrer une nouvelle session, sélectionnez le
bouton Save dans la barre de menu.
2 Dans la boîte de dialogue Save session, saisissez le
nom de la session.
I Une fois que vous avez enregistré une session, le
nom existant est utilisé lors de l’enregistrement.
3 Pour modifier le nom d'une session, sélectionnez le
bouton Save as dans la barre de menu.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation
4
67
4 Dans la boîte de dialogue Save session, saisissez le
nouveau nom de la session.
Ouverture d'une session
Cette section décrit l'ouverture d'une session
préalablement enregistrée.
r Pour ouvrir une session
2
3
1 Pour ouvrir une session préalablement enregistrée,
sélectionnez le bouton Open dans la barre de menu.
2 Dans la boîte de dialogue Open session,
sélectionnez la session dans la liste, puis sélectionnez
le bouton Open.
3 Le logiciel d'optimisation demande si la session en
cours doit être enregistrée.
Suppression d'une session
Cette section fournit des instructions de suppression des
sessions permettant de gérer la taille de la base de
données locale.
Les sessions du logiciel d'optimisation sont stockées dans
une base de données locale. Le logiciel d'optimisation
vous avertit lorsque la taille de la base de données atteint
sa limite.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
2 Logiciel d'optimisation
1
68
Utilisation du logiciel d'optimisation
r Pour supprimer une session
1
2
3
1 Pour ouvrir une session préalablement enregistrée,
sélectionnez le bouton Delete Sessions dans la
barre de menu.
2 Dans la boîte de dialogue Delete session,
sélectionnez la session à supprimer dans la liste, puis
sélectionnez le bouton Delete.
3 Confirmez que vous souhaitez supprimer la session.
Personnalisation
2 Logiciel d'optimisation
Dans cette partie
Personnalisation du schéma (69)
Personnalisation du tableau d'analyse des données (70)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation
69
Personnalisation du schéma
Cette section décrit les options de personnalisation de la
vue du schéma de courbe de croissance.
r Pour personnaliser le schéma
2
3
1 Les options de souris suivantes sont disponibles pour
le schéma de courbe de croissance :
• Pour mettre à l'échelle le schéma
automatiquement, faites un double-clic.
• Pour déplacer le schéma, faites un glisser-déposer
en maintenant le bouton gauche de la souris
enfoncé.
• Pour faire un zoom avant ou arrière, utilisez la
molette de la souris.
• Pour zoomer sur une zone spécifique, mettez une
zone du schéma en surbrillance tout en appuyant
sur le bouton droit de la souris.
• Pour copier le schéma dans le presse-papiers ou
pour enregistrer le schéma sous forme de fichier
graphique, placez le curseur de la souris dans la
zone de groupe Growth curve et faites un clic
droit.
2 Pour ajouter une légende au schéma, sélectionnez le
bouton
dans la zone de groupe Growth curve.
Sélectionnez l'option Show legend.
3 Pour renommer le titre et les indications de schéma,
sélectionnez le bouton
dans la zone de
groupe Growth curve. Sélectionnez le bouton Titles
and axis labels.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
2 Logiciel d'optimisation
1
70
Utilisation du logiciel d'optimisation
4
5
4 Pour mettre des données en surbrillance dans les
courbes de croissance, procédez comme suit :
• Dans le tableau dans la zone de groupe d'analyse
des données, mettez en surbrillance une ou
plusieurs rangées en cliquant avec le bouton
gauche de la souris.
• Dans la zone de groupe Growth curve,
sélectionnez le bouton .
• Pour afficher toutes les courbes dans le schéma,
sélectionnez l'option Normal dans la liste
Highlight mode.
• Pour mettre en surbrillance toutes les courbes
sélectionnées dans le schéma, sélectionnez
l'option Emphasize dans la liste Highlight mode.
• Pour mettre en surbrillance toutes les courbes
sélectionnées dans le schéma, sélectionnez
l'option Selection dans la liste Highlight mode.
5 Pour modifier un style de ligne pour une courbe,
mettez en surbrillance une rangée dans la zone de
groupe d'analyse de données et faites un clic droit.
Dans le menu contextuel, sélectionnez la
commande Edit line style.
2 Logiciel d'optimisation
Personnalisation du tableau d'analyse des données
Cette section fournit des informations sur le tri et
l'affichage des données dans le tableau d'analyse.
r Pour personnaliser le tableau
d'analyse des données
1
1 Pour trier les données, cliquez sur un en-tête de
colonne.
2 Pour modifier la position d'une colonne, faites glisser
l'en-tête en maintenant le bouton gauche de la souris
enfoncé.
3 Pour figer ou libérer une colonne dans l'affichage,
sélectionnez l'icône de punaise dans l'en-tête.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Logiciel d'optimisation
5
6
7
4 Pour filtrer les données d'une colonne, sélectionnez le
bouton
dans l'en-tête et choisissez les entrées
pertinentes. Sélectionnez le bouton OK.
f Le schéma est mis à jour selon les courbes filtrées.
5
Pour des fonctions supplémentaires, mettez en
surbrillance une rangée dans la zone de groupe
d'analyse de données et faites un clic droit.
f Le menu contextuel s'affiche.
6 Pour ajouter ou supprimer une colonne dans le
tableau, sélectionnez la commande Column selector
dans le menu contextuel. Dans la boîte de
dialogue Column Chooser, sélectionnez les colonnes
à afficher.
7 Pour regrouper les données en fonction de certaines
valeurs dans une colonne, sélectionnez la
commande Group by dans le menu contextuel.
f Un nouvel en-tête de regroupement de données
s'affiche au-dessus du tableau.
8 Faites un glisser-déposer de la colonne présentant la
valeur selon laquelle trier les données et déplacez-la
dans l'en-tête supérieur.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
2 Logiciel d'optimisation
4
71
Utilisation du logiciel d'optimisation
2 Logiciel d'optimisation
72
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Annexe
3
4
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire ....................... 75
Installation du logiciel.........................................................................................107
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
75
Table des matières
Consignes pour l'exécution de tests
Dans ce chapitre
3
3
Recommandations pour la conception de test. . . . . .
77
Avis de non-responsabilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
78
Amorce et sonde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Recommandations de conception d'amorce. . . . .
Recommandations de conception de sonde. . . . .
Conception de sonde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
À propos de la tolérance des
mésappariements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
À propos des réactions croisées . . . . . . . . . . .
Test multiplex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
79
80
81
82
Profil de PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
87
Contrôles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Contrôle interne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
90
90
85
85
86
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps
réel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
À propos du kit d’optimisation . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Amorce et sonde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Fluorophore rapporteur et fluorophore
quencher . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Amorces et sondes manquantes . . . . . . . . . . . 96
Optimisation du test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
À propos de l’optimisation du test . . . . . . . . . . 98
Concentration d'amorce et de sonde . . . . . . . . 98
Paramètres de profil de PCR . . . . . . . . . . . . . . . 99
Performances de test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Courbe de croissance standard et efficacité
de la PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
Test multiplex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Performances de contrôle interne . . . . . . . . . . . . . 101
Références. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Annexe 1 : Exemples de profils de PCR. . . . . . . . . . . . 104
Annexe 2 : Programmes logiciels de conception
d'amorce disponibles sur Internet . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
avec canal utilitaire
76
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Table des matières
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Logiciel de canal utilitaire, version 3.0 · Assistance Utilisateur · version 1.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
77
Recommandations pour la conception de
test
Le cobas omni Utility Channel prend en charge le
développement et la réalisation de routine de tests de
PCR en temps réel définis par l'utilisateur sur les
cobas® 6800/8800 Systems. Le cobas omni Utility
Channel utilise une procédure standardisée de
préparation des échantillons de même que des réactifs
En combinaison avec l'éluat standardisé, une structure de
master mix standardisée est fournie. Pour garantir des
performances optimales de test défini par l'utilisateur, il
est recommandé de procéder à une optimisation de la
conception d'amorce et de sonde sur la base de la
structure de master mix standardisée.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
cobas omni sur les cobas® 6800/8800 Systems,
permettant d'obtenir un éluat standardisé.
78
Avis de non-responsabilité
Avis de non-responsabilité
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Roche n'est pas en mesure d'indiquer des protocoles
spécifiques aux utilisateurs, ni de spécifier les résultats
attendus. Les opérateurs sont responsables de
l'intégralité de la validation de test, y compris le protocole
de validation, les résultats attendus, une cohorte de test
statistiquement valide (nombre et types de cas), la
comparaison à des tests similaires (par exemple un autre
test de PCR concernant la même cible) et la
documentation de test.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
79
Amorce et sonde
Les conceptions d'amorce et de sonde doivent être
basées sur les évaluations de tests existants, de bases de
données de séquence et de séquences potentiellement
responsables de réactions croisées. Le résultat de la
conception doit être une séquence ciblant une région
génétique hautement conservée et qui ne soit pas
hautement polymorphe.
Recommandations de conception d'amorce (80)
Recommandations de conception de sonde (81)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Dans cette partie
80
Amorce et sonde
Recommandations de conception d'amorce
Les séquences d'amorce doivent répondre aux
caractéristiques générales suivantes :
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
•
•
•
•
•
•
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Taille de l'amplicon : 50 à 250 bp
Longueur de l'amorce : 18 à 25 bp
Ne pas contenir de structure secondaire interne
Évitez les mésappariements à proximité de l'extrémité
3' de l'amorce, en particulier pour les amorces
inverses. Les mésappariements de paire de bases sont
susceptibles de réduire l'efficacité de la synthèse
d'ADNc dans les dosages de PCR inverse. Il est
essentiel d'éviter les mésappariements sur les trois
bases 3'.
Le type de mésappariement de l'amorce est en
corrélation avec l'efficacité de la transcription inverse.
Les mésappariements G:T sont mieux tolérés que les
autres mésappariements. La déstabilisation
thermodynamique d'un mésappariement a un impact
moindre que les perturbations structurelles et
électrostatiques qu'elle cause dans la zone active de
l'ADN polymérase.
Les mésappariements sur des amorces non inverses
sont mieux tolérés. Plus un mésappariement est
proche de l'extrémité 3', plus son effet est important.
Si possible, les amorces doivent être conçues en
suivant les règles suivantes :
- Les amorces se terminent par A ou C.
- La teneur en GC doit être comprise entre 35 et
65 %.
- Évitez les séquences de nucléotides identiques
(par exemple 4 résidus consécutifs ou plus, tels
que CCCC ou GGGG)
- Les amorces ne sont pas complémentaires entre
elles au niveau de leurs extrémités 3' et ne sont
pas auto-complémentaires.
- La température de fusion (TM) des amorces est
comprise entre 60 et 70 °C, au moins 3 à 5 °C de
plus que la température d'hybridation.
L'hybridation a lieu à une température comprise
entre 55 et 65 °C.
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
81
q Le cobas omni Utility Channel ne permet pas de
températures de PCR inférieures à 55 °C et supérieures à
95 °C.
u Profil de PCR (87)
Oligonucléotide
Concentration de départ
Plage de concentration
Amorce
0,3 μM
0,02 μM à 0,6 μM
Sonde
0,1 μM
0,02 μM à 0,3 μM
Recommandations de conception de sonde
Dans cette partie
Conception de sonde (82)
À propos de la tolérance des mésappariements (85)
À propos des réactions croisées (85)
Test multiplex (86)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
y Suggestions de concentrations de test pour amorce et sonde
82
Amorce et sonde
Conception de sonde
La conception de sonde doit répondre aux
caractéristiques générales suivantes :
•
•
•
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Longueur de sonde : 18 à 30 bp
La teneur en GC doit être comprise entre 45% et 65 %.
Évitez les runs de nucléotides identiques (par exemple
4 résidus consécutifs ou plus, tels que CCCC ou
GGGG).
Évitez d'avoir un « G » à l'extrémité 5', étant donné
qu'un résidu « G » peut avoir un effet suppresseur si le
fluorophore se situe à l'extrémité 5'.
La température de fusion de la sonde doit être
supérieure (de 5 à 10 °C) à la température de fusion
de l'amorce. Si la sonde ne se lie pas avant
l'hybridation des amorces, l'ADN polymérase prolonge
les amorces avant que l'hybridation de la sonde n'ait
lieu. Par conséquent, le clivage de TaqMan® est
inefficace ou insignifiant.
Les fluorophores quenchers foncés permettent
d'obtenir de meilleurs signaux de fluorescence.
Les sondes d'hydrolyse comportant un suppresseur
(quencher) interne plutôt qu'un suppresseur
d'extrémité 3' présentent des lignes de base plus
basses et des valeurs de RFI plus élevées.
Ne calculez pas la température de fusion de la sonde
en vous basant sur la séquence cible conservée.
Calculez la température de fusion en vous basant sur
une plage de séquences à partir des variantes du virus
les plus susceptibles d'être détectées par le dosage.
Pour les dosages basés sur la PCR inverse : pour
réduire l'interférence potentielle avec l'efficacité de la
transcriptase inverse, évitez que la sonde ne se lie à
l'ARN cible.
Les sondes portant un suppresseur (quencher)
interne présentent des avantages pour la conception
et la production de dosage mais elles ne tolèrent que
peu les cibles mésappariées. De plus, elles présentent
une fluorescence de ligne de base plus basse que les
autres modèles de sondes.
Les mésappariements entre le rapporteur et le
suppresseur (quencher) peuvent entraîner une
hybridation avec une formation 5’ flap et un clivage
non productif de la sonde TaqMan®.
Pour accroître la tolérance des mésappariements,
utilisez des sondes plus espacées (>12) ou étiquetées
à l'extrémité.
Pour les sondes portant un suppresseur (quencher)
interne, utilisez le fluorophore BHQ2 en tant
qu'insertion et non en tant que substitution d'une
base.
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Prise en compte du fluorophore rapporteur et du
fluorophore quencher appropriés (voir tableaux cidessous). Le cobas omni Utility Channel sur les
cobas® 6800/8800 Systems utilise un kit de filtres
avec les longueurs d'onde d'excitation et d'émission
indiquées ci-dessous :
Longueur / largeur d'onde
d'excitation [nm]
Longueur / largeur d'onde
d'émission [nm]
Fluorophores proposés(1)
Canal 1
435/25
470/20
Coumarine/thréo-coumarine
Canal 2
495/10
521/10
FAM/FAM-dT
Canal 3
540/10
580/20
HEX/Sima-dT
Canal 4
610/20
645/20
JA270
Canal 5
680/10
730/LP
Réservé au contrôle interne
Canal
®
y Longueurs d'onde d'excitation et d'émission sur les cobas 6800/8800 Systems
(1) D'autres fluorophores peuvent être utilisés dans certaines limites (voir Optimisation du test (98))
Fluorophore quencher
Plage d'absorbance [nm]
BHQ-1
480 - 580
BHQ-2
550 - 650
BHQ-3
620 - 730
BBQ
550 - 750
TAMRA
550 - 576
DABCYL
453
y Plages de fluorophore quencher
Les jeux de sondes candidates peuvent être évalués au
regard des caractéristiques de leurs courbes de
croissance. Par exemple, les valeurs de RFI (Relative
Fluorescence Increase ou augmentation relative de la
fluorescence) et d'AFI (Absolute Fluorescence Increase
ou augmentation absolue de la fluorescence) donnent
des informations sur la puissance de signal totale de la
réaction et les moyennes de ligne de base peuvent être
intéressantes quant à l'arrêt de la réaction. Au niveau du
test des sondes candidates, assurez-vous d'évaluer non
seulement les sondes mais aussi diverses concentrations
de chaque sonde, étant donné que les performances du
test risquent de varier selon la sonde et sa concentration
fonctionnelle.
u Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher (94)
u Suggestions de concentrations de test pour amorce et
sonde y (81)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
•
83
84
Amorce et sonde
Augmentation relative de la fluorescence
z
RFI =  PFL    BFL 
1
•
•
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
•
Augmentation absolue de la fluorescence
RFI = Relative Fluorescence Increase (augmentation
relative de la fluorescence)
PFL = Plateau Fluorescence Level (niveau de
fluorescence de plateau)
BFL = Baseline Fluorescence Level (niveau de
fluorescence de ligne de base)
z
AFI = PFL – BFL
2
•
•
•
Visualisation des tests
AFI = Absolute Fluorescence Increase (augmentation
absolue de la fluorescence)
PFL = Plateau Fluorescence Level (niveau de
fluorescence de plateau)
BFL = Baseline Fluorescence Level (niveau de
fluorescence de ligne de base)
Pour visualiser les tests de canal utilitaire avec les
cobas® 6800/8800 Systems, utilisez le logiciel
d'optimisation.
u Logiciel d'optimisation (53)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
85
À propos de la tolérance des mésappariements
Les mésappariements sont presque inévitables, surtout si
la sonde est conçue pour avoir une large couverture des
génotypes.
•
•
•
•
Pour modifier la stabilité d'hybridation du duplex
sonde-cible, utilisez des analogues de base.
Parmi les nucléotides stabilisants, on trouve
notamment la 5-méthyl-désoxycytidine (5-Methyl-dC),
la 5-propynyl-désoxyuridine (pdU) ou la 5-propynyldésoxycytosine (pdC).
Utilisez une base universelle, telle que la
désoxyinosine, dans une position de mésappariement
fournissant aux 4 bases naturelles une stabilité de
paire de bases similaire. Un analogue de ce type est
susceptible de masquer les effets de certains
mésappariements. Il est également possible d'utiliser
cette approche pour réduire la puissance de
l'appariement des bases dans toute paire de bases
G:C.
Modifiez la largeur (équivalent à TM) ou la position de
l'oligonucléotide pour compenser l'impact du
mésappariement.
À propos des réactions croisées
Les approches suivantes vous permettent de vérifier et
réduire les réactions croisées.
•
•
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Pour éviter les réactions croisées à des cibles très
proches (organismes ou pseudogènes proches),
utilisez des outils bio-informatiques pour protéger les
amorces et sondes potentielles.
Utilisez la fonction BLAST du logiciel adapté pour les
protéger contre les réactions croisées générales
(notamment avec d'autres séquences à l'intérieur du
génome humain).
Vérifiez tous les oligonucléotides susceptibles de
générer une réaction croisée. Réalisez une analyse
BLAST selon la base de données de séquences
appropriée dans le dosage en cours d'élaboration.
Dans le cas d'un dosage multiplex, vérifiez les cibles
multiplexes pouvant faire l'objet d'une coamplification grâce aux cibles initiales.
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Les approches suivantes vous permettent de réduire les
effets indésirables des mésappariements.
86
Amorce et sonde
Test multiplex
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Lors de l'exécution de tests multiplex, la spécificité de
détection est importante au niveau du fluorophore unique
car il est capital que le signal détecté soit généré
spécifiquement à partir de la chimie de détection et non à
partir de sources alternatives. Le phénomène dit de
« crosstalk » en est un exemple significatif. Il survient lors
de réactions multiplex lorsque le signal provenant d'un
fluorophore est détecté comme signal provenant de
l'autre fluorophore dans le cadre de la réaction.
Le cobas omni Utility Channel comprend une
compensation crosstalk entre tous les canaux de
détection qui élimine le crosstalk indésirable. L'efficacité
de la compensation crosstalk peut varier en fonction de la
chimie du fluorophore et il est possible que des
phénomènes de crosstalk résiduels persistent.
Si un signal indésirable est émis, il est possible de
l'éliminer en augmentant la sensibilité (valeur de RFI min).
u Sujets connexes
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Test multiplex (101)
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
87
Profil de PCR
Le logiciel de canal utilitaire autorise les profils de PCR
d'une durée maximale de trois heures, à des températures
comprises entre 55 °C et 95 °C et avec un nombre de
phases ajustable pour la pré-PCR, la 1ère mesure
Le logiciel de canal de mesure fournit un profil de PCR
standardisé avec la possibilité de modifier certains
paramètres (voir tableaux ci-dessous).
u Annexe 1 : Exemples de profils de PCR (104)
Si une validation de contrôle interne est requise par les
cobas® 6800/8800 Systems, ne modifiez pas le profil de
pré-PCR.
q
Pour permettre 50 cycles avec des paramètres
identiques, alignez les paramètres pour la 1ère et la 2nde
mesure.
q
Les performances de validation de contrôle interne
ont été optimisées dans le profil de PCR par défaut fourni
par le logiciel de canal utilitaire de même que dans les
échantillons de plasma/sérum. La fonctionnalité du
contrôle interne peut être perturbée en cas de
modifications apportées aux paramètres de profil de PCR
ou si d'autres échantillons sont utilisés.
L'utilisateur peut choisir d'activer la validation de la cible
en fonction du résultat de contrôle interne.
Nb de cycles
Nb de phases
Incubation UNG
Phase de pré-PCR
1ère mesure
2nde mesure
Refroidissement
Prédéfini
1
5
45
Prédéfini
3
2
2
Température
55 °C 60 °C 65 °C 95 °C
55 °C
91 °C
58 °C
Temps de rétention
120 s 360 s 240 s 5 s
30 s
5s
25 s
Acquisition des
données
Aucune
Fin de chaque
cycle
Fin de chaque
cycle
y Profil de PCR par défaut pour le cobas omni Utility Channel fourni par le logiciel de canal utilitaire
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
(5 cycles) et la 2nde mesure (45 cycles). La première et la
deuxième mesure permettent la création de profils de
PCR pour ajuster la sensibilité ou la spécificité de la
réaction.
88
Profil de PCR
Phase de pré-PCR*
1ère mesure*
2nde mesure*
Nb de cycles
1
5
45
N° d'intervalle de
températures
1 à 10
2 ou 3
2 ou 3
55-95 °C
(par phase)
55-95 °C
(par phase)
55-95 °C
(par phase)
≥0s
(par phase)
≥0s
(par phase)
≥0s
(par phase)
Aucune
Fin de chaque
cycle
Fin de chaque
cycle
Incubation UNG
Plage de
températures
Ne peut pas être
modifiée
Temps de
rétention(1)
Acquisition des
données
Refroidissement
Ne peut pas être
modifié
* Les paramètres indiqués en gras ne peuvent pas être modifiés dans les plages données
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
y Plage de profil de PCR pour le cobas omni Utility Channel
(1) La durée totale de la PCR, incubation UNG et refroidissement inclus, ne peut dépasser 10 800 s.
Si une modification de profil de PCR est nécessaire,
suivez les recommandations ci-après :
•
•
•
•
•
Caractéristique du test ou de la
séquence cible
Si le contrôle interne du cobas omni Utility Channel
doit être utilisé, ne modifiez pas le programme de préPCR.
Maintenez les durées de dénaturation réduites et les
températures de dénaturation les plus basses
possible.
Choisissez la température d'hybridation selon la
température de fonte de l'amorce et les exigences du
test en termes de spécificité.
Choisissez une durée d'extension en fonction de la
longueur de la séquence cible à amplifier
Vous trouverez ci-dessous davantage de consignes
pour modifier les paramètres de profil de PCR :
Suggestions de modification de profil de PCR
Teneur en GC élevée
o
o
o
Température de dénaturation plus élevée
Température plus élevée de transcription inverse
Inclusion de bases modifiées visant à déstabiliser l'hybridation des amorces et
des sondes
Faible teneur en GC
o
o
o
Température de dénaturation plus faible
Température plus basse de transcription inverse
Inclusion de bases modifiées visant à stabiliser l'hybridation des amorces et des
sondes
y Modification de paramètres de profil de PCR
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Suggestions de modification de profil de PCR
Amplicon long
o
Durée d'extension plus importante
Haute spécificité requise
(par exemple génotype rare)
o
o
o
o
o
o
o
Test plus rigoureux que tolérant
Température d'hybridation la plus haute possible
Durée d'hybridation la plus courte possible
Durée d'extension la plus courte possible
Température d'extension la plus haute possible
Durée de transcription inverse la plus courte possible
Température de transcription inverse la plus haute possible
Faible spécificité requise
(importance de l'inclusion)
o
o
o
o
o
o
Température d'hybridation la plus basse possible
Durée d'hybridation la plus longue possible
Durée d'extension la plus longue possible
Température d'extension la plus basse possible
Durée de transcription inverse la plus longue possible
Température de transcription inverse la plus basse possible
y Modification de paramètres de profil de PCR
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Caractéristique du test ou de la
séquence cible
89
90
Contrôles
Contrôles
Dans l'idéal, chaque cible doit avoir un jeu de contrôles
spécifique (à la fois positifs et négatifs) utilisés lors de
chaque run d'un test défini par l'utilisateur. De plus, un
contrôle interne est fourni par Roche avec la cassette de
cobas omni Utility Channel. Un contrôle négatif est
également fourni par Roche (cobas® Buffer Negative
Control Kit).
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Pour respecter les recommandations, l'utilisateur doit
fournir le matériel de contrôle positif.
q Les contrôles positifs peuvent être ajoutés en tant
qu'échantillons. Utilisez un code-barres approprié.
Contrôle interne
Le contrôle interne du cobas omni Utility Channel est
utilisé comme contrôle de procédure. Sa séquence d'ARN
non humaine a été sélectionnée pour réduire au
maximum les interférences avec les amorces et les
sondes spécifiques aux cibles humaines, virales ou
bactériennes.
q Les performances de validation de contrôle interne
ont été optimisées dans le profil de PCR par défaut fourni
par le logiciel de canal utilitaire de même que dans les
échantillons de plasma/sérum. La fonctionnalité du
contrôle interne peut être perturbée en cas de
modifications apportées aux paramètres de profil de PCR
ou si d'autres échantillons sont utilisés. C'est le cas en
particulier pour la phase de pré-PCR, requise pour la
transcription d’ARN du contrôle interne.
L'utilisateur peut choisir d'activer la validation de la cible
en fonction du résultat de contrôle interne.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
91
Des critères de validité peuvent être définis pour le
contrôle interne concernant la plage de Ct attendue et la
valeur de RFI minimale attendue. La valeur par défaut
pour la valeur de RFI minimale est de 2,5. Pour les
données concernant les performances de contrôle
interne dans des échantillons à base de plasma, effectuez
un run avec le profil de PCR par défaut fourni par le
logiciel de canal utilitaire.
u Augmentation relative de la fluorescence (84)
u Courbes de croissance du contrôle interne testé avec
3 lots de réactifs différents w (102)
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Test multiplex (101)
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
u Sujets connexes
92
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en
temps réel
Les sections suivantes sont organisées en fonction d'une
série de décisions recommandée, devant être prises de
façon progressive afin d'établir la faisabilité et de fixer la
conception de test (voir tableau ci-dessous). Nous
abordons ici des stratégies d'optimisation de test
qualitatif de PCR en temps réel. Nous mettons l'accent en
particulier sur la sélection d'une chimie d'amorce et de
sonde appropriée et sur l'optimisation des concentrations
d'amorce et de sonde à l'aide du réactif MMx-R2
cobas omni Utility Channel.
Phase
Description
Activités
1
Conception des oligonucléotides et
détermination de la faisabilité
o
o
o
o
Conception d'amorce et de sonde pour le test
Configuration de contrôles externes
Détermination d'une concentration initiale d'amorce et de sonde
Détermination de la faisabilité du test
2
Optimisation et définition des
concentrations
o
Optimisation et définition des concentrations d'amorce et de
sonde
Utilisation de différents lots d’amorce et de sondes pour
l’optimisation
Optimisation et définition des paramètres de profil de PCR si
nécessaire
Démonstration de respect des exigences du produit
Finalisation de l’optimisation de test par un run de performances
sur cobas® 6800/8800 avec une série de dilutions
o
o
o
o
3
Finalisation de la conception à partir
d'études d'établissement de valeurs limites
o
Établissement de tolérances de test à partir d'expériences de
valeurs limites
y Aperçu des activités de développement
q
Pour visualiser les résultats au cours de la phase
d'optimisation, utilisez le logiciel d'optimisation.
u Logiciel d'optimisation (53)
Dans cette partie
À propos du kit d’optimisation (93)
Amorce et sonde (94)
Optimisation du test (98)
Performances de test (99)
Performances de contrôle interne (101)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
93
À propos du kit d’optimisation
Un kit d'optimisation optionnel est disponible pour les
premières étapes de développement sur d'autres
Le cobas omni Optimization Kit contient le réactif de
master mix 1 et le réactif de master mix 2, tels qu’utilisés
dans la cassette cobas omni Utility Channel Reagent. Le
kit d'optimisation peut être utilisé sur des thermocycleurs
dotés de capacités de détection fluorescente au cours
des phases de développement de test primaires, avant la
validation du test avec le canal utilitaire sur les
cobas® 6800/8800 Systems.
Les étapes d’incubation et de refroidissement ainsi que
les vitesses de chauffage et de refroidissement ne
peuvent pas être modifiées dans le canal utilitaire pour
les cobas® 6800/8800 Systems. Pour imiter fidèlement la
procédure effectuée avec le canal utilitaire sur les
cobas® 6800/8800 Systems, il est recommandé d’utiliser
les paramètres suivants :
•
•
•
•
•
Un programme de PCR commençant par une étape
d’incubation
(2 min à 50 °C, 5 s à 94 °C).
- Remarque : si le contrôle interne du canal utilitaire
doit être utilisé, cette étape doit être suivie d'un
pré-programme de PCR
(55 °C pendant 120 s, 60 °C pendant 360 s, 65 °C
pendant 240 s).
Un programme de PCR se terminant par une étape de
refroidissement
(40 °C pendant 60 s).
Un programme de PCR avec des vitesses de
chauffage de 4,4 °C/s.
Un programme de PCR avec des vitesses de
refroidissement de 2,2 °C/s.
Une réaction de PCR contenant :
Éluat
27 μL
Réactif de master mix 1
10 μL
Réactif de master mix 2 préparé
15 μL
Volume total
52 μL
y Réactif de master mix 2 préparé
Roche Diagnostics
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3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
systèmes que la plateforme des cobas® 6800/8800
Systems.
94
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
Amorce et sonde
Pour commencer, évaluez une faible quantité
d'oligonucléotides candidats et déterminez la meilleure
combinaison d'amorce et de sonde en termes de
performances de manière expérimentale.
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Pour assurer une performance optimale, il est préférable
de concevoir des dosages multiplex dès le départ
(compatibilité avec le même MMx et conditions du profil
de cycle thermique, pour éviter les interactions
d'oligonucléotides indésirables).
Pour développer un dosage cible unique existant de
façon à ce qu'il couvre des cibles multiples, utilisez des
simulations informatiques adaptées. La nouvelle cible
s'ajoute à la cible et aux oligonucléotides existants
également inclus.
Si vous souhaitez combiner 2 dosages uniplex existants, il
est possible de produire une co-simulation des
oligonucléotides et des cibles permettant de déceler une
hybridation croisée susceptible d'avoir un impact sur les
performances. Si besoin, adaptez vos amorces et sondes.
Lors des tests de séries d'oligonucléotides candidats,
veillez à évaluer la sonde et l'amorce à des concentrations
différentes, les performances du test étant susceptibles
de varier selon la concentration. Ajoutez une conception
d'expérience (DOE) pour l'optimisation d'amorce et de
sonde.
u Suggestions de concentrations de test pour amorce et
sonde y (81)
Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher
Pour les fluorophores détectables par le logiciel de canal
utilitaire, référez-vous au tableau suivant :
u Longueurs d'onde d'excitation et d'émission sur les
cobas® 6800/8800 Systems (83)
D'autres fluorophores avec une émission similaire sont
également détectés mais peuvent provoquer des niveaux
de fluorescence différents ou une forte incidence de
crosstalk dans le cadre de tests multiplex.
u Longueurs d'onde d'excitation et d'émission sur les
cobas® 6800/8800 Systems y (83)
u Fluorophores HEX et Sima-dT détectés au niveau du
canal 3 sur les cobas® 6800/8800 Systems. w (95)
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Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
95
Il est important de s'assurer que le fluorophore rapporteur
et le fluorophore quencher sont compatibles. Lors de la
conception de réactions multiplex, l'incidence du
phénomène de crosstalk doit être minimisée. Les
suppresseurs foncés offrent l'avantage de ne pas
produire de fluorescence native et de réduire la
fluorescence de fond. Les suppresseurs peuvent
également être placés en interne et ainsi positionnés plus
près du fluorophore lié.
u Plages de fluorophore quencher (83)
u Annexe 2 : Programmes logiciels de conception
d'amorce disponibles sur Internet (105)
La figure ci-dessous montre comment les suppresseurs
internes ont permis d'obtenir le signal le plus fort et le
plus clair lorsqu'ils sont utilisés avec le
cobas omni Utility Channel.
w Fluorophores HEX et Sima-dT détectés au niveau du canal 3 sur les cobas® 6800/8800 Systems.
w Effet des différentes positions de suppresseur sur les niveaux de fluorescence et la hauteur du signal
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3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
u Références (103)
96
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
Amorces et sondes manquantes
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Si les amorces et les sondes ne sont pas ajoutées au
master mix R2 pour la détection des cibles, les courbes
dans le logiciel d'optimisation présentent du bruit.
Exemple de graphique avec une ligne de base perturbée
par du bruit :
À titre comparatif, le graphique suivant présente une
courbe de croissance normale (résultat positif, cible non
détectée) :
Roche Diagnostics
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97
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Roche Diagnostics
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98
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
Optimisation du test
Dans cette partie
À propos de l’optimisation du test (98)
Concentration d'amorce et de sonde (98)
Paramètres de profil de PCR (99)
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
À propos de l’optimisation du test
Une optimisation du test peut être nécessaire pour
obtenir un dosage robuste et sensible. Pour l’optimisation,
certains paramètres peuvent être adaptés, comme les
séquences d’amorce et de sonde, l’association de
fluorophores par paires, les positions de suppresseur, la
concentration d’amorce et de sonde ou le profil de PCR.
Concentration d'amorce et de sonde
Pour évaluer la concentration d'amorce et de sonde,
choisissez une ou deux concentrations de cible pour
lesquelles un signal puissant est attendu. Vous pouvez
augmenter la spécificité du test en réduisant la
concentration d’amorce et de sonde.
u Amorce et sonde (79)
Les chiffres ci-dessous indiquent le potentiel
d’augmentation des performances de test en termes de
valeur de Ct et de signal de fluorescence lors de
l’optimisation de concentrations d’amorce et de sonde.
L’optimisation de la spécificité d’amorce et de sonde ne
correspondait pas uniquement à la réduction de leur
concentration mais également au passage de
concentrations équilibrées à des concentrations
déséquilibrées d’amorces. La concentration de l’amorce
sens a été augmentée et la concentration de l’amorce
antisens a été réduite.
w Augmentation des performances du test par l'optimisation des concentrations d'amorce et de sonde
Roche Diagnostics
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Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
99
Paramètres de profil de PCR
À partir des performances du test, il peut être nécessaire
de modifier le profil de PCR pour améliorer les
caractéristiques de performances d'un test. Dans ce cas,
vous trouverez dans les tableaux ci-dessous des
instructions pour modifier le profil de PCR afin d'améliorer
les performances :
u Plage de profil de PCR pour le cobas omni Utility
Channel y (88)
u Modification de paramètres de profil de PCR y (88)
q
Si vous supprimez l’étape de transcription inverse de
la phase de pré-PCR pour les cibles d'ADN, le signal de
contrôle interne est perdu, le contrôle interne étant
composé d’ARN.
Performances de test
Après la conception d'un test, il est nécessaire d'établir
les principales caractéristiques de performances du test.
Cette section fournit des suggestions d'estimation des
performances de test.
Dans cette partie
Courbe de croissance standard et efficacité de la
PCR (100)
Test multiplex (101)
Roche Diagnostics
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3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
u Profil de PCR par défaut pour le cobas omni Utility
Channel fourni par le logiciel de canal utilitaire y (87)
100
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Courbe de croissance standard et efficacité de la PCR
Une courbe standard, générée par une PCR en temps réel
avec la dilution en série d'un modèle, est un excellent
outil pour tester l'efficacité, la précision, la sensibilité et la
plage de travail. Préparez au moins trois, de préférence
cinq ou plus, dilutions en série de 10x à partir d'un
échantillon d'ADN ou d'ARN contenant la cible. Réalisez
la PCR en temps réel avec toutes les dilutions et à l'aide
d'un contrôle autre qu'un modèle, sur la base de
concentrations d'amorce et de sonde préalablement
optimisées. Préparez un tracé de valeurs de Ct par
rapport au journal de niveau d'entrée d'acides nucléiques
et effectuez une régression linéaire. Calculez l'efficacité
de la réaction à partir de la pente de la ligne à l'aide de
l'équation ci-dessous :
z
Efficiency = 10  – 1   m – 1
3
•
m = pente1
Si la PCR est 100 % efficace, la quantité d'amplicon
double avec chaque cycle et la pente de la courbe de
croissance standard est de –3,33 (100 = 100 % = 10
(–1/–3,33) -1). Une pente entre –3,9 et –3,0 (80-110 %
d'efficacité) est généralement considérée comme
acceptable.
Le coefficient de corrélation linéaire, R2, est une mesure
permettant d'évaluer la pertinence des données par
rapport au modèle et par rapport à une droite sur
l'ensemble de la plage du test.
w Courbe standard de test HEX
Roche Diagnostics
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Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
101
Test multiplex
Après la sélection des concentrations de sonde, la
matrice de crosstalk doit être vérifiée afin de s'assurer
que les concentrations finales de sonde sélectionnées
n'ont pas d'effets défavorables sur les canaux adjacents.
Pour vérifier l'absence de phénomène de crosstalk d'un
canal à un autre, analysez les échantillons contenant une
cible unique dans une concentration de sorte qu'une
valeur de Ct d'environ 20 - 30 soit atteinte. Vérifiez
qu'aucun signal n'est détecté dans le canal adjacent. Si le
phénomène de crosstalk se produit bien d'un canal à
l'autre, il est possible d'éviter les signaux faussement
positifs en introduisant une valeur de RFI minimale (RFI
min) pour le canal cible concerné, ou en réduisant la
concentration de la sonde choisie.
Pour vérifier qu'il ne se produise aucun effet de crosstalk
entre les puits, combinez des échantillons positifs et
négatifs sur une même plaque.
Performances de contrôle interne
Au besoin, la plage de validité pour le contrôle interne
peut être adaptée pour chaque test. Les résultats
résumés dans les figures ci-dessous indiquent les
performances de contrôle interne attendues dans des
réactions non inhibitrices.
Roche Diagnostics
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3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
w Courbe standard de test YAK
102
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
w Courbes de croissance du contrôle interne testé avec 3 lots de réactifs différents
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Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
103
Références
Titre du document
Manuel de l'utilisateur des cobas® 6800/8800 Systems
PCR Application Manual 3rd Edition de Roche
Saunders, Nick A. and Lee, Martin A., Real-Time PCR: Advanced Technologies and Applications, 2014.
https://www.genscript.com/ssl-bin/app/primer
https://www.idtdna.com/scitools/Applications/RealTimePCR/
http://simgene.com/Primer3
y Références dans cette publication
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
http://www.gene-quantification.de/
104
Annexe 1 : Exemples de profils de PCR
Annexe 1 : Exemples de profils de PCR
Profil de PCR en 3 phases pour la 1ère et la
2nde mesures
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Nb de cycles
Exemple de profil de PCR pour l’amélioration de la
sensibilité et de la spécificité. Il s’agit du profil de PCR par
défaut.
Incubation UNG
Étape de
transcription
inverse
1ère mesure
2nde mesure
Refroidissement
Prédéfini
Prédéfini
1
5
45
Nb de phases
3
3
3
Température
55 °C 60 °C 65 °C 95 °C 55 °C 72 °C 91 °C 58 °C 72 °C
Temps de rétention
120 s 360 s 240 s 5 s
Acquisition des
données
Aucune
10 s
30 s
5s
10 s
30 s
Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle
y Exemple de profil de PCR en 3 phases pour la 1ère et la 2nde mesures
Profil de PCR sans phase de transcription
inverse
Nb de cycles
Exemple de PCR pour l’amplification d’une cible d'ADN.
Sans l’étape de transcription inverse, le signal pour le
contrôle interne à base d'ARN n'est pas détecté.
Incubation UNG
Étape de
transcription
inverse
1ère mesure
2nde mesure
Refroidissement
Prédéfini
1
5
45
Prédéfini
3
Nb de phases
1
3
Température
95 °C
95 °C 55 °C 72 °C 91 °C 58 °C 72 °C
Temps de rétention
0s
5s
Acquisition des
données
Aucune
Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle
10 s
30 s
5s
10 s
30 s
y Exemple de profil de PCR sans phase de transcription inverse
Profil de PCR avec paramètres identiques
Nb de cycles
Exemple de profil de PCR avec paramètres identiques
pour l'ensemble des 50 cycles. Si l’optimisation de la
sensibilité et de la spécificité dans les 2 mesures
séparées n'est pas nécessaire, définissez des paramètres
identiques pour les deux mesures.
Incubation UNG
Étape de
transcription
inverse
1ère mesure
2nde mesure
Refroidissement
Prédéfini
Prédéfini
1
5
45
Nb de phases
1
3
3
Température
95 °C
95 °C 55 °C 72 °C 95 °C 55 °C 72 °C
Temps de rétention
0s
5s
Acquisition des
données
Aucune
Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle
10 s
30 s
5s
y Exemple de profil de PCR avec paramètres identiques pour l'ensemble des 50 cycles
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
10 s
30 s
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
105
Logiciel
Systèmes
d'exploitation
Disponible à l'adresse
NCBI
En ligne
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Blast
En ligne
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
GenScript
En ligne
https://www.genscript.com/ssl-bin/app/primer
Integrated DNA technologies
En ligne
http://www.idtdna.com/Primerquest/Home/Index
Primer3
En ligne
http://simgene.com/Primer3
y Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Annexe 2 : Programmes logiciels de
conception d'amorce disponibles sur
Internet
Annexe 2 : Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
106
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
107
Table des matières
Installation du logiciel
Dans ce chapitre
4
4
Installation du logiciel de canal utilitaire. . . . . . . . . . . 109
4 Installation du logiciel
Installation du logiciel d'optimisation. . . . . . . . . . . . . . 112
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
108
4 Installation du logiciel
Table des matières
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Logiciel de canal utilitaire, version 3.0 · Assistance Utilisateur · version 1.0
Installation du logiciel
109
Installation du logiciel de canal utilitaire
Suivez cette procédure pour installer le logiciel de canal
utilitaire sur votre PC.
Configuration système
La configuration système requise pour le logiciel de canal
utilitaire est la suivante :
Composant
Matériel
Spécification
PC
Port USB
Système d'exploitation Microsoft Windows 7 ou supérieur
(32 bits ou 64 bits)
Les ports TCP suivants doivent être
disponibles :
80, 4510
Navigateur
Microsoft Internet Explorer 8 ou
supérieur
Mode FIPS
Désactivé
Microsoft
NET-Framework
Version 4.5.2 ou supérieure
Microsoft Silverlight
Version 5 ou supérieure
Format de langue et
de paramètres
régionaux
Le caractère « . » doit être utilisé
comme décimale (point). Il est
fortement recommandé de paramétrer
la langue sur Anglais (États-Unis) sur
l'ordinateur hôte. Sinon, le bouton
Publish est inactif.
Dispositif de
lecture/écriture RFID
prise en charge
ELATEC TWN3 Legic NFC USB
V3.12/4.35 Go
j
m Avant d'installer le logiciel, copiez les programmes
d'installation sur votre PC.
r Pour installer le logiciel
1
1 Double-cliquez sur l'un des fichiers d'installation
suivants :
• Pour la version 32 bits : RocheUCT.msi
• Pour la version 64 bits : RocheUCT64.msi
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
4 Installation du logiciel
y Configuration système
110
Installation du logiciel de canal utilitaire
2
3
4 Installation du logiciel
4
5
2 Dans la boîte de dialogue de bienvenue, sélectionnez
le bouton Next.
3 Dans la boîte de dialogue de contrat de licence
d'utilisateur final, cochez la case et sélectionnez le
bouton Next.
4 Dans la boîte de dialogue de préparation à
l'installation, sélectionnez le bouton Install.
5 Dans la boîte de dialogue User Account Control,
confirmez que le programme d'installation peut
apporter des modifications au système en
sélectionnant le bouton Yes.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Installation du logiciel
6 Dans la boîte de dialogue d'information sur le
dispositif de lecture/écriture RFID, sélectionnez le
bouton OK.
7
7 Dans la boîte de dialogue finale, sélectionnez le
bouton Finish.
8
8 Connectez le dispositif de lecture/écriture RFID à un
port USB libre.
9
9 Vous pouvez lancer le logiciel de canal utilitaire de
l'une des manières suivantes :
• Sur le bureau, double-cliquez sur le raccourci :
cobas omni Utility Channel Tool xx.yy.zz.vvv
• Dans le menu de démarrage, sélectionnez All
Programs > Roche Diagnostics > cobas omni
Utility Channel Tool xx.yy.zz.vvv > cobas omni
Utility Channel Tool
10 Si le logiciel de canal utilitaire est installé sur plusieurs
PC différents, vérifiez que le dossier suivant contient
bien différents fichiers sur chaque PC (par exemple en
supprimant une partie des fichiers) :
C:\ProgramData\Roche Diagnostics\cobas omni
Utility Channel Tool\RuntimeDLLs
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
4 Installation du logiciel
6
111
112
Installation du logiciel d'optimisation
Installation du logiciel d'optimisation
Suivez cette procédure pour installer le logiciel
d'optimisation sur votre PC.
Configuration système
La configuration système requise pour le logiciel
d'optimisation est la suivante :
Composant
Spécification
Système d'exploitation Microsoft Windows 7 ou supérieur
(32 bits ou 64 bits)
Microsoft
NET-Framework
Version 4,5 ou supérieure
Format de langue et
de paramètres
régionaux
Le caractère « . » doit être utilisé
comme décimale (point). Il est
fortement recommandé de paramétrer
la langue sur Anglais (États-Unis) sur
l'ordinateur hôte.
y Configuration système
d
m CD cobas omni Optimization Tool
r Pour installer le logiciel
d'optimisation
1
2
4 Installation du logiciel
2
1 Insérez le CD cobas omni Optimization Tool dans le
lecteur de CD et double-cliquez sur le fichier
setup.exe.
I Suivez les instructions de l'assistant d'installation.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Sélectionnez le bouton Install.
Installation du logiciel
3
4
Sélectionnez le bouton Next.
4 Cochez la case I accept the terms in the License
Agreement et sélectionnez le bouton Next.
5 Sélectionnez le bouton Install.
4 Installation du logiciel
5
3
113
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
114
Installation du logiciel d'optimisation
6 Une fois l'installation terminée, sélectionnez le bouton
Finish.
f Le raccourci suivant vers le logiciel d'optimisation
a été créé sur votre bureau.
4 Installation du logiciel
6
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Index
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
Index
117
Index
AFI (Absolute Fluorescence Increase ou augmentation
absolue de la fluorescence), 83
Amorce, 79, 80
Amorce et sonde, 94
Avertissement sur les captures d'écran, 2
Avis de non-responsabilité, 78
– nom, 21
– réinstallation, 37
Fichiers d'analyse CU publiés
– création à partir de, 28
– ouverture pour écriture, 29
Fluorophore, 83
Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher, 94
Flux de travail principal, 17
C
G
Canal utilitaire
– panneaux, 20, 56
Cassette de réactifs, 20
– préparation, 45
– remplissage, 42
Classification de sécurité, 10
cobas omni Utility Channel Reagents, 39
Colorants pris en charge, 24, 64
Concentration d'amorce et de sonde, 98
Conception de sonde, 82
Conception de test
– recommandations, 77
Connexion à distance, 34
Contact, 5
Conventions utilisées dans cette publication, 9
– abréviations, 10
– symboles, 9
Coordonnées, 5
Copyright, 3
Courbe standard, 100
Création de fichiers d'analyse CU, 20
Garantie, 2
D
Définition et modification de fichiers d'analyse CU, 23
Dénomination
– unique, 21
Données brutes
– chargement de fichiers, 61
– suppression de données, 61
– suppression de fichiers, 61
H
Historique des révisions, 2
Homologations de l'instrument, 4
I
Importation de fichiers d'analyse CU
– via une connexion à distance, 34
Interface utilisateur, 20
Intervalle de températures, 24
K
Kit d'optimisation, 93
L
Limite de Ct, 24, 65
Logiciels système, 19
Logiciels système compatibles, 19
M
Marques commerciales, 3
Master mix
– préparation, 40
E
N
Échantillons, 23
Exactitude/précision des résultats mesurés, 40
Notice d'édition, 2
F
Fichiers d'analyse CU, 20
– création, 28
– désinstallation, 36
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
O
Oligonucléotide, 94
Optimisation du test, 98
Outil d'optimisation
– affichage des résultats, 63
Index
A
118
Index
– confirmation de cible positive, 64
– création de session, 61, 66
– démarrage du logiciel, 61
– données brutes, 61
– réglage des paramètres, 64
– sensibilité du canal, 64
– validation de contrôle interne, 64
– vérification des données brutes, 63
Outil d'ouverture
– enregistrement d’une session, 66
– modification du nom d’une session, 66
– options de souris, 69
– ouverture d’une session, 67
– personnalisation d’un schéma, 69
Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié, 21
Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés en vue de
l'écriture sur la puce RFID, 29
Ouverture de l'outil d'optimisation, 61
P
Paramètre, 20
Paramètres de PCR, 24, 64
Paramètres de profil de PCR, 99
Performances de contrôle interne, 101
Performances de test, 99
Plage de températures, 24
Profil de PCR, 20
Profil de pipetage, 23
R
Remarques, 4
RFI (Relative Fluorescence Increase ou augmentation
relative de la fluorescence), 83
RFID
– lecture/écriture, 31
S
Sensibilité, 24, 65
Sonde, 79, 81
Spécifications de l'équipement radioélectrique, 31
Suppresseur, 83
Système
– configuration, 109, 112
Index
T
Temps de rétention, 24
Test de canal utilitaire
– réalisation, 47
Test de PCR, 92
– exemple d'optimisation, 92
Test multiplex, 86, 101
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel IVD · Assistance Utilisateur · version 1.0
U
Usage prévu, 9
Utility channel tool, 20
V
Visualisation des tests, 84
Volume de traitement, 23