Guide du système MiniSeq
MC
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Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
Janvier 2016
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Table des matières
Chapitre 1 Présentation
Présentation des consommables de séquençage
Bases de données et génomes préinstallés
Chapitre 2 Premiers pas
Personnaliser les paramètres du système
Configurer les paramètres d’analyse
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Chapitre 3 Séquençage
Préparer des librairies pour le séquençage
Configurer une analyse de séquençage
Surveiller la progression de l’analyse
Lavage automatique après analyse
Retirer le réservoir usagé de la position nº 9
Chapitre 4 Maintenance
Effectuer un lavage manuel de l’instrument
Annexe A Dépannage
Erreurs de la vérification automatique
Paramètres de configuration du réseau
Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Fichiers d’entrée et de sortie
Flux de travail de Real-Time Analysis
Annexe C Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Structure des dossiers de sortie de séquençage
Guide du système MiniSeq
iii
Exigences relatives aux fichiers d’entrée de l’analyse
Index
Assistance technique
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Support nº 20002370
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Chapitre 1 Présentation
Présentation
Présentation des consommables de séquençage
Bases de données et génomes préinstallés
Guide du système MiniSeq
1
Introduction
Le système MiniSeq MC d’Illumina MD vous permet d’exploiter avec aisance la technologie de séquençage d’Illumina, de grande qualité et conforme aux normes du secteur, dans un système de bureau rentable et facile d’utilisation.
Fonctionnalités
}
Séquençage de haute qualité : sur le système système MiniSeq, vous pouvez réaliser le séquençage de petits génomes, d’amplicons et de l’ARN ainsi que l’enrichissement ciblé en n’utilisant qu’un petit volume de librairies.
} Logiciels du système MiniSeq : le système système MiniSeq comprend une suite de logiciels intégrés qui assure le contrôle des opérations de l’instrument, le traitement des images et la génération des définitions de bases. Cette suite comprend un logiciel d’analyse des données sur instrument et des outils de transfert de données pour les analyses utilisant d’autres options, telles que BaseSpace.
}
Analyse des données sur instrument : le logiciel Local Run Manager passe en revue les données du séquençage selon le module d’analyse qui a été indiqué pour ce séquençage. Un ensemble de modules d’analyse sont compris dans le logiciel.
}
Intégration de BaseSpace MD
: le flux de travail de séquençage est intégré à
BaseSpace, l’environnement informatique consacré à la génomique d’Illumina et destiné à la surveillance de l’analyse, à l’analyse des données, à leur stockage et à leur échange. Les fichiers de sortie sont transférés en temps réel vers BaseSpace ou
BaseSpace Onsite en vue de leur analyse.
} Chargement pratique des consommables : un mécanisme de pince positionne la
Flow Cell lors de son chargement dans l’instrument. Une cartouche de réactifs préremplie à usage unique fournit les réactifs nécessaires à une analyse et au lavage de l’instrument qui s’ensuit. La Flow Cell et la cartouche de réactifs comprennent une identification intégrée pour permettre un suivi précis.
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Ressources supplémentaires
Consultez les pages d’aide du système MiniSeq sur le site Web d’Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions.
Les documents suivants sont consultables sur le site Web d’Illumina.
Ressource
Custom Protocol Selector
Guide de sécurité et de conformité du système MiniSeq (document nº 1000000002698)
Guide de conformité du lecteur
RFID avec antenne externe
(document nº 1000000002699)
Guide de dénaturation et de dilution des librairies pour le système MiniSeq (document nº 1000000002697)
Guide du logiciel Local Run
Manager (document nº 1000000002702)
Description
Assistant pour la génération de la documentation personnalisée dans son intégralité en fonction de la méthode de préparation des librairies, des paramètres d’analyse et de la méthode d’analyse utilisée pour le séquençage.
Fournit des renseignements concernant les questions de sécurité, les déclarations de conformité et l’étiquetage de l’instrument.
Fournit des renseignements sur le lecteur RFID de l’instrument, les certificats de conformité et les questions de sécurité.
Fournit des instructions pour la dénaturation et la dilution de librairies préparées en vue d’une analyse de séquençage, et pour la préparation d’un contrôle PhiX facultatif.
Fournit des renseignements concernant l’utilisation du logiciel Local Run Manager et les options d’analyse existantes.
Guide du système MiniSeq
3
Composants de l’instrument
Le système MiniSeq comprend un écran tactile, une barre d’état, un compartiment de Flow
Cell et un compartiment de réactifs.
Figure 1 Composants de l’instrument
A
Écran tactile : permet la configuration et le paramétrage sur l’instrument à l’aide de l’interface du logiciel de commande.
B
Bouton d’alimentation :allume l’ordinateur intégré àl’instrumentetle système d’exploitation.
C Ports USB : connexions pratiques pour les composants périphériques.
D Compartiment de Flow Cell : renferme la Flow Cell durant l’analyse.
E Barre d’état : indique si l’instrument est en cours de traitement (bleu), nécessite une attention particulière (orange) ou est prêt pour le séquençage (vert), ou lorsqu’un lavage doit être effectué dans les prochaines 24 heures (jaune).
F Compartiment de réactifs : contient la cartouche de réactifs et le flacon de réactifs usagés.
Compartiment de Flow Cell
La platine de Flow Cell comprend le verrou de Flow Cell. Une fois fermé, celui-ci maintient la Flow Cell, les broches près de sa base alignant les ports de la Flow Cell et les connexions fluidiques.
Figure 2 Compartiment de Flow Cell
4
A Porte du compartiment de Flow Cell
B Verrou de Flow Cell
C Platine de Flow Cell
D Flow Cell
E Bouton de libération du verrou de Flow Cell
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La station thermique, située sous la platine de Flow Cell, commande la température en la modifiant en fonction des exigences de la génération d’amplifiats et du séquençage.
REMARQUE
Ne mettez pas d’objets sur l’instrument près du compartiment de Flow Cell.
Compartiment de réactifs
Le paramétrage d’une analyse de séquençage sur le système MiniSeq nécessite d’accéder au compartiment de réactifs afin de charger les consommables de l’analyse et de vider le flacon de réactifs usagés.
Figure 3 Compartiment de réactifs
A Flacon de réactifs usagés : comprend un capuchon à vis pour éviter les fuites lors du transport.
B Cartouche de réactifs : fournit des réactifs dans un consommable à usage unique pré-rempli.
C Porte du compartiment de réactifs : permet d’accéder au compartiment de réactifs.
La porte du compartiment de réactifs s’ouvre vers l’extérieur des charnières au bas de l’instrument. Pour ouvrir la porte, tirez doucement la porte en la tenant par les côtés.
REMARQUE
Ne placez aucun objet sur la porte du compartiment de réactifs. La porte du compartiment n’est pas conçue pour être utilisée en tant qu’étagère.
Bouton d’alimentation
Le bouton d’alimentation situé sur la partie avant de l’instrument met sous tension l’instrument et l’ordinateur de l’instrument. Il réalise les actions suivantes en fonction de l’état de l’alimentation de l’instrument.
État de l’alimentation
Instrument hors tension
Instrument sous tension
Action
Appuyez brièvement sur le bouton pour le mettre sous tension.
Appuyez brièvement sur le bouton pour le mettre hors tension.
Une boîte de dialogue s’affiche à l’écran pour confirmer que l’instrument s’est arrêté normalement.
Guide du système MiniSeq
5
État de l’alimentation
Instrument sous tension
Action
Appuyez et maintenez le bouton d’alimentation enfoncé pendant
10 secondes pour provoquer un arrêt forcé de l’instrument et de l’ordinateur de l’instrument.
Utilisez cette méthode pour mettre l’instrument hors tension uniquement si l’instrument ne répond pas.
REMARQUE
Dans des conditions normales, ne mettez pas l’instrument hors tension.
Mettre l’instrument hors tension au cours d’une analyse de séquençage arrête immédiatement celle-ci. L’arrêt d’une analyse est définitif. Les consommables de l’analyse ne peuvent pas être réutilisés et les données de séquençage ne sont pas enregistrées.
Logiciels du système
La suite logicielle de l’instrument comprend des applications intégrées prévues pour les analyses de séquençage et les analyses sur instrument.
} MiniSeq Control Software : le logiciel de commande vous guide étape par étape dans la configuration d’une analyse de séquençage, contrôle les opérations de l’instrument et vous donne un aperçu des statistiques d’analyse pendant la progression de cette dernière.
}
Logiciel Real-Time Analysis (RTA) : RTA effectue l’analyse des images et la définition des bases lors de l’analyse. Consultez
Présentation de Real-Time Analysis à la page 68
.
} Local Run Manager : avant un séquençage, utilisez Local Run Manager pour indiquer les paramètres de séquençage et la méthode d’analyse. Après le séquençage, l’analyse des données sur instrument se lance automatiquement. Pour plus de renseignements, consultez le Guide du logiciel Local Run Manager (document nº 1000000002702).
Icônes d’état
Une icône d’état située dans le coin supérieur droit de l’écran sur l’interface du logiciel de commande indique une modification des conditions pendant la configuration de l’analyse ou pendant l’analyse.
Icône d’état
Nom de l’état Description
État OK Le système est normal.
Traitement
Attention
Avertissement
Erreur
Le système est en cours de traitement.
Le système nécessite l’attention de l’utilisateur.
Un avertissement a eu lieu.
Les avertissements n’interrompent pas une analyse et ne nécessitent pas d’intervention pour la poursuite de l'analyse.
Une erreur a eu lieu.
Les erreurs nécessitent une intervention avant la poursuite de l’analyse.
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Lorsqu’un changement de condition se produit, l’icône clignote afin de vous alerter.
Sélectionnez l’icône pour afficher une description de la condition. Sélectionnez
Acknowledge (Accuser réception) pour accepter le message et Close (Fermer) pour fermer la boîte de dialogue.
Guide du système MiniSeq
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Présentation des consommables de séquençage
Pour effectuer une analyse de séquençage sur le système MiniSeq, une trousse Trousse
MiniSeq à usage unique est nécessaire. Chaque trousse comprend une Flow Cell et les réactifs nécessaires à la réalisation d’une analyse.
La Flow Cell et la cartouche de réactifs utilisent l’identification par radiofréquence (RFID) pour un suivi précis des consommables et pour des questions de compatibilité avec les paramètres d’analyse indiqués.
Flow Cell
La Flow Cell est un substrat de verre qui sert de support à la génération des amplifiats et à la réaction de séquençage. La Flow Cell est enchâssée dans une cartouche de Flow Cell.
Figure 4 Composants de la Flow Cell
A Zone d’imagerie
B Joint de Flow Cell
C Port de sortie
D Port d’entrée
Les réactifs pénètrent dans la Flow Cell par le port d’entrée, traversent la zone d’imagerie à ligne unique, puis sortent par le port de sortie.
La Flow Cell est livrée sèche dans un tube de Flow Cell, lui-même contenu dans un emballage d’aluminium. Stockez la Flow Cell dans son emballage d’aluminium hermétiquement fermé à une température comprise entre 2° C et 8° C avant utilisation.
Pour obtenir plus de renseignements, consultez
Préparer la Flow Cell à la page 27 .
Présentation de la cartouche de réactifs
La cartouche de réactifs est un consommable à usage unique doté de réservoirs recouvert d’un opercule en aluminium, pré-remplis de réactifs d’amplification, de séquençage et de lavage.
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Figure 5 Cartouche de réactifs
La cartouche de réactifs contient un réservoir prévu pour le chargement des librairies préparées. Après le lancement de l’analyse, les librairies sont transférées automatiquement de la cartouche de réactifs à la Flow Cell.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes gouvernementales de sécurité en vigueur dans votre région.
Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html
.
Stockez la cartouche de réactifs à une température entre -25 et -15 °C jusqu’à utilisation.
Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section
Préparer la cartouche de réactifs à la page 27 .
Réservoirs réservés
Figure 6 Réservoirs numérotés
Position
13, 14 et 15
16
Description
Réservées aux primers personnalisés facultatifs
Charger les librairies
Guide du système MiniSeq
9
Réservoir amovible en position nº 9
La cartouche de réactifs préremplie comprend un réactif de dénaturation en position nº 9 qui contient du formamide. Pour faciliter l’élimination sûre de tout réactif non utilisé après l’analyse de séquençage, ce réservoir est amovible. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section
Retirer le réservoir usagé de la position nº 9 à la page 42
.
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Bases de données et génomes préinstallés
Dans la majorité des méthodes d’analyse, l’alignement requiert l’utilisation d’une référence.
Plusieurs bases de données et génomes de référence sont préinstallés dans l’ordinateur de l’instrument.
Preinstallés
Bases de données
Génomes
Description
• miRbase (humains)
• dbSNP (humains)
• refGene (humains)
• Arabidopsis thaliana
• Vache (Bos taurus)
• Souche d’E. coli DH10B
• Souche d’E. coli MG1655
• Drosophile
(Drosophila melanogaster)
• Être humain (Homo sapiens) version hg19
• Souris (Mus musculus)
• PhiX
• Rat (Rattus norvegicus)
• Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
• Levure (Saccharomyces cerevisiae
S288C)
• Staphylocoque doré NCTC 8325
Guide du système MiniSeq
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Chapitre 2 Premiers pas
Premiers pas
Personnaliser les paramètres du système
Configurer les paramètres d’analyse
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
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Démarrage de l’instrument
Assurez-vous que l’installation et l’initialisation de l’instrument ont été correctement effectuées et que sa configuration est terminée. Vous risquez d’endommager le système si vous démarrez l’instrument trop tôt.
1 Commutez le bouton d’alimentation en position I (marche).
Figure 7 Interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument
2 Appuyez sur le bouton d’alimentation situé au-dessus du compartiment de réactifs.
Le bouton d’alimentation permet d’allumer l’ordinateur intégré à l’instrument et le système d’exploitation.
Figure 8 Bouton d’alimentation situé à l’avant de l’instrument
14
3 Attendez le chargement complet du système d’exploitation.
Le système MiniSeq Control Software démarre et lance automatiquement le système.
L’écran d’accueil s’ouvre à la fin de l’étape d’initialisation.
4 Connectez-vous en utilisant le nom d’utilisateur et le mot de passe par défaut :
} Nom d’utilisateur : sbsuser
}
Mot de passe : sbs123
Sinon, connectez-vous à l’aide des identifiants propres à votre établissement.
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Personnaliser les paramètres du système
Le logiciel de commande comporte des paramètres personnalisables pour distinguer l’instrument ainsi que les préférences de flux de travail suivantes.
}
Élimination des consommables à la fin de l’analyse
}
Contournement de la confirmation de vérification avant analyse pour lancer automatiquement l’analyse
} Utilisation du clavier à l’écran pour les étapes de configuration de l’analyse
} Activation des indicateurs sonores
Personnaliser les éléments distinctifs de l’instrument
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customization (Personnalisation du système).
2 Pour attribuer un avatar à l’instrument, sélectionnez Browse (Parcourir) et naviguez jusqu’à l’image de votre choix.
3 Saisissez le nom de votre choix pour l’instrument dans le champ Nick Name (Nom).
4 Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et quitter l’écran.
L’image et le nom apparaissent dans le coin supérieur gauche de chaque écran.
Configurer l’option d’élimination automatique
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customization (Personnalisation du système).
2 Cochez la case Purge consumables at end of run (Éliminer les consommables à la fin de l’analyse).
Lorsque ce paramètre est activé, les réactifs inutilisés de la cartouche de réactifs sont automatiquement transférés dans le flacon de réactifs usagés après chaque analyse. S’il est désactivé, les réactifs inutilisés restent dans la cartouche de réactifs.
REMARQUE
L’élimination automatique des consommables allonge la durée du flux de travail. Par exemple, l’élimination des réactifs après une analyse de 300 cycles (2 × 151) prend approximativement 50 minutes.
3 Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et quitter l’écran.
Configurer l’option de lancement automatique
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customization (Personnalisation du système).
2 Cochez la case Skip pre-run check confirmation (Ignorer la confirmation de vérification avant analyse).
Lorsque ce paramètre est activé, l’analyse de séquençage démarre automatiquement une fois la vérification automatique correctement effectuée. S’il est désactivé, vous devez lancer l’anayse manuellement une fois la vérification avant analyse effectuée.
3 Sélectionnez Save (Enregistrer).
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Configurer la vérification automatique des mises à jour logicielles
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customization (Personnalisation du système).
2 Cochez la case Automatically check for software updates on BaseSpace (Vérifier automatiquement les mises à jour logicielles sur BaseSpace).
Une connexion Internet est nécessaire.
3 Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et quitter l’écran.
Configurer l’option de clavier à l’écran
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customization (Personnalisation du système).
2 Cochez la case Use on-screen keyboard (Utiliser le clavier à l’écran).
Ce paramètre active le clavier à l’écran pour la saisie durant les étapes de configuration de l’analyse.
3 Sélectionnez Save (Enregistrer).
Activer les indicateurs sonores
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customization (Personnalisation du système).
2 Cochez la case Play audio (Lire les sons) afin d’activer les indicateurs sonores pour les
événements suivants.
} Lors de l’initialisation de l’instrument
}
Lors du démarrage d’une analyse
}
Lorsque des erreurs surviennent
} Lorsqu’une action de l’utilisateur est requise
} Lorsqu’une analyse est terminée
3 Sélectionnez Save (Enregistrer).
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Configurer les paramètres d’analyse
Le logiciel de commande propose les options suivantes pour le transfert des données et l’analyse qui s’ensuit :
}
BaseSpace : envoi des données à Illumina BaseSpace pour une analyse sur BaseSpace
}
BaseSpace Onsite : envoi des données au serveur BaseSpace Onsite LT pour une analyse sur le serveur
} Local Run Manager : envoi des données à l’emplacement spécifié du dossier de sortie pour une analyse à l’aide d’un module Local Run Manager
}
Standalone (Autonome) : enregistrement des données à l’emplacement spécifié du dossier de sortie pour une analyse ultérieure
Sélectionner BaseSpace
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Configuration (Configuration du système).
2 Sélectionnez Analysis Configuration (Configuration de l’analyse).
3 Sélectionnez BaseSpace.
4 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion BaseSpace par défaut comme suit.
a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).
b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).
c Cochez la case Bypass Analysis Method login screen (Contourner l’écran de connexion à la méthode d’analyse).
5 [Facultatif] Cochez la case Output Folder (Dossier de sortie) et sélectionnez Browse
(Parcourir) pour sélectionner l’emplacement de dossier de sortie de votre choix.
Ce paramètre enregistre une copie des fichiers de définition des bases (BCL) dans l’emplacement spécifié.
6 [Facultatif] Sélectionnez Send instrument health information to Illumina (Envoyer des renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour envoyer des fichiers journaux à Illumina. Une connexion Internet est nécessaire.
7 Sélectionnez Save (Enregistrer).
Sélectionner BaseSpace Onsite
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Configuration (Configuration du système).
2 Sélectionnez Analysis Configuration (Configuration de l’analyse).
3 Sélectionnez BaseSpace Onsite.
4 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion BaseSpace Onsite par défaut comme suit.
a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).
b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).
Guide du système MiniSeq
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c Cochez la case Bypass Analysis Method login screen (Contourner l’écran de connexion à la méthode d’analyse).
5 Dans le champ Server Name (Nom du serveur), saisissez le chemin d’accès complet à votre serveur BaseSpace Onsite.
6 [Facultatif] Cochez la case Output Folder (Dossier de sortie) et sélectionnez Browse
(Parcourir) pour sélectionner l’emplacement de dossier de sortie de votre choix.
Ce paramètre enregistre une copie des fichiers de définition des bases (BCL) dans l’emplacement spécifié.
7 [Facultatif] Sélectionnez Send instrument health information to Illumina (Envoyer des renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour envoyer des fichiers journaux à Illumina. Une connexion Internet est nécessaire.
8 Sélectionnez Save (Enregistrer).
Sélectionner Local Run Manager
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Configuration (Configuration du système).
2 Sélectionnez Analysis Configuration (Configuration de l’analyse).
3 Sélectionnez Local Run Manager.
4 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion Local Run Manager par défaut comme suit.
a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).
b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).
c Cochez la case Bypass Analysis Method login screen (Contourner l’écran de connexion à la méthode d’analyse).
5 [Facultatif] Sélectionnez Use Run Monitoring (Utiliser la surveillance de l’analyse) pour surveiller l’analyse en utilisant les outils de visualisation sur BaseSpace. Une connexion à BaseSpace et une connexion Internet sont nécessaires.
6 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion BaseSpace par défaut comme suit.
a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).
b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).
7 Sélectionnez Browse (Parcourir) et sélectionnez l’emplacement de votre choix pour le dossier de sortie.
8 [Facultatif] Sélectionnez Send instrument health information to Illumina (Envoyer des renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour envoyer des fichiers journaux à Illumina. Une connexion Internet est nécessaire.
9 Sélectionnez Save (Enregistrer).
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Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
Sélectionner le mode autonome
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Configuration (Configuration du système).
2 Sélectionnez Analysis Configuration (Configuration de l’analyse).
3 Sélectionnez Standalone (Autonome).
4 [Facultatif] Sélectionnez Use Run Monitoring (Utiliser la surveillance de l’analyse) pour surveiller l’analyse en utilisant les outils de visualisation sur BaseSpace. Une connexion à BaseSpace et une connexion Internet sont nécessaires.
5 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion BaseSpace par défaut comme suit.
a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).
b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).
6 Sélectionnez Browse (Parcourir) et sélectionnez l’emplacement de votre choix pour le dossier de sortie.
7 [Facultatif] Cochez la case Send instrument health information to Illumina (Envoyer des renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour envoyer des fichiers journaux à Illumina. Une connexion Internet est nécessaire.
8 Sélectionnez Save (Enregistrer).
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Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Les consommables et l’équipement qui suivent sont utilisés sur le système système
MiniSeq.
Consommables fournis par l’utilisateur pour les analyses de séquençage
Consommable
NaOH 1 N
(hydroxyde de sodium)
Tris-HCl 200 mM, pH7
Lingettes d’alcool isopropylique à 70 % ou d’éthanol à 70 %
Gants jetables sans talc
Tissu de laboratoire peu pelucheux
Fournisseur
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
VWR,nº de référence 95041-714
(ou équivalent)
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
VWR, nº de référence 21905-026
(ou équivalent)
Objectif
Dénaturation des librairies, dilution à 0,1 N
Neutralisation des librairies après dénaturation
Nettoyage de la Flow Cell et usage général
Usage général
Nettoyage de la Flow Cell
Consommables fournis par l’utilisateur pour l’entretien de l’instrument
Consommable
NaOCI à 5 %
(hypochlorite de sodium)
Tween 20
Eau de laboratoire
Fournisseur
Sigma-Aldrich, nº de référence 239305
(ou produit de laboratoire
équivalent)
Sigma-Aldrich, nº de référence P7949
Fournisseur de laboratoire général
Objectif
Lavage manuel après analyse, dilution à 0,12 %
Lavage manuel de l’instrument, dilution à 0,05 %
Lavage manuel de l’instrument
Recommandations à propos de l’eau de laboratoire
Utilisez toujours de lʼeau de laboratoire ou de l’eau désionisée pour réaliser des procédures sur l’instrument. N’utilisez jamais d’eau courante. Utilisez uniquement les qualités d’eau suivantes ou leurs équivalents :
}
Eau désionisée
} PW1 d’Illumina
} Eau 18 mégohms (MΩ)
}
Eau Milli-Q
}
Eau Super-Q
} Eau de qualité biologie moléculaire
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Équipement fourni par l’utilisateur
Article
Congélateur, de -15 à -25 °C, sans givre
Seau à glace
Réfrigérateur, de 2 à 8 °C
Source
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
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Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
Chapitre 3 Séquençage
Séquençage
Préparer des librairies pour le séquençage
Configurer une analyse de séquençage
Surveiller la progression de l’analyse
Lavage automatique après analyse
Retirer le réservoir usagé de la position nº 9
Guide du système MiniSeq
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Introduction
Pour effectuer une analyse de séquençage sur le système MiniSeq, préparez des consommables d’analyse, puis suivez les invites du logiciel pour configurer l’analyse.
Présentation du flux de travail
Génération d’amplifiats
Lors de la génération d’amplifiats, les molécules d’ADN uniques sont liées à la surface de la Flow Cell, puis subissent une amplification de façon à former des amplifiats.
Séquençage
L’imagerie des amplifiats est réalisée par chimie de séquençage à deux canaux et combinaison de filtres propres à chacun des terminateurs de chaîne marqués par fluorescence. Lorsque l’imagerie d’une plaque sur la Flow Cell est terminée, le système passe à la plaque suivante. Ce processus se répète pour chaque cycle de séquençage. Après l’analyse des images, le logiciel réalise la définition des bases, le filtrage et la notation de la qualité.
Analyse
Pendant la progression de l’analyse, le logiciel de commande transfère automatiquement les fichiers de définition des bases (BCL) vers l’emplacement de sortie indiqué pour l’analyse des données. Plusieurs méthodes d’analyse existent en fonction de votre application et de la configuration d’analyse sélectionnée pour votre système. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section
Configurer les paramètres d’analyse à la page 17
.
Durée de l’analyse de séquençage
La durée de l’analyse de séquençage dépend du nombre de cycles réalisés. La longueur maximale d’une analyse est une analyse à lecture appariée de 150 cycles, plus jusqu’à deux lectures d’index de huit cycles chacune.
Pour connaître les durées attendues et les autres spécifications du système, consultez la page des spécifications du système MiniSeq sur le site Web d’Illumina.
Nombre de cycles dʼune lecture
Au cours d’une analyse de séquençage, une lecture comprend un cycle de plus que le nombre de cycles analysés. Par exemple, pour réaliser une analyse à lecture appariée de
150 cycles, la configuration de l’analyse doit prévoir 151 cycles par lecture (2 × 151), soit
302 cycles au total. À la fin de lʼanalyse, 2 × 150 cycles sont analysés. Le cycle supplémentaire de chaque lecture sert aux calculs de mise en phase et de mise en préphase.
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Flux de travail de séquençage
Les étapes de configuration de l’analyse peuvent varier selon la configuration d’analyse indiquée pour cette dernière.
}
Standalone (Autonome) : après la préparation et le chargement des consommables, tous les paramètres d’analyse sont indiqués dans l’interface du logiciel de commande
MiniSeq Control Software.
}
BaseSpace, BaseSpace Onsite ou Local Run Manager : avant de configurer l’analyse sur l’instrument, attribuez un nom à l’analyse et indiquez les paramètres d’analyse dans l’onglet Prep (Préparation) de BaseSpace ou dans le logiciel Local Run Manager.
Après la préparation des consommables, sélectionnez un nom d’analyse depuis le logiciel de commande MiniSeq Control Software, puis chargez les consommables pour l’analyse.
Flux de travail (configuration autonome)
Préparez une nouvelle cartouche de réactifs : décongelez-la et inspectez-la.
Préparez une nouvelle Flow Cell : laissez-la atteindre la température ambiante, puis déballez-la.
Dénaturez et diluez les librairies. Consultez le Guide de dénaturation et de dilution des librairies
pour le système MiniSeq (document nº 1000000002697).
Chargez la dilution de la librairie sur la cartouche de réactifs dans le réservoir nº 16.
À partir de l’interface logicielle, sélectionnez Sequence (Séquençage).
Chargez la Flow Cell et la cartouche de réactifs.
Videz et rechargez le flacon de réactifs usagés.
Indiquez les paramètres d’analyse sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse).
Une fois la vérification automatisée terminée, sélectionnez Start (Démarrer).
Surveillez l’analyse à l’écran sur l’instrument depuis BaseSpace si la surveillance d’analyse est activée ou depuis un ordinateur en réseau utilisant le logiciel Sequencing Analysis Viewer.
Les données sont transférées dans le dossier de sortie spécifié.
Guide du système MiniSeq
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Un lavage de l’instrument démarre automatiquement lorsque le séquençage est terminé.
Flux de travail (configuration BaseSpace ou Local Run Manager)
Indiquez les paramètres d’analyse à l’aide de BaseSpace, BaseSpace Onsite ou Local Run
Manager.
Préparez une nouvelle cartouche de réactifs : décongelez-la et inspectez-la.
Préparez une nouvelle Flow Cell : laissez-la atteindre la température ambiante, déballez-la et inspectez-la.
Dénaturez et diluez les librairies. Consultez le Guide de dénaturation et de dilution des librairies
pour le système MiniSeq (document nº 1000000002697).
Chargez la dilution de la librairie sur la cartouche de réactifs dans le réservoir nº 16.
À partir de l’interface logicielle, sélectionnez Sequence (Séquençage) pour lancer les étapes de configuration de l’analyse.
Sélectionnez le nom d’analyse indiqué dans BaseSpace, BaseSpace Onsite ou Local Run
Manager.
Chargez la Flow Cell.
Chargez la cartouche de réactifs.
Videz et rechargez le flacon de réactifs usagés.
Examinez les paramètres d’analyse sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse).
Une fois la vérification automatisée terminée, sélectionnez Start (Démarrer).
Surveillez l’analyse à l’écran sur l’instrument depuis BaseSpace ou depuis un ordinateur en réseau utilisant le logiciel Sequencing Analysis Viewer. Les données sont transférées dans
BaseSpace, dans BaseSpace Onsite ou dans le dossier de sortie spécifié.
Un lavage de l’instrument démarre automatiquement lorsque le séquençage est terminé.
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Préparer les consommables
Préparer la cartouche de réactifs
1 Retirez la cartouche de réactifs du stockage entre -25 et -15 °C.
2 Décongelez les réactifs à l’aide des options de bain d’eau suivantes. N’immergez pas la cartouche. Lorsqu’elle est décongelée, séchez la base avant de continuer.
Méthode
Bain d’eau à 37 °C
Bain d’eau à température ambiante
(19 à 25 °C)
Durée de décongélation
35 minutes
90 minutes
Limite de stabilité
Jusqu’à 2 heures
Jusqu’à 24 heures
Si plusieurs cartouches sont décongelées dans le même bain d’eau, ajoutez une durée de décongélation supplémentaire.
Sinon, décongelez les réactifs à l’aide des options suivantes.
Méthode
Air à température ambiante
(19 à 25 °C)
Réfrigération entre 2 et 8 ℃
Durée de décongélation
5 heures
18 heures
Limite de stabilité
Jusqu’à 24 heures
Jusqu’à 72 heures
3 Retournez la cartouche cinq fois pour mélanger.
4 Inspectez les grands réservoirs en regardant par le dessous de la cartouche afin de vous assurer que les réactifs sont décongelés et que les réservoirs ne contiennent pas de cristaux de glace.
5 Tapotez doucement sur la paillasse pour réduire les bulles dʼair.
Préparer la Flow Cell
1 Sortez un nouvel emballage de Flow Cell de son lieu de stockage entre 2 et 8 °C.
2 Laissez l’emballage fermé de la Flow Cell à température ambiante pendant 30 minutes.
REMARQUE
Évitez les modifications de température répétées de la Flow Cell.
3 Sortez le contenant de la Flow Cell de son emballage d’aluminium.
4 Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc.
5 Tenez la Flow Cell par la cartouche en plastique et retirez-la du contenant.
Figure 9 Retrait de la Flow Cell
6 Nettoyez la surface en verre de la Flow Cell à l’aide d’une lingette alcoolisée non pelucheuse.
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7 Séchez à l’aide d’un tissu nettoyant pour lentilles non pelucheux. Séchez avec précaution autour du joint de Flow Cell noir.
8 Inspectez les ports de la Flow Cell pour vérifier qu’ils ne sont pas bouchés. Assurezvous que le joint est bien positionné.
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Préparer des librairies pour le séquençage
Dénaturer et diluer les librairies
Avant de charger les librairies dans la cartouche de réactifs, dénaturez et diluez les librairies, et ajoutez un contrôle PhiX facultatif. Pour obtenir plus de renseignements, consultez le Guide de dénaturation et de dilution des librairies pour le système MiniSeq (document
nº 1000000002697).
Le volume de chargement du système MiniSeq est de 500 µl à une concentration de chargement de 1,8 pM. Toutefois, la concentration de chargement peut varier selon les méthodes de préparation et de quantification des librairies.
Charger des librairies sur la cartouche de réactifs
1 Nettoyez l’opercule d’aluminium couvrant le réservoir nº 16 marqué Load library here
(Charger la librairie ici) en utilisant un tissu non pelucheux.
2 Percez l’opercule avec une pointe de pipette propre de 1 ml.
3 Versez 500 µl de librairies préparées dans le réservoir nº 16. Évitez de toucher l’opercule en aluminium pendant le transfert du produit.
Figure 10 Charger les librairies
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Configurer une analyse de séquençage
Les étapes de configuration de l’analyse varient selon la configuration du système :
}
Standalone configuration (Configuration autonome) : vous êtes invité à définir les paramètres de l’analyse sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse) du logiciel de commande.
} BaseSpace ou Local Run Manager configuration (Configuration BaseSpace ou Local
Run Manager) : vous êtes invité à vous connecter et sélectionner une analyse prédéfinie dans une liste dans BaseSpace ou Local Run Manager.
Configurer une analyse (Configuration autonome)
1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Sequence (Séquençage).
La commande Sequence (Séquençage) libère les consommables d’une analyse précédente et ouvre la série d’écrans Run Setup (Configuration de l’analyse).
Charger la Flow Cell
1 Ouvrez la porte du compartiment de Flow Cell.
2 Appuyez sur la touche de déverrouillage à droite du verrou de Flow Cell.
Figure 11 Ouverture du verrou de Flow Cell
3 Retirez la Flow Cell de l’analyse précédente si elle est présente.
4 Assurez-vous que la platine de Flow Cell est propre. Si des débris sont présents sur la platine de Flow Cell, éliminez-les avec une lingette alcoolisée.
5 Placez la Flow Cell sur la platine au-dessus des broches d’alignement.
Figure 12 Installation de la Flow Cell sur la platine
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6 Fermez le verrou de Flow Cell pour fixer la Flow Cell.
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Figure 13 Fermeture du verrou de Flow Cell
7 Fermez la porte du compartiment de Flow Cell.
Charger la cartouche de réactifs
1 Ouvrez la porte du compartiment de réactifs.
2 Si la cartouche de réactifs usagée est présente, retirez-la.
REMARQUE
Le réservoir à la position nº 9 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés contenant du formamide. Consultez
usagé de la position nº 9 à la page 42 .
3 Faites glisser la cartouche de réactifs dans le compartiment de réactifs jusqu’à butée.
Figure 14 Charger la cartouche de réactifs
Vider le flacon de réactifs usagés
1 Retirer le flacon de réactifs usagés de son compartiment.
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Figure 15 Retirer le flacon de réactifs usagés
2 Fermez hermétiquement le flacon à l’aide du bouchon fileté pour éviter de répandre les réactifs usagés lors du transport du flacon.
Figure 16 Fermer hermétiquement le flacon de réactifs usagés
32
3 Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes gouvernementales de sécurité en vigueur dans votre région.
Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html
.
4 Retirez le bouchon fileté, puis faites glisser le flacon de réactifs usagés vide dans le compartiment jusqu’à la butée.
5 Fermez la porte du compartiment et sélectionnez Next (Suivant).
Saisir les paramètres d’analyse
1 Saisissez le nom de votre choix pour l’analyse.
2 [Facultatif] Saisissez l’identifiant de librairie de votre choix.
3 Sélectionnez une formule dans la liste déroulante Recipe (Formule). Seules les formules compatibles sont répertoriées.
4 Sélectionnez un type de lecture, soit Single Read (Lecture unique), soit Paired End
(Lecture appariée).
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5 Indiquez le nombre de cycles pour chaque lecture de l’analyse de séquençage.
}
Lecture 1 : saisissez une valeur dans la limite de 151 cycles.
} Index 1 : saisissez le nombre de cycles nécessaire pour le primer d’index 1 (i7).
}
Index 2 : saisissez le nombre de cycles nécessaire pour le primer d’index 2 (i5).
}
Lecture 2 : saisissez une valeur dans la limite de 151 cycles. Cette valeur est généralement identique au nombre de cycles de la lecture 1.
Le logiciel de commande confirme le nombre de cycles spécifiés à l’aide des critères suivants :
}
Le nombre total de cycles ne dépasse pas le nombre maximal de cycles autorisés en fonction de la cartouche de réactifs chargée pour l’analyse.
}
Le nombre de cycles de la lecture 1 est supérieur à 5 (valeur correspondant aux
5 cycles nécessaires à la génération du modèle).
} Le nombre de cycles de lecture d’index ne dépasse pas le nombre de cycles de la lecture 1 et de la lecture 2.
REMARQUE
Assurez-vous d’indiquer le nombre approprié de cycles de lecture d’index pour les librairies séquencées. Pour plus de renseignements, consultez les documents relatifs à la préparation de librairie.
6 [Facultatif] Si vous utilisez des primers personnalisés, cochez la case correspondante aux primers utilisés.
}
Lecture 1 : primer personnalisé pour la lecture 1.
} Index 1 : primer personnalisé pour l’index 1.
} Index 2 : primer personnalisé pour l’index 2.
}
Lecture 2 : primer personnalisé pour la lecture 2.
7 [Facultatif] Sélectionnez Advanced Settings (Paramètres avancés) pour modifiez les paramètres de l’analyse en cours.
}
Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) : modifiez ce réglage pour éliminer automatiquement les consommables après l’analyse en cours.
}
Use run monitoring for this run (Utiliser la surveillance de l’analyse pour cette analyse) : modifiez les réglages pour utiliser la surveillance de l’analyse dans
BaseSpace. Lorsque ces réglages sont activés, des identifiants BaseSpace et une connexion Internet sont nécessaires.
} Recipe (Formule) : sélectionnez une formule personnalisée pour cette analyse.
} Output folder (Dossier de sortie) : modifiez l’emplacement du dossier de sortie pour l’analyse en cours. Sélectionnez Browse (Parcourir) pour sélectionner l’emplacement réseau.
8 Sélectionnez Next (Suivant).
REMARQUE
N’ouvrez pas la porte du compartiment de réactifs ou la porte du compartiment de
Flow Cell pendant la vérification automatique ou pendant l’analyse de séquençage.
Passer en revue la vérification automatique
1 Passez en revue les résultats de la vérification automatique.
}
Pour arrêter une vérification en cours, sélectionnez Cancel (Annuler).
} Pour tous les éléments qui n’ont pas réussi la vérification, une action est nécessaire avant que vous puissiez continuer. Consultez la section
.
Guide du système MiniSeq
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} Pour redémarrer la vérification, sélectionnez Retry (Réessayer). La vérification reprend à la première vérification incomplète ou non conforme.
2 Pour démarrer l’analyse, sélectionnez une option parmi les suivantes.
}
Si le système n’est pas configuré pour démarrer automatiquement après une vérification réussie, sélectionnez Start (Démarrer).
}
Si le système est configuré pour démarrer automatiquement après une analyse réussie, l’analyse de séquençage démarre automatiquement. Votre présence n’est pas nécessaire. Toutefois, si une erreur se produit au cours de la vérification, l’analyse ne démarre pas automatiquement.
Configurer une analyse (configuration BaseSpace ou Local Run Manager)
1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Sequence (Séquençage).
La commande Sequence (Séquençage) libère les consommables d’une analyse précédente et ouvre la série d’écrans Run Setup (Configuration de l’analyse).
Se connecter à BaseSpace ou à Local Run Manager
1 Entrez votre nom d’utilisateur et votre mot de passe.
2 Sélectionnez Next (Suivant).
Sélectionner End Run (Arrêter l’analyse)
1 Sélectionnez un nom d’analyse dans la liste des analyses disponibles.
Utilisez les flèches haut et bas pour faire défiler la liste ou saisissez le nom d’une analyse dans le champ de recherche.
2 Sélectionnez Next (Suivant).
Charger la Flow Cell
1 Ouvrez la porte du compartiment de Flow Cell.
2 Appuyez sur la touche de déverrouillage à droite du verrou de Flow Cell.
Figure 17 Ouverture du verrou de Flow Cell
34
3 Retirez la Flow Cell de l’analyse précédente si elle est présente.
4 Assurez-vous que la platine de Flow Cell est propre. Si des débris sont présents sur la platine de Flow Cell, éliminez-les avec une lingette alcoolisée.
5 Placez la Flow Cell sur la platine au-dessus des broches d’alignement.
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Figure 18 Installation de la Flow Cell sur la platine
6 Fermez le verrou de Flow Cell pour fixer la Flow Cell.
Figure 19 Fermeture du verrou de Flow Cell
7 Fermez la porte du compartiment de Flow Cell.
Charger la cartouche de réactifs
1 Ouvrez la porte du compartiment de réactifs.
2 Si la cartouche de réactifs usagée est présente, retirez-la.
REMARQUE
Le réservoir à la position nº 9 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés contenant du formamide. Consultez
usagé de la position nº 9 à la page 42 .
3 Faites glisser la cartouche de réactifs dans le compartiment de réactifs jusqu’à butée.
Figure 20 Charger la cartouche de réactifs
Vider le flacon de réactifs usagés
1 Retirer le flacon de réactifs usagés de son compartiment.
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Figure 21 Retirer le flacon de réactifs usagés
2 Fermez hermétiquement le flacon à l’aide du bouchon fileté pour éviter de répandre les réactifs usagés lors du transport du flacon.
Figure 22 Fermer hermétiquement le flacon de réactifs usagés
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3 Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes gouvernementales de sécurité en vigueur dans votre région.
Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html
.
4 Retirez le bouchon fileté, puis faites glisser le flacon de réactifs usagés vide dans le compartiment jusqu’à la butée.
5 Fermez la porte du compartiment et sélectionnez Next (Suivant).
Confirmer les paramètres de l’analyse
1 Confirmez les paramètres de l’analyse.
Le logiciel de commande confirme le nombre de cycles spécifiés à l’aide des critères suivants :
}
Le nombre total de cycles ne dépasse pas le nombre maximal de cycles autorisés en fonction de la cartouche de réactifs chargée pour l’analyse.
}
Le nombre de cycles de la lecture 1 est supérieur à 5 (valeur correspondant aux
5 cycles nécessaires à la génération du modèle).
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}
Le nombre de cycles de lecture d’index ne dépasse pas le nombre de cycles de la lecture 1 et de la lecture 2.
REMARQUE
Assurez-vous d’indiquer le nombre approprié de cycles de lecture d’index pour les librairies séquencées. Pour plus de renseignements, consultez les documents relatifs à la préparation de librairie.
2 [Facultatif] Sélectionnez Edit (Modifier) pour modifier les paramètres de l’analyse.
Lorsque vous avez terminé, sélectionnez Save (Enregistrer).
}
Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) : modifiez ce réglage pour éliminer automatiquement les consommables après l’analyse en cours.
} Run parameters (Paramètres de l’analyse) : modifiez le type de lecture ou le nombre de cycles par lecture.
}
Custom primers (Primers personnalisés) : modifiez les réglages des primers personnalisés.
3 Sélectionnez Next (Suivant).
REMARQUE
N’ouvrez pas la porte du compartiment de réactifs ou la porte du compartiment de
Flow Cell pendant la vérification automatique ou pendant l’analyse de séquençage.
Passer en revue la vérification automatique
1 Passez en revue les résultats de la vérification automatique.
}
Pour arrêter une vérification en cours, sélectionnez Cancel (Annuler).
} Pour tous les éléments qui n’ont pas réussi la vérification, une action est nécessaire avant que vous puissiez continuer. Consultez la section
.
}
Pour redémarrer la vérification, sélectionnez Retry (Réessayer). La vérification reprend à la première vérification incomplète ou non conforme.
2 Pour démarrer l’analyse, sélectionnez une option parmi les suivantes.
}
Si le système n’est pas configuré pour démarrer automatiquement après une vérification réussie, sélectionnez Start (Démarrer).
} Si le système est configuré pour démarrer automatiquement après une analyse réussie, l’analyse de séquençage démarre automatiquement. Votre présence n’est pas nécessaire. Toutefois, si une erreur se produit au cours de la vérification, l’analyse ne démarre pas automatiquement.
Guide du système MiniSeq
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Surveiller la progression de l’analyse
1 Surveillez la progression, les intensités et les scores de qualité de l’analyse à mesure que les indicateurs s’affichent à l’écran.
Figure 23 Progression et indicateurs de l’analyse de séquençage
A Progression de l’analyse : indique l’étape en cours et le nombre de cycles réalisés pour chaque lecture. La barre de progression n’est pas proportionnelle à la durée d’analyse de chaque étape.
B Q-Score (Notation de la qualité) : indique la répartition des scores de qualité (Q-scores).
Consultez
Notation de la qualité à la page 72
.
C Intensity (Intensité) : indique la valeur de l’intensité des amplifiats du 90 e centile de chaque plaque. Les couleurs du tracé indiquent chaque base : A est rouge, C vert, G bleu et T noir.
D Cluster Density (Densité des amplifiats) (K/mm²) : indique le nombre dʼamplifiats détectés pour lʼanalyse.
E Clusters Passing Filter (Amplifiats passant le filtre) (%) : indique le pourcentage d’amplifiats passant le filtre. Consultez
Amplifiats passant le filtre à la page 72 .
F Estimated Yield (Estimation du rendement) (Gb) : indique le nombre de bases prévues pour l’analyse.
G État du transfert de données : indique l’état du transfert de données en fonction de la configuration de l’analyse.
H Fin de l’analyse : indique la date et l’heure de fin de l’analyse (au format aaaa-mm-jj et hh:mm).
REMARQUE
Après avoir sélectionné Home (Accueil), il est impossible de revenir en arrière pour afficher les indicateurs de l’analyse. Toutefois, vous pouvez les consulter dans BaseSpace ou bien dans le Visualiseur d’analyse de séquençage ou dans Local Run Manager sur un ordinateur du réseau.
Cycles des indicateurs de l’analyse
Les indicateurs d’analyse apparaissent à différents moments au cours d’une analyse.
}
Aucun indicateur ne s’affiche au cours des étapes de génération d’amplifiats.
}
Les cinq premiers cycles sont réservés à la génération du modèle.
} Au sixième cycle, la densité brute des amplifiats et les intensités du premier cycle s’affichent.
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}
Au vingt-cinquième cycle, la proportion d’amplifiats passant le filtre, le rendement et les scores de qualité s’affichent.
Sequencing Analysis Viewer
Le logiciel Sequencing Analysis Viewer affiche des indicateurs de séquençage générés au cours de l’analyse de séquençage. Les indicateurs s’affichent sous forme de diagrammes, de graphiques et de tableaux qui s’appuient sur des données générées par le RTA et écrits sur des fichiers InterOp. Les indicateurs sont mis à jour pendant la progression de l’analyse.
Sélectionnez Refresh (Rafraîchir) à tout moment au cours de l’analyse pour afficher les indicateurs mis à jour. Pour plus de renseignements, consultez le Guide de l’utilisateur de
Sequencing Analysis Viewer (référence 15020619).
Le Sequencing Analysis Viewer est compris dans le logiciel installé sur l’ordinateur de l’instrument. Vous pouvez aussi installer le Sequencing Analysis Viewer sur un autre ordinateur associé au même réseau que l’instrument pour surveiller les indicateurs d’analyse à distance.
État du transfert de données
En fonction de la configuration d’analyse sélectionnée, une icône s’affiche à l’écran au cours de l’analyse pour indiquer l’état de connexion.
État
BaseSpace
BaseSpace Onsite Local
Run
Manager
Autonome
Connecté
Transfert de données en cours
Déconnecté
Désactivé
Il se peut que plusieurs icônes apparaissent à l’écran. Par exemple, si des données d’analyse sont en cours de transfert dans BaseSpace et dans un dossier de sortie supplémentaire, une icône BaseSpace et une icône Autonome apparaissent.
Service de copie de l’analyse
La suite logicielle du système MiniSeq contient un service de copie de l’analyse. Pendant que RTA génère des fichiers, le service copie les fichiers dans l’emplacement spécifié du dossier de sortie.
Si le transfert de données est interrompu en cours d’analyse, les données sont stockées temporairement sur l’ordinateur de l’instrument. Lorsque la connexion est rétablie, le transfert des données reprend automatiquement durant l’analyse. Si la connexion ne se rétablit pas avant la fin de l’analyse, déplacez manuellement les données vers l’emplacement choisi.
Guide du système MiniSeq
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Transfert des données dans BaseSpace
BaseSpace Broker transfère les données de l’analyse dans BaseSpace. Si la connexion à
BaseSpace est interrompue, le broker tente à nouveau de charger les données durant sept jours. Si la connexion n’a pas été rétablie au bout de sept jours, les données de l’analyse sont effacées.
Si vous indiquez un emplacement supplémentaire pour les données de l’analyse, les données sont transférées à cet emplacement, quel que soit l’état de BaseSpace Broker.
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Lavage automatique après analyse
Une fois l’analyse de séquençage terminée, le logiciel lance un lavage automatique après analyse à l’aide de la solution de lavage et du NaOCl contenues dans la cartouche de réactifs.
Le lavage automatique après analyse dure 90 minutes environ. Une fois le lavage terminé, le bouton Home (Accueil) redevient actif. Les résultats du séquençage restent visibles à l’écran pendant le lavage.
Après le lavage
Après le lavage, laissez les dispositifs d’aspiration en position basse afin d’empêcher l’air d’entrer dans le système. Laissez la cartouche en place jusqu’à l’analyse suivante.
Guide du système MiniSeq
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Retirer le réservoir usagé de la position nº 9
Le réservoir de la position nº 9 de la cartouche de réactifs contient du formamide. Avant la mise au rebut de la cartouche de réactifs usagés, vous pouvez retirer le réservoir de la position nº 9 pour le mettre au rebut séparément.
1 Mettez des gants, appuyez sur l’onglet de séparation blanc à la position nº 9 pour briser les trois points de rattachement.
Figure 24 Onglet de séparation à la position nº 9
A Onglet de séparation intact
B Attache du réservoir
2 Faites glisser l’onglet de séparation vers le bord gauche de la cartouche, de façon à ce qu’il glisse sous le couvercle de la cartouche.
Figure 25 Onglet de séparation retiré, attache du réservoir exposée
42
A
Onglet de séparation sous le couvercle de la cartouche
B
Attache du réservoir
3 Appuyez sur l’attache du réservoir en plastique transparent vers les bas, puis vers la droite.
Le réservoir est dégagé de son emplacement sous la cartouche de réactifs.
4 Mettez le réservoir au rebut conformément aux normes de sécurité.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes gouvernementales de sécurité en vigueur dans votre région.
Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html
.
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Chapitre 4 Maintenance
Maintenance
Effectuer un lavage manuel de l’instrument
Guide du système MiniSeq
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Introduction
Les procédures d’entretien comprennent des lavages manuels de l’instrument ainsi que les
éventuelles mises à jour des logiciels du système. Aucune autre procédure d’+entretien périodique n’est nécessaire.
}
Lavages de l’instrument : un lavage automatique après chaque analyse de séquençage permet d’optimiser les performances de l’instrument. Cependant, un lavage manuel est exigé dans certaines situations. Consultez
Effectuer un lavage manuel de l’instrument à la page 45 .
} Mises à jour logicielles : lorsqu’une version mise à jour de la suite logicielle du système est disponible, vous pouvez l’installer automatiquement en vous connectant à
BaseSpace ou l’installer manuellement après le téléchargement du programme d’installation sur le site Web d’Illumina. Consultez la section
Mises à jour logicielles à la page 49 .
Maintenance préventive
Illumina vous recommande d’établir un calendrier de service de maintenance tous les ans.
Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte de votre région ou l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
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Document nº 1000000002695 v00 FRA
Effectuer un lavage manuel de l’instrument
Parmi les options de lavage manuel de l’instrument figurent notamment Quick Wash
(Lavage rapide) et Manual Post-Run Wash (Lavage manuel après analyse).
Types de lavage
Quick Wash (Lavage rapide)
Durée : 20 minutes
Manual Post-Run Wash
(Lavage manuel après analyse)
Durée : 90 minutes
Description
Il est nécessaire d’effectuer un lavage rapide de l’instrument après l’avoir arrêté ou tous les sept jours s’il n’a pas été utilisé pendant cette période.
Le lavage permet de rincer le système avec une solution de lavage fournie par l’utilisateur composée d’eau de laboratoire et de
Tween 20.
Dans les cas où le lavage automatique après analyse n’a pas été effectué (si, par exemple, une analyse est arrêtée prématurément et que la Flow Cell est conservée pour une réhybridation ultérieure), un lavage manuel après analyse est requis.
Le lavage permet de rincer le système avec de l’hypochlorite de sodium à 0,12 % fourni par l’utilisateur et une solution de lavage composée d’eau de laboratoire et de Tween 20.
REMARQUE
Utilisez toujours une nouvelle dilution de NaOCI préparée au cours des dernières 24 heures.
Si vous préparez un volume supérieur à 1 ml, stockez la dilution restante entre 2 et 8 °C pour une utilisation dans les 24 heures suivantes. Sinon, jetez la dilution de NaOCl restante.
Un lavage manuel de l’instrument nécessite la cartouche de lavage et une Flow Cell de lavage fournie avec l’instrument. Vous pouvez également utiliser une Flow Cell usagée pour le lavage.
Figure 26 Cartouche de lavage
Préparer un lavage manuel après analyse
1 Combinez les volumes suivants pour obtenir une solution de NaOCI à 0,12 %.
} 5 % de NaOCl (31 µl)
} Eau de laboratoire (1 269 µl)
2 Ajoutez 1,3 ml de NaOCI à 0,12 % à la cartouche de lavage.
Le réservoir approprié correspond à la position nº 31 de la cartouche de réactifs préremplie.
Guide du système MiniSeq
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Figure 27 Emplacements pour le NaOCI et la solution de lavage
A NaOCI à 0,12 %
B Solution de lavage
3 Combinez les volumes suivants pour obtenir une solution de lavage Tween 20 à
0,05 %.
}
Tween 20 à 100 % (40 µl)
} Eau de laboratoire (80 ml)
4 Versez 80 ml de solution de lavage dans la cartouche de lavage.
Le réservoir approprié correspond à la position nº 40 de la cartouche de réactifs préremplie.
5 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage), puis Manual
post-run wash (Lavage manuel après analyse).
Préparer un lavage rapide
1 Combinez les volumes suivants pour obtenir une solution de lavage Tween 20 à
0,05 %.
}
Tween 20 à 100 % (20 µl)
}
Eau de laboratoire (40 ml)
2 Versez 40 ml de solution de lavage dans la cartouche de lavage.
Le réservoir approprié correspond à la position nº 40 de la cartouche de réactifs préremplie.
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Figure 28 Emplacement pour la solution de lavage
A Solution de lavage
3 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage), puis Quick
Wash (Lavage rapide).
Charger la Flow Cell de lavage et la cartouche de lavage
1 Chargez la Flow Cell de lavage. Fermez la pince et la porte de la Flow Cell.
REMARQUE
Vous pouvez également charger une Flow Cell usagée.
2 Retirez la cartouche de réactifs usagée de la précédente analyse, le cas échéant.
3 Chargez la cartouche de lavage préparée.
4 Retirez le flacon de réactifs usagés et jetez le contenu conformément aux normes applicables.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes
gouvernementales de sécurité en vigueur dans votre région. Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html
.
5 Faites glisser le flacon de réactifs usagés vide dans le compartiment jusqu’à la butée.
6 Fermez la porte du compartiment de réactifs.
7 Sélectionnez Next (Suivant).
Démarrer le lavage
1 Une fois la vérification terminée, sélectionnez Start (Démarrer).
2 Une fois le lavage terminé, sélectionnez Home (Accueil).
Guide du système MiniSeq
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Après le lavage
Après le lavage, laissez les dispositifs d’aspiration en position basse afin d’empêcher l’air d’entrer dans le système. Laissez la cartouche en place jusqu’à l’analyse suivante.
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Mises à jour logicielles
Les mises à jour logicielles sont intégrées dans une offre groupée appelée System Suite, qui comprend :
}
MiniSeq Control Software
}
MiniSeq recipes
}
RTA2
} Local Run Manager
}
MiniSeq Service Software
}
Sequencing Analysis Viewer
}
BaseSpace Broker
Les notes de disponibilité des logiciels sont accessibles sur la page d’aide du système
MiniSeq sur le site Web d’Illumina.
Vous pouvez installer les mises à jour logicielles automatiquement à l’aide d’une connexion internet ou manuellement à partir d’un réseau ou d’un emplacement USB.
}
Automatic updates (Mises à jour automatiques) : pour les instruments connectés à un réseau doté d’un accès à Internet, l’icône d’alerte s’affiche sur le bouton Manage
Instrument (Gérer l’instrument) de l’écran d’accueil lorsqu’une mise à jour est disponible.
}
Manuel updates (Mises à jour manuelles) : permet de télécharger le programme d’installation de System Suite à partir de la page d’aide système MiniSeq du site Web d’Illumina.
REMARQUE
L’annulation d’une mise à jour avant la fin de l’installation interrompt la mise à jour au point atteint de l’installation. Les modifications effectuées jusqu’au moment de l’annulation ne sont pas désinstallées ou rapportées à la version antérieure.
Mise à jour automatique des logiciels
1 Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
2 Sélectionnez Software Update (Mise à jour des logiciels).
3 Sélectionnez Install the update already downloaded from BaseSpace (Installer la mise
à jour déjà téléchargée à partir de BaseSpace).
4 Sélectionnez Update (Mettre à jour) pour commencer la mise à jour. Une boîte de dialogue apparaît pour la confirmation de la commande.
5 Suivez les instructions de l’assistant d’installation : a Acceptez l’accord de licence.
b Consultez la liste des logiciels inclus dans la mise à jour.
Le logiciel de commande redémarre automatiquement une fois la mise à jour logicielle effectuée.
REMARQUE
Si une mise à jour du micrologiciel est incluse, un redémarrage automatique du système est nécessaire après son installation.
Guide du système MiniSeq
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Mise à jour manuelle des logiciels
1 Téléchargez le programme d’installation System Suite depuis le site Web d’Illumina et enregistrez-le dans un emplacement réseau. Vous pouvez également copier le fichier d’installation du logiciel sur une clé USB.
2 Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
3 Sélectionnez Software Update (Mise à jour des logiciels).
4 Sélectionnez Manually install the update from the following location (Installer manuellement la mise à jour à partir de l’emplacement suivant).
5 Sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à l’emplacement du fichier d’installation du logiciel puis sélectionnez Update (Mettre à jour).
6 Suivez les instructions de l’assistant d’installation : a Acceptez l’accord de licence.
b Consultez la liste des logiciels inclus dans la mise à jour.
Le logiciel de commande redémarre automatiquement une fois la mise à jour logicielle effectuée.
REMARQUE
Si une mise à jour du micrologiciel est incluse, un redémarrage automatique du système est nécessaire après son installation.
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Annexe A Dépannage
Dépannage
Erreurs de la vérification automatique
Paramètres de configuration du réseau
Guide du système MiniSeq
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Fichiers de dépannage
Un représentant de lʼassistance technique d’Illumina peut vous demander de fournir des copies des fichiers propres à lʼanalyse ou au balayage à des fins de dépannage. Les fichiers suivants sont généralement utilisés pour le dépannage.
Fichier clé
Fichier de renseignements sur l’analyse (RunInfo.xml)
Fichier des paramètres de l’analyse
(RunParameters.xml)
Fichiers de configuration RTA
(RTAConfiguration.xml)
Fichiers InterOp (*.bin)
Fichiers journaux
Fichiers journaux des erreurs (*ErrorLog*.txt)
Fichiers journaux globaux
(*GlobalLog*.tsv)
Fichiers journaux des lignes (*LaneLog*.txt)
Dossier
Dossier racine
Dossier racine
Description
Comprend les renseignements suivants :
• Nom de l’analyse
• Nombre de cycles de l’analyse
• Nombre de cycles dans chaque lecture
• Lecture indexée ou non
• Nombre de témoins et de plaques sur la Flow
Cell
Contient des renseignements concernant les paramètres et les composants des analyses. Parmi les renseignements figurent le RFID, le numéro de série, le numéro de lot et la date de péremption.
Data\Intensities Comprend les paramètres de configuration RTA pour l’analyse.
Le fichier RTAConfiguration.xml est créé au début de l’analyse.
InterOp
Logs
RTA Logs
RTA Logs
RTA Logs
Les fichiers binaires sont utilisés pour le logiciel
Sequencing Analysis Viewer.
Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l’analyse.
Les fichiers journaux décrivent chaque étape effectuée par l’instrument au cours de chaque cycle et répertorient les versions de logiciels et de progiciels utilisées lors de l’analyse. Le fichier nommé [NomInstrument]_CurrentHardware.csv
répertorie les numéros de série des composants de l’instrument.
Journal des erreurs RTA.
Les fichiers journaux des erreurs sont mis à jour à chaque fois qu’une erreur se produit.
Journal de tous les événements RTA.
Les fichiers journaux globaux sont mis à jour tout au long de l’analyse.
Journal des événements RTA en cours.
Les fichiers journaux des lignes sont mis à jour tout au long de l’analyse.
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Ressources de dépannage
En cas de questions techniques, consultez les pages dʼassistance du système MiniSeq sur le site Web d’Illumina. Les pages d’assistance fournissent un accès à la documentation, aux téléchargements et aux foires aux questions.
Connectez-vous à votre compte MyIllumina pour accéder aux bulletins d’assistance.
En cas de problème avec la qualité ou la performance de l’analyse, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Consultez la section
Assistance technique à la page 81
.
Il est possible de partager un lien vers le résumé d’analyse dans BaseSpace avec l’assistance technique d’Illumina pour faciliter le dépannage.
État du traitement
Le logiciel de commande MiniSeq Control Software répertorie l’état d’au moins 3 analyses dans le dossier Temp du système. Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez Process status (État du traitement).
Pour chaque nom d’analyse, le système répertorie l’état des composants suivants :
}
Real-Time Analysis (RTA) : en fonction du traitement des fichiers BCL
} Local Run Manager : si Local Run Manager a été utilisé pour l’analyse
}
File Copy (Copie de fichiers) : en fonction du transfert des fichiers à l’aide du service de copie de l’analyse
}
BaseSpace : si BaseSpace a été utilisé pour l’analyse
Dossier d’archivage du séquençage
Le MiniSeq Control Software enregistre les fichiers de résumé de l’analyse sur l’ordinateur du système à l’emplacement D:\Illumina\MiniSeq Sequencing Archive pour chaque analyse effectuée sur l’instrument.
Ce dossier contient un sous-dossier pour chaque analyse effectuée sur l’instrument, qui luimême contient les fichiers suivants :
}
RunCompletionStatus.xml : contient l’état d’avancée, le nom du dossier de l’analyse, le nombre de cycles prévus et effectués, la densité des amplifiats, les amplifiats passant par le filtre et une estimation du rendement de l’analyse.
}
RunParameters.xml : contient des renseignements concernant les paramètres et les composants des analyses. Parmi les renseignements figurent le RFID, le numéro de série, le numéro de lot et la date de péremption.
Guide du système MiniSeq
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Erreurs de la vérification automatique
Si des erreurs se produisent pendant la vérification avant analyse, utilisez les recommandations d’actions suivantes pour résoudre l’erreur.
Si une vérification avant analyse échoue, la RFID de la cartouche de réactifs n’est pas verrouillée et peut être utilisée pour une nouvelle analyse. Cependant, la RFID est verrouillée une fois que les opercules en aluminium sont percés.
Vérifications du système
Doors Closed (Portes fermées)
Consumables Loaded
(Consommables chargés)
Action recommandée
Assurez-vous que les portes des compartiments sont fermées.
Required Software
(Logiciel requis)
Instrument Disk Space
(Espace disque de l’instrument)
Network connection
(Connexions réseau)
Network Disk Space
(Espace disque réseau)
Les capteurs des consommables n’enregistrent rien. Assurezvous que chaque consommable est correctement chargé.
Sur les écrans de configuration de l’analyse, sélectionnez Back
(Retour) pour retourner à l’étape de chargement et recommencez la configuration de l’analyse.
Des composants essentiels du logiciel manquent.
Effectuez une mise à jour manuelle pour restaurer tous les composants du logiciel.
Le disque dur de l’instrument n’a pas assez d’espace libre pour réaliser l’analyse.
Effacez les données de l’analyse du disque dur de l’instrument.
La connexion à l’emplacement spécifié du dossier de sortie a
été interrompue. Même si la vérification indique la connexion réseau, le système vérifie la connexion à chaque emplacement spécifié du dossier de sortie situé sur un serveur, un disque externe ou le disque local.
Vérifiez l’état de la connexion à l’emplacement spécifié du dossier de sortie.
L’emplacement spécifié du dossier de sortie est plein. Même si la vérification indique l’espace disque réseau, le système vérifie tous les emplacements spécifiés du dossier de sortie situé sur un serveur, un disque externe ou le disque local.
Libérez de l’espace disque dans l’emplacement du dossier de sortie spécifié.
Température
Temperature ramp (Rampe de température)
Temperature Sensors
(Capteurs de température)
Fans (Ventilateurs)
Action recommandée
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
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Système d’imagerie
Imaging Limits (Limites de l’imagerie)
Z Steps-and-Settle (Étapes et installation Z)
Bit Error Rate (Taux d’erreur binaire)
Flow cell registration
(Enregistrement de la
Flow Cell)
Action recommandée
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Il est possible que la Flow Cell ne soit pas correctement positionnée.
• Sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse), sélectionnez Back (Retour) pour retourner à l’étape de la
Flow Cell.
• Déchargez et rechargez la Flow Cell pour vous assurer qu’elle est correctement positionnée.
Distribution des réactifs
Valve response (Réponse de la vanne)
Pump (Pompe)
Action recommandée
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Espace du disque dur
Le disque dur de l’ordinateur de l’instrument peut contenir environ 45 analyses si les données sont générées selon les paramètres suivants :
}
Un espace disque d’environ 5 à 6 Go est nécessaire pour 150 cycles d’analyse à lecture appariée.
}
Un espace disque supplémentaire de 10 Go est nécessaire pour les fichiers d’analyse en cas d’utilisation du module d’analyse de reséquençage Local Run Manager.
À chaque analyse effectuée, le logiciel crée un dossier temporaire d’analyse. Lors de l’écriture des fichiers dans ce dossier, les fichiers sont copiés dans le dossier de sortie.
Cela signifie que si le dossier de sortie que vous avez indiqué se situe sur le disque dur de l’instrument, deux copies de l’analyse s’inscrivent sur le disque dur. Le logiciel enregistre les trois dossiers temporaires d’analyse les plus récents.
Lors de l’utilisation du logiciel Local Run Manager pour l’analyse, les fichiers temporaires ne sont, par défaut, pas supprimés. La politique de conservation se règle manuellement dans l’écran des paramètres système de Local Run Manager.
Les fichiers temporaires peuvent finir par remplir l’espace du disque dur. Songez à utiliser un emplacement réseau pour stocker les données d’analyse et pensez à définir une stratégie de conservation raisonnable dans Local Run Manager en fonction du nombre d’analyses que vous comptez effectuer.
Guide du système MiniSeq
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Erreurs RTA
Pour résoudre les problèmes RTA, vérifiez d’abord le journal des erreurs RTA stocké dans le dossier RTALogs. Ce fichier n’est pas présent pour les analyses réussies. Joignez le journal des erreurs lors du signalement des problèmes à l’assistance technique d’Illumina.
Gestion des erreurs
RTA2 crée des fichiers journaux et les écrit dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont enregistrées dans un fichier d’erreur au format *.tsv.
Les fichiers journaux et les fichiers d’erreurs suivants sont transférés vers leur emplacement final de sortie à la fin du traitement :
}
*GlobalLog*.tsv récapitule les événements importants survenus pendant l’analyse.
}
*LaneNLog*.tsv répertorie les événements relatifs au traitement. N est toujours 1 dans une Flow Cell MiniSeq.
} *Error*.tsv répertorie les erreurs survenues au cours d’une analyse.
}
*WarningLog*.tsv répertorie les avertissements reçus au cours d’une analyse.
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Flux de réhybridation
Une analyse de réhybridation peut être nécessaire si les indicateurs générés au cours des quelques premiers cycles montrent des intensités inférieures à 2 500. Certaines librairies à faible diversité peuvent montrer des intensités inférieures à 1 000, ce qui est attendu et ne peut pas être résolu par une réhybridation.
REMARQUE
L’utilisation de la commande End Run (Terminer l’analyse) est définitive. L’analyse ne peut pas reprendre, les consommables ne peuvent pas être réutilisés et les données de séquençage de l’analyse ne sont pas enregistrées.
Lorsque vous mettez fin à une analyse et enregistrez la Flow Cell, le logiciel effectue les
étapes suivantes avant la fin de l’analyse :
}
Il place la Flow Cell en état de sécurité.
}
Il déverrouille la RFID de la Flow Cell pour une future analyse.
}
Il attribue une date de péremption de réhybridation à la Flow Cell.
} Il écrit les journaux de l’analyse pour les cycles terminés. Un délai est normal.
}
Il ignore le lavage automatique après analyse.
Lorsque vous démarrez une analyse de réhybridation, le logiciel effectue les étapes d’analyse suivantes :
} Il crée un dossier d’analyse basé sur le nom unique de l’analyse.
}
Il vérifie que la date de réhybridation de la Flow Cell n’est pas arrivée à expiration.
}
Il amorce les réactifs. Un délai est normal.
} Il ignore l’étape de génération d’amplifiats.
} Il retire le primer de lecture 1 précédent.
}
Il hybride un nouveau primer de lecture 1.
}
Il continue la lecture 1 et le reste de l’analyse selon les paramètres de l’analyse spécifiés.
À quel moment arrêter une analyse pour réhybridation
Une réhybridation ultérieure n’est possible que si vous arrêtez l’analyse aux moments suivants :
}
Après le cycle 5 : les intensités apparaissent après l’enregistrement du modèle, qui nécessite les 5 premiers cycles du séquençage. Bien qu’il soit sûr d’arrêter l’analyse après le cycle 1, il est recommandé d’attendre la fin du cycle 5. N’arrêtez pas une analyse au cours de la génération d’amplifiats.
} Lecture 1 ou lecture d’index 1 : arrêtez l’analyse avant que ne commence la resynthèse appariée. La Flow Cell ne peut pas être enregistrée pour une réhybridation ultérieure après le début de la resynthèse appariée.
Consommables requis
Une analyse de réhybridation nécessite une nouvelle cartouche de réactifs MiniSeq, quel que soit le moment où l’analyse a été arrêtée.
Guide du système MiniSeq
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Arrêter l’analyse en cours
1 Sélectionnez End Run (Arrêter l’analyse). Lorsque vous êtes invité à confirmer la commande, sélectionnez Yes (Oui).
2 Lorsque vous êtes invité à enregistrer la Flow Cell, sélectionnez Yes (Oui). Notez la date de péremption pour la réhybridation.
3 Retirez la Flow Cell enregistrée et placez-la à une température comprise entre 2 °C et
8 °C jusqu’à ce que vous soyez prêt à configurer l’analyse de réhybridation.
REMARQUE
Vous pouvez conserver la Flow Cell jusqu’à sept jours entre 2 et 8 °C dans le contenant de la
Flow Cell avec le couvercle fermé. Pour de meilleurs résultats, réhybridez la Flow Cell enregistrée sous trois jours.
Effectuer un lavage manuel
1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage).
2 Sur l’écran Wash Selection (Sélection du lavage), sélectionnez Manual Post-Run Wash
(Lavage manuel après analyse). Consultez
Effectuer un lavage manuel de l’instrument à la page 45 .
REMARQUE
Si vous n’avez pas encore retiré la cartouche de réactifs de l’analyse arrêtée, vous pouvez l’utiliser pour le lavage manuel. Dans le cas contraire, effectuez le lavage manuel avec la cartouche de lavage.
Configurer une nouvelle analyse dans l’onglet Prep (Préparation) de
BaseSpace
1 Si l’instrument est configuré pour BaseSpace ou BaseSpace Onsite, configurez une nouvelle analyse dans l’onglet Prep (Préparation) en utilisant les mêmes paramètres que ceux de l’analyse d’origine.
ASTUCE
Cliquez sur l’onglet Pools (Groupements), sélectionnez l’ID de groupement pertinent pour conserver les paramètres de l’analyse précédente, puis assignez un nom unique pour la nouvelle analyse.
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Configurer une analyse sur l’instrument
1 Préparez une nouvelle cartouche de réactifs.
2 Si la Flow Cell enregistrée a été stockée, placez-la de façon à ce qu’elle atteigne la température ambiante (15 à 30 minutes).
3 Nettoyez et chargez la Flow Cell enregistrée.
Le système lit la RFID de la Flow Cell comme une Flow Cell enregistrée et confirme une date de réhybridation valide.
4 Retirez le flacon des réactifs usagés et jetez le contenu de façon appropriée, puis rechargez le contenant vide.
5 Chargez la nouvelle cartouche de réactifs.
6 Sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse), sélectionnez l’une des options suivantes :
} Configuration BaseSpace, BaseSpace Onsite ou Local Run Manager : sélectionnez l’analyse et confirmez les paramètres de l’analyse.
}
Standalone configuration (Configuration autonome) : saisissez le nom de l’analyse et spécifiez des paramètres identiques à ceux de l’analyse d’origine.
7 Sélectionnez Next (Suivant) pour effectuer une vérification avant analyse et démarrez l’analyse.
Guide du système MiniSeq
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Vérification du système
Une vérification du système n’est pas nécessaire lors du fonctionnement normal ou de l’entretien de l’instrument. Toutefois, un représentant de l’assistance technique d’Illumina pourrait vous demander de réaliser une vérification du système à des fins de dépannage.
REMARQUE
Si un lavage de l’instrument doit être effectué, effectuez le lavage avant de commencer la vérification du système.
Le fait de commencer la vérification du système entraîne la fermeture automatique du logiciel de commande et le lancement du logiciel d’entretien MiniSeq Service Software.
Celui-ci s’ouvre sur l’écran Load (Charger), qui est configuré pour une utilisation de l’option de chargement avancé.
Figure 29 Vérifications du système disponibles
Une fois le chargement des consommables effectué, l’écran Select (Sélectionner) s’ouvre et vous indique les vérifications du système possibles. Les cases non cochées sur l’écran
Select (Sélectionner) indiquent les tests nécessitant l’assistance d’un représentant de terrain
Illumina.
Réaliser une vérification du système
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System Check
(Vérification du système). Lorsque vous êtes invité à fermer le logiciel de commande, sélectionnez Yes (Oui).
2 Versez 40 ml d’eau désionisée dans la cartouche de lavage.
Le réservoir approprié correspond à la position nº 40 de la cartouche de réactifs préremplie.
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Figure 30 Emplacement pour la solution de lavage
A Solution de lavage
3 Chargez les consommables comme suit : a Si une Flow Cell usagée ne se trouve pas déjà sur l’instrument, chargez une Flow
Cell usagée.
b Videz le flacon de réactifs usagés et repositionnez-le sur l’instrument.
c Chargez la cartouche de lavage.
4 Sélectionnez Load (Charger).
Le logiciel positionne la Flow Cell et la cartouche de lavage.
5 Sélectionnez Next (Suivant). La vérification du système commence.
6 [Facultatif] Lorsque la vérification du système est terminée, sélectionnez View (Afficher)
à côté du nom de la vérification afin de visualiser les valeurs associées à chaque vérification.
7 Sélectionnez Next (Suivant).
Le rapport de vérification du système s’ouvre.
8 Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer le rapport dans un fichier compressé.
Naviguez vers un emplacement sur le réseau pour enregistrer le fichier.
9 Lorsque vous avez terminé, sélectionnez Exit (Quitter).
10 Lorsque vous êtes invité à fermer le logiciel d’entretien et à redémarrer le logiciel de commande, sélectionnez Yes (Oui).
Le logiciel de commande redémarre automatiquement.
Guide du système MiniSeq
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Vérification des mouvements
Vérification du système
FCLM et FAM
Tests de la platine
Description
Vérifie le gain et la distance du mécanisme de chargement de la
Flow Cell (FCLM) et du module d’automatisation des liquides
(FAM) pour confirmer que les modules fonctionnent correctement.
Vérifie les limites de course et les performances de la platine XY et de la platine Z.
Vérification des composants optiques
Vérification du système
Enregistrement de la
Flow Cell
Description
Mesure l’inclinaison de la lame sur un plan optique, teste les fonctionnalités de la caméra, teste le module d’imagerie et vérifie l’enregistrement de la Flow Cell dans la position correcte d’imagerie.
Vérification de la fluidique
Vérification du système
Réponse de la vanne
Chute de pression
Débit
Description
Vérifie la précision des mouvements de la vanne et de la pompe ainsi que l’amplitude de mouvement de la seringue de la pompe.
Vérifie le taux de fuite d’un système fluidique étanche afin de confirmer que la Flow Cell est insérée correctement en position de séquençage.
Vérifie la fonctionnalité des capteurs à bulles, qui servent à détecter la présence d’air dans les lignes de réactifs. Mesure les débits pour vérifier la présence d’occlusions ou de fuites.
Vérification thermique
Vérification du système
Ventilateurs
Description
Sondes thermiques
Vérifie la vitesse des ventilateurs du système en impulsions par minute (imp/min) pour confirmer que les ventilateurs fonctionnent. Les ventilateurs qui ne fonctionnent pas renvoient une valeur négative.
Vérifie la température moyenne de chaque capteur thermique.
Les capteurs thermiques qui ne fonctionnent pas renvoient une valeur négative.
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Paramètres de configuration du réseau
Les paramètres réseau sont configurés lors de l’installation. Si le système doit être reconfiguré, vous pouvez modifier ou réinitialiser les paramètres sur l’écran de configuration réseau. Les paramètres de configuration comprennent l’adresse IP, l’adresse de serveur de noms de domaine (DNS) et le nom de domaine.
Définir la configuration du réseau
1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Configuration (Configuration du système).
2 Sélectionnez Network Configuration (Configuration du réseau).
3 Sélectionnez Obtain an IP address automatically (Obtenir automatiquement une adresse IP) pour récupérer l’adresse IP depuis un serveur DHCP.
REMARQUE
Le protocole DHCP (Dynamic Host Configuration Protocol) est un protocole réseau standard utilisé sur les réseaux IP pour la répartition dynamique des paramètres de configuration du réseau.
Vous pouvez également sélectionner Use the following IP address (Utiliser l’adresse IP suivante) pour connecter manuellement l’instrument à un autre serveur comme suit.
Communiquez avec votre administrateur réseau pour obtenir les adresses propres à votre établissement.
}
Saisissez l’adresse IP. L’adresse IP est une série de quatre nombres séparés par des points, par exemple 168.62.20.37.
} Saisissez le masque de sous-réseau, qui est une subdivision du réseau IP.
}
Saisissez l’adresse de la passerelle par défaut, c’est-à-dire le routeur du réseau qui se connecte à Internet.
4 Sélectionnez Obtain a DNS server address automatically (Obtenir une adresse de serveur DNS automatiquement) pour connecter l’instrument au serveur de noms de domaine associé à l’adresse IP.
Vous pouvez également sélectionner Use the following DNS server addresses (Utiliser les adresses des serveurs DNS suivantes) pour connecter manuellement l’instrument au serveur de noms de domaine comme suit.
}
Saisissez les adresses DNS de votre choix. L’adresse DNS est le nom du serveur utilisé pour traduire les noms de domaine en adresses IP.
}
Saisissez l’adresse DNS secondaire. L’adresse secondaire est utilisée si le DNS de votre choix ne peut pas traduire un nom de domaine particulier en adresse IP.
5 Sélectionnez Save (Enregistrer).
Configurer le domaine de l’ordinateur
REMARQUE
Le nom de l’ordinateur de l’instrument est attribué à l’ordinateur de l’instrument au moment de sa fabrication. Toute modification du nom de l’ordinateur peut nuire à la connectivité et nécessiter l’intervention d’un administrateur réseau.
1 Connectez l’ordinateur de l’instrument à un domaine ou à un groupe de travail comme suit.
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} Pour les instruments connectés à Internet : sélectionnez Member of domain
(Membre du domaine) puis saisissez le nom de domaine associé à la connexion
Internet de votre établissement.
REMARQUE
Il faut un nom d’utilisateur et un mot de passe administrateur pour effectuer des modifications de domaine.
}
Pour les instruments qui ne sont pas connectés à Internet : sélectionnez Member of
work group (Membre du groupe de travail) puis saisissez un nom de groupe de travail. Le nom du groupe de travail est propre à votre établissement.
2 Sélectionnez Save (Enregistrer).
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Génomes personnalisés
Vous pouvez charger vos propres réference au format FASTA dans l’ordinateur de l’instrument. Vous pouvez charger plusieurs fichiers FASTA uniques ou un seul multifichier FASTA (recommandé), mais pas une combinaison des deux.
Pour résoudre des problèmes posés par un fichier de génome personnalisé, veuillez vérifier que les exigences suivantes sont respectées.
1 Assurez-vous que le fichier utilise l’extension *.fa ou *.fasta et est enregistré dans un dossier réservé à la réference.
2 Assurez-vous que le nom du chromosome ne contient aucun des caractères suivants :
# - ? ( ) [ ] / \ = + < > : ; " ' , * ^ | &
Pour de meilleurs résultats, n’employez que des caractères alphanumériques dans le nom des chromosomes.
Guide du système MiniSeq
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Arrêter l’instrument
Dans des conditions normales, il n’y a aucune raison d’arrêter l’instrument.
1 Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
2 Sélectionnez Shutdown options (Options d’arrêt).
3 Sélectionnez Shut Down (Arrêter).
La commande ferme le logiciel de manière sûre et coupe l’alimentation de l’instrument.
Attendez au moins 60 secondes avant de mettre à nouveau en marche l’instrument. Un lavage est nécessaire avant l’analyse de séquençage suivante.
ATTENTION
Ne déplacez pas l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un impact sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous devez déplacer l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina.
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Annexe B Real-Time Analysis
Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Fichiers d’entrée et de sortie
Flux de travail de Real-Time Analysis
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Présentation de Real-Time Analysis
Real-Time Analysis est un logiciel qui fonctionne sur l’ordinateur de l’instrument, extrait les intensités des images pour effectuer la définition des bases, puis attribue un score de qualité à celle-ci.
Le système MiniSeq utilise une implémentation de Real-Time Analysis appelée RTA2. Le logiciel de commande du système et RTA2 communiquent par le biais d’une interface
Web HTTP et de fichiers en mémoire partagée. Si RTA2 est arrêtée, le traitement ne reprend pas et les données de l’analyse ne sont pas enregistrées.
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Fichiers d’entrée et de sortie
Fichiers d’entrée
Le logiciel Real-Time Analysis nécessite les données d’entrées suivantes pour fonctionner :
} Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
} RunInfo.xml, qui est généré automatiquement au début de l’analyse, fournit le nom de l’analyse et le nombre de cycles, vérifie si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.
Le logiciel Real-Time Analysis reçoit des instructions du logiciel de commande, qui lui indique l’emplacement du fichier RunInfo.xml et si un dossier de sortie facultatif est spécifié.
Fichiers de sortie
Les images de chaque canal passent dans la mémoire sous forme de plaques. Les plaques sont de petites zones d’imagerie sur la Flow Cell qui constituent pour la caméra une unité de vision. À partir de ces images, le logiciel produit des fichiers de sortie qui prennent la forme d’un ensemble de fichiers de définition des bases dont la qualité est notée et de fichiers de filtrage. Les fichiers de sortie sont utilisés pour l’analyse en aval sur BaseSpace ou par les modules d’analyse Local Run Manager.
Type de fichier
Fichiers de définition des bases
Fichier de filtrage
Fichiers d’emplacement des amplifiats
Fichiers d’index de définition des bases
Description
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier regroupant les définitions des bases (*.bcl) pour chaque ligne et chaque cycle. Le fichier cumulé de définition des bases contient la définition des bases ainsi que le score de qualité associé à chaque amplifiat dans cette ligne.
Chaque plaque produit des renseignements sur le filtre qui sont rassemblés dans un fichier de filtrage (*.filter) par ligne. Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi les filtres.
Les fichiers d’emplacement des amplifiats (*.locs) contiennent les coordonnées X et Y de chaque amplifiat dans une plaque. Lors de la génération du modèle, un fichier d’emplacement des amplifiats est créé pour chaque ligne.
Afin de préserver les renseignements d’origine sur les plaques, un fichier d’index de définition des bases (*.bci) est produit pour chaque ligne. Le fichier d’index contient une paire de valeurs pour chaque plaque, qui sont respectivement le numéro de cette plaque et le nombre d’amplifiats qu’elle contient.
RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockés dans des fichiers InterOp. Les fichiers InterOp sont des fichiers de sortie binaires contenant des indicateurs relatifs aux plaques, aux cycles et au niveau de lecture utilisés pour afficher des indicateurs en temps réel à l’aide du logiciel Sequencing Analysis Viewer.
Guide du système MiniSeq
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Flux de travail de Real-Time Analysis
Génération du modèle
Enregistrement et extraction des intensités
Correction de la mise en phase
Définition des bases
Notation de la qualité
Établit les emplacements des amplifiats.
Enregistre l’emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell et détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat.
Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase.
Détermine une définition des bases pour chaque amplifiat.
Attribue un score de qualité à chaque définition des bases.
Génération du modèle
La première étape du flux de travail RTA est la génération du modèle, qui définit la position de chaque amplifiat dans une plaque à l’aide des coordonnées X et Y.
La génération du modèle nécessite les données d’image des cinq premiers cycles de l’analyse. Une fois l’imagerie du dernier cycle de modèle d’une plaque réalisée, le modèle est généré.
REMARQUE
Pour détecter un amplifiat pendant la génération du modèle, il doit y avoir au moins une base autre que G dans les cinq premiers cycles.
Le modèle est utilisé comme référence pour l’étape suivante d’enregistrement et d’extraction des intensités. Les emplacements des amplifiats sur toute la Flow Cell sont
écrits dans les fichiers d’emplacement des amplifiats (*.locs), un pour chaque ligne.
Enregistrement et extraction des intensités
L’enregistrement et l’extraction des intensités débutent après la génération du modèle.
}
L’enregistrement aligne les images produites par chaque cycle d’imagerie selon le modèle.
} L’extraction d’intensité détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat du modèle pour une image donnée.
S'il y a échec d’enregistrement de l'image d’un cycle, quelle qu'elle soit, aucune intensité n’est extraite et toutes les bases sont définies comme N pour cette plaque dans ce cycle.
Utilisez le logiciel Sequencing Analysis Viewer pour identifier les plaques et les cycles dont l’enregistrement a échoué. Les échecs d’enregistrement sont facilement identifiés, car la colonne P90 des plaques et des cycles indique 0 dans l’onglet Imaging (Imagerie).
Correction de la mise en phase
Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d’ADN dans un amplifiat s’étend d’une base par cycle. La mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu’un brin se retrouve hors phase par rapport au cycle d’incorporation en cours.
} La mise en phase se produit lorsqu’un brin a un retard d’une base.
}
La mise en préphase se produit lorsqu’un brin a une avance d’une base.
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Figure 31 Mise en phase et en préphase
A Lecture avec une base présentant une mise en phase
B Lecture avec une base présentant une mise en préphase
RTA2 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase. Ainsi, la qualité des données est optimisée à chaque cycle tout au long de l’analyse.
Définition des bases
La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d’une plaque donnée d’un cycle spécifique. Le système MiniSeq utilise le séquençage à deux canaux, qui ne nécessite que deux images, l’une du canal rouge et l’autre du canal vert, pour coder les données de quatre bases d’ADN.
Les intensités extraites d’une image et sa comparaison avec une autre image donnent quatre populations distinctes, chacune correspondant à un nucléotide. Le processus de définition des bases détermine à quelle population appartient chaque amplifiat.
Figure 32 Visualisation de l’intensité des amplifiats
Tableau 1 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux
Base
Canal rouge
Canal vert
Résultat
A 1
(allumé)
1
(allumé)
Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge que dans le canal vert.
C 1
(allumé)
0
(éteint)
Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal rouge.
G 0
(éteint)
0
(éteint)
Amplifiats ne montrant d’intensité dans aucun emplacement connu.
T 0
(éteint)
1
(allumé)
Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal vert.
Guide du système MiniSeq
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Amplifiats passant le filtre
Au cours de l’analyse, RTA2 filtre les données brutes pour supprimer les amplifiats non conformes au seuil de qualité des données.
Dans le cas d’une analyse sur deux canaux, RTA2 utilise un système basé sur la population pour déterminer la pureté d’une définition de bases. Les amplifiats franchissent le filtre (PF) lorsqu’une seule définition de base au maximum présente une valeur de pureté inacceptable au cours des 25 premiers cycles. Les amplifiats qui ne franchissent pas le filtre ne servent pas à la définition des bases lors des cycles suivants.
Considérations relatives à l’indexage
Par rapport aux autres lectures, la définition des bases lors des lectures d’index s’effectue différemment.
Une lecture d’index doit contenir une base autre que G au moins dans l’un des deux premiers cycles. Si deux bases G sont définies au début d’une lecture d’index, aucune intensité de signal n’est générée. Il faut obtenir un signal dans l’un des deux premiers cycles pour assurer la performance de démultiplexage.
Pour accroître la robustesse de démultiplexage, sélectionnez à chaque cycle des séquences d’indexage qui fournissent un signal dans un canal au moins ou si possible dans les deux canaux. Suivez cette recommandation pour éviter les combinaisons d’index pouvant aboutir à l’obtention de bases G uniquement à n’importe quel cycle.
}
Canal rouge : A ou C
}
Canal vert : A ou T
Ce processus de définition des bases permet d’éviter les erreurs lors de l’analyse d’échantillons low-plex.
Notation de la qualité
Un score de qualité, ou Q-score, permet de prédire la probabilité d’une erreur dans la définition des bases. Un Q-score plus élevé signifie qu’une définition des bases est de meilleure qualité et a plus de chances d’être correcte.
Le score de qualité constitue un moyen simple de communiquer la probabilité de petites erreurs. Les scores de qualité sont représentés sous la forme Q(X), où X est le score. Le tableau suivant montre la relation entre le score de qualité et la probabilité d’erreurs.
Score de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Probabilité d’erreurs
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
REMARQUE
La notation de la qualité s’appuie sur une version modifiée de l’algorithme Phred.
La notation de la qualité calcule un ensemble d’indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases, puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un tableau de qualité. Les tableaux de qualité servent à fournir des indicateurs de qualité extrêmement précis pour des analyses générées par une configuration spécifique de plateforme de séquençage et de version de chimie.
Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des fichiers de définition des bases (*.bcl).
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Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
Annexe C Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Structure des dossiers de sortie de séquençage
Exigences relatives aux fichiers d’entrée de l’analyse
Guide du système MiniSeq
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Fichiers de sortie de séquençage
Type de fichier
Fichiers de définition des bases
Fichier index de définition des bases
Fichiers d’emplacement des amplifiats
Fichier de filtrage
Fichiers InterOp
Fichier de configuration
RTA
Fichier de renseignements sur l’analyse
Description des fichiers, emplacement et nom
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases; ces fichiers sont rassemblés dans un fichier pour chaque cycle.
Le fichier rassemblé contient la définition des bases ainsi que le score de qualité codé associé à chaque amplifiat.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
[Cycle].bcl.bgzf
, où [Cycle] représente le numéro à quatre chiffres du cycle. Les fichiers de définition des bases sont compressés à l’aide du logiciel de compression gzip.
Un fichier index binaire indique les renseignements sur la plaque d’origine dans une paire de valeurs pour chaque plaque, qui sont le numéro et le nombre d’amplifiats de la plaque.
Les fichiers index de définition des bases sont créés la première fois qu’un fichier de définition des bases est créé.
Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[Ligne].bci
Pour chaque plaque, les coordonnées XY de chaque amplifiat sont rassemblées dans un fichier d’emplacement des amplifiats. Les fichiers d’emplacement des amplifiats sont le résultat de la génération du modèle.
Data\Intensities\L001 s_[ligne].locs
Le fichier de filtrage indique si un amplifiat a franchi les filtres. Les renseignements de filtrage sont rassemblés dans un fichier de filtrage pour chaque lecture.
Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[ligne].filter
Les fichiers binaires sont utilisés pour le logiciel Sequencing Analysis
Viewer. Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l’analyse.
Dossier InterOp
Créé au début de l’analyse, le fichier de configuration RTA indique les paramètres de l’analyse.
[Dossier racine] , RTAConfiguration.xml
Indique le nom de l’analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est une lecture d’index et le nombre de témoins et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur l’analyse est créé au début de l’analyse.
[Dossier racine] , RunInfo.xml
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Structure des dossiers de sortie de séquençage
Le logiciel de commande génère automatiquement le nom des dossiers de sortie.
Configs
Data
Intensities
BaseCalls
L001 : fichiers de définition des bases rassemblés par cycle
L001 : fichier *.locs rassemblant les emplacements des amplifiats
Images
Mise au point
L001 : images mises au point
InstrumentAnalyticsLogs : fichiers journaux décrivant les étapes des analyses sur l’instrument
InterOp : fichiers binaires utilisés par le logiciel Sequencing Analysis Viewer
Logs : fichiers journaux décrivant les étapes de fonctionnement
Recipe : fichier de formule propre à l’analyse portant l’identifiant de la cartouche de réactifs
RTALogs : fichiers journaux décrivant les étapes de l’analyse
RTAComplete.xml
RTAConfiguration.xml
RunInfo.xml
RunNotes.xml
RunParameters.xml
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Exigences relatives aux fichiers d’entrée de l’analyse
Local Run Manager exige que les fichiers suivants soient générés lors du séquençage pour effectuer une analyse ou pour remettre une analyse en file d’attente. Certains modules d’analyse exigent des fichiers d’entrée supplémentaires pour effectuer l’analyse. Pour obtenir plus de renseignements, consultez le guide du flux de travail correspondant au module d’analyse que vous utilisez.
Nom/Type de fichier
RTAComplete.txt
RunInfo.xml
Fichier de définition des bases (*.bcl)
Fichiers filtres (*.filter)
Fichier d’emplacement des amplifiats (*.locs)
Description
Un fichier de marqueurs indiquant que le traitement RTA est terminé. La présence de ce fichier indique à Local Run Manager de mettre l’analyse en file d’attente.
Contient des renseignements généraux sur lʼanalyse, tels que le nombre de lectures et de cycles de lʼanalyse de séquençage, et si une lecture est indexée ou non.
Contient la définition des bases et un score de qualité codé pour chaque amplifiat de chaque plaque, le tout rassemblé dans un fichier par cycle.
Indique si un amplifiat a franchi les filtres. Les renseignements de filtrage sont rassemblés dans un fichier de filtrage pour chaque lecture.
Contient les coordonnées XY de chaque amplifiat sur chaque plaque, rassemblées dans un fichier d’emplacement des amplifiats.
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Index
A aide
amplifiats passant le filtre 72
analyse
analyse, primaire
assistance clientèle 81 assistance technique 81
B
C cartouche de réactifs
compartiment d’imagerie 4 compartiment de Flow Cell 4 compartiment de réactifs 4
compatibilité
Flow Cell, cartouche de réactifs 8 suivi RFID 8
composants
barre d’état 4 compartiment d’imagerie 4 compartiment de Flow Cell 4 compartiment de réactifs 4
configuration de l’analyse, option
considérations relatives à l’indexage 72
eau de laboratoire 20 entretien de l’instrument 20
Guide du système MiniSeq consommables fournis par
D définition des bases considérations relatives à
définition des bases, définition de base
fichiers propres à lʼanalyse 52
options pour communiquer avec
dépannage du système
É
E emplacement des amplifiats
entretien de l’instrument
erreurs de vérification avant analyse 54
dans les fichiers de sortie 56
F fichier journal
fichiers journaux
Flow Cell
flux de travail
cartouche de réactifs 27, 31, 35
77
78
considérations relatives à
option de chargement avancé 15
vérification avant analyse 33, 37
flux de travail de séquençage 70
G
génomes de référence
gérer l’instrument
H
hypochlorite de sodium, lavage 45
I icônes
imagerie à deux canaux 71 imagerie, séquençage à deux canaux 71
indicateurs
cycles d’intensité 38 cycles de densité des amplifiats 38
indicateurs de basse qualité 57
instrument
paramètres de configuration 63
L lavage
consommables fournis par
l’utilisateur 45 lavage manuel 45
logiciel
analyse d’images, définition des
bases 6 commande de l’instrument 6
paramètres de configuration 63
logiciel de commande 6 logiciel Real-Time Analysis 2, 6
logiciels
M
maintenance 44 maintenance préventive 44
mise en phase empirique 70 mise en phase, mise en préphase 70
N nom d’utilisateur et mot de passe du
O
option de chargement avancé 15
P
paramètres de configuration 63
paramètres de l’analyse
mode BaseSpace 34 modifier les paramètres 34
Q
R réactifs
réactifs usagés
Real-Time Analysis
recommandations à propos de l’eau de
réhybridation de primer 57 réhybridation, lecture 1 57
RTA v2
RTA2
S
scores de qualité 72 algorithme Phred 72
service de copie de l’analyse 39
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Document nº 1000000002695 v00 FRA
T transfert des données
icônes d’activité 39 service de copie de l’analyse 39
V
vérification avant analyse 33, 37
Guide du système MiniSeq
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Document nº 1000000002695 v00 FRA
Assistance technique
Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Tableau 2 Coordonnées générales d’Illumina
Site Web
www.illumina.com
Courriel
Tableau 3 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina
Région Numéro de la personne-ressource
Amérique du Nord 1.800.809.4566
Allemagne 0800.180.8994
Australie
Autriche
Belgique
Chine
Danemark
Espagne
Finlande
France
Hong Kong
Irlande
1.800.775.688
0800.296575
0800.81102
400.635.9898
80882346
900.812168
0800.918363
0800.911850
800960230
1.800.812949
Région
Italie
Japon
Norvège
Nouvelle Zélande
Pays-Bas
Royaume-Uni
Singapour
Suède
Suisse
Taïwan
Autres pays
Numéro de la personne-ressource
800.874909
0800.111.5011
800.16836
0800.451.650
0800.0223859
0800.917.0041
1.800.579.2745
020790181
0800.563118
00806651752
+44.1799.534000
Les fiches signalétiques (SDS) sont disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html
.
La documentation produit est téléchargeable au format PDF sur le site web d’Illumina.
Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis sélectionnez
Documentation & Literature (Documentation et littérature).
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Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, California 92122 États-Unis
+(1) 800 809 ILMN (4566)
+(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) [email protected]
www.illumina.com
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