Thermo Fisher Scientific VetMAX M. paratuberculosis 3.0 Kit Mode d'emploi
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VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit GUIDE COMPLÉMENTAIRE Protocoles de purification de l’acide nucléique pour une utilisation avec le kit (cat. n° A40001754, A40001753) Numéro de publication MAN1000715 Révision A Pour utilisation en laboratoire. Laboratoire Service International (LSI) | 6 Allée des Ecureuils – Parc Tertiaire du Bois-Dieu | 69380 Lissieu – France Pour les descriptions des symboles sur les étiquettes et les documents du produit, consultez thermofisher.com/symbols-definition. Traduit de l’anglais, depuis la publication numéro MAN1000713 A. Historique des révisions : MAN1000713 A (anglais) Révision Date A 6 mars 2025 Description Nouveau document pour VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit. Les informations contenues dans ce guide sont susceptibles d’être modifiées sans préavis. CLAUSE DE NON-RESPONSABILITÉ : DANS LA MESURE PERMISE PAR LA LOI, THERMO FISHER SCIENTIFIC INC. ET/OU SA OU SES FILIALE(S) NE SAURAIENT ÊTRE TENUES POUR RESPONSABLES DE DOMMAGES SPÉCIAUX, ACCESSOIRES, INDIRECTS, PUNITIFS, MULTIPLES OU CONSÉCUTIFS LIÉS AU PRÉSENT DOCUMENT OU À SON USAGE OU EN RÉSULTANT. Informations importantes sur les licences : Ces produits peuvent être couverts par une ou plusieurs licences à usage limité. En utilisant ces produits, vous acceptez les conditions générales de toutes les licences à usage limité. Marques commerciales: Toutes les marques commerciales sont la propriété de Thermo Fisher Scientific et de ses filiales, sauf indication contraire. FastPrep‑24 est une marque commerciale de MP Biomedicals, LLC. Mixer Mill est une marque de SPEX Sam­ plePrep, LLC. Precellys est une marque commerciale de Bertin Technologies. TeSeE et Precess 24 sont des marques de Bio‑Rad Laboratories, SA. ©2025 Thermo Fisher Scientific Inc. Tous droits réservés. Sommaire ■ CHAPITRE 1 Vue d’ensemble . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 Objectif de ce guide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 Sélection de l’échantillon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 Stockage de l’échantillon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 Matériel requis, mais non fourni . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit . . . . . . . . . . . . . . . . 8 Vue d’ensemble de la méthode par type d’échantillon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 Instructions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 Avant la première utilisation du kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 Purification de l’ADN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 ■ ANNEXE A Documentation et support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 Assistance à la clientèle et support technique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 Garantie limitée du produit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire 3 1 Vue d’ensemble Espèces Bovins, ovins, caprins, ca­ mélidés [1] Échantillons Type de test Fèces En mélange (jusqu’à 10 échantillons fécaux)[1] Fèces, matières fécales provenant de litières, organes, colonies bactériennes, cultures, lait et échantillons envi­ ronnementaux (écouvillons et chiffonnettes) Individuel Les recommandations et réglementations relatives au mélange peuvent varier selon les pays. Pour l’Allemagne, le mélange d’échantillons est possible conformément aux méthodes officielles de collecte. AVERTISSEMENT ! Lire les fiches de données de sécurité (FDS) et suivre les consignes de mani­ pulation. Porter des lunettes de protection, des gants et des vêtements appropriés. Les fiches de données de sécurité (FDS) sont disponibles à l’adresse suivante : thermofisher.com/support. AVERTISSEMENT ! RISQUES BIOLOGIQUES POTENTIELS. Lire les informations de sécurité con­ cernant les risques biologiques sur la page du produit à l’adresse thermofisher.com. Porter des gants, des vêtements et des lunettes de protection appropriés. Objectif de ce guide Ce guide décrit des méthodes d’extraction de l’ADN de Mycobacterium paratuberculosis à partir d’échantillons compatibles avec le Applied Biosystems™ MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit. Les méthodes ont été validées et optimisées pour une utilisation ultérieure avec le VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit (cat. n° A40001754 et A40001753). Sélection de l’échantillon Type d’échantillon Fèces Type d’analyse Quantité et matériel de prélèvement Individuel ou en mélange[1] 2 à 3 g de fèces Matières fécales provenant de li­ tières Organes Colonies bactériennes 4 15 g de litières Individuel 20 à 30 mg de l’organe 2 à 3 colonies en suspension dans 500 µl d’eau sans nucléase VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire Chapitre 1 Vue d’ensemble Stockage de l’échantillon 1 (suite) Type d’échantillon Type d’analyse Quantité et matériel de prélèvement Cultures 200 µl de culture liquide Lait Individuel Ecouvillons 50 ml de lait 1 écouvillon sec par échantillon Chiffonnettes [1] 1 ou 2 unités Les recommandations et réglementations relatives au mélange peuvent varier selon les pays. Pour l’Allemagne, le mélange d’échantillons est possible conformément aux méthodes officielles de collecte. Stockage de l’échantillon Type d’échan­ tillon Conservation[1] Fèces Conserver les échantillons entre 2°C et 8°C jusqu’à utilisation (sous 8 jours maximum). Matières féca­ les provenant de litières Après utilisation ou après un délai de 8 jours, conserver les échantillons en dessous de -16°C pendant 1 an au maximum ou en dessous de -70°C pour un stockage à long terme. Cultures Après le prélèvement, conserver les échantillons entre 2°C et -8°C jusqu’à utilisation (sous 24 heures au maximum). Organes Après utilisation ou après un délai de 24 heures, conserver les échantillons en dessous de -16°C pour une utilisation dans l’année ou en dessous de -70°C pour un stockage à long terme. Placer 2-3 colonies dans un microtube contenant 500 µl d’eau sans nucléase, puis mélan­ ger au vortex. Colonies bacté­ Conserver les échantillons entre 2°C et 8°C jusqu’à utilisation (sous 8 jours maximum). riennes Après utilisation ou après un délai de 8 jours, conserver les échantillons en dessous de -16°C pendant 1 an au maximum ou en dessous de -70°C pour un stockage à long terme. VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire 5 1 Chapitre 1 Vue d’ensemble Matériel requis, mais non fourni (suite) Type d’échan­ tillon Conservation[1] Placer immédiatement une fraction de lait en dessous de -16°C pour une utilisation dans l’année ou en dessous de -70°C pour un stockage à long terme. Après la collecte, conserver comme indiqué : Lait • Sans conservateurs – Conserver immédiatement les échantillons entre 2°C et 8°C jusqu’à utilisation (sous 48 heures au maximum). Après utilisation ou après un délai de 48 heures, conserver les échantillons en dessous de -16°C pour une utilisation dans l’année ou en dessous de -70°C pour un stockage à long terme. • Sans conservateurs – Ajouter immédiatement des conservateurs, puis conserver les échantillons entre 2°C et 8°C jusqu’à utilisation (sous 8 jours maximum). Après utili­ sation ou après un délai de 8 jours, conserver les échantillons en dessous de -16°C pendant 1 an au maximum ou en dessous de -70°C pour un stockage à long terme. Ecouvillons Chiffonnettes [1] Après la collecte, placer la chiffonnette ou l’écouvillon dans un sac stérile, puis déconta­ miner l’extérieur du sac avec une solution à base d’eau de Javel diluée. Conserver les échantillons entre 2°C et 8°C jusqu’à utilisation (sous 2 jours maximum). Après utilisation ou expiration du délai de 2 jours, conserver les échantillons en dessous de -16°C pendant 1 an au maximum ou en dessous de -70°C pour un stockage à long terme. Nous recommandons aux clients de valider les conditions de stockage de leurs échantillons pour la méthode. Matériel requis, mais non fourni Sauf indication contraire, tous les produits sont disponibles sur thermofisher.com. "PFL" indique que le matériel est disponible sur fisherscientific.com ou auprès d'un autre principal fournisseur de laboratoire. Article Source Instrument L’un des instruments suivants ou équivalents : • KingFisher™ Flex Purification System • KingFisher™ Apex Purification System • MagMAX™ Express‑96 Magnetic Particle Processor Contacter votre bureau de vente local. • KingFisher™ 96 Magnetic Particle Processor • KingFisher™ Duo Prime Purification System • KingFisher™ mL Purification System 6 VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire Chapitre 1 Vue d’ensemble Matériel requis, mais non fourni 1 (suite) Article Source Équipement Broyeur à billes pour l’agitation parmi les modèles suivants ou équivalents : • Fisherbrand™ Bead Mill 24 Homogenizer (recommandé) • Fisher Scientific™ 15-340-163 • Mixer Mill MM 400 (Verder 207450001) • Fisher Scientific™ 08418241 • Broyeur Precellys™ 24 (Bertin) • Bertin EQ03119.200.RD000.0 • Instrument FastPrep‑24™ (MP Biomedical 116004500) • Fisher Scientific™ MP116004500 • Mini‑BeadBeater‑96 (Glen Mills) • Fisher Scientific™ NC0141170 • Broyeur TeSeE™Precess 24™ (BioRad 3591070) • BioRad 3591070 Instrument Stomacher ou équivalent[1] PFL Poste de sécurité microbiologique (PSM) de type II PFL Micropipettes de précision (gamme de 1 µl à 1 000 µl) avec embouts à filtre sans nucléase PFL Agitateur de laboratoire, vortex ou équivalent PFL Centrifugeuse de paillasse pouvant atteindre 15 000 × g (pour microtubes de 1,5 ml et 2 ml) PFL Balance de précision PFL Consommables KingFisher™ Flex Microtiter Deep-Well 96 plate, sterile 95040460 Tubes sans nucléase de 1,5 ml et 2 ml PFL Film pour plaque ou couvercle équivalent PFL Poudre de billes de zircone de 0,1 mm et de billes en verre de 3 mm PFL Sacs Stomacher[1] PFL Abaisse-langues (100 unités) Tubes coniques de 50 ml (500 unités) TFS09210 30953450069 Kits et réactifs MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit A32700, A32702 MagMAX™ CORE Disruption Plate Module A40004818 MagMAX™ CORE Disruption Tubes Module A40004819 MagMAX™ CORE Clarifying Solution VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire A40003454, A40003455 7 1 Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit (suite) Article Source Eau stérile PFL Eau sans nucléase (pour les échantillons de contrôle négatif [NCS]) PFL [1] Requis pour les matières fécales provenant de litières et les échantillons de type chiffonnettes Tableau 1 Matériels requis pour le traitement dans les instruments KingFisher™ Duo Prime ou KingFisher™ mL Article Source Consommables pour l’instrument KingFisher™ Duo Prime KingFisher™ Duo Pack Combi pour plaque Microtiter 96 Deepwell (peignes, plaques et barrettes d’élution pour 96 échantillons) 97003530 KingFisher™ Duo Elution Strip (40 pièces)[1] 97003520 KingFisher™ Duo 12-tip comb for Microtiter 96 deep-well plate (50 pièces)[1] 97003500 KingFisher™ Flex Microtiter Deep-Well 96 plates[1] 95040460 Consommables pour l’instrument KingFisher™ mL KingFisher™ mL Tubes et peignes (pour 240 échantillons) 97002141 KingFisher™ mL Peigne (800 unités) 97002111 KingFisher™ mL Tube (20 x 45 unités) 97002121 [1] Inclus dans le pack KingFisher™ Duo Combi (cat. n° 97003530). Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit Vue d’ensemble de la méthode par type d’échantillon Étapes de la méthode selon le type d’échantillon Fèces, matières fécales provenant de li­ tières, écouvillons et chiffonnettes Organes, colonies bactérien­ nes et cultures Lait Préparation des solutions (page 11) Mélange de Lysis/Binding/Beads/IPC Diluer la MagMAX™ CORE Clarifying Solution 8 Utiliser la MagMAX™ CORE Clarifying Solution non diluée VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit 1 (suite) Étapes de la méthode selon le type d’échantillon Fèces, matières fécales provenant de li­ tières, écouvillons et chiffonnettes Organes, colonies bactérien­ nes et cultures Lait Préparer l’échantillon (page 12) 1. Ajouter l’échantillon Peser ou ajouter l’échantillon dans le récipient correspondant 2. Centrifuger 3. Éliminer le surnageant 4. Répéter les étapes 1 à 3 Ajouter la MagMAX™ CORE Clarifying Solution, puis broyer Incuber l’échantillon (page 13) Incubation courte ou longue (Facultatif) Mélanger les surnageants des échantillons fécaux Ne pas incuber l’échantillon Agiter avec les billes (broyer) les échantillons. (page 14), puis centrifuger Transférer les échantillons dans le puits correspondant (plaque ou barrette) à des fins de purification (Facultatif) Incuber les échantillons fécaux avec la PK Solution à température ambiante Combiner le lysat avec le mélange de Lysis/Binding/Beads/IPC (page 16) Traiter les échantillons dans l’instrument (page 18) Lancer le script approprié, puis placer les plaques ou les barrettes de tubes dans l’instrument selon les instructions. Instructions • Avant utilisation, retourner les bouteilles de solutions et de tampons pour bien les mélanger. • Mélanger les échantillons avec les réactifs par aspiration-refoulement. • Pour éviter toute contamination croisée : – Couvrir la plaque ou la barrette pendant les étapes d’incubation et d’agitation, pour éviter tout débordement. – Pipeter avec précaution les réactifs et les échantillons pour éviter les éclaboussures. • Pour éviter toute contamination par les nucléases : – Porter des gants de laboratoire pendant les procédures. Les gants vous protègent des réactifs, et ils protègent l’acide nucléique des nucléases présentes sur la peau. – Utiliser des pointes de pipettes exempts d’acide nucléique pour manipuler les réactifs, et éviter de mettre des pointes utilisées dans les récipients de réactifs. – Décontaminer les paillasses de laboratoire et les pipettes avant de commencer. VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire 9 1 Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit Avant la première utilisation du kit (Optionnel) Déterminer les paramètres optimaux du broyeur à billes Nous recommandons l’utilisation de Fisherbrand™ Bead Mill 24 Homogenizer pour un rendement maxi­ mal en acides nucléiques. Si un autre instrument est utilisé, suivre les directives du fournisseur pour déterminer les paramètres de vitesse et de temps pour obtenir une lyse de cellules suffisante. Télécharger et installer le script Le script approprié au MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit doit être installé sur l’instrument avant sa première utilisation. IMPORTANT ! En cas d’utilisation de l’instrument KingFisher™ Apex, contacter le support technique pour télécharger le script. 1. Sur la page produit du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit sur Internet (sur thermofisher.com, effectuer une recherche à partir de la référence catalogue), aller dans la section Documents. 2. Localiser et télécharger la dernière version du fichier approprié, puis télécharger la dernière version du script MagMAX_CORE pour votre instrument. Tableau 2 Scripts pour l’instrument Nom du script Script standard Script standard Script express (avec étape d’élution chauffée) (sans étape d’élution chauffée) (sans étape d’élution chauffée) KingFisher™ Apex MagMAX_CORE_Heated_v1.kfx MagMAX_CORE_non_Heated_v1.k fx MagMAX_CORE_Apex_Express.kf x KingFisher™ Flex MagMAX_CORE_Flex.bdz MagMAX_CORE_Flex_no_heat.bd z MagMAX_CORE_Flex_Express.bd z MagMAX_CORE_KF-96.bkf2 MagMAX_CORE_KF-96_no_heat.k f2 MMC_KF96_Express.kf2 KingFisher™ Duo Prime MagMAX_CORE_DUO.bdz MagMAX_CORE_DUO_no_heat.bdz MagMAX_CORE_DUO_Express.bdz KingFisher™ mL N/A MagMAX_CORE_mL_no_heat.bdz MagMAX_CORE_mL_Express.bdz Instrument KingFisher™ 96 MagMAX™ Express-96 3. Consulter le guide de l’utilisateur de votre instrument ou contacter le support technique pour obtenir la notice d’utilisation sur l’installation du script. 10 VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit 1 Purification de l’ADN Préparer les plaques sur l’instrument KingFisher™ Flex, KingFisher™ Apex ou MagMAX™ Express-96 IMPORTANT ! En cas d’utilisation de l’instrument KingFisher™ Duo Prime ou KingFisher™ mL, ne pas préparer les plaques ou les barrettes de tubes avant de préparer les échantillons (voir “Préparer les plaques sur les instruments KingFisher™ Duo Prime et KingFisher™ mL” en page 16). 1. Préparer les plaques sur l’instrument. Position de la plaque[1] Type de pla­ que Plaque de lava­ ge 1 2 Plaque de lava­ ge 2 ID de la plaque [1] Réactif Volume par puits Deep Well MagMAX™ CORE Wash Solution 1 500 µl 3 Deep Well MagMAX™ CORE Wash Solution 2 500 µl Élution 4 Standard MagMAX™ CORE Elution Buffer 90 µl Peigne 5 Standard Placer un peigne protecteur dans la plaque. Position sur l’instrument. 2. Pour éviter l’évaporation et la contamination, nous recommandons de prendre les mesures suivantes : • Couvrir les plaques préparées pour le traitement avec une feuille adhésive jusqu’à ce qu’elles soient placées dans l’instrument. • Placer directement les plaques préparées dans l’instrument. Préparation des solutions 1. Préparation du mélange de Lysis/Binding/Beads/IPC Combiner les composants suivants pour le nombre requis d’échantillons, plus jusqu’à 10 % d’excédent. Composant Volume par échantillon MagMAX™ CORE Lysis Solution 350 µl MagMAX™ CORE Binding Solution 350 µl MagMAX™ CORE Magnetic Beads 20 µl Contrôle positif interne (IPC) 5 µl Mélange de Lysis/Binding/Beads/IPC total 725 µl 2. Mélanger en retournant le tube ou la bouteille au moins 10 fois. VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire 11 1 Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit 3. Diluer la MagMAX™ CORE Clarifying Solution. Combiner les composants suivants pour le nombre requis d’échantillons, plus jusqu’à 10 % d’excédent. La quantité nécessaire dépend du type d’échantillon. Quantité selon le type d’échantillon Composant Matières fécales Organes, cultures, colonies bac­ Fèces provenant de litiè­ Ecouvillons tériennes, lait res, chiffonnettes MagMAX™ CORE Clarifying Solution 2 ml 3 ml 150 µl PBS 1X ou eau distillée 18 ml 27 ml 1 350 µl Total de solution MagMAX™ CORE Clarifying Solution di­ luée 20 ml 30 ml 1 500 µl Utiliser une solution clarifiante non diluée 4. Mélanger en retournant le tube ou la bouteille au moins 10 fois. Préparer l’échantillon Préparer l’échantillon selon le type d’échantillon. Type d’échan­ tillon Fèces Action 1. Ajouter 2 à 3 g dans un tube de 50 ml. 2. Ajouter 20 ml de MagMAX™ CORE Clarifying Solution diluée. 3. Mélanger vigoureusement au vortex pendant 30 secondes ou jusqu’à ce que l’échan­ tillon soit en suspension. Matières féca­ les provenant de litières Chiffonnettes 1. Ajouter 15 g dans un sac Stomacher. 2. Ajouter 30 ml de MagMAX™ CORE Clarifying Solution diluée.[1] 3. Broyer pendant 2 à 3 minutes à l’aide de l’instrument Stomacher. 1. Transférer 1 à 2 unités dans un sac Stomacher. 2. Ajouter 30 ml de MagMAX™ CORE Clarifying Solution diluée.[1] 3. Broyer pendant 2 à 3 minutes à l’aide de l’instrument Stomacher. Ecouvillons 1. Casser la pointe de l’écouvillon et l’ajouter à un tube de 2 ml. 2. Ajouter 1,5 ml de MagMAX™ CORE Clarifying Solution diluée.[2] 3. Mélanger vigoureusement au vortex pendant 30 secondes ou jusqu’à ce que l’échan­ tillon soit en suspension. 12 VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit 1 (suite) Type d’échan­ tillon Colonies bacté­ riennes Action 1. Ajouter 500 µl d’eau stérile ou de PBS 1X dans un tube de 2 ml. 2. Ajouter 2 à 3 colonies dans le tube de 2 ml, puis procéder avec 200 µl de suspen­ sion. 3. Ajouter 200 µl de MagMAX™ CORE Clarifying Solution. 4. Mélanger vigoureusement au vortex pendant 30 secondes ou jusqu’à ce que l’échan­ tillon soit en suspension. Cultures 1. Ajouter 200 µl de culture liquide dans un tube de 2 ml. 2. Ajouter 200 µl de MagMAX™ CORE Clarifying Solution. 3. Mélanger vigoureusement au vortex pendant 30 secondes ou jusqu’à ce que l’échan­ tillon soit en suspension. Organes 1. Ajouter 20 à 25 mg dans un tube d’agitation de 2 ml contenant des billes de zirco­ nium, puis ajouter 2 billes en verre (3 mm). 2. Ajouter 400 µl de MagMAX™ CORE Clarifying Solution. 3. Passer à l’étape suivante. Lait 1. Ajouter 50 ml de lait dans un tube conique de 50 ml. 2. Centrifuger à 4 200 × g pendant 45 minutes. 3. Éliminer le surnageant en laissant environ 1 ml de liquide, puis resuspendre le culot avec le liquide restant en pipettant par aspiration et refoulement. 4. Transférer la totalité du liquide dans un tube de 2 ml. 5. Centrifuger à 10 000 × g pendant 10 minutes. 6. Éliminer le surnageant. 7. Ajouter 400 µl de MagMAX™ CORE Clarifying Solution, puis resuspendre le culot en pipettant par aspiration et refoulement. 8. Passer à l’étape suivante. [1] [2] Le volume de MagMAX™ CORE Clarifying Solution diluée peut être augmenté à 40 ml si l’échantillon est sec et absorbe le liquide. Le volume de MagMAX™ CORE Clarifying Solution diluée peut être augmenté à 2 ml si l’échantillon est sec et absorbe le liquide. Incuber l’échantillon 1. Incuber l’échantillon à température ambiante. Deux types d’incubation peuvent être utilisés selon les besoins du laboratoire et du type d’échan­ tillon : une incubation courte ou une incubation longue. VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire 13 1 Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit Pour les échantillons provenant de caprins, d’ovins et de camélidés, l’incubation longue est recom­ mandée en raison de la consistance des fèces. Incubation courte Incubation longue 30 minutes 16 à 18 heures (une nuit) Fèces (dans le MagMAX™ CORE Disruption Plate Module) Non recommandé Recommandé Fèces (dans le MagMAX™ CORE Disruption Tubes Module) Recommandé Recommandé Non testé Recommandé Recommandé Recommandé Non testé Recommandé Type d’échantillon Matières fécales provenant de litières[1] Ecouvillons Chiffonnettes[1] Organes Aucune incubation nécessaire Colonies bactériennes Cultures Lait [1] Broyer une deuxième fois pendant 2 à 3 minutes avec l’instrument Stomacher ou pétrir à la main avant la prochaine étape. Remarque : Incuber les échantillons sur une surface exempte de vibrations pour permettre au contenu de décanter avant de transférer le surnageant. 2. (Facultatif) Mélanger jusqu’à 10 échantillons fécaux après l’incubation avec la MagMAX™ CORE Clarifying Solution diluée. a. Mélanger jusqu’à 500 µl de chaque surnageant. b. Transférer 800 µl du surnageant en mélange vers une plaque d’agitation ou transférer 1 ml du surnageant en mélange dans un tube d’agitation. Le tube contenant l’échantillon fécal et la MagMAX™ CORE Clarifying Solution diluée peuvent être conservés jusqu’à 5 jours à température ambiante. Si le mélange est positif, il est possible de tester le surnageant d’échantillons individuels jusqu’à 5 jours après le début de l’incubation. Agiter avec les billes (broyer) les échantillons. 1. Transférer le surnageant dans un MagMAX™ CORE Disruption Tubes Module de 2 ml ou dans un MagMAX™ CORE Disruption Plate Module de 96 puits. Nous recommandons de répartir le surnageant lentement pour éviter tout reflux et toute contamination. 14 VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit Type d’échantillon 1 Quantité Fèces (dans le MagMAX™ CORE Disruption Plate Module)[1] 800 µl Fèces (dans le MagMAX™ CORE Disruption Tubes Module) 1 ml Matières fécales provenant de litières Ecouvillons Chiffonnettes Organes Jusqu’à 400 µl de l’échantillon préparé Colonies bactériennes Cultures Lait [1] Le MagMAX™ CORE Disruption Plate Module est seulement validé pour l’échantillon fécal. Pour d’autres types d’échantillons, contacter votre représentant Thermo Fisher local. 2. Pour les plaques, recouvrir et sceller la plaque avec le film adhésif fourni à l’aide d’une thermoscelleuse. Pour la thermoscelleuse, les réglages recommandés sont 185°C pendant 3,5 secondes. 3. Agiter avec les billes les échantillons à l’aide d’un dispositif d’agitation. Paramètres d’agitation[1] Type d’échantillon Mixer Mill MM 400 Broyeur Precellys™ 24 ou TeSeE™Precess 24™ Instrument FastPrep‑24™ Fèces (dans le MagMAX™ CORE Disruption Plate Module) 30 Hz ; 3 mi­ nutes N/A N/A Fèces (dans le MagMAX™ CORE Disruption Tubes Module) 30 Hz ; 10 mi­ 6 800 × g ; 2 × 90 secondes 6,5 m/s ; 4 × 45 se­ nutes condes Matières fécales provenant de li­ tières Ecouvillons Chiffonnettes Colonies bactériennes Cultures Lait [1] Pour les autres dispositifs d’agitation, suivre la notice d’utilisation fournie par le fabricant. Remarque : Si un autre broyeur à billes est utilisé, voir “(Optionnel) Déterminer les paramètres optimaux du broyeur à billes” en page 10. 4. Centrifuger à 10 000 × g pendant 2 minutes. 5. Passer à la section suivante avec jusqu’à 300 µl de surnageant (lysat clarifié). Pour les échantillons de type organe, ne pas broyer le culot. Procéder avec moins de 300 µl. VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire 15 1 Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit Combiner le lysat avec le mélange de Lysis/Binding/Beads/IPC (Facultatif) Ajouter 10 µl de solution de protéinase K dans chaque échantillon, puis transférer l’échantillon comme décrit dans étape 1. Incuber pendant 30 minutes à température ambiante, puis passer à l’étape 2. 1. Transférer 300 µl de chaque lysat clarifié ou 300 µl de MagMAX™ CORE Clarifying Solution diluée (en tant que contrôle d’extraction négatif) dans les puits requis sur la plaque ou la barrette de tubes. 2. Ajouter 720 µl de mélange de Lysis/Binding/Beads/IPC dans chaque échantillon. En cas d’utilisation de l’instrument KingFisher™ Duo Prime ou KingFisher™ mL, procéder à la prépara­ tion des plaques ou des barrettes de tubes (section suivante). En cas d’utilisation des instruments KingFisher™ Flex, KingFisher™ Apex ou MagMAX™ Express-96, pro­ céder immédiatement à la mise en place des échantillons sur l’instrument (voir “Traiter les échantillons dans l’instrument” en page 18). Préparer les plaques sur les instruments KingFisher™ Duo Prime et KingFisher™ mL IMPORTANT ! En cas d’utilisation des instruments KingFisher™ Flex, KingFisher™ Apex ou MagMAX™ Express-96, procéder immédiatement à la mise en place des échantillons sur l’instrument (voir “Traiter les échantillons dans l’instrument” en page 18). 16 VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit 1 En cas d’utilisation de l’instrument KingFisher™ Duo Prime ou KingFisher™ mL, préparer les plaques sur l’instrument. Remarque : Pour la réalisation de cette procédure pour un traitement sur l’instrument KingFisher™ mL, pipetter les échantillons par aspiration et refoulement. Ne pas utiliser d’agitateur de plaques pour mélanger les grandes barrettes de tubes utilisées avec l’instrument. Ajouter la MagMAX™ CORE Wash Solution 1, la MagMAX™ CORE Wash Solution 2 et le MagMAX™ CORE Elution Buffer aux positions indiquées, selon l’instrument. Tableau 3 Plan de plaque : Instrument KingFisher™ Duo Prime [1] [2] ID de la ligne Ligne sur la pla­ que Type de plaque Échantillon A Deep Well Lavage 1 B MagMAX™ CORE Wash Solution 1 500 µl Lavage 2 C MagMAX™ CORE Wash Solution 2 500 µl Élution[1] Séparer la bar­ rette de tubes[2] Barrette d’élu­ tion MagMAX™ CORE Elution Buffer 90 µl Peigne H Deep Well Réactif Volume par puits Broyat d’échantillon / mélange de Varie selon l’échantillon Lysis/Binding/Beads ou la méthode Placer un peigne protecteur dans la plaque. S’assurer que la barrette d’élution est placée dans le bon sens dans le bloc d’élution. Placer sur l’élément de chauffage. Tableau 4 Configuration de la barrette de tubes : instrument KingFisher™ mL ID de la position Position de la barrette de tu­ bes Tube Échantillon 1 Standard Lavage 1 2 MagMAX™ CORE Wash Solution 1 500 µl Lavage 2 3 MagMAX™ CORE Wash Solution 2 500 µl Élution 4 MagMAX™ CORE Elution Buffer 90 µl Peigne N/A N/A Réactif Volume par puits Broyat d’échantillon / mélange de Varie selon l’échantillon Lysis/Binding/Beads ou la méthode Glisser le peigne dans le support pour peigne. Conserver l’acide nucléique purifié sur de la glace pour une utilisation immédiate, à -20°C pendant 1 mois au maximum ou à -80°C pour un stockage à long terme. VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire 17 1 Chapitre 1 Vue d’ensemble Purifier l’ADN à l’aide du MagMAX™ CORE Nucleic Acid Purification Kit Traiter les échantillons dans l’instrument 1. Sélectionner le script approprié sur l’instrument (voir “Télécharger et installer le script” en page 10). 2. Démarrer le test, puis placer les plaques ou barrettes de tubes préparées sur leur position lorsque l’instrument le demande. Conserver l’acide nucléique purifié sur de la glace pour une utilisation immédiate, à -20°C pendant 1 mois au maximum ou à -80°C pour un stockage à long terme. 18 VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire A Documentation et support Assistance à la clientèle et support technique Visiter thermofisher.com/support pour obtenir les informations les plus récentes sur les services et le support. • Numéros de téléphone de contact internationaux • Informations sur le support produit – FAQ relatives aux produits – Logiciels, correctifs et mises à jour – Formations sur de nombreux instruments et applications • Commandes et assistance en ligne • Documentation produit – Guides de l’utilisateur, manuels et protocoles – Certificats d’analyse – Fiches de données de sécurité (FDS) Remarque : Pour obtenir les FDS relatives aux réactifs et produits chimiques d’autres fabri­ cants, contacter ces derniers. Garantie limitée du produit Life Technologies Corporation et ses filiales garantissent leurs produits selon les conditions générales de vente de Life Technologies disponibles sur le site www.thermofisher.com/us/en/home/global/ terms-and-conditions.html. Pour toute question, prendre contact avec Life Technologies à l’adresse www.thermofisher.com/support. VetMAX™ M. paratuberculosis 3.0 Kit Guide Complémentaire 19 VetMAX M Paratuberculosis 3.0 Kit_SUP_MAN1000713-v1GUID-34C00082-7962-470C-8323-3CAE1BED0016-2024/09/27 21:43:20 fr 17:03:54.848-04:00 thermofisher.com/support | thermofisher.com/askaquestion thermofisher.com 24 mars 2025 ">
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