Code_Aster
Titre :
Interface d’accès à Code_Aster : astk
Responsable :
Mathieu COURTOIS
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Date :
31/08/2010
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42/48
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Pour éviter cela, un délai d'expiration (timeout) est défini égal au temps du calcul maître, c'est-à-dire le temps choisi dans astk lors de la soumission globale.
Si aucun calcul n'a été soumis durant ce délai, le calcul est rejeté.
9.2
Activation du parallélisme de Code_Aster
Le parallélisme interne à Code_Aster est présent sous deux formes :
• Le parallélisme OpenMP fonctionne en mémoire partagée et est disponible uniquement dans le solveur MULT_FRONT. Il faut bien sûr que la version de Code_Aster ait été compilée avec les options adéquates.
•
Le parallélisme MPI (par envoi de message, Message Passing Interface) est disponible dans le solveur MUMPS et dans les calculs élémentaires. La compilation est beaucoup plus compliquée et n'est pas automatique lors de l'installation de Code_Aster (il faut choisir une implémentation MPI, compiler les pré-requis et notamment MUMPS en MPI, puis Code_Aster).
On choisit le nombre de processeurs utilisés en OpenMP et le nombre de processeurs utilisés en MPI
(répartis sur un certain nombre de noeuds de calculs) dans le menu Options (voir §2.1.4).
10 Utilisation de as_run
Lorsque l’on utilise l’interface astk pour lancer des calculs, celle-ci en tant que client fait appel à des services proposés par un serveur qui peut se trouver sur la même machine ou une machine distante
(dans le cas où le serveur est distant, il y a des échanges de fichiers et une commande shell à travers le réseau (protocole rsh ou ssh) que nous ne détaillons pas ici).
Les fonctionnalités de as_run peuvent être classées en plusieurs catégories :
•
pour l'utilisateur : fonctionnalités qui peuvent être utilisées par les utilisateurs, comme par
exemple lancer Code_Aster « à la main »,
•
pour le développeur : fonctionnalités utilisées par les développeurs pour visualiser un fichier,
copier un fichier, construire une liste de tests, vérifier le catalogue de messages...
•
pour maintenir une version de développement : construit une version, la mettre à jour...
•
réservées aux clients : fonctionnalités sans intérêt direct hors de astk (ou un autre client),
•
pour les tâches d'administration : lien vers l'outil de suivi des anomalies, la base de données
d'études...
Les différentes fonctionnalités de as_run sont données en tapant : as_run --help.
10.1 Pour l'utilisateur
- Lance l'exécution décrite par le profil (action par défaut) : as_run --run [options] user@mach:/nom_profil.export
Le fichier export peut être en local ou sur une machine distante.
Chaque ligne du fichier commence par :
• P : définition d'un paramètre,
• A : définition d'un argument de la ligne de commandes de Code_Aster,
•
F : définition d'un fichier,
• R : définition d'un répertoire,
• N : utilisé uniquement pour l'atelier de génie logiciel (AGLA).
Le format pour les paramètres et arguments est : P nom_parametre valeur ou A nom_argument valeur.
Manuel d'utilisation Fascicule u1.04 : Interface d'accès
Document diffusé sous licence GNU FDL (http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html)
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Pour les fichiers et répertoires, le format est :
F/R type chemin DRC unite_logique où DRC précise si le fichier ou répertoire est en Donnée, Résultat (les deux sont possibles ensemble), et si le contenu est Compressé.
- Exécute rapidement un calcul à partir des fichiers en arguments : as_run --quick [options] file1 [file2 [...]]
Les développeurs peuvent indiquer une surcharge de sources fortran (resp. python) avec les options
--surch_fort (resp. --surch_pyt).
- Produit une bibliothèque dynamique nommée FILE en compilant les fichiers source src1... srcN.
Utilisé typiquement pour construire une bibliothèque UMAT. : as_run --make_shared --output=FILE [src1 [...]] srcN
C'est le compilateur et les options de compilations définies dans le fichier config.txt, de la version par défaut ou choisie avec l'option --vers, qui sont utilisés pour construire la bibliothèque. FILE est le nom de la bibliothèque produite qui sera indiqué dans les mots-clés de Code_Aster.
10.2 Pour le développeur
- Affiche un fichier source : fortran, c, python, capy, cata, histor ou test : as_run --show [options] obj1 [obj2...]
- Copie un fichier source dans le répertoire courant : as_run --get [options] obj1 [obj2...]
- Affiche le diff d'un fichier source : fortran, c, python, capy, cata, histor ou test : as_run --diff [options] obj1 [obj2...]
- Retourne la subroutine principale d'une commande code_aster : as_run --getop [options] commande[.capy]
- Construit un fichier export pour lancer un cas-test et l'imprime sur stdout : as_run --get_export testcase_name
- Construit une liste de cas-tests à partir de commandes/mots-clés et/ou vérifiant des critères de temps cpu ou mémoire : as_run --list [--all] [--test_list=FILE] [--filter=...]
[--command=...] [--user_filter=...] [test1 [test2 ..]]
- Construit le diagnostic des cas-tests code_aster (depuis dir ou le répertoire astest par défaut) et écrit un fichier pickled du résultat : as_run --diag [--astest_dir=DIR1,[DIR2]] [--test_list=LIST]
[--only_nook] [diag_result.pick]
- Opération sur les catalogues de messages de code_aster. subroutine = retourne les messages appelés par "subroutine". message_number = retourne les routines utilisant ce message. check = vérifie les catalogues et affiche quelques statistiques. move = déplace un message d'un catalogue à un autre et produit les catalogues et fichiers source modifiés. : as_run --messages subroutine | message_number as_run --messages check [--fort=...] [--python=...] [--unigest=...] as_run --messages move old_msgid new_msgid
- Retourne les informations sur les processeurs et la mémoire des machines données : as_run --get_infos [--output=FILE] host1 [host2 [...]]
Remarques
Manuel d'utilisation
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Le script d'installation crée des liens symboliques show, get, getop vers as_run dans
[ASTER_ROOT]/bin, ce qui permet de ne taper que show au lieu de as_run –show.
De même qu'astk peut être invoqué par codeaster-gui, as_run peut être appelé par codeaster.
10.3 Pour maintenir une installation locale
- Retourne le numéro de la version de développement : as_run --getversion [options]
- Construit une version de code_aster (exécutable, bibliothèques, catalogues). `target` peut être all ou clean : as_run --make [--vers=VERS] [target] as_run --make [--vers=VERS] clean
Exemple : as_run --make clean bibc/hdf supprime les fichiers objets associés aux fichiers sources du répertoire bibc/hdf.
- Effectue une ou plusieurs mise à jour d'une version de développement (préférer --auto_update qui se charge de télécharger toutes les mises à jour et de les appliquer dans le bon ordre) : as_run --update [options] fich1.tar.gz [fich2.tar.gz...]
- Télécharge les mises à jour disponibles depuis un serveur et les applique à une version de développement : as_run --auto_update [--vers=...] [--force_upgrade]
[--keep_increment] [--report_to=...]
L'option keep_increment signale que toutes les versions intermédiaires sont conservées
(exécutable, catalogues, modules python).
L'option force_upgrade permet de passer par exemple de la version 10.0.30 à la version
10.1.1 (ce qui est licite car la 10.0.30 a été stabilisée sous le numéro 10.1.0).
L'option report_to envoie un mail résumant la mise à jour (succès ou échec).
- Télécharge les mises à jour disponibles depuis un serveur et met à jour astk/asrun lui-même : as_run --astk_update [--report_to=...] [version] version permet d'installer une version particulière d'astk (valeur du type 1.8.0).
NB : astk_update est appelé avant chaque mise à jour par auto_update.
- Construction des ctags : as_run --ctags [--vers=VERS]
10.4 Pour les interfaces lançant des calculs
- Lance une exécution (en appelant as_run dans un processus séparé) : as_run --serv user@mach:/nom_profil.export
- Demande à un serveur de lancer une exécution (en appelant as_run --serv sur le serveur) : as_run --call_server user@mach:/nom_profil.export
Cette option est destinée à être appelée sur une machine cliente (directement par l'interface graphique par exemple).
- Envoie le contenu de "filename" (éventuellement sur une machine distante) aux adresses email1, email2,... :
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as_run --sendmail [--report_to=EMAIL1,EMAIL2] filename
- Retourne les informations sur la configuration d'un serveur : batch, interactif (oui/non, limites), noeuds de calcul, versions : as_run --info
- Retourne l'état, le diagnostic, le noeud de calcul, le temps cpu et le répertoire de travail d'un calcul : as_run --actu job_number job_name mode
- Ouvre le fichier output ou error sur l'écran fourni : as_run --edit job_number job_name mode output|error DISPLAY
- Affiche la fin du fichier fort.6 ou les lines correspondant au filtre : as_run --tail job_number job_name mode fdest nb_lines [regexp]
- Arrête un calcul et détruit les fichiers associés : as_run --del job_number job_name mode [node] [--signal=...]
- Supprime les fichiers des calculs qui ne sont pas dans la liste : as_run --purge_flash job_number1 [job_number2 [...]]]
- Convertit un fichier (éventuellement distant) au format html et écrit le résultat dans FILE :
en version bêta
as_run --convert_to_html [user@machine:]file --output=FILE
10.5 Pour les tâches d'administration
- Insère une nouvelle entrée dans le système de suivi d'anomalies et copie les fichiers joints si un fichier export est fourni : as_run --create_issue issue_file [export_file]
- Remplit les champs "corrvdev" ou "corrvexpl" (selon vers) dans les fiches trouvées dans `histor` et
éventuellement les ferme : as_run --close_issue --vers=VERS histor
- Extrait le contenu des fiches listées dans `input_file` dans `histor` : as_run --extract_histor [--status=STAT] [--format=FORM]
[--all_msg] input_file histor
- Prépare le profil pour insérer une exécution dans la base de données : as_run --insert_in_db [export_file]
10.6 Options
--version show program's version number and exit
-h, --help show this help message and exit
-v, --verbose rend le programme plus bavard
--silent fonctionne aussi silencieusement que possible
-g, --debug affiche les informations de debug
--nodebug_stderr supprime l'impression des informations de debogage sur
stderr
-f, --force force les opérations qui peuvent utiliser un cache
(téléchargement, compilation...)
--display=DISPLAY valeur de la variable DISPLAY (NB : certaines
fonctions lisent cette valeur dans un fichier)
--rcdir=DIR utilise le répertoire de ressources $HOME/'DIR' (le
défaut est .astkrc)
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--remote_shell_protocol=REMOTE_SHELL_PROTOCOL
protocole utilisé pour le lancement de commandes
--remote_copy_protocol=REMOTE_COPY_PROTOCOL
protocole utilisé pour la copie de fichiers
--editor=EDITOR ligne de commande de l'éditeur
--devel_server_user=DEVEL_SERVER_USER
identifiant sur le serveur de développement
(nom/adresse ip généralement défini dans
/etc/codeaster/asrun)
Options pour les opérations de maintenance:
--filter=FILTER filtres appliqués aux paramètres des tests : 'nom_para
< valeur' (comparaisons supportées <, >, =).
--vers=VERS Version de Code_Aster à utiliser
--force_upgrade Force la mise à jour vers la prochaine version (par
exemple de 10.1.xx vers 10.2.0)
-o FILE, --output=FILE
redirige le résultat dans FILE au lieu de stdout
--surch_pyt=REP un ou plusieurs répertoires (séparés par une virgule)
contenant les fichiers python ajoutés
--config=FILE utilise un autre fichier "config.txt" (seulement pour
make, update and auto_update).
--only_nook rapporte seulement les erreurs (le temps passé dans
les tests ok est compté)
--surch_fort=REP un ou plusieurs répertoires (séparés par une virgule)
contenant les fichiers fortran ajoutés
-a, --all copie de tous les fichiers du cas-test
--destdir=DIR répertoire racine (fake-root) où les fichiers seront
copiés
--keep_increment met à jour une version incrément par incrément en
conservant les fichiers exécutables intermédiaire
--search=REGEXP conserve les tests vérifiant l'expression régulière
donnée (ou une simple chaine de caractères).
--unigest=FILE un fichier unigest (pour la suppression)
--command=COMMANDE[/MOTCLEFACT[/MOTCLE[=VALEUR]]]
conserve les tests utilisant la commande et les mots-
clés donnés
--test_list=FILE liste des cas-tests
--report_to=EMAIL adresse de messagerie où envoyer le rapport d'une
exécution (seulement pour --auto_update)
--user_filter=FILE fichier contenant les classes testlist.FILTRE. Voir
[...]/share/codeaster/asrun/examples/user_filter.py
comme exemple.
--astest_dir=DIR répertoire des cas-tests à analyser
-l, --local les fichiers ne sont pas cherchés sur le serveur
distant mais sur la machine locale
--nolocal force la recherche des fichiers sur le serveur distant
(inverse de --local)
Options for operations on jobs:
--signal=SIGNAL envoie un signal au calcul (KILL|USR1)
--result_to_output Redirige le résultat dans FILE au lieu de stdout
Options pour l'interface au REX:
--status=STAT une erreur se produit si les fiches ne sont pas dans
cet état
--all_msg recupère tous les messages des fiches
--format=FORM format de l'histor généré (texte ou html)
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