cobas 8800 | Roche cobas 6800 Manuel utilisateur

cobas omni Utility Channel CE-IVD
Assistance utilisateur version 2.0
Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2
2
Informations sur la publication
Version de la
publication
Version logicielle
Date de révision
Description de la modification
1.0
1.1
Octobre 2015
Première version
2.0
1.2
Août 2016
Mise à jour concernant le logiciel de canal utilitaire 1.2.
Modifications mineures des sections « Préparation des
cassettes de réactifs » et « Installation du logiciel ».
y Historique des révisions
Notice d'édition
Cette publication est destinée aux opérateurs des
cobas omni Utility Channel.
Tout a été mis en œuvre pour que les informations
contenues dans ce document soient correctes au
moment de la publication. Toutefois, le fabricant de ce
produit pourrait devoir mettre à jour les informations
contenues dans ce document à la suite des activités de
surveillance des produits, ce qui donnerait lieu à une
nouvelle version du document.
Avis de confidentialité
Lorsque vous utilisez l'Assistance Utilisateur en ligne, les
événements de visualisation (rubriques visualisées et
recherches effectuées) et les adresses IP sont
enregistrés. Les données collectées sont réservées
exclusivement à un usage interne de Roche et ne sont
jamais transmises à des tiers. Elles sont anonymisées et
sont automatiquement supprimées au bout d'un an. Les
événements de visualisation sont analysés dans le but
d'améliorer le contenu de l'Assistance Utilisateur et la
fonction de recherche. Les adresses IP sont utilisées pour
classer les comportements selon les régions.
!
Remarque de sécurité générale
Pour éviter d'obtenir des résultats incorrects, prenez soin
de bien connaître les instructions et les informations de
sécurité.
r Soyez particulièrement attentif aux mises en garde de
sécurité.
r Suivez toujours les instructions contenues dans ce
document.
r N'utilisez pas le logiciel d'une façon non décrite dans
ce document.
r Conservez tous les documents dans un endroit sûr et
facile d'accès.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3
Formation
N'effectuez aucune tâche d'opérateur ou opération de
maintenance sans y avoir été formé au préalable par
Roche Diagnostics. Les tâches qui ne sont pas décrites
dans la documentation utilisateur sont réservées aux
représentants Roche Service.
Captures d'écran
Les captures d'écran de cette publication ont été ajoutées
exclusivement à des fins d'illustration. Les données
configurables et variables telles que les tests, résultats et
noms de chemin d'accès, visibles dans ce document, ne
doivent pas être utilisées en laboratoire.
Garantie
Toute modification du système effectuée par le client met
fin à la garantie ou au contrat de service.
Pour connaître les conditions de garantie, veuillez
contacter votre représentant commercial local ou votre
partenaire de contrat de garantie.
Les mises à jour logicielles doivent toujours être
effectuées par ou avec l'assistance d'un représentant
Roche Service.
Copyright
Informations de licence
© 2015-2016, F. Hoffmann-La Roche Ltd. Tous droits
réservés.
Les logiciels cobas omni Utility Channel et Lab
Developed Test (LDT) Curve Viewing Tool sont régis par
le droit contractuel et sont protégés par les lois sur les
droits d'auteurs et les traités internationaux. L'utilisation
des logiciels cobas omni Utility Channel et Lab
Developed Test (LDT) Curve Viewing Tool est régie par un
accord de licence entre F. Hoffmann-La Roche Ltd. et
l'utilisateur final. Seuls les utilisateurs autorisés peuvent
avoir accès aux logiciels et les utiliser. Une utilisation et
une distribution non autorisées sont passibles d'actions
civiles et de poursuites pénales.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
4
Logiciels libres et commerciaux
Les logiciels cobas omni Utility Channel et Lab
Developed Test (LDT) Curve Viewing Tool peuvent inclure
des composants ou modules de logiciels libres ou
commerciaux. Pour plus d'informations sur la propriété
intellectuelle et d'autres avertissements, ainsi que sur les
licences relatives aux programmes logiciels inclus dans
les logiciels cobas omni Utility Channel et Lab
Developed Test (LDT) Curve Viewing Tool, reportez-vous
à la documentation fournie avec ce produit au format
électronique.
Ces logiciels libres et commerciaux et les logiciels
cobas omni Utility Channel et Lab Developed Test (LDT)
Curve Viewing Tool dans leur ensemble peuvent
constituer un dispositif soumis aux dispositions légales.
Pour plus d'informations, consultez le manuel d'utilisation
et reportez-vous aux étiquettes.
Veuillez noter qu'en cas de modifications non autorisées
apportées aux logiciels cobas omni Utility Channel et
Lab Developed Test (LDT) Curve Viewing Tool,
l'autorisation n'est plus valide selon la législation
correspondante.
Marques commerciales
Les marques commerciales suivantes sont reconnues :
COBAS, COBAS OMNI, TAQMAN, AMPERASE et LIFE
NEEDS ANSWERS sont des marques commerciales de
Roche.
Toutes les autres marques commerciales appartiennent à
leurs propriétaires respectifs.
Remarques
Homologations
Tout a été mis en œuvre pour que cette publication
corresponde à l'usage prévu. Toute remarque concernant
un des aspects de cette publication est la bienvenue et
sera prise en compte au cours des mises à jour. Veuillez
contacter votre représentant Roche si vous avez des
remarques.
Le logiciel cobas omni Utility Channel Reagent Kit
répond aux exigences décrites dans les directives
suivantes :
Directive 98/79/CE du Parlement européen et du Conseil
du 27 octobre 1998 relative aux dispositifs médicaux de
diagnostic in vitro.
La déclaration de conformité prouve la conformité à ces
directives.
Le respect de la conformité est démontré par les marques
suivantes :
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
5
IVD
Pour une utilisation de diagnostic in vitro.
Conformité avec la directive DIV 98/79/CE.
Coordonnées
Roche Diagnostics GmbH
Sandhofer Strasse 116
68305 Mannheim
Allemagne
Fabriqué aux États-Unis
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
6
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Table des matières
Table des matières
Informations sur la publication
Coordonnées
Table des matières
Usage prévu
Symboles et abréviations
Nouveautés de la version 2.0 de la
publication
Classifications de sécurité
Informations de sécurité
2
5
7
9
9
Index
Index
11
11
13
Opération
1 Opération
Flux de travail
Logiciel de canal utilitaire
Dispositif de lecture/écriture RFID
Installation de fichiers d'analyse CU sur le
système
Préparation des cassettes de réactifs
Réalisation et affichage des tests
19
21
32
35
40
48
Afficheur de courbe
2 Afficheur de courbe
À propos de l’outil Lab Developed Test
(LDT) Curve Viewing Tool
À propos de l'interface utilisateur de
l'afficheur de courbe
Flux de travail
Utilisation de l'afficheur de courbe
55
56
58
60
Annexe
3 Consignes pour l'exécution de tests avec
canal utilitaire
Recommandations pour la conception de
test
Avis de non-responsabilité
Amorce et sonde
Profil de PCR
Contrôles
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en
temps réel
Références
Annexe 1 : Exemples de profils de PCR
Annexe 2 : Programmes logiciels de
conception d'amorce disponibles sur
Internet
77
78
79
83
86
88
97
98
99
4 Installation du logiciel
Installation du logiciel de canal utilitaire
Installation de l'afficheur de courbe
103
107
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
111
7
8
Table des matières
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
9
Usage prévu
La suite de produits cobas omni Utility Channel utilise la
fonctionnalité de canal utilitaire du logiciel des
cobas® 6800/8800 Systems dans le but de permettre le
développement et la réalisation de routine de tests de
PCR en temps réel développés en laboratoire, notamment
des tests développés en laboratoire destinés à une
utilisation diagnostique in vitro.
Symboles et abréviations
Noms de produits
À moins que le contexte ne s'y oppose clairement, les
noms de produits et abréviations suivants sont utilisés :
Nom du produit
cobas®
6800/8800 Systems
Abréviation
système
cobas® Buffer Negative
Control Kit
contrôle négatif
cobas omni Optimization Kit
kit d'optimisation
Outil cobas omni Utility
Channel
logiciel de canal utilitaire
cobas omni Utility Channel
Reagent Kit
kit de réactifs
cobas omni Utility Channel
Master Mix Reagent 2
réactif de master mix 2
Lab Developed Test (LDT)
Curve Viewing Tool
afficheur de courbe
Master Mix Reagent 1
réactif de master mix 1
y Noms de produits
Symboles utilisés dans cette publication
Symbole
Explication
o
Élément d'une liste
u
Thèmes liés contenant de plus amples
informations
q
Conseil. Informations supplémentaires sur
l'utilisation correcte ou astuces utiles.
r
Début d'une tâche
I
Informations supplémentaires dans une tâche
f
Résultat d’une action dans une tâche.
c
Fréquence d’une tâche.
n
Durée d’une tâche.
d
Matériels requis pour une tâche.
j
Prérequis d’une tâche.
u
Thème. Utilisé dans les références croisées
vers les thèmes.
y Symboles utilisés dans cette publication
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
10
Symbole
Explication
p
Tâche. Utilisé dans les références croisées
vers les tâches.
w
Figure. Utilisé dans les titres des figures et les
références croisées vers les figures.
y
Tableau. Utilisé dans les titres des tableaux et
les références croisées vers les tableaux.
z
Équation. Utilisé dans les références croisées
vers les équations.
k
Exemple de code. Utilisé dans les titres des
codes et les références croisées vers les
codes.
y Symboles utilisés dans cette publication
Abréviations
Les abréviations suivantes sont utilisées.
Abréviation
Définition
ANSI
American National Standards
Institute
CE
Communauté européenne
CSA
Association canadienne de
normalisation
DIV
Diagnostic in vitro
LOINC
Logical Observation Identifiers
Names and Codes (noms et codes
d'identifiants logiques
d'observation)
UL
Underwriters Laboratories Inc.
y Abréviations
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
11
Nouveautés de la version 2.0 de la publication
Préparation des cassettes de réactifs
Un résumé de référence rapide a été ajouté, offrant un
aperçu en une page des étapes de préparation du réactif
de master mix 2 et de remplissage de la cassette de
réactifs.
u Référence rapide : Préparation des cassettes de
réactifs (46)
Installation du logiciel
La procédure d’installation du logiciel de canal utilitaire a
changé.
u Installation du logiciel de canal utilitaire (103)
Classifications de sécurité
Les précautions de sécurité et remarques importantes
destinées à l'utilisateur sont classées selon la norme
ANSI Z535.6-2011. Nous vous invitons à vous familiariser
avec les symboles suivants et leur signification :
!
r
Alerte de sécurité
Le symbole d'alerte de sécurité sert à vous avertir de
risques potentiels de blessures physiques. Respectez
tous les messages de sécurité précédés par ce
symbole afin d'éviter tout risque d'endommagement
du système, de blessure ou de mort.
Ces symboles et mentions d'avertissement correspondent
à des dangers spécifiques :
!
AVERTISSEMENT
Avertissement...
r
... signale une situation dangereuse susceptible de
provoquer de graves blessures ou d'entraîner la mort
si elle n'est pas évitée.
!
ATTENTION
Attention...
r
... signale une situation dangereuse susceptible de
provoquer des blessures légères ou mineures si elle
n'est pas évitée.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
12
MISE EN GARDE
Mise en garde...
... signale une situation dangereuse susceptible de
provoquer un endommagement du système si elle n'est
pas évitée.
Les informations importantes autres que les informations
relatives à la sécurité sont représentées par le symbole
suivant :
q Conseil...
... signale des informations supplémentaires relatives à
une utilisation correcte du matériel ou des
recommandations utiles.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
13
Informations de sécurité
Perte de données ou indisponibilité du
système due à un logiciel malveillant ou à un
accès non autorisé au système
Un logiciel malveillant ou un accès non autorisé au
système peut entraîner une perte de données ou une
indisponibilité du système.
Pour éviter toute infection par un logiciel malveillant ou
toute mauvaise utilisation du système, suivez les
recommandations suivantes :
r Les clients sont responsables de la sécurité de leur
réseau local, notamment de la protection contre les
logiciels malveillants et les attaques. La protection
comprend un pare-feu afin d'isoler le dispositif des
réseaux non contrôlés, ainsi que des mesures visant à
s'assurer que le réseau connecté est exempt de code
malveillant.
r Assurez-vous que tous les logiciels tiers nécessaires
sont à jour.
r Utilisez un logiciel antivirus adapté et à jour sur le PC
sur lequel le logiciel de canal utilitaire est exécuté.
r Activez la fonction de prévention d'exécution des
données (option de sécurité Windows) sur le système
client pour le logiciel de canal utilitaire.
r Ne connectez aucun dispositif de stockage externe
non approuvé (comme des périphériques flash USB
ou des disques durs externes) au système.
Risque d'inflammation de la peau ou de
blessure
Tout contact direct avec les réactifs, détergents, solutions
de nettoyage ou autres solutions de travail entraîne un
risque d'irritation cutanée, d'inflammation ou de brûlure.
r Observez les précautions de manipulation de réactifs.
r Portez un équipement de protection individuelle
approprié.
r Respectez les consignes énoncées dans les
instructions d’utilisation.
r Respectez les informations des fiches de sécurité des
produits chimiques (disponibles pour les réactifs et
solutions de nettoyage Roche Diagnostics).
r Si des réactifs, des détergents ou des solutions de
nettoyage entrent en contact avec la peau, rincez
immédiatement à l'eau et au savon et appliquez un
désinfectant.
Consultez un médecin.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
14
Informations de sécurité
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
17
Table des matières
1
Dans ce chapitre
1
Flux de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Flux de travail de développement de test . . . . . . .
Flux de travail de routine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
19
19
20
Logiciel de canal utilitaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Logiciels système compatibles . . . . . . . . . . . . . . . .
À propos de l'interface utilisateur. . . . . . . . . . . . . .
Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU
non publié . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU
non publié . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Définition et modification de fichiers d'analyse
CU. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Publier des fichiers d'analyse CU . . . . . . . . . . . . . .
Création de nouveaux fichiers d'analyse CU à
partir de fichiers publiés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour
écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs
21
21
22
22
23
25
28
29
30
Dispositif de lecture/écriture RFID. . . . . . . . . . . . . . . .
À propos du dispositif de lecture/écriture RFID. .
Lecture et écriture sur une puce RFID. . . . . . . . . .
32
32
32
Installation de fichiers d'analyse CU sur le système .
Importation et installation de fichiers d'analyse
CU sur le système via une connexion à distance.
Désinstallation de fichiers d'analyse CU du
système . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le
système . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
35
35
37
38
Préparation des cassettes de réactifs . . . . . . . . . . . . .
À propos du kit de réactifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Préparation du réactif de master mix 2 . . . . . . . . .
Remplissage de la cassette de réactifs . . . . . . . . .
Référence rapide : Préparation des cassettes de
réactifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
46
Réalisation et affichage des tests. . . . . . . . . . . . . . . . .
Réalisation d'un test de canal utilitaire . . . . . . . . .
À propos de l'affichage des résultats de test . . . .
48
48
49
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
40
40
41
43
1 Opération
Opération
18
1 Opération
Table des matières
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
19
Flux de travail
Dans cette partie
Flux de travail de développement de test (19)
Flux de travail de routine (20)
Flux de travail de développement de test
Logiciel de canal utilitaire
1
&UpDWLRQGHÀFKLHUV
d'analyse
Dispositif de lecture/
écriture RFID
2
Cassette de réactifs
Écriture de l'ID et
du n° de lot de la
cassette de réactifs
sur la puce RFID
4
cobas® 6800/8800
Systems
3
Installation des
ÀFKLHUVG DQDO\VH
sur le système
5
Exécution du test
6
Réception des
résultats de test
Préparation de la
cassette de réactifs
HWFKDUJHPHQW
sur le système
analytique
•
Afficheur de courbe (53)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
u Sujets connexes
20
Flux de travail
Flux de travail de routine
À utiliser lorsque les fichiers d’analyse CU sont déjà
installés sur le système.
Logiciel de canal
utilitaire
Ouverture des
ÀFKLHUVG DQDO\VH
publiés
2
eFULWXUHGHO ,'
et du n° de lot
de la cassette
de réactifs sur la
puce RFID
Cassette de réactifs
3
Préparation
de la cassette
de réactifs et
FKDUJHPHQW
sur le système
analytique
cobas® 6800/8800
Systems
4
Sélection du
test CU installé
sur le système
analytique
5
Exécution du test
6
Réception des
résultats de test
1 Opération
1
Dispositif de lecture/
écriture RFID
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
21
Logiciel de canal utilitaire
Dans cette partie
Logiciels système compatibles (21)
À propos de l'interface utilisateur (22)
Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié (22)
Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié (23)
Définition et modification de fichiers d'analyse CU (25)
Publier des fichiers d'analyse CU (28)
Création de nouveaux fichiers d'analyse CU à partir de
fichiers publiés (29)
Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire sur
la puce RFID d'une cassette de réactifs (30)
Logiciels système compatibles
Le tableau suivant répertorie les logiciels système
compatibles avec les versions logicielles de canal
utilitaire :
Version logicielle de canal
utilitaire
Version logicielle des
cobas® 6800/8800 Systems
1.0.33
1.0.12
1.01.13
1.01.09
1.01.21
1.01.10
1.02.05
1.02.11
y Logiciels système compatibles avec les versions logicielles
de canal utilitaire
q
1 Opération
Seuls les fichiers d’analyse CU créés dans une
version compatible du logiciel de canal utilitaire peuvent
être utilisés et chargés sur le système.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
22
Logiciel de canal utilitaire
À propos de l'interface utilisateur
L'interface utilisateur du logiciel de canal utilitaire se
présente sous la même forme que les cobas® 6800/8800
Systems. L'interface utilisateur est extrêmement simplifiée
et comprend seulement 5 panneaux. Les panneaux sont
décrits dans le tableau suivant :
Panneaux
Utility channel tool
Description
Panneau d'accueil de l'interface utilisateur. Le panneau Utility channel tool comprend une liste des
fichiers d'analyse CU récemment utilisés. Vous pouvez ouvrir un groupe de fichiers d'analyse en
sélectionnant l'icône dans la liste. Ouvrez un groupe de fichiers d'analyse non publié pour poursuivre
la modification ou ouvrez un groupe de fichiers d'analyse publié pour écrire sur une puce RFID.
Le panneau Utility channel tool comprend aussi les boutons de tâches suivants :
o Create UC analysis package from template
o Create from published UC analysis package
o Open unpublished UC analysis package
o Open published UC analysis package to write on reagent cassette RFID tag
UC analysis package Le panneau UC analysis package s'affiche lorsque vous créez ou ouvrez un groupe de fichiers
d'analyse CU. Vous pouvez définir ou modifier les informations de fichiers d'analyse dans les champs
suivants :
o UC analysis package name
o Reagent cassette ID
Vous pouvez accéder à d'autres définitions de fichiers en sélectionnant les boutons PCR profile,
Parameter et Reagent cassette. Lorsque vous avez terminé, vous pouvez enregistrer ou publier les
fichiers en sélectionnant les boutons Publish, Save as ou Save en bas du panneau.
PCR profile
Le panneau détaillé PCR profile s'affiche lorsque vous sélectionnez le bouton PCR profile dans le
panneau UC analysis package. Ce panneau vous permet de définir le nombre de phases, la
température et le temps de rétention durant les phases de pré-PCR, de première mesure et de
seconde mesure de la PCR.
Parameter
Le panneau détaillé Parameter s'affiche lorsque vous sélectionnez le bouton Parameter dans le
panneau UC analysis package. Ce panneau vous permet de définir le volume d'échantillon, le
nombre de canaux (y compris le nom cible et la sensibilité) et une validation de contrôle interne
facultative. Si la validation de contrôle interne est sélectionnée, elle inclut des définitions pour la
confirmation de cible positive avec ou sans IC, les limites de Ct inférieures et supérieures et la
sensibilité.
Reagent cassette
Le panneau détaillé Reagent cassette s'affiche lorsque vous sélectionnez le bouton Reagent
cassette dans le panneau UC analysis package. Ce panneau vous permet de lire ou d'écrire des
données sur une puce RFID.
y Description des panneaux de l'interface utilisateur
1 Opération
Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié
Suivez cette procédure pour configurer de nouveaux
fichiers d’analyse CU non publiés.
Fichiers d'analyse CU
Les fichiers d'analyse CU contiennent des paramètres et
des spécifications pertinents pour un test spécifique. Ils
comprennent la définition de test pour la robotique, des
fichiers de calcul pour le calcul de résultat et des
bibliothèques pour le calcul de vraisemblance.
Vous pouvez créer des fichiers d'analyse CU à partir d'un
modèle ou à partir de fichiers publiés existants.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
Dénomination
23
Assurez-vous que chaque groupe de fichiers d'analyse
CU dispose d'un nom unique (p. ex. en ajoutant une
version au nom). Il est impossible d'installer des groupes
de fichiers d'analyse du même nom sur le système.
r Pour créer un groupe de fichiers
d'analyse CU non publié
1
2
1 Dans le panneau Utility channel tool, effectuez l'une
des actions suivantes :
• Sélectionnez le bouton Create UC analysis
package from template.
• Sélectionnez le bouton Create from published
UC analysis package. Dans la boîte de dialogue
Open, accédez au groupe de fichiers à ouvrir et
sélectionnez le bouton Open.
I Les fichiers d’analyse CU publiés à ouvrir doivent
être des fichiers .ZIP .
2 Dans le panneau UC analysis package, remplissez
les champs UC analysis package name et Reagent
cassette ID.
I Les entrées pour les champs UC analysis
package name et Reagent cassette ID doivent
commencer par le préfixe « U_ ».
3 Enregistrez le groupe de fichiers d'analyse CU comme
suit :
• Sélectionnez le bouton Save as ou le bouton
Save.
• Accédez à l'emplacement de sauvegarde des
fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier,
puis sélectionnez le bouton Save.
I Les fichiers d’analyse CU sont stockés en tant que
fichiers .UDF .
u Sujets connexes
Définition et modification de fichiers d'analyse CU (25)
Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non publié
Suivez cette procédure pour ouvrir des fichiers d'analyse
CU non publiés.
q Le fichier à ouvrir doit être un fichier .UDF .
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
•
24
Logiciel de canal utilitaire
d
m Fichiers d'analyse CU
r Pour ouvrir des fichiers d'analyse CU
non publiés
1
2
3
1 Dans le panneau Utility channel tool, sélectionnez le
bouton Open unpublished UC analysis package.
2 Dans la boîte de dialogue Open, accédez au groupe
de fichiers à ouvrir et sélectionnez le bouton Open.
I Le fichier à ouvrir doit être un fichier .UDF .
3 Le logiciel de canal utilitaire conserve les raccourcis
vers les fichiers d'analyse CU récemment utilisés. Pour
ouvrir des fichiers d'analyse CU, en bas du panneau
Utility channel tool, sélectionnez un raccourci.
1 Opération
4 Enregistrez le groupe de fichiers d'analyse CU comme
suit :
• Sélectionnez le bouton Save as ou le bouton
Save.
• Accédez à l'emplacement de sauvegarde des
fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier,
puis sélectionnez le bouton Save.
u Sujets connexes
•
Définition et modification de fichiers d'analyse CU (25)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
25
Définition et modification de fichiers d'analyse CU
Suivez cette procédure pour définir le profil de PCR, les
paramètres de test et les informations de cassette de
réactifs sur des fichiers d'analyse CU.
Profil de PCR
Le profil de PCR inclut 3 phases définissables :
•
•
•
La première est appelée phase de pré-PCR et
implique la transcription inverse d'ARN.
La deuxième phase de PCR est appelée 1ère mesure et
implique une sensibilité accrue.
La troisième phase de PCR est appelée 2ème mesure
et implique une spécificité accrue.
Le tableau ci-dessous présente les paramètres de profil
de PCR pouvant être modifiés à l'aide du logiciel de canal
utilitaire :
Paramètre
Série
N° d'intervalle de
températures
1 à 10 (phase de pré-PCR)
2 ou 3 (1ère mesure)
2 ou 3 (2ème mesure)
Température
55-95 °C (par phase)
Temps de rétention
>0 s (par phase)
La durée totale de la PCR ne peut
dépasser 10 800 s.
y Paramètres de profil de PCR ajustables
Le profil de PCR est décrit de façon plus détaillée dans
les consignes pour l'exécution de tests :
u Profil de PCR (83)
Paramètres de test
Le tableau ci-dessous présente les paramètres de test
pouvant être modifiés à l'aide du logiciel de canal
utilitaire :
Paramètre
Série
Volumes d'échantillon
200, 350, 500 ou 850 μL
Sensibilité (RFImin)
1-100
Limite de Ct
0-50
Volume d'échantillon
Le volume d’échantillon est le volume pipeté à partir d'un
tube échantillon. Un volume mort d'au moins 150 μL est
requis par tube échantillon. Par exemple, pour un volume
de pipetage de 850 μL, le volume de tube minimal est de
1 000 μL (850 μL + 150 μL).
u Consignes pour l'exécution de tests avec canal
utilitaire (75).
u Lecture et écriture sur une puce RFID (32)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
y Paramètres de test ajustables
26
Logiciel de canal utilitaire
d
m Fichiers d'analyse CU
r Pour définir et modifier des fichiers
d'analyse CU
1
2
3
1 Opération
4
5
1 Dans le panneau Utility channel tool, créez des
fichiers d'analyse CU ou ouvrez des fichiers d'analyse
existants non publiés.
I Si vous souhaitez ouvrir des fichiers d’analyse CU à
partir de la liste de fichiers récemment utilisés, le
format de fichier doit être .UDF .
2 Dans le panneau UC analysis package, mettez à
jour le nom du groupe de fichiers d'analyse CU ou les
informations d'ID de la cassette de réactifs, si
nécessaire.
3 Dans le panneau UC analysis package, sélectionnez
le bouton PCR profile.
4 Le panneau PCR profile comprend les définitions des
profils de pré-PCR, 1ère mesure, 2nde mesure.
Ajoutez les informations de profil suivantes :
• Attribuez ou supprimez une phase en la
sélectionnant, puis en cliquant sur le bouton
ou
.
• Dans les champs Temperature et Hold time,
définissez les températures des phases et les
temps de rétention.
I Développez ou réduisez la zone de groupe PrePCR, 1st measurement ou 2nd measurement à
l'aide du bouton
ou .
5 Pour définir ou modifier le volume d'entrée des
échantillons, les noms des canaux cibles, le seuil de
détection cible et une validation de contrôle interne
facultative, dans le panneau UC analysis package,
sélectionnez le bouton Parameter.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
7
8
6 Pour définir le volume d'échantillon, dans le panneau
Parameter de la zone de groupe Sample input
volume, cochez les cases d'un ou plusieurs volumes.
Les volumes d'échantillon disponibles sont 200, 350,
500 ou 850 μL.
I Ce paramètre détermine le nombre de volumes
disponibles lors de la création de la demande de
test ou de la demande par racks sur le système.
7 Pour définir les noms cibles et les sensibilités, dans la
zone de groupe Channel, cochez l'une des cases, ou
les deux cases, situées à côté des canaux disponibles.
Remplissez les champs Target name et Sensitivity
(RFI min)(1) .
I Les colorants pris en charge sont FAM et HEX.
Les échantillons présentant une RFI inférieure à
1,1 seront considérés comme négatifs par le
système.
8 Pour permettre la validation de contrôle interne, dans
la zone de groupe Internal control validation,
cochez la case Channel 5. Définissez les paramètres
suivants :
• Pour définir la confirmation de cible positive,
sélectionnez l'option with IC ou l'option without
IC.
• Pour définir la plage de validité de Ct, remplissez
les champs Lower Ct limit (Ct min) et Upper Ct
limit (Ct max).
• Pour définir la sensibilité, remplissez le champ
Sensitivity (RFI min).
I Si la validation de contrôle interne est activée et
que vous cochez l'option Positive target
confirmation without IC, les échantillons qui
sont positifs pour une ou plusieurs cibles seront
positifs et valides sur le système, indépendamment
des résultats du contrôle interne. Si vous
sélectionnez l’option Positive target
confirmation with IC, seuls les échantillons
présentant un contrôle interne valide seront
valides.
9 Enregistrez le groupe de fichiers d'analyse CU comme
suit :
• Sélectionnez le bouton Save as ou le bouton
Save.
• Accédez à l'emplacement de sauvegarde des
fichiers d'analyse CU, saisissez le nom du fichier,
puis sélectionnez le bouton Save.
(1) Voir 1 z (81).
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
6
27
28
Logiciel de canal utilitaire
u Sujets connexes
•
•
Lecture et écriture sur une puce RFID (32)
Publier des fichiers d'analyse CU (28)
Publier des fichiers d'analyse CU
Suivez cette procédure pour préparer vos fichiers
d'analyse CU en vue de leur importation sur le système.
Pour que les fichiers d’analyse CU publiés soient
acceptés par le système, des noms uniques et des
identificateurs de service universels doivent être utilisés
pour les fichiers.
Un lot de fichiers d’analyse CU ne peut pas être chargé
sur le système si l’identificateur LOINC correspondant est
associé à des fichiers précédemment chargés.
q
Les fichiers d'analyse CU publiés ne peuvent plus
être modifiés. Vous devez créer de nouveaux fichiers
d’analyse CU à partir des fichiers publiés puis les publier.
u Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié (22)
u Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire
sur la puce RFID d'une cassette de réactifs (30)
d
m Fichiers d'analyse CU définis
r Pour publier des fichiers d'analyse CU
1 Opération
1
2
1 Dans le panneau Utility channel tool, ouvrez les
fichiers d'analyse CU à publier.
2 Assurez-vous que le nom du groupe de fichiers
d'analyse CU, l'ID de la cassette de réactifs, les
paramètres de PCR et les informations de la cassette
de réactifs sont corrects.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
29
3 Publiez les fichiers d'analyse CU comme suit :
• En bas du panneau UC analysis package,
sélectionnez le bouton Publish.
• Confirmez puis accédez à l'emplacement de
publication des fichiers d'analyse CU, saisissez le
nom du fichier, puis sélectionnez le bouton Save.
I Les fichiers d’analyse CU publiés sont stockés en
tant que fichiers .ZIP .
Un identificateur LOINC est automatiquement
généré.
4 Si vous recevez le message suivant lors de la
publication de fichiers d’analyse CU, contactez Roche
Service pour obtenir un nouvel ensemble de
bibliothèques d'exécution :
• Error occurred while creating a UC analysis
package. A library retrieval error occurred.
Possible cause: No unused libraries left.
Contact Roche Service for additional
identifiers.
Création de nouveaux fichiers d'analyse CU à partir de
fichiers publiés
Ouvrez des fichiers d'analyse CU publiés en vue de les
utiliser comme modèle pour un nouveau groupe de
fichiers.
d
m Fichiers d'analyse CU publiés
1
1 Dans le panneau Utility channel tool, sélectionnez le
bouton Create from published UC analysis
package.
f La boîte de dialogue Open de Windows s'affiche.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
r Pour créer un groupe de fichiers à
partir d'un groupe de fichiers
d'analyse CU publié
30
Logiciel de canal utilitaire
2
2 Accédez aux fichiers publiés à ouvrir et sélectionnez le
bouton Open.
I Le groupe de fichiers doit être un fichier .ZIP .
f Le panneau UC analysis package s'affiche.
3 Modifiez les fichiers d'analyse CU si nécessaire.
4 Enregistrez ou publiez les fichiers d'analyse CU
comme suit :
• Pour enregistrer les fichiers d'analyse CU, en bas
du panneau UC analysis package, sélectionnez
le bouton Save as ou Save.
• Pour publier les fichiers d'analyse CU, en bas du
panneau UC analysis package, sélectionnez le
bouton Publish.
I Assurez-vous que le groupe de fichiers d’analyse
CU a un nom unique, sinon il ne peut pas être
installé sur le système analytique.
u Sujets connexes
•
•
Définition et modification de fichiers d'analyse CU (25)
Création d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié (22)
Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire sur
la puce RFID d'une cassette de réactifs
Ouvrez un groupe de fichiers d'analyse CU publié pour
écrire sur la puce RFID d'une cassette de réactifs.
m Fichiers d'analyse CU publiés
1 Opération
d
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
31
r Pour ouvrir des fichiers d'analyse CU
publiés en vue de l'écriture de
données
1
2
3
4
1 Dans le panneau Utility channel tool, sélectionnez le
bouton Open published UC analysis package to
write on reagent cassette RFID tag.
f La boîte de dialogue Open de Windows s'affiche.
2 Accédez au groupe de fichiers à importer et
sélectionnez le bouton Open.
I Le groupe de fichiers doit être un fichier .ZIP .
f Le panneau Reagent cassette s'affiche.
3 Le logiciel de canal utilitaire conserve les raccourcis
vers les fichiers d'analyse CU récemment publiés. Pour
ouvrir des fichiers d'analyse CU publiés, en bas du
panneau Utility channel tool, sélectionnez le
raccourci.
f Le panneau Reagent cassette s'affiche.
4 Pour ajouter un numéro de lot de cassette de réactifs
facultatif, remplissez le champ Reagent cassette lot
No. Cela fournit des informations supplémentaires
facultatives affichées sur le système à propos de la
cassette de réactifs.
5 Ajoutez la date de péremption du réactif MMx-R2
dans le champ Reagent cassette lot No. Il est
important d’établir la stabilité du réactif MMx-R2
après l’ajout d’amorce et de sonde, de même que de
faire le suivi de la date de péremption du réactif MMxR2.
u Sujets connexes
•
Lecture et écriture sur une puce RFID (32)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
5 ATTENTION! L'utilisation de réactifs MMx-R2 périmés
peut entraîner des résultats faux négatifs.
32
Dispositif de lecture/écriture RFID
Dispositif de lecture/écriture RFID
Dans cette partie
À propos du dispositif de lecture/écriture RFID (32)
Lecture et écriture sur une puce RFID (32)
À propos du dispositif de lecture/écriture RFID
Le dispositif de lecture/écriture RFID vous permet de lire
et d'écrire des données sur des puces RFID. Le dispositif
de lecture/écriture RFID est un dispositif autonome
contrôlé par le logiciel de canal utilitaire. Il se connecte à
votre PC via un port USB.
Les puces RFID à utiliser avec le logiciel de canal utilitaire
sont fournies par Roche et sont déjà apposées sur la
cassette de réactifs. Les puces RFID incluent déjà les
modèles nécessaires à utiliser avec le logiciel de canal
utilitaire.
Lecture et écriture sur une puce RFID
Cette section décrit la manière d'écrire les informations
de fichiers d'analyse CU sur une puce RFID.
q
En cas d’étiquetage incorrect, l’ID et le n° de lot de la
cassette de réactifs présents sur la puce RFID peuvent
être écrasés.
u Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés pour écrire
sur la puce RFID d'une cassette de réactifs (30)
1 Opération
d
m Fichiers d'analyse CU publiés
m Dispositif de lecture/écriture RFID fourni par Roche
m Puces RFID
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
33
r Pour lire et écrire sur une puce RFID
1
2
3
1 Lancez le logiciel de canal utilitaire et ouvrez des
fichiers d'analyse CU publiés.
f Le panneau Reagent cassette s'affiche.
2 Connectez le dispositif de lecture/écriture RFID à
votre PC via le port USB.
3 Pour ajouter un numéro de lot de cassette de réactifs
facultatif, remplissez le champ Reagent cassette lot
No. Cela fournit des informations supplémentaires
facultatives affichées sur le système à propos de la
cassette de réactifs.
• Plusieurs cassettes peuvent être attribuées à un
même groupe de fichiers d’analyse CU. Pour
distinguer les cassettes, attribuez un n° de lot.
I Différents groupes de fichiers d’analyse CU ne
devraient pas avoir le même ID de cassette. Ne
partagez pas les cassettes.
q Analysez un échantillon positif pour contrôler la
stabilité du moniteur.
4 Ajoutez la date de péremption du réactif MMx-R2
dans le champ Reagent cassette lot No. Il est
important d’établir la stabilité du réactif MMx-R2
après l’ajout d’amorce et de sonde, de même que de
faire le suivi de la date de péremption du réactif MMxR2.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
4 ATTENTION! L'utilisation de réactifs MMx-R2 périmés
peut entraîner des résultats faux négatifs.
34
Dispositif de lecture/écriture RFID
5
B
A
A Bord incliné de la
cassette de réactifs
5 Placez le dispositif de lecture/écriture RFID
immédiatement à côté de la puce RFID à lire.
I Tenez le dispositif de lecture/écriture RFID de
sorte que le haut du dispositif se trouve à côté de
la puce RFID.
B Puce RFID
6
7
6 Pour vous assurer que rien n'a encore été écrit sur la
puce RFID, dans le panneau Reagent cassette,
sélectionnez le bouton Read data from RFID tag.
f Toute information présente sur la puce RFID
s'affiche dans le panneau Read data from RFID
tag.
7 Si le dispositif de lecture/écriture RFID n'est pas
connecté, ou si la puce RFID n'inclut pas le modèle
nécessaire, un message d'avertissement s'affiche.
8 Si rien n'a encore été écrit sur la puce RFID, placez le
dispositif de lecture/écriture RFID à côté de la puce
RFID sur laquelle vous souhaitez écrire et dans le
panneau Reagent cassette, sélectionnez le bouton
Write data on RFID tag.
1 Opération
9 Pour vous assurer que la puce RFID contient ce que
vous avez écrit, placez le dispositif de lecture/écriture
RFID à côté de la puce RFID et dans le panneau
Reagent cassette, sélectionnez le bouton Read
data from RFID tag.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
35
Installation de fichiers d'analyse CU sur le
système
Dans cette partie
Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur le
système via une connexion à distance (35)
Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système (37)
Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système (38)
Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur le
système via une connexion à distance
Utilisez cette procédure pour installer des fichiers
d'analyse CU depuis un PC externe.
Cette section est destinée aux utilisateurs déjà
familiarisés avec les cobas® 6800/8800 Systems.
u Documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems.
q
Jusqu'à 20 groupes de fichiers d'analyse peuvent
être installés sur le système. Avant d'installer des fichiers
d'analyse CU supplémentaires, vous devez désinstaller du
système les fichiers précédemment installés.
d
j
m Un PC externe avec connexion à distance au système
est requis pour importer et installer des fichiers
d’analyse CU.
m Internet Explorer 7 ou supérieur est requis.
m Des fichiers d'analyse CU publiés doivent être
disponibles sur le PC externe.
Seuls les fichiers d’analyse CU créés dans une version
compatible du logiciel de canal utilitaire peuvent être
chargés sur le système.
m L'importation de fichiers d'analyse CU est limitée aux
utilisateurs disposant de droits d'utilisateur
superviseur.
m Tous les instruments connectés au serveur IG doivent
afficher l’état Standby avant l’installation de fichiers
d’analyse CU.
u Logiciels système compatibles (21)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
u Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système (37)
36
Installation de fichiers d'analyse CU sur le système
r Pour importer et installer des fichiers
d'analyse CU
1 Sur le PC externe, accédez à la connexion à distance.
I Assurez-vous de vous connecter en tant
qu'utilisateur superviseur.
q Si vous ne pouvez pas voir l’IU du système via la
connexion à distance, modifiez le zoom de la fenêtre
jusqu’à pouvoir voir l’interface utilisateur complète du
système.
2
1 Opération
3
4
2 Dans la connexion à distance, sélectionnez
Administration > Software installation et cliquez
sur le bouton Import UC analysis package.
3 Accédez au groupe de fichiers d'analyse CU à
importer et ouvrez-le.
I Seuls les fichiers d’analyse CU publiés (fichiers
.ZIP ) peuvent être importés.
Pour pouvoir être installés sur le système, les
fichiers d’analyse CU doivent avoir un nom unique
et un identificateur LOINC unique. Si
l’identificateur LOINC est associé à des fichiers
précédemment installés, l’installation n'est pas
possible.
f Le groupe de fichiers d'analyse CU importé est
ajouté à la liste Available packages. Le statut du
groupe sera Pending.
4 Sur le système, sélectionnez Administration
> Software installation.
I Assurez-vous que vous êtes connecté en tant
qu'utilisateur superviseur.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
5
6
37
5 Dans le panneau Available packages, sélectionnez
le(s) groupe(s) de fichiers d'analyse CU que vous avez
importé(s).
6 Dans le panneau Package content, sélectionnez le
bouton Install package.
I Une fois l'installation réussie, le statut du groupe
de fichiers d'analyse CU devient Installed.
u Sujets connexes
•
Désinstallation de fichiers d'analyse CU du
système (37)
Désinstallation de fichiers d'analyse CU du système
Utilisez cette procédure pour désinstaller des fichiers
d'analyse CU du système en vue d'installer des fichiers
supplémentaires.
q
Les fichiers d'analyse CU désinstallés restent dans la
liste Available packages sur le système et peuvent être
réinstallés.
u Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système (38)
1
1 Sur le système, sélectionnez Administration
> Software installation.
I Assurez-vous que vous êtes connecté en tant
qu'utilisateur superviseur.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
r Pour désinstaller des fichiers
d'analyse CU
38
Installation de fichiers d'analyse CU sur le système
2
3
2 Dans le panneau Available packages, sélectionnez
le groupe de fichiers d'analyse CU à désinstaller.
3 Dans le panneau Package content, sélectionnez le
bouton Uninstall package.
f Le statut du groupe de fichiers d'analyse CU
devient Uninstalled. Le groupe reste dans la liste
des fichiers disponibles.
f Le bouton Uninstall package devient
automatiquement le bouton Install package.
u Sujets connexes
•
Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le
système (38)
Réinstallation de fichiers d'analyse CU sur le système
Utilisez cette procédure pour réinstaller des fichiers
d'analyse CU désinstallés du système.
1 Opération
r Pour réinstaller des fichiers d'analyse
CU
1
1 Sur le système, sélectionnez Administration
> Software installation.
I Assurez-vous que vous êtes connecté en tant
qu'utilisateur superviseur.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
2
2 Dans le panneau Available packages, sélectionnez
le groupe de fichiers d'analyse CU à réinstaller.
3 Dans le panneau Package content, sélectionnez le
bouton Install package.
f Le statut du groupe de fichiers d'analyse CU
devient Installed.
f Le bouton Install package devient
automatiquement le bouton Uninstall package.
1 Opération
3
39
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
40
Préparation des cassettes de réactifs
Préparation des cassettes de réactifs
Dans cette partie
À propos du kit de réactifs (40)
Préparation du réactif de master mix 2 (41)
Remplissage de la cassette de réactifs (43)
Référence rapide : Préparation des cassettes de
réactifs (46)
À propos du kit de réactifs
q Pour plus d'informations sur le kit de réactifs,
reportez-vous aux Instructions d'utilisation.
Pour effectuer des tests à l'aide du canal utilitaire, Roche
fournit le cobas omni Utility Channel Reagent Kit. Ce kit
de réactifs contient les éléments suivants :
•
•
cobas omni Utility Channel Master Mix Reagent 2
(MMx-R2 CU) : le réactif de master mix spécifique au
canal utilitaire est contenu dans un bidon distinct et
est basé sur la structure de master mix des
cobas® 6800/8800 Systems, y compris l'amorce et les
sondes pour l'amplification et la détection du contrôle
interne.
cobas omni Utility Channel Reagent Cassette : une
cassette de réactifs pré-assemblée avec protéase,
contrôle interne, tampon d'élution, Master Mix
Reagent 1 (MMx-R1) et un réservoir vide pour réactif
de master mix 2 préparé.
Préparez la cassette de réactifs et le réactif de master
mix 2 préparé. Remplissez la cassette de réactifs avec le
réactif de master mix 2 préparé comme décrit dans les
sections suivantes.
1 Opération
u Sujets connexes
•
•
Préparation du réactif de master mix 2 (41)
Remplissage de la cassette de réactifs (43)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
41
Préparation du réactif de master mix 2
Utilisez cette procédure pour préparer le réactif de master
mix 2 préparé à utiliser dans le cadre des tests définis par
l'utilisateur.
Vue d'ensemble
Pour préparer le réactif de master mix 2 préparé,
transférez 8,0 mL de réactif de master mix 2 (du bidon UC
MMx-R2) dans un tube ou un bidon temporaire.
Les amorces et sondes spécifiques à la cible et définies
par l'utilisateur sont ensuite ajoutées au réactif de master
mix 2. Remplissez le réactif de master mix 2 jusqu'à
atteindre un volume final de 8,48 mL à l'aide d'eau de
qualité PCR.
q
La réaction de PCR finale a un volume total de
52 μL et contient un échantillon de 27 μL, un réactif de
master mix 2 de 15 μL et un réactif de master mix 1 de
10 μL.
!
ATTENTION
Résultats incorrects dus à l'utilisation d’un réactif de
master mix 2 périmé
L’utilisation d’un réactif de master mix 2 périmé peut
entraîner des faux négatifs.
r N'utilisez pas de réactifs ou consommables ayant
dépassé leur date de péremption.
r Utilisez uniquement le flacon UC MMx-R2 fourni avec
la cassette de réactifs.
m
m
m
m
Mélangeur à cylindres
Pipette
Réactif de master mix 2
Tube de polypropylène neuf et protégé de la lumière
1 Opération
d
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
42
Préparation des cassettes de réactifs
r Pour préparer le réactif de master
mix 2
1
2
1 Mélangez le bidon de MMx-R2 CU sur un mélangeur
à cylindres pendant 5 minutes à température
ambiante.
I Si aucun mélangeur à cylindres n'est disponible,
retournez le bidon 20 fois.
2 ATTENTION! Risque de blessure dû au contact avec
les réactifs ou d'autres solutions de travail. Portez un
équipement de protection individuelle approprié.
2 Ouvrez le bidon et pipetez 8,0 mL de MMx-R2 CU
dans un tube de polypropylène neuf et protégé de la
lumière.
3
4 Mélangez le réactif de master mix 2 préparé sur un
mélangeur à cylindres pendant 5 minutes à
température ambiante.
I Si aucun mélangeur à cylindres n'est disponible,
retournez le bidon 20 fois.
1 Opération
4
3 Pipetez un total de 480 μL d'amorces, de sondes et
d'eau de qualité PCR dans un tube de polypropylène
neuf et protégé de la lumière.
I Le volume total de réactif de master mix 2 préparé
doit être de 8,48 mL.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
43
Remplissage de la cassette de réactifs
Suivez cette procédure pour remplir la cassette de
réactifs avec le réactif de master mix 2 préparé.
Vue d'ensemble
La cassette de réactifs fournit un réservoir vide pour
remplir le réactif de master mix 2 préparé pour les tests
de canal utilitaire. Pipetez 7,0 mL de réactif de master
mix 2 préparé dans ce compartiment à l'aide d'une
pipette ou d'une seringue.
u Préparation du réactif de master mix 2 (41)
!
Emplacement de la deuxième rangée du kit de
réactifs
ATTENTION
Risque de résultats faux négatifs ou de perte de
réactif dû à un chargement et une manipulation
incorrects
w Grille de position : emplacement de la deuxième rangée du kit de réactifs en partant de la droite (la rangée est mise en
évidence)
Remplissez au moins 7,0 mL de réactif de master mix 2 préparé dans la deuxième rangée de la cassette en partant de la
droite
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
Le chargement de réactif MMx-R2 dans la mauvaise
rangée de cassette de réactifs peut entraîner une perte
ou un endommagement des réactifs.
r Chargez le réactif MMx-R2 uniquement dans la
deuxième rangée (en partant de la droite) de la
cassette de réactifs.
r Utilisez un échantillon positif comme contrôle positif
pour surveiller les réactifs.
44
Préparation des cassettes de réactifs
q Assurez-vous de vérifier la date de péremption du
réactif MMx-R2 avant de l’utiliser.
d
j
m
m
m
m
Cassette de réactifs
Réactif de master mix 2 préparé
1 mL d'embout de pipetage en plastique
Pipette à répétition avec embout de pipetage de
10 mL
m Balance
m Le réactif de master mix 2 préparé a été mélangé (y
compris les amorces et les sondes spécifiques à la
cible).
r Pour remplir la cassette de réactifs
1 Pesez la cassette de réactifs et notez-en le poids.
2
2
Positionnez la cassette de réactifs en plaçant le bord
incliné dans le coin inférieur droit.
f La deuxième rangée en partant du côté droit
contient désormais le réservoir vide.
q Utilisez la grille de position comme référence.
u Grille de position : emplacement de la deuxième rangée
du kit de réactifs en partant de la droite (la rangée est
mise en évidence) Remplissez au moins 7,0 mL de
réactif de master mix 2 préparé dans la deuxième
rangée de la cassette en partant de la droite w (43)
1 Opération
3
3 Placez un embout de pipetage en plastique d’1 mL
dans l’orifice supérieur du septum de la deuxième
rangée.
I L'embout de pipetage permet d'ajuster la pression
de l'air dans le réservoir lors de l'ajout du réactif de
master mix 2 préparé.
4 ATTENTION! Risque de blessure dû au contact avec
les réactifs ou d'autres solutions de travail.
Portez un équipement de protection individuelle
approprié.
4 Munissez-vous d’une pipette à répétition avec embout
de pipetage de 10 mL. Chargez l'embout de pipetage
avec 7,0 mL de réactif de master mix 2 préparé.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
5
45
5 ATTENTION! Risque de déversement de réactif.
5 Insérez la pipette remplie dans l’orifice inférieur du
septum de la cassette de réactifs. Percez le septum
suffisamment profondément pour éviter un
déversement.
6
6 Inclinez la cassette de réactifs à un angle de 45° dans
le sens de la longueur à partir du fond. Assurez-vous
d’incliner la cassette le long du bord où la pipette avec
l’embout de 10 mL est inséré.
7 Pipetez soigneusement et lentement 7,0 mL du
réactif de master mix 2 préparé à travers le septum
inférieur dans le réservoir vide de la deuxième rangée.
q Si possible, distribuez le mélange de réactif de
master mix 2 d'un seul coup.
8 ATTENTION! Un volume de réactif insuffisant pourrait
entraîner des résultats faux négatifs.
8 Assurez-vous de pipeter le volume correct de réactif
de master mix 2.
9 ATTENTION! Un volume de réactif insuffisant pourrait
entraîner des résultats faux négatifs.
9 Assurez-vous qu’il n’y a pas de liquide dans l’embout
de pipetage d’1 mL.
S’il y a du liquide dans l’embout, faites pivoter
soigneusement l’embout pour renvoyer le liquide dans
le flacon de réactif de master mix 2.
S’il y a toujours du liquide dans l’embout de 1 mL,
procédez comme suit :
• Avec la pipette à répétition équipée d’un embout
de 10 mL, prélevez un peu de réactif de master
mix 2 pipeté du flacon de la cassette jusqu’à ce
qu’il n’y ait plus de liquide dans l’embout d’1 mL.
• Pipetez soigneusement et lentement tout liquide se
trouvant dans l'embout de pipetage de 10 mL pour
le remettre dans le flacon.
• Une fois les deux embouts vides, ils peuvent être
retirés de la cassette.
10 Retirez l'embout de pipetage en plastique d'1 mL du
septum.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
1 Opération
9
46
Préparation des cassettes de réactifs
11
11 Basculez doucement la cassette de réactifs 20 fois
pour libérer les bulles d'air provenant du réservoir tout
juste rempli.
12 Pesez la cassette de réactifs et assurez-vous qu’elle
est 7,5 ± 1 g plus lourde que sans le réactif de master
mix 2.
13 MISE EN GARDE N'apposez pas d'étiquette ou
d'autocollant supplémentaire à la cassette de réactifs.
13 Identifiez la cassette de réactifs en écrivant sur
l'étiquette contrôlable de visu déjà apposée sur celleci ou en écrivant directement sur la cassette de
réactifs.
Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs
Réussir un test de canal utilitaire requiert que vous
formuliez le réactif de master mix 2 préparé et en
remplissiez la cassette de réactifs correctement.
Le tableau de référence rapide ci-dessous suppose que
vous soyez familiarisé avec le contenu des rubriques
concernées.
Étapes
1
Préparation du réactif de master
mix 2
Action de l'utilisateur
1. Mélangez le flacon de réactif de master mix 2
préparé sur un mélangeur à cylindres
pendant 5 minutes à température ambiante.
2. Ouvrez le bidon et pipetez 8,0 mL de réactif
de master mix 2 dans un tube de
polypropylène neuf et protégé de la lumière.
3. Pipetez un total de 480 μL d'amorces, de
sondes et d'eau de qualité PCR dans un tube
de polypropylène neuf et protégé de la
lumière.
4. Mélangez le réactif de master mix 2 préparé
sur un mélangeur à cylindres pendant
5 minutes à température ambiante.
1 Opération
y Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
Étapes
2
47
Action de l'utilisateur
Remplissage de la cassette de
réactifs
1. Pesez la cassette de réactifs et notez-en le
poids.
2. Positionnez la cassette de réactifs en plaçant
vers vous le bord incliné dans le coin inférieur
droit.
3. Placez un embout de pipetage en plastique
d’1 mL dans l’orifice supérieur du septum de
la deuxième rangée.
4. Chargez 7,0 mL de réactif de master mix 2
préparé dans une pipette à répétition avec
embout de pipetage de 10 mL.
5. Inclinez la cassette de réactifs à un angle de
45° dans le sens de la longueur à partir du
fond.
6. Insérez avec précaution l’embout dans le
septum inférieur de la deuxième rangée et
pipetez lentement 7,0 mL du réactif de master
mix 2 préparé.
7. Retirez l'embout de pipetage en plastique
d'1 mL du septum.
8. Basculez doucement la cassette de réactifs
20 fois pour libérer les bulles d'air.
9. Pesez la cassette de réactifs et assurez-vous
qu’elle est 7,5 ± 1 g plus lourde que sans le
réactif de master mix 2 préparé.
y Référence rapide : Préparation des cassettes de réactifs
u Sujets connexes
Préparation du réactif de master mix 2 (41)
Remplissage de la cassette de réactifs (43)
1 Opération
•
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
48
Réalisation et affichage des tests
Réalisation et affichage des tests
Dans cette partie
Réalisation d'un test de canal utilitaire (48)
À propos de l'affichage des résultats de test (49)
Réalisation d'un test de canal utilitaire
Cette section explique comment effectuer un test de
canal utilitaire.
Cette section est destinée aux utilisateurs déjà
familiarisés avec les cobas® 6800/8800 Systems.
u Documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems.
j
m Les fichiers d'analyse CU sont installés sur le système
m La cassette de réactifs a été préparée et chargée sur
le système
m Un contrôle négatif est disponible sur le système
u Importation et installation de fichiers d'analyse CU sur
le système via une connexion à distance (35)
u Préparation des cassettes de réactifs (40)
1 Opération
r Pour effectuer un test de canal
utilitaire
1 Un test de canal utilitaire peut être demandé en
suivant l'une des procédures disponibles pour
effectuer une demande de tests sur le système (par
exemple, à partir du SIL, en tant que demande de test
saisie manuellement ou en tant que demande par
racks). Créez une demande de test comme décrit dans
la documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems.
2
2 Dans le champ Sample type, sélectionnez l'option
UC sample.
I Le champ Sample type s'affiche avec les
demandes de SIL, les demandes de test saisies
manuellement et les demandes par racks.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Opération
3
49
3 Dans la zone de groupe Tests:, effectuez les actions
suivantes :
• Dans le champ d'options Test, sélectionnez les
fichiers d'analyse CU. Plusieurs lots de fichiers
d’analyse CU aux paramètres de PCR identiques
peuvent être attribués à un même run.
• Dans le champ Volume, sélectionnez les volumes
d'échantillon.
I Les volumes disponibles sont définis dans les
fichiers d'analyse CU.
4 Enregistrez et effectuez le test comme décrit dans la
documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems.
À propos de l'affichage des résultats de test
Cette section fournit des informations sur la manière
d'afficher des résultats de test pour un test de canal
utilitaire.
L'affichage des résultats de test pour un test de canal
utilitaire suppose d'être familiarisé avec les
cobas® 6800/8800 Systems.
1 Opération
Les résultats de test pour un test de canal utilitaire
peuvent être affichés de la même manière que les autres
résultats de test. Les résultats d'échantillon sont identifiés
à l'aide du nom de fichiers d'analyse CU, et les résultats
s'affichent dans le panneau Routine > Test results ou le
panneau Routine > Control batch.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
50
Réalisation et affichage des tests
Exportation des fichiers XML
Pour le développement de test et pour l'utilisation de
l'afficheur de courbe, il est nécessaire d'exporter les
résultats de test au format XML.
u Pour plus d'informations concernant l'affichage et la
gestion des résultats de test et pour l'exportation des
résultats au format XML, reportez-vous à la
documentation utilisateur des cobas® 6800/8800
Systems
u Sujets connexes
Afficheur de courbe (53)
1 Opération
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
53
Table des matières
Afficheur de courbe
Dans ce chapitre
2
2
À propos de l’outil Lab Developed Test (LDT) Curve
Viewing Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
55
À propos de l'interface utilisateur de l'afficheur de
courbe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
56
Flux de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
58
Utilisation de l'afficheur de courbe . . . . . . . . . . . . . . .
Configuration requise pour les données brutes . .
Mise en place d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Démarrage d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . .
Chargement des fichiers de données brutes .
Vérification des données brutes à partir du
système analytique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Réglage des paramètres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Gestion des sessions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Création d'une nouvelle session . . . . . . . . . . . .
Enregistrement ou modification du nom
d'une session. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ouverture d'une session . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Suppression d'une session . . . . . . . . . . . . . . . .
Personnalisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Personnalisation du schéma . . . . . . . . . . . . . . .
Personnalisation du tableau d'analyse des
données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
60
60
60
61
61
63
64
66
66
66
67
68
68
69
2 Afficheur de courbe
70
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
54
2 Afficheur de courbe
Table des matières
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
55
À propos de l’outil Lab Developed Test
(LDT) Curve Viewing Tool
L'outil Lab Developed Test (LDT) Curve Viewing Tool
(afficheur de courbe) a été conçu pour aider au
développement de tests développés en laboratoire. Il
permet aux développeurs d'évaluer l'impact des
différentes valeurs de RFI et valeurs seuils de Ct selon des
courbes générées au cours du développement de tests.
L'afficheur de courbe est un logiciel autonome
s'exécutant sur un PC Windows séparé. Il ne fait pas
partie d'un système analytique. L'afficheur de courbe
n'assure pas la génération ou la vérification de résultats
de diagnostic.
2 Afficheur de courbe
Objectif et usage prévu de l'afficheur de
courbe
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
56
À propos de l'interface utilisateur de l'afficheur de courbe
À propos de l'interface utilisateur de
l'afficheur de courbe
Cette section décrit les principaux éléments de l'interface
utilisateur de l'afficheur de courbe.
A
G
B
F
C
E
D
A Barre de menu
C Zone de groupe d'analyse E
de données
Zone de groupe Results
B Zone de groupe Growth
curve
D Barre verticale
Zone de groupe
Parameters
F
G Zone de groupe Run Test selection
2 Afficheur de courbe
w Éléments de l'interface utilisateur
L'interface utilisateur de l'afficheur de courbe se compose
d'une seule vue ou zone de travail. Cette dernière se
divise en 2 panneaux et en 5 zones de groupe. Les
éléments de l'interface utilisateur sont décrits dans le
tableau suivant :
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
Élément
57
Description
Barre de menu
Inclut les boutons suivants :
o Create : sélectionnez ce bouton pour créer une nouvelle session d'afficheur de courbe.
o Save : sélectionnez ce bouton pour enregistrer la session en cours.
o Save as : sélectionnez ce bouton pour enregistrer la session en cours avec un nom de
fichier différent.
o Open : sélectionnez ce bouton pour ouvrir une session existante.
o Delete Sessions : sélectionnez ce bouton pour supprimer les sessions enregistrées.
o About : sélectionnez ce bouton pour obtenir des informations légales et des détails sur
la version.
Zone de groupe Growth curve
Présente des vues graphiques détaillées des courbes de croissance (brutes et normalisées).
Des fonctions de zoom complètes sont disponibles et le schéma obtenu peut être enregistré
dans le presse-papiers du PC ou exporté dans un fichier d'image. Les options disponibles
permettent de définir la légende, la façon dont les courbes sont mises en surbrillance, de
même que le titre et les indications de l'axe.
Zone de groupe d'analyse de
données
Présente une liste de résultats sélectionnés pour chaque puits et chaque canal. Des
fonctions de filtre et de tri sont disponibles dans la liste.
Barre verticale
Sépare les panneaux droit et gauche de la zone de travail. En faisant glisser la barre
verticale à l'aide de la souris, vous pouvez augmenter ou réduire la largeur du panneau droit
ou du panneau gauche.
Zone de groupe Results
Présente un résumé des courbes positives et négatives de la dernière analyse lancée. Le
bouton Analyze and display vous permet de mettre à jour la courbe affichée à l'aide des
paramètres définis.
Zone de groupe Parameters
Permet de définir divers paramètres de test. Parmi ces cibles, la plus importante est la
sensibilité (Sensitivity ou RFImin), laquelle définit le seuil de détection. Vous trouverez
également un paramètre définissant la validation à l'aide d'un contrôle interne.
Zone de groupe Run - Test
selection
Permet le chargement de fichiers de données brutes, de même que leurs runs respectifs
inclus pour le calcul ou supprimés.
2 Afficheur de courbe
y Description des éléments de l'interface utilisateur
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
58
Flux de travail
Flux de travail
Cette section offre un aperçu des principales tâches que
vous pouvez réaliser à l'aide de l'afficheur de courbe.
Flux de travail principal
2 Afficheur de courbe
cobas® 6800/8800
Systems
1
Sélection du test
CU installé sur le
système
4
Exécution du test
5
Réception et
export des
résultats de test
Canal utilitaire
et dispositif de lecture/
écriture RFID
2
Écriture de l'ID
et du n° de lot
de la cassette
de réactifs sur la
puce RFID
Cassette de réactifs
3
$IÀFKHXUGHFRXUEH
Préparation
de la cassette
de réactifs et
FKDUJHPHQWGH
la cassette sur le
système
6
Analyse ultérieure
des résultats
u Flux de travail de développement de test (19)
Flux de travail de routine (20)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
59
Flux de travail post-analyse
)OX[GHWUDYDLOGHO DIÀFKHXUGHFRXUEH
1 &RQÀJXUDWLRQGHODVHVVLRQ
‡&KDUJHPHQWGHVÀFKLHUVGH
GRQQpHVEUXWHV IRUPDW5')
‡6pOHFWLRQGHVUXQVHWGHVWHVWV
2 9pULÀFDWLRQGHVGRQQpHV
EUXWHV
*HVWLRQGHVVHVVLRQV
‡9pULÀFDWLRQGHODFRXUEHGH
FURLVVDQFHGHO DQDO\VHGHV
GRQQpHVHWGHVUpVXOWDWV
3 5pJODJHGHVSDUDPqWUHV
‡5pJODJHGHODVHQVLELOLWpGX
FDQDO 5),PLQ
‡5pJODJHGHVSDUDPqWUHVGH
FRQWU{OHLQWHUQH
4 9pULÀFDWLRQGHVQRXYHDX[
UpVXOWDWV
‡$QDO\VHGHVGRQQpHVHW
DIÀFKDJHGHVFRXUEHVGH
FURLVVDQFHVHORQOHVQRXYHDX[
SDUDPqWUHV
5 3HUVRQQDOLVDWLRQ
2 Afficheur de courbe
‡3HUVRQQDOLVDWLRQGXVFKpPD
‡3HUVRQQDOLVDWLRQGXWDEOHDX
G DQDO\VHGHVGRQQpHV
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
60
Utilisation de l'afficheur de courbe
Utilisation de l'afficheur de courbe
Dans cette partie
Configuration requise pour les données brutes (60)
Mise en place d'une session (60)
Vérification des données brutes à partir du système
analytique (63)
Réglage des paramètres (64)
Gestion des sessions (66)
Personnalisation (68)
Configuration requise pour les données brutes
Cette section indique la configuration requise pour les
fichiers de données brutes utilisés avec l'afficheur de
courbe.
Les fichiers de données brutes importés dans l'afficheur
de courbe doivent satisfaire aux critères suivants :
•
•
•
Seules des données d'exportation cobas® 6800/8800
de tests cobas omni Utility Channel peuvent être
importées dans l'afficheur de courbe.
Les données doivent être au format XML.
Les données d'exportation de tests de diagnostic in
vitro ne peuvent pas être importées.
u Pour obtenir des informations sur l'exportation de
données de test, voir la documentation utilisateur du
cobas® 6800/8800.
2 Afficheur de courbe
Accès aux fichiers de données
Les fichiers de données sont transférés des
cobas® 6800/8800 Systems vers l’ordinateur hébergeant
l’afficheur de courbe via l’accès au réseau.
Mise en place d'une session
Dans cette partie
Démarrage d'une session (61)
Chargement des fichiers de données brutes (61)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
61
Démarrage d'une session
Cette section explique comment ouvrir le logiciel
d'afficheur de courbe, créer une nouvelle session et
charger des fichiers de données brutes.
u Installation de l'afficheur de courbe (107)
j
m L'afficheur de courbe est installé.
r Pour démarrer une session
1 Ouvrez le logiciel de l'une des manières suivantes :
• Dans le menu Start, sélectionnez l'icône
d'afficheur de courbe.
• Sur le bureau, double-cliquez sur le raccourci.
2
2 L'outil crée automatiquement une nouvelle session,
vide.
3
3 Pour enregistrer la session, sélectionnez le bouton
Save dans la barre de menu.
Cette section explique comment charger les fichiers de
données brutes pour l'analyse.
u Pour obtenir des informations sur l'exportation de
données de test, voir la documentation utilisateur du
cobas® 6800/8800.
d
j
m Les fichiers de résultats de tests CU doivent être
disponibles au format XML.
m L'afficheur de courbe est ouvert.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
2 Afficheur de courbe
Chargement des fichiers de données brutes
62
Utilisation de l'afficheur de courbe
r Pour charger les fichiers de données
brutes
1
2
2 Afficheur de courbe
3
4
5
1 Dans la zone de groupe Run - Test selection,
sélectionnez le bouton Import Data.
f La boîte de dialogue Select raw data file
s'affiche.
2 Naviguez jusqu'à l'emplacement du fichier de données
brutes et sélectionnez le bouton Open.
3 Si les fichiers de données brutes incluent des
paramètres de calcul incohérents, les valeurs par
défaut sont chargées.
I Les paramètres de calcul par défaut sont les
suivants :
Tous les canaux activés,
Sensitivity (RFImin) = 2,5 (tous les canaux),
Ct range = [0-50] (tous les canaux),
Positive target confirmation with IC.
4 Si les données brutes incluent des tests de diagnostic
in vitro, elles ne peuvent pas être importées par
l'afficheur de courbe.
5 Pour importer des fichiers de données brutes
supplémentaires, choisissez le bouton Import Data
dans la zone de groupe Run - Test selection.
Procédez comme à l'étape 1.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
6
7
7
63
6 Si les données brutes incluent des runs présentant
des valeurs de paramètres différentes, l'afficheur de
courbe demande si les valeurs en cours ou les valeurs
par défaut doivent être utilisées.
7 Pour voir les différents paramètres d’origine de
chaque groupe de fichiers d’analyse CU, déplacez le
curseur sur le nom du groupe de fichiers d’analyse CU
dans la liste UCAP.
f L’infobulle Original UCAP parameters s’affiche.
8 Pour désactiver l'affichage et l'analyse des données,
cochez la case de la première colonne de chaque
ligne dans la zone de groupe Run - Test selection.
9 Pour supprimer des données brutes de la session,
sélectionnez le bouton Delete dans la zone de groupe
Run - Test selection.
Vérification des données brutes à partir du système
analytique
Juste après le chargement des fichiers de données
brutes, l'afficheur de courbe affiche les informations de
résultats de test.
Vérifiez les courbes de croissance des résultats d'origine
afin de vous assurer que le jeu de paramètres par défaut
défini dans les fichiers d'analyse CU correspond à vos
besoins. Si les résultats ne sont pas satisfaisants, vous
pouvez ajuster certains des paramètres.
Affichage des résultats
Condition
Contrôle négatif invalide
Dans les cas suivants, pour interpréter des données
brutes, l’afficheur de courbe affiche des résultats
différents de ceux du système analytique :
Système analytique
Afficheur de courbe
Résultats du canal : « Invalid »
(pour tous les échantillons du lot)
Résultats du canal : « Negative » ou
« Positive » (selon le signal).
Résultats globaux : « Invalid »
Résultats globaux : « Invalid ».
y Différences dans l’affichage des résultats entre l’afficheur de courbe et le système analytique
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
2 Afficheur de courbe
Cette section explique comment afficher les résultats
d'origine dans l'afficheur de courbe à partir du système
analytique.
64
Utilisation de l'afficheur de courbe
Condition
Échantillons invalidés en raison d’un
contrôle interne négatif ou invalide
(selon la logique de résultat)
Système analytique
Afficheur de courbe
Résultat global : « Invalid »
Résultats du canal : « Negative » ou
« Positive ».
Canal cible valide : « Negative » ou
« Positive »
Canal cible invalide : « Invalid »
y Différences dans l’affichage des résultats entre l’afficheur de courbe et le système analytique
r Pour vérifier les données brutes
1
2
2 Afficheur de courbe
3
1 Les courbes de croissance d'origine des données de
test sont affichées graphiquement dans la zone de
groupe Growth curve. Pour passer de l'affichage des
données brutes à celui de données normalisées ou
inversement, sélectionnez votre préférence dans la
liste déroulante Curves:.
2 Les données de test d'origine sont affichées sous
forme de tableau dans la zone de groupe d'analyse
des données. Des fonctions de tri et de filtre des
données sont disponibles dans le tableau.
I Seules les colonnes des résultats d'origine
présentent un contenu.
3 La zone de groupe Results présente un résumé du
nombre de résultats positifs et négatifs pour chaque
panneau.
I Aucune valeur n'est affichée pour les canaux
désactivés.
Réglage des paramètres
Cette section décrit la modification du nombre de canaux
et de la sensibilité de canal, de même que les paramètres
de validation du contrôle interne.
Paramètres
Le tableau ci-dessous montre les paramètres pouvant
être modifiés à l'aide du logiciel d'afficheur de courbe :
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
Paramètre
65
Série
Sensibilité (RFImin)
1-100
Limite de Ct
0-50
y Paramètres ajustables
u Définition et modification de fichiers d'analyse CU (25)
r Pour régler les paramètres
2
3
4
1 Pour régler les sensibilités cibles, dans la zone de
groupe Channel, cochez l'une des cases, ou les deux
cases, situées à côté des canaux disponibles.
Renseignez les champs Sensitivity (RFI min).
2 Pour permettre la validation de contrôle interne, dans
la zone de groupe Internal control validation,
cochez la case Channel 5. Les paramètres suivants
peuvent être ajustés :
• Pour définir la sensibilité, renseignez le champ
Sensitivity (RFI min).
• Pour régler la plage de validité de Ct, renseignez
les champs Lower Ct limit (Ct min) et Upper Ct
limit (Ct max).
• Pour activer ou désactiver la confirmation de cible
positive, sélectionnez l'option with IC ou l'option
without IC.
3 Pour afficher les valeurs de sensibilité dans les
courbes de croissance, sélectionnez le bouton
dans la zone de groupe Growth curve.
Sélectionnez l'option Show parameters.
4 Le graphique de courbe de croissance inclut
maintenant les niveaux de sensibilité définis.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
2 Afficheur de courbe
1
66
Utilisation de l'afficheur de courbe
5
5 Dès qu'un paramètre est modifié, un message
s'affiche indiquant qu'une nouvelle analyse est requise
(New analysis required). Pour analyser les données et
afficher les courbes de croissance avec les nouveaux
paramètres, sélectionnez le bouton Analyze and
display dans la zone de groupe Results.
Gestion des sessions
Dans cette partie
Création d'une nouvelle session (66)
Enregistrement ou modification du nom d'une
session (66)
Ouverture d'une session (67)
Suppression d'une session (68)
Création d'une nouvelle session
r Pour créer une nouvelle session
1
2
1 Pour créer une nouvelle session, sélectionnez le
bouton Create dans la barre de menu.
2 Si des modifications apportées à la session en cours
n'ont pas été enregistrées, l'afficheur de courbe
demande si la session en cours doit être enregistrée.
2 Afficheur de courbe
3 Une nouvelle session est créée.
Enregistrement ou modification du nom d'une session
r Pour enregistrer ou renommer une
session
1
1 Pour enregistrer une nouvelle session, sélectionnez le
bouton Save dans la barre de menu.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
2
67
2 Dans la boîte de dialogue Save session, saisissez le
nom de la session.
I Une fois que vous avez enregistré une session, le
nom existant est utilisé lors de l’enregistrement.
3
3 Pour modifier le nom d'une session, sélectionnez le
bouton Save as dans la barre de menu.
4
4 Dans la boîte de dialogue Save session, saisissez le
nouveau nom de la session.
Ouverture d'une session
Cette section décrit l'ouverture d'une session
préalablement enregistrée.
r Pour ouvrir une session
2
3
1 Pour ouvrir une session préalablement enregistrée,
sélectionnez le bouton Open dans la barre de menu.
2 Dans la boîte de dialogue Open session,
sélectionnez la session dans la liste, puis sélectionnez
le bouton Open.
3 L'afficheur de courbe demande si la session en cours
doit être enregistrée.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
2 Afficheur de courbe
1
68
Utilisation de l'afficheur de courbe
Suppression d'une session
Cette section fournit des instructions de suppression des
sessions permettant de gérer la taille de la base de
données locale.
Les sessions d'afficheur de courbe sont stockées dans
une base de données locale. L'afficheur de courbe vous
avertit lorsque la taille de la base de données atteint sa
limite.
r Pour supprimer une session
1
2
2 Afficheur de courbe
3
1 Pour supprimer une session préalablement
enregistrée, sélectionnez le bouton Delete
Sessions dans la barre de menu.
2 Dans la boîte de dialogue Delete session,
sélectionnez la session à supprimer, puis sélectionnez
le bouton Delete.
3 Confirmez que vous souhaitez supprimer la session.
Personnalisation
Dans cette partie
Personnalisation du schéma (69)
Personnalisation du tableau d'analyse des données (70)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
69
Personnalisation du schéma
Cette section décrit les options de personnalisation de la
vue du schéma de courbe de croissance.
r Pour personnaliser le schéma
2
3
1 Les options de souris suivantes sont disponibles pour
le schéma de courbe de croissance :
• Pour mettre à l'échelle le schéma
automatiquement, faites un double-clic.
• Pour déplacer le schéma, faites un glisser-déposer
en maintenant le bouton gauche de la souris
enfoncé.
• Pour faire un zoom avant ou arrière, utilisez la
molette de la souris.
• Pour zoomer sur une zone spécifique, mettez une
zone du schéma en surbrillance tout en appuyant
sur le bouton droit de la souris.
• Pour copier le schéma dans le presse-papiers ou
pour enregistrer le schéma sous forme de fichier
graphique, placez le curseur de la souris dans la
zone de groupe Growth curve et faites un clic
droit.
2 Pour ajouter une légende au schéma, sélectionnez le
bouton
dans la zone de groupe Growth curve.
Sélectionnez l'option Show legend.
3 Pour renommer le titre et les indications de schéma,
sélectionnez le bouton
dans la zone de groupe
Growth curve. Sélectionnez le bouton Titles and
axis labels.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
2 Afficheur de courbe
1
70
Utilisation de l'afficheur de courbe
4
5
4 Pour mettre des données en surbrillance dans les
courbes de croissance, procédez comme suit :
• Dans le tableau dans la zone de groupe d'analyse
des données, mettez en surbrillance une ou
plusieurs rangées en cliquant avec le bouton
gauche de la souris.
• Dans la zone de groupe Growth curve,
sélectionnez le bouton .
• Pour afficher toutes les courbes dans le schéma,
sélectionnez l'option Normal dans la liste
Highlight mode.
• Pour mettre en surbrillance les courbes
sélectionnées dans le schéma, sélectionnez
l'option Emphasize dans la liste Highlight mode.
• Pour afficher uniquement les courbes
sélectionnées dans le schéma, sélectionnez
l'option Selection dans la liste Highlight mode.
5 Pour modifier un style de ligne pour une courbe,
mettez en surbrillance une rangée dans la zone de
groupe d'analyse de données et faites un clic droit.
Dans le menu contextuel, sélectionnez la
commande Edit line style.
2 Afficheur de courbe
Personnalisation du tableau d'analyse des données
Cette section fournit des informations sur le tri et
l'affichage des données dans le tableau d'analyse.
r Pour personnaliser le tableau
d'analyse des données
1
1 Pour trier les données, cliquez sur un en-tête de
colonne.
2 Pour modifier la position d'une colonne, faites glisser
l'en-tête en maintenant le bouton gauche de la souris
enfoncé.
3 Pour figer ou libérer une colonne dans l'affichage,
sélectionnez l'icône de punaise dans l'en-tête.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Afficheur de courbe
5
6
7
4 Pour filtrer les données d'une colonne, sélectionnez le
bouton
dans l'en-tête et choisissez les entrées
pertinentes. Sélectionnez le bouton OK.
f Le schéma est mis à jour selon les courbes filtrées.
5
Pour des fonctions supplémentaires, mettez en
surbrillance une rangée dans la zone de groupe
d'analyse de données et faites un clic droit.
f Le menu contextuel s'affiche.
6 Pour ajouter ou supprimer une colonne dans le
tableau, sélectionnez la commande Column
selector dans le menu contextuel. Dans la boîte de
dialogue Column Chooser, sélectionnez les colonnes
à afficher.
7 Pour regrouper les données en fonction de certaines
valeurs dans une colonne, sélectionnez la commande
Group by dans le menu contextuel.
f Un nouvel en-tête de regroupement de données
s'affiche au-dessus du tableau.
8 Faites un glisser-déposer de la colonne présentant la
valeur selon laquelle trier les données et déplacez-la
dans l'en-tête supérieur.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
2 Afficheur de courbe
4
71
Utilisation de l'afficheur de courbe
2 Afficheur de courbe
72
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Annexe
3
4
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire ....................... 75
Installation du logiciel.........................................................................................101
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
75
Table des matières
Consignes pour l'exécution de tests
Dans ce chapitre
3
3
Recommandations pour la conception de test. . . . . .
77
Avis de non-responsabilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
78
Amorce et sonde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Recommandations de conception d'amorce. . . . .
Recommandations de conception de sonde. . . . .
Conception de sonde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Test duplex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
79
79
80
80
82
Profil de PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
83
Contrôles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Contrôle interne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
86
86
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps
réel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
À propos du kit d’optimisation . . . . . . . . . . . . . . . .
Amorce et sonde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Fluorophore rapporteur et fluorophore
quencher . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Optimisation du test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
À propos de l’optimisation du test . . . . . . . . . .
Concentration d'amorce et de sonde . . . . . . . .
Paramètres de profil de PCR . . . . . . . . . . . . . . .
Performances de test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Courbe de croissance standard et efficacité
de la PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Test duplex. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Performances de contrôle interne . . . . . . . . . . . . .
88
89
90
90
91
92
92
93
93
94
95
95
Références. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
97
Annexe 1 : Exemples de profils de PCR. . . . . . . . . . . .
98
Annexe 2 : Programmes logiciels de conception
d'amorce disponibles sur Internet . . . . . . . . . . . . . . . .
99
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
avec canal utilitaire
76
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Table des matières
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
77
Recommandations pour la conception de
test
Le cobas omni Utility Channel permet aux utilisateurs
d'exécuter leurs tests développés en laboratoire à l'aide
des cobas® 6800/8800 Systems. L’utilisation du flux de
travail complet comprenant la purification/l’isolation
d'ADN et l’amplification de cible ultérieure est requise.
que des réactifs cobas omni sur les cobas® 6800/8800
Systems, permettant d'obtenir un éluat standardisé. En
combinaison avec l'éluat standardisé, une structure de
master mix standardisée est fournie. Pour garantir des
performances optimales de test défini par l'utilisateur, il
est recommandé de procéder à une optimisation de la
conception d'amorce et de sonde sur la base de la
structure de master mix standardisée.
Le cobas omni Utility Channel peut être utilisé pour les
cibles d'ADN et d'ARN. Le master mix contient la
transcriptase inverse, et le profil de PCR par défaut prend
en charge la transcription inverse.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Le cobas omni Utility Channel utilise une procédure
standardisée de préparation des échantillons de même
78
Avis de non-responsabilité
Avis de non-responsabilité
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Roche n'est pas en mesure d'indiquer des protocoles
spécifiques aux utilisateurs, ni de spécifier les résultats
attendus. Le laboratoire est responsable de l’intégralité de
la validation de test, y compris le protocole de validation,
les résultats attendus, une cohorte de test statistiquement
valide (nombre et types de cas), la comparaison à des
tests similaires (par exemple un autre test de PCR
concernant la même cible) et la documentation de test.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
79
Amorce et sonde
Les conceptions d'amorce et de sonde doivent être
basées sur les évaluations de tests existants, de bases de
données de séquence et de séquences potentiellement
responsables de réactions croisées. Le résultat de la
conception doit être une séquence ciblant une région
génétique hautement conservée et qui ne soit pas
hautement polymorphe.
Recommandations de conception d'amorce (79)
Recommandations de conception de sonde (80)
Recommandations de conception d'amorce
Les séquences d'amorce doivent répondre aux
caractéristiques générales suivantes :
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Taille de l'amplicon : 50 à 250 bp
Longueur de l'amorce : 18 à 25 bp
Ne pas contenir de structure secondaire interne
Éviter les discordances à proximité de l'extrémité 3'
Si possible, l’amorce doit être conçue de sorte que
l'extrémité soit A ou C
Avoir une teneur en GC comprise entre 35 % et 65 %
Éviter les runs de nucléotides identiques (par exemple
4 résidus consécutifs ou plus, tels que CCCC ou
GGGG)
Ne pas être complémentaires entre elles au niveau de
leurs extrémités 3' et ne pas être autocomplémentaires
Présenter une température de fonte (TM) d'environ
60 °C à 70 °C, devant être supérieure d'au moins 3 °C
à 5 °C à la température d'hybridation, permettant à
l'hybridation d'avoir lieu entre 55 °C et 65 °C
q Le cobas omni Utility Channel ne permet pas de
températures de PCR inférieures à 55 °C et supérieures à
95 °C.
u Profil de PCR (83)
Concentration de départ
Plage de concentration
Amorce
Oligonucléotide
0,3 μM
0,02 μM à 0,6 μM
Sonde
0,1 μM
0,02 μM à 0,3 μM
y Suggestions de concentrations de test pour amorce et sonde
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Dans cette partie
80
Amorce et sonde
Recommandations de conception de sonde
Dans cette partie
Conception de sonde (80)
Test duplex (82)
Conception de sonde
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
La conception de sonde doit répondre aux
caractéristiques générales suivantes :
•
•
•
•
•
•
•
•
Longueur de sonde : 18 à 30 bp
Avoir une teneur en GC comprise entre 45% et 65 %
Éviter les runs de nucléotides identiques (par exemple
4 résidus consécutifs ou plus, tels que CCCC ou
GGGG)
Éviter d'avoir un « G » à l'extrémité 5' étant donné
qu'un résidu « G » peut avoir un effet suppresseur si le
fluorophore se situe à l'extrémité 5'
La TM de la sonde doit toujours être supérieure à celle
de l'amorce (de 5 °C à 10 °C)
Les fluorophores quencher foncés permettent
d'obtenir de meilleurs signaux de fluorescence
Les sondes d'hydrolyse comportant un suppresseur
(quencher) interne plutôt qu'un suppresseur
d'extrémité 3' présentent des lignes de base plus
basses et des valeurs de RFI plus élevées
Prise en compte du fluorophore rapporteur et du
fluorophore quencher appropriés (voir tableaux cidessous). Le cobas omni Utility Channel sur les
cobas® 6800/8800 Systems utilise les filtres FAM et
HEX avec les longueurs d'onde d'excitation et
d'émission indiquées ci-dessous
Longueur / largeur d'onde
d'excitation [nm]
Longueur / largeur d'onde
d'émission [nm]
Fluorophores proposés(1)
Canal 2
495/10
521/10
FAM
Canal 3
540/10
580/20
HEX
Canal 5
680/10
730/30
Réservé au contrôle interne
Canal
®
y Longueurs d'onde d'excitation et d'émission sur les cobas 6800/8800 Systems
(1) D'autres fluorophores peuvent être utilisés dans certaines limites (voir Optimisation du test (91))
Fluorophore quencher
Plage d'absorbance [nm]
BHQ-1
480 - 580
BHQ-2
550 - 650
BHQ-3
620 - 730
y Plages de fluorophore quencher
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Fluorophore quencher
81
Plage d'absorbance [nm]
BBQ
550 - 750
TAMRA
550 - 576
DABCYL
453
Les jeux de sondes candidates peuvent être évalués au
regard des caractéristiques de leurs courbes de
croissance. Par exemple, les valeurs de RFI (Relative
Fluorescence Increase ou augmentation relative de la
fluorescence) et d'AFI (Absolute Fluorescence Increase
ou augmentation absolue de la fluorescence) donnent
des informations sur la puissance de signal totale de la
réaction et les moyennes de ligne de base peuvent être
intéressantes quant à l'arrêt de la réaction. Au niveau du
test des sondes candidates, assurez-vous d'évaluer non
seulement les sondes mais aussi diverses concentrations
de chaque sonde, étant donné que les performances du
test risquent de varier selon la sonde et sa concentration
fonctionnelle.
u Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher (90)
u Suggestions de concentrations de test pour amorce et
sonde y (79)
Augmentation relative de la fluorescence
z1
•
•
•
Augmentation absolue de la fluorescence
•
•
Visualisation des tests
RFI = Relative Fluorescence Increase (augmentation
relative de la fluorescence)
PFL = Plateau Fluorescence Level (niveau de
fluorescence de plateau)
BFL = Baseline Fluorescence Level (niveau de
fluorescence de ligne de base)
z2
•
RFI =  PFL    BFL 
AFI = PFL – BFL
AFI = Absolute Fluorescence Increase (augmentation
absolue de la fluorescence)
PFL = Plateau Fluorescence Level (niveau de
fluorescence de plateau)
BFL = Baseline Fluorescence Level (niveau de
fluorescence de ligne de base)
Pour visualiser les tests de canal utilitaire avec les
cobas® 6800/8800 Systems, utilisez l'outil Lab Developed
Test (LDT) Curve Viewing Tool.
u Afficheur de courbe (53)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
y Plages de fluorophore quencher
82
Amorce et sonde
Test duplex
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Lors de l'exécution de tests duplex, la spécificité de
détection est importante au niveau du fluorophore unique
car il est capital que le signal détecté soit généré
spécifiquement à partir de la chimie de détection et non à
partir de sources alternatives. Le phénomène dit de
« crosstalk » en est un exemple significatif. Il survient lors
de réactions multiplex lorsque le signal provenant d'un
fluorophore est détecté comme signal provenant de
l'autre fluorophore dans le cadre de la réaction.
Le cobas omni Utility Channel contient une matrice de
crosstalk générique permettant de supprimer ces effets
indésirables entre les canaux FAM et HEX. En cas
d’émission d’un signal indésirable, vous pouvez résoudre
le problème en augmentant la sensibilité (valeur RFI min).
u Sujets connexes
•
Test duplex (95)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
83
Profil de PCR
Le logiciel de canal utilitaire autorise les profils de PCR
d'une durée maximale de trois heures, à des températures
comprises entre 55 °C et 95 °C et avec un nombre de
phases ajustable pour la pré-PCR, la 1ère mesure
Le logiciel de canal de mesure fournit un profil de PCR
standardisé avec la possibilité de modifier certains
paramètres (voir tableaux ci-dessous).
u Annexe 1 : Exemples de profils de PCR (98)
Si une validation de contrôle interne est requise par les
cobas® 6800/8800 Systems, ne modifiez pas le profil de
pré-PCR.
q
Pour permettre 50 cycles avec des paramètres
identiques, alignez les paramètres pour la 1ère et la 2nde
mesure.
q
Les performances de validation de contrôle interne
ont été optimisées dans le profil de PCR par défaut fourni
par le logiciel de canal utilitaire de même que dans les
échantillons de plasma/sérum. La fonctionnalité du
contrôle interne peut être perturbée en cas de
modifications apportées aux paramètres de profil de PCR
ou si d'autres échantillons sont utilisés.
L'utilisateur peut choisir d'activer la validation de la cible
en fonction du résultat de contrôle interne.
Nb de cycles
Nb de phases
Incubation UNG
Phase de pré-PCR
1ère mesure
2nde mesure
Refroidissement
Prédéfini
1
5
45
Prédéfini
3
2
2
Température
55 °C 60 °C 65 °C 95 °C
55 °C
91 °C
58 °C
Temps de rétention
120 s 360 s 240 s 5 s
30 s
5s
25 s
Acquisition des
données
Aucune
Fin de chaque
cycle
Fin de chaque
cycle
y Profil de PCR par défaut pour le cobas omni Utility Channel fourni par le logiciel de canal utilitaire
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
(5 cycles) et la 2nde mesure (45 cycles). La première et la
deuxième mesure permettent la création de profils de
PCR pour ajuster la sensibilité ou la spécificité de la
réaction.
84
Profil de PCR
Phase de pré-PCR*
1ère mesure*
2nde mesure*
Nb de cycles
1
5
45
N° d'intervalle de
températures
1 à 10
2 ou 3
2 ou 3
55-95 °C
(par phase)
55-95 °C
(par phase)
55-95 °C
(par phase)
≥0s
(par phase)
≥0s
(par phase)
≥0s
(par phase)
Aucune
Fin de chaque
cycle
Fin de chaque
cycle
Incubation UNG
Plage de
températures
Ne peut pas être
modifiée
Temps de
rétention(1)
Acquisition des
données
Refroidissement
Ne peut pas être
modifié
* Les paramètres indiqués en gras ne peuvent pas être modifiés dans les plages données
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
y Plage de profil de PCR pour le cobas omni Utility Channel
(1) La durée totale de la PCR, incubation UNG et refroidissement inclus, ne peut dépasser 10 800 s.
Si une modification de profil de PCR est nécessaire,
suivez les recommandations ci-après :
•
•
•
•
•
Caractéristique du test ou de la
séquence cible
Si le contrôle interne du cobas omni Utility Channel
doit être utilisé, ne modifiez pas le programme de préPCR.
Maintenez les durées de dénaturation réduites et les
températures de dénaturation les plus basses
possible.
Choisissez la température d'hybridation selon la
température de fonte de l'amorce et les exigences du
test en termes de spécificité.
Choisissez une durée d'extension en fonction de la
longueur de la séquence cible à amplifier
Vous trouverez ci-dessous davantage de consignes
pour modifier les paramètres de profil de PCR :
Suggestions de modification de profil de PCR
Teneur en GC élevée
o
o
o
Température de dénaturation plus élevée
Température plus élevée de transcription inverse
Inclusion de bases modifiées visant à déstabiliser l'hybridation des amorces et
des sondes
Faible teneur en GC
o
o
o
Température de dénaturation plus faible
Température plus basse de transcription inverse
Inclusion de bases modifiées visant à stabiliser l'hybridation des amorces et des
sondes
y Modification de paramètres de profil de PCR
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Suggestions de modification de profil de PCR
Amplicon long
o
Durée d'extension plus importante
Haute spécificité requise
(par exemple génotype rare)
o
o
o
o
o
o
o
Test plus rigoureux que tolérant
Température d'hybridation la plus haute possible
Durée d'hybridation la plus courte possible
Durée d'extension la plus courte possible
Température d'extension la plus haute possible
Durée de transcription inverse la plus courte possible
Température de transcription inverse la plus haute possible
Faible spécificité requise
(importance de l'inclusion)
o
o
o
o
o
o
Température d'hybridation la plus basse possible
Durée d'hybridation la plus longue possible
Durée d'extension la plus longue possible
Température d'extension la plus basse possible
Durée de transcription inverse la plus longue possible
Température de transcription inverse la plus basse possible
y Modification de paramètres de profil de PCR
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Caractéristique du test ou de la
séquence cible
85
86
Contrôles
Contrôles
Dans l'idéal, chaque cible doit avoir un jeu de contrôles
spécifique (à la fois positifs et négatifs) utilisés lors de
chaque run d'un test défini par l'utilisateur. De plus, un
contrôle interne est fourni par Roche avec la cassette de
cobas omni Utility Channel Reagent. Un contrôle
négatif est également fourni par Roche (cobas® Buffer
Negative Control Kit). L'utilisateur doit fournir la
substance de contrôle positif.
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
q Les contrôles positifs peuvent être ajoutés en tant
qu'échantillons. Utilisez un code-barres approprié.
Contrôle interne
Le contrôle interne du cobas omni Utility Channel est
utilisé comme contrôle de procédure. Sa séquence d'ARN
non humaine a été sélectionnée pour réduire au
maximum les interférences avec les amorces et les
sondes spécifiques aux cibles humaines, virales ou
bactériennes.
q
Les performances de validation de contrôle interne
ont été optimisées dans le profil de PCR par défaut fourni
par le logiciel de canal utilitaire de même que dans les
échantillons de plasma/sérum. La fonctionnalité du
contrôle interne peut être perturbée en cas de
modifications apportées aux paramètres de profil de PCR
ou si d'autres échantillons sont utilisés. C'est le cas en
particulier pour la phase de pré-PCR, requise pour la
transcription d’ARN du contrôle interne.
L'utilisateur peut choisir d'activer la validation de la cible
en fonction du résultat de contrôle interne.
Des critères de validité peuvent être définis pour le
contrôle interne concernant la plage de Ct attendue et la
valeur de RFI minimale attendue. La valeur par défaut
pour la valeur de RFI minimale est de 2,5. Pour les
données concernant les performances de contrôle
interne dans des échantillons à base de plasma, effectuez
un run avec le profil de PCR par défaut fourni par le
logiciel de canal utilitaire.
u 1 z (81)
u Courbes de croissance du contrôle interne testé avec
3 lots de réactifs différents w (96)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
87
u Sujets connexes
Test duplex (95)
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
•
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
88
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en
temps réel
Les sections suivantes sont organisées en fonction d'une
série de décisions recommandée, devant être prises de
façon progressive afin d'établir la faisabilité et de fixer la
conception de test (voir tableau ci-dessous). Nous
abordons ici des stratégies d'optimisation de test
qualitatif de PCR en temps réel. Nous mettons l'accent en
particulier sur la sélection d'une chimie d'amorce et de
sonde appropriée et sur l'optimisation des concentrations
d'amorce et de sonde à l'aide du réactif MMx-R2
cobas omni Utility Channel.
Phase
Description
Activités
1
Conception des oligonucléotides et
détermination de la faisabilité
o
o
o
o
Conception d'amorce et de sonde pour le test
Configuration de contrôles externes
Détermination d'une concentration initiale d'amorce et de sonde
Détermination de la faisabilité du test
2
Optimisation et définition des
concentrations
o
Optimisation et définition des concentrations d'amorce et de
sonde
Utilisation de différents lots d’amorce et de sondes pour
l’optimisation
Optimisation et définition des paramètres de profil de PCR si
nécessaire
Démonstration de respect des exigences du produit
Finalisation de l’optimisation de test par un run de performances
sur cobas® 6800/8800 avec une série de dilutions
o
o
o
o
3
Finalisation de la conception à partir
d'études d'établissement de valeurs limites
o
Établissement de tolérances de test à partir d'expériences de
valeurs limites
y Aperçu des activités de développement
q
Pour visualiser les résultats au cours de la phase
d'optimisation, utilisez l'outil Lab Developed Test (LDT)
Curve Viewing Tool.
u Afficheur de courbe (53)
Dans cette partie
À propos du kit d’optimisation (89)
Amorce et sonde (90)
Optimisation du test (91)
Performances de test (93)
Performances de contrôle interne (95)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
89
À propos du kit d’optimisation
Un kit d’optimisation optionnel est disponible pour le
développement de tests sur d’autres systèmes que la
plateforme cobas® 6800/8800 Systems.
cobas® 6800/8800 Systems.
Les étapes d’incubation et de refroidissement ainsi que
les vitesses de chauffage et de refroidissement ne
peuvent pas être modifiées dans le canal utilitaire pour
les cobas® 6800/8800 Systems. Pour imiter fidèlement la
procédure effectuée avec le canal utilitaire sur les
cobas® 6800/8800 Systems, il est recommandé d’utiliser
les paramètres suivants :
•
•
•
•
•
Un programme de PCR commençant par une étape
d’incubation
(2 min à 50 °C, 5 s à 94 °C).
- Remarque : si le contrôle interne du canal utilitaire
doit être utilisé, cette étape doit être suivie d'un
pré-programme de PCR
(55 °C pendant 120 s, 60 °C pendant 360 s, 65 °C
pendant 240 s).
Un programme de PCR se terminant par une étape de
refroidissement
(40 °C pendant 60 s).
Un programme de PCR avec des vitesses de
chauffage de 4,4 °C/s.
Un programme de PCR avec des vitesses de
refroidissement de 2,2 °C/s.
Une réaction de PCR contenant :
Éluat
27 μL
Réactif de master mix 1
10 μL
Réactif de master mix 2 préparé
15 μL
Volume total
52 μL
y Réactif de master mix 2 préparé
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Le cobas omni Optimization Kit contient le réactif de
master mix 1 et le réactif de master mix 2, tels qu’utilisés
dans la cassette cobas omni Utility Channel Reagent. Le
kit d’optimisation peut être utilisé sur des thermocycleurs
dotés de capacités de détection FAM et HEX au cours
des phases de développement de test primaires, avant la
validation du test avec le canal utilitaire sur les
90
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
Amorce et sonde
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Pour commencer, évaluez une faible quantité
d'oligonucléotides candidats et déterminez la meilleure
combinaison d'amorce et de sonde en termes de
performances de manière expérimentale. La sélection
d'amorce et de sonde pour un test duplex doit d’abord
être effectuée avec une cible unique.
En testant les séries d'oligonucléotides candidats,
assurez-vous d'évaluer la sonde et l'amorce à des
concentrations différentes, les performances du test étant
susceptibles de varier selon la concentration. Ajoutez une
conception d'expérience (DOE) pour l'optimisation
d'amorce et de sonde.
u Suggestions de concentrations de test pour amorce et
sonde y (79)
Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher
Le canal utilitaire permet la détection du fluorophore
FAM avec une émission d'environ 518 nm au niveau du
canal 2 (cible 1) et du fluorophore HEX avec une
émission d'environ 556 nm au niveau du canal 3 (cible 2).
D'autres fluorophores avec une émission similaire, YAK
par exemple (émission de 549 nm), sont également
détectés, mais peuvent provoquer des niveaux de
fluorescence différents ou une forte incidence de
crosstalk dans le cadre de tests duplex.
u Longueurs d'onde d'excitation et d'émission sur les
cobas® 6800/8800 Systems y (80)
u Fluorophores HEX et YAK détectés au niveau du
canal 3 sur le cobas® 6800/8800 Systems. w (91)
Il est important de s'assurer que le fluorophore rapporteur
et le fluorophore quencher sont compatibles. Lors de la
conception de réactions multiplex, l'incidence du
phénomène de crosstalk doit être minimisée. Les
suppresseurs foncés offrent l'avantage de ne pas
produire de fluorescence native et de réduire la
fluorescence de fond. Les suppresseurs peuvent
également être placés en interne et ainsi positionnés plus
près du fluorophore lié.
u Plages de fluorophore quencher y (80)
u Références (97)
u Annexe 2 : Programmes logiciels de conception
d'amorce disponibles sur Internet (99)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
91
w Fluorophores HEX et YAK détectés au niveau du canal 3 sur le cobas® 6800/8800 Systems.
w Effet des différentes positions de suppresseur sur les niveaux de fluorescence et la hauteur du signal
Optimisation du test
Dans cette partie
À propos de l’optimisation du test (92)
Concentration d'amorce et de sonde (92)
Paramètres de profil de PCR (93)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
La figure ci-dessous montre comment les suppresseurs
internes ont permis d'obtenir le signal le plus fort et le
plus clair lorsqu'ils sont utilisés avec le
cobas omni Utility Channel.
92
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
À propos de l’optimisation du test
Une optimisation du test peut être nécessaire pour
obtenir un dosage robuste et sensible. Pour l’optimisation,
certains paramètres peuvent être adaptés, comme les
séquences d’amorce et de sonde, l’association de
fluorophores par paires, les positions de suppresseur, la
concentration d’amorce et de sonde ou le profil de PCR.
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Concentration d'amorce et de sonde
Pour évaluer la concentration d'amorce et de sonde,
choisissez une ou deux concentrations de cible pour
lesquelles un signal puissant est attendu. Vous pouvez
augmenter la spécificité du test en réduisant la
concentration d’amorce et de sonde.
u Amorce et sonde (79)
Les chiffres ci-dessous indiquent le potentiel
d’augmentation des performances de test en termes de
valeur de Ct et de signal de fluorescence lors de
l’optimisation de concentrations d’amorce et de sonde.
L’optimisation de la spécificité d’amorce et de sonde ne
correspondait pas uniquement à la réduction de leur
concentration mais également au passage de
concentrations équilibrées à des concentrations
déséquilibrées d’amorces. La concentration de l’amorce
sens a été augmentée et la concentration de l’amorce
antisens a été réduite.
w Augmentation des performances du test par l'optimisation des concentrations d'amorce et de sonde
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
93
Paramètres de profil de PCR
À partir des performances du test, il peut être nécessaire
de modifier le profil de PCR pour améliorer les
caractéristiques de performances d'un test. Dans ce cas,
vous trouverez dans les tableaux ci-dessous des
instructions pour modifier le profil de PCR afin d'améliorer
les performances :
u Plage de profil de PCR pour le cobas omni Utility
Channel y (84)
u Modification de paramètres de profil de PCR y (84)
q
Si vous supprimez l’étape de transcription inverse de
la phase de pré-PCR pour les cibles d'ADN, le signal de
contrôle interne est perdu, le contrôle interne étant
composé d’ARN.
Performances de test
Après la conception d'un test, il est nécessaire d'établir
les principales caractéristiques de performances du test.
Cette section fournit des suggestions d'estimation des
performances de test.
Dans cette partie
Courbe de croissance standard et efficacité de la
PCR (94)
Test duplex (95)
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
u Profil de PCR par défaut pour le cobas omni Utility
Channel fourni par le logiciel de canal utilitaire y (83)
94
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Courbe de croissance standard et efficacité de la PCR
Une courbe standard, générée par une PCR en temps réel
avec la dilution en série d'un modèle, est un excellent
outil pour tester l'efficacité, la précision, la sensibilité et la
plage de travail. Préparez au moins trois, de préférence
cinq ou plus, dilutions en série de 10x à partir d'un
échantillon d'ADN ou d'ARN contenant la cible. Réalisez
la PCR en temps réel avec toutes les dilutions et à l'aide
d'un contrôle autre qu'un modèle, sur la base de
concentrations d'amorce et de sonde préalablement
optimisées. Préparez un tracé de valeurs de Ct par
rapport au journal de niveau d'entrée d'acides nucléiques
et effectuez une régression linéaire. Calculez l'efficacité
de la réaction à partir de la pente de la ligne à l'aide de
l'équation ci-dessous :
z3
•
Efficiency = 10  – 1   m – 1
m = pente1
Si la PCR est 100 % efficace, la quantité d'amplicon
double avec chaque cycle et la pente de la courbe de
croissance standard est de –3,33 (100 = 100 % = 10
(–1/–3,33) -1). Une pente entre –3,9 et –3,0 (80-110 %
d'efficacité) est généralement considérée comme
acceptable.
Le coefficient de corrélation linéaire, R2, est une mesure
permettant d'évaluer la pertinence des données par
rapport au modèle et par rapport à une droite sur
l'ensemble de la plage du test.
w Courbe standard de test HEX
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
95
Test duplex
Après la sélection des concentrations de sonde, la
matrice de crosstalk doit être vérifiée afin de garantir que
les concentrations finales de sonde sélectionnées n'ont
pas d'effets défavorables sur les canaux adjacents.
Pour vérifier l'absence de phénomène de crosstalk d'un
canal à un autre, analysez les échantillons contenant une
cible unique dans une concentration de sorte qu'une
valeur de Ct d'environ 20 - 30 soit atteinte. Vérifiez
qu'aucun signal n'est détecté dans le canal adjacent. Si le
phénomène de crosstalk se produit bien d'un canal à
l'autre, il est possible d'éviter les signaux faussement
positifs en introduisant une valeur de RFI minimale
(RFIMIN) pour le canal cible concerné, ou en réduisant la
concentration de la sonde choisie.
Pour vérifier qu'il ne se produise aucun effet de crosstalk
entre les puits, combinez des échantillons positifs et
négatifs sur une même plaque.
Performances de contrôle interne
Au besoin, la plage de validité pour le contrôle interne
peut être adaptée pour chaque test. Les résultats
résumés dans les figures ci-dessous indiquent les
performances de contrôle interne attendues dans des
réactions non inhibitrices.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
w Courbe standard de test YAK
96
Optimisation d'un test qualitatif de PCR en temps réel
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
w Courbes de croissance du contrôle interne testé avec 3 lots de réactifs différents
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
97
Références
Titre du document
Manuel de l'utilisateur des cobas® 6800/8800 Systems
PCR Application Manual 3rd Edition de Roche
Saunders, Nick A. and Lee, Martin A., Real-Time PCR: Advanced Technologies and Applications, 2014.
https://www.genscript.com/ssl-bin/app/primer
https://www.idtdna.com/scitools/Applications/RealTimePCR/
http://www.gene-quantification.de/
y Références dans cette publication
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
http://simgene.com/Primer3
98
Annexe 1 : Exemples de profils de PCR
Annexe 1 : Exemples de profils de PCR
Profil de PCR en 3 phases pour la 1ère et la
2nde mesures
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Nb de cycles
Exemple de profil de PCR pour l’amélioration de la
sensibilité et de la spécificité. Il s’agit du profil de PCR par
défaut.
Incubation UNG
Étape de
transcription
inverse
1ère mesure
2nde mesure
Refroidissement
Prédéfini
Prédéfini
1
5
45
Nb de phases
3
3
3
Température
55 °C 60 °C 65 °C 95 °C 55 °C 72 °C 91 °C 58 °C 72 °C
Temps de rétention
120 s 360 s 240 s 5 s
Acquisition des
données
Aucune
10 s
30 s
5s
10 s
30 s
Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle
y Exemple de profil de PCR en 3 phases pour la 1ère et la 2nde mesures
Profil de PCR sans phase de transcription
inverse
Nb de cycles
Exemple de PCR pour l’amplification d’une cible d'ADN.
Sans l’étape de transcription inverse, le signal pour le
contrôle interne à base d'ARN n'est pas détecté.
Incubation UNG
Étape de
transcription
inverse
1ère mesure
2nde mesure
Refroidissement
Prédéfini
1
5
45
Prédéfini
3
Nb de phases
1
3
Température
95 °C
95 °C 55 °C 72 °C 91 °C 58 °C 72 °C
Temps de rétention
0s
5s
Acquisition des
données
Aucune
Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle
10 s
30 s
5s
10 s
30 s
y Exemple de profil de PCR sans phase de transcription inverse
Profil de PCR avec paramètres identiques
Nb de cycles
Exemple de profil de PCR avec paramètres identiques
pour l'ensemble des 50 cycles. Si l’optimisation de la
sensibilité et de la spécificité dans les 2 mesures
séparées n'est pas nécessaire, définissez des paramètres
identiques pour les deux mesures.
Incubation UNG
Étape de
transcription
inverse
1ère mesure
2nde mesure
Refroidissement
Prédéfini
Prédéfini
1
5
45
Nb de phases
1
3
3
Température
95 °C
95 °C 55 °C 72 °C 95 °C 55 °C 72 °C
Temps de rétention
0s
5s
Acquisition des
données
Aucune
Fin de chaque cycle Fin de chaque cycle
10 s
30 s
5s
10 s
30 s
y Exemple de profil de PCR avec paramètres identiques pour l'ensemble des 50 cycles
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
99
Logiciel
Systèmes
d'exploitation
Disponible à l'adresse
NCBI
En ligne
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Blast
En ligne
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
GenScript
En ligne
https://www.genscript.com/ssl-bin/app/primer
Integrated DNA technologies
En ligne
http://www.idtdna.com/Primerquest/Home/Index
Primer3
En ligne
http://simgene.com/Primer3
y Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
Annexe 2 : Programmes logiciels de
conception d'amorce disponibles sur
Internet
Annexe 2 : Programmes logiciels de conception d'amorce disponibles sur Internet
3 Consignes pour l'exécution de tests avec canal utilitaire
100
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
101
Table des matières
Installation du logiciel
Dans ce chapitre
4
4
Installation du logiciel de canal utilitaire. . . . . . . . . . . 103
4 Installation du logiciel
Installation de l'afficheur de courbe. . . . . . . . . . . . . . . 107
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
102
4 Installation du logiciel
Table des matières
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Installation du logiciel
103
Installation du logiciel de canal utilitaire
Suivez cette procédure pour installer le logiciel de canal
utilitaire sur votre PC.
Configuration système
La configuration système requise pour le logiciel de canal
utilitaire est la suivante :
Composant
Matériel
Spécification
PC
Port USB
Système d'exploitation Microsoft Windows 7 ou supérieur
(32 bits ou 64 bits)
Les ports suivants doivent être
disponibles :
80, 4510
Navigateur
Microsoft Internet Explorer 8 ou
supérieur
Mode FIPS
Désactivé
Microsoft
NET-Framework
Version 4.5.2 ou supérieure
Microsoft Silverlight
Version 5 ou supérieure
Dispositif de
lecture/écriture RFID
prise en charge
ELATEC TWN3 Legic NFC USB
V3.12/4.35 Go
y Configuration système
j
m Avant d'installer le logiciel, copiez les programmes
d'installation sur votre PC.
1
1 Double-cliquez sur l'un des fichiers d'installation
suivants :
• Pour la version 32 bits : RocheUCT.msi
• Pour la version 64 bits : RocheUCT64.msi
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
4 Installation du logiciel
r Pour installer le logiciel
104
Installation du logiciel de canal utilitaire
2
3
3 Dans la boîte de dialogue de contrat de licence
d’utilisateur final, cochez la case et sélectionnez le
bouton Suivant.
4 Dans la boîte de dialogue de préparation à
l’installation, sélectionnez le bouton Install.
4 Installation du logiciel
4
2 Dans la boîte de dialogue de bienvenue, sélectionnez
le bouton Suivant.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Installation du logiciel
6
5 Dans la boîte de dialogue User Account Control,
confirmez que le programme d'installation peut
apporter des modifications au système en
sélectionnant le bouton Yes.
6 Dans la boîte de dialogue d’information sur le
dispositif de lecture/écriture RFID, sélectionnez le
bouton OK.
7
7 Dans la boîte de dialogue finale, sélectionnez le
bouton Finish.
8
8 Connectez le dispositif de lecture/écriture RFID à un
port USB libre.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
4 Installation du logiciel
5
105
106
Installation du logiciel de canal utilitaire
9
9 Vous pouvez lancer le logiciel de canal utilitaire de
l'une des manières suivantes :
• Sur le bureau, double-cliquez sur le raccourci :
cobas omni Utility Channel Tool xx.yy.zz
• Dans le menu de démarrage, choisissez All
Programs > Roche Diagnostics > cobas omni
Utility Channel Tool xx.yy.zz.vvv > cobas omni
Utility Channel Tool
4 Installation du logiciel
10 Si le logiciel de canal utilitaire est installé sur plusieurs
PC différents, vérifiez que le dossier suivant contient
bien différents fichiers sur chaque PC (par exemple en
supprimant une partie des fichiers) :
C:\ProgramData\Roche Diagnostics\cobas omni
Utility Channel Tool\RuntimeDLLs
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Installation du logiciel
107
Installation de l'afficheur de courbe
Suivez cette procédure pour installer le logiciel d'afficheur
de courbe sur votre PC.
Configuration système
La configuration système requise pour le logiciel
d'afficheur de courbe est la suivante :
Composant
Spécification
Système d'exploitation Microsoft Windows 7 ou supérieur
(32 bits ou 64 bits)
Microsoft
NET-Framework
Version 4,5 ou supérieure
Format de langue et
de paramètres
régionaux
Le caractère « . » doit être utilisé
comme décimale (point). Il est
fortement recommandé de paramétrer
la langue sur Anglais (États-Unis) sur
l'ordinateur hôte.
y Configuration système
j
m Avant d'installer le logiciel, copiez le programme
d'installation sur votre PC.
r Pour installer le logiciel d'afficheur de
courbe
2
1 Dans le dossier où le programme d'installation
exécutable a été enregistré, double-cliquez sur le
programme d'installation :
• LDTCurveViewingTool.exe
2 Dans la boîte de dialogue Open File - Security
Warning, sélectionnez le bouton Run et suivez les
instructions de l'assistant d'installation.
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
4 Installation du logiciel
1
108
Installation de l'afficheur de courbe
3 Une fois l'installation terminée, sélectionnez le bouton
Finish dans la boîte de dialogue Lab Developed
Test (LDT) Curve Viewing Tool - InstallShield
Wizard.
4 Installation du logiciel
3
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Index
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Index
111
Index
Afficheur de courbe
– affichage des résultats, 63
– confirmation de cible positive, 64
– création d'une nouvelle session, 66
– création de session, 61
– démarrage du logiciel, 61
– données brutes, 61
– enregistrement d’une session, 66
– modification du nom d’une session, 66
– options de souris, 69
– ouverture d’une session, 67
– personnalisation d’un schéma, 69
– réglage des paramètres, 64
– sensibilité du canal, 64
– validation de contrôle interne, 64
– vérification des données brutes, 63
AFI (Absolute Fluorescence Increase ou augmentation
absolue de la fluorescence), 81
Amorce, 79
Amorce et sonde, 90
Avertissement sur les captures d'écran, 3
Avis de non-responsabilité, 78
– unique, 23
Données brutes
– chargement de fichiers, 61
– suppression de données, 61
– suppression de fichiers, 61
E
Exactitude/précision des résultats mesurés, 41
F
Fichiers d'analyse CU, 22
– création, 29
– désinstallation, 37
– nom, 23
– réinstallation, 38
Fichiers d'analyse CU publiés
– création à partir de, 29
– ouverture pour écriture, 30
Fluorophore, 80
Fluorophore rapporteur et fluorophore quencher, 90
Flux de travail principal, 19
C
G
Canal utilitaire
– panneaux, 22, 56
Cassette de réactifs, 22
– préparation, 46
– remplissage, 43
Classification de sécurité, 11
cobas omni Utility Channel Reagents, 40
Colorants pris en charge, 25, 64
Concentration d'amorce et de sonde, 92
Conception de sonde, 80
Conception de test
– recommandations, 77
Connexion à distance, 35
Contact, 5
Conventions utilisées dans cette publication, 9
– abréviations, 10
– symboles, 9
Coordonnées, 5
Copyright, 3
Courbe standard, 94
Création de fichiers d'analyse CU, 22
Curve viewer,checking raw data, 63
Garantie, 3
D
H
Historique des révisions, 2
Homologations de l'instrument, 4
I
Importation de fichiers d'analyse CU
– via une connexion à distance, 35
Interface utilisateur, 22
Intervalle de températures, 25
K
Kit d'optimisation, 89
L
Limite de Ct, 25, 65
Logiciels système, 21
Logiciels système compatibles, 21
Définition et modification de fichiers d'analyse CU, 25
Dénomination
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0
Index
A
112
Index
M
U
Marques commerciales, 4
Master mix
– préparation, 41
Usage prévu, 9
Utility channel tool, 22
N
Notice d'édition, 2
Nouveautés version, 11
V
Visualisation des tests, 81
Volume de pipetage, 25
O
Oligonucléotide, 90
Optimisation du test, 91
Ouverture d'un groupe de fichiers d'analyse CU non
publié, 23
Ouverture de fichiers d'analyse CU publiés en vue de
l'écriture sur la puce RFID, 30
Ouverture de l'afficheur de courbe, 61
P
Paramètre, 22
Paramètres de PCR, 25, 64
Paramètres de profil de PCR, 93
Performances de contrôle interne, 95
Performances de test, 93
Plage de températures, 25
Profil de PCR, 22
R
Remarques, 4
RFI (Relative Fluorescence Increase ou augmentation
relative de la fluorescence), 81
RFID
– lecture/écriture, 32
S
Sensibilité, 25, 65
Sonde, 79, 80
Suppresseur, 80
Système
– configuration, 103, 107
Index
T
Temps de rétention, 25
Test de canal utilitaire
– réalisation, 48
Test de PCR, 88
– exemple d'optimisation, 88
Test duplex, 82, 95
Roche Diagnostics
cobas omni Utility Channel CE-IVD · Outil canal utilitaire, version logicielle 1.2 · Assistance utilisateur · version 2.0