Roche cobas s 201 system Manuel utilisateur

Pipetage
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Concept de batch
Le système cobas s 201 est conçu pour traiter les échantillons par batchs.
Un batch est une série d’échantillons et de contrôles qui sont pipetés,
extraits, amplifiés et détectés en même temps selon les règles spécifiées
pour le test.
Un batch comprend tous les échantillons et contrôles placés dans un
portoir SK24.
Clip code-barres unique
de tube S
ID du portoir SK24
Figure 2.1
Batch
Il est possible de faire un suivi du batch, du pooling à l'analyse des
résultats, à l’aide de l’ID de portoir SK24 et d’un ID de batch à usage
unique attribué lors du pipetage.
Il est possible de suivre les échantillons et contrôles du batch grâce à leurs
ID de code-barres scannés et aux clips code-barres uniques contenant les
tubes S (au cours du pooling et de la préparation des échantillons) et les
tubes K (au cours de l'amplification et de la détection).
02/2007, version 1.0
2.1
Contrôles externes fabriqués par Roche
Chaque batch requiert des contrôles externes fabriqués par Roche. Le
nombre de contrôles externes fabriqués par Roche dépend de chaque test.
Un test MPX comprend cinq substances à analyser. Cinq contrôles positifs
externes fabriqués par Roche et un contrôle négatif externe fabriqué par
Roche doivent être pipetés pour chaque batch. Au cours du pipetage, une
fraction aliquote du contrôle négatif est transférée vers le tube S dans la
position 19 de chaque portoir SK24. Puis une fraction aliquote de chaque
contrôle positif est transférée vers les tubes S dans les positions 20 à 24 de
chaque portoir SK24 (Figure 2.2).
Contrôle
négatif
Contrôles
positifs
Figure 2.2
Contrôles externes fabriqués par Roche
(pour test MPX) contenus dans un portoir SK24
Un test WNV comprend une seule substance à analyser. Un contrôle
externe négatif fabriqué par Roche et un contrôle externe positif fabriqué
par Roche doivent être pipetés pour chaque batch. Au cours du pipetage,
une fraction aliquote du contrôle négatif est transférée vers le tube S dans
la position 23 de chaque portoir SK24. Puis une fraction aliquote du
contrôle positif est mélangée à une seconde fraction aliquote du contrôle
négatif (extraite d’un second tube de contrôle négatif pour diluer le
contrôle positif) dans le tube S à la position 24 de chaque portoir
SK24. (Figure 2.3).
Contrôle
négatif
Contrôle
positif
Figure 2.3
Contrôles externes fabriqués par Roche
(pour test WNV) contenus dans un portoir SK24
Le pipetage des contrôles externes fabriqués par Roche a lieu avant
le pipetage des échantillons. Cela permet à l'opérateur de corriger
toute erreur de pipetage des contrôles avant de commencer le
pipetage des échantillons.
2.2
02/2007, version 1.0
Pipetage
Les contrôles externes fabriqués par Roche sont toujours placés
dans les dernières positions de chaque portoir SK24 de manière à ce
que l'ensemble du processus d'analyse, de la préparation des
échantillons à l'amplification et à la détection, soit surveillé par des
échantillons de contrôle.
Contrôles externes définis par l'utilisateur
Le système cobas s 201 permet d'attribuer jusqu'à cinq contrôles externes
définis par l'utilisateur à chaque test. Les conditions nécessaires à
l'utilisation de contrôles externes définis par l'utilisateur, y compris le
nom du contrôle, l'ID de code-barres, le numéro de lot et la position des
contrôles externes définis par l'utilisateur dans le portoir SK24, sont
spécifiées par l'administrateur de laboratoire.
Une fois que les contrôles externes définis par l'utilisateur sont attribués à
un test particulier, l'opérateur peut décider de les inclure ou non dans une
analyse de pipetage.
S'ils sont inclus dans une analyse de pipetage, les contrôles externes
définis par l'utilisateur sont toujours pipetés dans le premier
portoir SK24.
Les contrôles externes définis par l'utilisateur sont définis dans les écrans
et rapports des logiciels PDM Pooling Manager et PDM Data Manager de
Roche.
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2.3
Plaque de stockage
Il est possible de préparer une plaque de stockage (Figure 2.4) au cours
d'un pooling primaire afin de stocker une fraction aliquote de chaque tube
d'échantillon de donneur au cas où un pooling secondaire s'avère
nécessaire.
Figure 2.4
Plaque de stockage
Il est possible d'exécuter un pooling secondaire directement depuis
les tubes d'échantillon de donneur si aucune plaque de stockage
n'est préparée ou si un puits particulier de la plaque de stockage est
hors d'usage.
La position de puits occupée par un échantillon sur la plaque de
stockage est fonction du nombre d'échantillons contenus dans
l'analyse et du type de pooling exécuté.
2.4
02/2007, version 1.0
Pipetage
Pools primaires de 1
Un pool primaire de 1 est un pool à spécimen unique créé pour la
première analyse des échantillons. Un pool primaire de 1 se prépare en
pipetant une fraction aliquote issue d'un tube d'échantillon de donneur
vers le tube S correspondant.
Le nombre maximum de tubes d'échantillon de donneur pouvant être
pipeté dans un pool primaire de 1 dépend du dosage, du pipetteur utilisé
et de la capacité des tubes d'échantillon de donneur.
Dosage
Pipetteur Hamilton Microlab
STAR IVD
Pipetteur Hamilton Microlab
STARlet IVD
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
MPX
216
216
90
90
WNV
264
264
88
88
Au cours d'une analyse de pool primaire de 1, 1 mL de chaque échantillon
de donneur est aspiré depuis chaque premier groupe de tubes
d'échantillon de donneur et distribué dans le tube S correspondant
(Figure 2.5).
1 mL
Portoir de tubes d'échantillon de
donneur à 32 positions
Position 1
Position 32
Portoir SK24
Figure 2.5
Pipetage des pools primaires de 1
02/2007, version 1.0
2.5
Si une plaque de stockage est préparée, 1 mL de chaque échantillon de
donneur est aspiré depuis chaque tube d'échantillon de donneur et
distribué dans le puits correspondant de la plaque de stockage. Puis, 135
µL de plus sont aspirés à partir des mêmes tubes d’échantillons de
donneur et distribués dans les mêmes puits de plaque de stockage,
donnant un volume total de 1,135 mL dans chaque puits(Figure 2.6).
1 mL +135 µL
Portoir de tubes d'échantillon de
donneur à 32 positions
Position 1
Position 32
Plaque de stockage
Figure 2.6
Pipetage à partir d'une plaque de stockage pour des pools primaires de 1
2.6
02/2007, version 1.0
Pipetage
Pools primaires de 6
Un pool primaire de 6 est un pool de six spécimens créé pour la première
analyse des échantillons. Un pool primaire de 6 se prépare en combinant
des fractions aliquotes égales de six tubes d'échantillon de donneur dans
un tube S.
Le nombre maximum de tubes d'échantillon de donneur pouvant être
pipeté dans un pool primaire de 6 dépend du dosage, du pipetteur utilisé
et de la capacité des tubes d'échantillon de donneur.
Dosage
Pipetteur Hamilton Microlab
STAR IVD
Pipetteur Hamilton Microlab
STARlet IVD
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
MPX
432
432
216
216
WNV
480
480
264
264
Le nombre d'échantillons de donneur chargés doit être un multiple
de 6.
02/2007, version 1.0
2.7
Au cours d'une analyse de pool primaire de 6, 1 mL de chaque échantillon
de donneur est aspiré depuis chaque premier groupe de tubes
d'échantillon de donneur et distribué dans les puits correspondants de la
plaque de stockage. Puis, 700 µL de plus sont aspirés à partir des mêmes
tubes d’échantillons de donneur et distribués dans les mêmes puits de
plaque de stockage, donnant un volume total de 1,7 mL d'échantillon de
donneur dans chaque puits correspondant de la plaque de stockage. Enfin,
167 µL sont aspirés de chaque puits de plaque de stockage et distribués
dans des tubes S, à partir de la position 1 du premier portoir SK24
(Figure 2.7).
167 µL
1 mL +700 µL
Portoir de tubes d'échantillon de
donneur à 32 positions
Position 1
Plaque de stockage
Position 32
Portoir SK24
Figure 2.7
Pipetage du premier groupe de tubes d'échantillon de donneur pour pools primaires de 6
2.8
02/2007, version 1.0
Pipetage
Après le pipetage du premier groupe d’échantillons de donneur, des
fractions aliquotes du groupe d’échantillons de donneur suivant sont
pipetées dans les puits suivants disponibles de la plaque de stockage, et
une fraction aliquote de chacun de ces puits est aussi pipetée à partir de la
position 1 du premier portoir SK24 (Figure 2.8).
167 µL
1 mL +700 µL
Portoir de tubes d'échantillon de
donneur à 32 positions
Position 1
Plaque de stockage
Position 32
Portoir SK24
Appareil COBAS AmpliPrep
Portoir d’échantillons
Figure 2.8
Pipetage du groupe suivant de tubes d'échantillon de donneur pour pools primaires de 6
Ce processus continue jusqu’à ce que chaque tube S contienne des
fractions aliquotes poolées de 167 µL de six échantillons de donneur et
que la plaque de stockage contienne une fraction aliquote de 1,533 mL de
chaque tube d’échantillon de donneur.
Si aucune plaque de stockage n'est préparée, des fractions aliquotes
de 167 µL sont pipetées depuis les tubes d'échantillon de donneur
directement dans les tubes S.
02/2007, version 1.0
2.9
Pools simultanés de 6
Un pool simultané de 6 correspond à deux pools de six spécimens créés
pour la première analyse des échantillons. Les pools simultanés de 6 se
préparent en combinant des fractions aliquotes de six tubes d'échantillon
de donneur dans chacun des deux tubes S.
Le nombre maximum de tubes d'échantillon de donneur pouvant être
pipetés dans un pool simultané de 6 dépend du dosage et de la capacité des
tubes d'échantillon de donneur.
Dosage
Pipetteur Hamilton Microlab
STAR IVD
Pipetteur Hamilton Microlab
STARlet IVD
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
396
396
N/A
N/A
MPX et WNV
Le nombre d'échantillons de donneur chargés doit être un multiple
de 6.
Au cours d'une analyse de pool simultané de 6, 1 mL de chaque
échantillon de donneur est aspiré depuis chaque premier groupe de tubes
d'échantillon de donneur et distribué dans les puits correspondants de la
plaque de stockage. Puis, 700 µL de plus sont aspirés à partir des mêmes
tubes d’échantillons de donneur et distribués dans les mêmes puits de
plaque de stockage, donnant un volume total de 1,7 mL d'échantillon de
donneur dans chaque puits correspondant de la plaque de stockage. Enfin,
334 µL sont aspirés depuis chaque puits de la plaque de stockage et 167 µL
sont distribués dans chacun des deux tubes S, à partir de la position 1 de
chacun des deux portoirs SK24 (Figure 2.9).
167 µL
1 mL + 700 µL
167 µL
Plaque de stockage
Portoir de tubes d'échantillon de
donneur à 32 positions
Position 1
Position 32
Portoir SK24
Portoir SK24
Figure 2.9
Pipetage du premier groupe de tubes d'échantillon de donneur pour pools simultanés de 6
2.10
02/2007, version 1.0
Pipetage
Après le pipetage du premier groupe d’échantillons de donneur, des
fractions aliquotes du groupe d’échantillons de donneur suivant sont
pipetées dans les puits suivants disponibles de la plaque de stockage, et
une fraction aliquote de chacun de ces puits est aussi pipetée à partir de la
position 1 de chacun des deux portoirs SK24.
Ce processus continue jusqu’à ce que chaque tube S contienne des
fractions aliquotes poolées de 167 µL de six échantillons de donneur et
que la plaque de stockage contienne une fraction aliquote de 1.466 mL de
chaque tube d’échantillon de donneur.
Si aucune plaque de stockage n'est préparée, 334 µL sont aspirés
depuis les tubes d'échantillon de donneur, et 167 µL sont distribués
dans chacun des deux tubes S.
02/2007, version 1.0
2.11
Pools de répétition de 6
Un pool de répétition de 6 correspond à un pool de six spécimens créé
pour analyser de nouveau des échantillons de donneur issus d'un pool
primaire de 6 dont les résultats de test sont invalides. Un pool de
répétition de 6 se prépare en combinant des fractions aliquotes égales de
six puits de plaque de stockage dans un tube S.
Le pool de répétition de 6 doit contenir les mêmes échantillons de
donneur que ceux initialement poolés dans le pool primaire de 6.
Le nombre maximum d'échantillons pouvant être pipetés au cours d'une
analyse de pool de répétition de 6 dépend du dosage et du pipetteur utilisé.
Dosage
Pipetteur Hamilton Microlab
STAR IVD
Pipetteur Hamilton Microlab
STARlet IVD
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
MPX
216
216
216
216
WNV
264
264
264
264
Au cours d'une analyse de pool de répétition de 6, 167 µL de chacun des
six échantillons sont transférés de la plaque de stockage vers un tube S
(Figure 2.10).
167 µL
Puits sélectionnés pour un
pooling de répétition
Plaque de stockage
Portoir SK24
Figure 2.10
Pipetage de pools de répétition de 6
depuis la plaque de stockage
2.12
02/2007, version 1.0
Pipetage
L'échantillon peut être aspiré depuis le tube d'échantillon de
donneur si aucune plaque de stockage n'est disponible ou si le puits
de la plaque de stockage de cet échantillon de donneur est invalide.
02/2007, version 1.0
2.13
Pooling de résolution
Un pool de résolution correspond à un pool à spécimen unique créé pour
détecter le ou les échantillons réactifs dans un pool primaire réactif de 6.
L'administrateur de laboratoire peut également décider d'exécuter un
pooling de résolution à la place d'un pool de répétition de 6 pour analyser
de nouveau les échantillons issus d'un pool primaire de 6 invalide. Un
pool de résolution se prépare en pipettant une fraction aliquote
d'échantillon depuis un puits de plaque de stockage vers le tube S
correspondant.
Le nombre maximum d'échantillons pouvant être pipetés au cours d'une
analyse de pooling de résolution dépend du dosage et du pipetteur utilisé.
Dosage
Pipetteur Hamilton Microlab
STAR IVD
Pipetteur Hamilton Microlab
STARlet IVD
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
Tubes de 7 mL
Tubes de 10 mL
MPX
36
36
36
36
WNV
44
44
44
44
Au cours d'un pooling de résolution, 1 mL d'un échantillon est pipeté d'un
puits de la plaque de stockage vers un tube S unique.
1 mL
Puits sélectionnés pour un
pooling de résolution
Plaque de stockage
Portoir SK24
Figure 2.11
Pooling de résolution à partir de la plaque de stockage
2.14
02/2007, version 1.0
Pipetage
L'échantillon peut être aspiré depuis le tube d'échantillon de
donneur si aucune plaque de stockage n'est disponible ou si le puits
de la plaque de stockage de cet échantillon de donneur est invalide.
02/2007, version 1.0
2.15
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2.16
02/2007, version 1.0
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