Roche Digital LightCycler® System SW 1.0 - Mode d'emploi

Digital LightCycler® System
Guide de l’utilisateur
Version de la publication 1.1
Version du logiciel 1.0
2
Informations relatives à la publication
Version de publication
Version du logiciel
Date de révision
Description des changements
1.0
1.0
Février 2022
Première version
1.1
1.0
Septembre 2022
Ajout d'informations relatives à la conformité spécifiques aux
États-Unis.
Mise à jour du tableau des symboles sur le produit.
u Nouveautés dans la version 1.1 de la publication (14)
y Historique des révisions
Avis d'édition
Cette publication est destinée aux utilisateurs du
Digital LightCycler® System.
Nous avons attaché la plus grande importance à
l'exactitude des informations présentées dans ce
document au moment de la publication. Cependant, le
fabricant peut être amené à mettre à jour les
informations de cette publication et à élaborer une
nouvelle version du document dans le cadre des activités
de surveillance du produit.
Où trouver les informations
L'Assistance Utilisateur contient toutes les informations sur le produit, y compris les informations suivantes :
•
Opérations de routine
•
Maintenance
•
Sécurité
•
Informations de dépannage
•
Références logicielles
•
Informations sur la configuration
•
Informations de base
Le Guide de sécurité contient des informations
importantes sur la sécurité. Vous devez lire le Guide de
sécurité avant d'utiliser les instruments.
Le Guide de l'utilisateur est axé sur les opérations de
routine et de maintenance. Le contenu est organisé
selon la procédure normale d'opération.
Remarque sur la confidentialité
Lorsque vous utilisez l'Assistance Utilisateur en ligne, les
événements de visualisation (rubriques visualisées et
recherches effectuées) et les adresses IP sont
enregistrés.
Les données collectées sont réservées exclusivement à
un usage interne de Roche et ne sont jamais transmises
à des tiers. Elles sont anonymisées et sont
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3
automatiquement supprimées au bout d'un an.
Les événements de visualisation sont analysés dans le
but d'améliorer le contenu de l'Assistance Utilisateur et la
fonction de recherche. Les adresses IP sont utilisées
pour classer les comportements selon les régions.
Remarque de sécurité générale
Pour éviter des blessures graves ou mortelles, assurezvous d'avoir pris connaissance des instructions et des
renseignements sur la sécurité avant d'utiliser le
système.
r Soyez particulièrement attentif aux consignes de sécurité.
r Suivez toujours les instructions contenues dans cette
publication.
r N'utilisez pas les instruments d'une façon non décrite
dans cette publication.
r Stockez toutes les publications dans un endroit sûr et
facilement accessible.
Signalement des incidents
r Signalez tout incident grave survenant lors de l'utilisation de ce produit à un représentant Roche et à l'autorité compétente locale.
Formation
N'exécutez aucune opération ou tâche de maintenance à
moins d'avoir reçu une formation dispensée par Roche
Diagnostics. Les tâches non décrites dans la
documentation utilisateur doivent être effectuées par des
représentants service Roche qualifiés.
Images
Les images de cette publication ont uniquement été
ajoutées à des fins d'illustration. Les données
configurables et variables des captures d'écran, comme
les tests, les résultats ou les noms d'accès visibles ici, ne
doivent pas être utilisées en laboratoire.
Garantie
Toute modification du système effectuée par le client a
pour conséquence immédiate de rendre la garantie ou le
contrat de service nul et non avenu.
Pour connaître les conditions de garantie, contactez votre
représentant des ventes local ou votre partenaire de
contrat de garantie.
Les mises à jour logicielles doivent toujours être
effectuées par un représentant service Roche ou par
vous, avec l'aide de celui-ci.
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4
Droit d'auteur
© 2022 F. Hoffmann-La Roche Ltd. Tous droits réservés.
Informations de licence
Digital LightCycler® System est un logiciel protégé par
des droits contractuels, des droits d'auteur et des traités
internationaux. Le Digital LightCycler® System contient
une licence d'utilisation conclue entre F. Hoffmann-La
Roche Ltd. et un détenteur de licence, et seuls les
utilisateurs autorisés peuvent accéder au logiciel et
l'utiliser. Toute utilisation ou distribution non autorisée
est passible de sanctions civiles et de poursuites pénales.
Logiciels open source et commerciaux
Digital LightCycler® System peut inclure des composants
ou modules de logiciels libres ou commerciaux. Pour de
plus amples informations sur la propriété intellectuelle et
d'autres avertissements, de même que sur des licences
propres aux programmes logiciels inclus dans le
Digital LightCycler® System, reportez-vous à la
publication au format électronique fournie avec ce
produit.
Ce logiciel open source et commercial ainsi que le
Digital LightCycler® System constituent ensemble un
dispositif réglementé conformément à la loi applicable.
Pour plus d'informations, reportez-vous à la
documentation utilisateur et à l'étiquetage
correspondants.
Veuillez noter que l'autorisation correspondante n'est
plus valable conformément à la législation en vigueur si
des modifications non autorisées sont apportées au
Digital LightCycler® System.
Marques
Les marques suivantes sont reconnues :
LIGHTCYCLER est une marque de Roche.
Toutes les autres marques sont la propriété de leurs
titulaires respectifs.
Commentaires
Agréments
Tous les efforts ont été employés pour que cette
publication réponde à l'usage prévu. Tous les
commentaires sur tout aspect de cette publication sont
les bienvenus et seront pris en compte lors des mises à
jour. Contactez votre représentant Roche si vous avez
des commentaires à formuler.
Le Digital LightCycler® System répond aux exigences
définies dans les textes suivants :
Roche Diagnostics
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5
Règlement (UE) 2017/746 du Parlement européen et du
Conseil du 5 avril 2017 relatif aux dispositifs médicaux de
diagnostic in vitro et abrogeant la directive 98/79/CE et la
décision 2010/227/UE de la Commission.
Directive 2011/65/UE du Parlement européen et du
Conseil du 8 juin 2011 relative à la limitation de
l'utilisation de certaines substances dangereuses dans
les équipements électriques et électroniques.
Directive 2014/53/UE du Parlement européen et du
Conseil du 16 avril 2014 relative à l'harmonisation des
législations des États membres concernant la mise à
disposition sur le marché d'équipements radioélectriques
et abrogeant la directive 1999/5/CE.
Pour consulter le texte intégral de la déclaration de
conformité à la directive 2014/53/EU, visitez le portail
Web international Roche DiaLog
(dialogportal.roche.com) et sélectionnez le lien eLabDoc.
Si vous ne parvenez pas à accéder au portail Roche
DiaLog, contactez un représentant service Roche.
La conformité aux directives applicables est assurée au
moyen de la déclaration de conformité.
Cet appareil a été testé et est conforme aux limites
imposées aux dispositifs numériques de classe A,
conformément à la section 15 des règlements du FCC.
Ces limites visent à assurer une protection raisonnable
contre les interférences nuisibles lorsque l'équipement
est manipulé dans un environnement commercial. Cet
équipement génère, utilise et peut émettre des ondes
radio. S'il n'est pas installé et utilisé conformément au
manuel d'instructions, il peut provoquer des interférences
nuisibles aux communications radio. L'utilisation de cet
équipement en zone résidentielle risque de provoquer
des interférences nuisibles, lesquelles devront être
corrigées par l'utilisateur à ses propres frais.
Tout changement ou modification non expressément
approuvé par la partie responsable de la conformité
pourrait entraîner une annulation du droit d'utilisation de
l'équipement accordé à l'utilisateur.
ID FCC pour le Digital LightCycler® Partitioning Engine :
2A6AL-RWR2.
Les marquages suivants attestent de cette conformité :
Usage réservé au diagnostic in vitro.
Roche Diagnostics
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6
Conforme aux dispositions des règlements applicables
de l'UE.
Délivré par Nemko pour le Canada et les États-Unis.
« Équipement de laboratoire » est l'identifiant du produit
tel qu'il apparaît sur la plaque signalétique.
Coordonnées
Roche Molecular Systems, Inc.
1080 US Highway 202 South
Branchburg, NJ 08876
États-Unis
Fabriqué en Suisse
Roche Diagnostics GmbH
Sandhofer Strasse 116
68305 Mannheim
Allemagne
Distribué aux États-Unis par :
Roche Diagnostics
9115 Hague Road
Indianapolis, IN 46256
États-Unis
Filiales de Roche
Vous trouverez une liste de toutes les filiales de Roche
sur :
www.roche.com/about/business/roche_worldwide.htm
eLabDoc
Vous pouvez télécharger la documentation utilisateur
électronique à l'aide du service en ligne eLabDoc sur
Roche DiaLog :
dialogportal.roche.com
Pour de plus amples informations, contactez une filiale
Roche locale ou un représentant service Roche.
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Table des matières
Table des matières
Informations relatives à la publication
2
Coordonnées
6
Usage prévu
9
Symboles et abréviations
9
Nouveautés dans la version 1.1 de la
publication
Saisie d'informations de run pour un run de
diagnostic dans l'application Web
Résultats dans l'application Web
6
14
Fonctionnement
1
2
3
Présentation du système
Vue d'ensemble du système
Vue d'ensemble des procédures de travail
Vue d'ensemble des tâches de routine
Vue d'ensemble de la procédure de travail
de diagnostic
Vue d'ensemble de la procédure de travail
de développement sans configuration
échantillon non attribuée
Vue d'ensemble de la procédure de travail
de développement avec configuration
échantillon non attribuée
Procédure de travail de diagnostic
(référence rapide)
Procédure de travail de développement sans
configuration échantillon non attribuée
(référence rapide)
Procédure de travail de développement avec
configuration échantillon non attribuée
(référence rapide)
Tâches fréquemment réalisées
Partitionnement des plaques à nanopuits
Chargement de l'analyseur
Déchargement de l'analyseur
19
21
25
26
27
28
33
7
42
55
60
62
8
4
5
Avant une opération de routine
Démarrage de l'instrument de
partitionnement
Amorçage de l'instrument de
partitionnement
Connexion à l'application Web
Démarrage de l'analyseur
Connexion au logiciel de l'analyseur
Changer le mot de passe
Démarrage du logiciel de développement
Opérations de routine d'une procédure
de travail de diagnostic
Exécution d'une procédure de travail de
diagnostic
Demandes dans l'application Web
Configurations échantillon dans l'application
Web
65
66
68
69
70
71
74
77
86
92
Opérations de routine d'une procédure
de travail de développement
Exécution d'une procédure de travail de
développement sans configuration
échantillon non attribuée
Exécution d'une procédure de travail de
développement avec configuration
échantillon non attribuée
Projets dans le logiciel de développement
Profils de run dans le logiciel de l'analyseur
Saisie d'informations de run pour un run de
développement dans le logiciel de
l'analyseur
Runs dans le logiciel de développement
Modification des paramètres de colonne par
copier-coller dans le logiciel de
développement
Engroupement dans le logiciel de
développement
Analyses dans le logiciel de développement
Configurations échantillon non attribuées
dans le logiciel de développement
Fichiers d'analyse dans le logiciel de
développement
Après une opération de routine
Arrêt de l'instrument de partitionnement
Déconnexion de l'application Web
Déconnexion du logiciel de l'analyseur
Arrêt de l'analyseur
Fermeture du logiciel de développement
Opérations hors-routine
Opérations hors-routine dans l'application
Web
Opérations hors-routine dans le logiciel de
l'analyseur
Affichage des informations système
99
101
113
123
136
140
149
151
180
183
206
253
265
291
293
294
295
297
301
303
309
Maintenance
9
Maintenance
Programme de maintenance
Remplacement du flacon de fluide de
partitionnement et/ou de la bouteille à
déchets liquides sur l'instrument de
partitionnement
Maintenance des données sur l'analyseur
Nettoyage et décontamination
À propos de la maintenance préventive
Roche Diagnostics
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315
316
323
329
340
7
8
Table des matières
Dépannage
10
11
12
13
14
Alertes
Liste d'alertes
Affichage des fenêtres contextuelles d'alerte
Dépannage de l'instrument de
partitionnement
Liste des messages sur l'instrument de
partitionnement
Affichage de la visualisation d'événements
dans le logiciel de l'instrument de
partitionnement
Copie des journaux de l'instrument de
partitionnement vers un dispositif de
stockage externe
Initialisation de l'instrument de
partitionnement
Redémarrage d'un instrument de
partitionnement qui ne répond pas
Dépannage de l'analyseur
Messages dans le logiciel de l'analyseur
Rapport sur les problèmes dans l'analyseur
Initialisation d'un analyseur en pause
Redémarrage d'un analyseur qui ne répond
pas
Erreurs de chargement des plaques à
nanopuits sur l'analyseur
Résolution d'une alarme sur l'analyseur
Résolution d'une alarme sur le logiciel de
l'analyseur
347
353
357
361
362
363
364
367
371
379
380
381
389
390
Dépannage dans le logiciel de
développement
Localisation des fichiers journaux dans le
logiciel de développement
393
Dépannage dans l'application Web
Invalidation des colonnes de plaque à
nanopuits et/ou plaques à nanopuits dans
l'application Web
Renvoi de résultats dans l'application Web
397
400
Glossaire
Index
Roche Diagnostics
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9
Usage prévu
Le Digital LightCycler® System prend en charge une
procédure de travail semi-automatique pour exécuter
des tests d'acides nucléiques (NAT) par réaction en
chaîne par polymérase (PCR). Le système réalise une
analyse PCR digitale en point final de nanopuits
microfluidiques, en combinant les fonctionnalités de
l'instrumentation, des consommables, des réactifs et de
la gestion de données afin de fournir une procédure de
travail efficace du partitionnement des échantillons à
l'interprétation des résultats.
Le Digital LightCycler® System est un système semiautomatique de détection et de quantification absolue du
nombre de copies de cibles d'acide nucléique, conçu
pour un usage professionnel de diagnostic in vitro au
sein de laboratoires de diagnostic et de dépistage.
Le système se compose de l'Digital LightCycler®
Analyzer, de l'Digital LightCycler® Partitioning Engine et
de consommables, de réactifs principaux et de logiciels
d'application spécifiés. Tous les dosages sont développés
indépendamment du Digital LightCycler® System.
Symboles et abréviations
Noms de produits
Nom de produit
Sauf indication contraire explicite dans le contexte, les
noms de produits et descripteurs suivants sont utilisés.
Descripteur
Digital LightCycler® System
système
®
instrument de partitionnement
®
Digital LightCycler Analyzer
analyseur
Digital LightCycler® Analyzer Software
logiciel de l'analyseur
Digital LightCycler Partitioning Engine
®
application Web
®
logiciel de développement
®
plaque à nanopuits universelle
®
plaque à nanopuits haute résolution
®
plaque à nanopuits haute sensibilité
®
fluide de partitionnement
®
bouteille à déchets liquides
®
Réactif primaire d'ADN
®
Réactif primaire d'ARN
Digital LightCycler Web Application
Digital LightCycler Development Software
Digital LightCycler Universal Nanowell Plate
Digital LightCycler High Resolution Nanowell Plate
Digital LightCycler High Sensitivity Nanowell Plate
Digital LightCycler Partitioning Fluid
Digital LightCycler Waste Bottle
Digital LightCycler 5x DNA Master
Digital LightCycler 5x RNA Master
y Noms de produits
Roche Diagnostics
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10
Symboles utilisés dans la publication
Symbole
Explication
o
Élément d'une liste
u
Référence croisée vers une autre rubrique
w
Figure, utilisé dans les titres de figures et les
références croisées vers les figures
y
Tableau, utilisé dans les titres de tableaux et
les références croisées vers les tableaux
z
Équation, utilisé dans les références croisées
vers des équations
k
Exemple de code, utilisé dans des titres de
code et références croisées vers des codes
q
Conseil, utilisé pour des informations supplémentaires sur une utilisation correcte ou des
astuces
I
Informations supplémentaires au cours d'une
tâche
f
Résultat d'une action lors d'une tâche
c
Fréquence d'une tâche
n
Durée d'une tâche
d
Matériel requis pour une tâche
j
Prérequis d'une tâche
y Symboles utilisés dans la publication
Symboles utilisés sur le produit
Symbole
Explication
Quantité contenue dans l'emballage
Code article international
Fabricant
Date de fabrication
Représentant autorisé dans la Communauté
européenne
y Symboles utilisés sur le produit
Roche Diagnostics
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11
Symbole
Explication
Indique l'entité important le dispositif médical
dans l'Union européenne.
Distribué par
Numéro de série
Numéro de catalogue
Identifiant unique des dispositifs
Numéro de lot
Alarme d'attention
Mise à la terre de protection
Consulter les instructions de fonctionnement
Limites de température
Limites d'humidité
Maintenir en position verticale
Fragile. À manipuler avec précaution
y Symboles utilisés sur le produit
Roche Diagnostics
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12
Symbole
Explication
Conserver au sec
Ne pas empiler
À mettre à l'abri de la lumière
Utilisé pour indiquer que l'équipement est
adapté au courant alternatif uniquement ;
pour identifier les terminaux pertinents
Date de péremption
Ne pas réutiliser
Ne pas utiliser si l'emballage est endommagé
y Symboles utilisés sur le produit
Abréviations
Les abréviations suivantes sont utilisées.
Abréviation
Définition
µL
Microlitre
ANSI
American National Standards Institute
ASC
Alimentation sans coupure
ASTM
American Society for Testing and Materials
CA
Courant alternatif
CC
Courant continu
CE
Communauté européenne
CEI
Commission électrotechnique internationale
(International Electrical Commission)
CEM
Compatibilité électromagnétique
CFR
Code of Federal Regulations (code américain des règlementations fédérales)
Cible d'intérêt
Cible d'intérêt
CISPR
Comité International Spécial des Perturbations Radioélectriques
CNV
Variabilité du nombre de copies
y Abréviations
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13
Abréviation
Définition
cp
Copies
DIV
Diagnostic in vitro
ET
Écart type
ft
Foot (pied)
Go
Gigaoctet
GUID
Identificateur global unique
HL7
Health Level Seven
IC
Intervalle de confiance
IDE
Interface du dispositif externe
in.
Inch (pouce)
indel
Indel
InDel
Insertion-délétion
IP
Protocole internet
ISO
Organisation internationale de normalisation
LAN
Local Area Network (réseau local)
lbs
livres
LDT
Test développé en laboratoire
MLLP
Minimal Lower Layer Protocol (protocole de
couche minimale)
n/a
Sans objet
N/A
Indisponible
NAT
Traduction d'adresses réseau
PCR
Polymerase chain reaction (réaction en
chaîne par polymérase)
Quantification
absolue
Quantification
absolue
Quantification absolue
RAM
Random access memory (mémoire vive)
Règlement (UE) Règlement relatif au diagnostic in vitro
2017/746
RF
Radiofréquence
RFID
Radio-frequency identification (identification par radiofréquences)
RT
Reverse transcription (transcription inverse)
SIL
Système d'information du laboratoire
UNG
Uracile ADN glycosylase
WLAN
Wireless Local Area Network (réseau sans
fil local)
y Abréviations
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14
Nouveautés dans la version 1.1 de la publication
Agréments
Ajout d'informations relatives à la conformité spécifiques
aux États-Unis.
u Agréments (4)
Symboles utilisés sur le produit
Mise à jour du tableau qui répertorie les symboles
utilisés sur le système.
u Symboles utilisés sur le produit (10)
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Fonctionnement
1
Présentation du système ............................................................................ 17
2
Vue d'ensemble des tâches de routine ................................................. 23
3
Tâches fréquemment réalisées ................................................................ 53
4
Avant une opération de routine............................................................... 63
5
Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
.............................................................................................................................. 75
6
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement ................................................................................................................. 109
7
Après une opération de routine............................................................. 289
8
Opérations hors-routine ........................................................................... 299
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Table des matières
17
Présentation du système
Dans ce chapitre
1
19
Vue d'ensemble des procédures de travail ..................
21
1 Présentation du système
Vue d'ensemble du système ..............................................
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18
Table des matières
1 Présentation du système
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Présentation du système
19
Vue d'ensemble du système
Le système est un système de quantification des acides
nucléiques basé sur une technologie de PCR digitale
(dPCR).
Le système partitionne un échantillon selon un grand
nombre de nanopuits pour permettre la quantification
absolue d'une séquence d'acides nucléiques cibles sans
courbe standard.
Le système est adapté à une grande diversité
d'applications, notamment en oncologie en analysant
l'ADN sans cellules, les mutations rares, les variabilités
du nombre de copies et l'expression génique, ou dans le
cadre du diagnostic de maladies infectieuses via la
détection et la quantification de faibles charges virales.
À propos des composants du système
•
Technologie de réaction de polymérisation en chaine
digitale (dPCR) pour la détection de faibles concentrations cibles
•
6 canaux de fluorescence pour la détection multicanal.
•
3 types d'analyse (quantification absolue, CNV, indel)
•
Procédures de travail à des fins de diagnostic et de
développement
•
Logiciel de développement permettant une analyse
des données approfondie
•
Réactifs primaires d'ADN et d'ARN à une concentration de 5x pour une fraction d'échantillon supérieure
•
Partitionnement de chaque échantillon selon un
grand nombre de nanopuits sur une plaque à nanopuits dédiée
•
Colonnes fusionnées permettant d'émuler le partitionnement d'un volume d'échantillon plus important selon un nombre de nanopuits encore plus élevé
•
3 types de plaques à nanopuits (universelle, haute résolution, haute sensibilité) correspondant à diverses
applications
•
Partitionnement d'un nombre maximum de 8 échantillons sur 1 plaque à nanopuits au sein de l'instrument de partitionnement
•
Traitement d'un nombre maximum de 96 échantillons
sur 12 plaques à nanopuits au sein de l'analyseur
Le système inclut les composants suivants :
Roche Diagnostics
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1 Présentation du système
Les principales caractéristiques du système sont les suivantes :
20
Vue d'ensemble du système
À propos des colonnes fusionnées
•
Plaques à nanopuits :
Une plaque à nanopuits accueille jusqu'à 8 échantillons dans 8 colonnes de la plaque à nanopuits et
offre un grand nombre de nanopuits par colonne de
la plaque à nanopuits pour le partitionnement de
l'échantillon.
•
Instrument de partitionnement :
L'instrument de partitionnement partitionne les
échantillons dans les nanopuits des plaques à nanopuits et scelle les nanopuits à l'aide d'un fluide de
partitionnement.
•
Analyseur :
L'analyseur exécute le thermocyclage et l'acquisition
d'images.
•
Composants logiciels :
Les composants logiciels (logiciel de l'instrument de
partitionnement, logiciel d'analyseur, application Web
et logiciel de développement) contrôlent les instruments et/ou vous permettent de programmer et analyser vos runs.
Les colonnes fusionnées permettent d'émuler le
partitionnement d'un volume d'échantillon plus important
dans un nombre de nanopuits plus élevé. Le système
traite les nanopuits d'un ensemble de colonnes
fusionnées en considérant qu'ils appartiennent à
1 colonne de la plaque à nanopuits. Les colonnes
fusionnées facilitent ainsi la détection de très faibles
concentrations cibles.
1 Présentation du système
Il est possible de fusionner jusqu'à 8 colonnes de la
plaque à nanopuits.
Un ensemble de colonnes fusionnées présente les caractéristiques suivantes :
•
Le même mélange réactionnel est pipeté dans les colonnes fusionnées.
•
Les colonnes fusionnées sont analysées ensemble.
Un ensemble de colonnes fusionnées obtient 1 résultat final.
Roche Diagnostics
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Présentation du système
21
Vue d'ensemble des procédures de travail
Le système prend en charge 2 procédures de travail
distinctes (une procédure de travail de diagnostic et une
procédure de travail de développement) à des fins
diverses.
À propos de la procédure de travail de
diagnostic
La procédure de travail de diagnostic est conçue à des
fins de diagnostic.
Au sein de procédures de travail de diagnostic, vous travaillez avec les composants système suivants :
•
Application Web
•
Instrument de partitionnement
•
Analyseur
Dans le cadre d'une procédure de travail de diagnostic,
les plaques à nanopuits sont traitées au sein d'un run de
diagnostic sur l'analyseur.
Il existe 2 types de procédures de travail de diagnostic :
•
Procédure de travail de DIV :
– Développée et validée par Roche.
– Toute les ressources sont fournies par Roche.
•
Procédure de travail de LDT :
– Développée par un laboratoire par le biais d'une
procédure de travail de développement.
– Les ressources sont fournies en partie par Roche
(comme les réactifs primaires ou les plaques à
nanopuits) et en partie par le laboratoire (comme
les amorces et les sondes).
Selon la configuration, les fichiers de données brutes des
procédures de travail de diagnostic peuvent être utilisés
dans le logiciel de développement.
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de diagnostic (25)
À propos de la procédure de travail de
développement
La procédure de travail de développement a été conçue
à des fins de recherche et de développement.
Au sein d'une procédure de travail de développement,
vous travaillez avec les composants système suivants :
•
Logiciel de développement
•
Instrument de partitionnement
Roche Diagnostics
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1 Présentation du système
– La validation du test relève de la responsabilité
du laboratoire.
22
Vue d'ensemble des procédures de travail
•
Analyseur
Dans le cadre d'une procédure de travail de
développement, les plaques à nanopuits sont traitées au
sein d'un run de développement sur l'analyseur.
Les ressources pour une procédure de travail de
développement sont fournies en partie par Roche
(comme les réactifs primaires ou les plaques à
nanopuits) et en partie par le laboratoire (comme les
amorces et les sondes).
Pour les procédures de travail de développement, vous
disposez des 2 options ci-après pour programmer la
configuration échantillon (par ex. les mélanges réactionnels et leur distribution dans les plaques de nanopuits
pour le run de développement) :
•
Sans configuration échantillon non attribuée :
– Vous programmez la configuration échantillon en
dehors du logiciel de développement.
– Vous ajoutez les informations de la configuration
échantillon aux données de run dans le logiciel
de développement une fois le run de développement terminé.
•
Avec configuration échantillon non attribuée :
– Vous programmez la configuration échantillon
dans le logiciel de développement avant de lancer le run de développement.
1 Présentation du système
– Les informations de la configuration échantillon
sont affectées aux données de run dans le logiciel de développement une fois le run de développement terminé.
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (26)
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (27)
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Table des matières
23
Vue d'ensemble des tâches de
routine
2
Vue d'ensemble de la procédure de travail de
diagnostic..................................................................................
25
Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement sans configuration échantillon non
attribuée ....................................................................................
26
Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement avec configuration échantillon non
attribuée ....................................................................................
27
Procédure de travail de diagnostic (référence rapide) ............................................................................................
28
Procédure de travail de développement sans
configuration échantillon non attribuée (référence
rapide) ........................................................................................
33
Procédure de travail de développement avec
configuration échantillon non attribuée (référence
rapide) ........................................................................................
42
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
Dans ce chapitre
24
Table des matières
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
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Vue d'ensemble des tâches de routine
25
Vue d'ensemble de la procédure de travail
de diagnostic
Procédure de travail de diagnostic
Instrument de
partitionnement
• Préparation de mélanges
réactionnels
• Pipetage de plaques à
nanopuits
5
Application Web
1
Obtention des demandes
2
Création et confirmation
de configuration
échantillon
3
Création de rapport de
configuration échantillon
Partitionnement des
plaques à nanopuits
6
Chargement de
l'analyseur
7
Vérification de la
configuration échantillon
8
Démarrage du run
9
Déchargement de
l'analyseur
10
Émission des résultats
11
Envoi des résultats
12
Création d'un rapport de
résultats
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
4
Analyseur
26
Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement sans configuration échantillon
non attribuée
Vue d'ensemble de la procédure de travail
de développement sans configuration
échantillon non attribuée
Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée
Logiciel de développement
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
1
Instrument de
partitionnement
2
• Programmation du run
de développement
• Préparation de
mélanges réactionnels
• Pipetage de plaques à
nanopuits
6
• Ouverture ou création
de projet
• Importation de fichier de
données brutes
• Ajout de paramètres de
colonne
7
• Ajustement
d'engroupement
• Réalisation d'analyses
8
Examen des résultats
9
• Création ou mise à jour
des fichiers d'analyse
• Exportation des fichiers
d'analyse
Analyseur
Partitionnement des
plaques à nanopuits
3
Chargement de
l'analyseur
4
• Apport de profil de
run et de formats de
détection
• Démarrage du run de
développement
5
• Déchargement de
l'analyseur
• Exportation de fichier de
données brutes
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
27
Vue d'ensemble de la procédure de travail
de développement avec configuration
échantillon non attribuée
Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée
3
1
Ouverture ou création
de projet
2
• Création de
configuration
échantillon non
attribuée
• Création de rapport
de configuration
échantillon
Instrument de
partitionnement
4
• Préparation de
mélanges réactionnels
• Pipetage de plaques à
nanopuits
8
• Importation de fichier
de données brutes
• Affectation de
configuration
échantillon au run
9
• Ajustement
d'engroupement
• Réalisation d'analyses
10
Examen des résultats
11
• Création ou mise à jour
des fichiers d'analyse
• Exportation des fichiers
d'analyse
Analyseur
Opérateur de
développement
Partitionnement des
plaques à nanopuits
5
Chargement de
l'analyseur
6
• Apport de profil de
run et de formats de
détection
• Démarrage du run de
développement
7
• Déchargement de
l'analyseur
• Exportation de fichier
de données brutes
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
Logiciel de
développement
28
Procédure de travail de diagnostic (référence rapide)
Procédure de travail de diagnostic
(référence rapide)
Étape
1
Application Web
Si les demandes ne sont pas
reçues exclusivement d'un
SIL :
Créez et importez la liste des
demandes et/ou créez les demandes.
Description
Pour créer et importer une liste de demandes, procédez comme suit :
1. Créez un fichier CSV pour les demandes.
2. Dans la colonne Demandes du tableau de
bord, sélectionnez la vignette Afficher demandes.
3. Dans l'écran Demandes, sélectionnez le bouton Importer la liste de demandes.
4. Accédez à la liste des demandes et sélectionnez le bouton Ouvrir.
5. Dans la boîte de dialogue, sélectionnez le
bouton Confirmer.
Pour créer les demandes manuellement, procédez
comme suit :
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
1. Dans la colonne Demandes du tableau de
bord, sélectionnez la vignette Créer une
configuration échantillon.
2. Dans l'écran Demandes en mode d'attribution, sélectionnez le bouton Ajouter/modifier
demande.
3. Dans la carte Ajouter un ID échantillon de
l'écran Modifier les demandes, sélectionnez
le champ ID échantillon. Scannez ou saisissez l'ID échantillon et sélectionnez le bouton Ajouter.
4. Dans la carte ID échantillon, sélectionnez
l'ID échantillon.
5. Dans la carte Fichiers d'analyse et test, affectez des fichiers d'analyse complets ou développez les fichiers d'analyse et affectez uniquement les tests sélectionnés.
6. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
u Demandes dans l'application Web (86)
y Procédure de travail de diagnostic (référence rapide)
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
2
Application Web
Créez la configuration échantillon.
29
Description
1. Dans la colonne Demandes du tableau de
bord, sélectionnez la vignette Créer une
configuration échantillon.
2. Dans l'écran Demandes en mode d'attribution, sélectionnez la première ligne de demandes pour la configuration échantillon.
3. Sélectionnez les autres lignes de demandes
pour la configuration échantillon.
4. Sélectionnez le bouton Attribuer à la configuration échantillon.
u Création de configurations échantillon dans
l'application Web (92)
3
Application Web
Saisissez ou scannez les ID
des plaques à nanopuits.
Dans l'écran Configuration échantillon,
procédez comme suit pour chaque plaque à
nanopuits :
1. Pour afficher la zone de liste déroulante Plaque :, double-cliquez sur l'en-tête de
la colonne.
2. Dans le champ ID de plaque, scannez ou saisissez l'ID de plaque à nanopuits.
4
Application Web
Si nécessaire, saisissez ou
scannez les ID de kit et/ou
saisissez des remarques sur
les échantillons.
Le cas échéant, dans l'écran Configuration
échantillon, effectuez les actions suivantes pour
chaque colonne de la plaque à nanopuits :
1. Pour afficher la zone de liste déroulante Paramètres échantillon :, double-cliquez sur la
vignette.
2. Dans le champ Remarques, vous pouvez saisir des remarques sur l'échantillon.
3. Le cas échéant, dans le champ N° de kit,
scannez ou saisissez l'ID du kit.
4. Sélectionnez le bouton Confirmer.
5
Application Web
Il est possible, si vous le souhaitez, de modifier le nom de
la série et/ou de saisir des remarques sur le run.
1. Dans l'écran Configuration échantillon, sélectionnez le bouton
.
2. Dans la boîte de dialogue Informations de
run, modifiez le nom de la série et/ou saisissez des remarques sur le run.
3. Sélectionnez le bouton Confirmer.
6
Application Web
Confirmez la configuration
échantillon.
1. Dans l'écran Configuration échantillon, sélectionnez le bouton Confirmer.
y Procédure de travail de diagnostic (référence rapide)
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
3. Sélectionnez le bouton Confirmer.
30
Procédure de travail de diagnostic (référence rapide)
Étape
7
Application Web
Créez le rapport de configuration échantillon.
Description
1. Dans la colonne Configurations échantillon
du tableau de bord, sélectionnez la vignette
de la série.
2. Dans l'écran Configuration échantillon, sélectionnez le bouton Générer un rapport.
3. Choisissez d'ouvrir ou d'enregistrer le fichier,
et sélectionnez le bouton Confirmer. Le cas
échéant, accédez au dossier souhaité et sélectionnez le bouton Enregistrer.
4. Dans l'écran Configuration échantillon, sélectionnez le bouton Confirmer.
5. Imprimez le rapport de configuration échantillon en tant que guide pour le pipetage.
u Création de rapports de configuration des
échantillons dans l'application Web (97)
8
Préparez les mélanges réactionnels.
1. Préparez les mélanges réactionnels.
2. Reportez-vous au rapport de configuration
échantillon pour identifier les plaques à nanopuits et attribuer les mélanges réactionnels
aux colonnes de la plaque à nanopuits.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
Pour en savoir plus sur la préparation des mélanges réactionnels et le pipetage, reportez-vous
aux instructions d'utilisation des réactifs et
contrôles.
9
Instrument de partitionnement
Pipetez et partitionnez les
plaques à nanopuits.
1. Pipetez les mélanges réactionnels dans les
ports d'entrée de la première plaque à nanopuits.
2. Sélectionnez le bouton Load.
3. Placez la plaque à nanopuits dans le tiroir de
plaque à nanopuits.
4. Sélectionnez le bouton Start.
5. Une fois le tiroir de plaque à nanopuits ouvert,
vérifiez que les colonnes de la plaque à nanopuits contenant les mélanges réactionnels
sont partitionnées.
6. Retirez la plaque à nanopuits.
7. Placez la plaque à nanopuits sur une surface
plane et propre.
8. Pipetez et partitionnez les autres plaques à
nanopuits.
9. Empilez les plaques à nanopuits partitionnées.
u Partitionnement des plaques à nanopuits
(55)
y Procédure de travail de diagnostic (référence rapide)
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
10
Analyseur
Chargez l'analyseur.
31
Description
1. Dans la zone d'information générale, sélectionnez le bouton
.
2. Placez la pile de plaques à nanopuits dans le
tiroir de pile de plaques à nanopuits.
3. Sélectionnez le bouton
.
u Chargement de l'analyseur (60)
11
Analyseur
Vérifiez la configuration
échantillon et démarrez le run.
1. Dans le panneau Configuration échantillon,
vérifiez la configuration échantillon affichée
en regard du rapport de configuration échantillon.
2. Sélectionnez le bouton Démarrer le run.
12
Application Web
Vous pouvez éventuellement
saisir des remarques sur le
run.
1. Dans la colonne Run en cours du tableau de
bord, sélectionnez le bouton
gnette de la série.
sur la vi-
2. Saisissez les remarques sur le run.
3. Sélectionnez le bouton Confirmer.
u Saisie d'informations de run pour un run de
diagnostic dans l'application Web (99)
Analyseur
Déchargez l'analyseur.
1. Lorsque le run est terminé, dans la zone d'information générale, sélectionnez le bouton
.
2. Retirez la pile de plaques à nanopuits du tiroir
de pile de plaques à nanopuits.
3. Sélectionnez le bouton
.
4. Éliminez les plaques à nanopuits conformément à la réglementation locale.
u Déchargement de l'analyseur (62)
y Procédure de travail de diagnostic (référence rapide)
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
13
32
Procédure de travail de diagnostic (référence rapide)
Étape
14
Application Web
Le cas échéant, émettez et/ou
envoyez les résultats.
Description
Si l'analyseur n'est pas configuré pour l'émission automatique des résultats, lancez
l'émission des résultats.
1. Dans la colonne Résultats du tableau de
bord, sélectionnez la vignette de la série.
2. Dans l'écran Résultats :, passez en revue les
résultats.
3. Sélectionnez la colonne Échantillons.
4. Sélectionnez les résultats dans la liste puis le
bouton Émission.
5. Dans la boîte de dialogue Confirmation, saisissez votre mot de passe et sélectionnez le
bouton Émission.
u Émission manuelle de résultats dans l'application Web (104)
Si l'analyseur n'est pas configuré pour l'envoi
automatique des résultats, avec le rôle utilisateur approbation du diagnostic, envoyez
les résultats :
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
1. Dans la colonne Résultats du tableau de
bord, sélectionnez la vignette de la série.
2. Dans l'écran Résultats :, sélectionnez les résultats émis dans la liste et sélectionnez le
bouton Envoyer.
3. Dans la boîte de dialogue Confirmation, saisissez votre mot de passe et sélectionnez le
bouton Envoyer.
u Envoi manuel de résultats dans l'application
Web (105)
15
Application Web
Si vous le souhaitez, créez le
rapport résultat.
1. Dans la colonne Résultats du tableau de
bord, sélectionnez la vignette Séries terminées.
2. Sélectionnez la série dans la liste et sélectionnez le bouton Afficher.
3. Dans l'écran Résultats :, sélectionnez le bouton Rapport.
u Création de rapports de résultats dans l'application Web (107)
y Procédure de travail de diagnostic (référence rapide)
u Sujets connexes
• Exécution d'une procédure de travail de diagnostic
(77)
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
33
Procédure de travail de développement
sans configuration échantillon non
attribuée (référence rapide)
Le tableau suivant vous permet de consulter rapidement
les étapes de réalisation d'une procédure de travail de
développement sans configuration échantillon non
attribuée.
u Pour une référence rapide à la procédure de travail
de développement avec configuration échantillon
non attribuée, consultez Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide) (42).
1
2
Description
Préparez les mélanges réactionnels.
1. Préparez les mélanges réactionnels.
Instrument de partitionnement
Pipetez et partitionnez les
plaques à nanopuits.
1. Pipetez les mélanges réactionnels dans les
ports d'entrée de la première plaque à nanopuits.
Pour en savoir plus sur la préparation des mélanges réactionnels et le pipetage, reportez-vous
aux instructions d'utilisation des réactifs et
contrôles.
2. Sélectionnez le bouton Load.
3. Placez la plaque à nanopuits dans le tiroir de
plaque à nanopuits.
4. Sélectionnez le bouton Start.
5. Une fois le tiroir de plaque à nanopuits ouvert,
vérifiez que les colonnes de la plaque à nanopuits contenant les mélanges réactionnels
sont partitionnées.
6. Retirez la plaque à nanopuits.
7. Placez la plaque à nanopuits sur une surface
plane et propre.
8. Pipetez et partitionnez les autres plaques à
nanopuits.
9. Empilez les plaques à nanopuits partitionnées.
u Partitionnement des plaques à nanopuits
(55)
y Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
34
Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Étape
3
Analyseur
Chargez l'analyseur.
Description
1. Dans la zone d'information générale, sélectionnez le bouton
.
2. Placez la pile de plaques à nanopuits dans le
tiroir de pile de plaques à nanopuits.
3. Sélectionnez le bouton
.
u Chargement de l'analyseur (60)
4
Analyseur
Vérifiez les plaques à nanopuits et la configuration
échantillon.
1. Dans le panneau Plaques, vérifiez que l'état
de toutes les plaques à nanopuits est Valide.
2. Vérifiez les plaques à nanopuits affichées par
rapport à la configuration échantillon prévue.
3. Sélectionnez le bouton Profil de run.
5
Analyseur
Vous pouvez éventuellement
dupliquer ou importer un profil de run.
Pour dupliquer un profil de run, procédez de
la manière suivante :
1. Dans le panneau Gérer les profils de run
sélectionnez un profil de run.
2. Sélectionnez le bouton Dupliquer.
3. Dans la boîte de dialogue Modifier le nom
du profil de run, saisissez un nom pour le
profil de run.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
4. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
Pour importer un profil de run, procédez de
la manière suivante :
1. Dans le panneau Gérer les profils de run,
sélectionnez le bouton Importer.
2. Dans l'explorateur de dossiers de la boîte de
dialogue Importer les profils de run, accédez au dossier.
3. Dans l'explorateur de fichiers, sélectionnez le
profil de run.
4. Sélectionnez le bouton Importer.
u Utilisation de profils de run sur le panneau
Gérer les profils de run dans le logiciel de
l'analyseur (141)
y Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
6
Analyseur
Modifiez le profil de run.
35
Description
1. Dans le panneau Gérer les profils de run
sélectionnez un profil de run déverrouillé.
2. Sélectionnez le bouton Ouvrir.
3. Vous pouvez éventuellement modifier les programmes dans le panneau Modifier le profil
de run.
4. Sélectionnez le bouton Formats de détection.
5. Dans la zone de liste déroulante Format de
détection, désactivez les canaux pour les colorants fluorescents qui ne sont présents dans
aucun des réactifs de master mix. Pour
chaque canal activé, sélectionnez le colorant
fluorescent dans la liste déroulante. Vous
pouvez également modifier le temps d'intégration. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
6. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
u Modification de profils de run sur le panneau
Modifier le profil de run dans le logiciel de
l'analyseur (146)
Analyseur
Démarrez le run.
Pour démarrer le run dans le panneau Gérer
les profils de run, procédez de la manière
suivante :
1. Sélectionnez le profil de run
2. Sélectionnez le bouton Run.
Pour démarrer le run dans le panneau Modifier le profil de run :
1. Sélectionnez le bouton Run.
8
Analyseur
Vous pouvez éventuellement
modifier le nom du run et/ou
saisir des remarques sur le
run.
1. Au centre du panneau Contrôle, à côté du
nom du run, sélectionnez le bouton
.
2. Dans le champ Nom du run de la boîte de
dialogue, saisissez un nouveau nom de run.
3. Dans le champ Modifier les remarques saisissez les remarques sur le run.
4. Sélectionnez le bouton Confirmer.
u Saisie d'informations de run pour un run de
développement dans le logiciel de l'analyseur
(149)
y Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
7
36
Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Étape
9
Analyseur
Déchargez l'analyseur.
Description
1. Lorsque le run est terminé, dans la zone d'information générale, sélectionnez le bouton
.
2. Retirez la pile de plaques à nanopuits du tiroir
de pile de plaques à nanopuits.
3. Sélectionnez le bouton
.
4. Éliminez les plaques à nanopuits conformément à la réglementation locale.
u Déchargement de l'analyseur (62)
10
Analyseur
Le cas échéant, exportez le fichier de données brutes.
Si l'analyseur n'est pas configuré pour l'exportation automatique, exportez le fichier de
données brutes du run de développement :
1. Pour faire un export vers un dispositif de stockage externe, il est possible de connecter le
dispositif de stockage externe à l'analyseur.
2. Sélectionnez Routine > Run de développement > Résultats de développement.
3. Sélectionnez le run, puis sélectionnez le bouton Exporter.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
4. Accédez au dossier souhaité et sélectionnez le
bouton Exporter
5. Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif
de stockage externe.
u Gestion des fichiers de données brutes des
runs de développement dans le logiciel de
l'analyseur (155)
y Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
11
Logiciel de développement
Créez un projet ou ouvrez un
projet existant.
37
Description
Pour ouvrir un projet :
1. Dans l'onglet Page d'accueil, sélectionnez le
bouton Ouvrir le fichier.
2. Accédez au fichier dpcrPrj et sélectionnez le
bouton Ouvrir.
Pour créer un projet :
1. Si vous avez exporté le fichier de données
brutes vers un dispositif de stockage externe,
connectez le dispositif de stockage externe à
l'ordinateur exécutant le logiciel de développement.
2. Dans l'Explorateur Windows, double-cliquez
sur le fichier de données brutes du run de développement.
3. Pour enregistrer le projet, sélectionnez Fichier
>
> Enregistrer sous. Accédez au dossier souhaité, saisissez un nom de projet et
sélectionnez le bouton Enregistrer.
4. Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif
de stockage externe.
12
Logiciel de développement
Le cas échéant, importez le fichier de données brutes du
run de développement.
Si vous avez ouvert un projet, importez le fichier de données brutes du run de développement :
1. Si vous avez exporté le fichier de données
brutes vers un dispositif de stockage externe,
connectez le dispositif de stockage externe à
l'ordinateur exécutant le logiciel de développement.
2. Dans la zone Navigation, sélectionnez Runs
>
> Importer.
3. Accédez au fichier de données brutes et sélectionnez le bouton Ouvrir.
4. Enregistrez le projet.
5. Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif
de stockage externe.
u Utilisation de fichiers de données brutes et
de runs dans le logiciel de développement
(160)
13
Logiciel de développement
Vous pouvez éventuellement
saisir des remarques sur le
run.
1. Dans le champ Remarques supplémentaires sur le run :, vous pouvez saisir des remarques sur le run.
2. Enregistrez le projet.
y Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
u Utilisation de projets dans le logiciel de développement (137)
38
Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Étape
14
Logiciel de développement
Ajoutez les paramètres de colonne.
Description
1. Dans l'onglet du run, sélectionnez le bouton
Paramètres de colonne.
2. Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage tableau).
3. Dans la carte Paramètres de colonne, sélectionnez le champ ID échantillon. Scannez
ou saisissez l'ID échantillon. Si nécessaire, appuyez sur Entrée.
4. Vous pouvez éventuellement modifier le facteur de dilution pour l'échantillon.
5. Dans le champ Réactif de master mix, saisissez le nom du réactif de master mix.
6. Vous pouvez éventuellement saisir l'ID, la date
de péremption et/ou le numéro de lot du réactif primaire ou du réactif de master mix.
7. Vous pouvez éventuellement saisir des remarques et/ou des remarques sur la préparation des échantillons.
8. Enregistrez le projet.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
u Ajout et modification des paramètres de colonne d'un run dans le logiciel de développement (169)
15
Logiciel de développement
Modifiez les paramètres de
cible et de colorant fluorescent.
Pour chaque réactif de master mix, effectuez
les actions suivantes :
1. Sélectionnez une vignette (dans l'affichage
des plaques) ou ligne (dans l'affichage tableau).
2. Dans le tableau Paramètres de cible et de
colorant fluorescent, désactivez les colorants fluorescents qui ne sont pas présents
dans le réactif de master mix.
3. Vous pouvez éventuellement renommer les
cibles.
4. Enregistrez le projet.
16
Logiciel de développement
Vous pouvez éventuellement
saisir des remarques.
1. Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage tableau).
2. Sélectionnez le bouton Modifier les remarques ou le bouton Modifier les remarques sur la préparation des échantillons.
3. Dans la boîte de dialogue, saisissez les remarques.
4. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
5. Enregistrez le projet.
y Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
17
Logiciel de développement
Il est possible d'utiliser des
groupes d'échantillons.
39
Description
1. Dans l'onglet du run, sélectionnez le bouton
Groupes d'échantillons.
2. Ajoutez et/ou modifiez les groupes d'échantillons.
3. Enregistrez le projet.
u Utilisation des groupes d'échantillons dans le
logiciel de développement (173)
18
Logiciel de développement
Vérifiez et ajustez l'engroupement.
1. Sélectionnez l'engroupement dans le menu
Engroupement.
2. Sélectionnez le bouton
.
3. Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
ajustez les paramètres d'engroupement.
4. Sélectionnez le bouton
.
6. Enregistrez le projet.
u Ajustement de l'engroupement dans le logiciel de développement (188)
y Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
5. Le cas échéant, ajustez les seuils. Sélectionnez le bouton Calculer.
40
Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Étape
19
Logiciel de développement
Exécutez les analyses.
Description
Pour ajouter une analyse, procédez de la
manière suivante :
1. Dans la zone Navigation, sélectionnez Analyse >
. Sélectionnez le type d'analyse.
2. Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez les échantillons et sélectionnez le
bouton Mettre à jour l'analyse.
3. Vous pouvez éventuellement ajouter et/ou
modifier les groupes d'échantillons.
4. Dans les autres onglets de la zone de liste déroulante Paramètres saisissez les paramètres
requis pour le type d'analyse.
5. Sélectionnez le bouton
.
6. Enregistrez le projet.
Pour modifier une analyse, procédez de la
manière suivante :
1. Sélectionnez l'analyse dans le menu Analyse.
2. Sélectionnez le bouton
.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
3. Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
modifiez les paramètres d'analyse.
4. Sélectionnez le bouton
.
5. Enregistrez le projet.
u Analyses dans le logiciel de développement
(206)
y Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
20
Logiciel de développement
Vous pouvez éventuellement
créer ou actualiser des fichiers
d'analyse.
41
Description
Pour créer des fichiers d'analyse :
1. Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichiers d'analyse >
d'analyse.
> Créer les fichiers
2. Dans la boîte de dialogue Créer les fichiers
d'analyse, saisissez un nom pour les fichiers
d'analyse et le type de plaque à nanopuits. Sélectionnez le bouton Confirmer.
3. Saisissez les informations requises dans les
panneaux de l'onglet des fichiers d'analyse.
4. Sélectionnez les fichiers d'analyse dans le menu Fichiers d'analyse.
5. Sélectionnez
jour.
> Version de la mise à
6. Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de version, sélectionnez le numéro de version et sélectionnez le bouton Mise à jour.
7. Enregistrez le projet.
Pour mettre à jour des fichiers d'analyse :
2. Modifiez les informations dans les panneaux
de l'onglet des fichiers d'analyse.
3. Sélectionnez les fichiers d'analyse dans le menu Fichiers d'analyse.
4. Sélectionnez
jour.
> Version de la mise à
5. Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de version, sélectionnez le numéro de version et sélectionnez le bouton Mise à jour.
6. Enregistrez le projet.
u Utilisation des fichiers d'analyse (282)
21
Logiciel de développement
Vous pouvez éventuellement
exporter les fichiers d'analyse.
1. Sélectionnez les fichiers d'analyse dans le menu Fichiers d'analyse.
2. Sélectionnez
> Exporter.
3. Accédez à un dossier accessible depuis l'analyseur et sélectionnez le bouton Enregistrer.
u Utilisation des fichiers d'analyse (282)
y Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
u Sujets connexes
• Exécution d'une procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée
(113)
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
1. Sélectionnez les fichiers d'analyse dans le menu Fichiers d'analyse.
42
Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Procédure de travail de développement
avec configuration échantillon non
attribuée (référence rapide)
Le tableau suivant vous permet de consulter rapidement
les étapes de réalisation d'une procédure de travail de
développement avec configuration échantillon non
attribuée.
u Pour une référence rapide à la procédure de travail
de développement sans configuration échantillon
non attribuée, consultez Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide) (33).
Étape
1
Logiciel de développement
Créez un projet ou ouvrez un
projet existant.
Description
Pour ouvrir un projet :
1. Dans l'onglet Page d'accueil, sélectionnez le
bouton Ouvrir le fichier.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
2. Accédez au fichier dpcrPrj et sélectionnez le
bouton Ouvrir.
Pour créer un projet :
1. Dans l'onglet Page d'accueil, sélectionnez le
bouton Créer un nouveau projet.
2. Pour enregistrer le projet, sélectionnez Fichier
>
> Enregistrer sous. Accédez au dossier souhaité, saisissez un nom de projet et
sélectionnez le bouton Enregistrer.
u Utilisation de projets dans le logiciel de développement (137)
2
Logiciel de développement
Le cas échéant, créez une
configuration échantillon non
attribuée.
Si vous avez ouvert un projet, ajoutez une
configuration échantillon non attribuée au
projet :
1. Dans la zone Navigation, sélectionnez Configuration échantillon non attribuée >
Créer nouveau.
>
2. Enregistrez le projet.
Si vous avez créé un projet, une configuration
échantillon non attribuée est automatiquement
ajoutée.
u Utilisation des configurations échantillon non
attribuées dans le logiciel de développement
(256)
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
3
Logiciel de développement
Ajoutez les plaques à nanopuits.
43
Description
1. Dans l'onglet de configuration échantillon, sélectionnez le type de plaque à nanopuits depuis la liste déroulante Type de plaque.
2. Vous pouvez éventuellement scanner ou saisir
l'ID de plaque à nanopuits. Si nécessaire, appuyez sur Entrée.
3. Enregistrez le projet.
u Ajout de paramètres de run et paramètres de
colonne aux configurations échantillon non
attribuées dans le logiciel de développement
(258)
4
Logiciel de développement
Définissez les formats de détection.
1. Sélectionnez le bouton Formats de détection.
2. Désactivez les canaux pour les colorants fluorescents qui ne sont présents dans aucun des
réactifs de master mix.
3. Pour chaque canal activé, sélectionnez le colorant fluorescent dans la liste déroulante.
4. Pour modifier les temps d'intégration, cochez
la case Paramètres avancés et modifier les
valeurs des champs Temps d'intégration
(ms).
6. Enregistrez le projet.
u Ajout de paramètres de run et paramètres de
colonne aux configurations échantillon non
attribuées dans le logiciel de développement
(258)
5
Logiciel de développement
Vous pouvez éventuellement
saisir des remarques sur le
run.
1. Dans le champ Remarques supplémentaires sur le run :, vous pouvez saisir des remarques sur le run.
2. Enregistrez le projet.
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
5. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
44
Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Étape
6
Logiciel de développement
Ajoutez les paramètres de colonne.
Description
1. Dans l'onglet de configuration échantillon, sélectionnez le bouton Paramètres de colonne.
2. Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage tableau).
3. Dans la carte Paramètres de colonne, sélectionnez le champ ID échantillon. Scannez
ou saisissez l'ID échantillon. Si nécessaire, appuyez sur Entrée.
4. Vous pouvez éventuellement modifier le facteur de dilution pour l'échantillon.
5. Dans le champ Réactif de master mix, saisissez le nom du réactif de master mix.
6. Vous pouvez éventuellement saisir l'ID, la date
de péremption et/ou le numéro de lot du réactif primaire ou du réactif de master mix.
7. Vous pouvez éventuellement saisir des remarques et/ou des remarques sur la préparation des échantillons.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
8. Enregistrez le projet.
u Ajout de paramètres de run et paramètres de
colonne aux configurations échantillon non
attribuées dans le logiciel de développement
(258)
7
Logiciel de développement
Modifiez les paramètres de
cible et de colorant fluorescent.
Pour chaque réactif de master mix, effectuez
les actions suivantes :
1. Sélectionnez une vignette (dans l'affichage
des plaques) ou ligne (dans l'affichage tableau).
2. Dans le tableau Paramètres de cible et de
colorant fluorescent, désactivez les colorants fluorescents qui ne sont pas présents
dans le réactif de master mix.
3. Vous pouvez éventuellement renommer les
cibles.
4. Enregistrez le projet.
8
Logiciel de développement
Vous pouvez éventuellement
saisir des remarques.
1. Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage tableau).
2. Sélectionnez le bouton Modifier les remarques ou le bouton Modifier les remarques sur la préparation des échantillons.
3. Dans la boîte de dialogue, saisissez les remarques.
4. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
5. Enregistrez le projet.
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
9
Logiciel de développement
Créez un rapport de configuration échantillon.
45
Description
1. Dans la zone Navigation, depuis la configuration échantillon non attribuée du menu
Configuration échantillon non attribuée,
sélectionnez
> Créer un rapport de
configuration des échantillons.
2. Accédez au dossier souhaité. Saisissez un
nom pour le rapport de configuration échantillon et sélectionnez le bouton Enregistrer.
u Création d'un rapport de configuration
échantillon non attribuée dans le logiciel de
développement (263)
10
Préparez les mélanges réactionnels.
1. Préparez les mélanges réactionnels.
2. Reportez-vous au rapport de configuration
échantillon pour identifier les plaques à nanopuits et attribuer les mélanges réactionnels
aux colonnes de la plaque à nanopuits.
Pour en savoir plus sur la préparation des mélanges réactionnels et le pipetage, reportez-vous
aux instructions d'utilisation des réactifs et
contrôles.
Instrument de partitionnement
Pipetez et partitionnez les
plaques à nanopuits.
1. Pipetez les mélanges réactionnels dans les
ports d'entrée de la première plaque à nanopuits.
2. Sélectionnez le bouton Load.
3. Placez la plaque à nanopuits dans le tiroir de
plaque à nanopuits.
4. Sélectionnez le bouton Start.
5. Une fois le tiroir de plaque à nanopuits ouvert,
vérifiez que les colonnes de la plaque à nanopuits contenant les mélanges réactionnels
sont partitionnées.
6. Retirez la plaque à nanopuits.
7. Placez la plaque à nanopuits sur une surface
plane et propre.
8. Pipetez et partitionnez les autres plaques à
nanopuits.
9. Empilez les plaques à nanopuits partitionnées.
u Partitionnement des plaques à nanopuits
(55)
12
Analyseur
Chargez l'analyseur.
1. Dans la zone d'information générale, sélectionnez le bouton
.
2. Placez la pile de plaques à nanopuits dans le
tiroir de pile de plaques à nanopuits.
3. Sélectionnez le bouton
.
u Chargement de l'analyseur (60)
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
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11
46
Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Étape
13
Analyseur
Vérifiez les plaques à nanopuits et la configuration
échantillon.
Description
1. Dans le panneau Plaques, vérifiez que l'état
de toutes les plaques à nanopuits est Valide.
2. Vérifiez les plaques à nanopuits affichées au
regard du rapport de configuration échantillon.
3. Sélectionnez le bouton Profil de run.
14
Analyseur
Vous pouvez éventuellement
dupliquer ou importer un profil de run.
Pour dupliquer un profil de run, procédez de
la manière suivante :
1. Dans le panneau Gérer les profils de run
sélectionnez un profil de run.
2. Sélectionnez le bouton Dupliquer.
3. Dans la boîte de dialogue Modifier le nom
du profil de run, saisissez un nom pour le
profil de run.
4. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
Pour importer un profil de run, procédez de
la manière suivante :
1. Dans le panneau Gérer les profils de run,
sélectionnez le bouton Importer.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
2. Dans l'explorateur de dossiers de la boîte de
dialogue Importer les profils de run, accédez au dossier.
3. Dans l'explorateur de fichiers, sélectionnez le
profil de run.
4. Sélectionnez le bouton Importer.
u Utilisation de profils de run sur le panneau
Gérer les profils de run dans le logiciel de
l'analyseur (141)
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
15
Analyseur
Modifiez le profil de run.
47
Description
1. Dans le panneau Gérer les profils de run
sélectionnez un profil de run déverrouillé.
2. Sélectionnez le bouton Ouvrir.
3. Vous pouvez éventuellement modifier les programmes dans le panneau Modifier le profil
de run.
4. Sélectionnez le bouton Formats de détection.
5. Dans la zone de liste déroulante Format de
détection, désactivez les canaux pour les colorants fluorescents qui ne sont présents dans
aucun des réactifs de master mix. Pour
chaque canal activé, sélectionnez le colorant
fluorescent dans la liste déroulante. Vous
pouvez également modifier le temps d'intégration. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
6. Sélectionnez le bouton Enregistrer.
u Modification de profils de run sur le panneau
Modifier le profil de run dans le logiciel de
l'analyseur (146)
Analyseur
Démarrez le run.
Pour démarrer le run dans le panneau Gérer
les profils de run, procédez de la manière
suivante :
1. Sélectionnez le profil de run
2. Sélectionnez le bouton Run.
Pour démarrer le run dans le panneau Modifier le profil de run :
1. Sélectionnez le bouton Run.
17
Analyseur
Vous pouvez éventuellement
modifier le nom du run et/ou
saisir des remarques sur le
run.
1. Au centre du panneau Contrôle, à côté du
nom du run, sélectionnez le bouton
.
2. Dans le champ Nom du run de la boîte de
dialogue, saisissez un nouveau nom de run.
3. Dans le champ Modifier les remarques saisissez les remarques sur le run.
4. Sélectionnez le bouton Confirmer.
u Saisie d'informations de run pour un run de
développement dans le logiciel de l'analyseur
(149)
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
16
48
Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Étape
18
Analyseur
Déchargez l'analyseur.
Description
1. Lorsque le run est terminé, dans la zone d'information générale, sélectionnez le bouton
.
2. Retirez la pile de plaques à nanopuits du tiroir
de pile de plaques à nanopuits.
3. Sélectionnez le bouton
.
4. Éliminez les plaques à nanopuits conformément à la réglementation locale.
u Déchargement de l'analyseur (62)
19
Analyseur
Le cas échéant, exportez le fichier de données brutes.
Si l'analyseur n'est pas configuré pour l'exportation automatique, exportez le fichier de
données brutes du run de développement :
1. Pour faire un export vers un dispositif de stockage externe, il est possible de connecter le
dispositif de stockage externe à l'analyseur.
2. Sélectionnez Routine > Run de développement > Résultats de développement.
3. Sélectionnez le run, puis sélectionnez le bouton Exporter.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
4. Accédez au dossier souhaité et sélectionnez le
bouton Exporter
5. Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif
de stockage externe.
u Gestion des fichiers de données brutes des
runs de développement dans le logiciel de
l'analyseur (155)
20
Logiciel de développement
Importez le fichier de données
brutes du run de développement.
1. Si le fichier de données brutes a été exporté
vers un dispositif de stockage externe,
connectez le dispositif de stockage externe à
l'ordinateur exécutant le logiciel de développement.
2. Dans la zone Navigation, sélectionnez Runs
>
> Importer.
3. Accédez au fichier de données brutes et sélectionnez le bouton Ouvrir.
4. Si une correspondance a été trouvée, sélectionnez le bouton Confirmer afin de confirmer l'attribution de la configuration échantillon non attribuée au run.
5. Enregistrez le projet.
6. Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif
de stockage externe.
u Utilisation de fichiers de données brutes et
de runs dans le logiciel de développement
(160)
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
21
Logiciel de développement
Le cas échéant, attribuez la
configuration échantillon non
attribuée au run.
49
Description
Si la configuration échantillon non attribuée
n'a pas été automatiquement attribuée au
run, attribuez-la manuellement :
1. Sélectionnez le run dans le menu Runs.
2. Sélectionnez
> Attribuer une configuration échantillon existante.
3. Sélectionnez la configuration échantillon non
attribuée, puis sélectionnez le bouton Confirmer.
4. Enregistrez le projet.
u Attribution de configurations échantillon non
attribuées à correspondance partielle à des
runs de développement dans le logiciel de
développement (165)
22
Logiciel de développement
Vous pouvez éventuellement
modifier les paramètres de colonne.
1. Dans l'onglet du run, sélectionnez le bouton
Paramètres de colonne.
2. Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage tableau).
4. Modifiez les paramètres de cible et de colorant fluorescent.
5. Ajoutez des remarques.
6. Enregistrez le projet.
u Ajout et modification des paramètres de colonne d'un run dans le logiciel de développement (169)
23
Logiciel de développement
Il est possible d'utiliser des
groupes d'échantillons.
1. Dans l'onglet du run, sélectionnez le bouton
Groupes d'échantillons.
2. Ajoutez et/ou modifiez les groupes d'échantillons.
3. Enregistrez le projet.
u Utilisation des groupes d'échantillons dans le
logiciel de développement (173)
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Roche Diagnostics
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
3. Modifiez les ID échantillons, le facteur de dilution, le réactif de master mix et/ou les informations supplémentaires pour le réactif de
master mix ou le réactif primaire.
50
Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
Étape
24
Logiciel de développement
Vérifiez et ajustez l'engroupement.
Description
1. Sélectionnez l'engroupement dans le menu
Engroupement.
2. Sélectionnez le bouton
.
3. Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
ajustez les paramètres d'engroupement.
4. Sélectionnez le bouton
.
5. Le cas échéant, ajustez les seuils. Sélectionnez le bouton Calculer.
6. Enregistrez le projet.
u Ajustement de l'engroupement dans le logiciel de développement (188)
25
Logiciel de développement
Exécutez les analyses.
Pour ajouter une analyse, procédez de la
manière suivante :
1. Dans la zone Navigation, sélectionnez Analyse >
. Sélectionnez le type d'analyse.
2. Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez les échantillons et sélectionnez le
bouton Mettre à jour l'analyse.
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
3. Vous pouvez éventuellement ajouter et/ou
modifier les groupes d'échantillons.
4. Dans les autres onglets de la zone de liste déroulante Paramètres saisissez les paramètres
requis pour le type d'analyse.
5. Sélectionnez le bouton
.
6. Enregistrez le projet.
Pour modifier une analyse, procédez de la
manière suivante :
1. Sélectionnez l'analyse dans le menu Analyse.
2. Sélectionnez le bouton
.
3. Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
modifiez les paramètres d'analyse.
4. Sélectionnez le bouton
.
5. Enregistrez le projet.
u Analyses dans le logiciel de développement
(206)
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
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Vue d'ensemble des tâches de routine
Étape
26
Logiciel de développement
Vous pouvez éventuellement
créer ou actualiser des fichiers
d'analyse.
51
Description
Pour créer des fichiers d'analyse :
1. Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichiers d'analyse >
d'analyse.
> Créer les fichiers
2. Dans la boîte de dialogue Créer les fichiers
d'analyse, saisissez un nom pour les fichiers
d'analyse et le type de plaque à nanopuits. Sélectionnez le bouton Confirmer.
3. Saisissez les informations requises dans les
panneaux de l'onglet des fichiers d'analyse.
4. Sélectionnez les fichiers d'analyse dans le menu Fichiers d'analyse.
5. Sélectionnez
jour.
> Version de la mise à
6. Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de version, sélectionnez le numéro de version et sélectionnez le bouton Mise à jour.
7. Enregistrez le projet.
Pour mettre à jour des fichiers d'analyse :
2. Modifiez les informations dans les panneaux
de l'onglet des fichiers d'analyse.
3. Sélectionnez les fichiers d'analyse dans le menu Fichiers d'analyse.
4. Sélectionnez
jour.
> Version de la mise à
5. Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de version, sélectionnez le numéro de version et sélectionnez le bouton Mise à jour.
6. Enregistrez le projet.
u Utilisation des fichiers d'analyse (282)
27
Logiciel de développement
Vous pouvez éventuellement
exporter les fichiers d'analyse.
1. Sélectionnez les fichiers d'analyse dans le menu Fichiers d'analyse.
2. Sélectionnez
> Exporter.
3. Accédez à un dossier accessible depuis l'analyseur et sélectionnez le bouton Enregistrer.
u Utilisation des fichiers d'analyse (282)
y Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
u Sujets connexes
• Exécution d'une procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée
(123)
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2 Vue d'ensemble des tâches de routine
1. Sélectionnez les fichiers d'analyse dans le menu Fichiers d'analyse.
52
Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
2 Vue d'ensemble des tâches de routine
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Table des matières
53
Tâches fréquemment réalisées
Dans ce chapitre
3
55
Chargement de l'analyseur.................................................
60
Déchargement de l'analyseur............................................
62
3 Tâches fréquemment réalisées
Partitionnement des plaques à nanopuits....................
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54
Table des matières
3 Tâches fréquemment réalisées
Cette page est intentionnellement laissée blanche.
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Tâches fréquemment réalisées
55
Partitionnement des plaques à nanopuits
Vous devez partitionner les plaques à nanopuits pipetées
dans l'instrument de partitionnement avant de pouvoir
les traiter dans l'analyseur.
i
La stabilité des mélanges réactionnels entre le
partitionnement d'une plaque à nanopuits et son
traitement sur l'analyseur a été testée pendant
90 minutes.
La conception du tiroir de l'instrument de
partitionnement et l'angle biseauté des plaques à
nanopuits assurent une orientation correcte de la plaque
à nanopuits dans le tiroir.
ATTENTION !
Tiroir mobile
Le tiroir de plaque à nanopuits de l'instrument de
partitionnement s'ouvre et se ferme en cours de
fonctionnement. Un tiroir en cours d'ouverture peut vous
heurter. À la fermeture, vous risquez de vous pincer les
doigts.
r Éloignez-vous du tiroir de plaque à nanopuits lors de
l'opération.
r Laissez un espace suffisant autour de l'instrument de
partitionnement afin que le tiroir de plaque à nanopuits puisse s'ouvrir et se fermer librement.
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3 Tâches fréquemment réalisées
r N'essayez pas de fermer manuellement le tiroir de
plaque à nanopuits en le poussant.
56
Partitionnement des plaques à nanopuits
ATTENTION !
Manipulation inappropriée des plaques à nanopuits
La présence de rayures, de traces de doigts, de
poussière ou d'autres artéfacts au niveau des colonnes
de la plaque à nanopuits compromet l'intégrité d'image
et entraîne un risque de résultats incorrects, invalides ou
retardés.
r Ne laissez pas les plaques à nanopuits ouvertes pendant une période prolongée.
r Ne touchez pas les colonnes de la plaque à nanopuits.
r Manipulez les plaques à nanopuits uniquement par
les longs côtés des cadres de plaque à nanopuits.
r Portez des gants de laboratoire lorsque vous manipulez les plaques à nanopuits. Changez régulièrement
de gants de laboratoire.
3 Tâches fréquemment réalisées
À propos des informations de
partitionnement
Juste après le partitionnement, l'instrument de partitionnement envoie les informations suivantes à l'analyseur
auquel il est attribué (si la connexion est établie) :
•
ID de plaque à nanopuits
•
Horodatage
•
Numéro de série de l'instrument de partitionnement
•
Informations au sujet du fluide de partitionnement
•
Colonnes de la plaque à nanopuits invalides
•
Alertes de partitionnement
Sans cette information, la validation de la plaque à
nanopuits échouera lors du chargement sur l'analyseur
et la plaque à nanopuits ne pourra pas être traitée.
Lors d'une procédure de travail de diagnostic,
l'information est également envoyée à l'application Web.
Lors d'une procédure de travail de développement,
l'analyseur inclut les informations dans le fichier de
données brutes du run.
À propos des colonnes de la plaque à
nanopuits invalides
L'instrument de partitionnement signale les colonnes de
la plaque à nanopuits invalides.
Si une colonne de plaques à nanopuits invalide contient
un échantillon, les résultats finaux seront invalides pour
toutes les cibles.
Si une colonne de plaques à nanopuits invalide contient
un contrôle, les résultats finaux seront invalides pour
toutes les cibles ou tous les échantillons associés.
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Tâches fréquemment réalisées
57
Si toutes les colonnes de plaque à nanopuits
partitionnées d'une plaque à nanopuits sont invalides,
alors l'intégralité de la plaque à nanopuits est invalide.
Ne chargez pas de plaques à nanopuits invalides sur
l'analyseur. Vous ne pouvez pas lancer de run sur
l'analyseur si des plaques à nanopuits invalides sont
chargées.
Pour un run de développement, prévoyez le pipetage de
nouvelles plaques à nanopuits afin de remplacer celles
qui sont invalides.
Pour un run de diagnostic, vous ne pouvez remplacer les
plaques à nanopuits invalides.
Jetez les plaques à nanopuits pipetées conformément à
la réglementation locale.
d
m Plaques à nanopuits pipetées
m Pour la procédure de travail de diagnostic :
Rapport de configuration échantillon issu de
l'application Web
m Pour la procédure de travail de développement :
Rapport de configuration échantillon issu du logiciel
de développement (si disponible) ou autre
programmation de run de développement
m Instrument de partitionnement démarré, initialisé et
amorcé
u Démarrage de l'instrument de partitionnement (65)
u Initialisation de l'instrument de partitionnement (363)
u Amorçage de l'instrument de partitionnement (66)
r Pour partitionner une plaque à nanopuits
1 Assurez-vous que l'indicateur de connexion dans la
zone d'information générale montre que l'instrument
de partitionnement est connecté à l'analyseur.
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3 Tâches fréquemment réalisées
j
58
Partitionnement des plaques à nanopuits
2 Dans le panneau Plate Setup, sélectionnez le bouton
Load.
f Le tiroir de plaque à nanopuits s'ouvre.
3 Positionnez la plaque à nanopuits pipetée dans le
tiroir de plaque à nanopuits, l'angle biseauté placé
dans le coin arrière droit.
4 Sélectionnez le bouton Start.
I N'essayez pas de fermer manuellement le tiroir de
plaque à nanopuits en le poussant.
f Le tiroir de plaque à nanopuits se ferme.
3 Tâches fréquemment réalisées
f L'ID et le type de plaque à nanopuits sont affichés
dans le panneau Plate Setup.
f La plaque à nanopuits est partitionnée.
f Les indicateurs de partitionnement affichent l'état
du partitionnement des colonnes de la plaque à
nanopuits.
5 Attendez la fin du partitionnement de la plaque à
nanopuits pour que le tiroir de plaque à nanopuits
s'ouvre.
6 Vérifiez l'état du partitionnement des colonnes de la
plaque à nanopuits en contrôlant la couleur des
indicateurs de partitionnement :
• Vérifiez que les indicateurs de partitionnement de
toutes les colonnes de la plaque à nanopuits
contenant des mélanges réactionnels sont verts
ou rouges.
• Si les indicateurs de partitionnement des colonnes
de la plaque à nanopuits contenant des mélanges
réactionnels restent gris, éliminez la plaque à
nanopuits conformément à la réglementation
locale.
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Tâches fréquemment réalisées
59
I Les indicateurs de partitionnement des colonnes
de la plaque à nanopuits ne contenant pas de
mélanges réactionnels resteront gris. Vous ne
devez pas tenir compte de ces colonnes de la
plaque à nanopuits.
7 Retirez la plaque à nanopuits du tiroir de plaque à
nanopuits.
8 Sélectionnez le bouton Close.
f Le tiroir de plaque à nanopuits se ferme.
3 Tâches fréquemment réalisées
9 Pour un run avec les plaques à nanopuits, effectuez
les actions suivantes :
• Placez la première plaque à nanopuits
partitionnée sur une surface plane et propre.
• Empilez les plaques à nanopuits partitionnées les
unes sur les autres.
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60
Chargement de l'analyseur
Chargement de l'analyseur
Vous devez charger les plaques à nanopuits
partitionnées sur l'analyseur.
i
La stabilité des mélanges réactionnels entre le
partitionnement d'une plaque à nanopuits et son
traitement sur l'analyseur a été testée pendant
90 minutes.
Pour les runs de diagnostic, ne chargez pas dans
l'analyseur les plaques à nanopuits qui ont été invalidées
dans l'application Web. Vous ne pouvez pas lancer de
run de diagnostic si des plaques à nanopuits invalidées
sont chargées.
ATTENTION !
Tiroir mobile
Le tiroir de pile de plaques à nanopuits de l'analyseur
s'ouvre et se ferme en cours de fonctionnement. Un
tiroir en cours d'ouverture peut vous heurter. À la
fermeture, vous risquez de vous pincer les doigts.
r Éloignez-vous du tiroir de pile de plaques à nanopuits
lors de l'opération.
3 Tâches fréquemment réalisées
r N'essayez pas de fermer manuellement le tiroir de
pile de plaques à nanopuits en le poussant.
r Laissez un espace suffisant autour de l'analyseur afin
que le tiroir de pile de plaques à nanopuits puisse
s'ouvrir et se fermer librement.
d
m Plaques à nanopuits partitionnées
j
m Analyseur à l'état Analyseur prêt
r Pour charger l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez le
bouton .
f Le tiroir de pile de plaques à nanopuits s'ouvre.
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Tâches fréquemment réalisées
61
2 ATTENTION ! Risque de résultats incorrects, invalides
ou retardés.
Ne chargez pas des plaques à nanopuits avec des
colonnes de plaque à nanopuits non partitionnées
contenant des mélanges réactionnels.
Évitez toute rayure, empreinte digitale, poussière ou
autre défaut sur les colonnes de la plaque à
nanopuits.
Placez la pile de plaques à nanopuits dans le tiroir de
pile de plaques à nanopuits avec les étiquettes codebarres tournées vers l'avant de l'analyseur.
I Pour les runs de diagnostic, ne chargez pas de
plaques à nanopuits invalides sur l'analyseur.
3 Pour fermer le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
sélectionnez le bouton .
I N'essayez pas de fermer manuellement le tiroir de
pile de plaques à nanopuits en le poussant.
4 Attendez la fin de la lecture automatique des
étiquettes code-barres des plaques à nanopuits.
3 Tâches fréquemment réalisées
f Les plaques à nanopuits sont affichées dans le
panneau Plaques.
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62
Déchargement de l'analyseur
Déchargement de l'analyseur
Déchargez l'analyseur lorsqu'un run est terminé.
Déchargez toujours l'analyseur avant de l'arrêter.
ATTENTION !
Tiroir mobile
Le tiroir de pile de plaques à nanopuits de l'analyseur
s'ouvre et se ferme en cours de fonctionnement. Un
tiroir en cours d'ouverture peut vous heurter. À la
fermeture, vous risquez de vous pincer les doigts.
r Éloignez-vous du tiroir de pile de plaques à nanopuits
lors de l'opération.
r N'essayez pas de fermer manuellement le tiroir de
pile de plaques à nanopuits en le poussant.
r Laissez un espace suffisant autour de l'analyseur afin
que le tiroir de pile de plaques à nanopuits puisse
s'ouvrir et se fermer librement.
j
m Run terminé (effectué ou abandonné)
m En attente du retrait de plaque affiché dans le
panneau Contrôle
3 Tâches fréquemment réalisées
m Analyseur à l'état Analyseur prêt
r Pour décharger l'analyseur
1 Lorsque le run est terminé, dans la zone d'information
générale du logiciel de l'analyseur, sélectionnez le
bouton .
f Le tiroir de pile de plaques à nanopuits s'ouvre.
2 Retirez la pile de plaques à nanopuits du tiroir de pile
de plaques à nanopuits.
3 Pour fermer le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
sélectionnez le bouton .
4 ATTENTION ! Risque de contamination du laboratoire.
Ne laissez pas les plaques à nanopuits à l'air libre
pendant une période prolongée.
Placez les plaques à nanopuits utilisées dans un sac
plastique refermable.
5 Éliminez le sac plastique contenant les plaques à
nanopuits utilisées conformément à la réglementation
locale.
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Table des matières
63
Avant une opération de routine
Dans ce chapitre
4
65
Amorçage de l'instrument de partitionnement...........
66
Connexion à l'application Web .........................................
68
Démarrage de l'analyseur ...................................................
69
Connexion au logiciel de l'analyseur ..............................
70
Changer le mot de passe ....................................................
71
Démarrage du logiciel de développement ...................
74
4 Avant une opération de routine
Démarrage de l'instrument de partitionnement .........
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64
Table des matières
4 Avant une opération de routine
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Avant une opération de routine
65
Démarrage de l'instrument de
partitionnement
Vous devez démarrer l'instrument de partitionnement
avant l'utilisation.
n
5 minutes
r Pour démarrer l'instrument de partitionnement
1 Activez l'interrupteur d'alimentation situé à l'arrière de
l'instrument de partitionnement.
2 Attendez que l'instrument de partitionnement soit
initialisé, amorcé et à l'état Ready.
4 Avant une opération de routine
3 Assurez-vous que l'indicateur de connexion dans la
zone d'information générale montre que l'instrument
de partitionnement est connecté à l'analyseur.
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66
Amorçage de l'instrument de partitionnement
Amorçage de l'instrument de
partitionnement
Vous pouvez amorcer l'instrument de partitionnement
lorsque cela est nécessaire ou à la demande.
L'amorçage correspond au rinçage du système de fluides
à l'intérieur de l'instrument de partitionnement à l'aide de
fluide de partitionnement permettant de s'assurer qu'il ne
contient pas de bulles d'air.
L'instrument de partitionnement lance automatiquement
l'amorçage dès le démarrage.
L'instrument de partitionnement doit être amorcé après
24 heures de non-activité ou après un arrêt.
Lorsque l'amorçage est requis, le bouton Prime est
disponible dans le panneau Plate Setup.
c
4 Avant une opération de routine
j
Au minimum lorsque l'amorçage est requis, c'est-à-dire
lorsque le bouton Prime est disponible
m Pour lancer un amorçage requis :
Utilisez le bouton Prime disponible dans le panneau
Plate Setup
m Pour lancer un amorçage à la demande :
Instrument de partitionnement à l'état Ready
r Pour amorcer l'instrument de partitionnement
1 Pour amorcer l'instrument de partitionnement lorsque
l'amorçage est requis, sélectionnez le bouton Prime
dans le panneau Plate Setup.
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Avant une opération de routine
67
2 Pour amorcer l'instrument de partitionnement à la
demande, dans la zone d'information générale,
sélectionnez
> Prime Instrument.
4 Avant une opération de routine
3 Attendez que l'amorçage soit terminé et l'instrument
de partitionnement à l'état Ready.
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68
Connexion à l'application Web
Connexion à l'application Web
Vous devez vous connecter à l'application Web avant de
l'utiliser.
Pour vous connecter à l'application Web, vous devez
avoir le rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic ou
d'approbateur de diagnostic.
Les comptes utilisateur sont gérés dans le logiciel de
l'analyseur. Vous vous connectez à l'application Web à
l'aide du même compte utilisateur que celui que vous
utilisez dans le logiciel de l'analyseur.
d
j
m Nom d'utilisateur et mot de passe
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic ou
d'approbateur de diagnostic
r Pour se connecter à l'application
Web
4 Avant une opération de routine
1 Dans le navigateur Firefox, boîte de dialogue
Connexion, saisissez vos nom d'utilisateur et mot de
passe.
I Utilisez le même compte utilisateur que celui du
logiciel de l'analyseur.
2 Sélectionnez le bouton Connexion.
f Le tableau de bord de l'application Web est
affiché.
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Avant une opération de routine
69
Démarrage de l'analyseur
Vous devez démarrer l'analyseur et vous connecter avant
l'utilisation.
Lors du démarrage, l'analyseur transfère toutes les
plaques à nanopuits chargées dans le tiroir à pile de
plaques à nanopuits et affiche le panneau Plaques. Dans
ce cas, vous devez décharger l'analyseur avant de
poursuivre l'utilisation.
u Déchargement de l'analyseur (62)
n
10 minutes
d
m Nom d'utilisateur et mot de passe
r Pour démarrer l'analyseur
1 Appuyez sur le bouton d'alimentation situé sur le côté
droit de l'analyseur.
2 Attendez que l'analyseur soit initialisé et à l'état
Analyseur prêt.
4 Dans la boîte de dialogue Connexion, saisissez vos
nom d'utilisateur et mot de passe.
5 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Le panneau Routine s'affiche.
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4 Avant une opération de routine
3 Dans la zone d'information générale, sélectionnez le
bouton Connexion.
70
Connexion au logiciel de l'analyseur
Connexion au logiciel de l'analyseur
Si vous vous êtes déconnecté du logiciel de l'analyseur
ou si vous avez été automatiquement déconnecté, vous
devez vous reconnecter avant de pouvoir utiliser
l'analyseur.
d
m Nom d'utilisateur et mot de passe
r Pour se connecter au logiciel de
l'analyseur
1 Dans la zone d'information générale du logiciel de
l'analyseur, sélectionnez le bouton Connexion.
2 Dans la boîte de dialogue Connexion, saisissez vos
nom d'utilisateur et mot de passe.
3 Sélectionnez le bouton Confirmer.
4 Avant une opération de routine
f Le panneau Routine s'affiche.
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Avant une opération de routine
71
Changer le mot de passe
Dans la boîte de dialogue Changer le mot de passe,
vous pouvez changer votre mot de passe.
Tous les utilisateurs, quel que soit leur rôle utilisateur,
peuvent modifier leurs mots de passe.
Le nouveau mot de passe s'applique au logiciel de
l'analyseur et à l'application Web.
ATTENTION !
Mots de passe faibles
Les mots de passe faibles peuvent favoriser l'accès non
autorisé au système, la manipulation ou la perte de
données ou l'accès non autorisé aux informations à
caractère personnel, ce qui peut entraîner des résultats
incorrects, invalides ou retardés.
r Utilisez des mots de passe forts.
r Ne partagez pas vos mots de passe.
r Ne notez pas vos mots de passe.
Vous pouvez modifier votre mot de passe à tout moment.
Le logiciel de l'analyseur ou l'application Web peut
également vous demander de modifier votre mot de
passe à la connexion (selon le premier composant
logiciel auquel vous vous êtes connecté).
Le nouveau mot de passe doit être conforme à la
stratégie de mot de passe globale configurée dans
Administration > Paramètres de mot de passe. Les
mots de passe sont sensibles à la casse.
c
•
Changement facultatif :
À tout moment
•
Changement obligatoire :
Sur demande, lors de la connexion au logiciel de
l'analyseur ou à l'application Web
r Pour modifier mon mot de passe
dans le logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez
Administration > Changer le mot de passe.
f La boîte de dialogue Changer le mot de passe
s'affiche.
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4 Avant une opération de routine
r Ne partagez pas vos comptes utilisateur.
72
Changer le mot de passe
2 Entrez votre mot de passe actuel. Entrez le nouveau
mot de passe à deux reprises.
I Les mots de passe sont sensibles à la casse.
3 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Le nouveau mot de passe s'applique au logiciel de
l'analyseur et à l'application Web.
r Pour modifier mon mot de passe lors
de la connexion au logiciel de l'analyseur
1 Dans la zone d'information générale du logiciel de
l'analyseur, sélectionnez le bouton Connexion.
2 Dans la boîte de dialogue Connexion, saisissez vos
nom d'utilisateur et mot de passe.
3 Sélectionnez le bouton Connexion.
4 Avant une opération de routine
f La boîte de dialogue Changer le mot de passe
s'affiche.
4 Entrez votre mot de passe actuel. Entrez votre
nouveau mot de passe à deux reprises.
I Les mots de passe sont sensibles à la casse.
5 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Le nouveau mot de passe s'applique au logiciel de
l'analyseur et à l'application Web.
r Pour modifier mon mot de passe lors
de la connexion à l'application Web
1 Dans votre navigateur Firefox, saisissez l'URL de
l'analyseur auquel vous souhaitez vous connecter.
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Avant une opération de routine
73
2 Dans la boîte de dialogue Connexion, saisissez vos
nom d'utilisateur et mot de passe.
I Utilisez le même compte utilisateur que celui du
logiciel de l'analyseur.
3 Sélectionnez le bouton Connexion.
f La boîte de dialogue Changer le mot de passe
s'affiche.
4 Entrez votre nouveau mot de passe à deux reprises.
I Les mots de passe sont sensibles à la casse.
5 Sélectionnez le bouton Confirmer.
4 Avant une opération de routine
f Le nouveau mot de passe s'applique au logiciel de
l'analyseur et à l'application Web.
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74
Démarrage du logiciel de développement
Démarrage du logiciel de développement
Vous devez démarrer le logiciel de développement avant
l'utilisation.
Sur la page d'accueil du logiciel de développement, les
5 derniers projets ou fichiers de données brutes avec
lesquels vous avez travaillé sont répertoriés dans la liste
Ouvrir un fichier récemment utilisé. Le dernier projet
ou fichier avec lequel vous avez travaillé est inscrit en
haut de la liste.
Lorsque vous ouvrez un fichier de données brutes depuis
la page d'accueil, un nouveau projet est
automatiquement créé pour ce fichier.
u Projets dans le logiciel de développement (136)
r Pour démarrer le logiciel de développement
1 Pour démarrer le logiciel de développement, doublecliquez sur l'icône du bureau.
I Vous pouvez également démarrer le logiciel de
développement depuis le menu Windows.
4 Avant une opération de routine
f La page d'accueil du logiciel de développement
s'affiche.
2 Depuis la page d'accueil, vous pouvez effectuer l'une
des opérations suivantes :
• Pour créer un projet, sélectionnez le bouton Créer
un nouveau projet.
• Pour ouvrir un fichier de données brutes,
sélectionnez le bouton Ouvrir le fichier. Accédez
au fichier ou projet et sélectionnez le bouton
Ouvrir.
• Pour ouvrir un projet ou fichier de données brutes
ouvert récemment, sélectionnez l'entrée dans la
liste Ouvrir un fichier récemment utilisé.
• Pour ouvrir un projet de démonstration,
sélectionnez-le dans la liste Projets de
démonstration.
I Lorsque vous ouvrez un fichier de données
brutes, un nouveau projet est automatiquement
créé pour ce fichier.
f La page de projet du logiciel de développement
s'affiche.
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Table des matières
75
Opérations de routine d'une
Dans ce chapitre
5
Exécution d'une procédure de travail de diagnostic
77
Demandes dans l'application Web..................................
86
Demandes dans l'application Web.......................
86
Modification des demandes non attribuées
dans l'application Web..............................................
89
Configurations échantillon dans l'application Web...
92
Création de configurations échantillon dans
l'application Web.........................................................
92
Modification de configurations échantillon
dans l'application Web..............................................
95
Création de rapports de configuration des
échantillons dans l'application Web ....................
97
Saisie d'informations de run pour un run de diagnostic dans l'application Web............................................
99
Résultats dans l'application Web .....................................
101
Affichage, ajout, modification et suppression
des remarques sur le résultat.................................
101
Émission manuelle de résultats dans
l'application Web.........................................................
104
Envoi manuel de résultats dans l'application
Web ..................................................................................
105
Création de rapports de résultats dans
l'application Web.........................................................
107
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
procédure de travail de diagnostic
76
Table des matières
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Cette page est intentionnellement laissée blanche.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
77
Exécution d'une procédure de travail de
diagnostic
Au sein de procédures de travail de diagnostic, vous travaillez avec les composants système suivants :
•
Application Web
•
Instrument de partitionnement
•
Analyseur
Pour les procédures de travail de diagnostic, vous devez
disposer du rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic,
sauf pour envoyer des résultats : le rôle utilisateur
d'approbateur de diagnostic sera requis.
i
Avant de pouvoir exécuter une procédure de
travail de diagnostic, un utilisateur ayant le rôle
administrateur doit importer et activer des fichiers
d'analyse adaptés dans le logiciel de l'analyseur
comprenant les tests et les types de plaques à
nanopuits que vous souhaitez utiliser pour votre
procédure de travail de diagnostic.
i
La procédure décrite ci-dessous offre un aperçu
des étapes à réaliser dans une procédure de
travail de diagnostic. Pour en savoir plus,
consultez les procédures individuelles
référencées dans les étapes.
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Exécutez une procédure de travail à des fins
diagnostiques.
78
Exécution d'une procédure de travail de diagnostic
ATTENTION !
Retard de traitement des plaques à nanopuits partitionnées
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Un retard de traitement des plaques à nanopuits
partitionnées sur l'analyseur peut entraîner une
dégradation du matériel biologique et/ou l'invalidation
des plaques à nanopuits, engendrant des résultats
incorrects, invalides ou retardés.
r Procédez uniquement au pipetage et au partitionnement des plaques à nanopuits si vous pouvez ensuite
lancer l'analyseur sans délai.
r Assurez-vous de démarrer le run directement après
avoir chargé l'analyseur.
r Notez qu'une limite de temps a pu être configurée
dans les fichiers d'analyse entre le partitionnement et
le traitement d'une plaque à nanopuits. Si cette limite
de temps est dépassée, la plaque à nanopuits est invalidée et ne peut plus être traitée.
d
j
m Plaques à nanopuits (types de plaques correspondant
aux fichiers d'analyse attribués dans les demandes)
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
m Pour envoyer les résultats manuellement :
Rôle utilisateur d'approbateur de diagnostic
m Fichiers d'analyse importés et activés dans le logiciel
de l'analyseur
r Pour exécuter une procédure de travail de diagnostic
1 Si les demandes ne sont pas exclusivement envoyées
par un SIL, dans l'application Web, créez et importez
une liste de demandes comme décrit dans Demandes
dans l'application Web (86) :
• Créez un fichier CSV pour les demandes.
• Dans la colonne Demandes du tableau de bord,
sélectionnez la vignette Afficher demandes.
• Dans l'écran Demandes en mode d'attribution,
sélectionnez le bouton Importer la liste de
demandes.
• Accédez à la liste des demandes et sélectionnez le
bouton Ouvrir.
• Dans la boîte de dialogue, sélectionnez le
bouton Confirmer.
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2 Dans l'application Web, vous pouvez également créer
des demandes manuellement tel que décrit dans
Demandes dans l'application Web (86) :
• Dans la colonne Demandes du tableau de bord,
sélectionnez la vignette Créer une configuration
échantillon.
• Dans l'écran Demandes en mode d'attribution,
sélectionnez le bouton Ajouter/modifier
demande.
• Dans la carte Ajouter un ID échantillon de
l'écran Modifier les demandes, sélectionnez le
champ ID échantillon. Scannez ou saisissez l'ID
échantillon et sélectionnez le bouton Ajouter.
• Dans la carte ID échantillon, sélectionnez l'ID
échantillon.
• Dans la carte Fichiers d'analyse et test, affectez
des fichiers d'analyse complets ou développez les
fichiers d'analyse et affectez uniquement les tests
sélectionnés.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
I L'application Web peut gérer simultanément les
demandes émanant de toutes ces sources.
3 Dans l'application Web, créez une configuration
échantillon tel que décrit dans Création de
configurations échantillon dans l'application Web
(92) :
• Dans la colonne Demandes du tableau de bord,
sélectionnez la vignette Créer une configuration
échantillon.
• Dans l'écran Demandes en mode d'attribution,
sélectionnez la première ligne de demandes pour
la configuration échantillon.
• Sélectionnez les autres lignes de demandes pour
la configuration échantillon.
• Sélectionnez le bouton Attribuer à la
configuration échantillon.
f Sur l'écran Configuration échantillon, la
configuration échantillon non confirmée apparaît
dans l'affichage des plaques.
f Le bas des colonnes est assorti d'un code couleur
correspondant au type de plaque à nanopuits.
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79
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
80
Exécution d'une procédure de travail de diagnostic
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
4 Sur l'écran Configuration échantillon attribuez un
ID de plaque à nanopuits pour chaque plaque à
nanopuits :
• Pour afficher la zone de liste déroulante Plaque :,
double-cliquez sur l'en-tête de la colonne.
• Dans le champ ID de plaque, scannez ou
saisissez l'ID de plaque à nanopuits.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Les 5 derniers chiffres des ID de plaques à
nanopuits sont affichés au bas des colonnes.
5 Le cas échéant, effectuez les actions suivantes pour
chaque colonne de la plaque à nanopuits dans l'écran
Configuration échantillon :
• Pour afficher la zone de liste déroulante
Paramètres échantillon :, double-cliquez sur la
vignette.
• Dans le champ Remarques, vous pouvez saisir
des remarques sur l'échantillon.
• Le cas échéant, dans le champ N° de kit, scannez
ou saisissez l'ID du kit de DIV.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
I Pour les procédures de travail de DIV, assurezvous que les kits de DIV correspondent aux tests
dans les demandes.
Pour les procédures de travail de LDT, le champ N
° de kit est un champ de texte libre servant
notamment à assurer le suivi des réactifs de
master mix.
6 Dans l'écran Configuration échantillon, vous
pouvez modifier le nom de la série et/ou saisir des
remarques sur le run tel que décrit dans Saisie
d'informations de run pour un run de diagnostic dans
l'application Web (99) :
• Dans la partie supérieure centrale de l'écran,
sélectionnez le bouton .
• Dans la boîte de dialogue Informations de run,
modifiez le nom de la série et/ou saisissez des
remarques sur le run.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
81
7 Dans l'écran Configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Confirmer.
I Assurez-vous de confirmer la configuration
échantillon. Sinon, la configuration échantillon
sera perdue lorsque vous quitterez l'écran
Configuration échantillon.
f Dans la colonne Configurations échantillon du
tableau de bord, la vignette de série de la
configuration échantillon est affichée à l'état
Partitionnement en attente.
8 Dans l'application Web, créez un rapport de
configuration échantillon tel que décrit dans Création
de rapports de configuration des échantillons dans
l'application Web (97) :
• Dans la colonne Configurations échantillon du
tableau de bord, sélectionnez la vignette de la
série.
• Dans l'écran Configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Générer un rapport.
• Ouvrez ou enregistrez le rapport de configuration
échantillon.
• Dans l'écran Configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Confirmer.
I Utilisez le rapport de configuration échantillon en
tant que guide pour le pipetage et pour la
vérification de la configuration échantillon dans le
logiciel de l'analyseur.
9 Préparez les mélanges réactionnels.
I Pour en savoir plus sur la préparation des
mélanges réactionnels et le pipetage, reportezvous aux instructions d'utilisation des réactifs et
contrôles.
10 Reportez-vous au rapport de configuration
échantillon pour identifier les plaques à nanopuits et
attribuer les mélanges réactionnels aux colonnes de
la plaque à nanopuits.
I Assurez-vous d'utiliser les plaques à nanopuits
adaptées.
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
f La configuration échantillon est confirmée.
82
Exécution d'une procédure de travail de diagnostic
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
11 ATTENTION ! Risque de résultats incorrects.
Veillez à éviter les erreurs de pipetage. Si une erreur
de pipetage est survenue, invalidez la colonne de
plaques à nanopuits affectée dans l'application Web.
Pipetez et partitionnez les plaques à nanopuits dans
l'instrument de partitionnement tel que décrit dans
Partitionnement des plaques à nanopuits (55) :
• Pipetez les mélanges réactionnels dans les ports
d'entrée de la première plaque à nanopuits.
• Sélectionnez le bouton Load.
• Placez la plaque à nanopuits dans le tiroir de
plaque à nanopuits.
• Sélectionnez le bouton Start.
• Une fois le tiroir de plaque à nanopuits ouvert,
vérifiez que les colonnes de la plaque à nanopuits
contenant les mélanges réactionnels sont
partitionnées.
• Retirez la plaque à nanopuits.
• Placez la plaque à nanopuits sur une surface
plane et propre.
• Pipetez et partitionnez les autres plaques à
nanopuits.
• Empilez les plaques à nanopuits partitionnées.
I La stabilité des mélanges réactionnels entre le
partitionnement d'une plaque à nanopuits et son
traitement sur l'analyseur a été testée pendant
90 minutes.
f Dans l'application Web, la colonne
Configurations échantillon du tableau de bord
affiche la vignette de série de la configuration
échantillon à l'état Prêt à démarrer le run.
12 ATTENTION ! Risque de résultats incorrects, invalides
ou retardés.
Ne chargez pas des plaques à nanopuits avec des
colonnes de plaque à nanopuits non partitionnées
contenant des mélanges réactionnels.
Évitez toute rayure, empreinte digitale, poussière ou
autre défaut sur les colonnes de la plaque à
nanopuits.
Chargez l'analyseur tel que décrit dans Chargement
de l'analyseur (60) :
• Dans la zone d'information générale, sélectionnez
le bouton .
• Placez la pile de plaques à nanopuits dans le tiroir.
• Sélectionnez le bouton .
I Ne chargez pas de plaques à nanopuits invalides
sur l'analyseur.
f Dans le logiciel de l'analyseur, le panneau
Configuration échantillon s'affiche.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
83
13 Vérifiez la configuration échantillon affichée en
comparaison avec le rapport de configuration
échantillon de l'application Web.
14 Pour lancer le run, sélectionnez le bouton Démarrer
le run.
f Dans l'application Web, la colonne Run en cours
du tableau de bord affiche la vignette de la série à
l'état Traitement.
f La durée estimée du run s'affiche dans le logiciel
de l'analyseur et l'application Web.
15 Dans l'application Web, vous pouvez saisir des
remarques sur le run tel que décrit dans Saisie
d'informations de run pour un run de diagnostic dans
l'application Web (99) :
• Dans la colonne Run en cours du tableau de
bord, sélectionnez le bouton
sur la vignette de
la série.
• Saisissez les remarques sur le run.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
16 ATTENTION ! Risque de contamination du laboratoire.
Placez les plaques à nanopuits utilisées dans un sac
plastique refermable.
Une fois le run terminé, déchargez l'analyseur tel que
décrit dans Déchargement de l'analyseur (62) :
• Dans la zone d'information générale, sélectionnez
le bouton .
• Retirez la pile de plaques à nanopuits du tiroir.
• Sélectionnez le bouton .
I Éliminez les plaques à nanopuits conformément à
la réglementation locale.
f Dans l'application Web, si les résultats doivent être
émis et/ou envoyés manuellement, la vignette de
la série s'affiche dans la colonne Résultats du
tableau de bord.
f Dans l'application Web, si les résultats sont émis
et envoyés automatiquement, la série s'affiche
automatiquement dans l'écran Séries terminées.
Dans le tableau de bord, aucune vignette de série
distincte n'est affichée.
Roche Diagnostics
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
f Dans le logiciel de l'analyseur, le panneau
Contrôle s'affiche.
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
84
Exécution d'une procédure de travail de diagnostic
17 Le cas échéant, émettez les résultats dans
l'application Web tel que décrit dans Émission
manuelle de résultats dans l'application Web (104) :
• Dans la colonne Résultats du tableau de bord,
sélectionnez la vignette de la série.
• Dans l'écran Résultats :, accédez aux résultats.
• Vérifiez les résultats et les informations du run
correspondant.
• Sélectionnez les résultats dans la liste et
sélectionnez le bouton Émission.
• Dans la boîte de dialogue Confirmation, saisissez
votre mot de passe et sélectionnez le bouton
Émission.
f Les résultats sont émis.
18 Le cas échéant, un utilisateur disposant du rôle
d'approbateur de diagnostic doit envoyer les résultats
dans l'application Web tel que décrit dans Envoi
manuel de résultats dans l'application Web (105) :
• Dans la colonne Résultats du tableau de bord,
sélectionnez la vignette de la série.
• Dans l'écran Résultats :, sélectionnez les résultats
émis, puis sélectionnez le bouton Envoyer.
• Dans la boîte de dialogue Confirmation, saisissez
votre mot de passe et sélectionnez le bouton
Envoyer.
f Les résultats sont envoyés.
f Si tous les résultats sont émis et envoyés, la série
s'affiche automatiquement dans l'écran Séries
terminées. Dans le tableau de bord, aucune
vignette de série distincte n'est affichée.
19 Dans l'application Web, vous pouvez créer un rapport
de résultats tel que décrit dans Création de rapports
de résultats dans l'application Web (107) :
• Dans la colonne Résultats du tableau de bord,
sélectionnez la vignette Séries terminées.
• Sélectionnez la série dans la liste et sélectionnez
le bouton Afficher.
• Dans l'écran Résultats :, sélectionnez le
bouton Rapport.
I Vous pouvez également créer un rapport de
résultats avant d'émettre et/ou d'envoyer les
résultats.
u Sujets connexes
• Procédure de travail de diagnostic (référence rapide)
(28)
• Partitionnement des plaques à nanopuits (55)
• Chargement de l'analyseur (60)
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
85
• Déchargement de l'analyseur (62)
• Demandes dans l'application Web (86)
• Configurations échantillon dans l'application Web
(92)
• Saisie d'informations de run pour un run de diagnostic dans l'application Web (99)
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
• Résultats dans l'application Web (101)
Roche Diagnostics
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86
Demandes dans l'application Web
Demandes dans l'application Web
Pour les procédures de travail de diagnostic, les
demandes indiquent au système le type de tests à
exécuter en fonction des échantillons.
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Dans cette partie
Demandes dans l'application Web (86)
Modification des demandes non attribuées dans
l'application Web (89)
Demandes dans l'application Web
Si les demandes ne sont pas exclusivement émises par
un SIL, vous devez importer une liste de demandes et/ou
créer des demandes manuellement dans l'application
Web.
À propos des listes de demandes
Pour importer une liste de demandes, le fichier doit être
conforme aux spécifications suivantes :
•
fichier CSV
•
Séparateur : virgule
•
Ligne d'en-tête avec contenu suivant :
– "ID échantillon"
– "NomDosage" (le nom du test)
– "NomFichiersD'Analyse"
– "VersionFichiersD'Analyse"
•
1 ligne distincte par demande (c'est-à-dire par association d'ID échantillon et de test, quels que soient les
fichiers d'analyse)
•
L'ID échantillon peut se composer de 1 à 25 caractères
•
Le nom du test peut se composer de 1 à 30 caractères
L'importation d'une liste de demandes échouera dans les
cas suivants :
•
Si toute ligne de la liste de demandes est incomplète
ou contient des erreurs, par ex. des fautes de frappe
dans les noms des tests ou fichiers d'analyse.
•
En cas de problème associé aux fichiers d'analyse référencés :
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
87
– Certains fichiers d'analyse référencés n'existent
pas dans le système ou sont à l'état Désactivé.
– La version des fichiers d'analyse référencés ne
correspond pas à la version des fichiers d'analyse
du système.
•
Si la liste de demandes contient des demandes dupliquées.
•
S'il y a déjà une demande non attribuée dans l'application Web correspondant à une demande de la liste
de demandes.
Si l'importation échoue pour une demande de la liste de
demandes, aucune demande n'est importée depuis la
liste de demandes.
d
m Fichiers d'analyse adaptés à l'état Activé (ou à l'état
En validation)
m Pour importer une liste de demandes :
Fichier CSV avec le contenu requis
j
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
r Pour importer une liste de demandes
dans l'application Web
1 Créez un fichier CSV pour les demandes. Enregistrez
le fichier dans un dossier accessible depuis
l'application Web.
2 Dans l'application Web, dans la colonne Demandes
du tableau de bord, sélectionnez la vignette Afficher
toutes les demandes.
f L'écran Demandes s'affiche avec le mode
d'attribution désactivé.
3 Sélectionnez le bouton Importer la liste de
demandes.
4 Accédez à la liste des demandes et sélectionnez le
bouton Ouvrir.
5 Dans la boîte de dialogue, sélectionnez le
bouton Confirmer.
I Si l'importation échoue pour une demande de la
liste de demandes, l'importation échoue pour
toutes les demandes. Aucune demande n'est
importée.
f Une demande est créée pour chaque association
distincte d'ID échantillon et de test.
Roche Diagnostics
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
– Un test demandé n'est pas inclus dans les fichiers
d'analyse référencés.
88
Demandes dans l'application Web
f Les demandes s'affichent en tant qu'entrées
résumées dans l'écran Demandes.
f Dans le tableau de bord, la vignette Créer une
configuration échantillon indique le nombre de
demandes attribuées.
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
r Pour créer manuellement des demandes dans l'application Web
1 Dans l'application Web, dans la colonne Demandes
du tableau de bord, sélectionnez la vignette Créer
une configuration échantillon.
f L'écran Demandes est affiché en mode
d'attribution.
2 Sélectionnez le bouton Ajouter/modifier demande.
f L'écran Modifier les demandes s'affiche.
3 Pour ajouter les ID échantillon, procédez de la
manière suivante :
• Dans la carte Ajouter un ID échantillon,
sélectionnez le champ ID échantillon.
• Scannez ou saisissez l'ID échantillon.
• Sélectionnez le bouton Ajouter.
I L'ID échantillon peut se composer de 1 à
25 caractères.
N'appuyez pas sur Entrée après avoir saisi l'ID
échantillon. La touche Entrée ne fonctionne pas.
f L'ID échantillon est ajouté à la carte ID
échantillon.
f S'il existe déjà des demandes non attribuées pour
le même ID échantillon, tous les tests et fichiers
d'analyse déjà attribués sont affichés sur la carte
ID échantillon. Les tests des demandes SIL sont
affichés dans une police bleue.
4 Pour attribuer les tests aux ID échantillon, procédez
de la manière suivante :
• Dans la carte ID échantillon, sélectionnez l'ID
échantillon.
• Dans la carte Fichiers d'analyse et test,
attribuez les fichiers d'analyse terminés, c'est-àdire tous les tests des fichiers d'analyse. Vous
pouvez également développer les fichiers
d'analyse et attribuer uniquement les tests
sélectionnés (si possible).
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
89
I Vous pouvez attribuer les mêmes tests à de
multiples ID échantillon de manière simultanée.
Par ailleurs, vous pouvez également attribuer les
tests de manière individuelle à chaque ID
échantillon.
5 Sélectionnez le bouton Enregistrer.
f Les demandes s'affichent en tant qu'entrées
résumées dans l'écran Demandes.
f Dans le tableau de bord, la vignette Créer une
configuration échantillon indique le nombre de
demandes attribuées.
Modification des demandes non attribuées dans
l'application Web
Dans l'application Web, vous pouvez modifier les
demandes non attribuées, à l'exception des demandes
SIL, c'est-à-dire les demandes qui ne sont pas encore
attribuées à une configuration échantillon.
Vous modifiez les demandes en attribuant et/ou
désattribuant des tests depuis les ID échantillons.
Dans la mesure où une demande correspond à l'association d'un ID échantillon et d'un test unique, la modification des demandes a les effets suivants :
•
Si vous attribuez un test supplémentaire à un ID
échantillon, vous créez une demande supplémentaire
pour le même ID échantillon.
•
Si vous désattribuez un test d'un ID échantillon, vous
supprimez la demande.
Les règles suivantes s'appliquent aux demandes SIL :
•
Vous ne pouvez pas supprimer de demandes SIL
dans l'application Web. Pour supprimer des demandes SIL, contactez votre administrateur de SIL.
•
Vous pouvez attribuer des tests supplémentaires aux
ID échantillons qui ont été reçus avec une demande
SIL (car l'attribution de tests supplémentaires crée de
nouvelles demandes et les demandes SIL restent inchangées).
Pour modifier des demandes déjà attribuées, vous devez
supprimer la configuration échantillon dans l'application
Web afin que les demandes ne soient pas à nouveau
attribuées.
Roche Diagnostics
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
f Une demande est créée pour chaque association
distincte d'ID échantillon et de test.
90
Demandes dans l'application Web
u Suppression des configurations échantillon dans
l'application Web (301)
j
m Demandes non attribuées pouvant être modifiées
dans l'application Web
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
r Pour modifier des demandes non attribuées
1 Dans l'application Web, dans la colonne Demandes
du tableau de bord, sélectionnez la vignette Créer
une configuration échantillon.
f L'écran Demandes est affiché en mode
d'attribution.
f Le tableau répertorie toutes les demandes non
attribuées.
2 Dans le tableau, sélectionnez la ligne de demandes
que vous souhaitez modifier.
I Une ligne peut résumer plusieurs demandes.
3 Sélectionnez le bouton Ajouter/modifier demande.
f L'écran Modifier les demandes s'affiche.
f Les ID échantillons et leurs tests attribués sont
affichés dans la carte ID échantillon.
Les tests des demandes SIL sont affichés dans
une police bleue.
4 Pour créer des demandes supplémentaires pour un
ID échantillon, attribuez des tests supplémentaires à
l'ID échantillon :
• Dans la carte ID échantillon, cochez la case de
l'ID échantillon et décochez les cases de tous les
autres ID échantillons.
• Dans la carte Fichiers d'analyse et test,
attribuez les fichiers d'analyse terminés, c'est-àdire tous les tests des fichiers d'analyse. Vous
pouvez également développer les fichiers
d'analyse et attribuer uniquement les tests
sélectionnés (si possible).
I Vous pouvez créer des demandes pour les ID
échantillons qui ont été reçus dans le cadre d'une
demande SIL.
5 Pour supprimer des demandes pour un ID
échantillon, désattribuez des tests depuis cet ID
échantillon :
• Dans la carte ID échantillon, cochez la case de
l'ID échantillon et décochez les cases de tous les
autres ID échantillons.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
•
91
Dans la carte Fichiers d'analyse et test,
désattribuez les fichiers d'analyse terminés, c'està-dire tous les tests des fichiers d'analyse. Vous
pouvez également développer les fichiers
d'analyse et désattribuer uniquement les tests
sélectionnés (si possible).
I Vous ne pouvez pas supprimer de demandes de
SIL.
f Les demandes sont ajoutées aux et/ou
supprimées des lignes sur l'écran Demandes.
f Si toutes les demandes pour un ID échantillon ont
été supprimées, il n'y a plus aucune ligne pour cet
ID échantillon dans l'écran Demandes.
f Dans le tableau de bord, la vignette Créer une
configuration échantillon indique le nombre de
demandes attribuées.
u Sujets connexes
• Configurations échantillon dans l'application Web
(92)
• Résultats dans l'application Web (101)
Roche Diagnostics
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
6 Sélectionnez le bouton Enregistrer.
92
Configurations échantillon dans l'application Web
Configurations échantillon dans
l'application Web
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Une configuration échantillon dans l'application Web
comprend les demandes qui sont traitées conjointement
dans un run de diagnostic sur l'analyseur.
Dans cette partie
Création de configurations échantillon dans l'application
Web (92)
Modification de configurations échantillon dans
l'application Web (95)
Création de rapports de configuration des échantillons
dans l'application Web (97)
Création de configurations échantillon dans l'application
Web
Pour déterminer la nature des demandes traitées dans
un run de diagnostic sur l'analyseur, vous devez créer
une configuration échantillon dans l'application Web.
Vous créez une configuration échantillon en attribuant
des demandes et plaques à nanopuits à la configuration
échantillon. L'application Web inclut automatiquement
les contrôles requis dans la configuration échantillon.
Les demandes qui sont attribuées à une configuration
échantillon confirmée comprennent 1 série, sont à l'état
Attribué et sont traitées lors d'un run de diagnostic sur
l'analyseur.
Lorsqu'une configuration échantillon est confirmée, une
vignette de série correspondante est créée
automatiquement dans la colonne Configurations
échantillon sur le tableau de bord. Si une configuration
échantillon est supprimée, la vignette de série
correspondante l'est aussi.
Par défaut, une configuration échantillon et sa vignette
de série sont nommées
"Batch_AAMMJJhhmmss"
avec la date et l'heure de création de la configuration
échantillon.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
93
Le nom de la configuration échantillon sera ensuite
utilisé comme nom du run sur l'analyseur.
Vous pouvez uniquement démarrer un run de diagnostic
sur l'analyseur s'il existe une configuration échantillon
pour les plaques à nanopuits chargées.
d
j
m Demandes dans l'application Web (reçues depuis un
SIL, importées en tant que liste de demandes et/ou
ajoutées manuellement)
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
r Pour créer une configuration échantillon dans l'application Web
1 Dans l'application Web, dans la colonne Demandes
du tableau de bord, sélectionnez la vignette Créer
une configuration échantillon.
f L'écran Demandes est affiché en mode
d'attribution.
f Le tableau répertorie toutes les demandes non
attribuées.
2 Dans le tableau, sélectionnez une ligne de demandes
que vous souhaitez attribuer à la configuration
échantillon.
f Le tableau est automatiquement filtré pour
afficher les demandes pouvant être traitées dans
le même run de diagnostic.
3 Sélectionnez les autres lignes de demandes que vous
souhaitez attribuer à la configuration échantillon.
I Vous pouvez uniquement sélectionner le nombre
de demandes pouvant être traitées sur 12 plaques
à nanopuits. L'application Web compte
automatiquement les contrôles requis.
4 Pour obtenir une vue d'ensemble des demandes
sélectionnées, procédez de la manière suivante :
• Pour afficher la boîte de dialogue Plaques
sélectionnées, sélectionnez le bouton Aperçu
de la sélection situé en bas à droite du tableau.
• Pour retourner vers l'écran Demandes,
sélectionnez le bouton Précédent.
5 Sélectionnez le bouton Attribuer à la configuration
échantillon.
Roche Diagnostics
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Vous pouvez associer différents fichiers d'analyse et
différents types de plaques à nanopuits dans une
configuration échantillon si les fichiers d'analyse utilisent
le même profil de run.
94
Configurations échantillon dans l'application Web
f La configuration échantillon non confirmée est
créée et affichée dans l'affichage des plaques de
l'écran Configuration échantillon.
f L'application Web inclut automatiquement les
contrôles requis dans la configuration échantillon.
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
6 ATTENTION ! Risque d'intégrité d'image compromise.
Évitez toute rayure, empreinte digitale, poussière ou
autre défaut sur les colonnes de la plaque à
nanopuits.
Pour chaque plaque à nanopuits de la configuration
échantillon, effectuez les actions suivantes :
• Pour afficher la zone de liste déroulante Plaque :,
double-cliquez sur l'en-tête de la colonne.
• Dans le champ ID de plaque, scannez ou
saisissez l'ID de plaque à nanopuits.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
I Vous ne pouvez pas saisir un ID de plaque à
nanopuits si une plaque est périmée, n'a pas le
type adapté, fait déjà partie d'une configuration
échantillon et/ou est déjà partitionnée.
7 Pour chaque colonne de la plaque à nanopuits, vous
pouvez éventuellement procéder aux configurations
suivantes :
• Pour afficher la zone de liste déroulante
Paramètres échantillon :, double-cliquez sur la
vignette.
• Dans le champ Remarques saisissez les
remarques sur l'échantillon.
• Le cas échéant, dans le champ N° de kit, scannez
ou saisissez l'ID du kit.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
I Pour les procédures de travail de DIV, la saisie
des ID de kits est obligatoire. Pour les procédures
de travail de LDT, le champ N° de kit est un
champ de texte libre notamment dédié à l'ID de
votre réactif de master mix.
Vous pouvez sélectionner plusieurs vignettes et
saisir les mêmes paramètres d'échantillon pour
toutes.
8 Vous pouvez éventuellement modifier le nom de la
série et/ou saisir des remarques sur le run en
procédant de la manière suivante :
• Dans la partie supérieure centrale de l'écran
Configuration échantillon, sélectionnez le
bouton .
• Dans la boîte de dialogue Informations de run,
modifiez le nom de la série et/ou saisissez des
remarques sur le run.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
•
95
Sélectionnez le bouton Confirmer.
I Le nom de la série peut être composé de 1 à
25 caractères.
Le nom de la série ne doit pas contenir les
caractères suivants :
?*<>/\:"|'
I Vous ne pouvez pas générer un rapport de
configuration échantillon avant que la
configuration échantillon ne soit confirmée.
f La configuration échantillon est confirmée.
f Le tableau de bord s'affiche.
f Une vignette de série à l'état Partitionnement en
attente est créée et affichée dans la colonne
Configurations échantillon.
f Les demandes attribuées sont à l'état Attribué.
Modification de configurations échantillon dans
l'application Web
Vous pouvez modifier des configurations échantillon
dans l'application Web.
Les options de modification dépendent de l'état de la
configuration échantillon.
d
m Configuration échantillon dans l'application Web
j
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
r Pour modifier une configuration
échantillon dans l'application Web
1 Dans l'application Web, dans la colonne
Configurations échantillon du tableau de bord,
sélectionnez la vignette de série.
f L'écran Configuration échantillon s'affiche.
Roche Diagnostics
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
9 Dans l'écran Configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Confirmer.
96
Configurations échantillon dans l'application Web
2 Pour modifier les paramètres des plaques pour une
plaque à nanopuits, procédez de la manière suivante :
• Pour afficher la zone de liste déroulante Plaque :,
double-cliquez sur l'en-tête de la colonne.
• Modifiez les paramètres de la plaque.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
I Vous ne pouvez pas modifier l'ID de plaque à
nanopuits si la plaque est déjà partitionnée.
3 Pour modifier les paramètres des échantillons pour
une colonne de la plaque à nanopuits, procédez de la
manière suivante :
• Pour afficher la zone de liste déroulante
Paramètres échantillon :, double-cliquez sur la
vignette.
• Modifiez les paramètres de l'échantillon.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
I Vous pouvez sélectionner plusieurs vignettes et
saisir les mêmes paramètres d'échantillon pour
toutes.
4 Pour modifier le nom de la série et/ou saisir des
remarques sur le run, procédez de la manière
suivante :
• Dans la partie supérieure centrale de l'écran
Configuration échantillon, sélectionnez le
bouton .
• Dans la boîte de dialogue Informations de run,
modifiez le nom de la série et/ou saisissez des
remarques sur le run.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
97
I Le nom de la série peut être composé de 1 à
25 caractères.
Le nom de la série ne doit pas contenir les
caractères suivants :
?*<>/\:"|'
Vous ne pouvez pas saisir de remarques sur le
run ultérieurement, pendant le run sur l'analyseur.
f Les modifications apportées à la configuration
échantillon sont confirmées.
f Le tableau de bord s'affiche.
Création de rapports de configuration des échantillons
dans l'application Web
Créez un rapport de configuration échantillon dans
l'application Web en tant que guide pour le pipetage et
pour la vérification de la configuration échantillon dans
le logiciel de l'analyseur.
Un rapport de configuration échantillon est un PDF comportant les informations suivantes :
•
Remarques sur le run
•
Plaques à nanopuits
•
Les échantillons qui sont invalides et/ou ne comportent pas de remarques sur l'échantillon
•
Affichage des plaques de la configuration échantillon
sur l'écran Configuration échantillon (avec la dilution)
Par défaut, les rapports de configuration des échantillons
sont nommés
Rapport de configuration échantillon de diagnostic BatchName.pdf
d
m Configuration échantillon dans l'application Web
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
j
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
Roche Diagnostics
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
5 Dans l'écran Configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Confirmer.
98
Configurations échantillon dans l'application Web
r Pour créer un rapport de configuration échantillon
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
1 Éventuellement, pour enregistrer le rapport de
configuration échantillon sur un dispositif de
stockage externe, connectez le dispositif de stockage
externe à l'ordinateur exécutant l'application Web.
2 Dans l'application Web, colonne Configurations
échantillon du tableau de bord, sélectionnez une
vignette de série.
f L'écran Configuration échantillon s'affiche.
3 Sélectionnez le bouton Générer un rapport.
f Une boîte de dialogue s'affiche.
4 Ouvrez ou enregistrez le rapport. Sélectionnez le
bouton OK.
I Les options et détails disponibles dépendent de
votre navigateur et la configuration de votre
ordinateur.
5 Dans l'écran Configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Confirmer.
6 Imprimez le rapport de configuration échantillon en
tant que guide pour le pipetage et pour la vérification
de la configuration échantillon dans le logiciel de
l'analyseur.
7 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
u Sujets connexes
• Demandes dans l'application Web (86)
• Résultats dans l'application Web (101)
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
99
Saisie d'informations de run pour un run de
diagnostic dans l'application Web
Les informations de run comprennent les données suivantes :
•
Nom du run :
Le nom de la configuration échantillon qui est utilisé
en tant que nom de run sur l'analyseur.
Le nom du run est composé de 1 à 25 caractères.
Le nom du run ne doit pas contenir les caractères
suivants :
?*<>/\:"|'
•
Remarques sur le run :
Informations supplémentaires répertoriées dans l'onglet Remarques sur le run de l'écran Résultats :.
Les actions autorisées dépendent de l'état du run de
diagnostic :
•
Avant de démarrer le run de diagnostic sur l'analyseur (c'est-à-dire la vignette de série dans la colonne
Configurations échantillon de l'application Web),
vous pouvez ajouter des remarques sur le run et modifier le nom de la série dans l'écran Configuration
échantillon de l'application Web.
•
Pendant le run de diagnostic (c'est-à-dire la vignette
de série dans la colonne Run en cours de l'application Web), vous pouvez uniquement saisir des remarques sur le run. Vous ne pouvez plus changer le
nom du run.
•
Une fois le run de diagnostic terminé, vous pouvez
uniquement afficher les informations de run. Si vous
avez besoin de saisir des informations supplémentaires, vous devez ajouter des remarques aux résultats
individuels.
u Affichage, ajout, modification et suppression des remarques sur le résultat (101)
j
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
r Pour saisir des informations de run
avant le début du run de diagnostic
1 Dans l'application Web, colonne Configurations
échantillon du tableau de bord, sélectionnez une
vignette de série.
f L'écran Configuration échantillon s'affiche.
Roche Diagnostics
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Avant et pendant un run de diagnostic, vous pouvez
saisir des informations de run dans l'application Web.
100
Saisie d'informations de run pour un run de diagnostic dans l'application Web
2 Dans la partie supérieure centrale de l'écran
Configuration échantillon, sélectionnez le bouton
.
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
f La boîte de dialogue Informations de run
s'affiche.
3 Modifiez le nom du run et/ou saisissez des remarques
sur le run.
I Le nom du run est composé de 1 à 25 caractères.
Le nom du run ne doit pas contenir les caractères
suivants :
?*<>/\:"|'
4 Sélectionnez le bouton Confirmer.
r Pour ajouter des remarques sur le
run dans l'application Web pendant le
run de diagnostic
1 Dans l'application Web, dans la colonne Run en
cours du tableau de bord, sélectionnez le bouton
dans la vignette de série.
f La boîte de dialogue Informations de run
s'affiche.
2 Saisissez les remarques sur le run.
I Vous ne pouvez plus modifier le nom du run une
fois que le run a été lancé sur l'analyseur.
3 Sélectionnez le bouton Confirmer.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
101
Résultats dans l'application Web
Les résultats sont l'issue de vos procédures de travail de
diagnostic.
Dans cette partie
Affichage, ajout, modification et suppression des
remarques sur le résultat (101)
Émission manuelle de résultats dans l'application
Web (104)
Envoi manuel de résultats dans l'application Web (105)
Création de rapports de résultats dans l'application
Web (107)
Affichage, ajout, modification et suppression des
remarques sur le résultat
Vous pouvez afficher, ajouter, modifier ou supprimer des
remarques sur le résultat.
Vous pouvez uniquement ajouter, modifier ou supprimer
des remarques sur le résultat avant d'envoyer un résultat.
Vous pouvez afficher des remarques sur le résultat si
vous disposez d'un rôle utilisateur permettant d'accéder à
l'application Web.
Pour ajouter, modifier ou supprimer des remarques sur le
résultat, vous devez disposer du rôle utilisateur
d'opérateur de diagnostic.
j
m Pour ajouter, modifier ou supprimer des remarques
sur le résultat :
Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
r Pour consulter des remarques sur le
résultat
1 Dans l'application Web, colonne Résultats du
tableau de bord, sélectionnez une vignette de série.
f L'écran Résultats : s'affiche.
Roche Diagnostics
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Selon la configuration de votre système, vous devrez ou
ne devrez pas émettre et/ou envoyer les résultats
manuellement au SIL.
102
Résultats dans l'application Web
2 Pour les séries terminées, vous pouvez également
sélectionner la vignette Séries terminées.
Sélectionnez la série, puis sélectionnez le bouton
Afficher.
f L'écran Résultats : s'affiche.
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
3 Sélectionnez l'onglet Contrôles ou l'onglet
Échantillons.
4 Dans la colonne Remarques, sélectionnez
l'indicateur
du résultat.
f La boîte de dialogue Remarques sur
l'échantillon s'affiche.
5 Pour refermer la boîte de dialogue Remarques sur
l'échantillon, sélectionnez le bouton Annuler.
I Sélectionnez le bouton Confirmer uniquement si
vous êtes connecté(e) avec le rôle utilisateur
d'opérateur de diagnostic.
r Pour ajouter des remarques sur le résultat
1 Dans l'application Web, colonne Résultats du
tableau de bord, sélectionnez une vignette de série.
f L'écran Résultats : s'affiche.
2 Sélectionnez l'onglet Contrôles ou l'onglet
Échantillons.
3 Dans la colonne Remarques, sélectionnez
l'indicateur
ou l'indicateur
du résultat.
f La boîte de dialogue Remarques sur
l'échantillon s'affiche.
4 Saisissez vos remarques sur le résultat, puis
sélectionnez le bouton Confirmer.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
103
r Pour modifier des remarques sur le
résultat
1 Dans l'application Web, colonne Résultats du
tableau de bord, sélectionnez une vignette de série.
f L'écran Résultats : s'affiche.
3 Dans la colonne Remarques, sélectionnez
l'indicateur
du résultat.
f La boîte de dialogue Remarques sur
l'échantillon s'affiche.
4 Modifiez les remarques sur le résultat, puis
sélectionnez le bouton Confirmer.
r Pour supprimer des remarques sur le
résultat
1 Dans l'application Web, colonne Résultats du
tableau de bord, sélectionnez une vignette de série.
f L'écran Résultats : s'affiche.
2 Sélectionnez l'onglet Contrôles ou l'onglet
Échantillons.
3 Dans la colonne Remarques, sélectionnez
l'indicateur
du résultat.
f La boîte de dialogue Remarques sur
l'échantillon s'affiche.
4 Supprimez les remarques sur le résultat, puis
sélectionnez le bouton Confirmer.
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
2 Sélectionnez l'onglet Contrôles ou l'onglet
Échantillons.
104
Résultats dans l'application Web
Émission manuelle de résultats dans l'application Web
Si les résultats ne sont pas émis automatiquement, vous
devez émettre les résultats manuellement dans
l'application Web.
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Pour émettre des résultats manuellement, vous devez
disposer du rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic.
Pour terminer la série, les résultats doivent être envoyés
séparément.
Les résultats pour les demandes comportant des fichiers
d'analyse à l'état En validation sont terminés
immédiatement après la fin du run de diagnostic. Vous
ne pouvez pas émettre des résultats de ce type ou les
envoyer au SIL.
j
m Résultats à l'état Émission en attente disponibles
dans l'application Web
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
r Pour émettre manuellement des résultats dans l'application Web
1 Dans l'application Web, colonne Résultats du
tableau de bord, sélectionnez une vignette de série
répertoriant les résultats à l'état {count} en attente
d'émission.
f L'écran Résultats : s'affiche.
2 Accédez aux résultats à l'état Émission en attente
que vous souhaitez émettre :
• Dans la liste déroulante, sélectionnez les fichiers
d'analyse.
• Sélectionnez l'onglet Échantillons.
• Vous pouvez également utiliser la fonction de
recherche.
I Les résultats à l'état Émission en attente sont
marqués d'une icône
dans la colonne Statut.
3 Sélectionnez 1 ou plusieurs résultat(s) à l'état
Émission en attente.
I Vous pouvez émettre plusieurs résultats
simultanément.
4 Pour émettre le résultat, sélectionnez le bouton
Émission.
f La boîte de dialogue Confirmation s'affiche.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
105
5 Saisissez votre mot de passe et sélectionnez le
bouton Émission.
f Le résultat passe à l'état Envoi en attente,
marqué d'une icône
dans la colonne Statut.
Envoi manuel de résultats dans l'application Web
Si les résultats ne sont pas envoyés automatiquement,
vous devez envoyer les résultats manuellement au SIL.
Vous pouvez uniquement envoyer les résultats déjà émis,
de manière automatique ou manuelle, par un utilisateur
possédant le rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
(selon la configuration système).
Pour envoyer des résultats, vous devez disposer du rôle
utilisateur d'approbateur de diagnostic.
Si le système n'est pas connecté à un SIL, l'envoi des
résultats a tout de même pour effet de changer l'état du
résultat de Envoi en attente à Envoi dans la file
d'attente ou Envoyé et de terminer la série.
Les résultats pour les demandes comportant des fichiers
d'analyse à l'état En validation sont terminés
immédiatement après la fin du run de diagnostic. Vous
ne pouvez pas émettre des résultats de ce type ou les
envoyer au SIL.
En fonction de la configuration système, les résultats de
contrôle seront ou ne seront pas envoyés au SIL.
j
m Résultats à l'état Envoi en attente disponibles dans
l'application Web
m Rôle utilisateur d'approbateur de diagnostic
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
f Votre nom d'utilisateur est ajouté à la colonne
Émis par.
106
Résultats dans l'application Web
r Pour envoyer manuellement des résultats dans l'application Web
1 Dans l'application Web, colonne Résultats du
tableau de bord, sélectionnez une vignette de série
répertoriant les résultats à l'état {count} en attente
d'envoi.
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
f L'écran Résultats : s'affiche.
2 Accédez aux résultats à l'état Envoi en attente que
vous souhaitez envoyer :
• Dans la liste déroulante, sélectionnez les fichiers
d'analyse.
• Sélectionnez l'onglet Échantillons.
• Vous pouvez également utiliser la fonction de
recherche.
I Les résultats à l'état Envoi en attente sont
marqués par l'icône
dans la colonne Statut.
3 Sélectionnez 1 ou plusieurs résultat(s) à l'état Envoi
en attente.
I Vous pouvez envoyer plusieurs résultats
simultanément.
Si vous sélectionnez des résultats qui ne sont pas
encore émis, le bouton Envoyer n'est pas
disponible.
4 Pour envoyer les résultats, sélectionnez le bouton
Envoyer.
f La boîte de dialogue Confirmation s'affiche.
5 Saisissez votre mot de passe et sélectionnez le
bouton Envoyer.
f Le résultat passe à l'état Envoi dans la file
d'attente ou Envoyé, respectivement, marqué
d'une icône
ou
dans la colonne Statut
(selon l'état de la connexion au SIL).
f Votre nom d'utilisateur est ajouté à la colonne
Envoyer par.
f Si tous les résultats de la série sont à l'état Envoi
dans la file d'attente ou Envoyé, la série est
terminée, la couleur de l'en-tête de l'écran
Résultats : devient marron clair, la vignette de la
série est supprimée de la colonne Résultats sur
le tableau de bord et la série apparaît dans la
vignette Séries terminées.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
107
Création de rapports de résultats dans l'application Web
Vous pouvez créer des rapports de résultats dans l'écran
Résultats :.
Par défaut, tout rapport de résultats est nommé
Rapport de résultats de diagnostic - BatchName.pdf
Vous pouvez créer des rapports de résultats
indépendamment de l'état du résultat.
d
j
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic ou
d'approbateur de diagnostic
r Pour créer un rapport de résultats
dans l'application Web
1 Éventuellement, pour enregistrer le rapport de
résultats vers un dispositif de stockage externe,
connectez le dispositif de stockage externe à
l'ordinateur exécutant l'application Web.
2 Dans l'application Web, colonne Résultats du
tableau de bord, effectuez l'une des opérations
suivantes :
• Sélectionnez une vignette de série.
• Pour les séries terminées, sélectionnez la vignette
{count} séries terminées. Sélectionnez une
série, puis sélectionnez le bouton Afficher.
f L'écran Résultats : de la série s'affiche.
3 Sélectionnez le bouton Rapport.
f Une boîte de dialogue s'affiche.
4 Ouvrez ou enregistrez le rapport. Sélectionnez le
bouton OK.
I Les options et détails disponibles dépendent de
votre navigateur et la configuration de votre
ordinateur.
5 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
u Sujets connexes
• Demandes dans l'application Web (86)
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5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
Un rapport de résultats est un fichier PDF contenant les
mêmes informations que celles affichées à l'écran
Résultats :.
108
Résultats dans l'application Web
5 Opérations de routine d'une procédure de travail de diagnostic
• Configurations échantillon dans l'application Web
(92)
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Table des matières
109
Opérations de routine d'une
développement
Dans ce chapitre
6
Exécution d'une procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée ............................................................................................
113
Exécution d'une procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée ............................................................................................
123
Projets dans le logiciel de développement...................
136
À propos des projets dans le logiciel de
développement ............................................................
136
Utilisation de projets dans le logiciel de
développement ............................................................
137
Profils de run dans le logiciel de l'analyseur ...............
140
À propos des profils de run dans le logiciel
de l'analyseur................................................................
140
Utilisation de profils de run sur le panneau
Gérer les profils de run dans le logiciel de
l'analyseur ......................................................................
141
Modification de profils de run sur le panneau
Modifier le profil de run dans le logiciel de
l'analyseur ......................................................................
146
Saisie d'informations de run pour un run de développement dans le logiciel de l'analyseur.....................
149
Runs dans le logiciel de développement ......................
151
À propos des fichiers de données brutes et
runs ..................................................................................
151
Gestion des fichiers de données brutes des
runs de développement dans le logiciel de
l'analyseur ......................................................................
155
Exportation de fichiers de données brutes de
runs de diagnostic depuis l'application Web ...
158
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
procédure de travail de
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
110
Table des matières
Utilisation de fichiers de données brutes et
de runs dans le logiciel de développement ......
160
Attribution de configurations échantillon non
attribuées à correspondance partielle à des
runs de développement dans le logiciel de
développement ............................................................
165
Liste des colonnes sur la carte Affichage
tableau de configuration échantillon ..................
167
Ajout et modification des paramètres de
colonne d'un run dans le logiciel de
développement ............................................................
169
Utilisation des groupes d'échantillons dans le
logiciel de développement ......................................
173
Modification des paramètres de colonne par copier-coller dans le logiciel de développement............
180
Engroupement dans le logiciel de développement...
183
À propos de l'engroupement dans le logiciel
de développement......................................................
183
Liste des colonnes sur la carte Données de
groupement...................................................................
184
Modification des options d'affichage pour les
diagrammes de dispersion dans le logiciel de
développement ............................................................
186
Ajustement de l'engroupement dans le
logiciel de développement ......................................
188
Liste de paramètres d'engroupement
dans le logiciel de développement ...........
188
Ajustement des paramètres
d'engroupement pour les méthodes
d'engroupement automatique.....................
193
Ajustement des paramètres
d'engroupement et des seuils pour
l'engroupement manuel.................................
196
Exportation des paramètres d'engroupement
personnalisés sous forme de fichiers de
données de départ .....................................................
204
Analyses dans le logiciel de développement ..............
206
Utilisation des analyses ............................................
206
Analyse de quantification absolue .......................
207
Liste d'onglets et de paramètres pour
l'analyse de quantification absolue...........
208
Liste de colonnes de résultats pour
l'analyse de quantification absolue...........
211
Modification de l'analyse Quantification
absolue - tous par défaut .............................
219
Réalisation de l'analyse de
quantification absolue....................................
222
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Analyse CNV.................................................................
226
Liste d'onglets et de paramètres pour
l'analyse CNV.....................................................
226
Liste de colonnes de résultats pour
l'analyse CNV.....................................................
230
Exécution de l'analyse CNV .........................
236
Analyse indel ................................................................
239
Liste d'onglets et de paramètres pour
l'analyse indel ....................................................
239
Liste de colonnes de résultats pour
l'analyse indel ....................................................
242
Exécution de l'analyse indel.........................
248
Affichage des diagrammes en barres .................
251
Configurations échantillon non attribuées dans le
logiciel de développement..................................................
253
À propos des configurations échantillon non
attribuées dans le logiciel de développement .
253
Utilisation des configurations échantillon non
attribuées dans le logiciel de développement .
256
Ajout de paramètres de run et paramètres de
colonne aux configurations échantillon non
attribuées dans le logiciel de développement .
258
Création d'un rapport de configuration
échantillon non attribuée dans le logiciel de
développement ............................................................
263
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement ............................................................................................
265
Liste des paramètres pour les fichiers
d'analyse.........................................................................
265
Boîte de dialogue Créer les fichiers
d'analyse..............................................................
265
Panneau Modifier ............................................
267
Panneau Paramètres généraux ..................
267
Panneau Définition de test pour les
tests de quantification absolue...................
269
Panneau Définition de test pour les
tests CNV ............................................................
273
Panneau Définition de test pour les
tests indel............................................................
277
Panneau Paramètres de réactif de
master mix ..........................................................
280
Utilisation des fichiers d'analyse ...........................
282
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111
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Table des matières
112
Table des matières
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
113
Dans une procédure de travail de développement sans
configuration échantillon non attribuée, vous
programmerez la configuration échantillon en dehors du
logiciel de développement. Après le run de
développement, vous importerez le fichier de données
brutes du run dans le logiciel de développement, puis
ajouterez les informations de configuration de
l'échantillon au run.
Au sein d'une procédure de travail de développement,
vous travaillez avec les composants système suivants :
•
Logiciel de développement
•
Instrument de partitionnement
•
Analyseur
Pour une procédure de travail de développement, vous
devez posséder le rôle utilisateur d'opérateur de
développement dans l'analyseur.
i
La procédure décrite ci-dessous offre un aperçu
des étapes à réaliser dans une procédure de
travail de développement. Pour en savoir plus,
consultez les procédures individuelles
référencées dans les étapes.
ATTENTION !
Retard de traitement des plaques à nanopuits partitionnées
Un retard de traitement des plaques à nanopuits
partitionnées sur l'analyseur peut entraîner une
dégradation du matériel biologique, engendrant des
résultats incorrects, invalides ou retardés.
r Ne pipetez et partitionnez des plaques à nanopuits
que si vous pouvez les analyser directement après sur
l'analyseur.
r Assurez-vous de démarrer le run directement après
avoir chargé l'analyseur.
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (26)
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Exécution d'une procédure de travail de
développement sans configuration
échantillon non attribuée
114
Exécution d'une procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée
u Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
(33)
d
m Plaques à nanopuits
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
j
m Rôle utilisateur d'opérateur de développement dans le
logiciel de l'analyseur
r Pour exécuter une procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée
1 Préparez les mélanges réactionnels.
I Pour en savoir plus sur la préparation des
mélanges réactionnels et le pipetage, reportezvous aux instructions d'utilisation des réactifs et
contrôles.
2 ATTENTION ! Risque de résultats incorrects.
Veillez à éviter les erreurs de pipetage. Si une erreur
de pipetage est survenue, prenez note de la colonne
de la plaque à nanopuits affectée pour l'exclure de
l'analyse.
Pipetez et partitionnez les plaques à nanopuits dans
l'instrument de partitionnement tel que décrit dans
Partitionnement des plaques à nanopuits (55) :
• Pipetez les mélanges réactionnels dans les ports
d'entrée de la première plaque à nanopuits.
• Sélectionnez le bouton Load.
• Placez la plaque à nanopuits dans le tiroir.
• Sélectionnez le bouton Start.
• Une fois le tiroir de plaque à nanopuits ouvert,
vérifiez que les colonnes de la plaque à nanopuits
contenant les mélanges réactionnels sont
partitionnées.
• Retirez la plaque à nanopuits.
• Placez la plaque à nanopuits sur une surface
plane et propre.
• Pipetez et partitionnez les autres plaques à
nanopuits.
• Empilez les plaques à nanopuits partitionnées.
I La stabilité des mélanges réactionnels entre le
partitionnement d'une plaque à nanopuits et son
traitement sur l'analyseur a été testée pendant
90 minutes.
Roche Diagnostics
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3 ATTENTION ! Risque de résultats incorrects, invalides
ou retardés.
Ne chargez pas des plaques à nanopuits avec des
colonnes de plaque à nanopuits non partitionnées
contenant des mélanges réactionnels.
Évitez toute rayure, empreinte digitale, poussière ou
autre défaut sur les colonnes de la plaque à
nanopuits.
Chargez l'analyseur tel que décrit dans Chargement
de l'analyseur (60) :
• Dans la zone d'information générale, sélectionnez
le bouton .
• Placez la pile de plaques à nanopuits dans le tiroir.
• Sélectionnez le bouton .
I Ne chargez pas de plaques à nanopuits invalides
sur l'analyseur. Vous ne pouvez pas lancer de run
si des plaques à nanopuits invalides sont
chargées.
f Dans le logiciel de l'analyseur, le panneau
Plaques s'affiche.
4 Dans le logiciel de l'analyseur, panneau Plaques,
effectuez les actions suivantes :
• Vérifiez que toutes les plaques à nanopuits sont à
l'état Valide.
• Vérifiez les plaques à nanopuits affichées par
rapport à la configuration échantillon prévue.
5 Sélectionnez le bouton Profil de run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
6 Dans le panneau Gérer les profils de run, vous
pouvez éventuellement dupliquer ou importer un
profil de run tel que décrit dans Utilisation de profils
de run sur le panneau Gérer les profils de run dans le
logiciel de l'analyseur (141) :
• Pour dupliquer un profil de run, sélectionnez un
profil de run et sélectionnez le bouton Dupliquer.
Saisissez un nom pour le profil de run et
sélectionnez le bouton Enregistrer.
• Pour importer un profil de run, sélectionnez le
bouton Importer. Accédez au dossier.
Sélectionnez le profil de run, puis sélectionnez le
bouton Importer.
Roche Diagnostics
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115
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
116
Exécution d'une procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée
7 Modifiez un profil de run déverrouillé tel que décrit
dans Modification de profils de run sur le panneau
Modifier le profil de run dans le logiciel de l'analyseur
(146) :
• Dans le panneau Gérer les profils de run,
sélectionnez un profil de run, puis sélectionnez le
bouton Ouvrir.
• Vous pouvez éventuellement modifier les
programmes dans le panneau Modifier le profil
de run.
• Sélectionnez le bouton Formats de détection.
• Dans la zone de liste déroulante Format de
détection, désactivez les canaux pour les
colorants fluorescents qui ne sont présents dans
aucun des réactifs de master mix. Pour chaque
canal activé, sélectionnez le colorant fluorescent
dans la liste déroulante. Vous pouvez également
modifier le temps d'intégration. Sélectionnez le
bouton Enregistrer.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
I Veillez à désactiver les canaux vides.
8 Pour lancer le run, procédez de l'une des manières
suivantes :
• Dans le panneau Gérer les profils de run
sélectionnez le profil de run. Sélectionnez le
bouton Run.
• Dans le panneau Modifier le profil de run,
sélectionnez le bouton Run.
f Le panneau Contrôle s'affiche.
9 Vous pouvez éventuellement modifier le nom du run
de développement et/ou ajouter des remarques sur le
run tel que décrit dans Saisie d'informations de run
pour un run de développement dans le logiciel de
l'analyseur (149) :
• Dans le panneau Contrôle, à côté du nom du run,
sélectionnez le bouton .
• Dans le champ Nom du run de la boîte de
dialogue, saisissez un nouveau nom de run.
• Dans le champ Modifier les remarques saisissez
les remarques sur le run.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
I Vous pouvez également modifier le nom du run
dans le panneau Résultats de développement
une fois le run terminé.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
117
Une fois le run terminé, déchargez l'analyseur tel que
décrit dans Déchargement de l'analyseur (62) :
• Dans la zone d'information générale, sélectionnez
le bouton .
• Retirez la pile de plaques à nanopuits du tiroir.
• Sélectionnez le bouton .
I Éliminez les plaques à nanopuits conformément à
la réglementation locale.
11 Si l'analyseur n'est pas configuré pour l'exportation
automatique, exportez le fichier de données brutes du
run de développement tel que décrit dans Gestion
des fichiers de données brutes des runs de
développement dans le logiciel de l'analyseur (155) :
• Pour faire un export vers un dispositif de stockage
externe, il est possible de connecter le dispositif
de stockage externe à l'analyseur.
• Sélectionnez Routine > Run de développement
> Résultats de développement.
• Sélectionnez le run, puis sélectionnez le bouton
Exporter.
• Accédez au dossier souhaité et sélectionnez le
bouton Exporter.
• Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
12 Dans le logiciel de développement, ouvrez un projet
tel que décrit dans Utilisation de projets dans le
logiciel de développement (137) :
• Dans l'onglet Page d'accueil, sélectionnez le
bouton Ouvrir le fichier.
• Accédez au fichier dpcrPrj du projet et
sélectionnez le bouton Ouvrir.
13 Dans le logiciel de développement, vous pouvez
également créer un projet tel que décrit dans
Utilisation de projets dans le logiciel de
développement (137) :
• Si le fichier de données brutes a été exporté vers
un dispositif de stockage externe, connectez le
dispositif de stockage externe à l'ordinateur
exécutant le logiciel de développement.
• Dans l'Explorateur Windows, double-cliquez sur le
fichier de données brutes du run de
développement.
• Enregistrez le projet tel que décrit dans Pour
enregistrer un projet dans le logiciel de
développement (138).
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
10 ATTENTION ! Risque de contamination du laboratoire.
Placez les plaques à nanopuits utilisées dans un sac
plastique refermable.
118
Exécution d'une procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée
•
Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f L'onglet du run s'affiche.
14 Si vous avez ouvert un projet dans le logiciel de
développement, importez le fichier de données brutes
du run de développement tel que décrit dans
Utilisation de fichiers de données brutes et de runs
dans le logiciel de développement (160) :
• Si le fichier de données brutes a été exporté vers
un dispositif de stockage externe, connectez le
dispositif de stockage externe à l'ordinateur
exécutant le logiciel de développement.
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Runs >
> Importer.
• Accédez au fichier de données brutes et
sélectionnez le bouton Ouvrir.
• Enregistrez le projet.
• Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
f L'onglet du run s'affiche.
15 Dans le champ Remarques supplémentaires sur
le run :, sur la carte Paramètres de run, vous
pouvez également saisir des remarques sur le run.
Enregistrez le projet.
16 Dans l'onglet du run, sélectionnez le bouton
Paramètres de colonne.
f La carte Paramètres de colonne s'affiche.
17 Ajoutez les paramètres de colonne tel que décrit dans
Ajout de paramètres de run et paramètres de colonne
aux configurations échantillon non attribuées dans le
logiciel de développement (258) :
• Dans l'onglet de configuration des échantillons,
sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage
tableau).
• Dans la carte Paramètres de colonne,
sélectionnez le champ ID échantillon. Scannez
ou saisissez l'ID échantillon. Si nécessaire,
appuyez sur Entrée.
• Vous pouvez également modifier le facteur de
dilution.
• Dans le champ Réactif de master mix, saisissez
le nom du réactif de master mix ou sélectionnez
un réactif de master mix dans la liste déroulante.
• Vous pouvez éventuellement saisir l'ID, la date de
péremption et le numéro de lot du réactif primaire
ou du réactif de master mix.
• Enregistrez le projet.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
119
18 Pour chaque réactif de master mix, réalisez les
actions suivantes dans le tableau Paramètres de
cible et de colorant fluorescent :
• Sélectionnez une vignette (dans l'affichage des
plaques) ou ligne (dans l'affichage tableau).
• Désactivez les colorants fluorescents qui ne sont
pas présents dans le réactif de master mix.
• Vous pouvez éventuellement renommer les cibles.
• Enregistrez le projet.
I Toute modification s'applique à toutes les
vignettes utilisant le même réactif de master mix.
19 Vous pouvez éventuellement ajouter des remarques
et/ou des remarques sur la préparation des
échantillons.
• Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage
tableau).
• Sélectionnez le bouton Modifier les remarques
ou le bouton Modifier les remarques sur la
préparation des échantillons.
• Dans la boîte de dialogue, saisissez les remarques.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
• Enregistrez le projet.
I Les remarques ou remarques sur la préparation
des échantillons s'appliquent à toutes les
vignettes sélectionnées.
20 Vous pouvez éventuellement utiliser des groupes
d'échantillons à des fins statistiques tel que décrit
dans Utilisation des groupes d'échantillons dans le
logiciel de développement (173) :
• Sélectionnez le bouton Groupes d'échantillons.
• Ajoutez et/ou modifiez les groupes d'échantillons.
• Enregistrez le projet.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
I Si vous saisissez les mêmes paramètres de
colonne pour plusieurs vignettes ou lignes, les
colonnes de la plaque à nanopuits sont
automatiquement fusionnées.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
120
Exécution d'une procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée
21 Vérifiez et ajustez l'engroupement, tel que décrit dans
Ajustement de l'engroupement dans le logiciel de
développement (188) :
• Depuis le menu Engroupement, sélectionnez
l'engroupement.
• Sélectionnez le bouton .
• Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
ajustez les paramètres d'engroupement.
• Sélectionnez le bouton .
• Le cas échéant, ajustez les seuils dans les
diagrammes de dispersion. Sélectionnez le bouton
Calculer.
• Enregistrez le projet.
22 Ajoutez des analyses tel que décrit dans Analyses
dans le logiciel de développement (206) :
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Analyse
> . Sélectionnez le type d'analyse.
• Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez les échantillons et sélectionnez le
bouton Mettre à jour l'analyse.
• Vous pouvez éventuellement ajouter et/ou
modifier les groupes d'échantillons.
• Dans les autres onglets de la zone de liste
déroulante Paramètres saisissez les paramètres
requis pour le type d'analyse.
• Sélectionnez le bouton .
• Enregistrez le projet.
23 Vous pouvez également modifier des analyses tel que
décrit dans Analyses dans le logiciel de
développement (206) :
• Depuis le menu Analyse, sélectionnez l'analyse.
• Sélectionnez le bouton .
• Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
modifiez les paramètres d'analyse.
• Sélectionnez le bouton .
• Enregistrez le projet.
24 Vous pouvez éventuellement créer des fichiers
d'analyse tel que décrit dans Utilisation des fichiers
d'analyse (282) :
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichiers
d'analyse >
> Créer les fichiers d'analyse.
• Dans la boîte de dialogue Créer les fichiers
d'analyse, saisissez un nom pour les fichiers
d'analyse et le type de plaque à nanopuits.
Sélectionnez le bouton Confirmer.
• Saisissez les informations requises dans les
panneaux de l'onglet des fichiers d'analyse.
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•
•
•
•
Depuis le menu Fichiers d'analyse, sélectionnez
les fichiers d'analyse.
Sélectionnez
> Version de la mise à jour.
Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de
version, sélectionnez le numéro de version et
sélectionnez le bouton Mise à jour.
Enregistrez le projet.
25 Vous pouvez éventuellement mettre à jour les fichiers
d'analyse tel que décrit dans Utilisation des fichiers
d'analyse (282) :
• Depuis le menu Fichiers d'analyse, sélectionnez
les fichiers d'analyse.
• Modifiez les informations dans les panneaux de
l'onglet des fichiers d'analyse.
• Depuis le menu Fichiers d'analyse, sélectionnez
les fichiers d'analyse.
• Sélectionnez
> Version de la mise à jour.
• Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de
version, sélectionnez le numéro de version et
sélectionnez le bouton Mise à jour.
• Enregistrez le projet.
26 Vous pouvez éventuellement exporter les fichiers
d'analyse tel que décrit dans Utilisation des fichiers
d'analyse (282) :
• Depuis le menu Fichiers d'analyse, sélectionnez
les fichiers d'analyse.
• Sélectionnez
> Exporter.
• Accédez à un dossier accessible depuis
l'analyseur et sélectionnez le bouton Enregistrer.
27 Enregistrez le projet.
u Sujets connexes
• Procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
(33)
• Partitionnement des plaques à nanopuits (55)
• Chargement de l'analyseur (60)
• Déchargement de l'analyseur (62)
• Projets dans le logiciel de développement (136)
• Profils de run dans le logiciel de l'analyseur (140)
• Saisie d'informations de run pour un run de développement dans le logiciel de l'analyseur (149)
• Runs dans le logiciel de développement (151)
• Modification des paramètres de colonne par copiercoller dans le logiciel de développement (180)
• Engroupement dans le logiciel de développement
(183)
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121
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
122
Exécution d'une procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée
• Analyses dans le logiciel de développement (206)
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
• Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
(265)
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
123
Dans une procédure de travail de développement avec
configuration échantillon non attribuée, vous
programmerez la configuration échantillon dans le
logiciel de développement. Après le run de
développement, vous importerez le fichier de données
brutes du run dans le logiciel de développement, puis
attribuerez les informations de configuration de
l'échantillon au run.
Au sein d'une procédure de travail de développement,
vous travaillez avec les composants système suivants :
•
Logiciel de développement
•
Instrument de partitionnement
•
Analyseur
Pour une procédure de travail de développement, vous
devez posséder le rôle utilisateur d'opérateur de
développement dans l'analyseur.
i
La procédure décrite ci-dessous offre un aperçu
des étapes à réaliser dans une procédure de
travail de développement. Pour en savoir plus,
consultez les procédures individuelles
référencées dans les étapes.
ATTENTION !
Retard de traitement des plaques à nanopuits partitionnées
Un retard de traitement des plaques à nanopuits
partitionnées sur l'analyseur peut entraîner une
dégradation du matériel biologique, engendrant des
résultats incorrects, invalides ou retardés.
r Ne pipetez et partitionnez des plaques à nanopuits
que si vous pouvez les analyser directement après sur
l'analyseur.
r Assurez-vous de démarrer le run directement après
avoir chargé l'analyseur.
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (27)
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Exécution d'une procédure de travail de
développement avec configuration
échantillon non attribuée
124
Exécution d'une procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée
u Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
(42)
d
m Plaques à nanopuits
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
j
m Rôle utilisateur d'opérateur de développement dans le
logiciel de l'analyseur
r Pour exécuter une procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée
1 Dans le logiciel de développement, ouvrez un projet
tel que décrit dans Utilisation de projets dans le
logiciel de développement (137) :
• Dans l'onglet Page d'accueil, sélectionnez le
bouton Ouvrir le fichier.
• Accédez au fichier dpcrPrj du projet et
sélectionnez le bouton Ouvrir.
2 Dans le logiciel de développement, vous pouvez
également créer un projet tel que décrit dans
Utilisation de projets dans le logiciel de
développement (137) :
• Dans l'onglet Page d'accueil, sélectionnez le
bouton Créer un nouveau projet.
• Enregistrez le projet sous un nouveau nom tel que
décrit dans Pour enregistrer un projet dans le
logiciel de développement (138).
f Une configuration échantillon non attribuée est
automatiquement ajoutée au projet.
f L'onglet configuration échantillon de la
configuration échantillon non attribuée s'affiche.
3 Si vous avez ouvert un projet, ajoutez une
configuration échantillon non attribuée au projet tel
que décrit dans Utilisation des configurations
échantillon non attribuées dans le logiciel de
développement (256) :
• Dans la zone Navigation, sélectionnez
Configuration échantillon non attribuée >
> Créer nouveau.
• Enregistrez le projet.
f L'onglet configuration échantillon de la
configuration échantillon non attribuée s'affiche.
Roche Diagnostics
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4 Dans la carte Paramètres de run, onglet de
configuration échantillon, ajoutez les plaques à
nanopuits à la configuration échantillon non attribuée
tel que décrit dans Ajout de paramètres de run et
paramètres de colonne aux configurations échantillon
non attribuées dans le logiciel de développement
(258) :
• Dans la liste déroulante Type de plaque,
sélectionnez le type de plaque à nanopuits.
• Vous pouvez éventuellement sélectionner le
champ ID Plaque. Scannez ou saisissez l'ID de
plaque à nanopuits. Si nécessaire, appuyez sur
Entrée.
• Enregistrez le projet.
I Vous pouvez utiliser différents types de plaques à
nanopuits dans un run de développement.
La configuration échantillon non attribuée peut
être attribuée au run ultérieurement seulement si
les types et les ID des plaques à nanopuits de la
configuration échantillon non attribuée
correspondent au run de développement réel.
La configuration échantillon non attribuée peut
uniquement être attribuée automatiquement si
elle contient les ID des plaques à nanopuits.
5 Dans la carte Paramètres de run, définissez les
formats de détection pour le run de développement :
• Sélectionnez le bouton Formats de détection.
• Dans la zone de liste déroulante Format de
détection, désactivez les canaux pour les
colorants fluorescents qui ne sont présents dans
aucun des réactifs de master mix utilisés dans le
run de développement.
• Pour chaque canal activé, sélectionnez le colorant
fluorescent dans la liste déroulante.
• Pour modifier les temps d'intégration, cochez la
case Paramètres avancés. Dans les champs
Temps d'intégration (ms), modifiez les valeurs.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
• Enregistrez le projet.
I Veillez à désactiver les canaux vides.
Seuls les colorants fluorescents activés peuvent
être attribués dans les paramètres de colonne.
La configuration échantillon non attribuée peut
être attribuée au run ultérieurement seulement si
les formats de détection de la configuration
échantillon non attribuée correspondent à ceux
du run de développement réel.
6 Dans le champ Remarques supplémentaires sur
le run :, vous pouvez saisir des remarques sur le run.
Enregistrez le projet.
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125
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
126
Exécution d'une procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée
7 Dans l'onglet de configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Paramètres de colonne.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f La carte Paramètres de colonne s'affiche.
8 Ajoutez les paramètres de colonne tel que décrit dans
Ajout de paramètres de run et paramètres de colonne
aux configurations échantillon non attribuées dans le
logiciel de développement (258) :
• Dans l'onglet de configuration des échantillons,
sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage
tableau).
• Dans la carte Paramètres de colonne,
sélectionnez le champ ID échantillon. Scannez
ou saisissez l'ID échantillon. Si nécessaire,
appuyez sur Entrée.
• Vous pouvez également modifier le facteur de
dilution.
• Dans le champ Réactif de master mix, saisissez
le nom du réactif de master mix ou sélectionnez
un réactif de master mix dans la liste déroulante.
• Vous pouvez éventuellement saisir l'ID, la date de
péremption et le numéro de lot du réactif primaire
ou du réactif de master mix.
• Enregistrez le projet.
I Si vous saisissez les mêmes paramètres de
colonne pour plusieurs vignettes ou lignes, les
colonnes de la plaque à nanopuits sont
automatiquement fusionnées.
9 Pour chaque réactif de master mix, réalisez les
actions suivantes dans le tableau Paramètres de
cible et de colorant fluorescent :
• Sélectionnez une vignette (dans l'affichage des
plaques) ou ligne (dans l'affichage tableau).
• Désactivez les colorants fluorescents qui ne sont
pas présents dans le réactif de master mix.
• Vous pouvez éventuellement renommer les cibles.
• Enregistrez le projet.
I Toute modification s'applique à toutes les
vignettes utilisant le même réactif de master mix.
10 Vous pouvez éventuellement ajouter des remarques
et/ou des remarques sur la préparation des
échantillons.
• Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage
tableau).
• Sélectionnez le bouton Modifier les remarques
ou le bouton Modifier les remarques sur la
préparation des échantillons.
• Dans la boîte de dialogue, saisissez les remarques.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
•
127
Sélectionnez le bouton Enregistrer.
Enregistrez le projet.
11 Depuis la configuration échantillon non attribuée,
créez un rapport de configuration échantillon tel que
décrit dans Création d'un rapport de configuration
échantillon non attribuée dans le logiciel de
développement (263) :
• Dans la zone Navigation, depuis la configuration
échantillon non attribuée du menu Configuration
échantillon non attribuée, sélectionnez
>
Créer un rapport de configuration des
échantillons.
• Accédez au dossier souhaité. Saisissez un nom
pour le rapport et sélectionnez le bouton
Enregistrer.
I Utilisez le rapport de configurations échantillon
en tant que guide pour le pipetage.
12 Préparez les mélanges réactionnels.
I Pour en savoir plus sur la préparation des
mélanges réactionnels et le pipetage, reportezvous aux instructions d'utilisation des réactifs et
contrôles.
13 Reportez-vous au rapport de configuration
échantillon pour identifier les plaques à nanopuits et
attribuer les mélanges réactionnels aux colonnes de
la plaque à nanopuits.
I Assurez-vous d'utiliser les plaques à nanopuits
adaptées.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
I Les remarques ou remarques sur la préparation
des échantillons s'appliquent à toutes les
vignettes sélectionnées.
128
Exécution d'une procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
14 ATTENTION ! Risque de résultats incorrects.
Veillez à éviter les erreurs de pipetage. Si une erreur
de pipetage est survenue, prenez note de la colonne
de la plaque à nanopuits affectée pour l'exclure de
l'analyse.
Pipetez et partitionnez les plaques à nanopuits dans
l'instrument de partitionnement tel que décrit dans
Partitionnement des plaques à nanopuits (55) :
• Pipetez les mélanges réactionnels dans les ports
d'entrée de la première plaque à nanopuits.
• Sélectionnez le bouton Load.
• Placez la plaque à nanopuits dans le tiroir.
• Sélectionnez le bouton Start.
• Une fois le tiroir de plaque à nanopuits ouvert,
vérifiez que les colonnes de la plaque à nanopuits
contenant les mélanges réactionnels sont
partitionnées.
• Retirez la plaque à nanopuits.
• Placez la plaque à nanopuits sur une surface
plane et propre.
• Pipetez et partitionnez les autres plaques à
nanopuits.
• Empilez les plaques à nanopuits partitionnées.
I La stabilité des mélanges réactionnels entre le
partitionnement d'une plaque à nanopuits et son
traitement sur l'analyseur a été testée pendant
90 minutes.
15 ATTENTION ! Risque de résultats incorrects, invalides
ou retardés.
Ne chargez pas des plaques à nanopuits avec des
colonnes de plaque à nanopuits non partitionnées
contenant des mélanges réactionnels.
Évitez toute rayure, empreinte digitale, poussière ou
autre défaut sur les colonnes de la plaque à
nanopuits.
Chargez l'analyseur tel que décrit dans Chargement
de l'analyseur (60) :
• Dans la zone d'information générale, sélectionnez
le bouton .
• Placez la pile de plaques à nanopuits dans le tiroir.
• Sélectionnez le bouton .
I Ne chargez pas de plaques à nanopuits invalides
sur l'analyseur. Vous ne pouvez pas lancer de run
si des plaques à nanopuits invalides sont
chargées.
f Dans le logiciel de l'analyseur, le panneau
Plaques s'affiche.
Roche Diagnostics
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16 Dans le logiciel de l'analyseur, panneau Plaques,
effectuez les actions suivantes :
• Vérifiez que toutes les plaques à nanopuits sont à
l'état Valide.
• Vérifiez les plaques à nanopuits affichées en
comparaison avec le rapport de configuration
échantillon du logiciel de développement.
17 Sélectionnez le bouton Profil de run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
18 Dans le panneau Gérer les profils de run, vous
pouvez éventuellement dupliquer ou importer un
profil de run tel que décrit dans Utilisation de profils
de run sur le panneau Gérer les profils de run dans le
logiciel de l'analyseur (141) :
• Pour dupliquer un profil de run, sélectionnez un
profil de run et sélectionnez le bouton Dupliquer.
Saisissez un nom pour le profil de run et
sélectionnez le bouton Enregistrer.
• Pour importer un profil de run, sélectionnez le
bouton Importer. Accédez au dossier.
Sélectionnez le profil de run, puis sélectionnez le
bouton Importer.
19 Modifiez un profil de run déverrouillé tel que décrit
dans Modification de profils de run sur le panneau
Modifier le profil de run dans le logiciel de l'analyseur
(146) :
• Dans le panneau Gérer les profils de run,
sélectionnez un profil de run, puis sélectionnez le
bouton Ouvrir.
• Vous pouvez éventuellement modifier les
programmes dans le panneau Modifier le profil
de run.
• Sélectionnez le bouton Formats de détection.
• Dans la zone de liste déroulante Format de
détection, désactivez les canaux pour les
colorants fluorescents qui ne sont présents dans
aucun des réactifs de master mix. Pour chaque
canal activé, sélectionnez le colorant fluorescent
dans la liste déroulante. Vous pouvez également
modifier le temps d'intégration. Sélectionnez le
bouton Enregistrer.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
I Veillez à désactiver les canaux vides.
20 Pour lancer le run, procédez de l'une des manières
suivantes :
• Dans le panneau Gérer les profils de run
sélectionnez le profil de run. Sélectionnez le
bouton Run.
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129
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
130
Exécution d'une procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée
•
Dans le panneau Modifier le profil de run,
sélectionnez le bouton Run.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Le panneau Contrôle s'affiche.
21 Vous pouvez éventuellement modifier le nom du run
de développement et/ou ajouter des remarques sur le
run tel que décrit dans Saisie d'informations de run
pour un run de développement dans le logiciel de
l'analyseur (149) :
• Dans le panneau Contrôle, à côté du nom du run,
sélectionnez le bouton .
• Dans le champ Nom du run de la boîte de
dialogue, saisissez un nouveau nom de run.
• Dans le champ Modifier les remarques saisissez
les remarques sur le run.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
I Vous pouvez également modifier le nom du run
dans le panneau Résultats de développement
une fois le run terminé.
22 ATTENTION ! Risque de contamination du laboratoire.
Placez les plaques à nanopuits utilisées dans un sac
plastique refermable.
Une fois le run terminé, déchargez l'analyseur tel que
décrit dans Déchargement de l'analyseur (62) :
• Dans la zone d'information générale, sélectionnez
le bouton .
• Retirez la pile de plaques à nanopuits du tiroir.
• Sélectionnez le bouton .
I Éliminez les plaques à nanopuits conformément à
la réglementation locale.
23 Si l'analyseur n'est pas configuré pour l'exportation
automatique, exportez le fichier de données brutes du
run de développement tel que décrit dans Gestion
des fichiers de données brutes des runs de
développement dans le logiciel de l'analyseur (155) :
• Pour faire un export vers un dispositif de stockage
externe, il est possible de connecter le dispositif
de stockage externe à l'analyseur.
• Sélectionnez Routine > Run de développement
> Résultats de développement.
• Sélectionnez le run, puis sélectionnez le bouton
Exporter.
• Accédez au dossier souhaité et sélectionnez le
bouton Exporter.
• Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
Roche Diagnostics
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24 Dans le logiciel de développement, importez le fichier
de données brutes du run de développement dans le
projet tel que décrit dans Utilisation de fichiers de
données brutes et de runs dans le logiciel de
développement (160) :
• Si le fichier de données brutes a été exporté vers
un dispositif de stockage externe, connectez le
dispositif de stockage externe à l'ordinateur
exécutant le logiciel de développement.
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Runs >
> Importer.
• Accédez au fichier de données brutes et
sélectionnez le bouton Ouvrir.
• Pour confirmer l'attribution automatique de la
configuration échantillon non attribuée au run si
une correspondance est trouvée, dans la boîte de
dialogue Une configuration échantillon non
attribuée correspondante a été trouvée.,
sélectionnez le bouton Confirmer.
• Enregistrez le projet.
• Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
f L'onglet du run s'affiche.
25 Le cas échéant, attribuez une configuration
échantillon non attribuée avec correspondance
partielle au run tel que décrit dans Attribution de
configurations échantillon non attribuées à
correspondance partielle à des runs de
développement dans le logiciel de développement
(165) :
• Depuis le menu Runs, sélectionnez le run.
• Sélectionnez
> Attribuer une configuration
échantillon existante.
• Sélectionnez la configuration échantillon non
attribuée, puis sélectionnez le bouton Confirmer.
• Enregistrez le projet.
I Si aucune configuration échantillon non attribuée
ne peut être attribuée, vous devez ajouter les
paramètres de colonne directement au run.
Roche Diagnostics
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131
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
132
Exécution d'une procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée
26 Vous pouvez éventuellement modifier les paramètres
de colonne du run tel que décrit dans Ajout et
modification des paramètres de colonne d'un run
dans le logiciel de développement (169) :
• Dans l'onglet du run, sélectionnez le bouton
Paramètres de colonne.
• Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage
tableau).
• Modifiez les ID échantillons, le facteur de dilution,
le réactif de master mix et/ou les informations
supplémentaires pour le réactif de master mix ou
le réactif primaire.
• Modifiez les paramètres de cible et de colorant
fluorescent.
• Enregistrez le projet.
I Si vous saisissez les mêmes paramètres de
colonne pour plusieurs vignettes ou lignes, les
colonnes de la plaque à nanopuits sont
automatiquement fusionnées.
27 Vous pouvez éventuellement utiliser des groupes
d'échantillons à des fins statistiques tel que décrit
dans Utilisation des groupes d'échantillons dans le
logiciel de développement (173) :
• Sélectionnez le bouton Groupes d'échantillons.
• Ajoutez et/ou modifiez les groupes d'échantillons.
• Enregistrez le projet.
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28 Vérifiez et ajustez l'engroupement, tel que décrit dans
Ajustement de l'engroupement dans le logiciel de
développement (188) :
• Depuis le menu Engroupement, sélectionnez
l'engroupement.
• Sélectionnez le bouton .
• Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
ajustez les paramètres d'engroupement.
• Sélectionnez le bouton .
• Le cas échéant, ajustez les seuils dans les
diagrammes de dispersion. Sélectionnez le bouton
Calculer.
• Enregistrez le projet.
29 Ajoutez des analyses tel que décrit dans Analyses
dans le logiciel de développement (206) :
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Analyse
> . Sélectionnez le type d'analyse.
• Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez les échantillons et sélectionnez le
bouton Mettre à jour l'analyse.
• Vous pouvez éventuellement ajouter et/ou
modifier les groupes d'échantillons.
• Dans les autres onglets de la zone de liste
déroulante Paramètres saisissez les paramètres
requis pour le type d'analyse.
• Sélectionnez le bouton .
• Enregistrez le projet.
30 Vous pouvez également modifier des analyses tel que
décrit dans Analyses dans le logiciel de
développement (206) :
• Depuis le menu Analyse, sélectionnez l'analyse.
• Sélectionnez le bouton .
• Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
modifiez les paramètres d'analyse.
• Sélectionnez le bouton .
• Enregistrez le projet.
31 Vous pouvez éventuellement créer des fichiers
d'analyse tel que décrit dans Utilisation des fichiers
d'analyse (282) :
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichiers
d'analyse >
> Créer les fichiers d'analyse.
• Dans la boîte de dialogue Créer les fichiers
d'analyse, saisissez un nom pour les fichiers
d'analyse et le type de plaque à nanopuits.
Sélectionnez le bouton Confirmer.
• Saisissez les informations requises dans les
panneaux de l'onglet des fichiers d'analyse.
Roche Diagnostics
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133
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
134
Exécution d'une procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée
•
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
•
•
Depuis le menu Fichiers d'analyse, sélectionnez
les fichiers d'analyse.
Sélectionnez
> Version de la mise à jour.
Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de
version, sélectionnez le numéro de version et
sélectionnez le bouton Mise à jour.
Enregistrez le projet.
32 Vous pouvez éventuellement mettre à jour les fichiers
d'analyse tel que décrit dans Utilisation des fichiers
d'analyse (282) :
• Depuis le menu Fichiers d'analyse, sélectionnez
les fichiers d'analyse.
• Modifiez les informations dans les panneaux de
l'onglet des fichiers d'analyse.
• Depuis le menu Fichiers d'analyse, sélectionnez
les fichiers d'analyse.
• Sélectionnez
> Version de la mise à jour.
• Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de
version, sélectionnez le numéro de version et
sélectionnez le bouton Mise à jour.
• Enregistrez le projet.
33 Vous pouvez éventuellement exporter les fichiers
d'analyse tel que décrit dans Utilisation des fichiers
d'analyse (282) :
• Depuis le menu Fichiers d'analyse, sélectionnez
les fichiers d'analyse.
• Sélectionnez
> Exporter.
• Accédez à un dossier accessible depuis
l'analyseur et sélectionnez le bouton Enregistrer.
34 Enregistrez le projet.
u Sujets connexes
• Procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (référence rapide)
(42)
• Partitionnement des plaques à nanopuits (55)
• Chargement de l'analyseur (60)
• Déchargement de l'analyseur (62)
• Projets dans le logiciel de développement (136)
• Profils de run dans le logiciel de l'analyseur (140)
• Saisie d'informations de run pour un run de développement dans le logiciel de l'analyseur (149)
• Runs dans le logiciel de développement (151)
• Modification des paramètres de colonne par copiercoller dans le logiciel de développement (180)
• Engroupement dans le logiciel de développement
(183)
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
135
• Analyses dans le logiciel de développement (206)
• Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement (253)
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
• Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
(265)
Roche Diagnostics
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136
Projets dans le logiciel de développement
Projets dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Dans le logiciel de développement, un projet est
composé des données associées, par exemple, les
données relevant de la même rubrique de recherche.
Dans cette partie
À propos des projets dans le logiciel de
développement (136)
Utilisation de projets dans le logiciel de
développement (137)
À propos des projets dans le logiciel de développement
Dans le logiciel de développement, un projet contient
toutes les données collectées dans une ou plusieurs
procédures de travail de développement. Par exemple, un
projet peut être utilisé pour collecter et analyser les
données relevant du développement d'un test ou d'une
rubrique de recherche.
Un projet peut contenir les données suivantes correspondant aux étapes d'une procédure de travail de développement :
•
Runs (fichiers de données brutes)
•
Engroupement
•
Analyses
•
Configurations échantillon non attribuées
•
Fichiers d'analyse
Vous devez enregistrer le projet pour enregistrer les
données associées. Vous ne pouvez pas enregistrer de
données séparément.
Un projet dans le logiciel de développement peut
contenir et traiter jusqu'à 672 échantillons et 50 analyses.
Certains paramètres s'appliquent à l'ensemble du projet.
Par exemple, si vous modifiez le nom d'un réactif de
master mix, le réactif de master mix est renommé dans
l'ensemble du projet.
Les réactifs de master mix d'un projet doivent être
explicites en ce qui concerne le nom et les formats de
détection. Un projet ne peut pas contenir des réactifs de
master mix portant le même nom mais présentant des
formats de détection différents.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
137
Un projet est toujours ouvert dans sa propre instance du
logiciel de développement. Vous ne pouvez pas ouvrir
2 projets dans la même instance du logiciel.
Tout projet présente l'extension de fichier .dpcrPrj.
Utilisation de projets dans le logiciel de développement
Vous pouvez créer, ouvrir, enregistrer et fermer un projet.
Enregistrez toujours vos projets avant de les fermer.
r Pour créer un projet dans le logiciel
de développement
1 Dans le logiciel de développement, effectuez l'une
des opérations suivantes :
• Dans l'onglet Page d'accueil, sélectionnez le
bouton Créer un nouveau projet.
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichier >
> Nouveau projet.
f Pour chaque projet, une instance distincte du
logiciel de développement est ouverte.
f Une nouvelle configuration échantillon non
attribuée avec une plaque à nanopuits universelle
est automatiquement ajoutée au projet.
2 Pour enregistrer le projet, sélectionnez Fichier >
> Enregistrer sous.
3 Accédez au dossier souhaité, saisissez un nom de
projet et sélectionnez le bouton Enregistrer.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Par défaut, les projets sont nommés « projet » et
numérotés de manière séquentielle.
138
Projets dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour ouvrir un projet dans le logiciel
de développement
1 Dans le logiciel de développement, effectuez l'une
des opérations suivantes :
• Dans l'onglet Page d'accueil, sélectionnez le
projet depuis la liste des éléments récents.
• Dans l'onglet Page d'accueil, sélectionnez le
bouton Ouvrir le fichier.
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichier >
> Ouvrir.
• Dans l'Explorateur Windows, double-cliquez sur le
fichier dpcrPrj.
2 Le cas échéant, accédez au fichier dpcrPrj et
sélectionnez le bouton Ouvrir.
f Une instance distincte du logiciel de
développement peut s'ouvrir.
f Tous les onglets du projet qui étaient affichés lors
de la dernière sauvegarde du projet apparaissent.
r Pour enregistrer un projet dans le logiciel de développement
1 Pour enregistrer un nouveau projet ou pour
enregistrer un projet sous un nom différent ou un
dossier différent, effectuez les actions suivantes :
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichier >
> Enregistrer sous.
• Accédez au dossier souhaité.
• Saisissez un nom pour le projet.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
2 Pour enregistrer un projet existant avec le même nom
et dans le même dossier, effectuez l'une des
opérations suivantes :
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichier >
> Enregistrer.
• Appuyez sur Ctrl+S.
I Vous devez enregistrer le projet pour enregistrer
les données associées. Vous ne pouvez pas
enregistrer de données séparément.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
139
1 Pour fermer un projet, procédez de l'une des
manières suivantes :
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichier >
> Fermer.
• Dans la partie supérieure droite de la fenêtre du
logiciel, sélectionnez le bouton .
2 Dans la boîte de dialogue Fermer, sélectionnez le
bouton Quitter.
f Le projet et l'instance du logiciel de
développement sont fermés.
u Sujets connexes
• Runs dans le logiciel de développement (151)
• Engroupement dans le logiciel de développement
(183)
• Analyses dans le logiciel de développement (206)
• Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement (253)
• Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
(265)
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour fermer un projet dans le logiciel
de développement
140
Profils de run dans le logiciel de l'analyseur
Profils de run dans le logiciel de l'analyseur
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Pour les runs de développement, les profils de run
contiennent les paramètres du run pour l'analyseur.
Les profils de run sont affichés dans le panneau Gérer
les profils de run.
Vous pouvez modifier les profils de run dans le panneau
Modifier le profil de run.
Dans cette partie
À propos des profils de run dans le logiciel de
l'analyseur (140)
Utilisation de profils de run sur le panneau Gérer les
profils de run dans le logiciel de l'analyseur (141)
Modification de profils de run sur le panneau Modifier le
profil de run dans le logiciel de l'analyseur (146)
À propos des profils de run dans le logiciel de l'analyseur
Pour les runs de développement, un profil de run fournit
les paramètres du run pour l'analyseur.
Un profil de run contient les paramètres de run suivants :
À propos des profils de run par défaut
•
Températures
•
Durées
•
Nombre de cycles
•
Formats de détection
Un profil de run d'ADN par défaut et un profil de run
d'ARN par défaut sont présents dans le logiciel de
l'analyseur.
Profil de run d'ADN par défaut :
Formats de détection
Programme
Température
Durée
Nombre de cycles
Canal 2 / FAM
UNG
50 °C
120 s
1
Canal 3 / HEX
Dénaturation
95 °C
120 s
1
Amplification
Étape 1 : 95 °C
Étape 1 : 15 s
40
Étape 2 : 58 °C
Étape 2 : 30 s
40 °C
30 s
Refroidissement
1
y Profil de run d'ADN par défaut
Profil d'ARN par défaut :
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Programme
Température
Durée
Nombre de cycles
Canal 2 / FAM
UNG
50 °C
120 s
1
Canal 3 / HEX
Dénaturation
95 °C
20 s
1
Étape RT 1
55 °C
180 s
1
Étape RT 2
65 °C
720 s
1
Inactivation RT
95 °C
15 s
1
Amplification
Étape 1 : 95 °C
Étape 1 : 15 s
40
Étape 2 : 58 °C
Étape 2 : 30 s
40 °C
30 s
Refroidissement
1
y Profil de run d'ARN par défaut
À propos de l'état du profil de run
Un profil de run peut être verrouillé ou déverrouillé, une
information qui est indiquée dans le panneau Gérer les
profils de run par un symbole dans la colonne Nom du
profil de run :
•
Profil de run verrouillé
•
Ne peut pas être renommé ou supprimé
•
Peut être ouvert et consulté mais pas modifié
•
Duplicata comme point de départ pour vos propres
profils de run
•
Profil de run déverrouillé
•
Tous les profils de run dupliqués sont déverrouillés
•
Peut être renommé et supprimé
•
Peut être modifié
Vous ne pouvez pas modifier l'état d'un profil de run.
Utilisation de profils de run sur le panneau Gérer les
profils de run dans le logiciel de l'analyseur
Dans le panneau Gérer les profils de run du logiciel de
l'analyseur, vous pouvez ouvrir, renommer, dupliquer,
supprimer, exporter et importer des profils de run et
démarrer un run de développement.
i
Vous ne pouvez pas créer de profil de run. Si
vous avez besoin d'un nouveau profil de run, vous
devez dupliquer un profil de run existant et le
modifier.
u Modification de profils de run sur le panneau
Modifier le profil de run dans le logiciel de
l'analyseur (146)
Vous ne pouvez pas renommer ou supprimer un profil de
run verrouillé.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Formats de détection
141
142
Profils de run dans le logiciel de l'analyseur
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Vous pouvez uniquement renommer un profil de run
dans le logiciel de l'analyseur. Même si vous modifiez le
nom de fichier d'un profil de run exporté dans
l'Explorateur Windows, le nom du profil de run lui-même
reste inchangé.
Vous pouvez exporter des profils de run vers et les
importer depuis un partage réseau ou un dispositif de
stockage externe.
Vous pouvez uniquement démarrer un run depuis le
panneau Gérer les profils de run si les prérequis du
run de développement sont remplis.
d
m Pour importer un profil de run :
Profil de run (fichier .dpcrPrfl) enregistré dans un
partage réseau ou sur un dispositif de stockage
externe
m Pour exporter un profil de run :
En option, dispositif de stockage externe, par ex.,
périphérique flash USB
j
m Rôle utilisateur d'opérateur de développement
r Pour ouvrir un profil de run dans le
logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Gérer les profils de
run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
2 Dans le tableau Profils de run, sélectionnez un profil
de run.
3 Sélectionnez le bouton Ouvrir.
f Le profil de run est affiché sur le panneau
Modifier le profil de run.
r Pour renommer un profil de run dans
le logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Gérer les profils de
run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
143
2 Dans le tableau Profils de run, sélectionnez un profil
de run.
I Vous pouvez uniquement renommer les profils de
run déverrouillés.
4 Dans la boîte de dialogue Modifier le nom du profil
de run, saisissez un nouveau nom pour le profil de
run.
I Le nom peut se composer de 1 à 20 caractères.
Le nom ne peut pas contenir les caractères
suivants :
?*<>/\:"|'
5 Sélectionnez le bouton Enregistrer.
f Le profil de run est affiché avec le nom modifié
dans le tableau Profils de run.
r Pour dupliquer un profil de run dans
le logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Gérer les profils de
run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
2 Dans le tableau Profils de run, sélectionnez un profil
de run.
3 Sélectionnez le bouton Dupliquer.
4 Dans la boîte de dialogue Modifier le nom du profil
de run, saisissez un nom pour le nouveau profil de
run.
I Le nom peut se composer de 1 à 20 caractères.
5 Sélectionnez le bouton Enregistrer.
f Le profil de run déverrouillé est affiché dans le
tableau Profils de run.
f Votre nom d'utilisateur est ajouté à la colonne
Auteur.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
3 Sélectionnez le bouton Renommer.
144
Profils de run dans le logiciel de l'analyseur
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour démarrer un run de développement dans le panneau Gérer les profils de run du logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Gérer les profils de
run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
2 Dans le tableau Profils de run, sélectionnez un profil
de run.
I Vous pouvez uniquement démarrer un run si
l'analyseur est chargé et prêt pour un run de
développement.
Vous pouvez également ouvrir le profil de run et
démarrer le run depuis le panneau Modifier le
profil de run.
3 Sélectionnez le bouton Run.
I Vous pouvez uniquement démarrer le run si les
prérequis du run de développement sont remplis.
f Le run de développement est démarré.
f Le panneau Contrôle s'affiche.
r Pour supprimer un profil de run dans
le logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Gérer les profils de
run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
2 Dans le tableau Profils de run, sélectionnez un profil
de run.
I Vous pouvez uniquement supprimer des profils de
run déverrouillés.
Vous pouvez supprimer plusieurs profils de run
simultanément.
3 Sélectionnez le bouton Supprimer.
4 Dans la boîte de dialogue Supprimer les profils de
run, sélectionnez le bouton Confirmer.
f Le profil de run est supprimé du tableau Profils
de run.
r Pour exporter un profil de run dans le
logiciel de l'analyseur
1 Pour faire un export vers un dispositif de stockage
externe, il est possible de connecter le dispositif de
stockage externe à l'analyseur.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
145
2 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Gérer les profils de
run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
I Vous pouvez exporter plusieurs profils de run
simultanément.
4 Sélectionnez le bouton Exporter.
5 Dans l'explorateur de dossiers, accédez au dossier
souhaité.
6 Sélectionnez le bouton Exporter.
7 Éventuellement, si un profil de run portant le même
nom existe déjà dans le dossier, pour écraser le profil
de run existant, sélectionnez le bouton Confirmer.
f Le profil de run est exporté en tant que
fichier .dpcrPrfl vers le dossier.
8 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
r Pour importer un profil de run dans le
logiciel de l'analyseur
1 Éventuellement, pour réaliser une importation depuis
un dispositif de stockage externe, vous pouvez
connecter le dispositif de stockage externe à
l'analyseur.
2 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Gérer les profils de
run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
3 Sélectionnez le bouton Importer.
f La boîte de dialogue Importer les profils de run
s'affiche.
4 Dans l'explorateur de dossiers, ouvrez le dossier du
profil de run.
5 Dans l'explorateur de fichiers, sélectionnez le profil de
run.
I Vous pouvez importer plusieurs profils de run
simultanément.
6 Sélectionnez le bouton Importer.
7 Éventuellement, si un profil de run portant le même
nom existe déjà dans le logiciel de l'analyseur,
effectuez l'une des opérations suivantes dans la boîte
de dialogue Action refusée :
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
3 Dans le tableau Profils de run, sélectionnez un profil
de run.
146
Profils de run dans le logiciel de l'analyseur
•
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
Pour conserver le profil de run existant,
sélectionnez le bouton Renommer. Un numéro
est ajouté au nom du profil de run importé.
Pour remplacer le profil de run existant,
sélectionnez le bouton Écraser.
f Le profil de run est affiché dans le tableau Profils
de run.
8 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
Modification de profils de run sur le panneau Modifier le
profil de run dans le logiciel de l'analyseur
Dans le panneau Modifier le profil de run, vous pouvez
ajouter, modifier et supprimer des programmes issus des
profils de run, modifier les formats de détection et
démarrer un run de développement.
Si vous modifiez le profil de run, le graphique de
température du run et la durée estimée du run sont
automatiquement mis à jour.
i
Vous ne pouvez pas supprimer le programme de
refroidissement obligatoire à la fin d'un run.
Vous ne pouvez pas modifier les profils de run
verrouillés.
Les programmes peuvent ou non être ajoutés en fonction
de leur emplacement dans le profil de run.
Vous pouvez uniquement démarrer un run depuis le
panneau Modifier le profil de run si toutes les
modifications apportées au profil de run sont
enregistrées et si les prérequis pour un run de
développement sont remplis.
À propos des formats de détection
Les formats de détection définissent les canaux, le
colorant fluorescent par canal, et le temps d'intégration
pour la détection de la fluorescence par l'analyseur.
Les critères suivants s'appliquent :
•
Activez les canaux correspondant à tous les colorants
fluorescents contenus dans l'un des réactifs de master mix utilisés dans le run de développement.
•
Désactivez les canaux correspondant aux colorants
fluorescents qui ne sont contenus dans aucun des réactifs de master mix utilisés dans le run de développement. La désactivation des canaux vides permet de
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
147
raccourcir la durée du run, de réduire la taille du fichier de données brutes et d'améliorer la performance du logiciel de développement.
j
Vous ne pouvez pas utiliser plusieurs colorants fluorescents différents détectés dans le même canal dans
un même run de développement.
m Rôle utilisateur d'opérateur de développement
r Pour modifier un profil de run dans le
logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Gérer les profils de
run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
2 Ouvrir un profil de run déverrouillé :
• Dans le tableau Profils de run, sélectionnez le
profil de run.
• Sélectionnez le bouton Ouvrir.
f Le profil de run est affiché sur le panneau
Modifier le profil de run.
3 Pour modifier la valeur d'un champ (par ex. nom du
programme, nombre de cycles, température de l'étape
ou durée de l'étape), effectuez les actions suivantes :
• Sélectionnez l'entrée dans le champ.
• Saisissez la nouvelle valeur.
• Fermez le clavier virtuel.
4 Pour modifier la température de l'étape, vous pouvez
également glisser-déplacer le segment de plateau de
la courbe de température.
I Vous ne pouvez pas modifier le gradient de
l'évolution de température.
5 Pour ajouter un programme, sélectionnez le bouton
. Dans le menu déroulant, sélectionnez le
programme.
I Les programmes peuvent ou non être ajoutés en
fonction de leur emplacement dans le profil de
run.
f Le nouveau programme est ajouté à gauche.
6 Pour supprimer un programme, sélectionnez le
bouton .
I Vous ne pouvez pas supprimer le programme de
refroidissement à la fin du profil de run.
7 Sélectionnez le bouton Formats de détection.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
148
Profils de run dans le logiciel de l'analyseur
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f La zone de liste déroulante Format de détection
s'affiche.
8 Pour modifier les formats de détection, procédez de la
manière suivante :
• Pour désactiver un canal, décochez la case
Activé.
• Pour activer un canal, cochez la case Activé.
• Pour chaque canal activé, sélectionnez le colorant
fluorescent dans la liste déroulante Colorant
fluorescent.
• Le cas échéant, pour modifier le temps
d'intégration pour un canal, cochez la case
Paramètres avancés. Sélectionnez le champ
Temps d'intégration (ms) et saisissez la
nouvelle valeur.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
I Veillez à désactiver les canaux vides.
9 Sélectionnez le bouton Enregistrer.
10 Dans le panneau Modifier le profil de run,
sélectionnez le bouton Enregistrer.
r Pour démarrer un run de développement dans le panneau Modifier le
profil de run du logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Gérer les profils de
run.
f Le panneau Gérer les profils de run s'affiche.
2 Ouvrir un profil de run :
• Dans le tableau Profils de run, sélectionnez le
profil de run.
• Sélectionnez le bouton Ouvrir.
f Le profil de run est affiché sur le panneau
Modifier le profil de run.
3 Sélectionnez le bouton Run.
I Le bouton Run est uniquement disponible s'il n'y
a aucune modification non enregistrée dans le
profil de run et si les prérequis pour un run de
développement sont remplis.
Vous pouvez également démarrer le run de
développement depuis le panneau Gérer les
profils de run.
f Le run de développement est démarré.
f Le panneau Contrôle s'affiche.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
149
Lors d'un run de développement, vous pouvez saisir des
informations de run dans le panneau Contrôle du
logiciel de l'analyseur.
Les informations de run comprennent le nom du run et
les remarques sur le run.
Par défaut, tout run de développement est nommé
"Batch_AAAAMMJJhhmmss"
avec la date et l'heure de démarrage du run de
développement sur l'analyseur.
Le nom du run est composé de 1 à 25 caractères.
Le nom du run ne doit pas contenir les caractères
suivants :
?*<>/\:"|'
Vous pouvez également renommer le run de
développement dans le logiciel de l'analyseur une fois
que le run est terminé ou dans le logiciel de
développement une fois le fichier de données brutes
importé.
u Gestion des fichiers de données brutes des runs de
développement dans le logiciel de l'analyseur (155)
u Utilisation de fichiers de données brutes et de runs
dans le logiciel de développement (160)
j
m Traitement du run de développement sur l'analyseur
m Panneau Contrôle affiché dans le logiciel de
l'analyseur
m Rôle utilisateur d'opérateur de développement
r Pour saisir des informations de run
pour un run de développement
1 Dans le panneau Contrôle du logiciel de l'analyseur,
sélectionnez le bouton
situé à côté du nom du run.
f Une boîte de dialogue s'affiche.
f Les remarques sur le run ajoutées précédemment
s'affichent avec le nom d'utilisateur et
l'horodatage.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Saisie d'informations de run pour un run de
développement dans le logiciel de
l'analyseur
150
Saisie d'informations de run pour un run de développement dans le logiciel de l'analyseur
2 Modifiez le nom du run et/ou saisissez des remarques
sur le run.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
I Le nom du run est composé de 1 à 25 caractères.
Le nom du run ne doit pas contenir les caractères
suivants :
?*<>/\:"|'
3 Sélectionnez le bouton Confirmer.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
151
À la fin de chaque run, un fichier de données brutes
contenant les paramètres du run et les valeurs de
fluorescence est généré. Vous importerez les fichiers de
données brutes en tant que runs dans le logiciel de
développement à des fins d'analyse de données.
Vous pouvez importer les fichiers de données brutes
contenant jusqu'à 600 échantillons dans le logiciel de
développement.
Les colonnes de la plaque à nanopuits fusionnées sont
encore traitées séparément. C'est pourquoi chacune des
colonnes fusionnées est répertoriée individuellement
dans un onglet de run.
Dans cette partie
À propos des fichiers de données brutes et runs (151)
Gestion des fichiers de données brutes des runs de
développement dans le logiciel de l'analyseur (155)
Exportation de fichiers de données brutes de runs de
diagnostic depuis l'application Web (158)
Utilisation de fichiers de données brutes et de runs dans
le logiciel de développement (160)
Attribution de configurations échantillon non attribuées à
correspondance partielle à des runs de développement
dans le logiciel de développement (165)
Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Ajout et modification des paramètres de colonne d'un
run dans le logiciel de développement (169)
Utilisation des groupes d'échantillons dans le logiciel de
développement (173)
À propos des fichiers de données brutes et runs
Les données brutes d'un run sont composées des
paramètres du run ainsi que d'une liste des nanopuits
valides et de leurs valeurs de fluorescence. Les données
brutes sont compilées dans un fichier de données brutes
unique à la fin du run.
Les fichiers de données brutes peuvent être exportés :
•
automatiquement depuis l'analyseur à la fin du run (si
configuré).
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Runs dans le logiciel de développement
152
Runs dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
manuellement depuis le logiciel de l'analyseur (pour
les runs de développement) ou l'application Web
(pour les runs de diagnostic).
Les fichiers de données brutes sont ensuite importés en
tant que runs dans le logiciel de développement et
répertoriés dans le menu Runs. Les données brutes
constituent la base de l'engroupement et des analyses.
u Gestion des fichiers de données brutes des runs de
développement dans le logiciel de l'analyseur (155)
u Exportation de fichiers de données brutes de runs de
diagnostic depuis l'application Web (158)
Contenu des fichiers de données brutes
Un fichier de données brutes contient toujours les informations suivantes (quel que soit le type de run) :
•
Détails du run :
– Nom du run
– Date et heure de démarrage et de fin du run sur
l'analyseur
– ID utilisateur de l'utilisateur ayant démarré le run
sur l'analyseur
– Numéro de série de l'analyseur
– Alertes du run
– Informations et alertes de partitionnement
•
Profil de run sur l'analyseur :
– Programmes (températures, durées, nombre de
cycles)
– Formats de détection
•
Paramètres de run :
– Nombre de plaques à nanopuits
– ID et types de plaques à nanopuits
– Remarques sur le run (en option)
•
Valeurs de fluorescence pour les nanopuits valides
(Il est possible que le système invalide certains nanopuits, notamment les nanopuits pour lesquels une
image n'a pas pu être créée en raison de particules
de poussière.)
Pour un run de diagnostic, le fichier de données brutes
contient les informations supplémentaires suivantes :
•
Paramètres de colonne (modifiables dans le logiciel
de développement) :
– ID échantillon
– Colonnes fusionnées
– Facteurs de dilution
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
153
– Réactifs de master mix
•
Paramètres d'engroupement (importation en option)
•
Paramètres d'analyse (importation en option)
Pour un run de développement, les paramètres de
colonne ne sont pas inclus dans le fichier de données
brutes. Les paramètres de colonne peuvent être attribués
au run depuis une configuration échantillon non
attribuée ou ils peuvent être directement ajoutés au run.
u Utilisation de fichiers de données brutes et de runs
dans le logiciel de développement (160)
u Attribution de configurations échantillon non attribuées à correspondance partielle à des runs de développement dans le logiciel de développement (165)
u Ajout et modification des paramètres de colonne
d'un run dans le logiciel de développement (169)
À propos des paramètres de cible et de
colorant fluorescent
Le fichier de données brutes contient les formats de
détection du run dans les paramètres de run, c'est-à-dire
les canaux, les colorants fluorescents, et le temps
d'intégration pour la détection de fluorescence par
l'analyseur.
Dans les paramètres de colonne, tableau Paramètres
de cible et de colorant fluorescent, vous définissez le
sous-ensemble de colorants fluorescents contenu dans
les réactifs de master mix individuels et vous associez les
cibles aux colorants fluorescents.
Les règles suivantes s'appliquent :
•
Seuls les colorants fluorescents activés dans les paramètres de run sont disponibles dans les paramètres
de colonne.
•
Vous pouvez uniquement utiliser un réactif de master
mix dans l'ensemble d'un projet si les runs ou les
configurations échantillon non attribuées utilisent les
mêmes formats de détection.
Si vous activez ou désactivez des cibles pour un réactif
de master mix dans les paramètres de colonne, tout
engroupement pour ce réactif de master mix sera mis à
jour en conséquence.
À propos des colonnes fusionnées
Les colonnes fusionnées permettent d'émuler le
partitionnement d'un volume d'échantillon plus important
dans un nombre de nanopuits plus élevé. Le système
traite les nanopuits d'un ensemble de colonnes
fusionnées en considérant qu'ils appartiennent à
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
– Paramètres de cible et de colorant fluorescent
154
Runs dans le logiciel de développement
1 colonne de la plaque à nanopuits. Les colonnes
fusionnées facilitent ainsi la détection de très faibles
concentrations cibles.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Il est possible de fusionner jusqu'à 8 colonnes de la
plaque à nanopuits.
Un ensemble de colonnes fusionnées présente les caractéristiques suivantes :
•
Le même mélange réactionnel est pipeté dans les colonnes fusionnées.
•
Les colonnes fusionnées sont analysées ensemble.
Un ensemble de colonnes fusionnées obtient 1 résultat final.
Dans le logiciel de développement, les colonnes de la
plaque à nanopuits présentant des paramètres
identiques sont automatiquement fusionnées. Les
paramètres de colonne vides sont considérés comme
identiques.
La position d'un ensemble de colonnes fusionnées dans
une configuration échantillon est désignée par la
position la plus basse des colonnes de la plaque à
nanopuits incluses.
Exemple :
Si les colonnes de la plaque à nanopuits A1, B1 et C1
sont fusionnées, la position de l'ensemble des colonnes
fusionnées est désignée par "A1".
La position sert également de nom pour l'ensemble des
colonnes fusionnées.
Nom des fichiers de données brutes
Avant l'exportation, les fichiers de données brutes sont
identifiés par le nom du run dans le logiciel de
l'analyseur et l'application Web.
Par défaut, après l'exportation, tout fichier de données
brutes est nommé
RunType_RunName_SN_AAAAMMJJhhmmss.dpcrRaw
avec la date et l'heure de démarrage du run sur
l'analyseur.
Tout fichier de données brutes possède l'extension de
fichier .dpcrRaw.
i
Si vous modifiez le nom d'un run de
développement dans le logiciel de l'analyseur
avant l'exportation, le nom du run sera utilisé
comme nom du fichier d'exportation.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
155
Gestion des fichiers de données brutes des runs de
développement dans le logiciel de l'analyseur
Pour les runs de développement, vous pouvez renommer,
exporter et supprimer les fichiers de données brutes
dans le logiciel de l'analyseur.
À propos du changement de nom
Tout changement du nom du fichier de données brutes
dans le logiciel de l'analyseur entraîne la modification du
nom de fichier ainsi que du nom du run contenu dans le
fichier de données brutes.
Le nom peut se composer de 1 à 20 caractères.
Le nom ne peut pas contenir les caractères suivants :
?*<>/\:"|'
Ne changez pas le nom du fichier dans l'Explorateur
Windows. Le fait de modifier le nom du fichier n'entraîne
pas le changement du nom du run.
Vous pouvez également modifier le nom du run dans le
logiciel de développement après importation du fichier
de données brutes.
u Utilisation de fichiers de données brutes et de runs
dans le logiciel de développement (160)
À propos de l'exportation
Même si l'exportation automatique des fichiers de
données brutes est configurée, l'exportation manuelle
des fichiers de données brutes est toujours possible.
Si aucune exportation automatique des fichiers de
données brutes n'est configurée ou en cas d'échec de
l'exportation automatique, vous devez exporter le fichier
de données brutes manuellement.
Après l'exportation, vous pouvez ouvrir ou importer le
fichier de données brutes dans le logiciel de
développement.
u Utilisation de fichiers de données brutes et de runs
dans le logiciel de développement (160)
d
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Après l'importation dans le logiciel de développement,
les fichiers de données brutes sont répertoriés dans le
menu Runs et nommés
"RunName (JJ/MM/AAAA hh:mm:ss)".
156
Runs dans le logiciel de développement
j
m Données brutes disponibles dans le logiciel de
l'analyseur (run de développement terminé sur
l'analyseur)
m Mémoire suffisante dans le partage réseau ou sur le
dispositif de stockage externe
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
m Rôle utilisateur d'opérateur de développement
r Pour renommer les données brutes
d'un run de développement dans le
logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Résultats de
développement.
f Le panneau Résultats de développement
s'affiche.
2 Sélectionnez le run.
3 Sélectionnez le bouton Renommer.
f La boîte de dialogue Renommer s'affiche.
4 Saisissez un nouveau nom pour le run et sélectionnez
le bouton Enregistrer.
I Le nom peut se composer de 1 à 20 caractères.
Le nom ne peut pas contenir les caractères
suivants :
?*<>/\:"|'
f Le nouveau nom est affiché sur le panneau
Résultats de développement.
r Pour exporter manuellement les données brutes d'un run de développement dans le logiciel de l'analyseur
1 Pour faire un export vers un dispositif de stockage
externe, il est possible de connecter le dispositif de
stockage externe à l'analyseur.
2 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Résultats de
développement.
f Le panneau Résultats de développement
s'affiche.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
157
3 Sélectionnez le run.
4 Sélectionnez le bouton Exporter.
5 Pour modifier le chemin d'exportation, sélectionnez le
bouton .
f La boîte de dialogue Sélectionner dossier
s'affiche.
6 Dans l'explorateur de dossiers, accédez au dossier
souhaité.
7 Sélectionnez le bouton Confirmer.
8 Dans la boîte de dialogue Exporter, sélectionnez le
bouton Exporter.
f Les résultats sont exportés sous un fichier
dpcrRaw.
r Pour supprimer les données brutes
d'un run de développement dans le
logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de développement > Résultats de
développement.
f Le panneau Résultats de développement
s'affiche.
2 Sélectionnez le run.
3 Sélectionnez le bouton Supprimer.
f La boîte de dialogue Supprimer s'affiche.
4 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Le run est supprimé du tableau dans le panneau
Résultats de développement.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f La boîte de dialogue Exporter s'affiche.
158
Runs dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Exportation de fichiers de données brutes de runs de
diagnostic depuis l'application Web
Pour les runs de diagnostic, vous pouvez exporter les
fichiers de données brutes depuis l'application Web si les
conditions d'exportation sont remplies.
Même si l'exportation automatique des fichiers de
données brutes est configurée, l'exportation manuelle
des fichiers de données brutes est toujours possible si
les conditions d'exportation sont remplies.
Si aucune exportation automatique des fichiers de
données brutes n'est configurée ou en cas d'échec de
l'exportation automatique, vous devez exporter le fichier
de données brutes manuellement.
Après l'exportation, vous pouvez ouvrir ou importer le
fichier de données brutes dans le logiciel de
développement.
u Utilisation de fichiers de données brutes et de runs
dans le logiciel de développement (160)
À propos des conditions d'exportation
Pour un run de diagnostic, l'exportation du fichier de
données brutes est uniquement possible si les conditions
suivantes sont remplies :
•
Tous les résultats du run de diagnostic doivent être
terminés, c'est-à-dire émis et envoyés. Le run doit
être affiché dans l'écran Séries terminées.
•
L'exportation du fichier de données brutes doit être
activée dans les fichiers d'analyse utilisés pour le run
de diagnostic.
i
Si un run de diagnostic utilise 2 fichiers d'analyse
ou plus présentant différents paramètres
d'exportation, l'option la plus restrictive est
appliquée au fichier de données brutes de ce run.
u Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
(265)
À propos des options d'exportation
Selon le navigateur et la configuration de l'ordinateur, les
options d'exportation suivantes sont disponibles :
•
Si vous accédez à l'application Web depuis l'ordinateur exécutant le logiciel de développement, vous
pouvez exporter le fichier de données brutes et l'ouvrir directement en tant que nouveau projet dans le
logiciel de développement.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
j
Vous pouvez également exporter et enregistrer le fichier de données brutes en vue d'une importation ultérieure dans le logiciel de développement.
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Données brutes prêtes pour l'exportation dans
l'application Web (run de diagnostic répertorié dans
l'écran Séries terminées)
m Exportation des données brutes autorisée dans les
fichiers d'analyse du run de diagnostic
m Mémoire suffisante dans le partage réseau ou sur le
dispositif de stockage externe
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic ou
d'approbateur de diagnostic
r Pour exporter et ouvrir le fichier de
données brutes d'un run de diagnostic depuis l'application Web
1 Dans l'application Web, dans la colonne Résultats du
tableau de bord, sélectionnez la vignette {count}
séries terminées.
f L'écran Séries terminées s'affiche.
2 Sélectionnez le run, puis sélectionnez le bouton
Exporter.
f Une boîte de dialogue s'affiche.
3 Ouvrez le fichier de données brutes et sélectionnez le
bouton OK.
I Les options et détails disponibles dépendent de
votre navigateur et la configuration de votre
ordinateur.
Vous pouvez uniquement ouvrir le fichier de
données brutes si le logiciel de développement
est installé sur le même ordinateur.
f Le logiciel de développement est démarré.
f La boîte de dialogue Importer les données de
run de diagnostic s'affiche.
4 Dans le logiciel de développement, effectuez l'une
des opérations suivantes :
• Pour inclure les paramètres d'analyse et
d'engroupement dans l'importation, sélectionnez le
bouton Oui.
• Pour exclure les paramètres d'analyse et
d'engroupement de l'importation, sélectionnez le
bouton Non.
f Le run de diagnostic est importé dans le logiciel
de développement et répertorié dans le menu
Runs.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
d
159
160
Runs dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour exporter et enregistrer le fichier
de données brutes d'un run de diagnostic depuis l'application Web
1 Éventuellement, pour exporter le fichier vers un
dispositif de stockage externe, connectez le dispositif
de stockage externe à l'ordinateur exécutant
l'application Web.
2 Dans l'application Web, dans la colonne Résultats du
tableau de bord, sélectionnez la vignette {count}
séries terminées.
f L'écran Séries terminées s'affiche.
3 Sélectionnez le run, puis sélectionnez le bouton
Exporter.
f Une boîte de dialogue s'affiche.
4 Enregistrez le fichier de données brutes et
sélectionnez le bouton OK.
I Les options et détails disponibles dépendent de
votre navigateur et la configuration de votre
ordinateur.
f Le fichier de données brutes est exporté et
enregistré dans l'emplacement d'exportation.
5 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
Utilisation de fichiers de données brutes et de runs dans
le logiciel de développement
Vous pouvez ouvrir ou importer les fichiers de données
brutes exportés dans le logiciel de développement.
Ensuite, vous pouvez renommer les runs, consulter les
détails des runs et les profils de runs, exporter les profils
de runs et les données de runs, supprimer les runs ou
créer des rapports de configuration des échantillons.
À propos de la correspondance de
configurations échantillon non attribuées
Lors de l'importation du fichier de données brutes d'un
run de développement, le logiciel de développement recherche une configuration échantillon non attribuée correspondante dans le projet :
•
Une configuration échantillon non attribuée correspondante est automatiquement attribuée lors de
l'importation.
•
Une configuration échantillon non attribuée à correspondance partielle peut être attribuée manuellement après l'importation.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
161
Une configuration échantillon non attribuée est correspondante si les paramètres suivants concordent entre la
configuration échantillon non attribuée et le run de développement :
•
Nombre de plaques à nanopuits (une demande différente est autorisée)
•
ID de plaques à nanopuits
•
Formats de détection
Une configuration échantillon non attribuée affiche une
correspondance partielle si les paramètres suivants
concordent entre la configuration échantillon non attribuée et le run de développement :
•
Nombre de plaques à nanopuits
•
Types de plaques à nanopuits
•
Demande de plaques à nanopuits
•
Formats de détection
Après l'attribution d'une configuration échantillon non attribuée à un run de développement, les règles suivantes
s'appliquent :
•
La configuration échantillon non attribuée est supprimée du menu Configuration échantillon non attribuée dans la zone Navigation.
•
Vous ne pouvez pas attribuer une configuration
échantillon non attribuée différente au même run de
développement. Au lieu de cela, vous devez directement modifier les paramètres des colonnes du run.
u Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement (253)
d
j
m Éventuellement, dispositif de stockage externe
comportant le fichier de données brutes exporté, par
ex. périphérique flash USB
m Le fichier de données brutes exporté et disponible
dans le partage réseau ou sur le dispositif de
stockage externe
r Pour ouvrir le fichier de données
brutes dans le logiciel de développement en tant que nouveau projet
1 Éventuellement, si le fichier de données brutes a été
exporté vers un dispositif de stockage externe,
connectez le dispositif de stockage externe à
l'ordinateur exécutant le logiciel de développement.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
L'attribution transfère les paramètres de colonne de la
configuration échantillon non attribuée au run de
développement.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
162
Runs dans le logiciel de développement
2 Effectuez l'une des opérations suivantes :
• Dans le logiciel de développement, onglet Page
d'accueil, sélectionnez le bouton Ouvrir le
fichier.
• Dans le logiciel de développement, zone
Navigation, sélectionnez Fichier >
> Ouvrir.
• Dans l'Explorateur Windows, double-cliquez sur le
fichier dpcrRaw.
I Les commandes Ouvrir ouvrent toujours une
nouvelle instance du logiciel de développement.
3 Le cas échéant, accédez au fichier dpcrRaw et
sélectionnez le bouton Ouvrir.
f Un projet est créé et affiché dans une autre
instance du logiciel de développement. Par défaut,
le projet porte le même nom que le run.
f L'onglet du run s'affiche dans la zone de travail.
f Dans la zone Navigation, le run est répertorié
dans le menu Runs.
f 1 engroupement par défaut par association de
réactif de master mix et type de plaque est ajouté
au projet et répertorié dans le menu
Engroupement.
4 Enregistrez le projet.
r Pour importer le fichier de données
brutes dans un projet dans le logiciel
de développement
1 Dans le logiciel de développement, ouvrez le projet tel
que décrit dans Utilisation de projets dans le logiciel
de développement (137).
I Vous pouvez importer plusieurs runs dans le
même projet.
2 Dans la zone Navigation, sélectionnez Runs >
Importer.
>
I La commande Importer importe le fichier de
données brutes dans la même instance du logiciel
de développement.
3 Accédez au fichier dpcrRaw et sélectionnez le bouton
Ouvrir.
4 Si une configuration échantillon non attribuée
correspondante est trouvée, la boîte de dialogue Une
configuration échantillon non attribuée
correspondante a été trouvée. apparaît.
Sélectionnez le bouton Confirmer.
f L'onglet du run s'affiche dans la zone de travail.
f Dans la zone Navigation, le run est répertorié
dans le menu Runs.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
163
5 Si le projet contient une configuration échantillon non
attribuée avec correspondance partielle, attribuez-la
manuellement tel que décrit dans Attribution de
configurations échantillon non attribuées à
correspondance partielle à des runs de
développement dans le logiciel de développement
(165).
6 Enregistrez le projet.
r Pour renommer un run dans le logiciel de développement
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez le run depuis
le menu Runs. Sélectionnez
> Renommer.
2 Dans la boîte de dialogue Modifier le nom du run,
saisissez le nouveau nom.
3 Sélectionnez le bouton Enregistrer.
f L'onglet du run est renommé.
f Le run répertorié dans le menu Runs est
renommé.
4 Enregistrez le projet.
r Pour afficher le profil de run d'un run
dans le logiciel de développement
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez le run depuis
le menu Runs. Sélectionnez
> Afficher le profil
de run.
f Le profil de run est affiché au même format que
sur le panneau Modifier le profil de run dans le
logiciel de l'analyseur.
f Le profil de run est ouvert en lecture seule. Vous
ne pouvez pas modifier le profil de run.
2 Pour afficher les paramètres de canaux, colorants
fluorescents et temps d'intégration, sélectionnez le
bouton Formats de détection.
3 Pour fermer la zone de liste déroulante Format de
détection, sélectionnez le bouton Annuler.
4 Pour fermer le profil de run, sélectionnez le bouton
.
r Pour afficher les détails d'un run dans
le logiciel de développement
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez le run depuis
le menu Runs. Sélectionnez
> Afficher les
détails du run.
f La boîte de dialogue Détails du run s'affiche.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Tout engroupement affecté est mis à jour
conformément aux règles d'engroupement.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
164
Runs dans le logiciel de développement
2 Pour fermer les détails du run, sélectionnez le bouton
Fermer.
r Pour exporter le profil d'un run depuis le logiciel de développement
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez le run depuis
le menu Runs. Sélectionnez
> Exporter le profil
de run.
2 Accédez au dossier souhaité. Saisissez un nom pour
le fichier d'exportation et sélectionnez le bouton
Enregistrer.
f Le profil de run est exporté en tant que fichier
dpcrPfrl.
r Pour exporter les données d'un run
au format CSV depuis le logiciel de
développement
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez le run depuis
le menu Runs. Sélectionnez
> Exporter les
données de run au format CSV.
2 Accédez au dossier souhaité et sélectionnez le
bouton OK.
f Un fichier CSV est exporté vers le dossier pour
chaque colonne de la plaque à nanopuits.
f La première ligne des fichiers CSV contient les entêtes des colonnes, c'est-à-dire la légende.
r Pour supprimer un run d'un projet
dans le logiciel de développement
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez le run depuis
le menu Runs. Sélectionnez
> Supprimer.
2 Dans la boîte de dialogue Avertissement,
sélectionnez le bouton Confirmer.
I Vous ne pouvez pas restaurer le run mais vous
pouvez à nouveau ouvrir ou importer le run.
f Le run est supprimé du projet.
f Les échantillons du run sont supprimés de tout
engroupement affecté. Tout engroupement vide
est supprimé du projet.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
165
f Les échantillons du run sont supprimés des
analyses. Les analyses vides sont conservées dans
le projet.
3 Enregistrez le projet.
r Pour créer un rapport de configuration échantillon d'un run dans le logiciel de développement
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez le run depuis
le menu Runs. Sélectionnez
> Créer un rapport
de configuration des échantillons.
2 Accédez au dossier souhaité. Saisissez un nom pour
le rapport et sélectionnez le bouton Enregistrer.
I Une version imprimée du rapport de configuration
échantillon peut se révéler utile lors de l'exécution
de l'analyse.
f Le rapport de configuration échantillon est
enregistré en tant que fichier PDF.
Attribution de configurations échantillon non attribuées à
correspondance partielle à des runs de développement
dans le logiciel de développement
Pour transférer les paramètres de colonne d'une
configuration échantillon non attribuée à
correspondance partielle vers le run de développement
importé correspondant, attribuez la configuration
échantillon non attribuée au run.
Une configuration échantillon non attribuée affiche une
correspondance partielle si les paramètres suivants
concordent entre la configuration échantillon non attribuée et le run de développement :
•
Nombre de plaques à nanopuits
•
Types de plaques à nanopuits
•
Demande de plaques à nanopuits
•
Formats de détection
Après l'attribution d'une configuration échantillon non attribuée à un run de développement, les règles suivantes
s'appliquent :
•
La configuration échantillon non attribuée est supprimée du menu Configuration échantillon non attribuée dans la zone Navigation.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Les fichiers d'analyse créés sur la base du run ne
sont pas affectés mais ils sont conservés tels
quels dans le projet.
166
Runs dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
Vous ne pouvez pas attribuer une configuration
échantillon non attribuée différente au même run de
développement. Au lieu de cela, vous devez directement modifier les paramètres des colonnes du run.
Les configurations échantillons non attribuées qui ne
sont pas au moins des correspondances partielles ne
peuvent pas être attribuées à un run de développement
importé.
Vous ne pouvez pas attribuer une configuration
échantillon non attribuée à un run de diagnostic.
u Utilisation de fichiers de données brutes et de runs
dans le logiciel de développement (160)
j
m Run de développement importé dans le projet
m Le projet contient une configuration échantillon non
attribuée à correspondance partielle
r Pour attribuer une configuration
échantillon non attribuée à correspondance partielle à un run de développement dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez le run à partir du menu
Runs.
2 Sélectionnez
> Attribuer une configuration
échantillon existante.
f Une liste des configurations échantillons non
attribuées à correspondance partielle est affichée
sous forme de sous-menu.
3 Sélectionnez la configuration échantillon.
4 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Les paramètres de colonne du run sont transférés
de la configuration échantillon non attribuée au
run.
f La configuration échantillon non attribuée est
supprimée du projet.
f Tout engroupement affecté est mis à jour
conformément aux règles d'engroupement.
5 Enregistrez le projet.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
167
Dans les onglets du run et les onglets de la configuration
échantillon, les colonnes de la carte Affichage tableau
de configuration échantillon (et les entrées des
vignettes de la carte Affichage des plaques de
configuration échantillon) affichent les paramètres de
colonne tels que saisis dans la carte Paramètres de
colonne.
i
L'entrée dans le champ ID du réactif de master
mix de la carte Paramètres de colonne n'est
pas affichée dans la carte Affichage tableau de
configuration échantillon.
Si vous modifiez un paramètre de colonne dans la carte
Paramètres de colonne, la colonne correspondante
dans la carte Affichage tableau de configuration
échantillon (et l'entrée dans la vignette de l'affichage
des plaques) est mise à jour en conséquence. Si la mise
à jour est retardée, fermez l'onglet et rouvrez-le depuis la
zone Navigation.
Dans l'affichage des plaques, une association de
3 paramètres de colonne sélectionnés peut être affichée
sur les vignettes.
u Ajout et modification des paramètres de colonne
d'un run dans le logiciel de développement (169)
u Ajout de paramètres de run et paramètres de colonne aux configurations échantillon non attribuées
dans le logiciel de développement (258)
Colonne Lane ID
Colonne ID Echantillon
L'emplacement de l'échantillon dans la configuration
échantillon.
L'ID de l'échantillon tel que saisi dans le champ ID
Echantillon de la carte Paramètres de colonne.
L'ID de l'échantillon peut être affiché sur les vignettes
dans l'affichage des plaques.
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Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon
168
Runs dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Facteur de dilution
Le facteur de dilution pour l'échantillon dans le mélange
réactionnel tel que saisi dans le champ Facteur de
dilution de la carte Paramètres de colonne.
Exemple :
Un facteur de dilution de 2 (c'est-à-dire une dilution de
1:2) signifie que la moitié du mélange réactionnel est
composée de l'échantillon.
Par défaut (dilution de 1:1), le logiciel de développement
calcule les résultats quantitatifs par rapport au volume
du mélange réactionnel.
Si vous saisissez un facteur de dilution, le logiciel de
développement l'utilise automatiquement comme facteur
de multiplication afin de calculer les résultats quantitatifs
par rapport au volume de l'échantillon.
Précision = 4 décimales
Le facteur de dilution peut être affiché sur les vignettes
dans l'affichage des plaques.
Colonne Réactif de master mix
Le nom du réactif de master mix tel que saisi dans le
champ Réactif de master mix de la carte Paramètres
de colonne.
Le nom du réactif de master mix peut être affiché sur les
vignettes dans l'affichage des plaques.
Colonne Noms de cible
Le nom des cibles telles que saisies et activées pour le
réactif de master mix dans le tableau Paramètres de
cible et de colorant fluorescent de la carte
Paramètres de colonne.
Par défaut, les cibles portent le même nom que les
colorants fluorescents.
Le nom des cibles peut être affiché sur les vignettes
dans l'affichage des plaques.
Colonne Colorants fluorescents
Les colorants fluorescents qui sont activés pour le réactif
de master mix dans le tableau Paramètres de cible et
de colorant fluorescent de la carte Paramètres de
colonne.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Remarques sur la préparation des
échantillons
Colonne Alertes
Les remarques telles que saisies à l'aide du bouton
Modifier les remarques sur la carte Paramètres de
colonne.
Les remarques de préparation des échantillons telles que
saisies à l'aide du bouton Modifier les remarques sur
la préparation des échantillons sur la carte
Paramètres de colonne.
Les alertes associées à l'échantillon.
Colonne Numéro de lot de réactif de master
mix
Informations d'identification supplémentaires, par ex., le
numéro de lot du réactif primaire ou réactif de master
mix, tel que saisi dans le champ Numéro de lot de
réactif de master mix de la carte Paramètres de
colonne.
Colonne Date de péremption du réactif de
master mix
La date de péremption, par ex., du réactif primaire ou
réactif de master mix, telle que saisie dans le champ
Date de péremption du réactif de master mix de la
carte Paramètres de colonne.
Colonne Fusionnement
Indique si la colonne de plaques à nanopuits appartient à
un ensemble de colonnes fusionnées.
Pour les colonnes de plaque à nanopuits non fusionnées,
la mention "Aucune" est affichée.
Pour les colonnes de plaque à nanopuits fusionnées, la
mention "Fusionnées" est affichée.
Colonne Nom de colonnes fusionnées
Le nom de l'ensemble de colonnes fusionnées déduit à
partir de la position inférieure des colonnes fusionnées.
Ajout et modification des paramètres de colonne d'un run
dans le logiciel de développement
Après l'importation du fichier de données brutes dans le
logiciel de développement, ajoutez et/ou modifiez les
paramètres de colonne afin de préparer l'engroupement.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Remarques
169
170
Runs dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Si une configuration échantillon non attribuée a été
attribuée à un run de développement ou si les données
brutes sont issues d'un run de diagnostic, les paramètres
de colonne seront préremplis mais ils pourront être
modifiés.
Vous pouvez également copier et coller les paramètres
de colonne entre les configurations échantillon non
attribuées et/ou runs du même projet.
u Modification des paramètres de colonne par copiercoller dans le logiciel de développement (180)
À propos des paramètres de colonne
Les paramètres de colonnes comprennent les informations suivantes s'appliquant aux colonnes de la plaque à
nanopuits individuelles, c'est-à-dire, les échantillons :
•
ID échantillon
•
Facteur de dilution de l'échantillon
•
Nom du réactif de master mix
•
ID du réactif de master mix ou réactif primaire
•
Date de péremption du réactif de master mix ou réactif primaire
•
Numéro de lot du réactif de master mix ou réactif primaire
•
Paramètres de cible et de colorant fluorescent
•
Remarques et remarques sur la préparation des
échantillons
Les règles suivantes s'appliquent aux paramètres de colonne :
•
Les modifications apportées à un réactif de master
mix, par ex., modifications de nom ou de paramètres
de cible et de colorant fluorescent, s'appliquent à
l'ensemble du projet dès lors que le même réactif de
master mix est utilisé.
•
Si vous saisissez les mêmes paramètres de colonne
pour plusieurs colonnes de la plaque à nanopuits, les
colonnes de la plaque à nanopuits sont automatiquement fusionnées.
•
Pour les colonnes fusionnées, les paramètres de colonne vides sont considérés comme identiques.
•
Les modifications apportées à une colonne fusionnée
s'appliquent automatiquement à toutes les autres colonnes fusionnées du même ensemble.
•
Il est recommandé d'utiliser les champs d'ID, de date
de péremption et de numéro de lot pour le suivi de
vos propres réactifs de master mix.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
j
m Runs importés dans le logiciel de développement
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
171
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez le run à partir du menu
Runs.
2 Dans l'onglet du run, sélectionnez le bouton
Paramètres de colonne.
f La carte Paramètres de colonne s'affiche.
3 Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage
tableau).
4 Pour saisir l'ID échantillon pour les vignettes ou lignes
sélectionnées, procédez de la manière suivante :
• Sélectionnez le champ ID Echantillon.
• Scannez ou saisissez l'ID échantillon.
• Si nécessaire, appuyez sur Entrée.
f L'ID échantillon est affiché sur les vignettes
sélectionnées ou dans les lignes sélectionnées.
5 Vous pouvez éventuellement saisir un facteur de
dilution pour les vignettes ou lignes sélectionnées en
procédant de la manière suivante :
• Sélectionnez le champ Facteur de dilution.
• Saisissez le facteur de dilution.
• Appuyez sur Entrée.
6 Pour ajouter un nouveau réactif de master mix au
projet et l'attribuer aux vignettes ou lignes
sélectionnées, procédez de la manière suivante :
• Sélectionnez le champ Réactif de master mix.
• Saisissez le nom du réactif de master mix.
• Appuyez sur Entrée.
f Le réactif de master mix est affiché sur les
vignettes sélectionnées ou dans les lignes
sélectionnées.
f Par défaut, dans l'affichage des plaques, toutes les
vignettes présentant le même réactif de master
mix sont affichées dans la même couleur.
7 Pour attribuer un réactif de master mix existant dans
le projet aux vignettes ou lignes sélectionnées,
procédez de la manière suivante :
• En regard du champ Réactif de master mix,
sélectionnez le bouton .
• Dans la liste déroulante, sélectionnez le réactif de
master mix.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour ajouter et modifier des paramètres de colonne d'un run dans le
logiciel de développement
172
Runs dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
I Vous pouvez uniquement attribuer un réactif de
master mix existant si les colorants fluorescents
activés dans les paramètres de run
correspondent.
Si vous attribuez un réactif de master mix existant,
les paramètres de cible et de colorant fluorescent
du réactif de master mix sont appliqués.
f Le réactif de master mix est affiché sur les
vignettes sélectionnées ou dans les lignes
sélectionnées.
f Par défaut, dans l'affichage des plaques, toutes les
vignettes présentant le même réactif de master
mix sont affichées dans la même couleur.
8 Vous pouvez éventuellement renommer le réactif de
master mix attribué dans l'ensemble du projet en
procédant de la manière suivante :
• En regard du champ Réactif de master mix,
sélectionnez le bouton .
• Dans la boîte de dialogue Modifier le nom du
réactif de master mix, saisissez un nouveau
nom.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
f Le réactif de master mix est renommé dans
l'ensemble du projet.
9 Éventuellement, pour les vignettes et lignes
sélectionnées, sélectionnez les champs suivants et
scannez ou saisissez les informations
supplémentaires pour le réactif de master mix ou
réactif primaire :
• ID du réactif de master mix
• Date de péremption du réactif de master mix
• Numéro de lot de réactif de master mix
10 Éventuellement, dans le tableau Paramètres de
cible et de colorant fluorescent, désactivez les
cibles pour les vignettes ou lignes sélectionnées.
I Seuls les colorants fluorescents pour les canaux
qui ont été activés dans les paramètres de run
sont affichés.
Au moins une cible doit être activée pour chaque
réactif de master mix.
Les cibles désactivées sont exclues de
l'engroupement et l'analyse à une étape ultérieure
de la procédure de travail de développement.
Veillez à désactiver les canaux vides.
11 Pour associer les cibles aux colorants fluorescents,
renommez les cibles :
• Sélectionnez le champ Cible.
• Saisissez le nom de la cible.
• Appuyez sur Entrée.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
173
I Vous pouvez afficher les mappages sur les
onglets d'engroupement à un moment ultérieur de
la procédure de travail de développement.
13 Répétez les étapes 3 à 12 pour toutes les vignettes
ou lignes.
14 Si vous souhaitez annuler ou rétablir des
modifications, sélectionnez les boutons supérieurs
dans les vignettes (dans l'affichage des plaques) ou
les lignes (dans l'affichage tableau) :
• Pour annuler une modification, sélectionnez le
bouton Annuler.
• Pour rétablir une modification, sélectionnez le
bouton Rétablir.
• Pour rétablir les valeurs par défaut de tous les
paramètres de colonne, sélectionnez le bouton
Réinitialiser.
I Les 15 dernières étapes sont retenues et peuvent
être annulées ou rétablies, y compris le
rétablissement des réglages par défaut.
15 Enregistrez le projet.
Utilisation des groupes d'échantillons dans le logiciel de
développement
Les groupes d'échantillons vous permettent de réaliser
des analyses statistiques concernant les échantillons
sélectionnés.
Les groupes d'échantillons sont étendus à tous les runs
et analyses d'un projet. Les groupes d'échantillons sont
affichés dans les cartes Groupes d'échantillons sur
tous les onglets de run et onglets d'analyse. Toute action
relative à un groupe d'échantillons est synchronisée dans
l'ensemble des onglets de run et onglets d'analyse d'un
projet.
Si vous importez un run de diagnostic dans le logiciel de
développement, un groupe d'échantillons est
automatiquement créé par test exécuté. Tous les
échantillons du run présentant des demandes pour le
test correspondant sont ajoutés au groupe d'échantillons
correspondant.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
12 Vous pouvez éventuellement ajouter des remarques
et/ou des remarques sur la préparation des
échantillons.
174
Runs dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Groupes d'échantillons et colonnes
fusionnées
Si des colonnes fusionnées relèvent d'un groupe
d'échantillons, toutes les colonnes de l'ensemble de
colonnes fusionnées relèvent toujours du groupe
d'échantillons car les colonnes fusionnées contiennent le
même échantillon.
Si vous ajoutez une colonne fusionnée à un groupe
d'échantillons, toutes les autres colonnes fusionnées du
même ensemble sont automatiquement ajoutées au
groupe d'échantillons.
Si vous fusionnez une colonne faisant partie d'un groupe
d'échantillons, toutes les autres colonnes fusionnées du
même ensemble sont automatiquement ajoutées au
groupe d'échantillons.
r Pour créer un groupe d'échantillons
dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, pour accéder à la
carte Groupes d'échantillons depuis la zone
Navigation, effectuez l'une des actions suivantes :
• Sélectionnez le run dans le menu Runs. Dans
l'onglet du run, sélectionnez le bouton Groupes
d'échantillons.
• Sélectionnez l'analyse dans le menu Analyse.
Dans l'onglet d'analyse, sélectionnez le bouton .
Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Sélection d'échantillons.
2 Sélectionnez les échantillons pour le groupe
d'échantillons.
I Pour ajouter des échantillons dans les runs et/ou
analyses, créez le groupe d'échantillons à partir
d'un run ou d'une analyse, puis mettez à jour le
groupe d'échantillons avec les échantillons issus
des autres runs et/ou analyses.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
175
3 Dans la carte Groupes d'échantillons, sélectionnez
le bouton Nouveau.
f Les groupes d'échantillons sont numérotés de
façon séquentielle.
4 Enregistrez le projet.
r Pour ajouter des échantillons à un
groupe d'échantillons dans le logiciel
de développement
1 Dans le logiciel de développement, pour accéder à la
carte Groupes d'échantillons depuis la zone
Navigation, effectuez l'une des actions suivantes :
• Sélectionnez le run dans le menu Runs. Dans
l'onglet du run, sélectionnez le bouton Groupes
d'échantillons.
• Sélectionnez l'analyse dans le menu Analyse.
Dans l'onglet d'analyse, sélectionnez le bouton .
Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Sélection d'échantillons.
2 Sélectionnez les échantillons que vous souhaitez
ajouter à un groupe d'échantillons.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Un groupe d'échantillons est créé ; il contient les
échantillons sélectionnés et il est répertorié dans
la carte Groupes d'échantillons.
176
Runs dans le logiciel de développement
3 Dans la carte Groupes d'échantillons, sélectionnez
le bouton
du groupe d'échantillons auquel vous
souhaitez ajouter les échantillons.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Les nouveaux échantillons et les échantillons
appartenant déjà au groupe d'échantillons sont
sélectionnés.
4 Dans la carte Groupes d'échantillons, sélectionnez
le bouton Mise à jour.
I Sans cette étape, les échantillons ne sont pas
ajoutés au groupe d'échantillons !
f Le groupe d'échantillons contient les anciens
échantillons ainsi que les échantillons récemment
ajoutés.
5 Enregistrez le projet.
r Pour mettre à jour un groupe
d'échantillons dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, pour accéder à la
carte Groupes d'échantillons depuis la zone
Navigation, effectuez l'une des actions suivantes :
• Sélectionnez le run dans le menu Runs. Dans
l'onglet du run, sélectionnez le bouton Groupes
d'échantillons.
• Sélectionnez l'analyse dans le menu Analyse.
Dans l'onglet d'analyse, sélectionnez le bouton .
Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Sélection d'échantillons.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
177
2 Dans la carte Groupes d'échantillons, sélectionnez
le groupe d'échantillons.
3 Maintenez la touche Ctrl enfoncée. Sélectionnez et/
ou désélectionnez les échantillons pour le groupe
d'échantillons.
I Maintenez la touche Ctrl enfoncée pour
sélectionner plusieurs échantillons. Si vous
sélectionnez un échantillon sans appuyer sur Ctrl,
tous les autres échantillons seront désélectionnés.
4 Dans la carte Groupes d'échantillons, sélectionnez
le bouton Mise à jour.
I Au lieu de mettre à jour un groupe d'échantillons,
pensez à le supprimer et en créer un nouveau.
f Les échantillons sélectionnés sont ajoutés au
groupe d'échantillons.
f Les échantillons désélectionnés sont retirés du
groupe d'échantillons.
5 Enregistrez le projet.
r Pour changer le nom d'un groupe
d'échantillons dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, pour accéder à la
carte Groupes d'échantillons depuis la zone
Navigation, effectuez l'une des actions suivantes :
• Sélectionnez le run dans le menu Runs. Dans
l'onglet du run, sélectionnez le bouton Groupes
d'échantillons.
• Sélectionnez l'analyse dans le menu Analyse.
Dans l'onglet d'analyse, sélectionnez le bouton .
Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Sélection d'échantillons.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Les échantillons appartenant au groupe
d'échantillons sont sélectionnés.
178
Runs dans le logiciel de développement
2 Dans la carte Groupes d'échantillons, sélectionnez
le groupe d'échantillons.
3 Sélectionnez le bouton Renommer.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f La boîte de dialogue Modifier le nom du groupe
d'échantillons s'affiche.
4 Saisissez le nouveau nom et sélectionnez le bouton
Enregistrer.
f Le nouveau nom du groupe d'échantillons est
affiché dans la carte Groupes d'échantillons.
5 Enregistrez le projet.
r Pour supprimer un groupe d'échantillons dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, pour accéder à la
carte Groupes d'échantillons depuis la zone
Navigation, effectuez l'une des actions suivantes :
• Sélectionnez le run dans le menu Runs. Dans
l'onglet du run, sélectionnez le bouton Groupes
d'échantillons.
• Sélectionnez l'analyse dans le menu Analyse.
Dans l'onglet d'analyse, sélectionnez le bouton .
Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Sélection d'échantillons.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
179
2 Dans la carte Groupes d'échantillons, sélectionnez
le groupe d'échantillons.
3 Sélectionnez le bouton Supprimer.
f La boîte de dialogue Avertissement s'affiche.
I Vous ne pouvez pas restaurer de groupes
d'échantillons supprimés.
f Le groupe d'échantillons est supprimé de la carte
Groupes d'échantillons.
5 Enregistrez le projet.
u Sujets connexes
• Projets dans le logiciel de développement (136)
• Engroupement dans le logiciel de développement
(183)
• Analyses dans le logiciel de développement (206)
• Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement (253)
• Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
(265)
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
4 Sélectionnez le bouton Confirmer.
180
Modification des paramètres de colonne par copier-coller dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Modification des paramètres de colonne
par copier-coller dans le logiciel de
développement
Au lieu d'ajouter et/ou de modifier les paramètres de
colonne manuellement, vous pouvez les copier et coller
entre les configurations échantillon non attribuées et/ou
les runs du même projet dans le logiciel de
développement.
u Ajout et modification des paramètres de colonne
d'un run dans le logiciel de développement (169)
u Ajout de paramètres de run et paramètres de colonne aux configurations échantillon non attribuées
dans le logiciel de développement (258)
À propos des règles
Les règles suivantes s'appliquent au copier-coller :
•
Vous pouvez copier-coller entre les configurations du
même projet, pas entre différents projets.
•
La configuration source est la configuration échantillon non attribuée ou le run depuis lequel vous copiez les paramètres de colonne.
•
La configuration cible est la configuration échantillon
non attribuée ou le run dans lequel vous collez les
paramètres de colonne.
•
Pour la source et la cible, il peut s'agir d'une configuration échantillon non attribuée ou d'un run.
•
La configuration source et la configuration cible
peuvent être identiques. En d'autres termes, vous
pouvez effectuer le copier-coller au sein d'une même
configuration ou entre différentes configurations.
•
L'affichage des plaques ou affichage tableau doit être
configuré pour la configuration source et la configuration cible.
•
Si vous copiez une seule colonne de la plaque à nanopuits dans la configuration source, vous pouvez la
coller à toute colonne de la plaque à nanopuits dans
la configuration cible.
•
Les colonnes de la plaque à nanopuits copiées sont
mises en évidence.
•
Vous pouvez coller à plusieurs reprises. Les paramètres de colonne copiés sont conservés dans le
presse-papier jusqu'à ce que vous vidiez le pressepapier ou copiez d'autres paramètres de colonne.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
181
Dans l'affichage tableau, vous pouvez copier une seule
ligne. Cependant, vous pouvez la coller simultanément
dans plusieurs lignes (ce qui crée des colonnes
fusionnées).
•
Vous pouvez copier et coller simultanément plusieurs
vignettes (l'action n'entraîne pas nécessairement la
fusion des colonnes).
•
Vous pouvez uniquement copier et coller des vignettes adjacentes. En d'autres termes, il ne peut pas
y avoir d'écart entre les vignettes.
•
Vous pouvez copier et coller plusieurs vignettes si
vous sélectionnez le même nombre et la même distribution de vignettes pour les plaques à nanopuits
dans la configuration source et la configuration cible.
•
Vous pouvez copier plusieurs vignettes issues de la
même plaque à nanopuits et sélectionner une seule
vignette dans la configuration cible s'il y a suffisamment de vignettes sous la vignette sélectionnée dans
la configuration cible. Les vignettes sont collées depuis la vignette sélectionnée vers la fin de la plaque à
nanopuits.
r Pour modifier des paramètres de colonne par copier-coller dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, sélectionnez la
configuration cible :
• Depuis le menu Runs, sélectionnez un run.
• Depuis le menu Configuration échantillon non
attribuée, vous pouvez également sélectionner
une configuration échantillon non attribuée.
f L'onglet de configuration échantillon ou l'onglet
du run s'affiche dans la zone de travail.
2 Sélectionnez la configuration source :
• Depuis le menu Runs, sélectionnez un run.
• Depuis le menu Configuration échantillon non
attribuée, vous pouvez également sélectionner
une configuration échantillon non attribuée.
f L'onglet de configuration échantillon ou l'onglet
du run s'affiche dans la zone de travail.
3 Assurez-vous que la configuration source et la
configuration cible sont présentées dans le même
affichage (affichage des plaques ou affichage
tableau).
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Dans l'affichage des plaques, les règles supplémentaires suivantes s'appliquent :
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
182
Modification des paramètres de colonne par copier-coller dans le logiciel de développement
4 Pour copier les paramètres de colonne dans
l'affichage des plaques, procédez de la manière
suivante :
• Sélectionnez l'onglet de la configuration source.
• Dans la carte Affichage des plaques de
configuration échantillon, sélectionnez une ou
plusieurs vignette(s).
• Sélectionnez le bouton Copie.
• Vous pouvez éventuellement vider le pressepapier en sélectionnant le bouton Annuler la
copie.
I Pour désélectionner les vignettes, appuyez sur
Échap.
f Les vignettes source sont mises en évidence.
5 Pour copier les paramètres de colonne dans
l'affichage tableau, procédez de la manière
suivante :
• Sélectionnez l'onglet de la configuration source.
• Dans la carte Affichage tableau de
configuration échantillon, sélectionnez une
ligne.
• Sélectionnez le bouton Copie.
• Vous pouvez éventuellement vider le pressepapier en sélectionnant le bouton Annuler la
copie.
f La ligne source est surlignée en rouge.
6 Collez les paramètres de colonne :
• Sélectionnez l'onglet de la configuration cible.
• Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage
tableau).
• Sélectionnez le bouton Coller.
• Vous pouvez éventuellement annuler le collage au
moyen du bouton Annuler.
7 Enregistrez le projet.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
183
L'engroupement différencie les nanopuits positifs et
négatifs.
Dans cette partie
À propos de l'engroupement dans le logiciel de
développement (183)
Liste des colonnes sur la carte Données de
groupement (184)
Modification des options d'affichage pour les
diagrammes de dispersion dans le logiciel de
développement (186)
Ajustement de l'engroupement dans le logiciel de
développement (188)
Exportation des paramètres d'engroupement
personnalisés sous forme de fichiers de données de
départ (204)
À propos de l'engroupement dans le logiciel de
développement
L'engroupement différencie les nanopuits positifs
considérés comme contenant la cible et les nanopuits
négatifs considérés comme ne contenant pas la cible.
L'engroupement fournit la base de données pour les
analyses suivantes.
Les règles suivantes s'appliquent à l'engroupement :
•
Le logiciel de développement réalise automatiquement un engroupement initial lorsque vous sélectionnez l'engroupement de la zone Navigation. Vous
pouvez ensuite ajuster l'engroupement.
•
L'engroupement est réalisé dans l'ensemble des runs
d'un projet, quel que soit le type de run (run de développement ou run de diagnostic).
•
Tous les échantillons qui ont été traités avec la même
association de réactif de master mix et de type de
plaque à nanopuits sont regroupés.
•
Par conséquent, dans le logiciel de développement,
tout projet contient toujours 1 engroupement par association de réactif de master mix et de type de
plaque à nanopuits qui est utilisée dans un run.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Engroupement dans le logiciel de
développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
184
Engroupement dans le logiciel de développement
•
Tant que les réactifs de master mix ne sont pas spécifiés (par ex., en modifiant les paramètres de colonne),
le logiciel de développement attribue un réactif de
master mix par défaut à tous les échantillons qui ont
été traités avec la même association de type de
plaque à nanopuits et de formats de détection.
•
Les colonnes fusionnées sont répertoriées individuellement dans un onglet d'engroupement et leurs diagrammes de dispersion sont affichés séparément.
Le logiciel de développement ajoute, met à jour et/ou
supprime les onglets d'engroupement lorsque vous effectuez l'une des actions suivantes :
•
Ouvrir un fichier de données brutes en tant que nouveau projet :
– Des onglets d'engroupement sont ajoutés.
•
Importer un fichier de données brutes dans un projet
existant :
– Tous les échantillons présentant une association
de réactif de master mix et de type de plaque à
nanopuits correspondant à un engroupement
existant sont ajoutés à cet onglet d'engroupement.
– Pour tous les autres échantillons, des onglets
d'engroupement sont ajoutés.
•
Modifier le réactif de master mix pour les échantillons :
– Si la nouvelle association de réactif de master mix
et de type de plaque à nanopuits correspond à un
engroupement existant, les échantillons sont déplacés vers cet onglet d'engroupement.
– Si la nouvelle association de réactif de master mix
et de type de plaque ne correspond à aucun engroupement existant, un onglet d'engroupement
est ajouté.
– Les onglets d'engroupement sans échantillons
sont supprimés.
•
Supprimer un run d'un projet :
– Les échantillons de ce run sont supprimés des
onglets d'engroupement affectés.
– Les onglets d'engroupement sans échantillons
sont supprimés.
Liste des colonnes sur la carte Données de groupement
Sur les onglets d'engroupement, les colonnes de la carte
Données de groupement comportent les informations
des échantillons et de l'engroupement.
Roche Diagnostics
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Colonne ID Echantillon
L'ID échantillon de l'échantillon tel que saisi dans les
paramètres de colonne sur l'onglet du run.
Les colonnes fusionnées sont toujours regroupées et
répertoriées séparément.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Lane
Colonnes pour le nombre de nanopuits
positifs
L'emplacement de l'échantillon dans la configuration
échantillon.
Les colonnes Nanopuits pos. {0}-{1} affichent le
nombre de nanopuits positifs de l'échantillon déterminé à
partir des paramètres d'engroupement actuels.
La carte Données de groupement contient une
colonne Nanopuits pos. {0}-{1} distincte par colorant
fluorescent activé dans les paramètres de colonne sur
l'onglet du run.
Les caractères génériques entre accolades sont remplacés de la manière suivante :
•
{0} est remplacé par le nom du colorant fluorescent.
•
{1} est remplacé par le nom de la cible tel que saisi
dans les paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Nombre total de nanopuits valides
Le nombre total de nanopuits valides de l'échantillon,
c'est-à-dire la somme des nanopuits positifs et négatifs.
Il est possible que le système invalide certains nanopuits,
notamment les nanopuits pour lesquels une image n'a
pas pu être créée en raison de particules de poussière.
Roche Diagnostics
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185
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
186
Engroupement dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Indicateur de qualité
Pour les méthodes d'engroupement automatique,
l'indicateur de qualité (IQ) évalue l'engroupement réel
pour une colonne de la plaque à nanopuits. Le cas
échéant, le nombre de regroupements, la séparation et la
taille des regroupements positifs et négatifs, les
intensités de fluorescence relatives des regroupements
et l'étroitesse des regroupements sont pris en compte
pour le calcul de l'IQ.
Par conséquent, l'indicateur de qualité n'est pas fiable
pour les contrôles négatifs (1 regroupement seulement)
ou les tests indel (3 regroupements dans 2 canaux).
L'indicateur de qualité convient uniquement à la
comparaison de mélanges réactionnels similaires,
notamment lors de l'optimisation de tests.
Dans la colonne Indicateur de qualité, la valeur numérique de l'indicateur de qualité et la classification déduite
sont affichées :
•
Faible pour IQ < 0,33
•
Moyen pour 0,33 < IQ < 0,67
•
Élevé pour IQ > 0,67
Pour la méthode d'engroupement manuelle, la mention
Non défini est affichée.
L'indicateur de qualité ne fait aucune distinction entre les
canaux mais il est calculé pour l'ensemble des canaux
d'une colonne de la plaque à nanopuits.
u Liste de paramètres d'engroupement dans le logiciel
de développement (188)
Colonne Alertes
Les alertes associées à l'échantillon.
Modification des options d'affichage pour les
diagrammes de dispersion dans le logiciel de
développement
Dans les onglets d'engroupement, vous pouvez modifier
les options d'affichage pour les diagrammes de
dispersion.
Par défaut, tous les échantillons répertoriés dans la carte
Données de groupement sur un onglet
d'engroupement sont affichés dans les diagrammes de
dispersion.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
187
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez un engroupement à partir
du menu Engroupement.
f L'onglet de l'engroupement s'affiche.
2 Pour afficher un échantillon en surbrillance verte
dans les diagrammes de dispersion, placez la souris
sur la colonne correspondante dans la carte
Données de groupement.
3 Pour afficher les diagrammes de dispersion
uniquement pour certains échantillons spécifiques,
cochez les cases des échantillons dans la carte
Données de groupement.
I Le fait de décocher les cases des échantillons
dans la carte Données de groupement n'exclut
pas ces échantillons de l'engroupement. Même
s'ils ne sont pas affichés dans les diagrammes de
dispersion, ils restent inclus dans l'engroupement.
4 Pour afficher de nouveau tous les échantillons dans
les diagrammes de dispersion, effectuez l'une des
actions suivantes :
• Cochez les cases de tous les échantillons du
tableau.
• Décochez les cases de tous les échantillons du
tableau.
5 Pour ajuster l'espace de l'écran disponible pour les
diagrammes de dispersion, procédez de la manière
suivante :
• Pour masquer la zone Navigation, sélectionnez le
bouton .
• Pour masquer ou afficher la carte Données de
groupement, sélectionnez le bouton Tableau audessus des diagrammes de dispersion.
6 Pour afficher les diagrammes de dispersion pour
différents canaux les uns à côté des autres,
sélectionnez les boutons Afficher.
7 Pour masquer ou afficher le mappage du colorant
fluorescent/nom de la cible et une légende du code
couleur des diagrammes de dispersion, sélectionnez
les boutons Légende.
8 Pour basculer d'une échelle linéaire à logarithmique
pour les axes de fluorescence, sélectionnez les
boutons Échelle.
9 Pour afficher ou masquer une heatmap, sélectionnez
les boutons Heatmap.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour modifier les options d'affichage
pour les diagrammes de dispersion
dans le logiciel de développement
188
Engroupement dans le logiciel de développement
10 Pour afficher ou masquer un histogramme,
sélectionnez les boutons Histogramme.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
11 Enregistrez le projet.
Ajustement de l'engroupement dans le logiciel de
développement
Pour modifier la différenciation des nanopuits positifs et
négatifs automatiquement réalisée par le logiciel de
développement, ajustez l'engroupement.
En soi, vous ne pouvez pas exclure d'échantillons de
l'engroupement. Toutefois, vous pouvez attribuer un
réactif de master mix distinct aux échantillons de ce type.
Cette action déplacera ces échantillons vers un
engroupement distinct pour l'association de type de
plaque à nanopuits et de réactif de master mix obtenue.
Dans cette partie
Liste de paramètres d'engroupement dans le logiciel de
développement (188)
Ajustement des paramètres d'engroupement pour les
méthodes d'engroupement automatique (193)
Ajustement des paramètres d'engroupement et des
seuils pour l'engroupement manuel (196)
Liste de paramètres d'engroupement dans le logiciel de développement
Les paramètres d'engroupement vous permettent de
sélectionner la méthode d'engroupement, le type de
graphique, les canaux et les intervalles d'axe.
Le choix des paramètres d'engroupement influence la
disponibilité des autres paramètres d'engroupement.
Pour afficher les paramètres d'engroupement,
sélectionnez le bouton
dans le coin supérieur droit de
l'onglet d'engroupement.
Liste déroulante Engroupement
Détermine la méthode d'engroupement :
•
Automatique
L'engroupement est calculé comme si l'ensemble des
points de dispersion était issu d'une colonne de la
plaque à nanopuits.
Roche Diagnostics
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•
Automatique (individuel)
L'engroupement est calculé de manière distincte pour
chaque colonne de la plaque à nanopuits.
•
Automatique - données de départ externes
L'engroupement utilise les paramètres d'engroupement exportés à partir d'un engroupement automatique précédent pour le calcul.
•
Manuel
L'utilisateur ajuste les seuils d'engroupement.
Valeur par défaut = Automatique
Pour les méthodes d'engroupement automatiques, le
logiciel de développement différencie automatiquement
les nanopuits positifs et négatifs à l'aide d'algorithmes
intégrés. Dans le tableau de données d'engroupement,
un indicateur de qualité déterminant la fiabilité de
l'engroupement est affiché.
Pour la méthode d'engroupement manuelle, l'indicateur
de qualité n'est pas disponible.
Liste déroulante Paramètres d'engroupement
Pour la méthode d'engroupement Automatique et la
méthode d'engroupement Automatique (individuel)uniquement :
Balances prédéfinies pour le paramètre de sensibilité
spécificité et le paramètre de réactivité croisée en compétition qui sont optimisées pour des applications spécifiques :
•
Standard
•
Détection d'événement rare
•
Génotypage
•
Indel
•
Personnalisé
Valeur par défaut = Personnalisé
L'option Personnalisé des paramètres d'engroupement
vous permet de définir les balances manuellement dans
le champ Sensibilité spécificité et le champ
Réactivité croisée en compétition.
Champ Sensibilité spécificité
Pour l'option Personnalisé des paramètres d'engroupement uniquement :
Valeur pouvant être modifiée entre 0,0000 et 1,0000 qui
détermine la balance entre la sensibilité et la spécificité :
•
0,0000 = sensibilité maximale
•
1,0000 = spécificité maximale
Roche Diagnostics
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189
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
190
Engroupement dans le logiciel de développement
Plus la valeur est faible, plus le seuil défini est proche du
regroupement négatif.
Valeur par défaut = 1,0000
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Précision = 4 décimales
La figure illustre la manière dont une modification de la
valeur affecte le nombre très faible de points de dispersion entre les regroupements négatifs et positifs pour
1 colonne de la plaque à nanopuits :
•
Gauche = 0,0000 (sensibilité maximale) :
– Une sensibilité plus élevée augmente le nombre
de nanopuits considérés comme positifs.
– La sensibilité maximale définit le seuil minimal
auquel un nanopuits est considéré comme positif.
A
A 0.0000
B
B 0.5000
•
Centre = 0,5000
•
Droite = 1,0000 (spécificité maximale) :
– Une spécificité plus élevée augmente le nombre
de nanopuits considérés comme des aberrations
et des négatifs.
C
C 1.0000
– La spécificité maximale définit le seuil maximal
auquel un nanopuits est considéré comme positif.
Champ Réactivité croisée en compétition
Pour l'option Personnalisé des paramètres d'engroupement uniquement :
Valeur pouvant être modifiée entre 0,0000 et 1,0000 représentant la compétition et la réactivité croisée :
•
0,0000 = aucune compétition, aucune réactivité croisée
•
1,0000 = compétition et réactivité croisée maximales
Plus la valeur est élevée, plus les artéfacts de réaction de
la compétition et la réactivité croisée sont pris en compte
pour l'engroupement.
Valeur par défaut = 0,0000
Précision = 4 décimales
Si 2 cibles sont en compétition pour les composants de
la réaction, la fluorescence des nanopuits qui
contiennent les deux cibles est inférieure dans les deux
canaux à la fluorescence des nanopuits qui contiennent
une seule cible.
Si 2 cibles présentent une réaction croisée, une réaction
positive dans un canal élève la référence pour les
nanopuits négatifs dans l'autre canal.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
191
La figure illustre les effets d'artéfacts de réaction de ce
type dans un diagramme de dispersion en 2D :
Compétition :
– Sans compétition, le regroupement à double positif (vert) affiche les mêmes intensités de fluorescence que les regroupements à un positif (jaune
et bleu).
– Avec compétition, le regroupement vert serait inférieur au regroupement jaune et à gauche du regroupement bleu.
•
Réactivité croisée :
– Sans réactivité croisée, les regroupements à un
positif (jaune et bleu) sont sur la même base que
le regroupement à double négatif (marron).
– Avec réactivité croisée, le regroupement jaune
serait situé à droite du regroupement marron et/
ou le regroupement bleu serait supérieur au regroupement marron.
Bouton Exporter données de départ et bouton
Importer les données de départ
Vous permet de transférer les paramètres
d'engroupement personnalisés vers un autre
engroupement automatique et d'utiliser les paramètres
d'engroupement personnalisés dans les fichiers
d'analyse.
Le bouton Exporter données de départ est
uniquement disponible pour la méthode d'engroupement
Automatique avec l'option Personnalisé des
paramètres d'engroupement.
Le bouton Importer les données de départ est
uniquement disponible pour la méthode d'engroupement
Automatique - données de départ externes.
Tout fichier de données de départ possède l'extension de
fichier .sdxml.
Liste déroulante Graphique
Détermine le type de diagrammes de dispersion utilisé
pour visualiser les intensités de fluorescence :
•
Graphique de dispersion en 1D
•
Graphique de dispersion en 2D
•
Graphique de dispersion en 3D
Valeur par défaut = Graphique de dispersion en 1D
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
192
Engroupement dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Dans un diagramme de dispersion en 1D, l'intensité de
fluorescence d'un canal est représentée en fonction de
l'indice de nanopuits qui est randomisé aux seules fins
de visualisation.
Dans un diagramme de dispersion en 2D ou un
diagramme de dispersion en 3D, les intensités de
fluorescence des nanopuits de respectivement 2 ou
3 canaux sont représentées les unes par rapport aux
autres.
Les diagrammes de dispersion qui utilisent les mêmes
canaux sont liés : toute modification apportée à l'un des
diagrammes de dispersion est automatiquement
appliquée aux autres diagrammes de dispersion.
Les diagrammes de dispersion en 2D et 3D sont
uniquement disponibles si un nombre suffisant de
canaux est disponible.
i
Pour faciliter l'engroupement pour l'analyse indel,
utilisez le type de diagramme de dispersion en
2D.
Les règles suivantes s'appliquent aux diagrammes de
dispersion en 2D :
•
Pour la méthode d'engroupement Manuel, les boutons Seuil, Lasso et Araignée sont affichés sous
l'indicateur de méthode d'engroupement.
•
Toutefois, le bouton Lasso et le bouton Araignée
sont uniquement disponibles si exactement 2 cibles
sont activées pour le réactif de master mix dans les
paramètres de colonne.
•
Un engroupement manuel via le bouton Lasso ou le
bouton Araignée ne peut pas être utilisé dans les
paramètres d'engroupement de fichiers d'analyse.
Les règles suivantes s'appliquent aux diagrammes de
dispersion en 3D :
•
Pour un diagramme de dispersion en 3D, vous devez
activer exactement 3 canaux dans le tableau Sélectionnez les canaux.
•
Le diagramme de dispersion en 3D est uniquement
destiné à des fins de visualisation. Vous ne pouvez
pas ajuster les seuils dans un diagramme de dispersion en 3D.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
193
Tableau Sélectionnez les canaux
Pour le type de diagramme Graphique de dispersion
en 2D ou le type de diagramme Graphique de
dispersion en 3D, vous devez activer le nombre de
canaux correspondant.
Zone de groupe Intervalles d'axe
Dans le champ Min. et le champ Max., saisissez les
valeurs de départ et de fin pour les axes d'intensité des
diagrammes de dispersion (par ex. l'axe des Y du
diagramme de dispersion en 1D).
Par défaut, les valeurs maximales des intervalles d'axe
sont définies pour afficher tous les points de dispersion.
Pour réinitialiser les intervalles d'axe, sélectionnez le
bouton Réinitialiser.
Ajustement des paramètres d'engroupement pour les méthodes
d'engroupement automatique
Pour les méthodes d'engroupement automatique, vous
pouvez ajuster les paramètres d'engroupement, le type
de diagramme, les canaux activés et les intervalles d'axe.
Pour importer les paramètres d'engroupement
personnalisés à partir d'un engroupement automatique,
utilisez la méthode d'engroupement Automatique données de départ externes.
À propos de la compatibilité des fichiers de
données de départ
Un fichier de données de départ peut uniquement être
importé si les prérequis suivants sont remplis :
•
Le fichier de données de départ n'a pas été modifié et
la signature peut ainsi être vérifiée.
•
Le type de plaques à nanopuits dans le fichier de
données de départ est identique à celui de l'engroupement.
•
Les formats de détection concordent.
i
Veillez à utiliser un fichier de données de départ
compatible avec le réactif de master mix.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Vous permet d'inclure ou d'exclure des canaux des
diagrammes de dispersion.
194
Engroupement dans le logiciel de développement
j
m Pour la méthode d'engroupement Automatique données de départ externes :
Fichier de données de départ (fichier SDXML)
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
u Exportation des paramètres d'engroupement personnalisés sous forme de fichiers de données de départ
(204)
r Pour ajuster les paramètres d'engroupement pour la méthode d'engroupement Automatique ou la méthode d'engroupement Automatique
(individuel)
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez l'engroupement à partir du
menu Engroupement.
f L'onglet de l'engroupement s'affiche.
2 Dans le coin supérieur droit, sélectionnez le bouton
.
f La zone de liste déroulante Paramètres s'affiche.
3 Dans la liste déroulante Engroupement, sélectionnez
l'option Automatique ou l'option Automatique
(individuel).
4 Pour définir les paramètres d'engroupement, dans la
liste déroulante Paramètres d'engroupement,
sélectionnez une option :
• Standard
• Détection d'événement rare
• Génotypage
• Indel
• Personnalisé
5 Pour l'option Personnalisé, pour déplacer l'équilibre
entre la sensibilité et la spécificité, saisissez une
valeur comprise entre 0,0000 et 1,0000 dans le champ
Sensibilité spécificité :
• 0,000 = sensibilité maximale
• 1,0000 = spécificité maximale
6 Pour l'option Personnalisé, pour déplacer l'équilibre
entre la compétition et la réactivité croisée, saisissez
une valeur comprise entre 0,0000 et 1,0000 dans le
champ Réactivité croisée en compétition :
• 0,0000 = compétition maximale
• 1,0000 = réactivité croisée maximale
7 Dans la liste déroulante Graphique, sélectionnez une
option :
• Graphique de dispersion en 1D
• Graphique de dispersion en 2D
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
195
I Le diagramme de dispersion en 3D est
uniquement destiné à des fins de visualisation.
Vous ne pouvez pas ajuster les seuils dans un
diagramme de dispersion en 3D.
9 Éventuellement, dans les champs Intervalles d'axe,
saisissez les valeurs minimales et maximales pour les
axes d'intensité des diagrammes de dispersion. Pour
réinitialiser les intervalles d'axe, sélectionnez le
bouton Réinitialiser.
10 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton .
f Les diagrammes de dispersion et les valeurs de la
carte Données de groupement sont recalculés
et affichés.
11 Enregistrez le projet.
r Pour ajuster les paramètres d'engroupement pour la méthode d'engroupement Automatique - données
de départ externes
1 Éventuellement, si le fichier de données de départ est
stocké sur un dispositif de stockage externe,
connectez le dispositif de stockage externe à
l'ordinateur exécutant le logiciel de développement.
2 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez l'engroupement à partir du
menu Engroupement.
f L'onglet de l'engroupement s'affiche.
3 Dans le coin supérieur droit, sélectionnez le bouton
.
f La zone de liste déroulante Paramètres s'affiche.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
8 Dans le tableau Sélectionnez les canaux, activez
les canaux que vous souhaitez représenter.
196
Engroupement dans le logiciel de développement
4 Dans la liste déroulante Engroupement, sélectionnez
l'option Automatique - données de départ
externes.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
5 Sélectionnez le bouton Importer les données de
départ.
6 Accédez au fichier de données de départ (fichier
SDXML) et sélectionnez le bouton Ouvrir.
7 Dans la liste déroulante Graphique, sélectionnez une
option :
• Graphique de dispersion en 1D
• Graphique de dispersion en 2D
I Le diagramme de dispersion en 3D est
uniquement destiné à des fins de visualisation.
Vous ne pouvez pas ajuster les seuils dans un
diagramme de dispersion en 3D.
8 Dans le tableau Sélectionnez les canaux, activez
les canaux que vous souhaitez représenter.
9 Éventuellement, dans les champs Intervalles d'axe,
saisissez les valeurs minimales et maximales pour les
axes d'intensité des diagrammes de dispersion. Pour
réinitialiser les intervalles d'axe, sélectionnez le
bouton Réinitialiser.
10 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton .
f Les diagrammes de dispersion et les valeurs de la
carte Données de groupement sont recalculés
et affichés.
11 Enregistrez le projet.
12 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
Ajustement des paramètres d'engroupement et des seuils pour
l'engroupement manuel
Pour la méthode d'engroupement manuel, vous pouvez
ajuster le type de diagramme, les canaux activés et les
intervalles d'axe dans les paramètres d'engroupement.
Dans les diagrammes de dispersion, vous devez ajuster
les seuils manuellement.
Avec la méthode d'engroupement Manuel, vous pouvez
ajuster les seuils manuellement dans des diagrammes de
dispersion en 1D et des diagrammes de dispersion en 2D
uniquement.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
197
r Pour ajuster les paramètres d'engroupement pour la méthode d'engroupement Manuel
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez l'engroupement à partir du
menu Engroupement.
f L'onglet de l'engroupement s'affiche.
2 Dans le coin supérieur droit, sélectionnez le bouton
.
f La zone de liste déroulante Paramètres s'affiche.
3 Dans la liste déroulante Engroupement, sélectionnez
l'option Manuel.
4 Dans la liste déroulante Graphique, sélectionnez une
option :
• Graphique de dispersion en 1D
• Graphique de dispersion en 2D
I Le diagramme de dispersion en 3D est
uniquement destiné à des fins de visualisation.
Vous ne pouvez pas ajuster les seuils dans un
diagramme de dispersion en 3D.
5 Dans le tableau Sélectionnez les canaux, activez
les canaux que vous souhaitez représenter.
6 Éventuellement, dans les champs Intervalles d'axe,
saisissez les valeurs minimales et maximales pour les
axes d'intensité des diagrammes de dispersion. Pour
réinitialiser les intervalles d'axe, sélectionnez le
bouton Réinitialiser.
7 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton .
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont supprimées.
f Les diagrammes de dispersion sont affichés.
8 Enregistrez le projet.
9 Selon le type de diagramme de dispersion
sélectionné, procédez ensuite à l'ajustement des
seuils dans les diagrammes de dispersion tel que
décrit dans :
• Pour ajuster le seuil dans un diagramme de
dispersion en 1D (engroupement manuel) (198)
• Pour ajuster les seuils dans un diagramme de
dispersion en 2D à l'aide du bouton Seuil
(engroupement manuel) (199)
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Un engroupement manuel via le bouton Lasso ou le
bouton Araignée ne peut pas être utilisé dans les
paramètres d'engroupement de fichiers d'analyse.
198
Engroupement dans le logiciel de développement
•
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
•
Pour ajuster les seuils dans un diagramme de
dispersion en 2D à l'aide du bouton Lasso
(engroupement manuel) (200)
Pour ajuster les seuils dans un diagramme de
dispersion en 2D à l'aide du bouton Araignée
(engroupement manuel) (201)
Pour calculer les valeurs dans le tableau de
données d'engroupement pour un diagramme de
dispersion en 3D (engroupement manuel) (203)
r Pour ajuster le seuil dans un diagramme de dispersion en 1D (engroupement manuel)
1 Ajustez les paramètres d'engroupement tel que décrit
dans Pour ajuster les paramètres d'engroupement
pour la méthode d'engroupement Manuel (197).
Sélectionnez l'option Graphique de dispersion en
1D.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont supprimées.
f Les diagrammes de dispersion comprenant des
indicateurs de seuil (lignes pointillées) sont
affichés.
f Les points de dispersion ont un code couleur.
f Les valeurs de seuil sont affichées au-dessus des
diagrammes de dispersion.
2 Pour ajuster un seuil, procédez de la manière
suivante :
• Placez la souris au-dessus d'un indicateur de seuil
(ligne pointillée) jusqu'à ce que le curseur soit
remplacé par une double flèche.
• Déplacez l'indicateur de seuil par glisser-déplacer.
f La couleur des points de dispersion est mise à
jour.
3 Sélectionnez le bouton Calculer.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont calculées et affichées.
4 Enregistrez le projet.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
199
1 Ajustez les paramètres d'engroupement tel que décrit
dans Pour ajuster les paramètres d'engroupement
pour la méthode d'engroupement Manuel (197).
Sélectionnez l'option Graphique de dispersion en
2D.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont supprimées.
f Les diagrammes de dispersion comprenant des
indicateurs de seuil (lignes pointillées) sont
affichés.
f Le bouton Seuil pour l'engroupement manuel est
sélectionné.
f Les points de dispersion ont un code couleur
conforme au quadrant.
f Les valeurs de seuil sont affichées au-dessus des
diagrammes de dispersion.
2 Pour ajuster un seuil sur l'axe des X ou l'axe des Y
uniquement, effectuez les actions suivantes :
• Placez la souris au-dessus d'un indicateur de seuil
(ligne pointillée) jusqu'à ce que le curseur soit
remplacé par une double flèche.
• Déplacez l'indicateur de seuil par glisser-déplacer.
f La couleur des points de dispersion est mise à
jour.
3 Pour ajuster les seuils sur les deux axes des X et des
Y simultanément, effectuez les actions suivantes :
• Placez la souris au-dessus de l'indicateur
d'ordonnée (cercle gris) jusqu'à ce que le curseur
soit remplacé par une flèche à quatre pointes.
• Déplacez l'indicateur d'ordonnée par glisserdéplacer.
f La couleur des points de dispersion est mise à
jour.
4 Sélectionnez le bouton Calculer.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont calculées et affichées.
5 Enregistrez le projet.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour ajuster les seuils dans un diagramme de dispersion en 2D à l'aide
du bouton Seuil (engroupement manuel)
200
Engroupement dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour ajuster les seuils dans un diagramme de dispersion en 2D à l'aide
du bouton Lasso (engroupement manuel)
1 Ajustez les paramètres d'engroupement tel que décrit
dans Pour ajuster les paramètres d'engroupement
pour la méthode d'engroupement Manuel (197).
Sélectionnez l'option Graphique de dispersion en
2D.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont supprimées.
f Les diagrammes de dispersion comprenant des
indicateurs de seuil (lignes pointillées) sont
affichés.
f Le bouton Seuil pour l'engroupement manuel est
sélectionné.
f Les points de dispersion ont un code couleur
conforme au quadrant.
f Les valeurs de seuil sont affichées au-dessus des
diagrammes de dispersion.
2 Sélectionnez le bouton Lasso.
I Le bouton Lasso est uniquement disponible si
exactement 2 cibles sont activées pour le réactif
de master mix dans les paramètres de colonne.
f Les indicateurs de seuil et les valeurs de seuil sont
supprimés des diagrammes de dispersion.
f La couleur des points de dispersion est mise à
jour.
f Une boîte de sélection des emplacements de
regroupement (positif-négatif, négatif-positif,
double négatif, double positif) s'affiche.
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3 Pour marquer les points de dispersion appartenant à
un emplacement de regroupement, procédez de la
manière suivante :
• Dans la boîte, sélectionnez un emplacement de
regroupement. Pour obtenir une mise à jour utile
du code couleur des points de dispersion,
sélectionnez les emplacements de regroupement
dans l'ordre suivant :
double positif, positif-négatif et négatif-positif,
double négatif.
• Cliquez dans le diagramme de dispersion pour
définir le point de départ.
• Cliquez dans le diagramme de dispersion à
plusieurs reprises pour encercler les points de
dispersion pour l'emplacement de regroupement
sélectionné. Les clics sont reliés par des lignes
droites.
• Pour fermer la zone de sélection, placez la souris
au-dessus du point de départ jusqu'à ce que le
curseur soit remplacé par un carré rouge et
cliquez.
• Pour retirer les lignes et recommencer, appuyez
sur Échap.
f La couleur des points de dispersion est mise à
jour.
4 Sélectionnez le bouton Calculer.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont calculées et affichées.
5 Enregistrez le projet.
r Pour ajuster les seuils dans un diagramme de dispersion en 2D à l'aide
du bouton Araignée (engroupement
manuel)
1 Ajustez les paramètres d'engroupement tel que décrit
dans Pour ajuster les paramètres d'engroupement
pour la méthode d'engroupement Manuel (197).
Sélectionnez l'option Graphique de dispersion en
2D.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont supprimées.
f Les diagrammes de dispersion comprenant des
indicateurs de seuil (lignes pointillées) sont
affichés.
f Le bouton Seuil pour l'engroupement manuel est
sélectionné.
f Les points de dispersion ont un code couleur
conforme au quadrant.
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201
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
202
Engroupement dans le logiciel de développement
f Les valeurs de seuil sont affichées au-dessus des
diagrammes de dispersion.
2 Sélectionnez le bouton Araignée.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
I Le bouton Araignée est uniquement disponible si
exactement 2 cibles sont activées pour le réactif
de master mix dans les paramètres de colonne.
f Un indicateur d'ordonnée (cercle gris) et des
indicateurs de point final (rectangles gris) sont
ajoutés aux indicateurs de seuil (lignes
pointillées).
f Le code couleur des points de dispersion est mis à
jour.
3 Pour ajuster l'ordonnée des seuils, procédez de la
manière suivante :
• Placez la souris au-dessus de l'indicateur
d'ordonnée (cercle gris) jusqu'à ce que le curseur
soit remplacé par une flèche à quatre pointes.
• Déplacez l'indicateur d'ordonnée par glisserdéplacer.
f La couleur des points de dispersion est mise à
jour.
4 Pour ajuster le point final d'un seuil, procédez de la
manière suivante :
• Placez la souris au-dessus d'un indicateur de
point final jusqu'à ce que le curseur soit remplacé
par une flèche à quatre pointes.
• Déplacez l'indicateur de point final par glisserdéplacer.
f La couleur des points de dispersion est mise à
jour.
5 Sélectionnez le bouton Calculer.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont calculées et affichées.
6 Enregistrez le projet.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
203
1 Ajustez les paramètres d'engroupement tel que décrit
dans Pour ajuster les paramètres d'engroupement
pour la méthode d'engroupement Manuel (197).
Sélectionnez l'option Graphique de dispersion en
3D.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont supprimées.
f Le diagramme de dispersion est affiché.
f Les points de dispersion ont un code couleur.
f Les valeurs de seuil et une légende des couleurs
sont affichées au-dessus du diagramme de
dispersion.
2 Pour faire pivoter l'affichage 3D, cliquez dans le
diagramme de dispersion. Utilisez la fonction glisserdéplacer dans l'affichage.
I Le diagramme de dispersion en 3D est
uniquement destiné à des fins de visualisation.
Vous ne pouvez pas ajuster les seuils dans un
diagramme de dispersion en 3D.
3 Sélectionnez le bouton Calculer.
f Les valeurs de la carte Données de groupement
sont calculées et affichées.
4 Enregistrez le projet.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour calculer les valeurs dans le tableau de données d'engroupement
pour un diagramme de dispersion en
3D (engroupement manuel)
204
Engroupement dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Exportation des paramètres d'engroupement
personnalisés sous forme de fichiers de données de
départ
Vous pouvez exporter les paramètres d'engroupement
personnalisés à partir d'un engroupement automatique
dans un fichier de données de départ pour transférer les
paramètres d'engroupement vers un autre engroupement
automatique et les utiliser dans des fichiers d'analyse.
Un fichier de données de départ est spécifique au type
de plaques à nanopuits.
Un fichier de données de départ est exporté en tant que
fichier XML signé et nommé
PlateType_SeedData_AAAAMMJJhhmmss.sdxml
d'après la date et l'heure de l'exportation.
Tout fichier de données de départ possède l'extension de
fichier .sdxml.
d
j
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Paramètres d'engroupement personnalisés ajustés
dans l'engroupement automatique
r Pour exporter des paramètres d'engroupement personnalisés sous
forme de fichier de données de départ
1 Éventuellement, pour exporter le fichier vers un
dispositif de stockage externe, connectez le dispositif
de stockage externe à l'ordinateur exécutant le
logiciel de développement.
2 Dans le logiciel de développement, sélectionnez un
engroupement automatique avec les paramètres
d'engroupement personnalisés issus du menu
Engroupement.
f L'onglet d'engroupement s'affiche dans la zone de
travail.
3 Dans le coin supérieur droit, sélectionnez le bouton
.
f La zone de liste déroulante Paramètres s'affiche.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
205
4 Sélectionnez le bouton Exporter données de
départ.
5 Accédez au dossier souhaité. Vous pouvez
éventuellement saisir un autre nom pour le fichier de
données de départ. Sélectionnez le bouton
Enregistrer.
f Le fichier SDXML est exporté.
6 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
u Sujets connexes
• Projets dans le logiciel de développement (136)
• Runs dans le logiciel de développement (151)
• Analyses dans le logiciel de développement (206)
• Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement (253)
• Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
(265)
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
I Vous pouvez uniquement exporter un fichier de
données de départ issu d'un engroupement
automatique avec les paramètres d'engroupement
personnalisés.
206
Analyses dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Analyses dans le logiciel de
développement
Les analyses déterminent les résultats qualitatifs et
quantitatifs finaux.
i
Les colonnes fusionnées sont analysées
ensemble. Par conséquent, un ensemble de
colonnes fusionnées correspond à une entrée
dans un onglet d'analyse.
Dans cette partie
Utilisation des analyses (206)
Analyse de quantification absolue (207)
Analyse CNV (226)
Analyse indel (239)
Affichage des diagrammes en barres (251)
Utilisation des analyses
Dans le logiciel de développement, vous pouvez
dupliquer, renommer et supprimer des analyses.
Dans le logiciel de développement, les analyses sont affichées de la manière suivante :
•
Répertoriées dans le menu Analyse de la zone Navigation
•
Affichées sous forme d'onglets d'analyse dans la zone
de travail
Par défaut, les onglets d'analyse portent le nom des
analyses et sont numérotés de façon séquentielle.
Vous ne pouvez pas renommer ou supprimer l'analyse
Quantification absolue - tous par défaut.
r Pour dupliquer une analyse
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez l'analyse
depuis le menu Analyse. Sélectionnez
>
Dupliquer.
f L'onglet d'analyse de l'analyse dupliquée s'affiche
dans la zone de travail.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
207
f L'analyse dupliquée est répertoriée dans le menu
Analyse de la zone Navigation.
f L'analyse dupliquée est nommée d'après l'analyse
d'origine à laquelle le suffixe " - copie x" est ajouté
(x = numéro consécutif).
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez l'analyse
depuis le menu Analyse. Sélectionnez
>
Supprimer.
2 Dans la boîte de dialogue Avertissement,
sélectionnez le bouton Confirmer.
f L'analyse est supprimée du projet.
r Pour changer le nom d'une analyse
1 Dans la zone Navigation, sélectionnez l'analyse
depuis le menu Analyse. Sélectionnez
>
Renommer.
2 Dans la boîte de dialogue, saisissez le nouveau nom.
3 Sélectionnez le bouton Enregistrer.
f L'onglet d'analyse est renommé.
f L'analyse répertoriée dans le menu Analyse est
renommée.
Analyse de quantification absolue
L'analyse de quantification absolue détermine la
présence et la concentration des cibles connues dans les
échantillons.
Par défaut, chaque projet du logiciel de développement
contient une analyse Quantification absolue - tous qui
inclut tous les échantillons et contrôles du projet.
Vous pouvez modifier l'analyse Quantification absolue
- tous ou réaliser une nouvelle analyse de quantification
absolue portant sur un sous-ensemble spécifié
d'échantillons et de contrôles.
Dans cette partie
Liste d'onglets et de paramètres pour l'analyse de
quantification absolue (208)
Liste de colonnes de résultats pour l'analyse de
quantification absolue (211)
Modification de l'analyse Quantification absolue - tous
par défaut (219)
Réalisation de l'analyse de quantification absolue (222)
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour supprimer une analyse
208
Analyses dans le logiciel de développement
Liste d'onglets et de paramètres pour l'analyse de quantification absolue
Les paramètres fournissent tous les réglages requis pour
l'analyse de quantification absolue.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Navigation > Analyse >
> Quantification ab-
solue >
Les paramètres sont demandés dans les onglets de la
zone de liste déroulante Paramètres.
La disponibilité des paramètres dans un onglet dépend
des paramètres actuels dans les autres onglets.
Onglet Sélection d'échantillons
Dans l'onglet Sélection d'échantillons, sélectionnez les
échantillons pour l'analyse.
Le tableau répertorie tous les échantillons du projet avec
les ID d'échantillons tels que saisis dans les paramètres
de colonne des onglets du run.
Par défaut, aucun échantillon n'est sélectionné pour
l'analyse.
Pour obtenir des données statistiques, vous pouvez
utiliser des groupes d'échantillons. La carte Groupes
d'échantillons répertorie tous les groupes d'échantillons
du projet.
u Utilisation des groupes d'échantillons dans le logiciel
de développement (173)
Onglet Contrôles
Dans l'onglet Contrôles, marquez les emplacements des
contrôles dans les configurations échantillon et saisissez
les intervalles valides pour les contrôles.
Si vous sélectionnez une colonne fusionnée, l'ensemble
des colonnes fusionnées sera automatiquement
sélectionné.
Le tableau situé à gauche de l'onglet répertorie les associations de réactif de master mix et de cible correspondant aux critères suivants :
•
Un échantillon affichant cette association a été sélectionné dans l'onglet Sélection d'échantillons.
•
L'association n'est pas définie comme contrôle interne dans l'onglet Contrôles internes.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
209
Pour un run de diagnostic qui a été importé avec les
paramètres d'engroupement et d'analyse, les
emplacements de contrôle supposés sont rayés si les
canaux correspondants ont été mesurés sur l'analyseur
mais les tests n'ont pas été inclus dans les fichiers
d'analyse. Par défaut, des emplacements de ce type sont
analysés en tant qu'échantillons et non en tant que
contrôles.
Le tableau situé à droite de l'onglet répertorie les
contrôles définis pour l'association sélectionnée de
réactif de master mix et de cible.
Les contrôles sont spécifiques à la cible :
Si le contrôle pour une cible est invalide, le système
invalide automatiquement les résultats finaux pour cette
cible pour tous les échantillons du même run.
Champ Limite inférieure et champ Limite
supérieure
Les champs définissent l'intervalle valide pour un
contrôle.
La limite inférieure doit être inférieure à la limite
supérieure.
Pour les contrôles négatifs, la limite inférieure est
toujours 0 et elle ne peut pas être modifiée.
Valeurs par défaut pour les contrôles positifs :
•
Limite inférieure = 1,0000 cp/µl
•
Limite supérieure = 1000,0000 cp/µl
Valeur par défaut pour les contrôles négatifs :
•
Limite supérieure = 0,0000 cp/µl
Onglet Contrôles internes
Dans l'onglet Contrôles internes, sélectionnez
l'association de réactif de master mix et de cible utilisée
comme contrôle interne et saisissez l'intervalle de
concentration valide pour le contrôle interne.
Dans les listes déroulantes Cible, seules les cibles pour
lesquelles aucun contrôle n'a été défini dans l'onglet
Contrôles sont disponibles.
Si un réactif de master mix contient une seule cible, il
n'est pas disponible comme contrôle interne.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
La liste déroulante Run : répertorie tous les runs
contenant des échantillons sélectionnés dans l'onglet
Sélection d'échantillons.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
210
Analyses dans le logiciel de développement
Les contrôles internes sont mesurés comme une
séquence d'acides nucléiques cibles distincte et sont par
conséquent spécifiques à une colonne :
Si le contrôle interne dans une colonne de la plaque à
nanopuits est invalide, le système invalide
automatiquement les résultats finaux pour toutes les
séquences d'acides nucléiques cibles qui sont testées
dans cette colonne de la plaque à nanopuits.
Champ Limite inférieure et champ Limite
supérieure
Les champs définissent l'intervalle de concentration
valide pour le contrôle interne.
La limite inférieure doit être inférieure à la limite
supérieure.
Valeurs par défaut :
•
Limite inférieure = 1,0000 cp/µl
•
Limite supérieure = 1000,0000 cp/µl
Onglet Limites cibles
Dans l'onglet Limites cibles, vous pouvez
éventuellement saisir la limite de détection et/ou les
limites de quantification.
Champ Limite inférieure de détection
Une limite de détection > 0 indique du bruit dans les
données. Cela signifie qu'il y a des nanopuits positifs
même si la colonne de la plaque à nanopuits ne contient
aucune molécule cible.
Le résultat initial et le résultat final pour une cible sont
négatifs si la concentration brute calculée de la cible est
inférieure à la limite de détection.
Vous pouvez voir l'indication de définition d'une limite de
détection dans l'engroupement pour une cible.
La valeur de concentration à saisir comme limite de
détection peut être déduite de la valeur indiquée dans la
colonne Concentration [copies/µL] ou la colonne
Concentration brute [copies/µL] du panneau
Résultats.
La limite inférieure de détection doit être inférieure à la
limite inférieure de quantification (si activée).
Valeur par défaut :
•
Limite inférieure de détection = 0,0000 cp/µL
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Si la limite de quantification est activée, le calcul de la
concentration cible est supprimé à l'extérieur de
l'intervalle de quantification saisi. Cela représente
l'augmentation de l'incertitude pour les concentrations
cibles très faibles ou très élevées.
Dans le panneau Résultats, les résultats finaux situés en
dehors de l'intervalle de quantification sont
accompagnés d'une alerte. Au lieu de la concentration
cible calculée, la limite de quantification non atteinte est
affichée comme résultat quantitatif final.
La limite inférieure de quantification doit être inférieure à
la limite supérieure de quantification.
La limite inférieure de quantification doit être supérieure
à la limite inférieure de détection.
Valeurs par défaut :
•
Limite de quantification = désactivée
•
Limite inférieure de quantification = 0,0000 cp/µl
•
Limite supérieure de quantification = 50000,0000 cp/
µl
Liste de colonnes de résultats pour l'analyse de quantification absolue
Un onglet de quantification absolue affiche les résultats
d'une analyse de quantification absolue dans le panneau
Résultats, le panneau Aperçu des résultats, le
panneau Liaison et le panneau Statistiques.
f Navigation > Analyse >
solue
> Quantification ab-
Les panneaux affichent uniquement les résultats pour les
échantillons qui ont été sélectionnés dans l'onglet
Sélection d'échantillons, zone de liste déroulante
Paramètres.
Les colonnes fusionnées sont analysées ensemble. Par
conséquent, un ensemble de colonnes fusionnées
correspond à une entrée dans un onglet d'analyse.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Case à cocher Limites de quantification,
champ Limite inférieure de quantification et
champ Limite supérieure de quantification
211
212
Analyses dans le logiciel de développement
Panneau Résultats
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Le panneau Résultats affiche les résultats par cible
séparément pour chaque échantillon et contrôle.
Par défaut, l'ensemble des colonnes disponibles n'est pas
visible sur le panneau Résultats.
Colonne ID Echantillon
L'ID échantillon de l'échantillon ou du contrôle tel que
saisi dans les paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Cible
La cible testée telle qu'activée dans les paramètres de
colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Réactif de master mix
Le réactif de master mix utilisé tel que saisi dans les
paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Lane
Colonne Concentration [copies/µL]
L'emplacement de l'échantillon ou du contrôle dans le
run. Les colonnes fusionnées sont indiquées par l'icône
.
La concentration finale calculée de la cible dans
l'échantillon ou le contrôle (résultat quantitatif final).
La mention "N/A" s'affiche si l'une des affirmations suivantes s'applique :
•
Le résultat final pour la cible est négatif.
•
Le résultat final pour la cible est invalide.
Si la concentration cible dépasse une limite de
quantification configurée, la limite de quantification qui
n'est pas respectée est affichée comme résultat
quantitatif final.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Résultat (qualitatif) final pour l'échantillon ou le contrôle.
Pour les échantillons, les résultats finaux tiennent
compte des résultats de contrôle correspondants.
Les résultats finaux pour les échantillons portent un code
couleur, c'est-à-dire que les noms des résultats sont
affichés sur un fond de la couleur correspondante.
Colonne Conc. IC à 95 % min. et colonne
Conc. 95% CI max.
Colonne Alertes
Les valeurs indiquent l'intervalle de confiance pour le
niveau de confiance de 95 % (sur la base de la loi de
Poisson appliquée et sans tenir compte d'autres sources
d'erreur) :
La probabilité que la concentration de la cible dans
l'échantillon ou le contrôle se trouve dans l'intervalle
spécifié est de 95 %.
Les alertes associées à l'échantillon ou au contrôle.
Les alertes critiques qui invalident le résultat final sont
affichées en caractères gras.
u Liste d'alertes (347)
Colonne Type d'échantillon
Code couleur et icône du type de contrôle.
Colonne Colonnes fusionnées
Le nom de l'ensemble de colonnes fusionnées tel
qu'affiché dans les paramètres de colonne de l'onglet du
run.
Colonne Total de copies
Nombre absolu de molécules cibles dans l'échantillon ou
le contrôle.
Colonne Résultat initial
Résultat initial (qualitatif) pour la cible. Pour les
échantillons, les résultats initiaux ne tiennent pas compte
des résultats de contrôle correspondants.
Les échantillons et les contrôles peuvent afficher les résultats initiaux suivants pour une cible :
•
Négatif
•
Positif
•
Invalide
Un échantillon ou un contrôle affiche un résultat initial
invalide s'il a été invalidé à un moment donné de la
procédure de travail, par ex., pendant le partitionnement.
Une alerte critique correspondante est affichée dans la
colonne Alertes.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Résultat final
213
214
Analyses dans le logiciel de développement
Colonne Type de plaque
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Nbre de nanopuits positifs
Type de plaque à nanopuits utilisé pour traiter
l'échantillon.
Nombre de nanopuits positifs pour l'échantillon ou le
contrôle tel que déterminé dans l'engroupement.
u Liste des colonnes sur la carte Données de groupement (184)
Colonne Nombre total de nanopuits valides
Nombre de nanopuits valides pour l'échantillon ou le
contrôle tel qu'affiché dans l'engroupement.
Le nombre de nanopuits valides correspond au total des
nanopuits positifs et négatifs.
u Liste des colonnes sur la carte Données de groupement (184)
Colonne Facteur de dilution
Le facteur de dilution tel que saisi dans les paramètres
de colonne dans l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Nom du run
Nom du run dans l'analyseur dans lequel l'échantillon ou
le contrôle a été traité.
Le nom du run est utilisé comme nom de l'onglet du run
dans le logiciel de développement.
Colonne Conc. 68% CI min. et colonne Conc.
68% CI max.
Les valeurs indiquent l'intervalle de confiance pour le
niveau de confiance de 68% (sur la base de la loi de
Poisson appliquée et sans tenir compte d'autres sources
d'erreur) :
La probabilité que la concentration de la cible dans
l'échantillon ou le contrôle se trouve dans l'intervalle
spécifié est de 68%.
La probabilité est inférieure car l'intervalle spécifié est
inférieur à l'intervalle spécifié par la colonne Conc. IC à
95 % min. et la colonne Conc. 95% CI max.
Colonne Copies par nanopuits
Nombre moyen de molécules cibles par nanopuits valide
pour l'échantillon ou le contrôle.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
L'intervalle de confiance normalisé par le résultat
quantitatif final (sur la base de la distribution de Poisson
appliquée et sans tenir compte des autres sources
d'erreur).
La confiance relative est une mesure de l'exactitude des
calculs.
Colonne Nanopuits négatifs
Nombre de nanopuits négatifs pour l'échantillon ou le
contrôle tel que déterminé dans l'engroupement.
u Liste des colonnes sur la carte Données de groupement (184)
Colonne Méthode d'engroupement
Méthode d'engroupement telle que définie dans l'onglet
d'engroupement.
u Liste de paramètres d'engroupement dans le logiciel
de développement (188)
Colonne Concentration brute [copies/µL]
La concentration initiale calculée de la cible dans
l'échantillon ou le contrôle (résultat quantitatif initial).
Les valeurs brutes ne tiennent pas compte des limites
appliquées. Pour les échantillons, les valeurs brutes ne
tiennent pas non plus compte des résultats de contrôle
correspondants.
Panneau Aperçu des résultats
Le panneau Aperçu des résultats résume les résultats
par cible pour chaque échantillon ou contrôle pour le
réactif de master mix sélectionné.
Colonne Run
Nom du run dans l'analyseur dans lequel l'échantillon ou
le contrôle a été traité.
Le nom du run est utilisé comme nom de l'onglet du run
dans le logiciel de développement.
Colonne Lane
L'emplacement de l'échantillon ou du contrôle dans le
run. Les colonnes fusionnées sont indiquées par l'icône
.
Roche Diagnostics
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Colonne Confiance relative
215
216
Analyses dans le logiciel de développement
Colonne ID Echantillon
L'ID échantillon de l'échantillon ou du contrôle tel que
saisi dans les paramètres de colonne sur l'onglet du run.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonnes pour cibles
Pour chaque cible testée, les résultats quantitatifs et
qualitatifs finaux sont affichés dans une colonne :
•
Concentration
•
Résultat final
Les cibles testées sont affichées en temps qu'en-têtes de
colonne.
u Colonne Concentration [copies/µL] (212)
u Colonne Résultat final (213)
Panneau Liaison
La liaison est l'occurrence de différentes cibles qui sont
situées sur la même molécule cible et donc dans le
même nanopuits :
•
Si 2 cibles ne sont pas liées, les cibles sont toutes situées sur des molécules cibles différentes.
La proportion de nanopuits double positifs est le produit de la proportion de nanopuits positifs pour la
cible 1 et la proportion de nanopuits positifs pour la
cible 2.
•
Si 2 cibles sont parfaitement liées, les cibles sont toujours situées sur les mêmes molécules cibles.
Tous les nanopuits positifs sont des doubles positifs.
Une liaison peut survenir en raison d'une séparation de
cible incomplète durant la préparation des échantillons.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
217
Exemples de 100 000 nanopuits et 25 000 nanopuits
positifs pour chaque cible 1 et cible 2 :
Pourcentage de cibles liées
valeur-p
0,01%
0.9811
0,1%
0.8125
0,5%
0.2351
0,8%
0.0573
1%
0.0174
1,5 %
0.0004
y Exemples de liaison
La liaison peut affecter la quantification de cible de
manière négative. C'est pourquoi la valeur-p affichée
peut être utilisée comme contrôle de qualité pour les
tests multiplex.
Si le réactif de master mix sélectionné contient 1 seule
cible, aucune liaison ne peut être déterminée.
Colonne ID échantillon
L'ID échantillon de l'échantillon ou du contrôle tel que
saisi dans les paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Run
Nom du run dans l'analyseur dans lequel l'échantillon ou
le contrôle a été traité.
Le nom du run est utilisé comme nom de l'onglet du run
dans le logiciel de développement.
Colonne Lane
L'emplacement de l'échantillon ou du contrôle dans le
run. Les colonnes fusionnées sont indiquées par l'icône
.
Colonnes pour associations de cibles
La valeur-p d'un test du khi carré avec l'hypothèse nulle
que les cibles prises en compte ne sont pas liées.
Les liaisons des cibles sont classées de la manière suivante :
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Le panneau Liaison affiche la valeur-p d'un test du khi
carré avec l'hypothèse nulle que les cibles prises en
compte ne sont pas liées. En raison du nombre élevé de
nanopuits, il suffit de faibles variations du pourcentage
des cibles liées pour que la valeur-p change de manière
considérable.
218
Analyses dans le logiciel de développement
•
Lié
•
Liaison faible
•
Non lié
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Pour « lié » et « liaison faible », une valeur numérique
s'affiche. Pour « non lié », la mention "UL" s'affiche.
Les seuils entre « lié », « liaison faible » et « non lié »
peuvent être modifiés dans la légende située au-dessus
du tableau.
Les règles suivantes s'appliquent :
•
Valeurs par défaut :
Lié ≤ 0,0100 < Liaison faible ≤ 0,0500
•
Valeurs possibles :
Lié ≤ 0,0001 < Liaison faible ≤ 0,9999
Panneau Statistiques
Le panneau Statistiques affiche des informations
statistiques pour les groupes d'échantillons contenant
des échantillons qui ont été sélectionnés pour l'analyse.
Colonne Groupe
Le nom du groupe d'échantillons tel que saisi dans
l'onglet du run ou la zone de liste déroulante
Paramètres.
Si tous les échantillons d'un groupe d'échantillons ne
sont pas inclus dans l'analyse, le nom du groupe
d'échantillons est ajouté avec le nombre d'échantillons
inclus entre parenthèses, par ex. "(3 sur 4)". Les colonnes
fusionnées sont comptabilisées séparément.
u Utilisation des groupes d'échantillons dans le logiciel
de développement (173)
Colonne Cible
La cible testée telle qu'activée dans les paramètres de
colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Réactif de master mix
Le réactif de master mix utilisé tel que saisi dans les
paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Concentration moyenne [copies/µL]
219
La moyenne des concentrations (résultats quantitatifs
finaux) des échantillons d'un groupe d'échantillons.
La mention "N/A" s'affiche si le groupe d'échantillons
contient un échantillon pour lequel aucun résultat
quantitatif final n'est disponible.
Colonne Écart-type de concentration [copies/
µL]
L'écart type de la moyenne de concentration.
La mention "N/A" s'affiche si la moyenne de
concentration ne peut pas être calculée.
Modification de l'analyse Quantification absolue - tous par défaut
Par défaut, chaque projet contient une analyse
Quantification absolue - tous qui inclut tous les
échantillons du projet. Vous pouvez modifier les
paramètres d'analyse pour l'analyse Quantification
absolue - tous mais vous ne pouvez pas exclure
d'échantillons.
Si vous souhaitez réaliser une analyse de quantification
absolue limitée à un sous-ensemble d'échantillons, vous
devez ajouter une nouvelle analyse de quantification
absolue au projet.
u Réalisation de l'analyse de quantification absolue
(222)
j
m Étapes précédentes de la procédure de travail de
développement terminées
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (27)
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (26)
r Pour afficher l'analyse Quantification
absolue - tous
1 Dans le logiciel de développement, zone Navigation,
sélectionnez Analyse >
> Quantification
absolue - tous.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Si tous les échantillons d'un groupe d'échantillons ne
sont pas inclus dans l'analyse, la moyenne est
uniquement calculée à partir des échantillons inclus.
220
Analyses dans le logiciel de développement
f L'onglet Quantification absolue - tous s'affiche
dans la zone de travail.
f L'analyse Quantification absolue - tous est
calculée.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Le panneau Résultats est affiché dans l'onglet
Quantification absolue - tous.
f Le panneau Résultats affiche 1 entrée pour
chaque échantillon ou contrôle.
2 Pour afficher un résumé des résultats, procédez de la
manière suivante :
• Sélectionnez le bouton Aperçu des résultats.
• Dans la liste déroulante, sélectionnez le réactif de
master mix.
3 Pour afficher les diagrammes en barres tel que décrit
dans Affichage des diagrammes en barres (251),
procédez de la manière suivante :
• Dans la partie supérieure droite du panneau
Aperçu des résultats, sélectionnez le bouton .
• Vous pouvez éventuellement ajuster l'affichage
des diagrammes en barres.
4 Pour afficher la liaison calculée entre les cibles,
procédez de la manière suivante.
• Sélectionnez le bouton Liaison.
• Dans la liste déroulante, sélectionnez le réactif de
master mix.
• Vous pouvez éventuellement modifier les seuils
entre « lié », « liaison faible » et/ou « non lié » dans
la légende située au-dessus du tableau.
5 Pour afficher les statistiques pour les groupes
d'échantillons, sélectionnez le bouton Statistiques.
r Pour modifier l'analyse Quantification
absolue - tous
1 Dans le logiciel de développement, zone Navigation,
sélectionnez Analyse >
> Quantification
absolue - tous.
f L'onglet Quantification absolue - tous s'affiche
dans la zone de travail.
f L'analyse Quantification absolue - tous est
calculée.
f Le panneau Résultats est affiché dans l'onglet
Quantification absolue - tous.
f Le panneau Résultats affiche 1 entrée pour
chaque échantillon ou contrôle.
2 Pour modifier l'analyse Quantification absolue tous, sélectionnez le bouton .
f L'onglet Sélection d'échantillons dans la zone
de liste déroulante Paramètres s'affiche.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
221
3 Vous pouvez éventuellement utiliser des groupes
d'échantillons tel que décrit dans Utilisation des
groupes d'échantillons dans le logiciel de
développement (173).
5 Pour chaque colonne de la plaque à nanopuits (c'està-dire l'emplacement sur la plaque à nanopuits)
contenant un contrôle, effectuez les actions
suivantes :
• Dans le tableau, sélectionnez l'association de
réactif de master mix et de cible.
• Si la même association est utilisée dans plusieurs
runs, dans la liste déroulante Run, sélectionnez le
run.
• Dans la représentation graphique de la
configuration échantillon du run sélectionné,
sélectionnez la colonne de la plaque à nanopuits
qui contient un contrôle.
• Pour tout contrôle positif, sélectionnez l'option
Positif. Dans le champ Limite inférieure et le
champ Limite supérieure, saisissez l'intervalle de
concentration.
• Pour tout contrôle négatif, sélectionnez l'option
Négatif. Dans le champ Limite supérieure,
saisissez la valeur de concentration. (Pour tout
contrôle négatif, la limite inférieure de l'intervalle
de concentration est toujours égale à 0.)
I Les limites inférieure et supérieure déterminent
les intervalles valides pour les contrôles.
f Les colonnes de la plaque à nanopuits portent un
code couleur conformément aux types de
contrôles.
f Les contrôles sont répertoriés dans le tableau.
6 Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Contrôles internes.
7 Pour chaque réactif de master mix contenant un
contrôle interne, effectuez les actions suivantes :
• Dans la liste déroulante Cible, sélectionnez la
cible qui a été utilisée comme contrôle interne.
• Dans le champ Limite inférieure et le champ
Limite supérieure, saisissez l'intervalle de
concentration valide pour le contrôle interne.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
4 Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Contrôles.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
222
Analyses dans le logiciel de développement
I Dans les listes déroulantes Cible, seules les cibles
pour lesquelles aucun contrôle n'a été défini dans
l'onglet Contrôles sont disponibles.
Pour chaque réactif de master mix, vous pouvez
définir 1 cible comme contrôle interne.
Si un réactif de master mix ne contient qu'une
cible, il n'est pas disponible comme contrôle
interne.
8 Dans la zone de liste déroulante Paramètres, vous
pouvez sélectionner l'onglet Limites cibles.
9 Pour chaque association de réactif de master mix et
de cible, vous pouvez réaliser les actions suivantes :
• Dans le tableau, sélectionnez l'association de
réactif de master mix et de cible.
• Pour représenter le bruit dans les données (s'il y a
des nanopuits positifs même si la colonne de la
plaque à nanopuits ne contient aucune molécule
cible), saisissez une valeur > 0 dans le champ
Limite inférieure de détection.
• Pour supprimer le calcul de la concentration pour
les concentrations cibles très faibles ou très
élevées, cochez la case Limites de
quantification. Dans le champ Limite inférieure
de quantification et le champ Limite
supérieure de quantification, saisissez
l'intervalle de quantification.
I Les résultats situés en dehors des intervalles de
quantification sont uniquement affichés de
manière qualitative dans le panneau Résultats.
f Le tableau est mis à jour.
10 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton .
f L'analyse Quantification absolue - tous est
recalculée.
f Le panneau Résultats est affiché dans l'onglet
Quantification absolue - tous.
Réalisation de l'analyse de quantification absolue
Réalisez une analyse de quantification absolue pour
déterminer les concentrations absolues des cibles dans
les échantillons spécifiés.
j
m Étapes précédentes de la procédure de travail de
développement terminées
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
223
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (27)
r Pour ajouter une analyse de quantification absolue
1 Dans le logiciel de développement, zone Navigation,
sélectionnez Analyse >
> Quantification
absolue.
f Un nouvel onglet de quantification absolue est
affiché dans la zone de travail et répertorié dans le
menu Analyse.
f La zone de liste déroulante Paramètres s'affiche.
2 Dans l'onglet Sélection d'échantillons, sélectionnez
les échantillons pour l'analyse.
I Le tableau répertorie tous les échantillons du
projet.
La carte Groupes d'échantillons répertorie tous
les groupes d'échantillons du projet.
3 Vous pouvez éventuellement utiliser des groupes
d'échantillons tel que décrit dans Utilisation des
groupes d'échantillons dans le logiciel de
développement (173).
4 Sélectionnez le bouton Mettre à jour l'analyse.
5 Éventuellement, pour revenir à la sélection des
échantillons avant d'avoir sélectionné le bouton
Mettre à jour l'analyse pour la dernière fois,
sélectionnez le bouton Réinitialiser la sélection.
6 Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Contrôles.
7 Pour chaque colonne de la plaque à nanopuits (c'està-dire l'emplacement sur la plaque à nanopuits)
contenant un contrôle, effectuez les actions
suivantes :
• Dans le tableau, sélectionnez l'association de
réactif de master mix et de cible.
• Si la même association est utilisée dans plusieurs
runs, dans la liste déroulante Run, sélectionnez le
run.
• Dans la représentation graphique de la
configuration échantillon du run sélectionné,
sélectionnez la colonne de la plaque à nanopuits
qui contient un contrôle.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (26)
224
Analyses dans le logiciel de développement
•
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
Pour tout contrôle positif, sélectionnez l'option
Positif. Dans le champ Limite inférieure et le
champ Limite supérieure, saisissez l'intervalle de
concentration.
Pour tout contrôle négatif, sélectionnez l'option
Négatif. Dans le champ Limite supérieure,
saisissez la valeur de concentration. (Pour tout
contrôle négatif, la limite inférieure de l'intervalle
de concentration est toujours égale à 0.)
I Les limites inférieure et supérieure déterminent
les intervalles valides pour les contrôles.
f Les colonnes de la plaque à nanopuits portent un
code couleur conformément aux types de
contrôles.
f Les contrôles sont répertoriés dans le tableau.
8 Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Contrôles internes.
9 Pour chaque réactif de master mix contenant un
contrôle interne, effectuez les actions suivantes :
• Dans la liste déroulante Cible, sélectionnez la
cible qui a été utilisée comme contrôle interne.
• Dans le champ Limite inférieure et le champ
Limite supérieure, saisissez l'intervalle de
concentration valide pour le contrôle interne.
I Dans les listes déroulantes Cible, seules les cibles
pour lesquelles aucun contrôle n'a été défini dans
l'onglet Contrôles sont disponibles.
Pour chaque réactif de master mix, vous pouvez
définir 1 cible comme contrôle interne.
Si un réactif de master mix ne contient qu'une
cible, il n'est pas disponible comme contrôle
interne.
10 Dans la zone de liste déroulante Paramètres, vous
pouvez sélectionner l'onglet Limites cibles.
11 Pour chaque association de réactif de master mix et
de cible, vous pouvez réaliser les actions suivantes :
• Dans le tableau, sélectionnez l'association de
réactif de master mix et de cible.
• Pour représenter le bruit dans les données (s'il y a
des nanopuits positifs même si la colonne de la
plaque à nanopuits ne contient aucune molécule
cible), saisissez une valeur > 0 dans le champ
Limite inférieure de détection.
• Pour supprimer le calcul de la concentration pour
les concentrations cibles très faibles ou très
élevées, cochez la case Limites de
quantification. Dans le champ Limite inférieure
de quantification et le champ Limite
supérieure de quantification, saisissez
l'intervalle de quantification.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
225
I Les résultats situés en dehors des intervalles de
quantification sont uniquement affichés de
manière qualitative dans le panneau Résultats.
12 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton .
f L'analyse de quantification absolue est calculée.
f Le panneau Résultats est affiché dans l'onglet de
quantification absolue.
13 Enregistrez le projet.
14 Pour afficher un résumé des résultats, procédez de la
manière suivante :
• Sélectionnez le bouton Aperçu des résultats.
• Dans la liste déroulante, sélectionnez le réactif de
master mix.
15 Pour afficher les diagrammes en barres tel que décrit
dans Affichage des diagrammes en barres (251),
procédez de la manière suivante :
• Dans la partie supérieure droite du panneau
Aperçu des résultats, sélectionnez le bouton .
• Vous pouvez éventuellement ajuster l'affichage
des diagrammes en barres.
16 Pour afficher la liaison calculée entre les cibles,
procédez de la manière suivante.
• Sélectionnez le bouton Liaison.
• Dans la liste déroulante, sélectionnez le réactif de
master mix.
• Vous pouvez éventuellement modifier les seuils
entre « lié », « liaison faible » et/ou « non lié » dans
la légende située au-dessus du tableau.
17 Pour afficher les statistiques pour les groupes
d'échantillons, sélectionnez le bouton Statistiques.
r Pour modifier une analyse de quantification absolue
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez l'analyse de quantification
absolue à partir du menu Analyse.
f L'onglet de quantification absolue s'affiche dans la
zone de travail.
2 Pour afficher la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez le bouton .
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Le tableau est mis à jour.
226
Analyses dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
3 Pour inclure et/ou exclure des échantillons de
l'analyse, procédez de la manière suivante :
• Sélectionnez l'onglet Sélection d'échantillons.
• Sélectionnez les échantillons que vous souhaitez
inclure dans l'analyse.
• Sélectionnez le bouton Mettre à jour l'analyse.
4 Pour modifier les paramètres de l'analyse, procédez
de la manière suivante :
• Sélectionnez l'onglet Contrôles, l'onglet
Contrôles internes et/ou l'onglet Limites cibles,
respectivement.
• Saisissez les modifications.
5 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton .
f L'analyse de quantification absolue est recalculée.
6 Enregistrez le projet.
Analyse CNV
L'analyse CNV (variabilité du nombre de copies)
détermine le nombre de copies d'une cible d'intérêt
connue par comparaison avec le nombre de copies de
cibles de référence connues.
Dans cette partie
Liste d'onglets et de paramètres pour l'analyse CNV (226)
Liste de colonnes de résultats pour l'analyse CNV (230)
Exécution de l'analyse CNV (236)
Liste d'onglets et de paramètres pour l'analyse CNV
Les paramètres fournissent tous les réglages requis pour
l'analyse CNV.
f Navigation > Analyse >
> CNV >
Les paramètres sont demandés dans les onglets de la
zone de liste déroulante Paramètres.
La disponibilité des paramètres dans un onglet dépend
des paramètres actuels dans les autres onglets.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
227
Onglet Sélection d'échantillons
Le tableau répertorie tous les échantillons du projet avec
les ID d'échantillons tels que saisis dans les paramètres
de colonne des onglets du run.
Par défaut, aucun échantillon n'est sélectionné pour
l'analyse.
Pour obtenir des données statistiques, vous pouvez
utiliser des groupes d'échantillons. La carte Groupes
d'échantillons répertorie tous les groupes d'échantillons
du projet.
u Utilisation des groupes d'échantillons dans le logiciel
de développement (173)
Onglet Configuration de l'analyse
Dans l'onglet Configuration de l'analyse, sélectionnez
les cibles d'intérêt et les cibles de référence.
Le tableau répertorie toutes les associations de réactif de
master mix et de cible des échantillons qui ont été
sélectionnés dans l'onglet Sélection d'échantillons.
Si vous sélectionnez plusieurs cibles de référence, le
logiciel de développement retient la moyenne de leurs
nombres de copies pour l'analyse.
Si la sélection actuelle pose problème pour le calcul des
résultats, un avertissement est affiché à droite de l'onglet.
Pour le calcul du résultat, il est nécessaire de
sélectionner au moins 1 cible d'intérêt et 1 cible de
référence.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Dans l'onglet Sélection d'échantillons, sélectionnez les
échantillons pour l'analyse.
228
Analyses dans le logiciel de développement
Onglet Contrôles
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Dans l'onglet Contrôles, marquez les emplacements des
contrôles dans les configurations échantillon et saisissez
les intervalles valides pour les contrôles.
Si vous sélectionnez une colonne fusionnée, l'ensemble
des colonnes fusionnées sera automatiquement
sélectionné.
Le tableau situé à gauche répertorie les associations de
réactif de master mix et de cible d'intérêt pour lesquelles
un échantillon a été sélectionné dans l'onglet Sélection
d'échantillons.
La liste déroulante Run : répertorie tous les runs
contenant des échantillons sélectionnés dans l'onglet
Sélection d'échantillons.
Pour un run de diagnostic qui a été importé avec les
paramètres d'engroupement et d'analyse, les
emplacements de contrôle supposés sont rayés si les
canaux correspondants ont été mesurés sur l'analyseur
mais les tests n'ont pas été inclus dans les fichiers
d'analyse. Par défaut, des emplacements de ce type sont
analysés en tant qu'échantillons et non en tant que
contrôles.
Le tableau situé à droite répertorie les contrôles définis
pour l'association sélectionnée de réactif de master mix
et de cible d'intérêt.
Les contrôles sont spécifiques à la cible :
Si le contrôle pour une cible est invalide, le système
invalide automatiquement les résultats finaux pour cette
cible pour tous les échantillons du même run.
Champ Limite inférieure et champ Limite
supérieure pour les contrôles négatifs
Les champs définissent l'intervalle de concentration
valide pour un contrôle négatif.
Pour les contrôles négatifs, la limite inférieure est
toujours 0 et elle ne peut pas être modifiée.
Valeur par défaut pour les contrôles négatifs :
•
Champ Nombre de copies min. et champ
Nombre de copies max. pour les contrôles du
nombre de copies
Limite supérieure = 0,0000 cp/µl
Les champs définissent l'intervalle de nombre de copies
valide pour des contrôles du nombre de copies.
La limite inférieure doit être inférieure à la limite
supérieure.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
229
Valeurs par défaut pour les contrôles du nombre de copies :
•
Nombre de copies min. = 1,8000 copies
•
Nombre de copies max. = 2,2000 copies
Dans l'onglet Limites cibles, vous pouvez
éventuellement saisir les limites de validité pour les
cibles d'intérêt et les cibles de référence.
Pour les cibles d'intérêt, saisissez le nombre de copies de
cibles de référence et les limites du nombre de copies
normal.
Case à cocher Limite de validité, champ
Limite inférieure de validité et champ Limite
supérieure de validité
Si la limite de validité est activée, la concentration
mesurée des molécules cibles dans la cible de référence
et/ou la cible d'intérêt doit se trouver dans l'intervalle
configuré.
Si une concentration se trouve en dehors de l'intervalle
configuré, le résultat (qualitatif) final correspondant sera
invalide.
La limite inférieure de validité doit être inférieure à la
limite supérieure de validité.
Valeurs par défaut :
Champ Nombre de copies de cible de
référence
•
Limite de validité = désactivée
•
Limite inférieure de validité = 0,0000 cp/µl
•
Limite supérieure de validité = 50000,0000 cp/µl
Le nombre de copies attendu de la cible de référence.
Le nombre de copies de la cible de référence est utilisé
pour normaliser le rapport des nombres de copies de la
cible de référence et la cible d'intérêt afin de permettre la
comparaison avec l'intervalle configuré pour le nombre
de copies normal.
Valeur par défaut :
•
Champ Limite inférieure du nombre de copies
et champ Limite supérieure du nombre de
copies pour le nombre de copies normal
Nombre de copies de cible de référence = 2,0000
L'intervalle normal attendu du nombre de copies de la
cible d'intérêt.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Onglet Limites cibles
230
Analyses dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
L'intervalle configuré définit les seuils pour les résultats
(qualitatifs) finaux pour les cibles d'intérêt :
•
Le résultat final est faible si le nombre de copies calculé est inférieur à la limite inférieure configurée du
nombre de copies.
•
Le résultat final est normal si le nombre de copies
calculé se trouve dans l'intervalle configuré du
nombre de copies.
•
Le résultat final est élevé si le nombre de copies calculé est supérieur à la limite supérieure configurée du
nombre de copies.
Valeurs par défaut :
•
Limite inférieure du nombre de copies = 1,8000
•
Limite supérieure du nombre de copies = 2,2000
Liste de colonnes de résultats pour l'analyse CNV
Un onglet CNV affiche les résultats d'une analyse CNV
dans le panneau Résultats, le panneau Aperçu des
résultats et le panneau Statistiques.
f Navigation > Analyse >
> CNV
Les panneaux affichent uniquement les résultats pour les
échantillons qui ont été sélectionnés dans l'onglet
Sélection d'échantillons, zone de liste déroulante
Paramètres.
Les colonnes fusionnées sont analysées ensemble. Par
conséquent, un ensemble de colonnes fusionnées
correspond à une entrée dans un onglet d'analyse.
Panneau Résultats
Le panneau Résultats affiche les résultats par cible
d'intérêt séparément pour chaque échantillon et contrôle.
Par défaut, l'ensemble des colonnes disponibles n'est pas
visible sur le panneau Résultats.
Colonne ID Echantillon
L'ID échantillon de l'échantillon ou du contrôle tel que
saisi dans les paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Cible d'intérêt
La cible d'intérêt testée telle que sélectionnée dans
l'onglet Configuration de l'analyse.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
231
u Onglet Configuration de l'analyse (227)
Le réactif de master mix utilisé avec la cible d'intérêt tel
que saisi dans les paramètres de colonne sur l'onglet du
run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Lane
Colonne Nombre de copies
L'emplacement de l'échantillon ou du contrôle dans le
run. Les colonnes fusionnées sont indiquées par l'icône
.
Le nombre de copies de la cible d'intérêt final calculé
dans l'échantillon ou le contrôle (résultat quantitatif
final).
La mention "N/A" s'affiche si l'une des affirmations suivantes s'applique :
Colonne Résultat final
•
Le résultat final pour la cible d'intérêt est invalide.
•
La colonne de plaques à nanopuits ne contient aucune molécule cible (par ex., contrôle négatif valide).
Résultat (qualitatif) final pour l'échantillon ou le contrôle.
Pour les échantillons, les résultats finaux tiennent
compte des résultats de contrôle correspondants.
Les résultats finaux pour les échantillons portent un code
couleur, c'est-à-dire que les noms des résultats sont
affichés sur un fond de la couleur correspondante.
Colonne CN 95% CI min. et colonne CN 95%
CI max.
Colonne Alertes
Les valeurs indiquent l'intervalle de confiance pour le
niveau de confiance de 95 % (sur la base de la loi de
Poisson appliquée et sans tenir compte d'autres sources
d'erreur) :
La probabilité que le nombre de copies de la cible
d'intérêt dans l'échantillon ou le contrôle se trouve dans
l'intervalle spécifié est de 95 %.
Les alertes associées à l'échantillon ou au contrôle.
Les alertes critiques qui invalident le résultat final sont
affichées en caractères gras.
u Liste d'alertes (347)
Colonne Type d'échantillon
Code couleur et icône du type de contrôle.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Réactif de master mix (cible
d'intérêt)
232
Analyses dans le logiciel de développement
Colonne Colonnes fusionnées
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Ratio
Le nom de l'ensemble de colonnes fusionnées tel
qu'affiché dans les paramètres de colonne de l'onglet du
run.
Le rapport final des nombres de copies de la cible de
référence et de la cible d'intérêt.
Si l'analyse contient plusieurs cibles de référence, le
logiciel de développement retient la moyenne de leurs
nombres de copies pour l'analyse.
Colonne Ratio 95% CI min. et colonne Ratio
95% CI max.
Colonne Résultat initial
Les valeurs indiquent l'intervalle de confiance pour le
niveau de confiance de 95 % (sur la base de la loi de
Poisson appliquée et sans tenir compte d'autres sources
d'erreur) :
La probabilité que le rapport des nombres de copies de
la cible de référence et de la cible d'intérêt se trouve
dans l'intervalle spécifié est de 95 %.
Résultat initial (qualitatif) pour la cible d'intérêt. Pour les
échantillons, les résultats initiaux ne tiennent pas compte
des résultats de contrôle correspondants.
Les échantillons et les contrôles peuvent afficher les résultats initiaux suivants pour la cible d'intérêt :
•
Faible
•
Normal
•
Élevé
•
Invalide
Un échantillon ou un contrôle affiche un résultat initial
invalide s'il a été invalidé à un moment donné de la
procédure de travail, par ex., pendant le partitionnement.
Une alerte critique correspondante est affichée dans la
colonne Alertes.
Colonne Nom du run
Nom du run dans l'analyseur dans lequel l'échantillon ou
le contrôle a été traité.
Le nom du run est utilisé comme nom de l'onglet du run
dans le logiciel de développement.
Colonne CN 68% CI min. et colonne CN 68%
CI max.
Les valeurs indiquent l'intervalle de confiance pour le
niveau de confiance de 68% (sur la base de la loi de
Poisson appliquée et sans tenir compte d'autres sources
d'erreur) :
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
233
La probabilité que le nombre de copies de la cible
d'intérêt dans l'échantillon ou le contrôle se trouve dans
l'intervalle spécifié est de 68%.
Colonne Rapport IC à 68 % min. et colonne
Ratio 68% CI max.
Les valeurs indiquent l'intervalle de confiance pour le
niveau de confiance de 68% (sur la base de la loi de
Poisson appliquée et sans tenir compte d'autres sources
d'erreur) :
La probabilité que le rapport des nombres de copies de
la cible de référence et de la cible d'intérêt se trouve
dans l'intervalle spécifié est de 68%.
La probabilité est inférieure car l'intervalle spécifié est
inférieur à l'intervalle spécifié par la colonne Ratio 95%
CI min. et la colonne Ratio 95% CI max.
Colonne Confiance relative du nombre de
copies
L'intervalle de confiance normalisé par le résultat
quantitatif final (sur la base de la distribution de Poisson
appliquée et sans tenir compte des autres sources
d'erreur).
La confiance relative est une mesure de l'exactitude des
calculs.
Colonne Nombre de copies brutes
Le nombre de copies de la cible d'intérêt initial calculé
dans l'échantillon ou le contrôle (résultat quantitatif
initial).
Les valeurs brutes ne tiennent pas compte des limites
appliquées. Pour les échantillons, les valeurs brutes ne
tiennent pas non plus compte des résultats de contrôle
correspondants.
Colonne Rapport brut
Le rapport initial des nombres de copies de la cible de
référence et de la cible d'intérêt.
Si l'analyse contient plusieurs cibles de référence, le
logiciel de développement retient la moyenne de leurs
nombres de copies pour l'analyse.
Les valeurs brutes ne tiennent pas compte des limites
appliquées. Pour les échantillons, les valeurs brutes ne
tiennent pas non plus compte des résultats de contrôle
correspondants.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
La probabilité est inférieure car l'intervalle spécifié est
inférieur à l'intervalle spécifié par la colonne CN 95% CI
min. et la colonne CN 95% CI max.
234
Analyses dans le logiciel de développement
Panneau Aperçu des résultats
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Le panneau Aperçu des résultats résume les résultats
par échantillon ou contrôle.
Colonne Nom du run
Nom du run dans l'analyseur dans lequel l'échantillon ou
le contrôle a été traité.
Le nom du run est utilisé comme nom de l'onglet du run
dans le logiciel de développement.
Colonne Lane
Colonne ID Echantillon
L'emplacement de l'échantillon ou du contrôle dans le
run. Les colonnes fusionnées sont indiquées par l'icône
.
L'ID échantillon de l'échantillon ou du contrôle tel que
saisi dans les paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonnes pour les associations de cible
d'intérêt et de réactif de master mix
Pour chaque association de cible d'intérêt et de réactif
de master mix, les résultats quantitatifs et qualitatifs finaux sont affichés dans une colonne :
•
Nombre de copies
•
Résultat final
Les associations de cibles d'intérêt et de réactifs de
master mix sont affichées en tant qu'en-têtes de
colonnes.
u Colonne Nombre de copies (231)
u Colonne Résultat final (231)
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
235
Panneau Statistiques
Colonne Groupe
Le nom du groupe d'échantillons tel que saisi dans
l'onglet du run ou la zone de liste déroulante
Paramètres.
Si tous les échantillons d'un groupe d'échantillons ne
sont pas inclus dans l'analyse, le nom du groupe
d'échantillons est ajouté avec le nombre d'échantillons
inclus entre parenthèses, par ex. "(3 sur 4)". Les colonnes
fusionnées sont comptabilisées séparément.
u Utilisation des groupes d'échantillons dans le logiciel
de développement (173)
Colonne Cible d'intérêt
La cible d'intérêt testée telle que sélectionnée dans
l'onglet Configuration de l'analyse.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Réactif de master mix (cible
d'intérêt)
Le réactif de master mix utilisé avec la cible d'intérêt tel
que saisi dans les paramètres de colonne sur l'onglet du
run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Nombre de copies moyen [copies]
La moyenne des nombres de copies pour les cibles
d'intérêt (résultats quantitatifs finaux) des échantillons
d'un groupe d'échantillons.
Si tous les échantillons d'un groupe d'échantillons ne
sont pas inclus dans l'analyse, la moyenne est
uniquement calculée à partir des échantillons inclus.
La mention "N/A" s'affiche si le groupe d'échantillons
contient un échantillon pour lequel aucun résultat
quantitatif final n'est disponible.
Colonne ET nombre de copies [copies]
L'écart type du nombre de copies moyen.
La mention "N/A" s'affiche si la moyenne du nombre de
copies ne peut pas être calculée.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Le panneau Statistiques affiche des informations
statistiques pour les groupes d'échantillons contenant
des échantillons qui ont été sélectionnés pour l'analyse.
236
Analyses dans le logiciel de développement
Exécution de l'analyse CNV
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Exécutez une analyse CNV pour déterminer les
différences dans le nombre de copies des segments
génomiques entre les échantillons et les standards de
référence.
j
m Étapes précédentes de la procédure de travail de
développement terminées
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (27)
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (26)
r Pour ajouter une analyse CNV
1 Dans le logiciel de développement, zone Navigation,
sélectionnez Analyse >
> CNV.
f Un nouvel onglet CNV est affiché dans la zone de
travail et répertorié dans le menu Analyse.
f La zone de liste déroulante Paramètres s'affiche.
2 Dans l'onglet Sélection d'échantillons, sélectionnez
les échantillons pour l'analyse.
I Le tableau répertorie tous les échantillons du
projet.
La carte Groupes d'échantillons répertorie tous
les groupes d'échantillons du projet.
3 Vous pouvez éventuellement utiliser des groupes
d'échantillons tel que décrit dans Utilisation des
groupes d'échantillons dans le logiciel de
développement (173).
4 Sélectionnez le bouton Mettre à jour l'analyse.
5 Éventuellement, pour revenir à la sélection des
échantillons avant d'avoir sélectionné le bouton
Mettre à jour l'analyse pour la dernière fois,
sélectionnez le bouton Réinitialiser la sélection.
6 Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Configuration de l'analyse.
7 Pour chaque association de réactif de master mix et
de cible, effectuez les actions suivantes :
• Pour définir une association comme cible d'intérêt,
sélectionnez l'option Cible d'intérêt.
• Pour définir une association comme cible de
référence, sélectionnez l'option Cible de
référence.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
237
Pour exclure une association de l'analyse,
conservez l'option Exclure.
I Si les résultats ne peuvent pas être calculés à
partir de la sélection, un avertissement s'affiche.
9 Pour chaque colonne de la plaque à nanopuits (c'està-dire l'emplacement sur la plaque à nanopuits)
contenant un contrôle, effectuez les actions
suivantes :
• Dans le tableau, sélectionnez l'association de
réactif de master mix et de cible d'intérêt.
• Si la même association est utilisée dans plusieurs
runs, dans la liste déroulante Run :, sélectionnez
le run.
• Dans la représentation graphique de la
configuration échantillon, sélectionnez la colonne
de la plaque à nanopuits qui contient un contrôle.
• Pour tout contrôle négatif, sélectionnez l'option
Négatif. Dans le champ Limite supérieure,
saisissez la valeur de concentration. (Pour tout
contrôle négatif, la limite inférieure de l'intervalle
de concentration est toujours égale à 0.)
• Pour tout contrôle du nombre de copies,
sélectionnez l'option Nombre de copies. Dans le
champ Nombre de copies min. et le champ
Nombre de copies max., saisissez l'intervalle
pour le nombre de copies.
I Les limites déterminent les intervalles valides pour
les contrôles.
f Les colonnes de la plaque à nanopuits portent un
code couleur conformément aux types de
contrôles.
f Les contrôles sont répertoriés dans le tableau.
10 Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Limites cibles.
11 Pour chaque association de réactif de master mix et
de cible d'intérêt, effectuez les actions suivantes :
• Dans le tableau, sélectionnez l'association de
réactif de master mix et de cible d'intérêt.
• Saisissez le nombre de copies attendu pour la
cible de référence dans le champ Nombre de
copies de cible de référence.
• Saisissez l'intervalle normal attendu pour le
nombre de copies de la cible d'intérêt dans le
champ Limite inférieure du nombre de copies
et le champ Limite supérieure du nombre de
copies.
f Le tableau est mis à jour.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
8 Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Contrôles.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
238
Analyses dans le logiciel de développement
12 Pour chaque association de réactif de master mix et
de cible de référence, vous pouvez réaliser les actions
suivantes :
• Dans le tableau, sélectionnez l'association de
réactif de master mix et de cible de référence.
• Pour s'assurer que la concentration des molécules
cibles se trouve dans le domaine de validité,
cochez la case Limite de validité.
• Dans le champ Limite inférieure de validité et
le champ Limite supérieure de validité,
saisissez le domaine de validité.
f Le domaine de validité est affiché dans le tableau.
13 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton .
f L'analyse CNV est calculée.
f Le panneau Résultats est affiché dans l'onglet
CNV.
14 Enregistrez le projet.
15 Pour afficher un résumé des résultats, sélectionnez le
bouton Aperçu des résultats.
16 Pour afficher les diagrammes en barres tel que décrit
dans Affichage des diagrammes en barres (251),
procédez de la manière suivante :
• Dans la partie supérieure droite du panneau
Aperçu des résultats, sélectionnez le bouton .
• Vous pouvez éventuellement ajuster l'affichage
des diagrammes en barres.
17 Pour afficher les statistiques pour les groupes
d'échantillons, sélectionnez le bouton Statistiques.
r Pour modifier une analyse CNV
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez l'analyse CNV à partir du
menu Analyse.
f L'onglet CNV s'affiche dans la zone de travail.
2 Pour afficher la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez le bouton .
3 Pour inclure et/ou exclure des échantillons de
l'analyse, procédez de la manière suivante :
• Sélectionnez l'onglet Sélection d'échantillons.
• Sélectionnez les échantillons que vous souhaitez
inclure dans l'analyse.
• Sélectionnez le bouton Mettre à jour l'analyse.
4 Pour modifier les paramètres de l'analyse, procédez
de la manière suivante :
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
Sélectionnez l'onglet Configuration de l'analyse,
l'onglet Contrôles et/ou l'onglet Limites cibles,
respectivement.
Saisissez les modifications.
5 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton
une nouvelle fois.
f L'analyse CNV est recalculée.
6 Enregistrez le projet.
Analyse indel
L'analyse Indel (insertion-délétion) détermine la présence
de mutations inconnues dans une cible de variante en
détectant simultanément la cible de variante et une cible
de référence adjacente.
Si la cible de référence et la cible de variante sont
détectées (impliquant qu'il existe des nanopuits double
positifs), la séquence de la cible de variante reste
inchangée. Il s'agit de la séquence de « type sauvage ».
Si la cible de référence est détectée mais la cible de
variante n'est pas détectée (impliquant qu'il existe des
nanopuits positifs-négatifs), la séquence de la cible de
variante est modifiée. Il s'agit de la séquence de
« variante ».
i
Pour faciliter l'engroupement pour l'analyse indel,
utilisez le type de diagramme de dispersion en
2D.
Dans cette partie
Liste d'onglets et de paramètres pour l'analyse
indel (239)
Liste de colonnes de résultats pour l'analyse indel (242)
Exécution de l'analyse indel (248)
Liste d'onglets et de paramètres pour l'analyse indel
Les paramètres fournissent tous les réglages requis pour
l'analyse indel.
f Navigation > Analyse >
> Indel >
Les paramètres sont demandés dans les onglets de la
zone de liste déroulante Paramètres.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
239
240
Analyses dans le logiciel de développement
La disponibilité des paramètres dans un onglet dépend
des paramètres actuels dans les autres onglets.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Onglet Sélection d'échantillons
Dans l'onglet Sélection d'échantillons, sélectionnez les
échantillons pour l'analyse.
Le tableau répertorie tous les échantillons du projet avec
les ID d'échantillons tels que saisis dans les paramètres
de colonne des onglets du run.
Par défaut, aucun échantillon n'est sélectionné pour
l'analyse.
Pour obtenir des données statistiques, vous pouvez
utiliser des groupes d'échantillons. La carte Groupes
d'échantillons répertorie tous les groupes d'échantillons
du projet.
u Utilisation des groupes d'échantillons dans le logiciel
de développement (173)
Onglet Configuration de l'analyse
Dans l'onglet Configuration de l'analyse, créez les
configurations d'analyse :
Liste déroulante Réactif de master mix
Liste déroulante Variant et liste déroulante
Cible de référence
•
Sélectionnez les associations de réactif de master
mix, cible de variante et cible de référence.
•
Saisissez le pourcentage minimal de la séquence de
variante.
•
Vous pouvez éventuellement saisir les limites de validité.
Répertorie les réactifs de master mix pour lesquels un
échantillon a été inclus dans l'analyse dans l'onglet
Sélection d'échantillons.
Répertorient les cibles pour lesquelles un échantillon a
été inclus dans l'analyse dans l'onglet Sélection
d'échantillons.
La cible de variante et la cible de référence doivent être
différentes :
Si vous sélectionnez une cible provenant d'une des listes
déroulantes, elle ne sera plus disponible dans l'autre liste
déroulante.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Champ Min. variant [%]
241
Définit le pourcentage minimal de la séquence de
variante qui doit être présent dans l'échantillon pour que
celui-ci soit positif à la variante.
Valeur par défaut :
Case à cocher Limite de validité (pour la
concentration totale de la variante et du type
sauvage), champ Limite inférieure de validité
et champ Limite supérieure de validité
Pourcentage minimal de la variante = 1,0000 %
Si la limite de validité est activée, la somme des
concentrations mesurées de la séquence de variante et
la séquence de type sauvage doit se trouver dans
l'intervalle configuré.
Si la concentration se trouve en dehors de l'intervalle
configuré, le résultat (qualitatif) final correspondant sera
invalide.
La limite inférieure de validité doit être inférieure à la
limite supérieure de validité.
Valeurs par défaut :
•
Limite de validité = activée
•
Limite inférieure de validité = 200,0000 cp/µl
•
Limite supérieure de validité = 500000,0000 cp/µl
Onglet Contrôles
Dans l'onglet Contrôles, marquez les emplacements des
contrôles dans les configurations échantillon et saisissez
les intervalles valides pour les contrôles.
Si vous sélectionnez une colonne fusionnée, l'ensemble
des colonnes fusionnées sera automatiquement
sélectionné.
Le tableau situé à gauche répertorie les associations de
réactif de master mix, cible de variante et cible de
référence pour lesquelles un échantillon a été inclus
dans l'analyse dans l'onglet Sélection d'échantillons.
La liste déroulante Run : répertorie tous les runs
contenant des échantillons sélectionnés dans l'onglet
Sélection d'échantillons.
Pour un run de diagnostic qui a été importé avec les
paramètres d'engroupement et d'analyse, les
emplacements de contrôle supposés sont rayés si les
canaux correspondants ont été mesurés sur l'analyseur
mais les tests n'ont pas été inclus dans les fichiers
d'analyse. Par défaut, des emplacements de ce type sont
analysés en tant qu'échantillons et non en tant que
contrôles.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
242
Analyses dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Le tableau situé à droite répertorie les contrôles définis
pour l'association sélectionnée de réactif de master mix,
de cible de variante et de cible de référence.
Les contrôles sont spécifiques à la cible :
Si le contrôle pour une cible est invalide, le système
invalide automatiquement les résultats finaux pour cette
cible pour tous les échantillons du même run.
Champ Limite inférieure et champ Limite
supérieure
Les champs définissent l'intervalle valide pour un
contrôle.
La limite inférieure doit être inférieure à la limite
supérieure.
Pour les contrôles négatifs, la limite inférieure est
toujours 0 et elle ne peut pas être modifiée.
Valeurs par défaut pour les contrôles de variante génétique :
•
Limite inférieure = 1,0000 %
•
Limite supérieure = 100,0000 %
Valeurs par défaut pour les contrôles de type sauvage :
•
Limite inférieure = 1,0000 cp/µl
•
Limite supérieure = 1000,0000 cp/µl
Valeur par défaut pour les contrôles négatifs :
•
Limite supérieure = 0,0000 cp/µl
Liste de colonnes de résultats pour l'analyse indel
Un onglet indel affiche les résultats d'une analyse indel
dans le panneau Résultats, le panneau Aperçu des
résultats et le panneau Statistiques.
f Navigation > Analyse >
> Indel
Les panneaux affichent uniquement les résultats pour les
échantillons qui ont été sélectionnés dans l'onglet
Sélection d'échantillons, zone de liste déroulante
Paramètres.
Les colonnes fusionnées sont analysées ensemble. Par
conséquent, un ensemble de colonnes fusionnées
correspond à une entrée dans un onglet d'analyse.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
243
Le panneau Résultats affiche les résultats par variante
séparément pour chaque échantillon et contrôle.
Par défaut, l'ensemble des colonnes disponibles n'est pas
visible sur le panneau Résultats.
Colonne ID Echantillon
L'ID échantillon de l'échantillon ou du contrôle tel que
saisi dans les paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Variant
La cible de variante testée telle que sélectionnée dans
l'onglet Configuration de l'analyse.
u Onglet Configuration de l'analyse (240)
Colonne Référence
La cible de référence testée telle que sélectionnée dans
l'onglet Configuration de l'analyse.
u Onglet Configuration de l'analyse (240)
Colonne Réactif de master mix
Le réactif de master mix utilisé tel que saisi dans les
paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Lane
Colonne Variant [%]
Colonne Variant [copies/µl]
L'emplacement de l'échantillon ou du contrôle dans le
run. Les colonnes fusionnées sont indiquées par l'icône
.
Pourcentage de la séquence de variante dans
l'échantillon ou le contrôle (résultat quantitatif final)
Concentration de la séquence de variante dans
l'échantillon ou le contrôle.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Panneau Résultats
244
Analyses dans le logiciel de développement
Colonne Type sauvage [copies/µL]
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Résultat final
Concentration de la séquence de type sauvage dans
l'échantillon ou le contrôle.
Résultat (qualitatif) final pour l'échantillon ou le contrôle.
Pour les échantillons, les résultats finaux tiennent
compte des résultats de contrôle correspondants.
Les résultats finaux pour les échantillons portent un code
couleur, c'est-à-dire que les noms des résultats sont
affichés sur un fond de la couleur correspondante.
Colonne Variant [%] 95% CI min. et colonne
Variant [%] 95% CI max.
Colonne Alertes
Les valeurs indiquent l'intervalle de confiance pour le
niveau de confiance de 95 % (sur la base de la loi de
Poisson appliquée et sans tenir compte d'autres sources
d'erreur) :
La probabilité que le pourcentage de séquence de
variante dans l'échantillon ou le contrôle se trouve dans
l'intervalle spécifié est de 95 %.
Les alertes associées à l'échantillon ou au contrôle.
Les alertes critiques qui invalident le résultat final sont
affichées en caractères gras.
u Liste d'alertes (347)
Colonne Type d'échantillon
Colonne Colonnes fusionnées
Colonne Variant [copies]
Colonne Copies de type sauvage
Colonne Résultat initial
Code couleur et icône du type de contrôle.
Le nom de l'ensemble de colonnes fusionnées tel
qu'affiché dans les paramètres de colonne de l'onglet du
run.
Nombre de copies absolu de la séquence de variante
dans l'échantillon ou le contrôle.
Nombre de copies absolu de la séquence de type
sauvage dans l'échantillon ou le contrôle.
Résultat initial (qualitatif) pour la séquence de variante.
Pour les échantillons, les résultats initiaux ne tiennent
pas compte des résultats de contrôle correspondants.
Les échantillons et les contrôles peuvent afficher les résultats initiaux suivants pour la séquence de variante :
•
Négatif
Roche Diagnostics
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•
Positif
•
Invalide
Un échantillon ou un contrôle affiche un résultat initial
invalide s'il a été invalidé à un moment donné de la
procédure de travail, par ex., pendant le partitionnement.
Une alerte critique correspondante est affichée dans la
colonne Alertes.
Colonne Type de plaque
Colonne Nbre de nanopuits positifs
Type de plaque à nanopuits utilisé pour traiter
l'échantillon.
Nombre de nanopuits positifs pour l'échantillon ou le
contrôle tel que déterminé dans l'engroupement.
u Liste des colonnes sur la carte Données de groupement (184)
Colonne Nombre total de nanopuits valides
Nombre de nanopuits valides pour l'échantillon ou le
contrôle tel qu'affiché dans l'engroupement.
Le nombre de nanopuits valides correspond au total des
nanopuits positifs et négatifs.
u Liste des colonnes sur la carte Données de groupement (184)
Colonne Facteur de dilution
Le facteur de dilution tel que saisi dans les paramètres
de colonne dans l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Nom du run
Nom du run dans l'analyseur dans lequel l'échantillon ou
le contrôle a été traité.
Le nom du run est utilisé comme nom de l'onglet du run
dans le logiciel de développement.
Colonne Variant [%] 68% CI min. et colonne
Variant [%] 68% CI max.
Les valeurs indiquent l'intervalle de confiance pour le
niveau de confiance de 68% (sur la base de la loi de
Poisson appliquée et sans tenir compte d'autres sources
d'erreur) :
La probabilité que le pourcentage de séquence de
variante dans l'échantillon ou le contrôle se trouve dans
l'intervalle spécifié est de 68%.
Roche Diagnostics
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245
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
246
Analyses dans le logiciel de développement
La probabilité est inférieure car l'intervalle spécifié est
inférieur à l'intervalle spécifié par la colonne Variant [%]
95% CI min. et la colonne Variant [%] 95% CI max.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Variant [copies/nanowell]
Colonne Type sauvage [copies/nanopuits]
Colonne Nanopuits négatifs
Le nombre moyen de copies de la séquence de variante
par nanopuits valide pour l'échantillon ou le contrôle.
Le nombre moyen de copies de la séquence de type
sauvage par nanopuits valide pour l'échantillon ou le
contrôle.
Nombre de nanopuits négatifs pour l'échantillon ou le
contrôle tel que déterminé dans l'engroupement.
u Liste des colonnes sur la carte Données de groupement (184)
Colonne Méthode d'engroupement
Méthode d'engroupement telle que définie dans l'onglet
d'engroupement.
u Liste de paramètres d'engroupement dans le logiciel
de développement (188)
Colonne Raw variant [%]
Le pourcentage initial calculé de la séquence de variante
dans l'échantillon ou le contrôle (résultat quantitatif
initial).
Les valeurs brutes ne tiennent pas compte des limites
appliquées. Pour les échantillons, les valeurs brutes ne
tiennent pas non plus compte des résultats de contrôle
correspondants.
Panneau Aperçu des résultats
Le panneau Aperçu des résultats résume les résultats
par échantillon ou contrôle pour le réactif de master mix
sélectionné.
Colonne Nom du run
Nom du run dans l'analyseur dans lequel l'échantillon ou
le contrôle a été traité.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
247
Le nom du run est utilisé comme nom de l'onglet du run
dans le logiciel de développement.
Colonne ID Echantillon
L'emplacement de l'échantillon ou du contrôle dans le
run. Les colonnes fusionnées sont indiquées par l'icône
.
L'ID échantillon de l'échantillon ou du contrôle tel que
saisi dans les paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonnes pour les associations de cible de
variante et cible de référence
Pour chaque association de cible de variante et cible de
référence, les résultats quantitatifs et qualitatifs finaux
sont affichés dans une colonne :
•
Pourcentage de la séquence de la variante génétique
•
Résultat final
Les associations de cibles de variante et cibles de
référence sont affichées en tant qu'en-têtes de colonnes.
u Colonne Variant [%] (243)
u Colonne Résultat final (244)
Panneau Statistiques
Le panneau Statistiques affiche des informations
statistiques pour les groupes d'échantillons contenant
des échantillons qui ont été sélectionnés pour l'analyse.
Colonne Groupe
Le nom du groupe d'échantillons tel que saisi dans
l'onglet du run ou la zone de liste déroulante
Paramètres.
Si tous les échantillons d'un groupe d'échantillons ne
sont pas inclus dans l'analyse, le nom du groupe
d'échantillons est ajouté avec le nombre d'échantillons
inclus entre parenthèses, par ex. "(3 sur 4)". Les colonnes
fusionnées sont comptabilisées séparément.
u Utilisation des groupes d'échantillons dans le logiciel
de développement (173)
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Colonne Colonne de la plaque à nanopuits
248
Analyses dans le logiciel de développement
Colonne Variant
La cible de variante testée telle que sélectionnée dans
l'onglet Configuration de l'analyse.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
u Onglet Configuration de l'analyse (240)
Colonne Réactif de master mix
Le réactif de master mix utilisé tel que saisi dans les
paramètres de colonne sur l'onglet du run.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
Colonne Variant [%]
La moyenne des pourcentages de la séquence de
variante (résultats quantitatifs finaux) des échantillons
d'un groupe d'échantillons.
Si tous les échantillons d'un groupe d'échantillons ne
sont pas inclus dans l'analyse, la moyenne est
uniquement calculée à partir des échantillons inclus.
La mention "N/A" s'affiche si le groupe d'échantillons
contient un échantillon pour lequel aucun résultat
quantitatif final n'est disponible.
Colonne Variant SD [%]
L'écart type de la moyenne des pourcentages.
La mention "N/A" s'affiche si la moyenne des
pourcentages ne peut pas être calculée.
Exécution de l'analyse indel
Exécutez une analyse indel pour déterminer la présence
(insertion) ou l'absence (délétion) de bases dans une
séquence génomique.
j
m Étapes précédentes de la procédure de travail de
développement terminées
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement avec configuration échantillon non attribuée (27)
u Vue d'ensemble de la procédure de travail de développement sans configuration échantillon non attribuée (26)
r Pour ajouter une analyse indel
1 Dans le logiciel de développement, zone Navigation,
sélectionnez Analyse >
> Indel.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
249
f Un nouvel onglet indel est affiché dans la zone de
travail et répertorié dans le menu Analyse.
f La zone de liste déroulante Paramètres s'affiche.
I Le tableau répertorie tous les échantillons du
projet.
La carte Groupes d'échantillons répertorie tous
les groupes d'échantillons du projet.
3 Vous pouvez éventuellement utiliser des groupes
d'échantillons tel que décrit dans Utilisation des
groupes d'échantillons dans le logiciel de
développement (173).
4 Sélectionnez le bouton Mettre à jour l'analyse.
5 Éventuellement, pour revenir à la sélection des
échantillons avant d'avoir sélectionné le bouton
Mettre à jour l'analyse pour la dernière fois,
sélectionnez le bouton Réinitialiser la sélection.
6 Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Configuration de l'analyse.
7 Ajoutez au moins une configuration d'analyse :
• Sélectionnez le bouton Nouveau.
• Dans la liste déroulante Réactif de master mix,
sélectionnez le réactif de master mix.
• Dans la liste déroulante Variant, sélectionnez la
cible de variante.
• Dans la liste déroulante Cible de référence,
sélectionnez la cible de référence.
• Dans le champ Min. variant [%], saisissez le
pourcentage minimal requis de la séquence de
variante.
• Dans le champ Limite inférieure de validité et
le champ Limite supérieure de validité, vous
pouvez modifier le domaine de validité.
• Vous pouvez éventuellement décocher la case
Limite de validité (pour la concentration
totale de la variante et du type sauvage).
8 Dans la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez l'onglet Contrôles.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
2 Dans l'onglet Sélection d'échantillons, sélectionnez
les échantillons pour l'analyse.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
250
Analyses dans le logiciel de développement
9 Pour chaque colonne de la plaque à nanopuits (c'està-dire l'emplacement sur la plaque à nanopuits)
contenant un contrôle, effectuez les actions
suivantes :
• Dans le tableau, sélectionnez l'association de
réactif de master mix, variante et référence.
• Si la même association est utilisée dans plusieurs
runs, dans la liste déroulante Run :, sélectionnez
le run.
• Dans la représentation graphique de la
configuration échantillon, sélectionnez la colonne
de la plaque à nanopuits qui contient un contrôle.
• Pour tout contrôle de variante, sélectionnez
l'option Variant. Dans le champ Limite
inférieure et le champ Limite supérieure,
saisissez l'intervalle de pourcentage.
• Pour tout contrôle de type sauvage, sélectionnez
l'option Type sauvage. Dans le champ Limite
inférieure et le champ Limite supérieure,
saisissez l'intervalle de concentration.
• Pour tout contrôle négatif, sélectionnez l'option
Négatif. Dans le champ Limite supérieure,
saisissez la valeur de concentration. (Pour tout
contrôle négatif, la limite inférieure de l'intervalle
de concentration est toujours égale à 0.)
I Les limites inférieure et supérieure déterminent
les intervalles valides pour les contrôles.
f Les colonnes de la plaque à nanopuits portent un
code couleur conformément aux types de
contrôles.
f Les contrôles sont répertoriés dans le tableau.
10 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton .
f L'analyse indel est calculée.
f Le panneau Résultats est affiché dans l'onglet
indel.
11 Enregistrez le projet.
12 Pour afficher un résumé des résultats, procédez de la
manière suivante :
• Sélectionnez le bouton Aperçu des résultats.
• Dans la liste déroulante, sélectionnez le réactif de
master mix.
13 Pour afficher les diagrammes en barres tel que décrit
dans Affichage des diagrammes en barres (251),
procédez de la manière suivante :
• Dans la partie supérieure droite du panneau
Aperçu des résultats, sélectionnez le bouton .
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
251
Vous pouvez éventuellement ajuster l'affichage
des diagrammes en barres.
14 Pour afficher les statistiques pour les groupes
d'échantillons, sélectionnez le bouton Statistiques.
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez l'analyse indel à partir du
menu Analyse.
f L'onglet indel s'affiche dans la zone de travail.
2 Pour afficher la zone de liste déroulante Paramètres,
sélectionnez le bouton .
3 Pour inclure et/ou exclure des échantillons de
l'analyse, procédez de la manière suivante :
• Sélectionnez l'onglet Sélection d'échantillons.
• Sélectionnez les échantillons que vous souhaitez
inclure dans l'analyse.
• Sélectionnez le bouton Mettre à jour l'analyse.
4 Pour modifier les paramètres de l'analyse, procédez
de la manière suivante :
• Sélectionnez l'onglet Configuration de l'analyse
et/ou l'onglet Contrôles respectivement.
• Saisissez les modifications.
5 Cliquez à l'extérieur de la zone de liste déroulante
Paramètres. Vous pouvez également sélectionner le
bouton .
f L'analyse indel est recalculée.
6 Enregistrez le projet.
Affichage des diagrammes en barres
Pour chaque analyse, vous pouvez afficher les résultats
quantitatifs finaux sous forme de diagrammes en barres
dans le panneau Aperçu des résultats.
j
m Analyse exécutée
r Pour afficher les diagrammes en
barres
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez l'analyse à partir du menu
Analyse.
f L'onglet d'analyse s'affiche dans la zone de travail.
2 Sélectionnez le bouton Aperçu des résultats.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour modifier une analyse indel
252
Analyses dans le logiciel de développement
f Le panneau Aperçu des résultats s'affiche.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
3 Pour afficher les diagrammes en barres, dans la partie
supérieure droite du panneau Aperçu des résultats,
sélectionnez le bouton .
f À droite du panneau Aperçu des résultats, un
diagramme en barres s'affiche par échantillon ou
contrôle.
f Au-dessus des diagrammes en barres, le champ
et les boutons d'affichage des options des
diagrammes en barres s'affichent.
4 Pour modifier la valeur maximale pour les axes de
concentration, procédez de la manière suivante :
• Pour modifier la valeur maximale, saisissez la
valeur dans le champ Plage. Appuyez sur Entrée.
• Pour revenir à la valeur par défaut, sélectionnez le
bouton Réinitialiser.
I Le bouton Réinitialiser est uniquement affiché
après que vous ayez saisi une valeur différente.
5 Pour modifier l'échelle des axes de concentration,
procédez de la manière suivante :
• Pour afficher une échelle logarithmique,
sélectionnez Échelle > Journal.
• Pour afficher une échelle linéaire, sélectionnez
Échelle > Lin.
6 Pour modifier l'affichage des barres d'erreur, procédez
de la manière suivante :
• Pour masquer les barres d'erreur, sélectionnez
Barre d'erreur > Désactivé.
• Pour afficher les barres d'erreur, sélectionnez
Barre d'erreur > Activé.
7 Pour masquer les diagrammes en barres, sélectionnez
le bouton .
u Sujets connexes
• Projets dans le logiciel de développement (136)
• Runs dans le logiciel de développement (151)
• Engroupement dans le logiciel de développement
(183)
• Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement (253)
• Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
(265)
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
253
Vous pouvez utiliser les configurations échantillon non
attribuées dans votre projet pour programmer des runs
de développement.
L'utilisation de configurations échantillon non attribuées
dans votre projet n'est pas exigée. Vous pouvez
directement ajouter les mêmes informations
ultérieurement au fichier de données brutes (run) du run
de développement.
Dans cette partie
À propos des configurations échantillon non attribuées
dans le logiciel de développement (253)
Utilisation des configurations échantillon non attribuées
dans le logiciel de développement (256)
Ajout de paramètres de run et paramètres de colonne
aux configurations échantillon non attribuées dans le
logiciel de développement (258)
Création d'un rapport de configuration échantillon non
attribuée dans le logiciel de développement (263)
À propos des configurations échantillon non attribuées
dans le logiciel de développement
Les configurations échantillon non attribuées constituent
un outil de programmation pour les runs de
développement. Elles vous permettent d'utiliser un
rapport de configuration échantillon non attribuée pour
faciliter le pipetage.
Vous pouvez ajouter des paramètres de run et
paramètres de colonne aux configurations échantillon
non attribuées.
À propos des paramètres de run
Les paramètres de run contiennent les informations suivantes s'appliquant à la configuration échantillon terminée et au run de développement ultérieur.
•
ID et types de plaques à nanopuits
•
Formats de détection (canaux, colorants fluorescents
et temps d'intégration)
•
Remarques sur le run
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Configurations échantillon non attribuées
dans le logiciel de développement
254
Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement
Par défaut, tous les canaux sont activés.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
À propos des paramètres de colonne
Les paramètres de colonnes comprennent les informations suivantes s'appliquant aux colonnes de la plaque à
nanopuits individuelles, c'est-à-dire, les échantillons :
•
ID échantillon
•
Facteur de dilution de l'échantillon
•
Nom du réactif de master mix
•
ID du réactif de master mix ou réactif primaire
•
Date de péremption du réactif de master mix ou réactif primaire
•
Numéro de lot du réactif de master mix ou réactif primaire
•
Paramètres de cible et de colorant fluorescent
•
Remarques et remarques sur la préparation des
échantillons
Par défaut, les cibles portent le même nom que les
colorants fluorescents.
Les règles suivantes s'appliquent aux paramètres de colonne :
•
Les modifications apportées à un réactif de master
mix, par ex., modifications de nom ou de paramètres
de cible et de colorant fluorescent, s'appliquent à
l'ensemble du projet dès lors que le même réactif de
master mix est utilisé.
•
Si vous saisissez les mêmes paramètres de colonne
pour plusieurs colonnes de la plaque à nanopuits, les
colonnes de la plaque à nanopuits sont automatiquement fusionnées.
•
Pour les colonnes fusionnées, les paramètres de colonne vides sont considérés comme identiques.
•
Les modifications apportées à une colonne fusionnée
s'appliquent automatiquement à toutes les autres colonnes fusionnées du même ensemble.
•
Il est recommandé d'utiliser les champs d'ID, de date
de péremption et de numéro de lot pour le suivi de
vos propres réactifs de master mix.
u Liste des colonnes sur la carte Affichage tableau de
configuration échantillon (167)
À propos des formats de détection
Les formats de détection définissent les canaux, le
colorant fluorescent par canal, et le temps d'intégration
pour la détection de la fluorescence par l'analyseur.
Les règles suivantes s'appliquent :
Roche Diagnostics
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•
Dans les paramètres de run, zone de liste déroulante
Format de détection, activez les canaux pour tous
les colorants fluorescents qui sont présents dans au
moins un des réactifs de master mix utilisés dans le
run de développement.
•
Vous ne pouvez pas utiliser plusieurs colorants fluorescents différents détectés dans le même canal dans
un même run de développement.
•
Dans les paramètres de colonne, tableau Paramètres de cible et de colorant fluorescent, vous
définissez le sous-ensemble de colorants fluorescents
contenu dans les réactifs de master mix individuels et
vous associez les cibles aux colorants fluorescents.
•
Seuls les colorants fluorescents activés dans les paramètres de run sont disponibles dans les paramètres
de colonne.
•
Vous pouvez uniquement utiliser un réactif de master
mix dans l'ensemble d'un projet si les runs ou les
configurations échantillon non attribuées utilisent les
mêmes formats de détection.
Pour utiliser la configuration programmée des formats de
détection pour le run de développement, vous devez
configurer le profil de run sur l'analyseur en
conséquence.
u Modification de profils de run sur le panneau Modifier le profil de run dans le logiciel de l'analyseur
(146)
À propos des colonnes fusionnées
Les colonnes fusionnées permettent d'émuler le
partitionnement d'un volume d'échantillon plus important
dans un nombre de nanopuits plus élevé. Le système
traite les nanopuits d'un ensemble de colonnes
fusionnées en considérant qu'ils appartiennent à
1 colonne de la plaque à nanopuits. Les colonnes
fusionnées facilitent ainsi la détection de très faibles
concentrations cibles.
Il est possible de fusionner jusqu'à 8 colonnes de la
plaque à nanopuits.
Un ensemble de colonnes fusionnées présente les caractéristiques suivantes :
•
Le même mélange réactionnel est pipeté dans les colonnes fusionnées.
•
Les colonnes fusionnées sont analysées ensemble.
Un ensemble de colonnes fusionnées obtient 1 résultat final.
Roche Diagnostics
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255
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
256
Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Dans le logiciel de développement, les colonnes de la
plaque à nanopuits présentant des paramètres
identiques sont automatiquement fusionnées. Les
paramètres de colonne vides sont considérés comme
identiques.
La position d'un ensemble de colonnes fusionnées dans
une configuration échantillon est désignée par la
position la plus basse des colonnes de la plaque à
nanopuits incluses.
Exemple :
Si les colonnes de la plaque à nanopuits A1, B1 et C1
sont fusionnées, la position de l'ensemble des colonnes
fusionnées est désignée par "A1".
La position sert également de nom pour l'ensemble des
colonnes fusionnées.
Affichage de configurations échantillon non
attribuées
Dans le logiciel de développement, les configurations
échantillon non attribuées sont affichées de la manière
suivante :
•
Répertoriées dans le menu Configuration échantillon non attribuée de la zone Navigation
•
Affichées sous forme d'onglets de configuration
échantillon dans la zone de travail
Par défaut, les configurations échantillon non attribuées
sont nommées "Configuration échantillon" et numérotés
de manière séquentielle.
Utilisation des configurations échantillon non attribuées
dans le logiciel de développement
Pour faciliter l'utilisation des configurations échantillon
non attribuées, vous pouvez créer, dupliquer, renommer
et supprimer des configurations échantillon non
attribuées.
Si vous créez un projet, une configuration échantillon
non attribuée avec une plaque à nanopuits universelle
est automatiquement ajoutée.
u Pour ajouter des informations aux configurations
échantillon non attribuées (paramètres de run et paramètres de colonne), référez-vous à Ajout de paramètres de run et paramètres de colonne aux configurations échantillon non attribuées dans le logiciel
de développement (258).
j
m Projet dans le logiciel de développement
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
257
1 Dans le logiciel de développement, ouvrez ou créez
un projet tel que décrit dans Utilisation de projets
dans le logiciel de développement (137) :
2 Dans la zone Navigation, sélectionnez
Configuration échantillon non attribuée >
Créer nouveau.
>
f Une configuration échantillon non attribuée avec
une plaque à nanopuits universelle est ajoutée à
votre projet et répertoriée dans le menu
Configuration échantillon non attribuée.
f L'onglet configuration échantillon de la
configuration échantillon non attribuée s'affiche
dans la zone de travail.
3 Enregistrez le projet.
r Pour renommer une configuration
échantillon non attribuée dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez la configuration échantillon
non attribuée à partir du menu Configuration
échantillon non attribuée.
2 Sélectionnez
> Renommer.
3 Dans la boîte de dialogue Renommer configuration
échantillon, saisissez le nouveau nom. Sélectionnez
le bouton Enregistrer.
f L'onglet de configuration échantillon est
renommé.
f La configuration échantillon non attribuée
répertoriée dans le menu Configuration
échantillon non attribuée est renommée.
4 Enregistrez le projet.
r Pour supprimer une configuration
échantillon non attribuée dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez la configuration échantillon
non attribuée à partir du menu Configuration
échantillon non attribuée.
2 Sélectionnez
> Supprimer.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
r Pour ajouter une configuration
échantillon non attribuée à un projet
dans le logiciel de développement
258
Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement
3 Dans la boîte de dialogue Avertissement,
sélectionnez le bouton Confirmer.
f L'onglet de configuration échantillon est fermé.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f La configuration échantillon non attribuée est
supprimée du menu Configuration échantillon
non attribuée.
4 Enregistrez le projet.
r Pour dupliquer une configuration
échantillon non attribuée dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez la configuration échantillon
non attribuée à partir du menu Configuration
échantillon non attribuée.
2 Sélectionnez
> Dupliquer.
f La configuration échantillon non attribuée est
créée, nommée "copie" et numérotée de manière
séquentielle.
f La configuration échantillon non attribuée
dupliquée est répertoriée dans le menu
Configuration échantillon non attribuée.
f L'onglet configuration échantillon de la
configuration échantillon non attribuée dupliquée
s'affiche dans la zone de travail.
3 Enregistrez le projet.
Ajout de paramètres de run et paramètres de colonne aux
configurations échantillon non attribuées dans le logiciel
de développement
Vous pouvez ajouter des paramètres de run et
paramètres de colonne aux configurations échantillon
non attribuées.
L'ajout de toutes les informations à la configuration
échantillon non attribuée n'est pas exigé. Vous pouvez
ajouter certaines informations et ajouter directement le
reste des informations au run de développement après
l'importation du fichier de données brutes.
Pour transférer les informations de la configuration
échantillon non attribuée au run de développement, la
configuration échantillon non attribuée peut être
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
259
attribuée au run si la configuration échantillon non
attribuée affiche une correspondance ou une
correspondance partielle.
r Pour ajouter des paramètres de run à
une configuration échantillon non attribuée dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez la configuration échantillon
non attribuée à partir du menu Configuration
échantillon non attribuée.
2 Dans l'onglet de configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Paramètres de run.
f La carte Paramètres de run est affichée dans
l'onglet de configuration échantillon.
3 ATTENTION ! Risque d'intégrité d'image compromise.
Évitez toute rayure, empreinte digitale, poussière ou
autre défaut sur les colonnes de la plaque à
nanopuits.
Dans la carte Paramètres de run, pour chaque
plaque à nanopuits, effectuez les actions suivantes :
• Dans la liste déroulante Type de plaque,
sélectionnez le type de plaque à nanopuits.
• Vous pouvez éventuellement sélectionner le
champ ID Plaque. Scannez ou saisissez l'ID de
plaque à nanopuits. Si nécessaire, appuyez sur
Entrée.
I Vous pouvez utiliser différents types de plaques à
nanopuits dans un run de développement.
La configuration échantillon non attribuée peut
être attribuée au run ultérieurement seulement si
les types et les ID des plaques à nanopuits de la
configuration échantillon non attribuée
correspondent au run de développement réel.
La configuration échantillon non attribuée peut
uniquement être attribuée automatiquement si
elle contient les ID des plaques à nanopuits.
f Les plaques à nanopuits sont ajoutées à la
configuration échantillon non attribuée.
f Dans l'affichage des plaques, le bas des colonnes
a un code couleur correspondant au type de
plaque à nanopuits. Si vous saisissez les ID de
plaques à nanopuits, les 5 derniers chiffres de l'ID
de plaque à nanopuits sont affichés dans le bas
de la colonne.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
u Utilisation de fichiers de données brutes et de runs
dans le logiciel de développement (160)
260
Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement
4 Sélectionnez le bouton Formats de détection.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f La zone de liste déroulante Format de détection
s'affiche.
5 Pour modifier les formats de détection, procédez de la
manière suivante :
• Pour désactiver un canal, sélectionnez le bouton
Désactivé.
• Pour activer un canal, cochez la case Activé.
• Pour chaque canal activé, sélectionnez le colorant
fluorescent dans la liste déroulante Colorant
fluorescent.
I Veillez à désactiver les canaux vides.
Seuls les colorants fluorescents activés peuvent
être attribués dans les paramètres de colonne.
La configuration échantillon non attribuée peut
être attribuée au run ultérieurement seulement si
les formats de détection de la configuration
échantillon non attribuée correspondent à ceux
du run de développement réel.
6 Désactivez les canaux pour les colorants fluorescents
qui ne sont pas présents dans les réactifs de master
mix.
7 Le cas échéant, pour modifier le temps d'intégration,
cochez la case Paramètres avancés. Saisissez le
temps d'intégration dans les champs correspondants.
8 Sélectionnez le bouton Enregistrer.
9 Le cas échéant, dans la carte Paramètres de run,
saisissez un commentaire dans le champ
Remarques supplémentaires sur le run :.
10 Enregistrez le projet.
r Pour ajouter des paramètres de colonne à une configuration échantillon
non attribuée dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez la configuration échantillon
non attribuée à partir du menu Configuration
échantillon non attribuée.
2 Dans l'onglet de configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Paramètres de colonne.
f La carte Paramètres de colonne s'affiche.
3 Sélectionnez une ou plusieurs vignettes (dans
l'affichage des plaques) ou lignes (dans l'affichage
tableau).
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
261
f L'ID échantillon est affiché sur les vignettes
sélectionnées ou dans les lignes sélectionnées.
5 Vous pouvez éventuellement saisir un facteur de
dilution pour les vignettes ou lignes sélectionnées en
procédant de la manière suivante :
• Sélectionnez le champ Facteur de dilution.
• Saisissez le facteur de dilution.
• Appuyez sur Entrée.
6 Pour ajouter un nouveau réactif de master mix au
projet et l'attribuer aux vignettes ou lignes
sélectionnées, procédez de la manière suivante :
• Sélectionnez le champ Réactif de master mix.
• Saisissez le nom du réactif de master mix.
• Appuyez sur Entrée.
f Le réactif de master mix est affiché sur les
vignettes sélectionnées ou dans les lignes
sélectionnées.
f Par défaut, dans l'affichage des plaques, toutes les
vignettes présentant le même réactif de master
mix sont affichées dans la même couleur.
7 Pour attribuer un réactif de master mix existant dans
le projet aux vignettes ou lignes sélectionnées,
procédez de la manière suivante :
• En regard du champ Réactif de master mix,
sélectionnez le bouton .
• Dans la liste déroulante, sélectionnez le réactif de
master mix.
I Vous pouvez uniquement attribuer un réactif de
master mix existant si les colorants fluorescents
activés dans les paramètres de run
correspondent.
Si vous attribuez un réactif de master mix existant,
les paramètres de cible et de colorant fluorescent
du réactif de master mix sont appliqués.
f Le réactif de master mix est affiché sur les
vignettes sélectionnées ou dans les lignes
sélectionnées.
f Par défaut, dans l'affichage des plaques, toutes les
vignettes présentant le même réactif de master
mix sont affichées dans la même couleur.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
4 Pour saisir l'ID échantillon pour les vignettes ou lignes
sélectionnées, procédez de la manière suivante :
• Sélectionnez le champ ID Echantillon.
• Scannez ou saisissez l'ID échantillon.
• Si nécessaire, appuyez sur Entrée.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
262
Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement
8 Vous pouvez éventuellement renommer le réactif de
master mix attribué dans l'ensemble du projet en
procédant de la manière suivante :
• En regard du champ Réactif de master mix,
sélectionnez le bouton .
• Dans la boîte de dialogue Modifier le nom du
réactif de master mix, saisissez un nouveau
nom.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
f Le réactif de master mix est renommé dans
l'ensemble du projet.
9 Éventuellement, pour les vignettes et lignes
sélectionnées, sélectionnez les champs suivants et
scannez ou saisissez les informations
supplémentaires pour le réactif de master mix ou
réactif primaire :
• ID du réactif de master mix
• Date de péremption du réactif de master mix
• Numéro de lot de réactif de master mix
10 Éventuellement, dans le tableau Paramètres de
cible et de colorant fluorescent, désactivez les
cibles pour les vignettes ou lignes sélectionnées.
I Seuls les colorants fluorescents pour les canaux
qui ont été activés dans les paramètres de run
sont affichés.
Au moins une cible doit être activée pour chaque
réactif de master mix.
Les cibles désactivées sont exclues de
l'engroupement et l'analyse à une étape ultérieure
de la procédure de travail de développement.
Veillez à désactiver les canaux vides.
11 Pour associer les cibles aux colorants fluorescents,
renommez les cibles :
• Sélectionnez le champ Cible.
• Saisissez le nom de la cible.
• Appuyez sur Entrée.
I Vous pouvez afficher les mappages sur les
onglets d'engroupement à un moment ultérieur de
la procédure de travail de développement.
12 Vous pouvez éventuellement ajouter des remarques
et/ou des remarques sur la préparation des
échantillons.
13 Répétez les étapes 3 à 12 pour toutes les vignettes
ou lignes.
Roche Diagnostics
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14 Si vous souhaitez annuler ou rétablir des
modifications, sélectionnez les boutons supérieurs
dans les vignettes (dans l'affichage des plaques) ou
les lignes (dans l'affichage tableau) :
• Pour annuler une modification, sélectionnez le
bouton Annuler.
• Pour rétablir une modification, sélectionnez le
bouton Rétablir.
• Pour rétablir les valeurs par défaut de tous les
paramètres de colonne, sélectionnez le bouton
Réinitialiser.
I Les 15 dernières étapes sont retenues et peuvent
être annulées ou rétablies, y compris le
rétablissement des réglages par défaut.
15 Enregistrez le projet.
Création d'un rapport de configuration échantillon non
attribuée dans le logiciel de développement
Après avoir programmé votre run de développement
dans une configuration échantillon non attribuée, créez
(et imprimez) le rapport de configuration échantillon
pour faciliter le pipetage.
j
m Configuration échantillon non attribuée terminée
r Pour créer un rapport de configuration échantillon non attribuée dans le
logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez la configuration échantillon
non attribuée à partir du menu Configuration
échantillon non attribuée.
2 Sélectionnez
> Créer un rapport de
configuration des échantillons.
3 Accédez au dossier souhaité. Saisissez un nom pour
le rapport et sélectionnez le bouton Enregistrer.
f Le rapport de configuration échantillon est
enregistré en tant que fichier PDF.
f Si un programme de visualisation des fichiers PDF
est installé sur votre ordinateur, le PDF s'affiche.
4 Imprimez le rapport de configuration échantillon en
tant que guide pour le pipetage.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
263
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
264
Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement
u Sujets connexes
• Projets dans le logiciel de développement (136)
• Runs dans le logiciel de développement (151)
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
• Engroupement dans le logiciel de développement
(183)
• Analyses dans le logiciel de développement (206)
• Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
(265)
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
265
Les fichiers d'analyse fournissent tous les paramètres
requis pour programmer et exécuter des runs de
diagnostic et générer des résultats de diagnostic dans le
cadre de procédures de travail de diagnostic.
Les fichiers d'analyse dépendent d'une procédure de
travail de développement :
Dans des fichiers d'analyse, vous ne pouvez qu'inclure
des tests issus d'analyses faisant partie du projet.
Par défaut, chaque projet contient une analyse
Quantification absolue - tous. Si vous n'ajoutez pas
d'autres analyses au projet, vous pouvez uniquement
utiliser les tests de l'analyse Quantification absolue tous pour les fichiers d'analyse.
Dans cette partie
Liste des paramètres pour les fichiers d'analyse (265)
Utilisation des fichiers d'analyse (282)
Liste des paramètres pour les fichiers d'analyse
Vous devez saisir les paramètres pour les fichiers
d'analyse afin de les créer.
Dans cette partie
Boîte de dialogue Créer les fichiers d'analyse (265)
Panneau Modifier (267)
Panneau Paramètres généraux (267)
Panneau Définition de test pour les tests de
quantification absolue (269)
Panneau Définition de test pour les tests CNV (273)
Panneau Définition de test pour les tests indel (277)
Panneau Paramètres de réactif de master mix (280)
Boîte de dialogue Créer les fichiers d'analyse
Dans la boîte de dialogue Créer les fichiers d'analyse,
vous saisissez le nom pour les fichiers d'analyse et
choisissez le type de plaque à nanopuits.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Fichiers d'analyse dans le logiciel de
développement
266
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
f Navigation > Fichiers d'analyse >
fichiers d'analyse
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
i
Champ Nom des fichiers d'analyse
> Créer les
Assurez-vous de saisir les informations correctes.
Vous ne pourrez plus les modifier ultérieurement.
Champ de saisie du nom qui identifie les fichiers
d'analyse dans le logiciel de développement, le logiciel
de l'analyseur et l'application Web.
Le nom est automatiquement ajouté avec le numéro de
version "(V0.0)".
i
Assurez-vous de saisir un nom unique et
pertinent pour les fichiers d'analyse. Vous ne
pourrez plus modifier le nom des fichiers
d'analyse ultérieurement.
De plus, les fichiers d'analyse sont identifiés par la
version, le nom de GUID et la version de GUID.
Liste déroulante Type de plaque
Liste déroulante de sélection du type de plaque à
nanopuits compatible avec les fichiers d'analyse, c'est-àdire le type de plaque à nanopuits que vous devez utiliser
pour exécuter les tests des fichiers d'analyse sur un
échantillon.
Il n'est pas nécessaire de sélectionner un type de plaque
à nanopuits utilisé dans un run du projet qui est utilisé
pour créer les fichiers d'analyse.
i
Assurez-vous de sélectionner le type de plaque à
nanopuits adapté. Vous ne pourrez plus modifier
le type de plaque à nanopuits ultérieurement. Si
vous sélectionnez le mauvais type de plaque à
nanopuits, vous devez supprimer les fichiers
d'analyse et en créer des nouveaux.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
267
Panneau Modifier
f Navigation > Fichiers d'analyse >
fichiers d'analyse > Modifier
Champ Créateur
> Créer les
Champ de saisie du créateur des fichiers d'analyse.
Dans le logiciel de l'analyseur, le créateur est affiché
dans le panneau Gérer les fichiers d'analyse.
Tableau Sélectionner
Le tableau Sélectionner répertorie toutes les analyses
du projet et leurs tests.
Tableau Gérer
Le tableau Gérer répertorie tous les tests sélectionnés
pour les fichiers d'analyse.
Panneau Paramètres généraux
Dans le panneau Paramètres généraux, vous
définissez les paramètres généraux s'appliquant à tous
les tests des fichiers d'analyse et vous pouvez
documenter l'historique des fichiers d'analyse.
f Navigation > Fichiers d'analyse >
> Créer les
fichiers d'analyse > Paramètres généraux
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Dans le panneau Modifier, vous sélectionnez les tests
pour les fichiers d'analyse et saisissez le nom de
l'émetteur des fichiers d'analyse.
268
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
Le panneau Paramètres généraux comprend les cartes
suivantes :
•
Paramètres généraux
•
Historique
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Carte Paramètres généraux
Dans la carte Paramètres généraux, vous définissez les
paramètres généraux s'appliquant à tous les tests des
fichiers d'analyse.
Liste déroulante Nombre de colonnes
fusionnées
Liste déroulante de sélection du nombre de colonnes de
la plaque à nanopuits à fusionner dans la configuration
échantillon (1 to 8).
Le nombre s'applique aux échantillons et aux contrôles
de la configuration échantillon.
Valeur par défaut = 1 (aucune colonne de la plaque à
nanopuits fusionnée)
Liste déroulante Profil de run
Liste déroulante de sélection du profil de run pour les
fichiers d'analyse.
Tous les runs du projet et les profils de run utilisés sur
l'analyseur sont répertoriés dans un chronologique, le
run le plus récent se trouvant en première position.
Case à cocher Limite de temps entre le
remplissage de plaque et le démarrage d'un
run et champ minutes
Case à cocher et champ de définition d'une durée
maximale séparant le partitionnement des plaques à
nanopuits et le début du run de diagnostic.
Valeur par défaut (case à cocher) = décochée
Valeur par défaut (champ) = 360 minutes
Options Restrictions d'exportation de résultat
Activez ou désactivez l'exportation des fichiers de données brutes et des analyses des runs de diagnostic depuis l'application Web :
•
Exportation impossible
•
Exporter données brutes
•
Exportation des données brutes et des analyses
Valeur par défaut = Exporter données brutes
Champ Étiquette de rapport
Champ de texte libre dédié à la saisie du texte utilisé sur
le rapport des fichiers d'analyse.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
269
u Pour créer un rapport de fichiers d'analyse (287)
Carte Historique
Champ Commentaire
Champ de texte libre.
Par exemple, saisissez une description des modifications
lorsque vous créez une nouvelle version des fichiers
d'analyse.
Panneau Définition de test pour les tests de quantification absolue
Dans le panneau Définition de test, vous définissez les
paramètres s'appliquant aux tests individuels des fichiers
d'analyse.
f Navigation > Fichiers d'analyse >
fichiers d'analyse > Définition de test
> Créer les
Les paramètres requis dépendent du type de test
(quantification absolue, CNV, indel).
Les valeurs sont pré-saisies à partir des analyses
utilisées pour créer les fichiers d'analyse.
Le panneau Définition de test comprend les cartes suivantes :
•
Liste de tests
•
Détails de test
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Dans la carte Historique, vous pouvez documenter
l'historique des modifications des fichiers d'analyse.
270
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
•
Paramètres de test
•
Noms de résultat
•
Contrôles
•
Contrôles internes
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Carte Liste de tests
Carte répertoriant tous les tests des fichiers d'analyse,
c'est-à-dire les tests que vous sélectionnez dans le
panneau Modifier pour les fichiers d'analyse.
Pour afficher les autres cartes spécifiques aux tests,
sélectionnez un test dans le tableau de la carte Liste de
tests.
Carte Détails de test
Carte répertoriant le nom du réactif de master mix, le
nom de la cible et le nom du colorant fluorescent.
La carte Détails de test s'ouvre en lecture seule.
Carte Paramètres de test
Carte de saisie des limites de détection et de
quantification et de configuration de l'affichage des
résultats quantitatifs finaux.
Champ Limite inférieure de détection
[copies/µL]
Une limite de détection > 0 indique du bruit dans les
données. Cela signifie qu'il y a des nanopuits positifs
même si la colonne de la plaque à nanopuits ne contient
aucune molécule cible.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
271
Le résultat initial et le résultat final pour une cible sont
négatifs si la concentration brute calculée de la cible est
inférieure à la limite de détection.
Précision = 4 décimales
Case à cocher Limites de quantification,
champ Limite inférieure de quantification
[copies/µL] et champ Limite supérieure de
quantification [copies/µL]
Si la limite de quantification est activée, le calcul de la
concentration cible est supprimé à l'extérieur de
l'intervalle de quantification saisi. Cela représente
l'augmentation de l'incertitude pour les concentrations
cibles très faibles ou très élevées.
Dans le panneau Résultats, les résultats finaux situés en
dehors de l'intervalle de quantification sont
accompagnés d'une alerte. Au lieu de la concentration
cible calculée, la limite de quantification non atteinte est
affichée comme résultat quantitatif final.
La limite inférieure de quantification doit être inférieure à
la limite supérieure de quantification.
La limite inférieure de quantification doit être supérieure
à la limite inférieure de détection.
Précision = 4 décimales
Case à cocher Afficher résultat quantitatif
Activez ou désactivez le calcul et l'affichage des
concentrations (résultats quantitatifs finaux).
Si la case est décochée, tous les résultats finaux sont
uniquement affichés de manière qualitative.
Valeur par défaut = activé
Carte Noms de résultat
Carte de saisie des noms affichés pour les résultats
qualitatifs finaux valides.
Valeurs par défaut :
•
"Positif"
•
"Négatif"
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
La limite inférieure de détection doit être inférieure à la
limite inférieure de quantification (si activée).
272
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
Carte Contrôles
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Carte répertoriant les contrôles définis pour le test et
leurs paramètres.
Vous pouvez modifier et supprimer les contrôles
prédéfinis et ajouter de nouveaux contrôles.
Les contrôles qui sont définis ici sont automatiquement
ajoutés à la configuration des échantillons de diagnostic.
Tableau Contrôles
Répertorie les contrôles qui ont été définis dans les
analyses utilisées pour créer les fichiers d'analyse.
Pour ajouter un contrôle, sélectionnez le bouton
Nouveau.
Pour supprimer un contrôle, sélectionnez le bouton
Supprimer.
Champ ID
Champ Limite inférieure et champ Limite
supérieure
Champ de saisie du nom d'un contrôle. L'entrée est
affichée en tant qu'ID échantillon dans la configuration
des échantillons de diagnostic.
Les champs définissent l'intervalle valide pour un
contrôle.
La limite inférieure doit être inférieure à la limite
supérieure.
Pour les contrôles négatifs, la limite inférieure est
toujours 0 et elle ne peut pas être modifiée.
Précision = 4 décimales
Option Positif et option Négatif
Options de définition du type de contrôle.
Carte Contrôles internes
Carte de configuration du contrôle interne.
Liste déroulante Contrôle interne
Répertorie les cibles disponibles en tant que contrôles.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
273
Le contrôle interne qui est défini ici est automatiquement
ajouté à la configuration des échantillons de diagnostic.
Champ Limite inférieure et champ Limite
supérieure
Les champs définissent l'intervalle de concentration
valide pour le contrôle interne.
La limite inférieure doit être inférieure à la limite
supérieure.
Précision = 4 décimales
Panneau Définition de test pour les tests CNV
Dans le panneau Définition de test, vous définissez les
paramètres s'appliquant aux tests individuels des fichiers
d'analyse.
f Navigation > Fichiers d'analyse >
fichiers d'analyse > Définition de test
> Créer les
Les paramètres requis dépendent du type de test
(quantification absolue, CNV, indel).
Les valeurs sont pré-saisies à partir des analyses
utilisées pour créer les fichiers d'analyse.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Pour exclure l'utilisation d'un contrôle interne,
sélectionnez l'option Aucun(e).
274
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Le panneau Définition de test comprend les cartes suivantes :
•
Liste de tests
•
Détails de test
•
Paramètres de test
•
Contrôles
•
Noms de résultat
Carte Liste de tests
Carte répertoriant tous les tests des fichiers d'analyse,
c'est-à-dire les tests que vous sélectionnez dans le
panneau Modifier pour les fichiers d'analyse.
Pour afficher les autres cartes spécifiques aux tests,
sélectionnez un test dans le tableau de la carte Liste de
tests.
Carte Détails de test
Carte répertoriant les cibles de référence définies et la
cible d'intérêt et vous permettant de saisir les limites de
validité.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Si la limite de validité est activée, la concentration
mesurée des molécules cibles dans la cible de référence
et/ou la cible d'intérêt doit se trouver dans l'intervalle
configuré.
Si une concentration se trouve en dehors de l'intervalle
configuré, le résultat (qualitatif) final correspondant sera
invalide.
La limite inférieure de validité doit être inférieure à la
limite supérieure de validité.
Précision = 4 décimales
Carte Paramètres de test
Carte de saisie du nombre de copies de la cible de
référence ainsi que des limites du nombre de copies
normal et de configuration de l'affichage des résultats
quantitatifs finaux.
Champ Nombre de copies de cible de
référence
Le nombre de copies attendu de la cible de référence.
Le nombre de copies de la cible de référence est utilisé
pour normaliser le rapport des nombres de copies de la
cible de référence et la cible d'intérêt afin de permettre la
comparaison avec l'intervalle configuré pour le nombre
de copies normal.
Précision = 4 décimales
Champ Limite inférieure du nombre de copies
et champ Limite supérieure du nombre de
copies pour le nombre de copies normal
L'intervalle normal attendu du nombre de copies de la
cible d'intérêt.
L'intervalle configuré définit les seuils pour les résultats
(qualitatifs) finaux pour les cibles d'intérêt :
•
Le résultat final est faible si le nombre de copies calculé est inférieur à la limite inférieure configurée du
nombre de copies.
•
Le résultat final est normal si le nombre de copies
calculé se trouve dans l'intervalle configuré du
nombre de copies.
•
Le résultat final est élevé si le nombre de copies calculé est supérieur à la limite supérieure configurée du
nombre de copies.
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Case à cocher Limite de validité, champ
Limite inférieure de validité et champ Limite
supérieure de validité
275
276
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
Précision = 4 décimales
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Case à cocher Afficher résultat quantitatif
Activez ou désactivez le calcul et l'affichage de la
concentration de la cible d'intérêt (résultats quantitatifs
finaux).
Si la case est décochée, tous les résultats finaux sont
uniquement affichés de manière qualitative.
Valeur par défaut = activé
Carte Contrôles
Carte répertoriant les contrôles définis pour le test et
leurs paramètres.
Vous pouvez modifier et supprimer les contrôles
prédéfinis et ajouter de nouveaux contrôles.
Les contrôles qui sont définis ici sont automatiquement
ajoutés à la configuration des échantillons de diagnostic.
Tableau Contrôles
Répertorie les contrôles qui ont été définis dans les
analyses utilisées pour créer les fichiers d'analyse.
Pour ajouter un contrôle, sélectionnez le bouton
Nouveau.
Pour supprimer un contrôle, sélectionnez le bouton
Supprimer.
Champ ID
Champ Limite inférieure et champ Limite
supérieure
Champ de saisie du nom d'un contrôle. L'entrée est
affichée en tant qu'ID échantillon dans la configuration
des échantillons de diagnostic.
Les champs définissent l'intervalle valide pour un
contrôle.
La limite inférieure doit être inférieure à la limite
supérieure.
Pour les contrôles négatifs, la limite inférieure est
toujours 0 et elle ne peut pas être modifiée.
Précision = 4 décimales
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Option Nombre de copies et option Négatif
277
Options de définition du type de contrôle.
Carte de saisie des noms affichés pour les résultats
qualitatifs finaux valides.
Valeurs par défaut :
•
"Faible"
•
"Normal"
•
"Élevé"
Panneau Définition de test pour les tests indel
Dans le panneau Définition de test, vous définissez les
paramètres s'appliquant aux tests individuels des fichiers
d'analyse.
f Navigation > Fichiers d'analyse >
fichiers d'analyse > Définition de test
> Créer les
Les paramètres requis dépendent du type de test
(quantification absolue, CNV, indel).
Les valeurs sont pré-saisies à partir des analyses
utilisées pour créer les fichiers d'analyse.
Le panneau Définition de test comprend les cartes suivantes :
•
Liste de tests
•
Détails de test
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Carte Noms de résultat
278
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
•
Paramètres de test
•
Noms de résultat
•
Contrôles
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Carte Liste de tests
Carte répertoriant tous les tests des fichiers d'analyse,
c'est-à-dire les tests que vous sélectionnez dans le
panneau Modifier pour les fichiers d'analyse.
Pour afficher les autres cartes spécifiques aux tests,
sélectionnez un test dans le tableau de la carte Liste de
tests.
Carte Détails de test
Carte répertoriant le nom du réactif de master mix, le
nom de la cible de variante et le nom de la cible de
référence.
La carte Détails de test s'ouvre en lecture seule.
Carte Paramètres de test
Carte de saisie du pourcentage minimal de la séquence
de variante, des limites de validité et de configuration de
l'affichage des résultats quantitatifs finaux.
Champ Min. variant [%]
Définit le pourcentage minimal de la séquence de
variante qui doit être présent dans l'échantillon pour que
celui-ci soit positif à la variante.
Précision = 4 décimales
Case à cocher Limite de validité (pour la
concentration totale de la variante et du type
sauvage), champ Limite inférieure de validité
et champ Limite supérieure de validité
Si la limite de validité est activée, la somme des
concentrations mesurées de la séquence de variante et
la séquence de type sauvage doit se trouver dans
l'intervalle configuré.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
279
Si la concentration se trouve en dehors de l'intervalle
configuré, le résultat (qualitatif) final correspondant sera
invalide.
Précision = 4 décimales
Case à cocher Afficher résultat quantitatif
Activez ou désactivez le calcul et l'affichage du
pourcentage de la séquence de variante (résultats
quantitatifs finaux).
Si la case est décochée, tous les résultats finaux sont
uniquement affichés de manière qualitative.
Valeur par défaut = activé
Carte Noms de résultat
Carte de saisie des noms affichés pour les résultats
qualitatifs finaux valides.
Valeurs par défaut :
•
"Positif à la variante"
•
"Négatif à la variante"
Carte Contrôles
Carte répertoriant les contrôles définis pour le test et
leurs paramètres.
Vous pouvez modifier et supprimer les contrôles
prédéfinis et ajouter de nouveaux contrôles.
Les contrôles qui sont définis ici sont automatiquement
ajoutés à la configuration des échantillons de diagnostic.
Tableau Contrôles
Répertorie les contrôles qui ont été définis dans les
analyses utilisées pour créer les fichiers d'analyse.
Pour ajouter un contrôle, sélectionnez le bouton
Nouveau.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
La limite inférieure de validité doit être inférieure à la
limite supérieure de validité.
280
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
Pour supprimer un contrôle, sélectionnez le bouton
Supprimer.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Champ ID
Champ Limite inférieure et champ Limite
supérieure
Champ de saisie du nom d'un contrôle. L'entrée est
affichée en tant qu'ID échantillon dans la configuration
des échantillons de diagnostic.
Les champs définissent l'intervalle valide pour un
contrôle.
La limite inférieure doit être inférieure à la limite
supérieure.
Pour les contrôles négatifs, la limite inférieure est
toujours 0 et elle ne peut pas être modifiée.
Précision = 4 décimales
Option Variant, option Négatif et option Type
sauvage
Options de définition du type de contrôle.
Panneau Paramètres de réactif de master mix
Dans le panneau Paramètres de réactif de master
mix, vous définissez les facteurs de dilution et les
paramètres d'engroupement pour chaque test.
f Navigation > Fichiers d'analyse >
> Créer les
fichiers d'analyse > Paramètres de réactif de master mix
Le panneau Paramètres de réactif de master mix
comprend les cartes suivantes :
•
Aperçu du réactif de master mix
•
Paramètres de groupement de « {0} »
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
281
Carte Aperçu du réactif de master mix
Colonne Facteur de dilution
Pour chaque test, saisissez le facteur de dilution.
Valeur par défaut = 1,0000
Précision = 4 décimales
Exemple :
Un facteur de dilution de 2 (c'est-à-dire une dilution de
1:2) signifie que la moitié du mélange réactionnel est
composée de l'échantillon.
Par défaut (dilution de 1:1), le logiciel de développement
calcule les résultats quantitatifs par rapport au volume
du mélange réactionnel.
Si vous saisissez un facteur de dilution, le logiciel de
développement l'utilise automatiquement comme facteur
de multiplication afin de calculer les résultats quantitatifs
par rapport au volume de l'échantillon.
Carte pour les paramètres d'engroupement du réactif de master mix
La carte Paramètres de groupement de « {0} »
répertorie les paramètres d'engroupement pour le réactif
de master mix des fichiers d'analyse sélectionné dans la
carte Aperçu du réactif de master mix.
Le caractère générique {0} est remplacé par le nom du
réactif de master mix, par ex., paramètres
d'engroupement de « réactif de master mix 1 ».
Par défaut, les paramètres d'engroupement des onglets
d'engroupement sont appliqués pour les analyses utilisées pour créer les fichiers d'analyse, tel qu'indiqué par
l'entrée Projet dans la colonne Source de la carte
Aperçu du réactif de master mix :
•
Une méthode d'engroupement manuelle du projet est
appliquée comme méthode d'engroupement Seuils
pour les fichiers d'analyse.
Exception : Si l'engroupement a été déterminé par le
biais du bouton Lasso ou du bouton Araignée dans
un diagramme de dispersion en 2D, vous devez saisir
les valeurs seuil manuellement ou importer un fichier
de données de départ. Un engroupement manuel via
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Carte répertoriant les paramètres pour les réactifs de
master mix pour chaque test des fichiers d'analyse.
282
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
le bouton Lasso ou le bouton Araignée ne peut pas
être utilisé dans les paramètres d'engroupement de
fichiers d'analyse.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
•
Toute méthode d'engroupement automatique est appliquée comme méthode d'engroupement Automatique - données de départ externes pour les fichiers d'analyse.
Lorsque vous modifiez les paramètres d'engroupement,
la modification est indiquée par l'entrée Manuel dans la
colonne Source de la carte Aperçu du réactif de
master mix.
i
Vous ne pouvez pas réinitialiser les valeurs
initialement appliquées à partir du projet pour les
paramètres d'engroupement.
En cas de modification sur la carte des
paramètres d'engroupement, les paramètres
d'engroupement appliqués à partir du projet
seront perdus.
Bouton Seuils et champs Seuil positif minimal
Bouton Automatique - données de départ
externes et bouton Importer les données de
départ
Si vous souhaitez saisir les valeurs de seuil
manuellement pour chaque colorant fluorescent,
sélectionnez le bouton Seuils. Dans les champs Seuil
positif minimal, saisissez les valeurs de seuil.
Si vous souhaitez utiliser un fichier de données de départ
en tant que source pour l'engroupement, sélectionnez le
bouton Automatique - données de départ externes.
i
Veillez à utiliser un fichier de données de départ
compatible avec le réactif de master mix.
Utilisation des fichiers d'analyse
Vous pouvez créer, mettre à jour, exporter et supprimer
des fichiers d'analyse ainsi que créer des rapports de
fichiers d'analyse.
Tout fichier d'analyse possède l'extension de
fichier .dpcrAp.
Lorsque vous créez des fichiers d'analyse, vous devez
respecter l'ordre du chemin de navigation (Modifier >
Paramètres généraux > Définition de test >
Paramètres de réactif de master mix) affiché audessus des cartes.
Roche Diagnostics
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
283
i
Ne modifiez pas les étapes précédentes dans le
projet lorsque vous créez ou mettez à jour des
fichiers d'analyse. Par exemple, ne modifiez pas
les paramètres d'engroupement pour les tests
inclus dans les fichiers d'analyse. Les
modifications de ce type ne seront pas
appliquées automatiquement aux fichiers
d'analyse.
Tout d'abord, terminez plutôt les fichiers
d'analyse. Ensuite, appliquez les modifications au
projet et mettez à jour les fichiers d'analyse en
conséquence.
Vous pouvez exporter vos propres fichiers d'analyse
depuis le logiciel de développement, puis les importer
dans le logiciel de l'analyseur pour les runs LDT.
j
m Étapes précédentes de la procédure de travail de
développement terminées
r Pour créer des fichiers d'analyse
1 Dans le logiciel de développement, ouvrez un projet
tel que décrit dans Utilisation de projets dans le
logiciel de développement (137).
2 Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichiers
d'analyse >
> Créer les fichiers d'analyse.
f La boîte de dialogue Créer les fichiers
d'analyse s'affiche.
3 Dans la boîte de dialogue Créer les fichiers
d'analyse, effectuez les actions suivantes :
• Dans le champ Nom des fichiers d'analyse,
saisissez un nom pour les fichiers d'analyse.
• Dans la liste déroulante Type de plaque,
sélectionnez le type de plaque à nanopuits.
• Sélectionnez le bouton Confirmer.
I Assurez-vous de sélectionner le type de plaque
adapté. Vous ne pourrez plus modifier le type de
plaque ultérieurement.
f Les fichiers d'analyse sont créés.
f L'onglet des fichiers d'analyse s'affiche dans la
zone de travail.
f Dans la zone Navigation, les fichiers d'analyse
sont répertoriés dans le menu Fichiers d'analyse
et portent le numéro de version "(V0.0)".
Roche Diagnostics
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
En cas de modification apportée à l'onglet des fichiers
d'analyse et de mise à jour de la version, un * est ajouté à
l'entrée de l'onglet dans la zone Navigation.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
284
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
4 Dans la carte Modifier des fichiers d'analyse de
l'onglet des fichiers d'analyse, effectuez les actions
suivantes :
• Dans le champ Créateur, vous pouvez
éventuellement saisir le nom de l'émetteur des
fichiers d'analyse.
• Pour ajouter un test aux fichiers d'analyse,
sélectionnez une association de type d'analyse,
réactif de master mix et cible dans le tableau
Sélectionner. Sélectionnez le bouton Copie.
• Pour retirer un test des fichiers d'analyse,
sélectionnez le test dans le tableau Gérer.
Sélectionnez le bouton .
• Dans le champ Nom du test, vous pouvez
éventuellement saisir un nom pour le test.
5 Dans le chemin de navigation, sélectionnez le bouton
Paramètres généraux.
6 Dans la carte Paramètres généraux, effectuez les
actions suivantes :
• Dans la liste déroulante Nombre de colonnes
fusionnées, vous pouvez éventuellement
sélectionner le nombre de colonnes de la plaque à
nanopuits à fusionner dans la configuration
échantillon (1 = aucune colonne de la plaque à
nanopuits fusionnées).
• Éventuellement, pour définir une durée maximale
séparant le partitionnement des plaques à
nanopuits et le début du run de diagnostic,
cochez la case Limite de temps entre le
remplissage de plaque et le démarrage d'un
run. Saisissez la valeur de la durée dans le champ
minutes.
• Dans la liste déroulante Profil de run,
sélectionnez le profil de run à utiliser (tous les
profils des runs du profil sont répertoriés).
• Sélectionnez une option Restrictions
d'exportation de résultat.
• Dans le champ Étiquette de rapport vous pouvez
éventuellement saisir un texte de libellé pour le
rapport des fichiers d'analyse.
7 Le cas échéant, saisissez un commentaire dans la
carte Historique.
I Saisissez une description des changements dans
la carte Historique lorsque vous créez une
nouvelle version des fichiers d'analyse.
8 Dans le chemin de navigation, sélectionnez le bouton
Définition de test.
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Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
285
9 Dans la carte Liste de tests, sélectionnez un test.
10 Vérifiez, saisissez et/ou modifiez les informations des
cartes suivantes (le cas échéant) :
• Détails de test
• Paramètres de test
• Contrôles
• Contrôles internes
• Noms de résultat
11 Répétez les étapes 9 à 10 pour tous les tests
répertoriés dans la carte Liste de tests.
12 Dans le chemin de navigation, sélectionnez le bouton
Paramètres de réactif de master mix.
13 Dans la carte Aperçu du réactif de master mix,
sélectionnez un réactif de master mix. Vous pouvez
également modifier le facteur de dilution.
f La carte des paramètres d'engroupement s'affiche.
f Les paramètres d'engroupement du projet sont
appliqués.
14 Dans la carte Paramètres de groupement de « {0}
», vous pouvez éventuellement modifier la méthode
d'engroupement et/ou les paramètres
d'engroupement :
• Pour réaliser un regroupement avec une valeur
seuil > 0, sélectionnez le bouton Seuils. Pour
chaque colorant fluorescent, saisissez la valeur
seuil positive minimale.
• Pour réaliser un regroupement avec les données
de départ, sélectionnez le bouton Automatique données de départ externes. Sélectionnez le
bouton Importer les données de départ.
Accédez au fichier SDXML et sélectionnez le
bouton Ouvrir.
I Cette étape est requise si l'engroupement dans un
projet a été déterminé par le biais du bouton
Lasso ou du bouton Araignée et ne peut donc
pas être utilisé dans les paramètres
d'engroupement.
15 Dans la zone Navigation, sélectionnez les fichiers
d'analyse depuis le menu Fichiers d'analyse.
Sélectionnez
> Version de la mise à jour.
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6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Les cartes des détails et paramètres du test sont
affichées.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
286
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
16 Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de
version, effectuez l'une des actions suivantes :
• Pour une mise à jour vers la version numéro "1.0",
sélectionnez le bouton Majeure.
• Pour une mise à jour vers la version numéro "0.1",
sélectionnez le bouton Mineure.
• Sélectionnez le bouton Mise à jour.
I Vous ne pouvez pas enregistrer les modifications
apportées à des fichiers d'analyse sans mettre à
jour la version.
f La version des fichiers d'analyse est mise à jour
dans le menu Fichiers d'analyse.
17 Enregistrez le projet.
r Pour mettre à jour des fichiers d'analyse
1 Dans le logiciel de développement, ouvrez le projet tel
que décrit dans Pour ouvrir un projet dans le logiciel
de développement (138).
2 Dans la zone Navigation, sélectionnez les fichiers
d'analyse depuis le menu Fichiers d'analyse.
f L'onglet des fichiers d'analyse s'affiche dans la
zone de travail.
3 Pour naviguer dans les fichiers d'analyse, sélectionnez
les boutons dans le chemin de navigation.
4 Saisissez les modifications apportées aux paramètres
des fichiers d'analyse dans Pour créer des fichiers
d'analyse (283).
I Un * est ajouté à l'entrée de l'onglet dans la zone
Navigation, indiquant que des modifications ont
été réalisées.
5 Saisissez une description des changements dans
Paramètres généraux > Historique.
6 Si vous souhaitez supprimer les modifications, dans la
zone Navigation, sélectionnez les fichiers d'analyse
depuis le menu Fichiers d'analyse. Sélectionnez
> Rejeter les modifications.
f Toutes les modifications saisies sont à nouveau
supprimées des fichiers d'analyse.
7 Pour enregistrer les modifications, dans la zone
Navigation, sélectionnez les fichiers d'analyse dans
le menu Fichiers d'analyse. Sélectionnez
>
Version de la mise à jour.
I Vous pouvez uniquement mettre à jour la version
si vous avez saisi au moins 1 modification.
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8 Dans la boîte de dialogue Incrément, numéro de
version, effectuez l'une des actions suivantes :
• Pour une mise à jour majeure, par ex. vers la
version "2.0", sélectionnez le bouton Majeure.
• Pour une mise à jour mineure, par ex. vers la
version "1.1", sélectionnez le bouton Mineure.
• Sélectionnez le bouton Mise à jour.
I Vous ne pouvez pas rétablir une ancienne version
des fichiers d'analyse.
f La version des fichiers d'analyse est mise à jour
dans le menu Fichiers d'analyse.
9 Enregistrez le projet.
r Pour créer un rapport de fichiers
d'analyse
1 Dans le logiciel de développement, ouvrez le projet tel
que décrit dans Pour ouvrir un projet dans le logiciel
de développement (138).
2 Dans la zone Navigation, sélectionnez les fichiers
d'analyse depuis le menu Fichiers d'analyse.
Sélectionnez
> Générer un rapport.
3 Accédez au dossier souhaité. Saisissez un nom pour
le rapport et sélectionnez le bouton Enregistrer.
f Le rapport des fichiers d'analyse est enregistré en
tant que fichier PDF.
r Pour exporter des fichiers d'analyse
depuis le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, ouvrez le projet tel
que décrit dans Pour ouvrir un projet dans le logiciel
de développement (138).
2 Dans la zone Navigation, sélectionnez les fichiers
d'analyse depuis le menu Fichiers d'analyse.
Sélectionnez
> Exporter.
3 Accédez à un dossier réseau accessible depuis
l'analyseur. Saisissez un nom pour les fichiers
d'analyse et sélectionnez le bouton Enregistrer.
f Les fichiers d'analyse sont exportés en tant que
fichier dpcrAp.
r Pour supprimer des fichiers d'analyse
1 Dans le logiciel de développement, ouvrez le projet tel
que décrit dans Pour ouvrir un projet dans le logiciel
de développement (138).
2 Dans la zone Navigation, sélectionnez les fichiers
d'analyse depuis le menu Fichiers d'analyse.
Sélectionnez
> Supprimer.
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287
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
288
Fichiers d'analyse dans le logiciel de développement
3 Dans la boîte de dialogue Avertissement,
sélectionnez le bouton Confirmer.
I Vous ne pouvez pas restaurer de fichiers
d'analyse supprimés.
6 Opérations de routine d'une procédure de travail de développement
f Les fichiers d'analyse sont supprimés.
u Sujets connexes
• Projets dans le logiciel de développement (136)
• Runs dans le logiciel de développement (151)
• Engroupement dans le logiciel de développement
(183)
• Analyses dans le logiciel de développement (206)
• Configurations échantillon non attribuées dans le logiciel de développement (253)
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Table des matières
289
Après une opération de routine
7
Arrêt de l'instrument de partitionnement......................
291
Déconnexion de l'application Web..................................
293
Déconnexion du logiciel de l'analyseur .........................
294
Arrêt de l'analyseur ...............................................................
295
Fermeture du logiciel de développement .....................
297
7 Après une opération de routine
Dans ce chapitre
Roche Diagnostics
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290
Table des matières
7 Après une opération de routine
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Après une opération de routine
291
Arrêt de l'instrument de partitionnement
Arrêtez l'instrument de partitionnement si vous ne
l'utilisez pas pendant un certain temps, par ex., pour la
nuit.
i
Pour la mise hors tension de routine de
l'instrument de partitionnement, n'appuyez pas
simplement sur l'interrupteur d'alimentation.
Suivez plutôt la procédure de mise hors tension et
n'appuyez sur l'interrupteur d'alimentation que
lorsque vous y êtes invité.
N'appuyez sur l'interrupteur d'alimentation en
dehors de toute procédure de mise hors tension
que si une mise hors tension immédiate est
requise, par exemple en cas d'échec du système
ou d'arrêt d'urgence.
u Redémarrage d'un instrument de partitionnement qui ne répond pas (364)
Déchargez toujours l'instrument de partitionnement
avant de l'arrêter.
u Partitionnement des plaques à nanopuits (55)
j
m Instrument de partitionnement déchargé
m Tiroir de plaque à nanopuits fermé
r Pour arrêter l'instrument de partitionnement
1 Dans la zone d'information générale, sélectionnez
> Shut Down Instrument.
2 Patientez jusqu'à la fin de l'arrêt et l'affichage de
l'icône
à l'écran.
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7 Après une opération de routine
m Instrument de partitionnement à l'état Ready
292
Arrêt de l'instrument de partitionnement
7 Après une opération de routine
3 Activez l'interrupteur d'alimentation situé à l'arrière de
l'instrument de partitionnement.
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Après une opération de routine
293
Déconnexion de l'application Web
Déconnectez-vous de l'application Web après utilisation.
Enregistrez toutes les modifications avant la
déconnexion.
i
Si vous fermez la fenêtre du navigateur ou l'onglet
du navigateur directement, vous perdrez toutes
les modifications non enregistrées.
Si les paramètres de mot de passe sont configurés en
conséquence, l'utilisateur actuel est automatiquement
déconnecté après écoulement du temps d'inactivité.
r Pour se déconnecter de l'application
Web
1 Dans la zone d'information générale, sélectionnez
l'indicateur de connexion.
f La boîte de dialogue Déconnexion s'affiche.
2 Sélectionnez le bouton Oui.
3 Le cas échéant, pour vous connecter et supprimer
toutes les modifications non enregistrées,
sélectionnez le bouton Oui.
f Vous êtes déconnecté de l'application Web.
f La boîte de dialogue Connexion s'affiche.
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7 Après une opération de routine
f En cas de modifications non enregistrées, la boîte
de dialogue Modifications non enregistrées
s'affiche.
294
Déconnexion du logiciel de l'analyseur
Déconnexion du logiciel de l'analyseur
Déconnectez-vous du logiciel de l'analyseur si vous
laissez l'analyseur sans surveillance pendant un certain
temps.
Si les paramètres de mot de passe sont configurés en
conséquence, l'utilisateur actuel est automatiquement
déconnecté après écoulement du temps d'inactivité.
j
m Connecté au logiciel de l'analyseur
r Pour se déconnecter du logiciel de
l'analyseur
7 Après une opération de routine
1 Dans la zone d'information générale, sélectionnez le
bouton Déconnexion.
2 En cas de modifications en attente, dans la boîte de
dialogue Confirmation, effectuez l'une des actions
suivantes :
• Pour annuler la déconnexion et revenir au logiciel
de l'analyseur, sélectionnez le bouton Annuler.
• Pour supprimer les modifications et passer à la
déconnexion, sélectionnez le bouton Éliminer les
modifications.
• Pour enregistrer les modifications et passer à la
déconnexion, sélectionnez le bouton Enregistrer.
3 Pour vous déconnecter, dans la boîte de dialogue
Déconnexion, sélectionnez le bouton Confirmer.
f Vous êtes déconnecté du logiciel de l'analyseur.
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Après une opération de routine
295
Arrêt de l'analyseur
Arrêtez l'analyseur si vous ne l'utilisez pas pendant un
certain temps, par ex., pour la nuit.
Le bouton
d'arrêt de l'analyseur est uniquement
disponible dans le logiciel de l'analyseur si le tiroir à pile
de plaques à nanopuits est fermé et l'analyseur à l'état
Analyseur non initialisé, Analyseur prêt, ou
Analyseur en pause.
i
Pour la mise hors tension de routine de
l'analyseur, n'appuyez pas simplement sur
l'interrupteur d'alimentation. Suivez plutôt la
procédure de mise hors tension et n'appuyez sur
l'interrupteur d'alimentation que si l'écran tactile
devient noir.
N'appuyez sur le bouton d'alimentation en dehors
de toute procédure de mise hors tension que si
une mise hors tension immédiate est requise, par
exemple en cas d'échec du système ou de panne
d'urgence.
u Redémarrage d'un analyseur qui ne répond
pas (380)
u Déchargement de l'analyseur (62)
n
3 minutes
j
m Tiroir à pile de plaques à nanopuits fermé
m Analyseur à l'état Analyseur non initialisé,
Analyseur prêt ou Analyseur en pause
r Pour arrêter l'analyseur
1 Dans la zone d'information générale, sélectionnez le
bouton .
f La boîte de dialogue Arrêt s'affiche.
2 Pour décharger l'analyseur si certaines plaques à
nanopuits sont encore chargées, procédez de la
manière suivante :
• Pour ouvrir le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
sélectionnez le bouton Décharger les plaques.
• Déchargez les plaques à nanopuits tel que décrit
dans Déchargement de l'analyseur (62).
Roche Diagnostics
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7 Après une opération de routine
Déchargez l'analyseur avant de l'arrêter.
296
Arrêt de l'analyseur
•
•
Pour fermer le tiroir de pile de plaques à
nanopuits, dans la zone d'information générale,
sélectionnez le bouton .
Dans la zone d'information générale, sélectionnez
à nouveau le bouton .
3 Pour arrêt l'analyseur, dans la boîte de dialogue
Arrêt, sélectionnez le bouton Confirmer.
4 Patientez jusqu'à ce que l'écran tactile s'assombrisse.
7 Après une opération de routine
5 Appuyez sur le bouton d'alimentation situé sur le côté
droit de l'analyseur.
Roche Diagnostics
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Après une opération de routine
297
Fermeture du logiciel de développement
Fermez le logiciel de développement après l'utilisation.
Enregistrez toutes les modifications avant la fermeture.
r Pour fermer le logiciel de développement
1 Pour fermer le logiciel de développement, effectuez
l'une des opérations suivantes :
• Dans la zone Navigation, sélectionnez Fichier >
> Fermer.
• Dans le coin supérieur droit de la fenêtre du
logiciel, sélectionnez le bouton .
f La boîte de dialogue Fermer s'affiche.
2 Effectuez l'une des opérations suivantes :
• Pour fermer le logiciel de développement sans
sauvegarder le projet actuel, sélectionnez le
bouton Quitter. (Toutes les modifications non
enregistrées apportées au projet sont perdues.)
• Pour enregistrer le projet actuel et fermer le
logiciel de développement, sélectionnez le bouton
Enregistrer et quitter.
7 Après une opération de routine
f Le logiciel de développement est fermé.
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298
Fermeture du logiciel de développement
7 Après une opération de routine
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Table des matières
299
Opérations hors-routine
8
Opérations hors-routine dans l'application Web .......
301
Suppression des configurations échantillon
dans l'application Web..............................................
301
Opérations hors-routine dans le logiciel de l'analyseur..............................................................................................
303
Gestion des captures d'écran dans le logiciel
de l'analyseur................................................................
303
Journaux d'audit dans le logiciel de
l'analyseur ......................................................................
305
À propos des journaux d'audit dans le
logiciel de l'analyseur .....................................
305
Création de rapports de journaux
d'audit dans le logiciel de l'analyseur.......
306
Abandon d'un run sur l'analyseur.........................
307
Redémarrage de l'analyseur ...................................
308
Affichage des informations système ..............................
309
8 Opérations hors-routine
Dans ce chapitre
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300
Table des matières
8 Opérations hors-routine
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Opérations hors-routine
301
Opérations hors-routine dans l'application
Web
Suppression des configurations échantillon dans
l'application Web
Vous pouvez supprimer les configurations échantillon
dans l'application Web avant le démarrage du run dans
l'analyseur.
Dans l'application Web, les vignettes de séries des
configurations échantillon qui n'ont pas encore été
traitées sont affichées dans la colonne Configurations
échantillon, sur le tableau de bord. Les vignettes de
séries sont à l'état Configuration incomplète,
Partitionnement en attente, Prêt à démarrer le run
ou Prêt à démarrer le run (chargé).
Lorsque vous supprimez une configuration échantillon,
les demandes ne sont pas réattribuées et sont de
nouveau affichées dans l'écran Demandes en mode
d'attribution. Pour traiter les demandes, vous devez créer
une nouvelle configuration échantillon.
u Création de configurations échantillon dans l'application Web (92)
j
m Configuration échantillon pas encore traitée dans
l'application Web
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
r Pour supprimer une configuration
échantillon
1 Dans l'application Web, colonne Configurations
échantillon du tableau de bord, sélectionnez une
vignette de série.
f L'écran Configuration échantillon s'affiche.
Roche Diagnostics
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8 Opérations hors-routine
d
302
Opérations hors-routine dans l'application Web
2 Pour supprimer la configuration échantillon,
sélectionnez le bouton Supprimer.
f La boîte de dialogue Supprimer la configuration
échantillon s'affiche.
3 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f La configuration échantillon est supprimée.
f La vignette de série correspondante est supprimée
du tableau de bord.
8 Opérations hors-routine
f Les demandes de la configuration échantillon
supprimée ne sont pas réattribuées et sont de
nouveau affichées dans l'écran Demandes en
mode d'attribution.
Roche Diagnostics
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Opérations hors-routine
303
Opérations hors-routine dans le logiciel de
l'analyseur
Dans cette partie
Gestion des captures d'écran dans le logiciel de
l'analyseur (303)
Journaux d'audit dans le logiciel de l'analyseur (305)
Abandon d'un run sur l'analyseur (307)
Redémarrage de l'analyseur (308)
Gestion des captures d'écran dans le logiciel de
l'analyseur
Dans le panneau Gérer les captures d'écran du
logiciel de l'analyseur, vous pouvez visualiser, exporter et
supprimer les captures d'écran qui ont été prises dans le
logiciel de l'analyseur.
Le panneau Gérer les captures d'écran répertorie
toutes les captures d'écran prises par tout utilisateur et
pas uniquement les captures d'écran prises par
l'utilisateur actuellement connecté.
Vous pouvez accéder au panneau Gérer les captures
d'écran avec tout rôle utilisateur.
À propos de la réalisation de captures d'écran
Pour réaliser une capture d'écran du panneau
actuellement affiché dans le logiciel de l'analyseur ou
d'une fenêtre contextuelle de message, sélectionnez le
bouton .
Les captures d'écran sont enregistrées automatiquement
sur l'analyseur et répertoriées dans le panneau Gérer les
captures d'écran.
Par défaut, les captures d'écran sont enregistrées au
format PNG et nommées :
SRC_AAAA_MM_JJ_hhmmss.png
avec la date et l'heure de création de la capture d'écran.
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8 Opérations hors-routine
Vous pouvez exporter les captures d'écran vers un
partage réseau ou un dispositif de stockage externe.
304
Opérations hors-routine dans le logiciel de l'analyseur
d
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
r Pour exporter des captures d'écran
1 Pour faire un export vers un dispositif de stockage
externe, il est possible de connecter le dispositif de
stockage externe à l'analyseur.
2 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez
Administration > Gérer les captures d'écran.
f Le panneau Gérer les captures d'écran
s'affiche.
f Le tableau répertorie toutes les captures d'écran
qui sont actuellement stockées dans l'analyseur.
3 Vous pouvez éventuellement trier, filtrer ou faire une
recherche dans le tableau.
4 Pour prévisualiser une capture d'écran, sélectionnez
la capture d'écran.
I Si vous sélectionnez plusieurs captures d'écran, la
dernière capture d'écran sélectionnée est
prévisualisée.
5 Dans le tableau, sélectionnez la capture d'écran.
I Vous pouvez exporter plusieurs captures d'écran à
la fois.
6 Sélectionnez le bouton Exporter.
f La boîte de dialogue Exporter s'affiche.
8 Opérations hors-routine
7 Pour modifier le chemin d'exportation, sélectionnez le
bouton .
8 Dans l'explorateur de dossiers, accédez au dossier
souhaité.
9 Sélectionnez le bouton Confirmer.
10 Dans la boîte de dialogue Exporter, sélectionnez le
bouton Exporter.
f Les captures d'écran sont exportées vers le
dossier.
11 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
r Pour supprimer des captures d'écran
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez
Administration > Gérer les captures d'écran.
f Le panneau Gérer les captures d'écran
s'affiche.
f Le tableau répertorie toutes les captures d'écran
qui sont actuellement stockées dans l'analyseur.
Roche Diagnostics
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Opérations hors-routine
305
2 Vous pouvez éventuellement trier, filtrer ou faire une
recherche dans le tableau.
3 Pour prévisualiser une capture d'écran, sélectionnez
la capture d'écran.
I Si vous sélectionnez plusieurs captures d'écran, la
dernière capture d'écran sélectionnée est
prévisualisée.
4 Dans le tableau, sélectionnez la capture d'écran.
I Vous pouvez supprimer plusieurs captures
d'écran à la fois.
5 Sélectionnez le bouton Supprimer.
f La boîte de dialogue Confirmation s'affiche.
6 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Les captures d'écran sont supprimées de
l'analyseur.
Journaux d'audit dans le logiciel de l'analyseur
Les actions du système et de l'utilisateur sont consignées
dans des journaux d'audit.
Dans cette partie
À propos des journaux d'audit dans le logiciel de
l'analyseur (305)
À propos des journaux d'audit dans le logiciel de l'analyseur
Le système consigne les actions du système et de
l'utilisateur dans des journaux d'audit avec les
informations de l'utilisateur et l'horodatage.
Le système affiche et traite les journaux d'audit comme
des messages d'information sur le panneau de
messages.
À propos des rapports de journaux d'audit
Un rapport de journaux d'audit contient tous les journaux
d'audit actuellement stockés sur l'analyseur. La création
d'un rapport de journaux d'audit ne modifie aucune
donnée sur l'analyseur.
Roche Diagnostics
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8 Opérations hors-routine
Création de rapports de journaux d'audit dans le logiciel
de l'analyseur (306)
306
Opérations hors-routine dans le logiciel de l'analyseur
Les rapports de journaux d'audit sont enregistrés sous
forme de fichiers CSV.
Les rapports de journaux d'audit sont nommés :
Audit Trail_SN_AAAAMMJJ-hhmmss.csv
avec la date et l'heure de création du rapport de journaux
d'audit.
Vous pouvez uniquement enregistrer les rapports de
journaux d'audit dans un partage réseau ou un dispositif
de stockage externe. Vous ne pouvez pas enregistrer de
rapport de journaux d'audit sur l'analyseur.
À propos de l'archivage des journaux d'audit
L'archivage comprend les journaux d'audit datant d'un
nombre de jours supérieur à celui configuré pour
l'archivage. Le fichier d'archivage compressé contient un
fichier CSV des journaux d'audit archivés
(AuditTrails.csv).
Une fois l'archivage terminé, les journaux d'audit archivés
sont supprimés de l'analyseur.
Création de rapports de journaux d'audit dans le logiciel de l'analyseur
Vous pouvez créer des rapports de journaux d'audit à
partir des journaux d'audit.
d
8 Opérations hors-routine
j
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Mémoire suffisante dans le partage réseau ou sur le
dispositif de stockage externe
r Pour créer un rapport de journaux
d'audit dans le logiciel de l'analyseur
1 Pour l'enregistrer sur un dispositif de stockage
externe, connectez le dispositif de stockage externe à
l'analyseur.
2 Pour afficher le panneau des messages, dans la zone
d'information générale du logiciel de l'analyseur,
sélectionnez l'indicateur de message.
Roche Diagnostics
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Opérations hors-routine
307
3 Pour afficher uniquement les entrées du journal
d'audit, dans la liste déroulante de filtre, sélectionnez
l'option Journal d'audit.
4 Vous pouvez éventuellement trier, filtrer ou faire une
recherche dans le tableau.
5 Sélectionnez le bouton Exporter le rapport de
journal d'audit.
f La boîte de dialogue Sélectionner dossier
s'affiche.
6 Dans l'explorateur de dossiers, accédez au dossier
souhaité.
7 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Le rapport des journaux d'audit est enregistré
dans le dossier.
8 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
Abandon d'un run sur l'analyseur
Vous pouvez abandonner le run sur l'analyseur.
Tous les résultats issus du run abandonné sont invalides.
j
m Traitement de run sur l'analyseur
m Panneau Contrôle affiché dans le logiciel de
l'analyseur
r Pour abandonner un run sur l'analyseur
1 Dans le panneau Contrôle du logiciel de l'analyseur,
sélectionnez le bouton Abandonner le run.
f La boîte de dialogue Confirmation s'affiche.
2 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Le run est abandonné.
f Tous les résultats sont invalides.
3 Patientez jusqu'à ce que le message En attente du
retrait de plaque soit affiché dans le panneau
Contrôle.
4 Déchargez l'analyseur tel que décrit dans
Déchargement de l'analyseur (62) :
Roche Diagnostics
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8 Opérations hors-routine
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic ou
d'opérateur de développement
308
Opérations hors-routine dans le logiciel de l'analyseur
Redémarrage de l'analyseur
Après quelques tâches de configuration, vous devez
redémarrer l'analyseur afin que les modifications
prennent effet.
Les tâches de configuration suivantes nécessitent un redémarrage de l'analyseur :
•
Saisie ou modification de l'adresse IP externe
•
Importation d'une nouvelle version du pack linguistique actif actuellement
•
Modification de la langue du système
Déchargez l'analyseur avant de le redémarrer.
u Déchargement de l'analyseur (62)
j
m Tiroir à pile de plaques à nanopuits fermé
m Analyseur à l'état Analyseur non initialisé,
Analyseur prêt ou Analyseur en pause
r Pour redémarrer l'analyseur
1 Arrêtez l'analyseur tel que décrit dans Arrêt de
l'analyseur (295) :
2 Patientez quelques secondes.
8 Opérations hors-routine
3 Démarrez l'analyseur tel que décrit dans Démarrage
de l'analyseur (69) :
Roche Diagnostics
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Opérations hors-routine
309
Affichage des informations système
Vous pouvez accéder aux informations système dans le
logiciel de l'instrument de partitionnement, le logiciel de
l'analyseur et le logiciel de développement.
d
m Pour télécharger les informations de licence à partir
de l'instrument de partitionnement :
Dispositif de stockage externe, par ex., périphérique
flash USB
r Pour afficher les informations système dans le logiciel de l'instrument
de partitionnement
1 Dans le logiciel de l'instrument de partitionnement,
zone d'information générale, sélectionnez
>
Information.
f Le panneau Information s'affiche.
f Le panneau Information répertorie la version du
logiciel, la version du système, le numéro de série
et l'adresse du réseau.
3 Pour télécharger les informations de licence,
procédez de la manière suivante :
• Reliez le dispositif de stockage externe à
l'instrument de partitionnement.
• Sélectionnez le bouton Copy Licence.
• Patientez jusqu'à ce que le téléchargement soit
terminé.
• Déconnectez le dispositif de stockage externe.
r Pour afficher les informations système dans le logiciel de l'analyseur
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez l'onglet
Administration.
f Le panneau Administration s'affiche.
2 Le cas échéant, sélectionnez l'élément
Administration du chemin de navigation.
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8 Opérations hors-routine
2 Pour fermer le panneau Information, sélectionnez le
bouton Close.
310
Affichage des informations système
3 Dans le coin supérieur droit, sélectionnez le bouton
.
f La boîte de dialogue À propos s'affiche.
f L'onglet À propos affiche les informations
générales relatives à l'analyseur et au logiciel de
l'analyseur.
4 Pour afficher les informations d'application relatives
au logiciel de l'analyseur, sélectionnez l'onglet
Application.
5 Pour afficher les informations de licence, sélectionnez
l'onglet Mention légale.
6 Pour afficher les informations relatives à l'usage
prévu, sélectionnez l'onglet Usage prévu.
7 Pour fermer la boîte de dialogue À propos,
sélectionnez le bouton .
r Pour afficher les informations système dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez Fichier >
> Aide > À
propos.
f La boîte de dialogue À propos s'affiche.
8 Opérations hors-routine
f L'onglet À propos affiche les informations
générales relatives au logiciel de développement.
2 Pour afficher les informations d'application relatives
au logiciel de développement, sélectionnez l'onglet
Application.
3 Pour afficher les informations de licence, sélectionnez
l'onglet Mention légale.
4 Pour afficher les informations relatives à l'usage
prévu, sélectionnez l'onglet Usage prévu.
5 Pour fermer la boîte de dialogue À propos,
sélectionnez le bouton Fermer.
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Maintenance
9
Maintenance ................................................................................................. 313
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Table des matières
313
Dans ce chapitre
9
Programme de maintenance .............................................
315
Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la bouteille à déchets liquides sur
l'instrument de partitionnement .......................................
316
Maintenance des données sur l'analyseur...................
323
Nettoyage des demandes non attribuées..........
323
Archivage manuel.......................................................
324
Sauvegarde manuelle................................................
327
Nettoyage et décontamination .........................................
329
Solutions de nettoyage et décontamination
autorisées.......................................................................
330
Nettoyage de l'instrument de partitionnement
330
Nettoyage de l'extérieur de l'instrument
de partitionnement..........................................
330
Nettoyage du tiroir de plaque à
nanopuits de l'instrument de
partitionnement ................................................
331
Nettoyage de l'analyseur..........................................
333
Nettoyage de l'extérieur de l'analyseur....
333
Nettoyage du tiroir de pile de plaques à
nanopuits de l'analyseur ...............................
335
Décontamination.........................................................
336
Décontamination de l'aiguille
d'aspiration de l'instrument de
partitionnement ................................................
337
À propos de la maintenance préventive .......................
340
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9 Maintenance
Maintenance
314
Table des matières
9 Maintenance
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Maintenance
315
Programme de maintenance
Le tableau répertorie toutes les opérations de
maintenance et leur programmation.
Opération de maintenance
Fréquence
Procédure
Lorsque le flacon de fluide de partitionnement est vide ou périmé ou que la
bouteille à déchets liquides est pleine.
u Remplacement du flacon de fluide
de partitionnement et/ou de la bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement (316)
Nettoyage des demandes non attribuées. À la demande ou avant l'archivage manuel.
u Nettoyage des demandes non attribuées (323)
Archivage manuel.
Lorsque l'archivage automatique n'est
pas configuré (ou échoue) ou si l'espace
sur le disque est faible.
u Archivage manuel (324)
Sauvegarde manuelle.
Lorsque la sauvegarde automatique n'est
pas configurée (ou échoue).
u Sauvegarde manuelle (327)
Nettoyage de l'extérieur de l'instrument
de partitionnement.
Toutes les semaines.
u Nettoyage de l'extérieur de l'instrument de partitionnement (330)
Remplacement du flacon de fluide de
partitionnement et/ou de la bouteille à
déchets liquides.
Nettoyage du tiroir de plaque à nanopuits Tous les mois
de l'instrument de partitionnement.
u Nettoyage du tiroir de plaque à nanopuits de l'instrument de partitionnement (331)
Nettoyage de l'extérieur de l'analyseur.
Toutes les semaines.
u Nettoyage de l'extérieur de l'analyseur (333)
Nettoyage du tiroir de pile de plaques à
nanopuits de l'analyseur.
Deux fois par an.
u Nettoyage du tiroir de pile de
plaques à nanopuits de l'analyseur
(335)
Décontamination du tiroir de plaque à
À la demande si le tiroir de plaque à nananopuits de l'instrument de partitionne- nopuits est susceptible d'être contaminé.
ment.
u Nettoyage du tiroir de plaque à nanopuits de l'instrument de partitionnement (331)
Décontamination du tiroir de pile de
plaques à nanopuits de l'analyseur.
u Nettoyage du tiroir de pile de
plaques à nanopuits de l'analyseur
(335)
À la demande si le tiroir de pile de
plaques à nanopuits est susceptible
d'être contaminé.
Maintenance préventive.
Une fois par an.
u À propos de la maintenance préventive (340)
y Programme de maintenance
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9 Maintenance
Décontamination de l'aiguille d'aspiration Si une bouteille à déchets liquides a été
u Décontamination de l'aiguille d'aspide l'instrument de partitionnement.
chargée dans l'emplacement du flacon de
ration de l'instrument de partitionnefluide de partitionnement.
ment (337)
316
Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la bouteille à
déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
Remplacement du flacon de fluide de
partitionnement et/ou de la bouteille à
déchets liquides sur l'instrument de
partitionnement
Lorsque le flacon de fluide de partitionnement est vide
ou périmé ou lorsque la bouteille à déchets liquides est
pleine, remplacez le flacon de fluide de partitionnement
et/ou la bouteille à déchets liquides.
ATTENTION !
Aiguille d'aspiration pointue
L'aiguille d'aspiration de l'instrument de partitionnement
est pointue. Tout contact avec l'aiguille d'aspiration
entraîne un risque de blessure.
r Respectez scrupuleusement les instructions données
dans ce document pour remplacer les flacons sur
l'instrument de partitionnement et pour décontaminer
l'aiguille d'aspiration.
9 Maintenance
r Lors du remplacement des flacons sur l'instrument de
partitionnement ou lors de la décontamination de l'aiguille d'aspiration, prêtez particulièrement attention à
l'aiguille d'aspiration.
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Maintenance
317
MISE EN GARDE !
Chargement incorrect de l'instrument de partitionnement
Il n'est pas possible de distinguer les flacons de fluide
de partitionnement des bouteilles à déchets liquides
uniquement selon leur apparence. En cas d'erreur
d'emplacement de chargement du flacon, l'instrument
de partitionnement et/ou le fluide de partitionnement et
le flacon de fluide de partitionnement pourraient être
contaminés.
r Stockez les flacons de fluide de partitionnement et les
bouteilles à déchets liquides de manière à ne pas les
confondre.
r Marquez toutes les bouteilles à déchets à l'aide d'un
marqueur permanent afin de les identifier. Marquez
les flacons de fluide de partitionnement vides ou périmés comme bouteilles à déchets immédiatement
après leur déchargement de l'instrument de partitionnement.
r Jetez les bouteilles à déchets liquides selon la réglementation locale directement après les avoir déchargées de l'instrument de partitionnement.
r Si vous avez chargé un flacon par inadvertance dans
le mauvais emplacement, déchargez-le immédiatement et éliminez-le conformément à la réglementation locale.
r Avant de charger un flacon de fluide de partitionnement et d'utiliser l'instrument de partitionnement
après un chargement incorrect, décontaminez l'aiguille d'aspiration.
r Si vous suspectez une contamination de l'aiguille
d'aspiration, décontaminez l'aiguille d'aspiration avant
d'utiliser à nouveau l'instrument de partitionnement.
Si le fluide de partitionnement est périmé, tenez compte
des niveaux de remplissage du flacon de fluide de
partitionnement et de la bouteille à déchets liquides pour
le remplacement de la bouteille à déchets liquides.
Si la bouteille à déchets liquides est pleine, remplacez-la.
i
Respectez les meilleures pratiques en laboratoire
et changez de gants de laboratoire après toute
manipulation de déchets.
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9 Maintenance
Si le flacon de fluide de partitionnement est vide,
remplacez toujours la bouteille à déchets liquides et le
flacon de fluide de partitionnement vide.
318
Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la bouteille à
déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
Lorsque le flacon de fluide de partitionnement est vide
ou la bouteille à déchets liquides est pleine, l'état de
remplissage correspondant devient rouge dans le
panneau Liquids du logiciel de l'instrument de
partitionnement. En outre, un message apparaît dans la
zone d'information générale.
c
•
Si le flacon de fluide de partitionnement est vide ou
périmé
•
Si la bouteille à déchets liquides est pleine
n
5 minutes par flacon
d
m Nouveau flacon de fluide de partitionnement
m Bouteille à déchets liquides
m Bouchons à vis
j
m Remplacement indiqué sur l'interface utilisateur
r Pour remplacer le flacon de fluide de
partitionnement et la bouteille à déchets liquides
1 Pour ouvrir la porte du système de fluides sur le côté
droit de l'instrument de partitionnement, procédez de
la manière suivante :
• Appuyez sur la partie avant jusqu'à ce que la porte
de système de fluides se libère.
• Ouvrez entièrement la porte de système de fluides.
9 Maintenance
2 Soulevez entièrement le bras d'aspiration et de
distribution jusqu'à ce que l'aiguille d'aspiration se
dégage de l'ouverture des flacons et que le bras
d'aspiration et de distribution s'enclenche en position
supérieure.
Roche Diagnostics
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Maintenance
319
3 Déchargez la bouteille à déchets liquides. Fermez la
bouteille à déchets liquides à l'aide d'un bouchon à
vis. Éliminez la bouteille à déchets liquides
conformément à la réglementation locale.
I Ne videz ou ne réutilisez pas la bouteille à
déchets liquides. Utilisez plutôt les flacons de
fluide de partitionnement vides ou périmés
comme bouteille à déchets liquides.
4 Déchargez le flacon de fluide de partitionnement.
Marquez la bouteille à déchets à l'aide d'un marqueur
permanent. Chargez-le comme bouteille à déchets
liquides dans la porte du système de fluides,
l'étiquette tournée vers l'avant.
5 Dévissez le bouchon du nouveau flacon de fluide de
partitionnement. Conservez le bouchon à vis pour une
utilisation ultérieure.
6 ATTENTION ! Risque de contamination.
Assurez-vous de ne pas charger de bouteille à
déchets liquides dans l'emplacement réservé au
flacon de fluide de partitionnement.
Chargez le flacon de fluide de partitionnement dans
la porte du système de fluides, l'étiquette tournée vers
l'avant.
8 Fermez la porte du système de fluides jusqu'à
entendre le déclic de fermeture.
9 Amorcez l'instrument de partitionnement à la
demande tel que décrit dans Amorçage de
l'instrument de partitionnement (66) :
• Dans la zone d'information générale du logiciel de
l'instrument de partitionnement, sélectionnez
>
Prime Instrument.
• Patientez jusqu'à la fin de l'amorçage.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
9 Maintenance
7 Baissez entièrement le bras d'aspiration et de
distribution.
320
Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la bouteille à
déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
r Pour remplacer le flacon de fluide de
partitionnement
1 Pour ouvrir la porte du système de fluides sur le côté
droit de l'instrument de partitionnement, procédez de
la manière suivante :
• Appuyez sur la partie avant jusqu'à ce que la porte
de système de fluides se libère.
• Ouvrez entièrement la porte de système de fluides.
2 Soulevez entièrement le bras d'aspiration et de
distribution jusqu'à ce que l'aiguille d'aspiration se
dégage de l'ouverture des flacons et que le bras
d'aspiration et de distribution s'enclenche en position
supérieure.
3 Déchargez le flacon de fluide de partitionnement.
Fermez le flacon à l'aide d'un bouchon à vis.
I Selon le niveau de remplissage, conservez le
flacon de fluide de partitionnement comme
bouteille à déchets liquides.
4 Si vous conservez le flacon de fluide de
partitionnement déchargé comme bouteille à déchets,
marquez-le immédiatement comme bouteille à
déchets à l'aide d'un marqueur permanent. Conservez
les flacons de fluide de partitionnement et les
bouteilles à déchets de manière à les distinguer.
9 Maintenance
5 Dévissez le bouchon du nouveau flacon de fluide de
partitionnement. Conservez le bouchon à vis pour une
utilisation ultérieure.
6 ATTENTION ! Risque de contamination.
Assurez-vous de ne pas charger de bouteille à
déchets liquides dans l'emplacement réservé au
flacon de fluide de partitionnement.
Chargez le flacon de fluide de partitionnement dans
la porte du système de fluides, l'étiquette tournée vers
l'avant.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Maintenance
321
7 Baissez entièrement le bras d'aspiration et de
distribution.
8 Fermez la porte du système de fluides jusqu'à
entendre le déclic de fermeture.
9 Amorcez l'instrument de partitionnement à la
demande tel que décrit dans Amorçage de
l'instrument de partitionnement (66) :
• Dans la zone d'information générale du logiciel de
l'instrument de partitionnement, sélectionnez
>
Prime Instrument.
• Patientez jusqu'à la fin de l'amorçage.
r Pour remplacer la bouteille à déchets
liquides
1 Pour ouvrir la porte du système de fluides sur le côté
droit de l'instrument de partitionnement, procédez de
la manière suivante :
• Appuyez sur la partie avant jusqu'à ce que la porte
de système de fluides se libère.
• Ouvrez entièrement la porte de système de fluides.
3 Déchargez la bouteille à déchets liquides. Fermez la
bouteille à déchets liquides à l'aide d'un bouchon à
vis. Éliminez la bouteille à déchets liquides
conformément à la réglementation locale.
I Ne videz ou ne réutilisez pas la bouteille à
déchets liquides. Utilisez plutôt les flacons de
fluide de partitionnement vides ou périmés
comme bouteille à déchets liquides.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
9 Maintenance
2 Soulevez entièrement le bras d'aspiration et de
distribution jusqu'à ce que l'aiguille d'aspiration se
dégage de l'ouverture des flacons et que le bras
d'aspiration et de distribution s'enclenche en position
supérieure.
322
Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la bouteille à
déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
4 Dévissez le bouchon d'une bouteille à déchets
liquides. Conservez le bouchon à vis pour une
utilisation ultérieure.
5 Chargez la bouteille à déchets liquides dans la porte
du système de fluides, l'étiquette tournée vers l'avant.
6 Baissez entièrement le bras d'aspiration et de
distribution.
7 Fermez la porte du système de fluides jusqu'à
entendre le déclic de fermeture.
9 Maintenance
8 Amorcez l'instrument de partitionnement à la
demande tel que décrit dans Amorçage de
l'instrument de partitionnement (66) :
• Dans la zone d'information générale du logiciel de
l'instrument de partitionnement, sélectionnez
>
Prime Instrument.
• Patientez jusqu'à la fin de l'amorçage.
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Maintenance
323
Maintenance des données sur l'analyseur
La maintenance des données comprend le nettoyage des
demandes non attribuées, l'archivage et la sauvegarde.
L'archivage et la sauvegarde sont des opérations de
maintenance pouvant être programmées pour être
initiées automatiquement à des heures prédéfinies.
Le cas échéant, par ex., si l'exécution automatique n'est
pas configurée ou échoue, réalisez l'archivage et la
sauvegarde manuellement.
Dans cette partie
Nettoyage des demandes non attribuées (323)
Archivage manuel (324)
Sauvegarde manuelle (327)
Nettoyage des demandes non attribuées
Dans le panneau Archivage, pour supprimer des
demandes expirées du système, nettoyez les demandes
non attribuées.
Le paramètre Archiver les données de plus de (en
jours) d'archivage automatique s'applique également au
nettoyage des demandes non attribuées. Par exemple, si
vous archivez automatiquement les données datant de
plus de 30 jours, seules les demandes non attribuées
datant de plus de 30 jours seront supprimées.
u Archivage manuel (324)
c
À la demande
j
m Analyseur à l'état Analyseur prêt
m Rôle utilisateur administrateur
Roche Diagnostics
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9 Maintenance
Nettoyez régulièrement les demandes non attribuées.
Nettoyez les demandes non attribuées avant l'archivage
manuel.
324
Maintenance des données sur l'analyseur
r Pour nettoyer les demandes non attribuées
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez
Administration > Archivage.
f Le panneau Archivage s'affiche.
2 Vous pouvez éventuellement modifier le délai à l'issue
duquel les demandes non attribuées sont supprimées
en procédant de la manière suivante :
• Dans le champ Archiver les données de plus
de (en jours), modifiez la valeur.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
I La période de temps s'applique également à
l'archivage automatique et manuel.
3 Sélectionnez le bouton Nettoyer les demandes non
attribuées.
f La boîte de dialogue Nettoyer les demandes
non attribuées s'affiche.
4 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Toutes les demandes non attribuées datant d'un
nombre de jours supérieur à la valeur configurée
dans le champ Archiver les données de plus de
(en jours) sont supprimées du système.
5 Si vous avez modifié la durée à l'étape 2, vous pouvez
la rétablir :
• Dans le champ Archiver les données de plus
de (en jours), modifiez la valeur.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
9 Maintenance
Archivage manuel
Dans le panneau Archivage, pour libérer de l'espace
disque sur l'analyseur à la demande, réalisez un
archivage manuel.
Raisons possibles d'exécution d'un archivage manuel :
•
L'archivage automatique n'est pas configuré.
•
L'archivage automatique a échoué.
•
Un message indiquant un espace disque faible est affiché.
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Maintenance
325
ATTENTION !
Fichiers d'archivage non protégés
Le transfert ou le stockage non sécurisé de fichiers
d'archivage peut entraîner la manipulation des données,
pouvant occasionner des résultats incorrects, invalides
ou retardés et/ou un accès non autorisé aux
informations à caractère personnel.
r Assurez-vous que les fichiers d'archivage sont transférés de manière sécurisée, stockés à un emplacement sécurisé et protégés de tout accès non autorisé
et de tout sinistre.
r Assurez-vous que les dispositifs de stockage externes
(tels que les périphériques flash USB) contenant des
fichiers d'archivage sont protégés de tout accès non
autorisé.
Le paramètre Archiver les données de plus de (en
jours) d'archivage automatique s'applique également à
l'archivage manuel. Par exemple, si vous archivez
automatiquement les données datant de plus de 30 jours,
l'archivage manuel inclut également uniquement les
données datant de plus de 30 jours.
Étant donné que l'archivage peut durer un certain temps
et que vous ne pouvez pas utiliser le système lors de
l'archivage, exécutez un archivage manuel à une heure à
laquelle vous ne devez pas utiliser le système.
Pour exclure les demandes non attribuées de l'archivage,
nettoyez les demandes non attribuées avant l'archivage
manuel.
u Nettoyage des demandes non attribuées (323)
n
d
j
À la demande
Selon la quantité de données, l'archivage peut durer un
certain temps.
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Mémoire suffisante dans le partage réseau ou sur le
dispositif de stockage externe
m Analyseur à l'état Analyseur prêt
m Rôle utilisateur administrateur
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9 Maintenance
c
326
Maintenance des données sur l'analyseur
r Pour exécuter l'archivage manuel
1 Si vous souhaitez archiver les données sur un
dispositif de stockage externe, connectez le dispositif
de stockage externe à l'analyseur.
2 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez
Administration > Archivage.
f Le panneau Archivage s'affiche.
3 Si vous souhaitez modifier le délai à l'issue duquel les
données sont nettoyées et archivées, procédez de la
manière suivante :
• Dans le champ Archiver les données de plus
de (en jours), modifiez la valeur.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
I La valeur s'applique également à l'archivage
automatique.
4 Si vous souhaitez nettoyer les demandes non
attribuées avant l'archivage, sélectionnez le bouton
Nettoyer les demandes non attribuées.
5 Sélectionnez le bouton Archivage manuel.
f La boîte de dialogue Archivage manuel s'affiche.
6 Si vous souhaitez modifier le chemin d'exportation,
sélectionnez le bouton .
I Le dossier configuré pour l'archivage automatique
est automatiquement présaisi dans le champ
Chemin d'exportation.
f La boîte de dialogue Sélectionner dossier
s'affiche.
7 Dans l'explorateur de dossiers, accédez au dossier
souhaité.
8 Sélectionnez le bouton Confirmer.
9 Dans la boîte de dialogue Archivage manuel,
sélectionnez le bouton Exporter.
9 Maintenance
f L'archive est enregistrée dans un fichier ZIP dans
le dossier.
10 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
11 Si vous avez modifié la durée à l'étape 3, vous pouvez
la rétablir :
• Dans le champ Archiver les données de plus
de (en jours), modifiez la valeur.
• Sélectionnez le bouton Enregistrer.
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Maintenance
327
Sauvegarde manuelle
Dans le panneau Sauvegarde, pour enregistrer l'état du
système à la demande, par ex., lorsque la sauvegarde
automatique n'est pas configurée ou échoue, exécutez
une sauvegarde manuelle.
Étant donné qu'une sauvegarde peut prendre un certain
temps et que vous ne pouvez pas utiliser le système lors
de la sauvegarde, exécutez une sauvegarde manuelle à
une heure à laquelle vous ne devez pas utiliser le
système.
ATTENTION !
Fichiers de sauvegarde non protégés
Le transfert ou le stockage non sécurisé de fichiers de
sauvegarde peut entraîner la manipulation des données,
pouvant occasionner des résultats incorrects, invalides
ou retardés et/ou un accès non autorisé aux
informations à caractère personnel.
r Assurez-vous que les fichiers de sauvegarde sont
transférés de manière sécurisée, stockés à un emplacement sécurisé et protégés de tout accès non autorisé et de tout sinistre.
r Assurez-vous que les dispositifs de stockage externes
(tels que les périphériques flash USB) contenant des
fichiers de sauvegarde sont protégés de tout accès
non autorisé.
n
d
j
À la demande
Selon la quantité de données, la sauvegarde peut durer
un certain temps.
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Mémoire suffisante dans le partage réseau ou sur le
dispositif de stockage externe
m Analyseur à l'état Analyseur prêt
m Rôle utilisateur administrateur
r Pour exécuter une sauvegarde manuelle
1 Si vous souhaitez stocker la sauvegarde sur un
dispositif de stockage externe, connectez le dispositif
de stockage externe à l'analyseur.
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9 Maintenance
c
328
Maintenance des données sur l'analyseur
2 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez
Administration > Sauvegarde.
f Le panneau Sauvegarde s'affiche.
3 Sélectionnez le bouton Effectuer une sauvegarde
manuelle.
f La boîte de dialogue Sauvegarde manuelle
s'affiche.
4 Si vous souhaitez modifier le chemin d'exportation,
sélectionnez le bouton .
I Le dossier configuré pour les sauvegardes
automatiques est automatiquement présaisi dans
le champ Chemin d'exportation.
f La boîte de dialogue Sélectionner dossier
s'affiche.
5 Dans l'explorateur de dossiers, accédez au dossier
souhaité.
6 Sélectionnez le bouton Confirmer.
7 Dans la boîte de dialogue Sauvegarde manuelle,
sélectionnez le bouton Sauvegarde.
f La sauvegarde est enregistrée dans un fichier ZIP
dans le dossier.
9 Maintenance
8 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
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Maintenance
329
Nettoyage et décontamination
N'exécutez pas de nettoyage ou de décontamination non
décrit dans ce document.
Pour le nettoyage et/ou la décontamination, tenez toujours compte des éléments suivants :
•
Utilisez uniquement les solutions de nettoyage et/ou
de décontamination autorisées. Reportez-vous aux
procédures de nettoyage et de décontamination individuelles pour les solutions de nettoyage et de décontamination spécifiées.
•
N'utilisez pas d'éthanol ou d'isopropanol de qualité
technique ou dénaturé.
•
Au lieu d'eau déionisée, vous pouvez utiliser de l'eau
distillée ou autrement purifiée.
•
Ne pulvérisez pas de liquide directement sur toute
partie des instruments.
•
Humidifiez les chiffons non pelucheux à distance des
instruments et essuyez les surfaces et parties tel que
décrit dans les procédures uniquement.
•
Redoublez de précaution lorsque vous appliquez du
liquide à l'aide d'un chiffon non pelucheux. Le chiffon
doit être humide et non saturé, afin d'empêcher que
des gouttes de liquide ne tombent sur le système.
•
Utilisez les solutions de décontamination uniquement
aux emplacements indiqués.
•
Avant d'utiliser des solutions de décontamination, lisez attentivement les précautions inscrites sur les étiquettes du flacon ou sur la fiche de données de sécurité des fabricants.
•
Changez de gants de laboratoire après chaque étape
de nettoyage.
•
Éliminez le matériel comme tout matériel présentant
un risque infectieux potentiel.
Solutions de nettoyage et décontamination
autorisées (330)
Nettoyage de l'instrument de partitionnement (330)
Nettoyage de l'analyseur (333)
Décontamination (336)
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9 Maintenance
Dans cette partie
330
Nettoyage et décontamination
Solutions de nettoyage et décontamination autorisées
Utilisez uniquement les solutions de nettoyage et
décontamination adaptées au système qui sont
répertoriées ci-dessous.
Lors du nettoyage et/ou de la décontamination des instruments, utilisez uniquement les solutions de nettoyage
et décontamination suivantes :
•
Eau déionisée ou distillée
•
Éthanol p.a. à 70 %
•
Isopropanol p.a. à 70 %
•
Solution de décontamination des surfaces DNA
AWAY™ (Molecular BioProducts, Inc.)
i
Reportez-vous aux procédures de nettoyage et de
décontamination individuelles pour les solutions
de nettoyage et de décontamination spécifiées.
Nettoyage de l'instrument de partitionnement
Nettoyez régulièrement l'extérieur et le tiroir de plaque à
nanopuits de l'instrument de partitionnement.
Dans cette partie
Nettoyage de l'extérieur de l'instrument de
partitionnement (330)
Nettoyage du tiroir de plaque à nanopuits de l'instrument
de partitionnement (331)
Nettoyage de l'extérieur de l'instrument de partitionnement
9 Maintenance
Nettoyez régulièrement l'extérieur de l'instrument de
partitionnement (boîtier et écran tactile).
AVERTISSEMENT !
Risque d'incendie et de brûlures
L'alcool est une substance inflammable.
r Écartez toutes les sources d'incendies (étincelles,
flammes ou chaleur) de l'instrument de partitionnement lors de la maintenance.
r Lorsque vous utilisez de l'alcool sur l'instrument de
partitionnement ou autour de celui-ci, n'utilisez pas
plus de 20 mL à la fois.
Roche Diagnostics
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Maintenance
c
Toutes les semaines
d
m Gants de laboratoire sans poudre
331
m Lunettes de protection
m Équipement de protection individuelle
m Chiffons non pelucheux
m Éthanol p.a. à 70 %
r Pour nettoyer l'extérieur de l'instrument de partitionnement
1 Humidifiez un chiffon non pelucheux avec de
l'éthanol p.a. à 70 % et nettoyez le boîtier de
l'instrument de partitionnement.
2 Humidifiez un chiffon non pelucheux avec de
l'éthanol p.a. à 70 % et nettoyez l'écran tactile de
l'instrument de partitionnement.
Nettoyage du tiroir de plaque à nanopuits de l'instrument de
partitionnement
AVERTISSEMENT !
Risque d'incendie et de brûlures
L'alcool est une substance inflammable.
r Écartez toutes les sources d'incendies (étincelles,
flammes ou chaleur) de l'instrument de partitionnement lors de la maintenance.
r Lorsque vous utilisez de l'alcool sur l'instrument de
partitionnement ou autour de celui-ci, n'utilisez pas
plus de 20 mL à la fois.
Roche Diagnostics
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9 Maintenance
Nettoyez régulièrement le tiroir de plaque à nanopuits de
l'instrument de partitionnement.
332
Nettoyage et décontamination
ATTENTION !
Tiroir mobile
Le tiroir de plaque à nanopuits de l'instrument de
partitionnement s'ouvre et se ferme en cours de
fonctionnement. Un tiroir en cours d'ouverture peut vous
heurter. À la fermeture, vous risquez de vous pincer les
doigts.
r Éloignez-vous du tiroir de plaque à nanopuits lors de
l'opération.
r N'essayez pas de fermer manuellement le tiroir de
plaque à nanopuits en le poussant.
r Laissez un espace suffisant autour de l'instrument de
partitionnement afin que le tiroir de plaque à nanopuits puisse s'ouvrir et se fermer librement.
Décontamination du tiroir de plaque à
nanopuits
Réalisez la procédure de nettoyage ci-dessous
également pour décontaminer le tiroir de plaque à
nanopuits de l'instrument de partitionnement en cas de
risque de contamination, notamment après un contact
accidentel avec l'échantillon.
c
Tous les mois
d
m Gants de laboratoire sans poudre
m Lunettes de protection
m Équipement de protection individuelle
m Chiffons non pelucheux
m Isopropanol p.a. à 70 %
m Solution de décontamination des surfaces DNA
AWAY™
m Eau déionisée ou distillée
9 Maintenance
r Pour nettoyer le tiroir de plaque à nanopuits de l'instrument de partitionnement
1 Dans le panneau Plate Setup du logiciel de
l'instrument de partitionnement, sélectionnez le
bouton Load.
f Le tiroir de plaque à nanopuits s'ouvre.
2 Si une plaque à nanopuits est chargée, déchargez-la
du tiroir de plaque à nanopuits.
Roche Diagnostics
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Maintenance
333
3 Humidifiez un chiffon non pelucheux avec de
l'isopropanol à 70 % et essuyez le tiroir de plaque à
nanopuits.
I N'exercez pas de force excessive lors du
nettoyage.
4 Patientez jusqu'à ce que l'isopropanol soit évaporé et
que le tiroir de plaque à nanopuits soit sec.
5 Humidifiez un chiffon non pelucheux de solution de
décontamination des surfaces DNA AWAY™ et
essuyez le tiroir de plaque à nanopuits.
I N'exercez pas de force excessive lors du
nettoyage.
6 Humidifiez un chiffon non pelucheux avec de l'eau
déionisée et essuyez le tiroir de plaque à nanopuits.
I N'exercez pas de force excessive lors du
nettoyage.
7 Patientez jusqu'à ce que le tiroir de plaque à
nanopuits soit sec.
8 Pour fermer le tiroir de plaque à nanopuits, dans le
panneau Plate Setup du logiciel de l'instrument de
partitionnement, sélectionnez le bouton Close.
Nettoyage de l'analyseur
Nettoyez régulièrement l'extérieur et le tiroir de pile de
plaques à nanopuits de l'analyseur.
Dans cette partie
Nettoyage de l'extérieur de l'analyseur (333)
Nettoyage du tiroir de pile de plaques à nanopuits de
l'analyseur (335)
Nettoyez régulièrement l'extérieur de l'analyseur (boîtier
et écran tactile).
Roche Diagnostics
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9 Maintenance
Nettoyage de l'extérieur de l'analyseur
334
Nettoyage et décontamination
AVERTISSEMENT !
Risque d'incendie et de brûlures
L'alcool est une substance inflammable.
r Écartez toutes les sources d'incendies (étincelles,
flammes ou chaleur) de l'analyseur lors de la maintenance.
r Lorsque vous utilisez de l'alcool sur l'analyseur ou autour de celui-ci, n'utilisez pas plus de 20 mL à la fois.
Contrôle autour de l'analyseur
Vous devez contrôler la zone autour de l'analyseur à
intervalles réguliers afin de vous assurer que le flux d'air
est dégagé et qu'aucun livre, document ou autre
matériau n'interfère avec le flux d'air libre.
c
Toutes les semaines
d
m Gants de laboratoire sans poudre
m Lunettes de protection
m Équipement de protection individuelle
m Chiffons non pelucheux
m Éthanol p.a. à 70 %
j
m L'analyseur est déchargé
m L'analyseur est à l'arrêt
u Arrêt de l'analyseur (295)
r Pour nettoyer l'extérieur de l'analyseur
9 Maintenance
1 Humidifiez un chiffon non pelucheux avec de
l'éthanol p.a. à 70 % et nettoyez le boîtier de
l'analyseur.
2 Humidifiez un chiffon non pelucheux avec de
l'éthanol p.a. à 70 % et nettoyez le moniteur tactile de
l'analyseur.
Roche Diagnostics
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Maintenance
335
Nettoyage du tiroir de pile de plaques à nanopuits de l'analyseur
Nettoyez régulièrement le tiroir de pile de plaques à
nanopuits de l'analyseur.
ATTENTION !
Tiroir mobile
Le tiroir de pile de plaques à nanopuits de l'analyseur
s'ouvre et se ferme en cours de fonctionnement. Un
tiroir en cours d'ouverture peut vous heurter. À la
fermeture, vous risquez de vous pincer les doigts.
r Éloignez-vous du tiroir de pile de plaques à nanopuits
lors de l'opération.
r N'essayez pas de fermer manuellement le tiroir de
pile de plaques à nanopuits en le poussant.
r Laissez un espace suffisant autour de l'analyseur afin
que le tiroir de pile de plaques à nanopuits puisse
s'ouvrir et se fermer librement.
Décontamination du tiroir de pile de plaques
à nanopuits
Réalisez la procédure de nettoyage ci-dessous
également pour décontaminer le tiroir de pile de plaques
à nanopuits de l'analyseur en cas de risque de
contamination, notamment après une fuite de plaque à
nanopuits due à des matériaux défectueux.
c
Deux fois par an.
d
m Gants de laboratoire sans poudre
m Lunettes de protection
m Équipement de protection individuelle
m Chiffons non pelucheux
m Solution de décontamination des surfaces DNA
AWAY™ (Molecular BioProducts, Inc.)
r Pour nettoyer le tiroir de pile de
plaques à nanopuits de l'analyseur
1 Pour ouvrir le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
dans la zone d'information générale du logiciel de
l'analyseur, sélectionnez le bouton .
f Le tiroir de pile de plaques à nanopuits s'ouvre.
2 Si des plaques à nanopuits sont chargées, déchargez
la pile de plaques à nanopuits du tiroir de pile de
plaques à nanopuits.
Roche Diagnostics
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9 Maintenance
m Eau déionisée ou distillée
336
Nettoyage et décontamination
3 Humidifiez un chiffon non pelucheux de solution de
décontamination des surfaces DNA AWAY™ et
essuyez le tiroir de pile de plaques à nanopuits.
I N'exercez pas de force excessive lors du
nettoyage.
4 Humidifiez un chiffon non pelucheux avec de l'eau
déionisée et essuyez le tiroir de pile de plaques à
nanopuits.
I N'exercez pas de force excessive lors du
nettoyage.
5 Patientez jusqu'à ce que le tiroir de pile de plaques à
nanopuits soit sec.
6 Pour fermer le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
dans la zone d'information générale du logiciel de
l'analyseur, sélectionnez le bouton .
f Le tiroir de pile de plaques à nanopuits se ferme.
Décontamination
Si le tiroir de plaque à nanopuits ou l'aiguille d'aspiration
de l'instrument de partitionnement, ou le tiroir de pile de
plaques à nanopuits de l'analyseur est éventuellement
contaminé, vous devez le décontaminer.
i
Décontamination du tiroir de plaque à
nanopuits de l'instrument de partitionnement
S'il est possible que l'intérieur de l'instrument de
partitionnement ou l'intérieur de l'analyseur soit
contaminé, contactez votre représentant service
Roche.
Si le tiroir de plaque à nanopuits de l'instrument de
partitionnement est éventuellement contaminé,
notamment en cas de contact accidentel avec
l'échantillon, décontaminez-le en procédant au nettoyage
du tiroir de plaque à nanopuits.
9 Maintenance
u Nettoyage du tiroir de plaque à nanopuits de l'instrument de partitionnement (331)
Décontamination du tiroir de pile de plaques
à nanopuits de l'analyseur
Si le tiroir de pile de plaques à nanopuits de l'analyseur
est éventuellement contaminé, notamment en cas de
fuite de la plaque à nanopuits due à des matériaux
défectueux, décontaminez-le en procédant au nettoyage
du tiroir de pile de plaques à nanopuits.
u Nettoyage du tiroir de pile de plaques à nanopuits de
l'analyseur (335)
Roche Diagnostics
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Maintenance
337
Décontamination de l'aiguille d'aspiration de l'instrument de
partitionnement
Si vous chargez une bouteille à déchets liquides dans
l'emplacement réservé au flacon de fluide de
partitionnement, l'aiguille d'aspiration peut être
contaminée et vous devez la décontaminer.
Après avoir fermé la porte du système de fluides, la zone
d'information générale du logiciel de l'instrument de
partitionnement indique un chargement incorrect de la
bouteille à déchets liquides.
Vous ne pouvez pas démarrer le partitionnement si une
bouteille à déchets liquides est chargée dans
l'emplacement du flacon de fluide de partitionnement.
Ainsi, l'intérieur de l'instrument de partitionnement ne
sera pas contaminé.
i
Marquez toutes les bouteilles à déchets à l'aide
d'un marqueur permanent afin de les identifier.
Marquez les flacons de fluide de partitionnement
vides ou périmés comme bouteilles à déchets
immédiatement après leur déchargement de
l'instrument de partitionnement.
AVERTISSEMENT !
Risque d'incendie et de brûlures
L'alcool est une substance inflammable.
r Écartez toutes les sources d'incendies (étincelles,
flammes ou chaleur) de l'instrument de partitionnement lors de la maintenance.
r Lorsque vous utilisez de l'alcool sur l'instrument de
partitionnement ou autour de celui-ci, n'utilisez pas
plus de 20 mL à la fois.
Aiguille d'aspiration pointue
L'aiguille d'aspiration de l'instrument de partitionnement
est pointue. Tout contact avec l'aiguille d'aspiration
entraîne un risque de blessure.
r Respectez scrupuleusement les instructions données
dans ce document pour remplacer les flacons sur
l'instrument de partitionnement et pour décontaminer
l'aiguille d'aspiration.
r Lors du remplacement des flacons sur l'instrument de
partitionnement ou lors de la décontamination de l'aiguille d'aspiration, prêtez particulièrement attention à
l'aiguille d'aspiration.
Roche Diagnostics
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9 Maintenance
ATTENTION !
338
Nettoyage et décontamination
d
m Gants de laboratoire sans poudre
m Lunettes de protection
m Équipement de protection individuelle
m Chiffons non pelucheux
m Isopropanol p.a. à 70 %
m Nouveau flacon de fluide de partitionnement
m Bouchon à vis
r Pour décontaminer l'aiguille d'aspiration de l'instrument de partitionnement
1 Pour ouvrir la porte du système de fluides sur le côté
droit de l'instrument de partitionnement, procédez de
la manière suivante :
• Appuyez sur la partie avant jusqu'à ce que la porte
de système de fluides se libère.
• Ouvrez entièrement la porte de système de fluides.
2 Soulevez entièrement le bras d'aspiration et de
distribution jusqu'à ce que l'aiguille d'aspiration se
dégage de l'ouverture des flacons et que le bras
d'aspiration et de distribution s'enclenche en position
supérieure.
3 Retirez le flacon de l'emplacement pour flacon de
fluide de partitionnement. Fermez le flacon à l'aide
d'un bouchon à vis. Éliminez le flacon conformément
à la réglementation locale.
4 Humidifiez un chiffon non pelucheux d'isopropanol à
70 %.
5 Essuyez l'aiguille d'aspiration à l'aide du chiffon
humide.
9 Maintenance
6 Patientez jusqu'à ce que l'isopropanol soit évaporé et
l'aiguille d'aspiration sèche.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Maintenance
339
7 Dévissez le bouchon du nouveau flacon de fluide de
partitionnement. Conservez le bouchon à vis pour une
utilisation ultérieure.
8 Placez le nouveau flacon de fluide de partitionnement
dans la porte de système de fluides, l'étiquette
tournée vers l'avant.
9 Baissez entièrement le bras d'aspiration et de
distribution.
10 Fermez la porte du système de fluides jusqu'à
entendre le déclic de fermeture.
9 Maintenance
11 Amorcez l'instrument de partitionnement à deux
reprises tel que décrit dans Amorçage de l'instrument
de partitionnement (66).
Roche Diagnostics
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340
À propos de la maintenance préventive
À propos de la maintenance préventive
Dans le panneau Maintenance préventive, vous
pouvez afficher les paramètres de maintenance
préventive.
Vous devez disposer du rôle utilisateur d'administrateur
pour afficher les paramètres de maintenance préventive.
i
Paramètres de maintenance préventive
La maintenance préventive est effectuée par votre
représentant service Roche.
Les paramètres de maintenance préventive suivants s'affichent dans le panneau Maintenance préventive :
•
Répéter tous les (en jours) :
Nombre de jours séparant les maintenances préventives programmées.
•
Avant message d'avertissement (en semaines) :
Nombre de semaines avant la prochaine maintenance
préventive prévue suite auquel un message d'avertissement s'affiche.
•
Prochaine maintenance requise à :
Date limite de la prochaine maintenance préventive.
Les paramètres de maintenance préventive sont
configurés lors de l'installation système.
Les paramètres de maintenance préventive s'ouvrent en
lecture seule. Pour modifier les paramètres de
maintenance préventive, contactez votre représentant
service Roche.
9 Maintenance
Comportement du système
Si la période d'avertissement configurée démarre avant la
date limite de la prochaine maintenance préventive, un
message d'avertissement s'affiche.
Avertissement
Code message
286.000.00013
Titre du message
Maintenance préventive
Catégorie
Logiciel
Niveau de gravité
Avertissement
Détails du message
La maintenance préventive doit être effectuée le : {0}. Les runs de diagnostic ne peuvent
pas démarrer si la maintenance préventive n'est pas effectuée.
Nombre d'occurrences
1
Dépannage
Contactez votre représentant service Roche.
Afficher demain
Afficher la semaine suivante
Dans la fenêtre contextuelle du message, vous devez décider du moment auquel le message d'avertissement s'affichera à nouveau :
•
Pour afficher de nouveau l'avertissement le jour suivant, sélectionnez le bouton Afficher demain.
•
Pour afficher de nouveau l'avertissement la semaine
suivante, sélectionnez le bouton Afficher la semaine
suivante.
Roche Diagnostics
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Maintenance
i
341
Lorsque le message d'avertissement s'affiche,
contactez votre représentant service Roche. La
maintenance préventive est effectuée par votre
représentant service Roche.
Une fois la maintenance préventive terminée, le
compteur est réinitialisé et la prochaine date limite est
recalculée et affichée dans le panneau Maintenance
préventive.
Si la maintenance préventive n'a pas été réalisée avant la
date limite, la maintenance préventive est en retard.
En cas de retard de la maintenance préventive, les règles
suivantes s'appliquent :
Avertissement
Code message
286.000.00014
Titre du message
Maintenance préventive
Catégorie
Logiciel
Niveau de gravité
Avertissement
Détails du message
Nombre d'occurrences
La maintenance préventive aurait déjà dû être effectuée. Impossible de
démarrer le run de diagnostic.
1
Dépannage
Contactez votre représentant service Roche.
Dans le panneau Maintenance préventive, le retard
de maintenance préventive s'affiche.
•
Vous ne pouvez pas exécuter de run de diagnostic
sur l'analyseur.
•
Pour le rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic, le
rôle utilisateur d'approbateur de diagnostic et le rôle
utilisateur d'administrateur, un message d'erreur est
affiché dans le logiciel de l'analyseur et dans l'application Web.
•
Vous pouvez toujours exécuter des runs de développement sur l'analyseur.
•
Pour le rôle utilisateur d'opérateur de développement,
un message d'avertissement est affiché dans le logiciel de l'analyseur.
9 Maintenance
Confirmer
•
Roche Diagnostics
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342
À propos de la maintenance préventive
9 Maintenance
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Dépannage
10 Alertes.............................................................................................................. 345
11 Dépannage de l'instrument de partitionnement.............................. 355
12 Dépannage de l'analyseur........................................................................ 365
13 Dépannage dans le logiciel de développement .............................. 391
14 Dépannage dans l'application Web...................................................... 395
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Table des matières
345
Alertes
Dans ce chapitre
10
347
Affichage des fenêtres contextuelles d'alerte .............
353
10 Alertes
Liste d'alertes...........................................................................
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346
Table des matières
10 Alertes
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Alertes
347
Liste d'alertes
Les alertes sont attribuées aux échantillons et contrôles
et vous informent de problèmes ou d'actions de
l'utilisateur survenus lors de la procédure de travail.
Les alertes sont répertoriées dans l'application Web, le
logiciel de l'analyseur et/ou le logiciel de développement,
en fonction de la procédure de travail.
Pour de plus amples informations sur les alertes, vous
pouvez afficher une fenêtre contextuelle d'alerte dans les
composants logiciels du système.
u Affichage des fenêtres contextuelles d'alerte (353)
À propos du niveau de gravité des alertes
Les alertes sont émises en fonction des niveaux de gravité suivants, ayant différentes répercussions sur l'échantillon ou le contrôle :
•
Critique :
Tous les résultats initiaux et finaux de cet échantillon
ou ce contrôle sont invalidés.
•
Informationnel :
L'alerte fournit uniquement des informations supplémentaires.
Les alertes sont triées en fonction de leur niveau de
gravité. Les alertes les plus graves se trouvent en haut de
la liste.
Tableau des alertes
I001
IP001
Niveau de gravité
Critique
Critique
Description
Analyseur : La température interne du
système est située hors de l'intervalle.
Actions
Effectuez les vérifications suivantes :
•
L'arrivée d'air située sous l'analyseur n'est
pas obstruée.
•
La sortie d'air située derrière l'analyseur
n'est pas obstruée.
•
La température ambiante du laboratoire
se trouve dans l'intervalle de fonctionnement spécifié.
Traitement d'image : La position de mise Redémarrez l'analyseur. Si l'alerte survient
au point peut être sous-optimale en rai- plusieurs fois, contactez votre représentant
service Roche.
son de l'absence d'image de mise au
point.
u Redémarrage de l'analyseur (308)
y Tableau des alertes
Roche Diagnostics
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10 Alertes
Code de
l'alerte
348
Liste d'alertes
Code de
l'alerte
IP002
Niveau de gravité
Critique
Description
Traitement d'image : Échec du contrôle
de DEL.
Actions
Redémarrez l'analyseur. Si l'alerte survient
plusieurs fois, contactez votre représentant
service Roche.
u Redémarrage de l'analyseur (308)
IP003
Informationnel
Aucune colonne de nanopuits n'a été dé- Redémarrez l'analyseur. Si l'alerte survient
tectée au sein de la zone de chevauche- plusieurs fois, contactez votre représentant
service Roche.
ment attendue lors de l'assemblage
u Redémarrage de l'analyseur (308)
IP004
Critique
Échec du contrôle d'intégrité des données
Redémarrez l'analyseur. Si l'alerte survient
plusieurs fois, contactez votre représentant
service Roche.
u Redémarrage de l'analyseur (308)
PE001
Critique
Moteur de partitionnement : Échec du
partitionnement des colonnes
Redémarrez l'instrument de partitionnement.
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
u Redémarrage de l'analyseur (308)
PE002
Informationnel
Moteur de partitionnement : Données de Redémarrez l'instrument de partitionnement.
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
partitionnement des colonnes manvotre représentant service Roche.
quantes
u Redémarrage de l'analyseur (308)
PE003
Critique
Moteur de partitionnement : Colonne vide
RA000
Critique
Exception non traitée dans l'interprétation Redémarrez l'analyseur. Si l'alerte survient
plusieurs fois, contactez votre représentant
des résultats.
service Roche.
10 Alertes
u Redémarrage de l'analyseur (308)
RA001
Informationnel
Limite supérieure de quantification non
respectée.
RA002
Informationnel
Limite inférieure de quantification non
respectée.
RA003
Critique
La concentration du contrôle positif est
trop élevée.
RA004
Critique
La concentration du contrôle positif est
trop faible.
RA005
Critique
La concentration du contrôle négatif est
trop élevée.
RA006
Critique
La concentration du contrôle interne est
trop élevée.
RA007
Critique
La concentration du contrôle interne est
trop faible.
RA008
Critique
Trop de nanopuits invalides
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RA009
Critique
Échec du contrôle d'intégrité.
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
y Tableau des alertes
Roche Diagnostics
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Alertes
Niveau de gravité
Description
Actions
RA011
Critique
Trop d'artéfacts de nanopuits
Assurez-vous qu'il n'y a aucune rayure, empreinte digitale, poussière ou autre défaut sur
les colonnes de la plaque à nanopuits pouvant compromettre l'intégrité de l'image.
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RA012
Critique
Échec de la vérification du fusionnement. Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RA013
Critique
La valeur de contrôle du nombre de copies est trop élevée.
RA014
Critique
La valeur de contrôle du nombre de copies est trop faible.
RA015
Critique
La concentration de la cible d'intérêt est
supérieure à la limite supérieure de validité.
RA016
Critique
La concentration de la cible d'intérêt est
inférieure à la limite supérieure de validité.
RA017
Critique
La concentration de la cible de référence
est supérieure à la limite supérieure de
validité.
RA018
Critique
La concentration de la cible de référence
est inférieure à la limite supérieure de
validité.
RA019
Critique
La concentration du contrôle de type
sauvage est trop élevée.
RA020
Critique
La concentration du contrôle de type
sauvage est trop faible.
RA021
Critique
Le pourcentage de contrôle de variant est
trop élevé.
RA022
Critique
Le pourcentage de contrôle de variant est
trop faible.
RA023
Critique
La concentration totale est supérieure à
la limite supérieure de validité.
RA024
Critique
La concentration totale est inférieure à la
limite inférieure de validité.
RA025
Critique
Le canal de contrôle interne n'a pas de
nanopuits négatifs.
RA026
Critique
Un groupement inattendu est présent.
RA027
Informationnel
La colonne n'a pas de nanopuits valides.
RA028
Critique
Le canal cible n'a pas de nanopuits néga- Le calcul du résultat est impossible si le
nombre de nanopuits négatifs est égal à zéro.
tifs.
La concentration cible utilisée sature la colonne à nanopuits. Diluez l'échantillon pour
réduire la concentration de la cible.
RA029
Critique
Le contrôle positif est invalide.
RA030
Critique
Le contrôle négatif est invalide.
Le calcul du résultat est impossible si le
nombre de nanopuits négatifs est égal à zéro.
La concentration cible utilisée sature la colonne à nanopuits. Diluez l'échantillon pour
réduire la concentration de la cible.
y Tableau des alertes
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10 Alertes
Code de
l'alerte
349
350
Liste d'alertes
Code de
l'alerte
Niveau de gravité
Description
RA031
Critique
Le contrôle du nombre de copies est invalide.
RA032
Critique
Le contrôle de type sauvage est invalide.
RA033
Critique
Le contrôle de variant est invalide.
RA034
Critique
La concentration de type sauvage n'a pas
de valeur.
RA035
Critique
La concentration de variant n'a pas de
valeur.
RA036
Critique
Le pourcentage de variant n'a pas de valeur.
RA037
Critique
Le nombre de copies n'a pas de valeur.
RA041
Critique
Alerte instrument critique
Actions
Redémarrez l'analyseur. Si l'alerte survient
plusieurs fois, contactez votre représentant
service Roche.
10 Alertes
u Redémarrage de l'analyseur (308)
RA042
Critique
Le résultat du contrôle initial est invalide.
RA043
Critique
Le contrôle positif est invalide.
RA045
Critique
Le résultat initial du contrôle interne est
invalide.
RA048
Critique
Le contrôle de variant est invalide.
RC005
Critique
Nanopuits valides insuffisants
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RD000
Critique
Échec de l'analyse indel
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RD001
Critique
Échec de vérification des données entrées.
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RD002
Critique
Échec de la vérification du fusionnement. Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RD004
Informationnel
Un groupement inattendu est présent.
RD005
Critique
La colonne n'a pas de nanopuits valides.
RD006
Critique
La colonne n'a pas de nanopuits négatifs. Le calcul du résultat est impossible si le
nombre de nanopuits négatifs est égal à zéro.
La concentration cible utilisée sature la colonne à nanopuits. Diluez l'échantillon pour
réduire la concentration de la cible.
RF001
Informationnel
Normalized fluorescence trimmed
RF002
Critique
La colonne n'a pas de nanopuits valides.
RL000
Critique
Échec du calcul de contrôle d'intégrité.
RM000
Critique
Échec du contrôle d'intégrité sur colonne. Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RN000
Critique
Échec de l'analyse CNV
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RN001
Critique
Échec de vérification des données entrées.
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RN002
Critique
Échec de la vérification du fusionnement. Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
y Tableau des alertes
Roche Diagnostics
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Alertes
Niveau de gravité
Description
Actions
RN004
Critique
La colonne n'a pas de nanopuits valides.
RN006
Critique
La concentration de la cible de référence
est nulle.
RN007
Critique
La concentration de cible d'intérêt n'a pas
de valeur.
RN008
Critique
La concentration de la cible de référence
n'a pas de valeur.
RQ000
Critique
Échec de la quantification absolue.
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RQ001
Critique
Échec de vérification des données entrées.
Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RQ002
Critique
Échec de la vérification du fusionnement. Si l'alerte survient plusieurs fois, contactez
votre représentant service Roche.
RQ003
Informationnel
Imprécision potentielle de la liaison en
raison d'itérations d'approximation faibles
RQ004
Critique
La colonne n'a pas de nanopuits valides.
RQ005
Critique
Le canal n'a pas de nanopuits négatifs.
RX001
Informationnel
Corrected fluorescence trimmed
S001
Informationnel
Système : Entrée manuelle du codebarres de plaque
S002
Critique
Système : Violation des fichiers d'analyse.
La durée maximale entre le partitionnement et le démarrage du run a été dépassée.
S003
Informationnel
Système : Run abandonné par l'opérateur.
S004
Critique
Système : Le run a été abandonné par
l'opérateur avant la capture des images.
S005
Informationnel
Système : Échec du run.
S006
Critique
Système : Le run a échoué avant la capture des images.
S007
Informationnel
Système : La maintenance préventive aurait déjà dû être effectuée.
S008
Critique
Système : Abandon inattendu du run
S009
Critique
Système : Échec de calcul de résultat
S010
Informationnel
System - direct imaging run/thermocycling bypassed
S011
Informationnel
Système - run de création d'image directe/image de plaque recréée
S012
Informationnel
Système - le contrôle de DEL ne peut pas
être effectué en raison de l'abandon du
run
S013
Critique
L'image de cette colonne n'a pas été
créée lors d'un run de création d'image
directe.
Le calcul du résultat est impossible si le
nombre de nanopuits négatifs est égal à zéro.
La concentration cible utilisée sature la colonne à nanopuits. Diluez l'échantillon pour
réduire la concentration de la cible.
y Tableau des alertes
Roche Diagnostics
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10 Alertes
Code de
l'alerte
351
352
Liste d'alertes
Code de
l'alerte
Niveau de gravité
Description
Actions
SS001
Critique
Configuration échantillon - colonne marquée comme étant invalide par l'opérateur
SS002
Critique
Configuration échantillon : Plaque marquée comme étant invalide par l'opérateur.
TC001
Critique
Température hors de l'intervalle
TC002
Critique
Effectuez les vérifications suivantes :
•
L'arrivée d'air située sous l'analyseur n'est
pas obstruée.
•
La sortie d'air située derrière l'analyseur
n'est pas obstruée.
•
La température ambiante du laboratoire
se trouve dans l'intervalle de fonctionnement spécifié.
Thermocycleur : Homogénéité de la tem- Redémarrez l'analyseur. Si l'alerte survient
plusieurs fois, contactez votre représentant
pérature hors de l'intervalle
service Roche.
u Redémarrage de l'analyseur (308)
y Tableau des alertes
Si la même alerte survient plusieurs fois sans
raison, contactez votre représentant service
Roche.
10 Alertes
i
Roche Diagnostics
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Alertes
353
Affichage des fenêtres contextuelles
d'alerte
Dans l'application Web, le logiciel de l'analyseur et le
logiciel de développement, vous pouvez afficher des
fenêtres contextuelles d'alerte à partir des alertes.
Dans l'application Web et le logiciel de développement,
des alertes sont affichées avec les résultats.
Dans le logiciel de l'analyseur, des alertes de
partitionnement sont affichées avec les configurations
échantillon des runs de diagnostic.
Une fenêtre contextuelle d'alerte contient toujours le
niveau de gravité de l'alerte et la description de l'alerte.
r Pour afficher les fenêtres contextuelles d'alerte dans l'application
Web
1 Dans l'application Web, colonne Résultats du
tableau de bord, accédez à l'écran Résultats : :
• Pour les runs incomplets, sélectionnez la vignette
de la série.
• Pour les runs terminés, sélectionnez la vignette
{count} séries terminées. Sélectionnez la série,
puis sélectionnez le bouton Afficher.
f L'écran Résultats : s'affiche.
2 Sélectionnez l'onglet Échantillons ou l'onglet
Contrôles.
3 Dans la colonne Alerte, sélectionnez un lien d'alerte.
r Pour afficher les fenêtres contextuelles d'alerte dans le logiciel de
l'analyseur pour les runs de diagnostic
1 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez Routine
> Run de diagnostic > Configuration échantillon.
f Le panneau Configuration échantillon s'affiche.
Roche Diagnostics
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10 Alertes
f La fenêtre contextuelle d'alerte s'affiche.
354
Affichage des fenêtres contextuelles d'alerte
2 Placez la souris au-dessus de l'indicateur d'alerte.
f La fenêtre contextuelle d'alerte s'affiche.
r Pour afficher les fenêtres contextuelles d'alerte dans le logiciel de développement
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez une analyse à partir du
menu Analyse.
f L'onglet d'analyse s'affiche dans la zone de travail.
2 Sélectionnez le bouton Résultats.
3 Placez la souris au-dessus d'une entrée dans la
colonne Alertes.
10 Alertes
f La fenêtre contextuelle d'alerte s'affiche.
Roche Diagnostics
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Table des matières
355
Dépannage de l'instrument de
partitionnement
11
Liste des messages sur l'instrument de partitionnement .......................................................................................
357
Affichage de la visualisation d'événements dans le
logiciel de l'instrument de partitionnement .................
361
Copie des journaux de l'instrument de partitionnement vers un dispositif de stockage externe...............
362
Initialisation de l'instrument de partitionnement........
363
Redémarrage d'un instrument de partitionnement
qui ne répond pas..................................................................
364
Roche Diagnostics
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11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
Dans ce chapitre
356
Table des matières
11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
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Roche Diagnostics
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Dépannage de l'instrument de partitionnement
357
Liste des messages sur l'instrument de
partitionnement
Les messages vous alertent en cas d'évènements
empêchant le fonctionnement normal de l'instrument de
partitionnement.
Dans le logiciel de l'instrument de partitionnement, les
messages sont affichés dans la zone d'information
générale.
Bottle compartment is empty
Actions
Chargez un flacon de fluide de partitionnement et une bouteille à déchets liquides.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
Bottle tag id/version is wrong
Remplacez le flacon de fluide de partitionnement et la bouteille à déchets liquides.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
Down-Holder Sub-Controller
Consultez la visualisation d'événements pour en savoir plus.
u Affichage de la visualisation d'événements dans le logiciel de
l'instrument de partitionnement (361)
Drive Controller
Consultez la visualisation d'événements pour en savoir plus.
u Affichage de la visualisation d'événements dans le logiciel de
l'instrument de partitionnement (361)
Error
Réessayez. Si le message persiste, contactez votre représentant service Roche.
Error while copying licences to USB
Réessayez. Si le message persiste, contactez votre représentant service Roche.
Information
Aucune action nécessaire.
No plate barcode was detected
•
Rechargez la plaque à nanopuits.
•
Si le message persiste, déchargez la plaque à nanopuits. Dans une
procédure de travail de diagnostic, invalidez la plaque à nanopuits.
Dans une procédure de travail de développement, prévoyez le pipetage d'une nouvelle plaque à nanopuits.
•
Si le message persiste pour plusieurs plaques à nanopuits, contactez votre représentant service Roche.
u Partitionnement des plaques à nanopuits (55)
u Invalidation des colonnes de plaque à nanopuits et/ou plaques à
nanopuits dans l'application Web (397)
No Version Information
Contactez votre représentant service Roche.
y Messages de l'instrument de partitionnement
Roche Diagnostics
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11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
Message
358
Liste des messages sur l'instrument de partitionnement
Message
Oil bottle is missing
Actions
Chargez un flacon de fluide de partitionnement.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
Oil bottle is not available
Chargez un flacon de fluide de partitionnement.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
Oil bottle signature is wrong
Remplacez le flacon de fluide de partitionnement.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
Oil expiry date is elapsed
Remplacez le flacon de fluide de partitionnement.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
Oil fill state is not available
•
Arrêtez l'instrument de partitionnement.
•
Patientez pendant 5 secondes.
•
Redémarrez l'instrument de partitionnement.
•
Le cas échéant, initialisez l'instrument de partitionnement.
u Arrêt de l'instrument de partitionnement (291)
u Démarrage de l'instrument de partitionnement (65)
u Initialisation de l'instrument de partitionnement (363)
Oil onboard stability expired
Remplacez le flacon de fluide de partitionnement.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
Oil Pump Controller
Consultez la visualisation d'événements pour en savoir plus.
u Affichage de la visualisation d'événements dans le logiciel de
l'instrument de partitionnement (361)
Partitioning Engine Controller
Consultez la visualisation d'événements pour en savoir plus.
u Affichage de la visualisation d'événements dans le logiciel de
l'instrument de partitionnement (361)
Plate expiry date is elapsed
•
Déchargez la plaque à nanopuits.
•
Dans une procédure de travail de diagnostic, invalidez la plaque à
nanopuits.
•
Dans une procédure de travail de développement, prévoyez le pipetage d'une nouvelle plaque à nanopuits.
u Invalidation des colonnes de plaque à nanopuits et/ou plaques à
nanopuits dans l'application Web (397)
y Messages de l'instrument de partitionnement
Roche Diagnostics
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Dépannage de l'instrument de partitionnement
Message
Plate reused or empty
359
Actions
•
Déchargez la plaque à nanopuits.
•
Vérifiez que la plaque à nanopuits n'est pas vide, c'est-à-dire
qu'elle a été pipetée.
•
Pipetez une plaque à nanopuits vide et réessayez.
•
Vous ne pouvez pas recharger de plaques à nanopuits déjà partitionnées.
u Partitionnement des plaques à nanopuits (55)
Plate-Drawer Sub-Controller
Consultez la visualisation d'événements pour en savoir plus.
Please exchange supply bottle
•
Déchargez le flacon de l'emplacement dédié au flacon de fluide de
partitionnement.
•
Si le flacon chargé était une bouteille à déchets liquides, décontaminez l'aiguille d'aspiration.
•
Chargez un flacon de fluide de partitionnement.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
u Décontamination de l'aiguille d'aspiration de l'instrument de partitionnement (337)
Please exchange waste bottle
Remplacez la bouteille à déchets liquides.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
Please remove plate from drawer
Déchargez la plaque à nanopuits.
Real-Time Controller not available
•
Arrêtez l'instrument de partitionnement.
•
Patientez pendant 5 secondes.
•
Redémarrez l'instrument de partitionnement.
•
Le cas échéant, initialisez l'instrument de partitionnement.
u Arrêt de l'instrument de partitionnement (291)
u Démarrage de l'instrument de partitionnement (65)
u Initialisation de l'instrument de partitionnement (363)
Real-Time-Controller
Consultez la visualisation d'événements pour en savoir plus.
u Affichage de la visualisation d'événements dans le logiciel de
l'instrument de partitionnement (361)
Shutdown can not be executed
Réessayez. Si le message persiste, contactez votre représentant service Roche.
y Messages de l'instrument de partitionnement
Roche Diagnostics
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11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
u Affichage de la visualisation d'événements dans le logiciel de
l'instrument de partitionnement (361)
360
Liste des messages sur l'instrument de partitionnement
Message
The plate barcode could not be read
Actions
•
Rechargez la plaque à nanopuits.
•
Si le message persiste, déchargez la plaque à nanopuits. Dans une
procédure de travail de diagnostic, invalidez la plaque à nanopuits.
Dans une procédure de travail de développement, prévoyez le pipetage d'une nouvelle plaque à nanopuits.
•
Si le message persiste pour plusieurs plaques à nanopuits, contactez votre représentant service Roche.
u Partitionnement des plaques à nanopuits (55)
u Invalidation des colonnes de plaque à nanopuits et/ou plaques à
nanopuits dans l'application Web (397)
Waiting for Real-Time-Controller
•
Arrêtez l'instrument de partitionnement.
•
Patientez pendant 5 secondes.
•
Redémarrez l'instrument de partitionnement.
•
Le cas échéant, initialisez l'instrument de partitionnement.
11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
u Arrêt de l'instrument de partitionnement (291)
u Démarrage de l'instrument de partitionnement (65)
u Initialisation de l'instrument de partitionnement (363)
Warning
Réessayez. Si le message persiste, contactez votre représentant service Roche.
Waste bottle is missing
Chargez une bouteille à déchets liquides.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
Waste bottle is not available
Chargez une bouteille à déchets liquides.
u Remplacement du flacon de fluide de partitionnement et/ou de la
bouteille à déchets liquides sur l'instrument de partitionnement
(316)
Waste fill state is not available
•
Arrêtez l'instrument de partitionnement.
•
Patientez pendant 5 secondes.
•
Redémarrez l'instrument de partitionnement.
•
Le cas échéant, initialisez l'instrument de partitionnement.
u Arrêt de l'instrument de partitionnement (291)
u Démarrage de l'instrument de partitionnement (65)
u Initialisation de l'instrument de partitionnement (363)
y Messages de l'instrument de partitionnement
Si l'un des messages persiste même après la réalisation
des actions recommandées, contactez votre représentant
service Roche.
Roche Diagnostics
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Dépannage de l'instrument de partitionnement
361
Affichage de la visualisation d'événements
dans le logiciel de l'instrument de
partitionnement
L'instrument de partitionnement consigne les
événements dans la visualisation d'événements et leur
attribue un niveau de gravité et un code.
r Pour afficher la visualisation d'événements dans le logiciel de l'instrument
de partitionnement
2 Pour fermer la visualisation d'événements,
sélectionnez le bouton Close.
Roche Diagnostics
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11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
1 Dans la zone d'information générale, sélectionnez le
bouton
> Event Viewer.
362
Copie des journaux de l'instrument de partitionnement vers un dispositif de stockage externe
Copie des journaux de l'instrument de
partitionnement vers un dispositif de
stockage externe
Les journaux issus de l'instrument de partitionnement
contiennent des données pertinentes requises par Roche
à des fins de dépannage.
Si vous rencontrez un problème avec l'instrument de
partitionnement et contactez votre représentant service
Roche, on vous demandera éventuellement de fournir les
journaux.
11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
Roche vérifie les journaux uniquement sur demande.
d
j
m Dispositif de stockage externe, par ex., périphérique
flash USB
m Mémoire suffisante sur le dispositif de stockage
externe
r Pour copier les journaux de l'instrument de partitionnement vers un dispositif de stockage externe
1 Retirez le capot situé à l'arrière de l'instrument de
partitionnement.
2 Reliez le dispositif de stockage externe à l'instrument
de partitionnement.
3 Dans la zone d'information générale, sélectionnez le
bouton
> Copy Logs to USB.
4 Patientez jusqu'à la fin de la copie des journaux.
5 Déconnectez le dispositif de stockage externe.
6 Fixez le capot situé à l'arrière de l'instrument de
partitionnement.
Roche Diagnostics
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Dépannage de l'instrument de partitionnement
363
Initialisation de l'instrument de
partitionnement
En cas d'erreur sur l'instrument de partitionnement, vous
devez initialiser ce dernier.
Vous pouvez continuer à utiliser l'instrument de
partitionnement uniquement après l'initialisation.
Lors du démarrage de l'instrument de partitionnement,
l'initialisation est réalisée automatiquement.
m Erreur sur l'instrument de partitionnement
r Pour initialiser l'instrument de partitionnement
1 Dans la zone d'information générale, sélectionnez le
bouton .
2 Dans le menu déroulant, sélectionnez la commande
Initialize Instrument.
3 Attendez que l'initialisation soit terminée et
l'instrument de partitionnement à l'état Ready.
Roche Diagnostics
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11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
j
364
Redémarrage d'un instrument de partitionnement qui ne répond pas
Redémarrage d'un instrument de
partitionnement qui ne répond pas
Si l'instrument de partitionnement et/ou le logiciel de
l'instrument de partitionnement ne répondent pas, vous
devez redémarrer l'instrument de partitionnement.
11 Dépannage de l'instrument de partitionnement
Confirmez toujours que l'instrument de partitionnement
et/ou le logiciel de l'instrument de partitionnement ne répondent pas avant de redémarrer l'instrument de partitionnement :
•
Assurez-vous que l'instrument de partitionnement
n'est pas actif, ce qui expliquerait l'absence de réponse.
•
Essayez d'initialiser l'instrument de partitionnement en
suivant la procédure normale d'initialisation.
•
Essayez d'arrêter l'instrument de partitionnement en
suivant la procédure normale d'arrêt.
u Initialisation de l'instrument de partitionnement (363)
u Arrêt de l'instrument de partitionnement (291)
i
j
Ne suivez la procédure ci-dessous que si
l'instrument de partitionnement et/ou le logiciel
de l'instrument de partitionnement ne répondent
pas.
m L'instrument de partitionnement et/ou le logiciel de
l'instrument de partitionnement ne répondent pas
r Pour redémarrer un instrument de
partitionnement qui ne répond pas
1 Si un dispositif de stockage externe est connecté à
l'instrument de partitionnement, déconnectez-le.
2 Désactivez l'interrupteur d'alimentation situé à
l'arrière de l'instrument de partitionnement.
3 Patientez quelques secondes.
4 Démarrez l'instrument de partitionnement tel que
décrit dans Démarrage de l'instrument de
partitionnement (65) et suivez les instructions à
l'écran.
5 Si l'instrument de partitionnement ne démarre pas ou
si l'erreur persiste, contactez votre représentant
service Roche.
Roche Diagnostics
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Table des matières
365
Dépannage de l'analyseur
12
Messages dans le logiciel de l'analyseur......................
367
À propos des messages dans le logiciel de
l'analyseur ......................................................................
367
Affichage et confirmation des messages
dans le logiciel de l'analyseur ................................
369
Rapport sur les problèmes dans l'analyseur................
371
À propos des rapports sur les problèmes .........
371
Exportation d'un rapport sur les problèmes
basique ...........................................................................
373
Création d'un rapport sur les problèmes
personnalisé..................................................................
374
Création d'un rapport de journaux .......................
376
Initialisation d'un analyseur en pause............................
379
Redémarrage d'un analyseur qui ne répond pas.......
380
Erreurs de chargement des plaques à nanopuits
sur l'analyseur..........................................................................
381
Tableau des erreurs de chargement des
plaques à nanopuits ..................................................
381
Résolution d'une erreur de lecture d'ID de
plaque à nanopuits.....................................................
383
Résolution d'une alarme sur l'analyseur........................
389
Résolution d'une alarme sur le logiciel de l'analyseur..............................................................................................
390
Roche Diagnostics
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12 Dépannage de l'analyseur
Dans ce chapitre
366
Table des matières
12 Dépannage de l'analyseur
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Roche Diagnostics
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Dépannage de l'analyseur
367
Messages dans le logiciel de l'analyseur
Les messages vous informent et vous alertent.
En fonction du niveau de gravité du message et de la
configuration de votre système, une fenêtre contextuelle
supplémentaire et un signal sonore peuvent être affichés
pour vous alerter des messages.
Dans cette partie
À propos des messages dans le logiciel de
l'analyseur (367)
Affichage et confirmation des messages dans le logiciel
de l'analyseur (369)
À propos des messages dans le logiciel de l'analyseur
Les messages vous informent de l'état de l'analyseur et
vous alertent en cas d'événements critiques.
Les messages sont répertoriés dans le panneau de
messages du logiciel de l'analyseur.
Pour régler l'événement, procédez aux actions décrites.
Si l'erreur persiste ou en cas de doute, contactez votre
représentant service Roche.
À propos des codes des messages
Chaque message est identifié par un code du message
unique.
Le code du message est affiché dans la colonne Code
message du tableau des messages et dans le panneau
de détails d'un message.
À propos du degré de gravité du message
Les messages sont catégorisés par le niveau de gravité
de l'événement ayant déclenché le message :
•
Messages d'erreur :
Roche Diagnostics
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12 Dépannage de l'analyseur
Si un message nécessite une action de l'utilisateur, cette
action est décrite dans le panneau de détails du
message.
368
Messages dans le logiciel de l'analyseur
– Déclenchés par des erreurs. L'analyseur ne peut
plus être utilisé. Une action immédiate est requise
pour résoudre l'erreur.
– Les messages d'erreur requièrent toujours une
confirmation.
•
Messages d'avertissement :
– Déclenchés par des avertissements. L'analyseur
peut être utilisé pour le moment. Aucune action
immédiate n'est requise mais il peut être nécessaire de résoudre l'avertissement rapidement.
– Certains messages d'avertissement requièrent
une confirmation.
•
Messages d'information :
– Déclenchés par une opération normale. L'analyseur peut être utilisé normalement. Aucune action
n'est requise.
– Les messages d'information ne requièrent jamais
de confirmation.
Le degré de gravité du message est indiqué aux endroits
suivants :
•
Dans la fenêtre contextuelle du message (le cas
échéant)
•
Dans la colonne Niveau de gravité du tableau des
messages
•
Dans le panneau de détails d'un message
12 Dépannage de l'analyseur
À propos des fenêtres contextuelles des
messages
Pour certains messages, une fenêtre contextuelle
supplémentaire s'affiche.
Si une fenêtre contextuelle s'affiche, le message
correspondant doit toujours être confirmé.
La valeur Nombre d'occurrences indique la fréquence
de l'événement ayant déclenché l'apparition de la fenêtre
contextuelle.
Si la fenêtre inclut une action (par ex., confirmer les
messages), l'action s'applique à tous les messages
représentés par la fenêtre.
Pour réaliser une capture d'écran de la fenêtre
contextuelle, sélectionnez le bouton .
u Gestion des captures d'écran dans le logiciel de
l'analyseur (303)
Roche Diagnostics
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Dépannage de l'analyseur
À propos de l'archivage des messages
369
L'archivage comprend les messages confirmés datant
d'un nombre de jours supérieur à celui configuré pour
l'archivage. Le fichier d'archivage compressé contient un
fichier CSV des messages archivés (Messages.csv).
Une fois l'archivage terminé, les messages archivés sont
supprimés de l'analyseur.
Affichage et confirmation des messages dans le logiciel
de l'analyseur
Vous devez confirmer certains messages.
Vous pouvez confirmer chaque message séparément ou
confirmer tous les messages affichés simultanément.
c
Lorsque des messages requièrent une confirmation
r Pour afficher et confirmer des messages dans le logiciel de l'analyseur
1 Dans la zone d'information générale du logiciel de
l'analyseur, sélectionnez l'indicateur de message.
2 Vous pouvez éventuellement effectuer les actions
suivantes :
• Configurer les colonnes du tableau des messages.
• Trier et/ou filtrer le tableau des messages.
• Exporter les entrées du tableau dans un fichier
Excel.
3 Pour afficher les détails d'un message, sélectionnez le
message.
f Les détails du message sont affichés sur le côté
droit du panneau de détails.
4 Pour confirmer un message, sélectionnez le message.
Dans le panneau de détails, sélectionnez le bouton
Confirmer.
f La confirmation est consignée avec les
informations de l'utilisateur et l'horodatage.
5 Pour confirmer tous les messages non confirmés
actuellement affichés dans le tableau, sélectionnez le
bouton Confirmer les messages affichés.
I Les messages non confirmés qui ne sont pas
actuellement affichés (par ex., car le tableau n'est
pas filtré) ne sont pas confirmés.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
12 Dépannage de l'analyseur
f Le panneau des messages s'affiche.
370
Messages dans le logiciel de l'analyseur
f La confirmation est consignée avec les
informations de l'utilisateur et l'horodatage.
12 Dépannage de l'analyseur
6 Pour masquer le panneau des messages, sélectionnez
à nouveau l'indicateur de message.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Dépannage de l'analyseur
371
Rapport sur les problèmes dans l'analyseur
Dans le panneau Rapport sur les problèmes, vous
pouvez exporter des rapports sur les problèmes
basiques, créer des rapports sur les problèmes
personnalisés et/ou créer des rapports de journaux.
Vous pouvez accéder au panneau Rapport sur les
problèmes avec tout rôle utilisateur.
Dans cette partie
À propos des rapports sur les problèmes (371)
Exportation d'un rapport sur les problèmes basique (373)
Création d'un rapport sur les problèmes
personnalisé (374)
Création d'un rapport de journaux (376)
À propos des rapports sur les problèmes
Si vous rencontrez un problème avec l'analyseur et
contactez votre représentant service Roche, on vous
demandera éventuellement de fournir un rapport sur les
problèmes.
Roche vérifie les rapports sur les problèmes uniquement
sur demande.
Il existe différents types de rapports sur les problèmes :
•
Rapport sur les problèmes basique
•
Rapports sur les problèmes personnalisés :
– Rapport sur les problèmes avancé
– Rapport sur les problèmes étendu
– Rapport sur les problèmes complet
•
Rapports de journaux :
– Aujourd'hui
– 7 derniers jours (aujourd'hui inclus)
– 30 derniers jours (aujourd'hui inclus)
– Tous
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
12 Dépannage de l'analyseur
Les rapports sur les problèmes contiennent des données
pertinentes requises par Roche à des fins de dépannage.
372
Rapport sur les problèmes dans l'analyseur
Les rapports sur les problèmes basiques et personnalisés
relèvent toujours d'un run spécifique et contiennent des
informations sur le système et le run à compter de la fin
du run.
Les rapports de journaux sont des rapports sur les
problèmes couvrant une période de temps spécifiée et
contenant des informations sur le système et le run pour
cette période.
À propos des rapports sur les problèmes
basiques
L'analyseur crée automatiquement un rapport sur les
problèmes basique à chaque fois qu'un run se termine :
•
Run terminé sans erreurs (y compris l'abandon de run
manuel par l'utilisateur)
•
Run abandonné après erreur ou alarme
Les rapports sur les problèmes basiques sont stockés sur
l'analyseur. Vous pouvez exporter des rapports sur les
problèmes basiques vers un partage réseau ou un
dispositif de stockage externe.
À propos des rapports sur les problèmes
personnalisés
Vous pouvez créer des rapports sur les problèmes
personnalisés manuellement à partir d'un rapport sur les
problèmes basique, pour le même run. Les rapports sur
les problèmes personnalisés (avancés, étendus,
complets) diffèrent en termes d'étendue des données
incluses.
12 Dépannage de l'analyseur
i
Un rapport sur les problèmes complet contient les
images du run correspondant. Dans la mesure où
l'analyseur ne stocke que les images des
5 derniers runs, vous ne pouvez pas créer de
rapports sur les problèmes personnalisés pour
des runs plus anciens.
Vous pouvez uniquement enregistrer les rapports sur les
problèmes personnalisés dans un partage réseau ou un
dispositif de stockage externe. Vous ne pouvez pas
enregistrer de rapport sur les problèmes personnalisé sur
l'analyseur.
i
À propos des rapports de journaux
Selon le type de rapport sur les problèmes
personnalisé, la création d'un rapport sur les
problèmes peut prendre un certain temps et le
fichier résultant peut être volumineux.
Vous pouvez créer des rapports de journaux
manuellement pour une période de temps spécifiée.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Dépannage de l'analyseur
373
Vous pouvez uniquement enregistrer les rapports de
journaux dans un partage réseau ou un dispositif de
stockage externe. Vous ne pouvez pas enregistrer de
rapports de journaux sur l'analyseur.
À propos des fichiers des rapports sur les
problèmes
Tout rapport sur les problèmes est enregistré en tant que
fichier 7z compressé unique.
Les fichiers sont protégés par un mot de passe. Les
rapports sur les problèmes peuvent uniquement être
consultés par Roche.
Par défaut, les fichiers des rapports sur les problèmes
basiques et personnalisés sont nommés :
PR_SN_RunName_TypeOfReport.7z.
Vous ne pouvez pas modifier le nom du rapport sur les
problèmes basique.
Par défaut, tout rapport sur les problèmes avancé, étendu
ou complet porte le même nom (à l'exception du type de
rapport sur les problèmes) que le rapport sur les
problèmes basique à partir duquel il est créé. Vous
pouvez modifier le nom lors de la création du rapport sur
les problèmes personnalisé.
Vous pouvez modifier le nom lors de la création du
rapport de journaux.
Le nom des rapports sur les problèmes personnalisés et
des journaux ne peut pas comporter les caractères
suivants :
?*<>/\:"|'
Exportation d'un rapport sur les problèmes basique
Dans le panneau Rapport sur les problèmes, vous
pouvez exporter des rapports sur les problèmes basiques
qui ont été créés automatiquement par l'analyseur.
d
j
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Mémoire suffisante dans le partage réseau ou sur le
dispositif de stockage externe
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
12 Dépannage de l'analyseur
Les fichiers des rapports de journaux sont nommés :
PR_SN_Logs_AAAAMMJJ_AAAAMMJJ.7z
avec la date de début et de fin de la période de temps
incluse.
374
Rapport sur les problèmes dans l'analyseur
r Pour exporter un rapport sur les problèmes basique
1 Pour faire un export vers un dispositif de stockage
externe, il est possible de connecter le dispositif de
stockage externe à l'analyseur.
2 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez
Administration > Rapport sur les problèmes.
f Le panneau Rapport sur les problèmes
s'affiche.
3 Vous pouvez éventuellement trier, filtrer ou faire une
recherche dans le tableau.
4 Dans le tableau, sélectionnez un rapport sur les
problèmes.
5 Sélectionnez le bouton Exporter.
f La boîte de dialogue Sélectionner dossier
s'affiche.
6 Dans l'explorateur de dossiers, accédez au dossier
souhaité.
7 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Un indicateur de progrès est affiché.
8 Attendez que l'exportation du rapport sur les
problèmes soit terminée.
12 Dépannage de l'analyseur
I Si vous annulez l'exportation, tous les fichiers déjà
exportés vers le dossier seront à nouveau
supprimés.
f Le rapport sur les problèmes basique est exporté
en tant que fichier 7z vers le dossier.
9 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
Création d'un rapport sur les problèmes personnalisé
Dans le panneau Rapport sur les problèmes, pour
créer des rapports sur les problèmes comportant des
données supplémentaires, vous pouvez créer des
rapports sur les problèmes personnalisés à partir de
rapports sur les problèmes basiques.
i
Selon les informations et les fichiers stockés sur
l'analyseur, tous les types de rapports sur les
problèmes personnalisés ne seront peut-être pas
disponibles.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Dépannage de l'analyseur
n
d
j
375
Selon le type de rapport sur les problèmes personnalisé
(avancé, étendu, complet) et la quantité de données, la
création d'un rapport sur les problèmes personnalisé
peut prendre un certain temps.
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Mémoire suffisante dans le partage réseau ou sur le
dispositif de stockage externe
r Pour créer un rapport sur les problèmes personnalisé
1 Pour l'enregistrer sur un dispositif de stockage
externe, connectez le dispositif de stockage externe à
l'analyseur.
2 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez
Administration > Rapport sur les problèmes.
f Le panneau Rapport sur les problèmes
s'affiche.
3 Vous pouvez éventuellement trier, filtrer ou faire une
recherche dans le tableau.
4 Dans le tableau, sélectionnez un rapport sur les
problèmes.
5 Sélectionnez le bouton Créer un rapport
personnalisé.
12 Dépannage de l'analyseur
f La zone de liste déroulante Créer un rapport
personnalisé s'affiche.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
376
Rapport sur les problèmes dans l'analyseur
6 Vous pouvez éventuellement modifier le nom du
rapport sur les problèmes.
I Le nom ne peut pas contenir les caractères
suivants :
?*<>/\:"|'
7 Sélectionnez le type de rapport sur les problèmes
personnalisé :
• Avancé
• Prolongé
• Terminé
f La taille estimée du fichier du rapport sur les
problèmes est affichée dans la zone de liste
déroulante.
8 Pour modifier le chemin d'exportation, sélectionnez le
bouton .
f La boîte de dialogue Sélectionner dossier
s'affiche.
9 Dans l'explorateur de dossiers, accédez au dossier
souhaité.
10 Sélectionnez le bouton Confirmer.
11 Dans la zone de liste déroulante Créer un rapport
personnalisé, sélectionnez le bouton Exporter.
f Un indicateur de progrès est affiché.
12 Attendez que la création du rapport sur les problèmes
soit terminée.
12 Dépannage de l'analyseur
I Si vous annulez la création, tous les fichiers déjà
enregistrés dans le dossier seront à nouveau
supprimés.
f Le rapport sur les problèmes personnalisé est
sauvegardé en tant que fichier 7z dans le dossier.
13 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
Création d'un rapport de journaux
Dans le panneau Rapport sur les problèmes, pour
créer des rapports sur les problèmes comportant des
données issues d'une période de temps donnée (et non
issues d'un run spécifique), vous pouvez créer des
rapports de journaux.
d
j
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Mémoire suffisante dans le partage réseau ou sur le
dispositif de stockage externe
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Dépannage de l'analyseur
377
r Pour créer un rapport de journaux
1 Pour l'enregistrer sur un dispositif de stockage
externe, connectez le dispositif de stockage externe à
l'analyseur.
2 Dans le logiciel de l'analyseur, sélectionnez
Administration > Rapport sur les problèmes.
f Le panneau Rapport sur les problèmes
s'affiche.
3 Sélectionnez le bouton Créer un rapport de
journaux.
f La zone de liste déroulante Créer un rapport de
journaux s'affiche.
4 Vous pouvez éventuellement modifier le nom du
rapport de journaux.
5 Sélectionnez la période de temps d'inclusion des
journaux :
• Aujourd'hui
• 7 derniers jours (décompte incluant le jour
même)
• 30 derniers jours (décompte incluant le jour
même)
• Tous
f La taille estimée du fichier du rapport de journaux
est affichée dans la zone de liste déroulante.
6 Pour modifier le chemin d'exportation, sélectionnez le
bouton .
f La boîte de dialogue Sélectionner dossier
s'affiche.
7 Dans l'explorateur de dossiers, accédez au dossier
souhaité.
8 Sélectionnez le bouton Confirmer.
9 Dans la zone de liste déroulante Créer un rapport
de journaux, sélectionnez le bouton Exporter.
f Un indicateur de progrès est affiché.
10 Attendez que la création du rapport sur les problèmes
soit terminée.
I Si vous annulez la création, tous les fichiers déjà
enregistrés dans le dossier seront à nouveau
supprimés.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
12 Dépannage de l'analyseur
I Le nom ne peut pas contenir les caractères
suivants :
?*<>/\:"|'
378
Rapport sur les problèmes dans l'analyseur
f Le rapport sur les problèmes personnalisé est
sauvegardé en tant que fichier 7z dans le dossier.
12 Dépannage de l'analyseur
11 Si vous le souhaitez, déconnectez le dispositif de
stockage externe.
Roche Diagnostics
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Dépannage de l'analyseur
379
Initialisation d'un analyseur en pause
Si l'analyseur est en pause, vous devez initialiser
l'analyseur avant de pouvoir continuer à l'utiliser.
i
j
En cas d'affichage d'une fenêtre contextuelle
d'alarme ou d'une fenêtre contextuelle d'erreur,
réalisez une capture d'écran de la fenêtre
contextuelle.
m Bouton Initialiser affiché dans la zone d'information
générale
m Analyseur à l'état Analyseur en pause
r Pour initialiser un analyseur en pause
1 Dans la zone d'information générale, sélectionnez le
bouton Initialiser.
f L'analyseur est initialisé
12 Dépannage de l'analyseur
2 Si l'erreur persiste, contactez votre représentant
service Roche.
Roche Diagnostics
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380
Redémarrage d'un analyseur qui ne répond pas
Redémarrage d'un analyseur qui ne répond
pas
Si l'analyseur et/ou le logiciel de l'analyseur ne répondent
pas, vous devez redémarrer l'analyseur.
Confirmez toujours que l'analyseur et/ou le logiciel de
l'analyseur ne répondent pas avant de redémarrer l'analyseur :
•
Assurez-vous que l'analyseur n'est pas actif, ce qui
expliquerait l'absence de réponse.
•
Si un message s'affiche, suivez les instructions du
message.
•
Essayez d'arrêter l'analyseur en suivant la procédure
normale d'arrêt.
u Messages dans le logiciel de l'analyseur (367)
u Arrêt de l'analyseur (295)
i
j
Ne suivez la procédure ci-dessous que si
l'analyseur et/ou le logiciel de l'analyseur ne
répondent pas.
m L'analyseur et/ou le logiciel de l'analyseur ne
répondent pas.
12 Dépannage de l'analyseur
r Pour redémarrer un analyseur qui ne
répond pas
1 Si un dispositif de stockage externe est connecté à
l'analyseur, déconnectez-le.
2 Appuyez sur le bouton d'alimentation situé sur le côté
droit de l'analyseur.
3 Patientez quelques secondes.
4 Démarrez l'analyseur tel que décrit dans Démarrage
de l'analyseur (69) et suivez les instructions à l'écran.
5 Si l'analyseur ne démarre pas ou si l'erreur persiste,
contactez votre représentant service Roche.
Roche Diagnostics
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Dépannage de l'analyseur
381
Erreurs de chargement des plaques à
nanopuits sur l'analyseur
Dans le panneau Plaques du logiciel de l'analyseur, les
états des plaques à nanopuits chargées indiquent s'il y a
une erreur de chargement des plaques à nanopuits.
Avant de pouvoir démarrer le run sur l'analyseur, vous
devez résoudre toutes les erreurs de chargement des
plaques à nanopuits afin que toutes les plaques à
nanopuits chargées soient à l'état Valide.
Pour les runs de développement uniquement, vous
pouvez toujours résoudre les erreurs de chargement des
plaques à nanopuits en déchargeant les plaques à
nanopuits affectées de l'analyseur.
Dans cette partie
Tableau des erreurs de chargement des plaques à
nanopuits (381)
Résolution d'une erreur de lecture d'ID de plaque à
nanopuits (383)
Le tableau suivant répertorie les états possibles des
plaques à nanopuits chargées dans le panneau Plaques
du logiciel de l'analyseur, les causes et les actions
possibles.
État dans le panneau Plaques
Échec de lecture du codebarres
Cause
L'ID de plaque à nanopuits n'a pas pu être
lu.
Actions
Réalisez une procédure de résolution de l'erreur
de lecture de l'ID de plaque à nanopuits.
u Résolution d'une erreur de lecture d'ID de
plaque à nanopuits (383)
y États des plaques à nanopuits chargées
Roche Diagnostics
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12 Dépannage de l'analyseur
Tableau des erreurs de chargement des plaques à
nanopuits
382
Erreurs de chargement des plaques à nanopuits sur l'analyseur
État dans le panneau Plaques
Code-barres invalide
Cause
L'ID de plaque à nanopuits ne répond pas
aux critères de code-barres définis sur le
système.
Actions
Déchargez la plaque à nanopuits.
Pour un run de développement, démarrez le run
sans la plaque à nanopuits affectée ou remplacez-la par une plaque à nanopuits fraîchement
pipetée et partitionnée.
Pour un run de diagnostic, invalidez la plaque à
nanopuits dans l'application Web. Ensuite, démarrez le run sans la plaque à nanopuits invalidée.
u Invalidation des colonnes de plaque à nanopuits et/ou plaques à nanopuits dans
l'application Web (397)
Code-barres dupliqué
Lors de la résolution d'une erreur de lecture Corrigez l'ID de plaque à nanopuits saisi mad'ID de plaque à nanopuits, vous avez saisi nuellement.
l'ID de plaque à nanopuits d'une autre
plaque à nanopuits (les deux plaques à na- u Résolution d'une erreur de lecture d'ID de
plaque à nanopuits (383)
nopuits affectées sont indiquées).
Expiré
La plaque à nanopuits est périmée.
Déchargez la plaque à nanopuits.
Pour un run de développement, démarrez le run
sans la plaque à nanopuits affectée ou remplacez-la par une plaque à nanopuits fraîchement
pipetée et partitionnée.
12 Dépannage de l'analyseur
Pour un run de diagnostic, invalidez la plaque à
nanopuits dans l'application Web. Ensuite, démarrez le run sans la plaque à nanopuits invalidée.
Les résultats existent déjà
La plaque à nanopuits a déjà été traitée lors Déchargez la plaque à nanopuits.
d'un précédent run.
Non partitionné
La plaque à nanopuits n'est pas encore par- Déchargez la plaque à nanopuits. Partitionneztitionnée.
la sur un instrument de partitionnement qui est
attribué à cet analyseur. Rechargez la plaque à
nanopuits.
La plaque à nanopuits a été partitionnée sur Déchargez la plaque à nanopuits. Chargez-la
un instrument de partitionnement qui n'est sur l'analyseur auquel l'instrument de partitionpas attribué à cet analyseur.
nement est attribué.
L'analyseur attribué n'a pas reçu les donDéchargez la plaque à nanopuits.
nées de partitionnement, par ex., en cas
Pour un run de développement, démarrez le run
d'échec de connexion. Les données de parsans la plaque à nanopuits affectée ou remplatitionnement sont perdues.
cez-la par une plaque à nanopuits fraîchement
pipetée et partitionnée.
Pour un run de diagnostic, invalidez la plaque à
nanopuits dans l'application Web. Ensuite, démarrez le run sans la plaque à nanopuits invalidée.
y États des plaques à nanopuits chargées
Roche Diagnostics
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Dépannage de l'analyseur
383
Résolution d'une erreur de lecture d'ID de plaque à
nanopuits
Si l'analyseur ne peut pas lire un ID de plaque à
nanopuits, vous devez scanner ou saisir l'ID de plaque à
nanopuits manuellement.
Dans ce cas uniquement, le bouton Entrée manuelle du
panneau Plaques est disponible.
ATTENTION !
Saisie manuelle incorrecte de l'ID de plaque à nanopuits
La saisie manuelle incorrecte d'un ID de plaque à
nanopuits peut entraîner des résultats incorrects en
raison d'une mauvaise attribution entre la demande et le
résultat.
r Si vous scannez ou saisissez un ID de plaque à nanopuits manuellement, assurez-vous de scanner ou saisir l'ID de plaque à nanopuits correctement.
La procédure de résolution d'une erreur de lecture d'ID
de plaque à nanopuits dépend de la disponibilité d'un ID
de plaque à nanopuits dans un rapport de configuration
échantillon ou d'une autre programmation du run :
•
Si l'ID de plaque à nanopuits est disponible indépendamment de la plaque à nanopuits elle-même, vous
pouvez laisser le tiroir de pile de plaques à nanopuits
fermé.
•
Si vous devez consulter la plaque à nanopuits pour
lire l'ID de plaque à nanopuits, vous devez ouvrir le tiroir de pile de plaques à nanopuits et décharger les
plaques à nanopuits.
Roche Diagnostics
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12 Dépannage de l'analyseur
r Si vous devez ouvrir le tiroir à pile de plaques à nanopuits et retirer les plaques à nanopuits, assurez-vous
de conserver l'ordre des plaques à nanopuits dans la
pile pour faciliter l'identification de la plaque à nanopuits affectée.
384
Erreurs de chargement des plaques à nanopuits sur l'analyseur
À propos des erreurs de lecture d'ID de
plaque à nanopuits multiples
i
Vous ne pouvez résoudre qu'une seule erreur de
lecture d'ID de plaque à nanopuits. S'il existe plus
d'une erreur de lecture d'ID de plaque à
nanopuits, le bouton Entrée manuelle du
panneau Plaques n'est pas disponible.
En cas de multiples erreurs de lecture d'ID de
plaque à nanopuits, vous devez décharger et
éliminer toutes les plaques à nanopuits affectées
sauf 1.
À propos des erreurs de lecture d'ID de
plaque à nanopuits non résolues
Si vous ne pouvez pas résoudre une erreur de lecture
d'ID de plaque à nanopuits, vous devez effectuer les actions suivantes :
•
Pour les runs de développement, déchargez les
plaques à nanopuits affectées de l'analyseur. Démarrez ensuite le run de développement sans les plaques
à nanopuits affectées ou remplacez-les par des
plaques à nanopuits fraîchement pipetées et partitionnées.
•
Pour les runs de diagnostic, déchargez les plaques à
nanopuits affectées de l'analyseur. Dans l'application
Web, invalidez les plaques à nanopuits dans la configuration échantillon. Enfin, démarrez le run de diagnostic sans les plaques à nanopuits invalidées.
u Invalidation des colonnes de plaque à nanopuits et/
ou plaques à nanopuits dans l'application Web (397)
12 Dépannage de l'analyseur
j
m État de la plaque à nanopuits : Échec de lecture du
code-barres
r Pour résoudre une erreur de lecture
d'ID de plaque à nanopuits avec ID
de plaque à nanopuits disponible
(sans ouvrir le tiroir de pile de
plaques à nanopuits)
1 Assurez-vous qu'il y a des erreurs de lecture d'ID de
plaque à nanopuits :
• Pour ouvrir le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
sélectionnez le bouton Ouvrir le tiroir.
• Contrôlez le positionnement des plaques à
nanopuits dans le tiroir de pile de plaques à
nanopuits.
• Pour fermer le tiroir de pile de plaques à
nanopuits, sélectionnez le bouton Fermer le
tiroir.
f L'analyseur lit les ID de plaques à nanopuits une
nouvelle fois.
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
Dépannage de l'analyseur
385
f Le panneau Plaques est actualisé.
f Si les erreurs de lecture d'ID de plaque à
nanopuits persistent, passez aux étapes suivantes.
2 Éventuellement, s'il y a plus d'une erreur de lecture
d'ID de plaque à nanopuits, effectuez les actions
suivantes :
• Pour ouvrir le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
sélectionnez le bouton Ouvrir le tiroir.
• Déchargez toutes les plaques à nanopuits
affectées sauf une.
• Éliminez les plaques à nanopuits déchargées
conformément à la réglementation locale. Pour un
run de diagnostic, invalidez les plaques à
nanopuits déchargées dans la configuration
échantillon de l'application Web.
• Pour fermer le tiroir de pile de plaques à
nanopuits, sélectionnez le bouton Fermer le
tiroir.
f L'analyseur lit les ID de plaques à nanopuits une
nouvelle fois.
f Le panneau Plaques est actualisé.
f Si une unique erreur de lecture d'ID de plaque à
nanopuits persiste, le bouton Entrée manuelle
est disponible. Continuez par les étapes suivantes.
3 Comparez les informations du panneau Plaques avec
votre rapport de configuration échantillon ou autre
programmation. Identifiez la plaque à nanopuits
affectée et déterminez son ID de plaque à nanopuits.
5 Dans le tableau des plaques à nanopuits,
sélectionnez le champ dédié à l'ID de plaque à
nanopuits de la plaque à nanopuits affectée.
f Le clavier numérique s'affiche.
Roche Diagnostics
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12 Dépannage de l'analyseur
4 Dans le panneau Plaques, sélectionnez le bouton
Entrée manuelle.
386
Erreurs de chargement des plaques à nanopuits sur l'analyseur
6 ATTENTION ! Risque de résultats incorrects, invalides
ou retardés.
Assurez-vous de saisir le bon ID de plaque à
nanopuits.
Sur le clavier numérique, saisissez l'ID de plaque à
nanopuits.
7 Sélectionnez le bouton Entrée.
8 Dans le panneau Plaques, sélectionnez le bouton
Accepter les modifications.
f L'état de la plaque à nanopuits est mis à jour.
12 Dépannage de l'analyseur
f L'erreur de lecture d'ID de plaque à nanopuits est
résolue.
r Pour résoudre une erreur de lecture
d'ID de plaque à nanopuits sans ID
de plaque à nanopuits disponible
(avec ouverture du tiroir de pile de
plaques à nanopuits)
1 Assurez-vous qu'il y a des erreurs de lecture d'ID de
plaque à nanopuits :
• Pour ouvrir le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
sélectionnez le bouton Ouvrir le tiroir.
• Contrôlez le positionnement des plaques à
nanopuits dans le tiroir de pile de plaques à
nanopuits.
• Pour fermer le tiroir de pile de plaques à
nanopuits, sélectionnez le bouton Fermer le
tiroir.
f L'analyseur lit les ID de plaques à nanopuits une
nouvelle fois.
f Le panneau Plaques est actualisé.
f Si les erreurs de lecture d'ID de plaque à
nanopuits persistent, passez aux étapes suivantes.
Roche Diagnostics
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Dépannage de l'analyseur
387
2 Éventuellement, s'il y a plus d'une erreur de lecture
d'ID de plaque à nanopuits, effectuez les actions
suivantes :
• Pour ouvrir le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
sélectionnez le bouton Ouvrir le tiroir.
• Déchargez toutes les plaques à nanopuits
affectées sauf une.
• Éliminez les plaques à nanopuits déchargées
conformément à la réglementation locale. Pour un
run de diagnostic, invalidez les plaques à
nanopuits déchargées dans la configuration
échantillon de l'application Web.
• Pour fermer le tiroir de pile de plaques à
nanopuits, sélectionnez le bouton Fermer le
tiroir.
f L'analyseur lit les ID de plaques à nanopuits une
nouvelle fois.
f Le panneau Plaques est actualisé.
f Si une unique erreur de lecture d'ID de plaque à
nanopuits persiste, le bouton Entrée manuelle
est disponible. Continuez par les étapes suivantes.
3 Dans le panneau Plaques, identifiez la plaque à
nanopuits affectée et prenez note de son
emplacement dans la pile.
4 Pour ouvrir le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
sélectionnez le bouton Ouvrir le tiroir.
I Assurez-vous de conserver l'ordre des plaques à
nanopuits dans la pile.
6 Identifiez la plaque à nanopuits affectée dans la pile
et déterminez son ID de plaque à nanopuits.
I Vous pouvez uniquement utiliser la plaque à
nanopuits si le code-barres et/ou l'ID de plaque à
nanopuits est lisible sur l'étiquette.
7 Dans le panneau Plaques, sélectionnez le bouton
Entrée manuelle.
8 Dans le tableau des plaques à nanopuits,
sélectionnez le champ dédié à l'ID de plaque à
nanopuits de la plaque à nanopuits affectée.
f Le clavier numérique s'affiche.
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12 Dépannage de l'analyseur
5 Retirez la pile de plaques à nanopuits du tiroir de pile
de plaques à nanopuits.
388
Erreurs de chargement des plaques à nanopuits sur l'analyseur
9 ATTENTION ! Risque de résultats incorrects, invalides
ou retardés.
Assurez-vous de saisir le bon ID de plaque à
nanopuits.
Scannez ou saisissez l'ID de plaque à nanopuits de la
plaque à nanopuits affectée.
10 Sur le clavier numérique, sélectionnez le bouton
Entrée.
11 Rechargez la pile de plaques à nanopuits dans le
tiroir de pile de plaques à nanopuits.
12 Pour fermer le tiroir de pile de plaques à nanopuits,
sélectionnez le bouton Fermer le tiroir.
f L'état de la plaque à nanopuits est mis à jour.
12 Dépannage de l'analyseur
f L'erreur de lecture d'ID de plaque à nanopuits est
résolue.
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Dépannage de l'analyseur
389
Résolution d'une alarme sur l'analyseur
Si une alarme survient sur l'analyseur, vous ne pourrez
pas utiliser l'analyseur avant que le problème ne soit
résolu.
i
j
En cas d'affichage d'une fenêtre contextuelle
d'alarme ou d'une fenêtre contextuelle d'erreur,
réalisez une capture d'écran de la fenêtre
contextuelle.
m Fenêtre contextuelle d'alarme affichée avec
Catégorie = Analyseur, Niveau de gravité =
Alarme, le bouton Ignorer et le bouton Initialiser
m Analyseur à l'état Erreur
r Pour résoudre une alarme sur l'analyseur
1 Pour réaliser une capture d'écran de la fenêtre
contextuelle d'alarme, sélectionnez le bouton .
Alarme
Code message
048.001.00058
Titre du message
Catégorie
Bras de manipulation de la plaque à nanopuits, bras : Une erreur irrécupérable du sousmodule s'est produite
Analyseur
Niveau de gravité
Alarme
Détails du message
Une erreur irrécupérable du sous-module s'est produite. Redémarrez l'analyseur. Si
l'erreur persiste, contactez votre représentant service Roche.
Nombre d'occurrences
1
3 Sélectionnez le bouton Initialiser.
Ignorer
f La fenêtre contextuelle est fermée, le message
correspondant est confirmé et l'analyseur est
redémarré.
4 Arrêtez l'analyseur tel que décrit dans Arrêt de
l'analyseur (295) :
5 Appuyez sur l'interrupteur d'alimentation situé sur le
côté droit de l'analyseur.
6 Pour redémarrer l'analyseur, appuyez de nouveau sur
l'interrupteur d'alimentation situé sur le côté droit de
l'analyseur.
7 Si l'erreur persiste ou si vous pouvez déduire des
détails du message qu'un redémarrage de l'analyseur
ne peut pas résoudre le problème, réalisez les actions
suivantes :
• Sélectionnez le bouton Ignorer.
• Contactez votre représentant service Roche.
Roche Diagnostics
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12 Dépannage de l'analyseur
Initialiser
2 Si vous pouvez déduire des détails du message qu'un
redémarrage de l'analyseur ne peut pas résoudre le
problème, par ex. en raison d'un fusible grillé, passez
directement à l'étape 7.
390
Résolution d'une alarme sur le logiciel de l'analyseur
Résolution d'une alarme sur le logiciel de
l'analyseur
Si une alarme survient dans le logiciel de l'analyseur,
vous ne pourrez pas utiliser l'analyseur avant que le
problème ne soit résolu.
i
j
En cas d'affichage d'une fenêtre contextuelle
d'alarme ou d'une fenêtre contextuelle d'erreur,
réalisez une capture d'écran de la fenêtre
contextuelle.
m Fenêtre contextuelle d'alarme affichée avec
Catégorie = Logiciel, Niveau de gravité = Alarme
et le bouton Arrêter.
r Pour résoudre une alarme sur le logiciel de l'analyseur
1 Pour réaliser une capture d'écran de la fenêtre
contextuelle d'alarme, sélectionnez le bouton .
2 Sélectionnez le bouton Arrêter.
f La fenêtre contextuelle d'alarme est fermée, le
message correspondant est confirmé et le logiciel
de l'analyseur est arrêté.
12 Dépannage de l'analyseur
3 Patientez jusqu'à ce que le logiciel soit arrêté et que
l'écran tactile s'assombrisse.
4 Démarrez l'analyseur tel que décrit dans Démarrage
de l'analyseur (69) :
5 Si l'erreur persiste, contactez votre représentant
service Roche.
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Table des matières
391
Dépannage dans le logiciel de
développement
Dans ce chapitre
393
13 Dépannage dans le logiciel de développement
Localisation des fichiers journaux dans le logiciel
de développement .................................................................
13
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392
Table des matières
13 Dépannage dans le logiciel de développement
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Dépannage dans le logiciel de développement
393
Localisation des fichiers journaux dans le
logiciel de développement
Les fichiers journaux contiennent des données
pertinentes requises par Roche à des fins de dépannage.
Si vous rencontrez un problème avec le logiciel de
développement et contactez votre représentant service
Roche, on vous demandera éventuellement de fournir les
fichiers journaux.
Roche vérifie les fichiers journaux uniquement sur
demande.
j
m En option, dispositif de stockage externe, par
exemple, périphérique flash USB
m Mémoire suffisante
r Pour localiser les fichiers journaux
1 Dans le logiciel de développement, dans la zone de
Navigation, sélectionnez Fichier >
> Aide >
Logs.
f Un Explorateur Windows est affiché à
l'emplacement des fichiers journaux.
2 Depuis l'Explorateur Windows, vous pouvez copier les
fichiers journaux.
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13 Dépannage dans le logiciel de développement
d
394
Localisation des fichiers journaux dans le logiciel de développement
13 Dépannage dans le logiciel de développement
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Table des matières
395
Dépannage dans l'application Web
Dans ce chapitre
14
397
Renvoi de résultats dans l'application Web .................
400
14 Dépannage dans l'application Web
Invalidation des colonnes de plaque à nanopuits
et/ou plaques à nanopuits dans l'application Web...
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396
Table des matières
14 Dépannage dans l'application Web
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Dépannage dans l'application Web
397
Invalidation des colonnes de plaque à
nanopuits et/ou plaques à nanopuits dans
l'application Web
Si les colonnes de la plaque à nanopuits et/ou plaques à
nanopuits d'une configuration échantillon de diagnostic
sont compromises, invalidez les colonnes de la plaque à
nanopuits et/ou les plaques à nanopuits dans
l'application Web avant de démarrer le run de diagnostic.
Exemples d'événements compromettants :
•
Erreurs de pipetage
•
Partitionnement ignoré des colonnes de la plaque à
nanopuits contenant des mélanges réactionnels (l'indicateur de partitionnement reste gris).
•
Chute des plaques à nanopuits
•
Le système invalide tous les résultats des colonnes de
la plaque à nanopuits invalidées.
•
Si vous invalidez une colonne de la plaque à nanopuits contenant un contrôle, toutes les demandes de
la configuration échantillon pour ce test obtiendront
un résultat invalide.
•
Si vous invalidez une plaque à nanopuits, toutes les
colonnes de la plaque à nanopuits de cette plaque à
nanopuits sont invalidées.
•
Si vous invalidez toutes les colonnes de plaque à nanopuits d'une plaque à nanopuits, l'ensemble de la
plaque à nanopuits est invalidée.
•
Vous devez éliminer les plaques à nanopuits invalidées. Vous ne pouvez pas traiter de plaques à nanopuits invalides sur l'analyseur.
L'invalidation de colonnes de la plaque à nanopuits et/ou
plaques à nanopuits compromises vous permet
d'invalider les résultats ultérieurs sans éliminer
l'ensemble de la configuration échantillon et les plaques
à nanopuits déjà partitionnées.
Vous ne pouvez pas remplacer de plaque à nanopuits
invalide dans une procédure de travail de diagnostic.
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14 Dépannage dans l'application Web
Si vous invalidez des colonnes de la plaque à nanopuits
et/ou plaques à nanopuits dans l'application Web, les
règles suivantes s'appliquent :
398
Invalidation des colonnes de plaque à nanopuits et/ou plaques à nanopuits dans l'application Web
ATTENTION !
Mesures manquantes ou contrôles invalidés
L'invalidation d'une colonne de la plaque à nanopuits
requise pour le calcul du résultat ou contenant un
contrôle peut entraîner l'obtention de résultats invalides
ou retardés.
r Redoublez de précaution pour éviter d'invalider par
erreur une colonne de la plaque à nanopuits qui est
requise pour le calcul du résultat ou qui contient un
contrôle.
r Si vous devez invalider une colonne de la plaque à
nanopuits, tenez compte des conséquences pour le
calcul du résultat et pour les résultats finaux.
d
m Configuration échantillon dans l'application Web
j
m Rôle utilisateur d'opérateur de diagnostic
14 Dépannage dans l'application Web
r Pour invalider une colonne de la
plaque à nanopuits dans l'application
Web
1 Dans l'application Web, colonne Configurations
échantillon du tableau de bord, sélectionnez une
vignette de série.
f L'écran Configuration échantillon s'affiche.
2 Pour invalider une colonne de la plaque à nanopuits,
sélectionnez la vignette à deux reprises.
I Vous pouvez également sélectionner plusieurs
vignettes à la fois.
f La zone de liste déroulante Paramètres
échantillon : s'affiche.
Roche Diagnostics
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Dépannage dans l'application Web
399
3 Cochez la case Colonne de la plaque à nanopuits
invalide.
4 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Dans l'écran Configuration échantillon, la
vignette est grisée.
5 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Tous les résultats issus des colonnes de la plaque
à nanopuits invalidées sont invalides.
f Si la colonne de la plaque à nanopuits invalide
contient un contrôle, toutes les demandes de la
configuration échantillon pour ce test obtiendront
un résultat invalide.
r Pour invalider une plaque à nanopuits dans l'application Web
1 Dans l'application Web, colonne Configurations
échantillon du tableau de bord, sélectionnez une
vignette de série.
2 Pour invalider une plaque à nanopuits, sélectionnez
l'en-tête de colonne à deux reprises.
f La zone de liste déroulante Plaque : s'affiche.
3 Cochez la case Plaque invalide.
4 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f Dans l'écran Configuration échantillon, la
plaque à nanopuits est grisée.
5 Sélectionnez le bouton Confirmer.
f La plaque à nanopuits est invalide. Vous ne
pouvez pas traiter la plaque à nanopuits sur
l'analyseur.
f Tous les résultats issus des plaques à nanopuits
invalidées sont invalides.
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14 Dépannage dans l'application Web
f L'écran Configuration échantillon s'affiche.
400
Renvoi de résultats dans l'application Web
Renvoi de résultats dans l'application Web
Dans l'application Web, vous pouvez renvoyer les
résultats de séries terminées qui sont déjà à l'état
Envoyé.
Vous ne pouvez pas renvoyer les résultats de séries
terminées qui sont toujours à l'état Envoi dans la file
d'attente ou qui ont été générés avec des fichiers
d'analyse à l'état En validation.
À propos de l'échec d'envoi de résultats
j
Si l'envoi automatique de résultats est configuré mais
que l'envoi d'un résultat échoue (par ex., en raison d'une
perte de connexion), le système effectue 3 nouvelles
tentatives d'envoi des résultats. Si l'envoi échoue
toujours, l'état du résultat devient Envoyé et vous devez
renvoyer le résultat manuellement.
m Série terminée avec résultats à l'état Envoyé
disponibles dans l'application Web
m Rôle utilisateur d'approbateur de diagnostic
14 Dépannage dans l'application Web
r Pour renvoyer des résultats dans
l'application Web
1 Dans l'application Web, dans la colonne Résultats du
tableau de bord, sélectionnez la vignette Séries
terminées.
f L'écran Séries terminées s'affiche.
2 Dans le tableau, sélectionnez la série présentant des
résultats que vous souhaitez renvoyer. Sélectionnez le
bouton Afficher.
f L'écran Résultats : s'affiche.
3 Accédez aux résultats à l'état Envoyé que vous
souhaitez renvoyer :
• Dans la liste déroulante, sélectionnez les fichiers
d'analyse.
• Sélectionnez l'onglet Échantillons.
• Vous pouvez également utiliser la fonction de
recherche.
I Les résultats à l'état Envoyé sont marqués par
l'icône
dans la colonne Statut.
4 Sélectionnez 1 ou plusieurs résultat(s) à l'état
Envoyé.
Roche Diagnostics
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Dépannage dans l'application Web
401
I Vous pouvez envoyer à nouveau plusieurs
résultats simultanément.
Si vous sélectionnez des résultats qui ne
présentent pas le même état, le bouton Envoyer
à nouveau n'est pas disponible.
5 Pour envoyer à nouveau les résultats, sélectionnez le
bouton Envoyer à nouveau.
f La boîte de dialogue Confirmation s'affiche.
6 Saisissez votre mot de passe et sélectionnez le
bouton Envoyer à nouveau.
f Le résultat passe à l'état Envoi dans la file
d'attente ou Envoyé, respectivement, marqué
d'une icône
ou
dans la colonne Statut
(selon l'état de la connexion au SIL).
14 Dépannage dans l'application Web
f Votre nom d'utilisateur remplace l'entrée
antérieure dans la colonne Envoyer par.
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402
Renvoi de résultats dans l'application Web
14 Dépannage dans l'application Web
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403
Glossaire
aiguille d'aspiration
dilution
Aiguille utilisée pour aspirer les fluides.
Processus consistant à ajouter une substance,
généralement un liquide ou un gaz, à une autre
substance afin de diminuer la concentration de cette
dernière.
amorce
Acide nucléique monocaténaire pouvant initier la
réplication d'une matrice d'acide nucléique
bouteille à déchets liquides
Bouteille permettant de collecter les déchets liquides
générés par l'instrument.
facteur de dilution
Rapport du volume d'une solution concentrée initiale
sur le volume de la solution diluée finale.
fichiers d'analyse
colonne de la plaque à nanopuits
Ensemble des fichiers contenant des paramètres et
spécifications applicables à un ou plusieurs tests.
Colonne représentant le circuit de l'échantillon et
dans laquelle l'échantillon est distribué dans les
nanopuits.
flacon de fluide de partitionnement
Flacon contenant le fluide de partitionnement.
colorant fluorescent
Composé chimique capable d'absorber et d'émettre
de nouveau de la lumière de fluorescence après
excitation.
fluide de partitionnement
Fluide utilisé pour sceller les nanopuits d'une plaque
à nanopuits.
décontamination
fluorescence
Processus conduisant à la destruction de tous les
acides nucléiques.
Signal de radiation électromagnétique bref visible
émis à la suite de l'absorption de radiation (photons)
par un atome, une molécule ou un ion.
diagramme de dispersion
Graphique représentant les valeurs des variables d'un
ensemble de données sous la forme d'une collection
de points dispersés, pouvant être engroupés
(engroupement).
fusionner des colonnes
Fonctionnalité prenant en considération jusqu'à
8 colonnes de la plaque à nanopuits comme 1 seule
et même colonne afin de définir un volume
échantillon supérieur pour 1 échantillon.
Diagramme de dispersion en 1D
Diagramme de dispersion permettant une
visualisation en une dimension.
groupe d'échantillons
Groupe d'échantillons créé à des fins d'analyse
statistique.
Diagramme de dispersion en 2D
Diagramme de dispersion permettant une
visualisation en deux dimensions.
Diagramme de dispersion en 3D
indel
Faible variation génétique survenant par le biais
d'insertions ou de délétions de nucléotides dans le
génome d'un organisme.
Diagramme de dispersion permettant une
visualisation en trois dimensions.
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404
intervalle de confiance
Intervalle de valeurs dans lequel une valeur d'un
paramètre tombera avec une probabilité spécifiée.
chaque puits individuellement. Cette séparation
assure un prélèvement plus fiable et permet une
mesure sensible des quantités d'acide nucléique.
Représentant service Roche
mélange réactionnel
Mélange de réactifs et d'échantillon.
Représentant Roche autorisé à installer des
instruments et/ou réaliser des tâches de maintenance
préventive et/ou de service.
plaque à nanopuits
Plaque plane à nanopuits utilisée pour l'application de
PCR digitale.
run de développement
Run durant lequel des tests sont réalisés à des fins de
recherche et développement.
plaque à nanopuits universelle
Plaque à nanopuits utilisée pour des applications ne
nécessitant pas de détection à haute sensibilité ni à
haute résolution des séquences d'acides nucléiques
cibles.
run de diagnostic
Run au cours duquel des tests de diagnostic sont
réalisés.
séquence d'acides nucléiques cibles
procédure de travail de développement
Séquence d'acide nucléique qui présente un intérêt.
Procédure de travail à des fins de recherche et de
développement.
procédure de travail de diagnostic
Procédure de travail à des fins de diagnostic.
sonde
Acide nucléique monocaténaire avec colorant
fluorescent utilisé pour identifier des molécules
d'ADN ou d'ARN spécifiques par liaison avec des
séquences d'amplicon spécifiques entre les amorces.
quantification absolue
Quantification utilisée pour déterminer le nombre
absolu d'une séquence d'acides nucléiques cibles.
réactif de master mix.
Réactif nécessaire à diverses réactions enzymatiques
et pouvant contenir des enzymes, amorces, sondes et
tampons associés.
test multiplex
Test PCR ou d'acide nucléique permettant la
détection et la discrimination simultanées de cibles
d'ADN ou ARN multiples.
tiroir de pile de plaques à nanopuits
Tiroir utilisé pour charger et décharger des piles de
plaques à nanopuits sur ou de l'instrument.
réactif primaire
Réactif nécessaire à la PCR, mais ne contenant pas
encore de sondes et d'amorces.
réaction de polymérisation en chaine
digitale
Méthode de réaction en chaîne par polymérase
utilisée pour quantifier directement les brins d'acides
nucléiques présents dans un échantillon.
L'échantillon est réparti selon un grand nombre de
nanopuits et le processus de réaction a lieu dans
tiroir de plaque à nanopuits
Tiroir utilisé pour charger et décharger des plaques à
nanopuits individuelles sur ou de l'instrument.
type sauvage
Souche, gène ou caractéristique prévalent parmi les
individus dans des conditions naturelles.
Roche Diagnostics
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405
variabilité du nombre de copies
Trouble génomique entraînant un nombre anormal de
copies d'un ou de plusieurs gènes, comme la
duplication, la délétion, la translocation et l'inversion.
Roche Diagnostics
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406
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407
Index
A
Abréviations, 12
Aiguille d'aspiration
– décontamination, 338
Alarmes
– analyseur, 389
– logiciel de l'analyseur, 390
Alertes
– colonnes de résultats, 230
– Configuration de l'analyse, 227
– Contrôles, 228
– contrôles du nombre de copies, 228
– contrôles négatifs, 228
– échantillons, 227
– exécution, 236
– groupes d'échantillons, 227
– à propos de, 347
– intervalles valides de contrôles du nombre de
copies, 228
– affichage des fenêtres contextuelles dans le logiciel
de développement, 354
– intervalles valides de contrôles négatifs, 228
– affichage des fenêtres contextuelles dans le logiciel
de l'analyseur, 353
– affichage des fenêtres contextuelles de l'application
Web, 353
– fenêtres contextuelles, 353
– liste, 347
– niveau de gravité, 347
Analyse Quantification absolue - tous
– affichage, 219
– Modification, 220
Analyses
– affichage des diagrammes en barres, 251
– changement de nom, 207
– duplication, 206
– exécution CNV, 236
– exécution indel, 248
– logiciel de développement, 206
– modification Quantification absolue - tous, 219
– réalisation de la quantification absolue, 222
– suppression, 207
– utilisation de, 206
Analyses CNV
– à propos de, 226
– ajout, 236
– cibles de référence, 227
– cibles d'intérêt, 227
– Limites cibles, 229
– limites de validité, 229
– logiciel de développement, 226
– Modification, 238
– Nombres de copies de la cible de référence, 229
– onglets, 226
– Panneau d'aperçu des résultats, 234
– Panneau de résultats, 230
– Panneau Statistiques, 235
– panneaux, 230
– paramètres, 226
– Sélection d'échantillons, 227
Analyses de quantification absolue
– à propos de, 207
– ajout, 223
– colonnes de résultats, 211
– Contrôles, 208
– Contrôles internes, 209
– contrôles négatifs, 208
– contrôles positifs, 208
– échantillons, 208
– exécution, 222
– groupes d'échantillons, 208
– intervalles valides de contrôles, 209
– intervalles valides de contrôles internes, 210
– Limites cibles, 210
Roche Diagnostics
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408
– limites de détection, 210
– réactifs de master mix, 240
– limites de quantification, 211
– Sélection d'échantillons, 240
– logiciel de développement, 207
Analyseur
– Modification, 225
– Abandon de runs, 307
– modification Quantification absolue - tous, 219
– affichage des informations système, 309
– onglets, 208
– affichage des messages, 369
– Panneau d'aperçu des résultats, 215
– arrêt, 295
– Panneau de liaison, 216
– changement de mot de passe, 71
– Panneau de résultats, 212
– changement de mot de passe à la connexion, 71
– Panneau Statistiques, 218
– chargement, 60
– panneaux, 211
– confirmation des messages, 369
– paramètres, 208
– connexion, 70
– Sélection d'échantillons, 208
– contrôle autour, 334
Analyses indel
– création de rapports de journaux, 376
– à propos de, 239
– création de rapports sur les problèmes
personnalisés, 374
– ajout, 248
– cibles de référence, 240
– cibles de variante, 240
– colonnes de résultats, 242
– Configuration de l'analyse, 240
– Contrôles, 241
– Contrôles de type sauvage, 241
– contrôles de variante génétique, 241
– contrôles négatifs, 241
– échantillons, 240
– exécution, 248
– groupes d'échantillons, 240
– intervalles valides de contrôles, 242
– limites de validité, 241
– logiciel de développement, 239
– Modification, 251
– onglets, 239
– Panneau d'aperçu des résultats, 246
– Panneau de résultats, 243
– Panneau Statistiques, 247
– panneaux, 242
– paramètres, 239
– pourcentage minimal de la variante, 241
– déchargement, 62
– déconnexion, 294
– décontamination tiroir de pile de plaques à
nanopuits, 335
– démarrage, 69
– en pause, 379
– erreurs de chargement des plaques à
nanopuits, 381
– exportation d'un rapport sur les problèmes
basique, 373
– maintenance des données, 323
– messages, 367
– ne répond pas, 380
– nettoyage, 333
– nettoyage extérieur, 333
– nettoyage tiroir de pile de plaques à nanopuits, 335
– redémarrage, 308
– résolution d'alarmes, 389
Application Web
– changement de mot de passe à la connexion, 71
– configurations échantillon, 92
– connexion, 68
– création de configurations échantillon, 92
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409
– création de rapports de configuration des
échantillons, 97
– création de rapports de résultats, 107
– déconnexion, 293
– demande, 86
– demandes, 86
– émission de résultats, 104
– envoi de résultats, 105
– exportation fichiers de données brutes
(diagnostic), 158
– invalidation des colonnes, 397
– invalidation des plaques, 397
– modification de configurations échantillon, 95
– modification des demandes, 89
– Renvoi de résultats, 400
– Résultats, 101
– saisie d'informations de run, 99
– suppression des configurations échantillon, 301
Archivage
– exécution manuelle, 326
– manuelle, 324
Avis d'édition, 2
Colonnes
– invalidation, 398
Colonnes de la plaque à nanopuits
– invalidation, 398
Colonnes fusionnées
– à propos de, 153, 255
– avec groupes d'échantillons, 174
– caractéristiques, 20
Colorants fluorescents
– paramètres développement, 153
Compétition, 190
Composants
– système, 19
Configurations échantillon
– à propos de, 92
– application Web, 92
– attribution, 166
– correspondance, 160
– correspondance partielle, 160
– création, 92
– création de rapports, 97
– modification, 95
B
– procédures de travail de diagnostic, 92
Bouteille à déchets
– suppression, application Web, 301
– remplacement, 321
Configurations échantillon non attribuées
Bouteille à déchets liquides
– à propos de, 253
– remplacement, 321
– ajout, 257
– ajout de paramètres de colonne, 258
C
– ajout de paramètres de run, 258
Carte affichage tableau de configuration échantillon
– attribution, 166
– logiciel de développement, 167
– changement de nom, 257
Carte de données d'engroupement
– correspondance, 160
– logiciel de développement, 184
– correspondance partielle, 160
Cartes logiciel de développement
– création de rapports, 263
– Affichage tableau de configuration échantillon, 167
– duplication, 258
– Données d'engroupement, 184
– formats de détection, 254
Cibles
– logiciel de développement, 253
– paramètres développement, 153
– paramètres de colonne, 254
– paramètres de run, 253
Roche Diagnostics
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410
– suppression, 257
– utilisation de, 256
Conventions utilisées dans cette publication
– abréviations, 12
– noms de produits, 9
E
Émission de résultats, 104
Engroupement
– à propos de, 183
– ajustement, 188
D
– ajustement automatique, 194
Décontamination
– ajustement automatique - données de départ
externes, 195
– à propos de, 329
– ajustement automatique (individuel), 194
– analyseur, 336
– ajustement des seuils, 196
– instrument de partitionnement, 336
– ajustement des seuils de dispersion en 1D, 198
– solutions, 330
– ajustement des seuils de dispersion en 2D,
Araignée, 201
Demandes
– à propos de, 86
– application Web, 86
– ajustement des seuils de dispersion en 2D,
Lasso, 200
– création, 89
– ajustement des seuils de dispersion en 2D,
Seuil, 199
– création manuelle, 88
– ajustement manuel, 197
– importation de listes, 87
– ajustement, méthode manuelle, 196
– listes, 86
– ajustement, méthodes automatiques, 193
– modification, 89
– Automatique, 188
– modification de demandes non attribuées, 90
– Automatique - données de départ externes, 188
– nettoyage non attribuées, 324
– Automatique (individuel), 188
– procédures de travail de diagnostic, 86
– suppression, 89
– calcul des données d'engroupement de dispersion
en 3D, 203
Demandes SIL
– canaux, 193
– à propos de, 89
– compétition, 190
Diagrammes de dispersion
– Détection d'événement rare, 189
– modification de l'affichage, 186
– exportation données de départ, 204
Diagrammes en barres
– Exporter les données de départ, 191
– affichage, 251
– Génotypage, 189
Données de départ
– graphiques, 191
– à propos de, 191
– Importer les données de départ, 191
– compatibilité, 193
– Indel, 189
– exportation, 204
– intervalles d'axe, 193
Données de run
– logiciel de développement, 183
– exportation CSV logiciel de développement, 164
– Manuel, 188
Droit d'auteur, 4
– méthode, 188
– paramètres, 188, 189
– Personnalisé, 189
Roche Diagnostics
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411
– réactivité croisée, 190
– Définition de test, indel, 277
– sensibilité, 189
– Définition de test, quantification absolue, 269
– spécificité, 189
– données de départ, 282
– Standard, 189
– étiquettes de rapport, 268
Engroupement, automatique
– exportation, logiciel de développement, 287
– Diagramme de dispersion en 1D, 191
– facteurs de dilution, 281
– Diagramme de dispersion en 2D, 191
– gérer, 267
– Diagramme de dispersion en 3D, 191
– historique, 269
Envoi de résultats, 105
– limites de temps, 268
Erreurs
– liste de tests, 270, 274, 278
– chargement de plaques à nanopuits, 381
– logiciel de développement, 265
– résolution de la lecture d'ID de plaque à
nanopuits, 383
– mise à jour, 286
Erreurs de chargement des plaques à nanopuits
– à propos de, 381
– liste, 381
Erreurs de lecture d'ID de plaque à nanopuits
– multiple, 384
– non résolues, 384
– résolution, 383
État
– profils de run, 141
Extensions de fichiers
– fichiers d'analyse, 282
– fichiers de données brutes, 154
– fichiers de données de départ, 191
– projets, 136
F
Fenêtres contextuelles
– affichage pour les alertes, 353
Fichiers d'analyse
– Aperçu du réactif de master mix, 281
– commentaires, 269
– créateur, 267
– Modifier, 267
– nombre de colonnes fusionnées, 268
– noms, 266
– panneaux, 265
– paramètres, 265
– Paramètres de réactif de master mix, 280
– paramètres d'engroupement, 281
– Paramètres généraux, 267
– profils de run, 268
– réactifs de master mix, 281
– restrictions d'exportation de résultat, 268
– sélectionner, 267
– seuils, 282
– suppression, 287
– tests, CNV, 273
– tests, indel, 277
– tests, quantification absolue, 269
– types de plaque, 266
– utilisation de, 282
Fichiers de données brutes
– à propos de, 151
– à propos de l'exportation (développement), 155
– création, 283
– à propos du changement de nom
(développement), 155
– création de rapports, 287
– changement de nom, 163
– Créer les fichiers d'analyse, 265
– changement de nom d'un run de
développement, 156
– Définition de test, CNV, 273
Roche Diagnostics
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– conditions d'exportation, diagnostic, 158
– contenu, 152
– exportation développement, 156
– exportation et enregistrement diagnostic, 160
– exportation et ouverture diagnostic, 159
– exportation, application Web, 158
– gestion, logiciel de l'analyseur, 155
– importation, 162
– logiciel de développement, 151
– nom, 154
– options d'exportation, diagnostic, 158
– ouverture, 161
– paramètres de cible et de colorant fluorescent, 153
– paramètres de colonne, 152
– paramètres de run, 152
– suppression développement, 157
– utilisation de, logiciel de développement, 160
Fichiers journaux
– copie du logiciel de développement, 393
– localisation du logiciel de développement, 393
Flacon de fluide de partitionnement
– remplacement, 320
Flacons
I
Informations de licence
– téléchargement, instrument de partitionnement, 309
Informations de run
– à propos du développement, 149
– à propos du diagnostic, 99
– application Web, 99
– logiciel de l'analyseur, 149
– saisie de diagnostic, 99
– saisie développement, 149
Informations système
– affichage, 309
– affichage, analyseur, 309
– affichage, instrument de partitionnement, 309
Initialisation
– analyseur en pause, 379
– instrument de partitionnement, 363
Instrument de partitionnement
– affichage des informations système, 309
– amorçage, 66
– arrêt, 291
– décontamination de l'aiguille d'aspiration, 337
– remplacement, 318
– Décontamination du tiroir de plaque à
nanopuits, 332
Formats de détection
– démarrage, 65
– configurations échantillon non attribuées, 254
– initialisation, 363
– journaux, 362
G
– Liste des messages, 357
Groupes d'échantillons
– ne répond pas, 364
– à propos de, 173
– nettoyage, 330
– ajout échantillons, 175
– nettoyage du tiroir de plaque à nanopuits, 331
– avec colonnes fusionnées, 174
– nettoyage extérieur, 330
– changement de nom, 177
– partitionnement, 55
– création, 174
– remplacement des flacons, 316
– mise à jour, 176
– téléchargement des informations de licence, 309
– suppression, 178
H
Historique des révisions, 2
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413
J
Journaux
– copie de l'instrument de partitionnement vers un
périphérique USB, 362
Journaux d'audit
– à propos de, 305
– archivage, 306
– création de rapports, 306
– logiciel de l'analyseur, 305
– rapports, 305
– analyses de quantification absolue, 207
– analyses indel, 239
– attribution configurations échantillons, 165
– Carte affichage tableau de configuration
échantillon, 167
– Carte de données d'engroupement, 184
– configurations échantillon non attribuées, 253
– création de rapports, 263
– démarrage, 74
– engroupement, 183
– exécution des analyses CNV, 236
L
– exécution des analyses indel, 248
Liaison, 216
– exportation données de départ, 204
Limites de détection
– fermeture, 297
– à propos de, 210, 270
– fichiers d'analyse, 265
– analyses de quantification absolue, 210
– fichiers de données brutes, 151
– limites inférieures, 210, 270
– fichiers journaux, 393
– tests de quantification absolue, 270
– modification analyse Quantification absolue tous, 219
Limites de quantification
– à propos de, 211, 271
– analyses de quantification absolue, 211
– intervalles, 211, 271
– modification de l'affichage des diagrammes de
dispersion, 186
– modification paramètres de colonne, 169
– tests de quantification absolue, 271
– modification paramètres de colonne (copiercoller), 180
Limites de validité
– projets, 136
– à propos de, 229, 241, 275, 278
– réalisation des analyses de quantification
absolue, 222
– Analyses CNV, 229
– analyses indel, 241
– intervalles, 229, 241, 275, 278
– Tests CNV, 275
– tests indel, 278
Logiciel de développement
– affichage des diagrammes en barres, 251
– ajout de paramètres de colonne, 169, 258
– ajout de paramètres de run, 258
– ajustement de l'engroupement, 188
– ajustement de l'engroupement automatique, 193
– ajustement de l'engroupement manuel, 196
– analyses, 206
– Analyses CNV, 226
– runs, 151
– utilisation de configurations échantillon non
attribuées, 256
– utilisation de fichiers de données brutes, 160
– utilisation des analyses, 206
– utilisation des fichiers d'analyse, 282
– utilisation des groupes d'échantillons, 173
Logiciel de développement, colonnes
– Alertes, 169, 186, 213, 231, 244
– Cible, 212, 218
– Cible d'intérêt, 230, 235
– CN IC à 68 % max., 232
– CN IC à 68 % min., 232
– CN IC à 95 % max., 231
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– CN IC à 95 % min., 231
– Nombre total de nanopuits valides, 185, 214, 245
– Colonne, 185, 212, 215, 217, 231, 234, 243, 247
– Noms de cible, 168
– Colonnes fusionnées, 213, 232, 244
– Numéro de lot de réactif de master mix, 169
– Colorants fluorescents, 168
– pour associations de cibles, 217
– Conc. à 68 % max., 214
– pour cibles, 216
– Conc. à 68 % min., 214
– pour les associations de cible de variante et cible de
référence, 247
– Conc. IC à 95 % max., 213
– Conc. IC à 95 % min., 213
– Concentration, 212
– Concentration brute, 215
– Confiance relative, 215
– Confiance relative du nombre de copies, 233
– Copies de type sauvage, 244
– Copies par nanopuits, 214
– Date de péremption du réactif de master mix, 169
– ET de la concentration, 219
– ET variante, 248
– Facteur de dilution, 168, 214, 245
– Fusionnement, 169
– Groupe, 218, 247
– IC à 68 % min. variante [%], 245
– IC à 68 % max. variante [%], 245
– IC à 95% max. variante [%], 244
– IC à 95% min. variante [%], 244
– ID de colonne, 167
– ID
échantillon, 167, 185, 212, 216, 217, 230, 234, 243, 247
– Indicateur de qualité, 186
– Méthode d'engroupement, 215, 246
– Moyenne de concentration, 219
– Nanopuits négatifs, 215, 246
– Nanopuits pos., 185
– Nbre de nanopuits positifs, 214, 245
– Nom de colonnes fusionnées, 169
– Nom du run, 214, 232, 234, 245, 246
– Nombre de copies, 231
– Nombre de copies brutes, 233
– Nombre de copies ET, 235
– Nombre de copies moyen, 235
– pour les associations de cible d'intérêt et de réactif
de master mix, 234
– Rapport brut, 233
– Rapport IC à 68 % max., 233
– Rapport IC à 68 % min., 233
– Rapport IC à 95 % max., 232
– Rapport IC à 95 % min., 232
– Réactif de master mix, 168, 212, 218, 243, 248
– Réactif de master mix (cible d'intérêt), 231, 235
– Référence, 243
– Remarques, 169
– Remarques sur la préparation des échantillons, 169
– Résultat final, 213, 231, 244
– Résultat initial, 213, 232, 244
– Run, 215, 217
– Taux, 232
– Total de copies, 213
– Type de plaque, 214, 245
– Type d'échantillon, 213, 231, 244
– Type sauvage [copies/µL], 244
– Type sauvage [copies/nanopuits], 246
– Variante, 243, 248
– Variante [%], 243, 248
– Variante [copies/µL], 243
– Variante [copies/nanopuits], 246
– Variante [copies], 244
– Variante brute, 246
Logiciel de développement, panneaux
– Définition de test, CNV, 273
– Définition de test, indel, 277
– Définition de test, quantification absolue, 269
– Modifier, 267
Roche Diagnostics
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– Paramètres de réactif de master mix, 280
– Paramètres généraux, 267
– pour les fichiers d'analyse, 265
Logiciel de l'analyseur
– affichage des informations système, 309
– affichage des messages, 369
– changement de mot de passe, 71
– changement de mot de passe à la connexion, 71
– confirmation des messages, 369
– connexion, 70
– création de rapports de journaux, 376
– création de rapports de journaux d'audit, 306
– création de rapports sur les problèmes
personnalisés, 374
– déconnexion, 294
– exportation des captures d'écran, 304
– exportation d'un rapport sur les problèmes
basique, 373
M
Maintenance
– archivage manuel, 324
– décontamination, 329, 336
– décontamination de l'aiguille d'aspiration, 337
– données, 323
– nettoyage, 329
– nettoyage de l'analyseur, 333
– nettoyage de l'instrument de partitionnement, 330
– nettoyage des demandes non attribuées, 323
– préventive, 340
– programme, 315
– remplacement des flacons, 316
– sauvegardes manuelles, 327
– solutions de décontamination, 330
– solutions de nettoyage, 330
Maintenance préventive
– gestion des captures d'écran, 303
– Comportement du système, 340
– gestion des fichiers de données brutes
(développement), 155
– paramètres, 340
– journaux d'audit, 305
– messages, 367
– profils de run, 140
– résolution d'alarmes, 390
– saisie d'informations de run, 149
– suppression des captures d'écran, 304
Logiciel de l'analyseur, panneaux
– Changer le mot de passe, 71
– Gérer les captures d'écran, 303
– Gérer les profils de run, 141
– Maintenance préventive, 340
– Modifier le profil de run, 146
– Rapport sur les problèmes, 371
Marques, 4
Messages
– à propos de, 367
– affichage, logiciel de l'analyseur, 369
– archivage, 369
– codes, 367
– confirmation, logiciel de l'analyseur, 369
– fenêtres contextuelles, 368
– instrument de partitionnement, 357
– niveau de gravité, 367
Mots de passe
– à propos du changement de, 71
– changement à la connexion (application Web), 72
Logiciel de l'instrument de partitionnement
– changement à la connexion (logiciel de
l'analyseur), 72
– visualisation d'événements, 361
– changement de, 71
Roche Diagnostics
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N
Nettoyage
– à propos de, 329
– analyseur extérieur, 334
– instrument de partitionnement extérieur, 331
– solutions, 330
– tiroir de pile de plaques à nanopuits, 335
Nombres de copies de la cible de référence
– Analyses CNV, 229
– intervalles, 229, 275
– Tests CNV, 275
Noms de produits, 9
Paramètres
– maintenance préventive, 340
Paramètres d'analyse
– CNV, 226
– indel, 239
– quantification absolue, 208
Paramètres de colonne
– à propos de, 170
– ajout, 171, 260
– cibles, 153
– collage, 181
– colorants fluorescents, 153
– configurations échantillon non attribuées, 254
O
– copie, 181
Onglets d'analyse
– fichiers de données brutes, 152
– CNV, 226
– Modification, 171
– Configuration de l'analyse, 227, 240
– modification (copier-coller), 180, 181
– Contrôles, 208, 228, 241
– règles (copier-coller), 180
– Contrôles internes, 209
Paramètres de run
– indel, 239
– ajout, 259
– Limites cibles, 210, 229
– colorants fluorescents, 153
– quantification absolue, 208
– configurations échantillon non attribuées, 253
– Sélection d'échantillons, 208, 227, 240
– fichiers de données brutes, 152
Plaques
P
– chargement de l'analyseur, 60
Panneau d'aperçu des résultats
– déchargement de l'analyseur, 62
– CNV, 234
– invalidation, 399
– indel, 246
– partitionnement, 55
– quantification absolue, 215
Plaques à nanopuits
Panneau de liaison
– chargement de l'analyseur, 60
– quantification absolue, 216
– déchargement de l'analyseur, 62
Panneau de résultats
– invalidation, 399
– CNV, 230
– partitionnement, 55
– indel, 243
Procédures de travail
– quantification absolue, 212
– chargement de l'analyseur, 60
Panneau Statistiques
– déchargement de l'analyseur, 62
– CNV, 235
– développement, 21
– indel, 247
– diagnostic, 21
– quantification absolue, 218
– exécution de diagnostic, 77
Roche Diagnostics
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417
– exécution développement, aucune configuration
échantillon non attribuée, 113
– exécution développement, avec configuration
échantillon non attribuée, 123
– partitionnement, 55
– référence rapide, développement, aucune configuration échantillon non attribuée, 33
– référence rapide, développement, avec configuration échantillon non attribuée, 42
– référence rapide, diagnostic, 28
– vue d'ensemble, 21
– vue d'ensemble, développement, avec configuration
échantillon non attribuée, 27
– vue d'ensemble, développement, sans configuration
échantillon non attribuée, 26
– vue d'ensemble, diagnostic, 25
Procédures de travail de développement
– affichage des diagrammes en barres, 251
– ajout de paramètres de colonne, 169, 258
– Fichiers de données brutes, 151
– gestion des fichiers de données brutes, 155
– modification analyse Quantification absolue tous, 219
– modification de l'affichage des diagrammes de
dispersion, 186
– modification paramètres de colonne, 169
– Modification paramètres de colonne (copiercoller), 180
– modification profils de run, 146
– options, 21
– partitionnement, 55
– profils de run, 140
– projets, 136
– réalisation des analyses de quantification
absolue, 222
– référence rapide, aucune configuration échantillon
non attribuée, 33
– ajout de paramètres de run, 258
– référence rapide, avec configuration échantillon non
attribuée, 42
– ajustement de l'engroupement, 188
– Runs, 151
– ajustement de l'engroupement automatique, 193
– saisie d'informations de run, 149
– ajustement de l'engroupement manuel, 196
– utilisation de configurations échantillon non
attribuées, 256
– analyses, 206
– Analyses CNV, 226
– analyses de quantification absolue, 207
– analyses indel, 239
– attribution configurations échantillons, 165
– chargement de l'analyseur, 60
– configurations échantillon non attribuées, 253
– création de rapports, 263
– déchargement de l'analyseur, 62
– utilisation de fichiers de données brutes, 160
– utilisation de profils de run, 141
– utilisation des analyses, 206
– utilisation des fichiers d'analyse, 282
– utilisation des groupes d'échantillons, 173
– vue d'ensemble, 21
– vue d'ensemble, avec configuration échantillon non
attribuée, 27
– engroupement, 183
– vue d'ensemble, sans configuration échantillon non
attribuée, 26
– exécution des analyses CNV, 236
Procédures de travail de diagnostic
– exécution des analyses indel, 248
– chargement de l'analyseur, 60
– exécution, aucune configuration échantillon non
attribuée, 113
– configurations échantillon, 92
– exécution, avec configuration échantillon non
attribuée, 123
– exportation données de départ, 204
– fichiers d'analyse, 265
– création de configurations échantillon, 92
– création de rapports de configuration des
échantillons, 97
– création de rapports de résultats, 107
– déchargement de l'analyseur, 62
Roche Diagnostics
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– demande, 86
– demandes, 86
– émission de résultats, 104
– envoi de résultats, 105
– exécution, 77
R
Rapport de configuration échantillon
– création logiciel de développement, 165
Rapports
– modification de configurations échantillon, 95
– configuration échantillon logiciel de
développement, 165
– modification des demandes, 89
– configurations échantillon, 97
– partitionnement, 55
– configurations échantillon non attribuées, 263
– référence rapide, 28
– création, 263
– Résultats, 101
– fichiers d'analyse, 287
– saisie d'informations de run, 99
– résultats, 107
– types, 21
Rapports sur les problèmes
– vue d'ensemble, 21, 25
– à propos de, 371
Profils de run
– à propos des problèmes basiques, 372
– à propos de, 140
– à propos des problèmes personnalisés, 372
– affichage logiciel de développement, 163
– création de rapports sur les problèmes
personnalisés, 375
– changement de nom du logiciel de l'analyseur, 142
– démarrage de runs de développement, 144, 148
– duplication logiciel de l'analyseur, 143
– état, 141
– exportation logiciel de développement, 164
– exportation logiciel de l'analyseur, 144
– fichiers d'analyse, 268
– importation logiciel de l'analyseur, 145
– logiciel de l'analyseur, 140
– exportation basique, 374
Réactivité croisée, 190
Redémarrage
– analyseur ne répond pas, 380
– instrument de partitionnement ne répond pas, 364
Références rapides
– procédures de travail de développement, aucune
configuration échantillon non attribuée, 33
– modification logiciel de l'analyseur, 147
– procédures de travail de développement, avec
configuration échantillon non attribuée, 42
– ouverture logiciel de l'analyseur, 142
– procédures de travail de diagnostic, 28
– par défaut, 140
Remplacement
– suppression logiciel de l'analyseur, 144
– bouteille à déchets, 321
Projets
– flacon de fluide de partitionnement, 320
– à propos de, 136
– flacons, 318
– création, 137
Résolution
– données, 136
– alarmes de l'analyseur, 389
– enregistrement, 138
– alarmes du logiciel de l'analyseur, 390
– extension de fichier, 136
– analyseur en pause, 379
– fermeture, 139
– erreurs de lecture d'ID de plaque à nanopuits, 383
– logiciel de développement, 136
Résultats
– ouverture, 138
– affichage des remarques, 101
– utilisation de, 137
– ajout de remarques, 101
Roche Diagnostics
Digital LightCycler® System · Version du logiciel 1.0 · Guide de l’utilisateur · Version de la publication 1.1
419
– création de rapports de résultats, 107
– échec d'envoi, 400
– émission, 104
– envoi, 105
– modification des remarques, 101
– renvoi, 400
– suppression des remarques, 101
Runs
– à propos du développement, 151
– abandon, 307
– affichage détails logiciel de développement, 163
– affichage profils de run logiciel de
développement, 163
– ajout de paramètres de colonne, 169
– attribution configurations échantillons, 165
– changement de nom du logiciel de
développement, 163
S
Sauvegardes
– exécution manuelle, 327
– manuelle, 327
Sensibilité, 189
SIL
– renvoi de résultats, 400
Spécificité, 189
Système
– affichage des informations, 309
– colonnes fusionnées, 20
– composants, 19
– fonctionnalités, 19
– maintenance des données, 323
– maintenance préventive, 340
– messages, 367
– logiciel de développement, 151
– procédures de travail, 21
– modification paramètres de colonne, 169
– programme de maintenance, 315
– modification paramètres de colonne (copiercoller), 180
– rapports sur les problèmes, 371
– vue d'ensemble, 19
– suppression logiciel de développement, 164
– utilisation des groupes d'échantillons, 173
T
Runs de développement
Tests CNV
– à propos de, 151
– afficher résultats quantitatifs, 276
– abandon, 307
– contrôles, 276
– attribution configurations échantillons, 165
– dans les fichiers d'analyse, 273
– démarrage, 144, 148
– définitions de test, 273
– gestion des fichiers de données brutes, 155
– détails de test, 274
– modification profils de run, 147
– intervalles valides de contrôles, 276
– paramètres de cible et de colorant fluorescent, 153
– limites de validité, 275
– utilisation de fichiers de données brutes, 160
– Nombres de copies de la cible de référence, 275
Runs de diagnostic
– noms de résultat, 277
– abandon, 307
– noms des contrôles, 276
– ajout de remarques sur le run, 100
– paramètres de test, 275
– exportation fichiers de données brutes, 158
– types de contrôle, 277
Tests de quantification absolue
– afficher résultats quantitatifs, 271
– contrôles, 272
– contrôles internes, 272
Roche Diagnostics
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420
– dans les fichiers d'analyse, 269
– définitions de test, 269
– détails de test, 270
– intervalles valides de contrôles, 272
– intervalles valides de contrôles internes, 273
– limites de détection, 270
– limites de quantification, 271
– noms de résultat, 271
– noms des contrôles, 272
– paramètres de test, 270
– types de contrôle, 272
Tests indel
– afficher résultats quantitatifs, 279
– contrôles, 279
– dans les fichiers d'analyse, 277
– définitions de test, 277
– détails de test, 278
– intervalles valides de contrôles, 280
– limites de validité, 278
– noms de résultat, 279
– noms des contrôles, 280
– paramètres de test, 278
– pourcentage minimal de la variante, 278
– types de contrôle, 280
Tiroir de pile de plaques à nanopuits
– décontamination, 335
Tiroir de plaque à nanopuits
– décontamination, 332
– nettoyage, 332
U
Usage prévu, 9
V
Visualisation d'événements
– affichage, 361
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