illumina MiniSeq Manuel utilisateur

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Guide du système MiniSeq

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EXCLUSIF À ILLUMINA

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Janvier 2016

Personnalisez un guide court et complet de votre flux de travail à l’aide de Custom Protocol Selector.

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DANS LES PRÉSENTES PEUT ENTRAÎNER DES DOMMAGES AUX PRODUITS, DES BLESSURES AUX PERSONNES,

QU’ELLES SOIENT UTILISATRICES OU AUTRES, ET DES DOMMAGES AUX AUTRES BIENS.

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DANS LES PRÉSENTES (Y COMPRIS DES PIÈCES OU DU LOGICIEL).

Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cBot, CSPro, CytoChip, DesignStudio,

Epicentre, ForenSeq, Genetic Energy, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, HiSeq X, Infinium, iScan, iSelect,

MiSeq, MiSeqDx, MiSeq FGx, NeoPrep, NextBio, Nextera, NextSeq, Powered by Illumina, SureMDA, TruGenome,

TruSeq, TruSight, Understand Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, la couleur orange citrouille et la conception des bases en flux continu Genetic Energy sont des marques de commerce d’Illumina, Inc. ou de ses filiales aux États-Unis ou dans d’autres pays. Tous les autres noms, logos et marques de commerce sont la propriété de leurs détenteurs respectifs.

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Table des matières

Guide du système MiniSeq

iii

Exigences relatives aux fichiers d’entrée de l’analyse

Index

Assistance technique

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Chapitre 1 Présentation

Présentation

Introduction

Ressources supplémentaires

Composants de l’instrument

Présentation des consommables de séquençage

Bases de données et génomes préinstallés

Guide du système MiniSeq

Introduction

Le système MiniSeq MC d’Illumina MD vous permet d’exploiter avec aisance la technologie de séquençage d’Illumina, de grande qualité et conforme aux normes du secteur, dans un système de bureau rentable et facile d’utilisation.

Fonctionnalités

}

Séquençage de haute qualité : sur le système système MiniSeq, vous pouvez réaliser le séquençage de petits génomes, d’amplicons et de l’ARN ainsi que l’enrichissement ciblé en n’utilisant qu’un petit volume de librairies.

} Logiciels du système MiniSeq : le système système MiniSeq comprend une suite de logiciels intégrés qui assure le contrôle des opérations de l’instrument, le traitement des images et la génération des définitions de bases. Cette suite comprend un logiciel d’analyse des données sur instrument et des outils de transfert de données pour les analyses utilisant d’autres options, telles que BaseSpace.

}

Analyse des données sur instrument : le logiciel Local Run Manager passe en revue les données du séquençage selon le module d’analyse qui a été indiqué pour ce séquençage. Un ensemble de modules d’analyse sont compris dans le logiciel.

}

Intégration de BaseSpace MD

: le flux de travail de séquençage est intégré à

BaseSpace, l’environnement informatique consacré à la génomique d’Illumina et destiné à la surveillance de l’analyse, à l’analyse des données, à leur stockage et à leur échange. Les fichiers de sortie sont transférés en temps réel vers BaseSpace ou

BaseSpace Onsite en vue de leur analyse.

} Chargement pratique des consommables : un mécanisme de pince positionne la

Flow Cell lors de son chargement dans l’instrument. Une cartouche de réactifs préremplie à usage unique fournit les réactifs nécessaires à une analyse et au lavage de l’instrument qui s’ensuit. La Flow Cell et la cartouche de réactifs comprennent une identification intégrée pour permettre un suivi précis.

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Ressources supplémentaires

Consultez les pages d’aide du système MiniSeq sur le site Web d’Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions.

Les documents suivants sont consultables sur le site Web d’Illumina.

Ressource

Custom Protocol Selector

Guide de sécurité et de conformité du système MiniSeq (document nº 1000000002698)

Guide de conformité du lecteur

RFID avec antenne externe

(document nº 1000000002699)

Guide de dénaturation et de dilution des librairies pour le système MiniSeq (document nº 1000000002697)

Guide du logiciel Local Run

Manager (document nº 1000000002702)

Description

Assistant pour la génération de la documentation personnalisée dans son intégralité en fonction de la méthode de préparation des librairies, des paramètres d’analyse et de la méthode d’analyse utilisée pour le séquençage.

Fournit des renseignements concernant les questions de sécurité, les déclarations de conformité et l’étiquetage de l’instrument.

Fournit des renseignements sur le lecteur RFID de l’instrument, les certificats de conformité et les questions de sécurité.

Fournit des instructions pour la dénaturation et la dilution de librairies préparées en vue d’une analyse de séquençage, et pour la préparation d’un contrôle PhiX facultatif.

Fournit des renseignements concernant l’utilisation du logiciel Local Run Manager et les options d’analyse existantes.

Guide du système MiniSeq

Composants de l’instrument

Le système MiniSeq comprend un écran tactile, une barre d’état, un compartiment de Flow

Cell et un compartiment de réactifs.

Figure 1 Composants de l’instrument

Écran tactile : permet la configuration et le paramétrage sur l’instrument à l’aide de l’interface du logiciel de commande.

Bouton d’alimentation :allume l’ordinateur intégré àl’instrumentetle système d’exploitation.

C Ports USB : connexions pratiques pour les composants périphériques.

D Compartiment de Flow Cell : renferme la Flow Cell durant l’analyse.

E Barre d’état : indique si l’instrument est en cours de traitement (bleu), nécessite une attention particulière (orange) ou est prêt pour le séquençage (vert), ou lorsqu’un lavage doit être effectué dans les prochaines 24 heures (jaune).

F Compartiment de réactifs : contient la cartouche de réactifs et le flacon de réactifs usagés.

Compartiment de Flow Cell

La platine de Flow Cell comprend le verrou de Flow Cell. Une fois fermé, celui-ci maintient la Flow Cell, les broches près de sa base alignant les ports de la Flow Cell et les connexions fluidiques.

Figure 2 Compartiment de Flow Cell

A Porte du compartiment de Flow Cell

B Verrou de Flow Cell

C Platine de Flow Cell

D Flow Cell

E Bouton de libération du verrou de Flow Cell

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La station thermique, située sous la platine de Flow Cell, commande la température en la modifiant en fonction des exigences de la génération d’amplifiats et du séquençage.

REMARQUE

Ne mettez pas d’objets sur l’instrument près du compartiment de Flow Cell.

Compartiment de réactifs

Le paramétrage d’une analyse de séquençage sur le système MiniSeq nécessite d’accéder au compartiment de réactifs afin de charger les consommables de l’analyse et de vider le flacon de réactifs usagés.

Figure 3 Compartiment de réactifs

A Flacon de réactifs usagés : comprend un capuchon à vis pour éviter les fuites lors du transport.

B Cartouche de réactifs : fournit des réactifs dans un consommable à usage unique pré-rempli.

C Porte du compartiment de réactifs : permet d’accéder au compartiment de réactifs.

La porte du compartiment de réactifs s’ouvre vers l’extérieur des charnières au bas de l’instrument. Pour ouvrir la porte, tirez doucement la porte en la tenant par les côtés.

REMARQUE

Ne placez aucun objet sur la porte du compartiment de réactifs. La porte du compartiment n’est pas conçue pour être utilisée en tant qu’étagère.

Bouton d’alimentation

Le bouton d’alimentation situé sur la partie avant de l’instrument met sous tension l’instrument et l’ordinateur de l’instrument. Il réalise les actions suivantes en fonction de l’état de l’alimentation de l’instrument.

État de l’alimentation

Instrument hors tension

Instrument sous tension

Action

Appuyez brièvement sur le bouton pour le mettre sous tension.

Appuyez brièvement sur le bouton pour le mettre hors tension.

Une boîte de dialogue s’affiche à l’écran pour confirmer que l’instrument s’est arrêté normalement.

Guide du système MiniSeq

État de l’alimentation

Instrument sous tension

Action

Appuyez et maintenez le bouton d’alimentation enfoncé pendant

10 secondes pour provoquer un arrêt forcé de l’instrument et de l’ordinateur de l’instrument.

Utilisez cette méthode pour mettre l’instrument hors tension uniquement si l’instrument ne répond pas.

REMARQUE

Dans des conditions normales, ne mettez pas l’instrument hors tension.

Mettre l’instrument hors tension au cours d’une analyse de séquençage arrête immédiatement celle-ci. L’arrêt d’une analyse est définitif. Les consommables de l’analyse ne peuvent pas être réutilisés et les données de séquençage ne sont pas enregistrées.

Logiciels du système

La suite logicielle de l’instrument comprend des applications intégrées prévues pour les analyses de séquençage et les analyses sur instrument.

} MiniSeq Control Software : le logiciel de commande vous guide étape par étape dans la configuration d’une analyse de séquençage, contrôle les opérations de l’instrument et vous donne un aperçu des statistiques d’analyse pendant la progression de cette dernière.

}

Logiciel Real-Time Analysis (RTA) : RTA effectue l’analyse des images et la définition des bases lors de l’analyse. Consultez

Présentation de Real-Time Analysis à la page 68

} Local Run Manager : avant un séquençage, utilisez Local Run Manager pour indiquer les paramètres de séquençage et la méthode d’analyse. Après le séquençage, l’analyse des données sur instrument se lance automatiquement. Pour plus de renseignements, consultez le Guide du logiciel Local Run Manager (document nº 1000000002702).

Icônes d’état

Une icône d’état située dans le coin supérieur droit de l’écran sur l’interface du logiciel de commande indique une modification des conditions pendant la configuration de l’analyse ou pendant l’analyse.

Icône d’état

Nom de l’état Description

État OK Le système est normal.

Traitement

Attention

Avertissement

Erreur

Le système est en cours de traitement.

Le système nécessite l’attention de l’utilisateur.

Un avertissement a eu lieu.

Les avertissements n’interrompent pas une analyse et ne nécessitent pas d’intervention pour la poursuite de l'analyse.

Une erreur a eu lieu.

Les erreurs nécessitent une intervention avant la poursuite de l’analyse.

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Lorsqu’un changement de condition se produit, l’icône clignote afin de vous alerter.

Sélectionnez l’icône pour afficher une description de la condition. Sélectionnez

Acknowledge (Accuser réception) pour accepter le message et Close (Fermer) pour fermer la boîte de dialogue.

Guide du système MiniSeq

Présentation des consommables de séquençage

Pour effectuer une analyse de séquençage sur le système MiniSeq, une trousse Trousse

MiniSeq à usage unique est nécessaire. Chaque trousse comprend une Flow Cell et les réactifs nécessaires à la réalisation d’une analyse.

La Flow Cell et la cartouche de réactifs utilisent l’identification par radiofréquence (RFID) pour un suivi précis des consommables et pour des questions de compatibilité avec les paramètres d’analyse indiqués.

Flow Cell

La Flow Cell est un substrat de verre qui sert de support à la génération des amplifiats et à la réaction de séquençage. La Flow Cell est enchâssée dans une cartouche de Flow Cell.

Figure 4 Composants de la Flow Cell

A Zone d’imagerie

B Joint de Flow Cell

C Port de sortie

D Port d’entrée

Les réactifs pénètrent dans la Flow Cell par le port d’entrée, traversent la zone d’imagerie à ligne unique, puis sortent par le port de sortie.

La Flow Cell est livrée sèche dans un tube de Flow Cell, lui-même contenu dans un emballage d’aluminium. Stockez la Flow Cell dans son emballage d’aluminium hermétiquement fermé à une température comprise entre 2° C et 8° C avant utilisation.

Pour obtenir plus de renseignements, consultez

Préparer la Flow Cell à la page 27 .

Présentation de la cartouche de réactifs

La cartouche de réactifs est un consommable à usage unique doté de réservoirs recouvert d’un opercule en aluminium, pré-remplis de réactifs d’amplification, de séquençage et de lavage.

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Figure 5 Cartouche de réactifs

La cartouche de réactifs contient un réservoir prévu pour le chargement des librairies préparées. Après le lancement de l’analyse, les librairies sont transférées automatiquement de la cartouche de réactifs à la Flow Cell.

AVERTISSEMENT

équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes gouvernementales de sécurité en vigueur dans votre région.

Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html

Stockez la cartouche de réactifs à une température entre -25 et -15 °C jusqu’à utilisation.

Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section

Préparer la cartouche de réactifs à la page 27 .

Réservoirs réservés

Figure 6 Réservoirs numérotés

Position

13, 14 et 15

Description

Réservées aux primers personnalisés facultatifs

Charger les librairies

Guide du système MiniSeq

Réservoir amovible en position nº 9

La cartouche de réactifs préremplie comprend un réactif de dénaturation en position nº 9 qui contient du formamide. Pour faciliter l’élimination sûre de tout réactif non utilisé après l’analyse de séquençage, ce réservoir est amovible. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section

Retirer le réservoir usagé de la position nº 9 à la page 42

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Bases de données et génomes préinstallés

Dans la majorité des méthodes d’analyse, l’alignement requiert l’utilisation d’une référence.

Plusieurs bases de données et génomes de référence sont préinstallés dans l’ordinateur de l’instrument.

Preinstallés

Bases de données

Génomes

Description

• miRbase (humains)

• dbSNP (humains)

• refGene (humains)

• Arabidopsis thaliana

• Vache (Bos taurus)

• Souche d’E. coli DH10B

• Souche d’E. coli MG1655

• Drosophile

(Drosophila melanogaster)

• Être humain (Homo sapiens) version hg19

• Souris (Mus musculus)

• PhiX

• Rat (Rattus norvegicus)

• Rhodobacter sphaeroides 2.4.1

• Levure (Saccharomyces cerevisiae

S288C)

• Staphylocoque doré NCTC 8325

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Chapitre 2 Premiers pas

Premiers pas

Démarrage de l’instrument

Personnaliser les paramètres du système

Configurer les paramètres d’analyse

Consommables et équipement fournis par l’utilisateur

Guide du système MiniSeq

Démarrage de l’instrument

Assurez-vous que l’installation et l’initialisation de l’instrument ont été correctement effectuées et que sa configuration est terminée. Vous risquez d’endommager le système si vous démarrez l’instrument trop tôt.

1 Commutez le bouton d’alimentation en position I (marche).

Figure 7 Interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument

2 Appuyez sur le bouton d’alimentation situé au-dessus du compartiment de réactifs.

Le bouton d’alimentation permet d’allumer l’ordinateur intégré à l’instrument et le système d’exploitation.

Figure 8 Bouton d’alimentation situé à l’avant de l’instrument

3 Attendez le chargement complet du système d’exploitation.

Le système MiniSeq Control Software démarre et lance automatiquement le système.

L’écran d’accueil s’ouvre à la fin de l’étape d’initialisation.

4 Connectez-vous en utilisant le nom d’utilisateur et le mot de passe par défaut :

} Nom d’utilisateur : sbsuser

}

Mot de passe : sbs123

Sinon, connectez-vous à l’aide des identifiants propres à votre établissement.

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Personnaliser les paramètres du système

Le logiciel de commande comporte des paramètres personnalisables pour distinguer l’instrument ainsi que les préférences de flux de travail suivantes.

}

Élimination des consommables à la fin de l’analyse

}

Contournement de la confirmation de vérification avant analyse pour lancer automatiquement l’analyse

} Utilisation du clavier à l’écran pour les étapes de configuration de l’analyse

} Activation des indicateurs sonores

Personnaliser les éléments distinctifs de l’instrument

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Customization (Personnalisation du système).

2 Pour attribuer un avatar à l’instrument, sélectionnez Browse (Parcourir) et naviguez jusqu’à l’image de votre choix.

3 Saisissez le nom de votre choix pour l’instrument dans le champ Nick Name (Nom).

4 Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et quitter l’écran.

L’image et le nom apparaissent dans le coin supérieur gauche de chaque écran.

Configurer l’option d’élimination automatique

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Customization (Personnalisation du système).

2 Cochez la case Purge consumables at end of run (Éliminer les consommables à la fin de l’analyse).

Lorsque ce paramètre est activé, les réactifs inutilisés de la cartouche de réactifs sont automatiquement transférés dans le flacon de réactifs usagés après chaque analyse. S’il est désactivé, les réactifs inutilisés restent dans la cartouche de réactifs.

REMARQUE

L’élimination automatique des consommables allonge la durée du flux de travail. Par exemple, l’élimination des réactifs après une analyse de 300 cycles (2 × 151) prend approximativement 50 minutes.

3 Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et quitter l’écran.

Configurer l’option de lancement automatique

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Customization (Personnalisation du système).

2 Cochez la case Skip pre-run check confirmation (Ignorer la confirmation de vérification avant analyse).

Lorsque ce paramètre est activé, l’analyse de séquençage démarre automatiquement une fois la vérification automatique correctement effectuée. S’il est désactivé, vous devez lancer l’anayse manuellement une fois la vérification avant analyse effectuée.

3 Sélectionnez Save (Enregistrer).

Guide du système MiniSeq

Configurer la vérification automatique des mises à jour logicielles

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Customization (Personnalisation du système).

2 Cochez la case Automatically check for software updates on BaseSpace (Vérifier automatiquement les mises à jour logicielles sur BaseSpace).

Une connexion Internet est nécessaire.

3 Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et quitter l’écran.

Configurer l’option de clavier à l’écran

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Customization (Personnalisation du système).

2 Cochez la case Use on-screen keyboard (Utiliser le clavier à l’écran).

Ce paramètre active le clavier à l’écran pour la saisie durant les étapes de configuration de l’analyse.

3 Sélectionnez Save (Enregistrer).

Activer les indicateurs sonores

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Customization (Personnalisation du système).

2 Cochez la case Play audio (Lire les sons) afin d’activer les indicateurs sonores pour les

événements suivants.

} Lors de l’initialisation de l’instrument

}

Lors du démarrage d’une analyse

}

Lorsque des erreurs surviennent

} Lorsqu’une action de l’utilisateur est requise

} Lorsqu’une analyse est terminée

3 Sélectionnez Save (Enregistrer).

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Configurer les paramètres d’analyse

Le logiciel de commande propose les options suivantes pour le transfert des données et l’analyse qui s’ensuit :

}

BaseSpace : envoi des données à Illumina BaseSpace pour une analyse sur BaseSpace

}

BaseSpace Onsite : envoi des données au serveur BaseSpace Onsite LT pour une analyse sur le serveur

} Local Run Manager : envoi des données à l’emplacement spécifié du dossier de sortie pour une analyse à l’aide d’un module Local Run Manager

}

Standalone (Autonome) : enregistrement des données à l’emplacement spécifié du dossier de sortie pour une analyse ultérieure

Sélectionner BaseSpace

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Configuration (Configuration du système).

2 Sélectionnez Analysis Configuration (Configuration de l’analyse).

3 Sélectionnez BaseSpace.

4 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion BaseSpace par défaut comme suit.

a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).

b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).

c Cochez la case Bypass Analysis Method login screen (Contourner l’écran de connexion à la méthode d’analyse).

5 [Facultatif] Cochez la case Output Folder (Dossier de sortie) et sélectionnez Browse

(Parcourir) pour sélectionner l’emplacement de dossier de sortie de votre choix.

Ce paramètre enregistre une copie des fichiers de définition des bases (BCL) dans l’emplacement spécifié.

6 [Facultatif] Sélectionnez Send instrument health information to Illumina (Envoyer des renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour envoyer des fichiers journaux à Illumina. Une connexion Internet est nécessaire.

7 Sélectionnez Save (Enregistrer).

Sélectionner BaseSpace Onsite

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Configuration (Configuration du système).

2 Sélectionnez Analysis Configuration (Configuration de l’analyse).

3 Sélectionnez BaseSpace Onsite.

4 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion BaseSpace Onsite par défaut comme suit.

a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).

b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).

Guide du système MiniSeq

c Cochez la case Bypass Analysis Method login screen (Contourner l’écran de connexion à la méthode d’analyse).

5 Dans le champ Server Name (Nom du serveur), saisissez le chemin d’accès complet à votre serveur BaseSpace Onsite.

6 [Facultatif] Cochez la case Output Folder (Dossier de sortie) et sélectionnez Browse

(Parcourir) pour sélectionner l’emplacement de dossier de sortie de votre choix.

Ce paramètre enregistre une copie des fichiers de définition des bases (BCL) dans l’emplacement spécifié.

7 [Facultatif] Sélectionnez Send instrument health information to Illumina (Envoyer des renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour envoyer des fichiers journaux à Illumina. Une connexion Internet est nécessaire.

8 Sélectionnez Save (Enregistrer).

Sélectionner Local Run Manager

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Configuration (Configuration du système).

2 Sélectionnez Analysis Configuration (Configuration de l’analyse).

3 Sélectionnez Local Run Manager.

4 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion Local Run Manager par défaut comme suit.

a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).

b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).

c Cochez la case Bypass Analysis Method login screen (Contourner l’écran de connexion à la méthode d’analyse).

5 [Facultatif] Sélectionnez Use Run Monitoring (Utiliser la surveillance de l’analyse) pour surveiller l’analyse en utilisant les outils de visualisation sur BaseSpace. Une connexion à BaseSpace et une connexion Internet sont nécessaires.

6 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion BaseSpace par défaut comme suit.

a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).

b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).

7 Sélectionnez Browse (Parcourir) et sélectionnez l’emplacement de votre choix pour le dossier de sortie.

8 [Facultatif] Sélectionnez Send instrument health information to Illumina (Envoyer des renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour envoyer des fichiers journaux à Illumina. Une connexion Internet est nécessaire.

9 Sélectionnez Save (Enregistrer).

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Sélectionner le mode autonome

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Configuration (Configuration du système).

2 Sélectionnez Analysis Configuration (Configuration de l’analyse).

3 Sélectionnez Standalone (Autonome).

4 [Facultatif] Sélectionnez Use Run Monitoring (Utiliser la surveillance de l’analyse) pour surveiller l’analyse en utilisant les outils de visualisation sur BaseSpace. Une connexion à BaseSpace et une connexion Internet sont nécessaires.

5 [Facultatif] Indiquez les identifiants de connexion BaseSpace par défaut comme suit.

a Saisissez le nom d’utilisateur (User name) et le mot de passe (Password).

b Cochez la case Save the credentials as the default (Enregistrer ces identifiants comme ceux par défaut).

6 Sélectionnez Browse (Parcourir) et sélectionnez l’emplacement de votre choix pour le dossier de sortie.

7 [Facultatif] Cochez la case Send instrument health information to Illumina (Envoyer des renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour envoyer des fichiers journaux à Illumina. Une connexion Internet est nécessaire.

8 Sélectionnez Save (Enregistrer).

Guide du système MiniSeq

Consommables et équipement fournis par l’utilisateur

Les consommables et l’équipement qui suivent sont utilisés sur le système système

MiniSeq.

Consommables fournis par l’utilisateur pour les analyses de séquençage

Consommable

NaOH 1 N

(hydroxyde de sodium)

Tris-HCl 200 mM, pH7

Lingettes d’alcool isopropylique à 70 % ou d’éthanol à 70 %

Gants jetables sans talc

Tissu de laboratoire peu pelucheux

Fournisseur

Fournisseur de laboratoire général

VWR,nº de référence 95041-714

(ou équivalent)

Fournisseur de laboratoire général

VWR, nº de référence 21905-026

(ou équivalent)

Objectif

Dénaturation des librairies, dilution à 0,1 N

Neutralisation des librairies après dénaturation

Nettoyage de la Flow Cell et usage général

Usage général

Nettoyage de la Flow Cell

Consommables fournis par l’utilisateur pour l’entretien de l’instrument

Consommable

NaOCI à 5 %

(hypochlorite de sodium)

Tween 20

Eau de laboratoire

Fournisseur

Sigma-Aldrich, nº de référence 239305

(ou produit de laboratoire

équivalent)

Sigma-Aldrich, nº de référence P7949

Fournisseur de laboratoire général

Objectif

Lavage manuel après analyse, dilution à 0,12 %

Lavage manuel de l’instrument, dilution à 0,05 %

Lavage manuel de l’instrument

Recommandations à propos de l’eau de laboratoire

Utilisez toujours de lʼeau de laboratoire ou de l’eau désionisée pour réaliser des procédures sur l’instrument. N’utilisez jamais d’eau courante. Utilisez uniquement les qualités d’eau suivantes ou leurs équivalents :

}

Eau désionisée

} PW1 d’Illumina

} Eau 18 mégohms (MΩ)

}

Eau Milli-Q

}

Eau Super-Q

} Eau de qualité biologie moléculaire

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Équipement fourni par l’utilisateur

Article

Congélateur, de -15 à -25 °C, sans givre

Seau à glace

Réfrigérateur, de 2 à 8 °C

Source

Fournisseur de laboratoire général

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Chapitre 3 Séquençage

Séquençage

Introduction

Flux de travail de séquençage

Préparer les consommables

Préparer des librairies pour le séquençage

Configurer une analyse de séquençage

Surveiller la progression de l’analyse

Lavage automatique après analyse

Retirer le réservoir usagé de la position nº 9

Guide du système MiniSeq

Introduction

Pour effectuer une analyse de séquençage sur le système MiniSeq, préparez des consommables d’analyse, puis suivez les invites du logiciel pour configurer l’analyse.

Présentation du flux de travail

Génération d’amplifiats

Lors de la génération d’amplifiats, les molécules d’ADN uniques sont liées à la surface de la Flow Cell, puis subissent une amplification de façon à former des amplifiats.

Séquençage

L’imagerie des amplifiats est réalisée par chimie de séquençage à deux canaux et combinaison de filtres propres à chacun des terminateurs de chaîne marqués par fluorescence. Lorsque l’imagerie d’une plaque sur la Flow Cell est terminée, le système passe à la plaque suivante. Ce processus se répète pour chaque cycle de séquençage. Après l’analyse des images, le logiciel réalise la définition des bases, le filtrage et la notation de la qualité.

Analyse

Pendant la progression de l’analyse, le logiciel de commande transfère automatiquement les fichiers de définition des bases (BCL) vers l’emplacement de sortie indiqué pour l’analyse des données. Plusieurs méthodes d’analyse existent en fonction de votre application et de la configuration d’analyse sélectionnée pour votre système. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section

Configurer les paramètres d’analyse à la page 17

Durée de l’analyse de séquençage

La durée de l’analyse de séquençage dépend du nombre de cycles réalisés. La longueur maximale d’une analyse est une analyse à lecture appariée de 150 cycles, plus jusqu’à deux lectures d’index de huit cycles chacune.

Pour connaître les durées attendues et les autres spécifications du système, consultez la page des spécifications du système MiniSeq sur le site Web d’Illumina.

Nombre de cycles dʼune lecture

Au cours d’une analyse de séquençage, une lecture comprend un cycle de plus que le nombre de cycles analysés. Par exemple, pour réaliser une analyse à lecture appariée de

150 cycles, la configuration de l’analyse doit prévoir 151 cycles par lecture (2 × 151), soit

302 cycles au total. À la fin de lʼanalyse, 2 × 150 cycles sont analysés. Le cycle supplémentaire de chaque lecture sert aux calculs de mise en phase et de mise en préphase.

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Flux de travail de séquençage

Les étapes de configuration de l’analyse peuvent varier selon la configuration d’analyse indiquée pour cette dernière.

}

Standalone (Autonome) : après la préparation et le chargement des consommables, tous les paramètres d’analyse sont indiqués dans l’interface du logiciel de commande

MiniSeq Control Software.

}

BaseSpace, BaseSpace Onsite ou Local Run Manager : avant de configurer l’analyse sur l’instrument, attribuez un nom à l’analyse et indiquez les paramètres d’analyse dans l’onglet Prep (Préparation) de BaseSpace ou dans le logiciel Local Run Manager.

Après la préparation des consommables, sélectionnez un nom d’analyse depuis le logiciel de commande MiniSeq Control Software, puis chargez les consommables pour l’analyse.

Flux de travail (configuration autonome)

Préparez une nouvelle cartouche de réactifs : décongelez-la et inspectez-la.

Préparez une nouvelle Flow Cell : laissez-la atteindre la température ambiante, puis déballez-la.

Dénaturez et diluez les librairies. Consultez le Guide de dénaturation et de dilution des librairies

pour le système MiniSeq (document nº 1000000002697).

Chargez la dilution de la librairie sur la cartouche de réactifs dans le réservoir nº 16.

À partir de l’interface logicielle, sélectionnez Sequence (Séquençage).

Chargez la Flow Cell et la cartouche de réactifs.

Videz et rechargez le flacon de réactifs usagés.

Indiquez les paramètres d’analyse sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse).

Une fois la vérification automatisée terminée, sélectionnez Start (Démarrer).

Surveillez l’analyse à l’écran sur l’instrument depuis BaseSpace si la surveillance d’analyse est activée ou depuis un ordinateur en réseau utilisant le logiciel Sequencing Analysis Viewer.

Les données sont transférées dans le dossier de sortie spécifié.

Guide du système MiniSeq

Un lavage de l’instrument démarre automatiquement lorsque le séquençage est terminé.

Flux de travail (configuration BaseSpace ou Local Run Manager)

Indiquez les paramètres d’analyse à l’aide de BaseSpace, BaseSpace Onsite ou Local Run

Manager.

Préparez une nouvelle cartouche de réactifs : décongelez-la et inspectez-la.

Préparez une nouvelle Flow Cell : laissez-la atteindre la température ambiante, déballez-la et inspectez-la.

Dénaturez et diluez les librairies. Consultez le Guide de dénaturation et de dilution des librairies

pour le système MiniSeq (document nº 1000000002697).

Chargez la dilution de la librairie sur la cartouche de réactifs dans le réservoir nº 16.

À partir de l’interface logicielle, sélectionnez Sequence (Séquençage) pour lancer les étapes de configuration de l’analyse.

Sélectionnez le nom d’analyse indiqué dans BaseSpace, BaseSpace Onsite ou Local Run

Manager.

Chargez la Flow Cell.

Chargez la cartouche de réactifs.

Videz et rechargez le flacon de réactifs usagés.

Examinez les paramètres d’analyse sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse).

Une fois la vérification automatisée terminée, sélectionnez Start (Démarrer).

Surveillez l’analyse à l’écran sur l’instrument depuis BaseSpace ou depuis un ordinateur en réseau utilisant le logiciel Sequencing Analysis Viewer. Les données sont transférées dans

BaseSpace, dans BaseSpace Onsite ou dans le dossier de sortie spécifié.

Un lavage de l’instrument démarre automatiquement lorsque le séquençage est terminé.

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Préparer les consommables

Préparer la cartouche de réactifs

1 Retirez la cartouche de réactifs du stockage entre -25 et -15 °C.

2 Décongelez les réactifs à l’aide des options de bain d’eau suivantes. N’immergez pas la cartouche. Lorsqu’elle est décongelée, séchez la base avant de continuer.

Méthode

Bain d’eau à 37 °C

Bain d’eau à température ambiante

(19 à 25 °C)

Durée de décongélation

35 minutes

90 minutes

Limite de stabilité

Jusqu’à 2 heures

Jusqu’à 24 heures

Si plusieurs cartouches sont décongelées dans le même bain d’eau, ajoutez une durée de décongélation supplémentaire.

Sinon, décongelez les réactifs à l’aide des options suivantes.

Méthode

Air à température ambiante

(19 à 25 °C)

Réfrigération entre 2 et 8 ℃

Durée de décongélation

5 heures

18 heures

Limite de stabilité

Jusqu’à 24 heures

Jusqu’à 72 heures

3 Retournez la cartouche cinq fois pour mélanger.

4 Inspectez les grands réservoirs en regardant par le dessous de la cartouche afin de vous assurer que les réactifs sont décongelés et que les réservoirs ne contiennent pas de cristaux de glace.

5 Tapotez doucement sur la paillasse pour réduire les bulles dʼair.

Préparer la Flow Cell

1 Sortez un nouvel emballage de Flow Cell de son lieu de stockage entre 2 et 8 °C.

2 Laissez l’emballage fermé de la Flow Cell à température ambiante pendant 30 minutes.

REMARQUE

Évitez les modifications de température répétées de la Flow Cell.

3 Sortez le contenant de la Flow Cell de son emballage d’aluminium.

4 Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc.

5 Tenez la Flow Cell par la cartouche en plastique et retirez-la du contenant.

Figure 9 Retrait de la Flow Cell

6 Nettoyez la surface en verre de la Flow Cell à l’aide d’une lingette alcoolisée non pelucheuse.

Guide du système MiniSeq

7 Séchez à l’aide d’un tissu nettoyant pour lentilles non pelucheux. Séchez avec précaution autour du joint de Flow Cell noir.

8 Inspectez les ports de la Flow Cell pour vérifier qu’ils ne sont pas bouchés. Assurezvous que le joint est bien positionné.

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Préparer des librairies pour le séquençage

Dénaturer et diluer les librairies

Avant de charger les librairies dans la cartouche de réactifs, dénaturez et diluez les librairies, et ajoutez un contrôle PhiX facultatif. Pour obtenir plus de renseignements, consultez le Guide de dénaturation et de dilution des librairies pour le système MiniSeq (document

nº 1000000002697).

Le volume de chargement du système MiniSeq est de 500 µl à une concentration de chargement de 1,8 pM. Toutefois, la concentration de chargement peut varier selon les méthodes de préparation et de quantification des librairies.

Charger des librairies sur la cartouche de réactifs

1 Nettoyez l’opercule d’aluminium couvrant le réservoir nº 16 marqué Load library here

(Charger la librairie ici) en utilisant un tissu non pelucheux.

2 Percez l’opercule avec une pointe de pipette propre de 1 ml.

3 Versez 500 µl de librairies préparées dans le réservoir nº 16. Évitez de toucher l’opercule en aluminium pendant le transfert du produit.

Figure 10 Charger les librairies

Guide du système MiniSeq

Configurer une analyse de séquençage

Les étapes de configuration de l’analyse varient selon la configuration du système :

}

Standalone configuration (Configuration autonome) : vous êtes invité à définir les paramètres de l’analyse sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse) du logiciel de commande.

} BaseSpace ou Local Run Manager configuration (Configuration BaseSpace ou Local

Run Manager) : vous êtes invité à vous connecter et sélectionner une analyse prédéfinie dans une liste dans BaseSpace ou Local Run Manager.

Configurer une analyse (Configuration autonome)

1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Sequence (Séquençage).

La commande Sequence (Séquençage) libère les consommables d’une analyse précédente et ouvre la série d’écrans Run Setup (Configuration de l’analyse).

Charger la Flow Cell

1 Ouvrez la porte du compartiment de Flow Cell.

2 Appuyez sur la touche de déverrouillage à droite du verrou de Flow Cell.

Figure 11 Ouverture du verrou de Flow Cell

3 Retirez la Flow Cell de l’analyse précédente si elle est présente.

4 Assurez-vous que la platine de Flow Cell est propre. Si des débris sont présents sur la platine de Flow Cell, éliminez-les avec une lingette alcoolisée.

5 Placez la Flow Cell sur la platine au-dessus des broches d’alignement.

Figure 12 Installation de la Flow Cell sur la platine

6 Fermez le verrou de Flow Cell pour fixer la Flow Cell.

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Figure 13 Fermeture du verrou de Flow Cell

7 Fermez la porte du compartiment de Flow Cell.

Charger la cartouche de réactifs

1 Ouvrez la porte du compartiment de réactifs.

2 Si la cartouche de réactifs usagée est présente, retirez-la.

REMARQUE

Le réservoir à la position nº 9 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés contenant du formamide. Consultez

Retirer le réservoir

usagé de la position nº 9 à la page 42 .

3 Faites glisser la cartouche de réactifs dans le compartiment de réactifs jusqu’à butée.

Figure 14 Charger la cartouche de réactifs

Vider le flacon de réactifs usagés

1 Retirer le flacon de réactifs usagés de son compartiment.

Guide du système MiniSeq

Figure 15 Retirer le flacon de réactifs usagés

2 Fermez hermétiquement le flacon à l’aide du bouchon fileté pour éviter de répandre les réactifs usagés lors du transport du flacon.

Figure 16 Fermer hermétiquement le flacon de réactifs usagés

3 Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur.

AVERTISSEMENT

Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html

4 Retirez le bouchon fileté, puis faites glisser le flacon de réactifs usagés vide dans le compartiment jusqu’à la butée.

5 Fermez la porte du compartiment et sélectionnez Next (Suivant).

Saisir les paramètres d’analyse

1 Saisissez le nom de votre choix pour l’analyse.

2 [Facultatif] Saisissez l’identifiant de librairie de votre choix.

3 Sélectionnez une formule dans la liste déroulante Recipe (Formule). Seules les formules compatibles sont répertoriées.

4 Sélectionnez un type de lecture, soit Single Read (Lecture unique), soit Paired End

(Lecture appariée).

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

5 Indiquez le nombre de cycles pour chaque lecture de l’analyse de séquençage.

}

Lecture 1 : saisissez une valeur dans la limite de 151 cycles.

} Index 1 : saisissez le nombre de cycles nécessaire pour le primer d’index 1 (i7).

}

Index 2 : saisissez le nombre de cycles nécessaire pour le primer d’index 2 (i5).

}

Lecture 2 : saisissez une valeur dans la limite de 151 cycles. Cette valeur est généralement identique au nombre de cycles de la lecture 1.

Le logiciel de commande confirme le nombre de cycles spécifiés à l’aide des critères suivants :

}

Le nombre total de cycles ne dépasse pas le nombre maximal de cycles autorisés en fonction de la cartouche de réactifs chargée pour l’analyse.

}

Le nombre de cycles de la lecture 1 est supérieur à 5 (valeur correspondant aux

5 cycles nécessaires à la génération du modèle).

} Le nombre de cycles de lecture d’index ne dépasse pas le nombre de cycles de la lecture 1 et de la lecture 2.

REMARQUE

Assurez-vous d’indiquer le nombre approprié de cycles de lecture d’index pour les librairies séquencées. Pour plus de renseignements, consultez les documents relatifs à la préparation de librairie.

6 [Facultatif] Si vous utilisez des primers personnalisés, cochez la case correspondante aux primers utilisés.

}

Lecture 1 : primer personnalisé pour la lecture 1.

} Index 1 : primer personnalisé pour l’index 1.

} Index 2 : primer personnalisé pour l’index 2.

}

Lecture 2 : primer personnalisé pour la lecture 2.

7 [Facultatif] Sélectionnez Advanced Settings (Paramètres avancés) pour modifiez les paramètres de l’analyse en cours.

}

Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) : modifiez ce réglage pour éliminer automatiquement les consommables après l’analyse en cours.

}

Use run monitoring for this run (Utiliser la surveillance de l’analyse pour cette analyse) : modifiez les réglages pour utiliser la surveillance de l’analyse dans

BaseSpace. Lorsque ces réglages sont activés, des identifiants BaseSpace et une connexion Internet sont nécessaires.

} Recipe (Formule) : sélectionnez une formule personnalisée pour cette analyse.

} Output folder (Dossier de sortie) : modifiez l’emplacement du dossier de sortie pour l’analyse en cours. Sélectionnez Browse (Parcourir) pour sélectionner l’emplacement réseau.

8 Sélectionnez Next (Suivant).

REMARQUE

N’ouvrez pas la porte du compartiment de réactifs ou la porte du compartiment de

Flow Cell pendant la vérification automatique ou pendant l’analyse de séquençage.

Passer en revue la vérification automatique

1 Passez en revue les résultats de la vérification automatique.

}

Pour arrêter une vérification en cours, sélectionnez Cancel (Annuler).

} Pour tous les éléments qui n’ont pas réussi la vérification, une action est nécessaire avant que vous puissiez continuer. Consultez la section

Erreurs de la vérification

automatique à la page 54

Guide du système MiniSeq

} Pour redémarrer la vérification, sélectionnez Retry (Réessayer). La vérification reprend à la première vérification incomplète ou non conforme.

2 Pour démarrer l’analyse, sélectionnez une option parmi les suivantes.

}

Si le système n’est pas configuré pour démarrer automatiquement après une vérification réussie, sélectionnez Start (Démarrer).

}

Si le système est configuré pour démarrer automatiquement après une analyse réussie, l’analyse de séquençage démarre automatiquement. Votre présence n’est pas nécessaire. Toutefois, si une erreur se produit au cours de la vérification, l’analyse ne démarre pas automatiquement.

Configurer une analyse (configuration BaseSpace ou Local Run Manager)

1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Sequence (Séquençage).

La commande Sequence (Séquençage) libère les consommables d’une analyse précédente et ouvre la série d’écrans Run Setup (Configuration de l’analyse).

Se connecter à BaseSpace ou à Local Run Manager

1 Entrez votre nom d’utilisateur et votre mot de passe.

2 Sélectionnez Next (Suivant).

Sélectionner End Run (Arrêter l’analyse)

1 Sélectionnez un nom d’analyse dans la liste des analyses disponibles.

Utilisez les flèches haut et bas pour faire défiler la liste ou saisissez le nom d’une analyse dans le champ de recherche.

2 Sélectionnez Next (Suivant).

Charger la Flow Cell

1 Ouvrez la porte du compartiment de Flow Cell.

2 Appuyez sur la touche de déverrouillage à droite du verrou de Flow Cell.

Figure 17 Ouverture du verrou de Flow Cell

3 Retirez la Flow Cell de l’analyse précédente si elle est présente.

4 Assurez-vous que la platine de Flow Cell est propre. Si des débris sont présents sur la platine de Flow Cell, éliminez-les avec une lingette alcoolisée.

5 Placez la Flow Cell sur la platine au-dessus des broches d’alignement.

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Figure 18 Installation de la Flow Cell sur la platine

6 Fermez le verrou de Flow Cell pour fixer la Flow Cell.

Figure 19 Fermeture du verrou de Flow Cell

7 Fermez la porte du compartiment de Flow Cell.

Charger la cartouche de réactifs

1 Ouvrez la porte du compartiment de réactifs.

2 Si la cartouche de réactifs usagée est présente, retirez-la.

REMARQUE

Le réservoir à la position nº 9 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés contenant du formamide. Consultez

Retirer le réservoir

usagé de la position nº 9 à la page 42 .

3 Faites glisser la cartouche de réactifs dans le compartiment de réactifs jusqu’à butée.

Figure 20 Charger la cartouche de réactifs

Vider le flacon de réactifs usagés

1 Retirer le flacon de réactifs usagés de son compartiment.

Guide du système MiniSeq

Figure 21 Retirer le flacon de réactifs usagés

2 Fermez hermétiquement le flacon à l’aide du bouchon fileté pour éviter de répandre les réactifs usagés lors du transport du flacon.

Figure 22 Fermer hermétiquement le flacon de réactifs usagés

3 Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur.

AVERTISSEMENT

Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html

4 Retirez le bouchon fileté, puis faites glisser le flacon de réactifs usagés vide dans le compartiment jusqu’à la butée.

5 Fermez la porte du compartiment et sélectionnez Next (Suivant).

Confirmer les paramètres de l’analyse

1 Confirmez les paramètres de l’analyse.

Le logiciel de commande confirme le nombre de cycles spécifiés à l’aide des critères suivants :

}

Le nombre total de cycles ne dépasse pas le nombre maximal de cycles autorisés en fonction de la cartouche de réactifs chargée pour l’analyse.

}

Le nombre de cycles de la lecture 1 est supérieur à 5 (valeur correspondant aux

5 cycles nécessaires à la génération du modèle).

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

}

Le nombre de cycles de lecture d’index ne dépasse pas le nombre de cycles de la lecture 1 et de la lecture 2.

REMARQUE

2 [Facultatif] Sélectionnez Edit (Modifier) pour modifier les paramètres de l’analyse.

Lorsque vous avez terminé, sélectionnez Save (Enregistrer).

}

Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) : modifiez ce réglage pour éliminer automatiquement les consommables après l’analyse en cours.

} Run parameters (Paramètres de l’analyse) : modifiez le type de lecture ou le nombre de cycles par lecture.

}

Custom primers (Primers personnalisés) : modifiez les réglages des primers personnalisés.

3 Sélectionnez Next (Suivant).

REMARQUE

N’ouvrez pas la porte du compartiment de réactifs ou la porte du compartiment de

Flow Cell pendant la vérification automatique ou pendant l’analyse de séquençage.

Passer en revue la vérification automatique

1 Passez en revue les résultats de la vérification automatique.

}

Pour arrêter une vérification en cours, sélectionnez Cancel (Annuler).

} Pour tous les éléments qui n’ont pas réussi la vérification, une action est nécessaire avant que vous puissiez continuer. Consultez la section

Erreurs de la vérification

automatique à la page 54

}

Pour redémarrer la vérification, sélectionnez Retry (Réessayer). La vérification reprend à la première vérification incomplète ou non conforme.

2 Pour démarrer l’analyse, sélectionnez une option parmi les suivantes.

}

Si le système n’est pas configuré pour démarrer automatiquement après une vérification réussie, sélectionnez Start (Démarrer).

} Si le système est configuré pour démarrer automatiquement après une analyse réussie, l’analyse de séquençage démarre automatiquement. Votre présence n’est pas nécessaire. Toutefois, si une erreur se produit au cours de la vérification, l’analyse ne démarre pas automatiquement.

Guide du système MiniSeq

Surveiller la progression de l’analyse

1 Surveillez la progression, les intensités et les scores de qualité de l’analyse à mesure que les indicateurs s’affichent à l’écran.

Figure 23 Progression et indicateurs de l’analyse de séquençage

A Progression de l’analyse : indique l’étape en cours et le nombre de cycles réalisés pour chaque lecture. La barre de progression n’est pas proportionnelle à la durée d’analyse de chaque étape.

B Q-Score (Notation de la qualité) : indique la répartition des scores de qualité (Q-scores).

Consultez

Notation de la qualité à la page 72

C Intensity (Intensité) : indique la valeur de l’intensité des amplifiats du 90 e centile de chaque plaque. Les couleurs du tracé indiquent chaque base : A est rouge, C vert, G bleu et T noir.

D Cluster Density (Densité des amplifiats) (K/mm²) : indique le nombre dʼamplifiats détectés pour lʼanalyse.

E Clusters Passing Filter (Amplifiats passant le filtre) (%) : indique le pourcentage d’amplifiats passant le filtre. Consultez

Amplifiats passant le filtre à la page 72 .

F Estimated Yield (Estimation du rendement) (Gb) : indique le nombre de bases prévues pour l’analyse.

G État du transfert de données : indique l’état du transfert de données en fonction de la configuration de l’analyse.

H Fin de l’analyse : indique la date et l’heure de fin de l’analyse (au format aaaa-mm-jj et hh:mm).

REMARQUE

Après avoir sélectionné Home (Accueil), il est impossible de revenir en arrière pour afficher les indicateurs de l’analyse. Toutefois, vous pouvez les consulter dans BaseSpace ou bien dans le Visualiseur d’analyse de séquençage ou dans Local Run Manager sur un ordinateur du réseau.

Cycles des indicateurs de l’analyse

Les indicateurs d’analyse apparaissent à différents moments au cours d’une analyse.

}

Aucun indicateur ne s’affiche au cours des étapes de génération d’amplifiats.

}

Les cinq premiers cycles sont réservés à la génération du modèle.

} Au sixième cycle, la densité brute des amplifiats et les intensités du premier cycle s’affichent.

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

}

Au vingt-cinquième cycle, la proportion d’amplifiats passant le filtre, le rendement et les scores de qualité s’affichent.

Sequencing Analysis Viewer

Le logiciel Sequencing Analysis Viewer affiche des indicateurs de séquençage générés au cours de l’analyse de séquençage. Les indicateurs s’affichent sous forme de diagrammes, de graphiques et de tableaux qui s’appuient sur des données générées par le RTA et écrits sur des fichiers InterOp. Les indicateurs sont mis à jour pendant la progression de l’analyse.

Sélectionnez Refresh (Rafraîchir) à tout moment au cours de l’analyse pour afficher les indicateurs mis à jour. Pour plus de renseignements, consultez le Guide de l’utilisateur de

Sequencing Analysis Viewer (référence 15020619).

Le Sequencing Analysis Viewer est compris dans le logiciel installé sur l’ordinateur de l’instrument. Vous pouvez aussi installer le Sequencing Analysis Viewer sur un autre ordinateur associé au même réseau que l’instrument pour surveiller les indicateurs d’analyse à distance.

État du transfert de données

En fonction de la configuration d’analyse sélectionnée, une icône s’affiche à l’écran au cours de l’analyse pour indiquer l’état de connexion.

État

BaseSpace

BaseSpace Onsite Local

Run

Manager

Autonome

Connecté

Transfert de données en cours

Déconnecté

Désactivé

Il se peut que plusieurs icônes apparaissent à l’écran. Par exemple, si des données d’analyse sont en cours de transfert dans BaseSpace et dans un dossier de sortie supplémentaire, une icône BaseSpace et une icône Autonome apparaissent.

Service de copie de l’analyse

La suite logicielle du système MiniSeq contient un service de copie de l’analyse. Pendant que RTA génère des fichiers, le service copie les fichiers dans l’emplacement spécifié du dossier de sortie.

Si le transfert de données est interrompu en cours d’analyse, les données sont stockées temporairement sur l’ordinateur de l’instrument. Lorsque la connexion est rétablie, le transfert des données reprend automatiquement durant l’analyse. Si la connexion ne se rétablit pas avant la fin de l’analyse, déplacez manuellement les données vers l’emplacement choisi.

Guide du système MiniSeq

Transfert des données dans BaseSpace

BaseSpace Broker transfère les données de l’analyse dans BaseSpace. Si la connexion à

BaseSpace est interrompue, le broker tente à nouveau de charger les données durant sept jours. Si la connexion n’a pas été rétablie au bout de sept jours, les données de l’analyse sont effacées.

Si vous indiquez un emplacement supplémentaire pour les données de l’analyse, les données sont transférées à cet emplacement, quel que soit l’état de BaseSpace Broker.

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Lavage automatique après analyse

Une fois l’analyse de séquençage terminée, le logiciel lance un lavage automatique après analyse à l’aide de la solution de lavage et du NaOCl contenues dans la cartouche de réactifs.

Le lavage automatique après analyse dure 90 minutes environ. Une fois le lavage terminé, le bouton Home (Accueil) redevient actif. Les résultats du séquençage restent visibles à l’écran pendant le lavage.

Après le lavage

Après le lavage, laissez les dispositifs d’aspiration en position basse afin d’empêcher l’air d’entrer dans le système. Laissez la cartouche en place jusqu’à l’analyse suivante.

Guide du système MiniSeq

Retirer le réservoir usagé de la position nº 9

Le réservoir de la position nº 9 de la cartouche de réactifs contient du formamide. Avant la mise au rebut de la cartouche de réactifs usagés, vous pouvez retirer le réservoir de la position nº 9 pour le mettre au rebut séparément.

1 Mettez des gants, appuyez sur l’onglet de séparation blanc à la position nº 9 pour briser les trois points de rattachement.

Figure 24 Onglet de séparation à la position nº 9

A Onglet de séparation intact

B Attache du réservoir

2 Faites glisser l’onglet de séparation vers le bord gauche de la cartouche, de façon à ce qu’il glisse sous le couvercle de la cartouche.

Figure 25 Onglet de séparation retiré, attache du réservoir exposée

Onglet de séparation sous le couvercle de la cartouche

Attache du réservoir

3 Appuyez sur l’attache du réservoir en plastique transparent vers les bas, puis vers la droite.

Le réservoir est dégagé de son emplacement sous la cartouche de réactifs.

4 Mettez le réservoir au rebut conformément aux normes de sécurité.

AVERTISSEMENT

Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html

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Document nº 1000000002695 v00 FRA

Chapitre 4 Maintenance

Maintenance

Introduction

Effectuer un lavage manuel de l’instrument

Mises à jour logicielles

Guide du système MiniSeq

Introduction

Les procédures d’entretien comprennent des lavages manuels de l’instrument ainsi que les

éventuelles mises à jour des logiciels du système. Aucune autre procédure d’+entretien périodique n’est nécessaire.

}

Lavages de l’instrument : un lavage automatique après chaque analyse de séquençage permet d’optimiser les performances de l’instrument. Cependant, un lavage manuel est exigé dans certaines situations. Consultez

Effectuer un lavage manuel de l’instrument à la page 45 .

} Mises à jour logicielles : lorsqu’une version mise à jour de la suite logicielle du système est disponible, vous pouvez l’installer automatiquement en vous connectant à

BaseSpace ou l’installer manuellement après le téléchargement du programme d’installation sur le site Web d’Illumina. Consultez la section

Mises à jour logicielles à la page 49 .

Maintenance préventive

Illumina vous recommande d’établir un calendrier de service de maintenance tous les ans.

Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte de votre région ou l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Effectuer un lavage manuel de l’instrument

Parmi les options de lavage manuel de l’instrument figurent notamment Quick Wash

(Lavage rapide) et Manual Post-Run Wash (Lavage manuel après analyse).

Types de lavage

Quick Wash (Lavage rapide)

Durée : 20 minutes

Manual Post-Run Wash

(Lavage manuel après analyse)

Durée : 90 minutes

Description

Il est nécessaire d’effectuer un lavage rapide de l’instrument après l’avoir arrêté ou tous les sept jours s’il n’a pas été utilisé pendant cette période.

Le lavage permet de rincer le système avec une solution de lavage fournie par l’utilisateur composée d’eau de laboratoire et de

Tween 20.

Dans les cas où le lavage automatique après analyse n’a pas été effectué (si, par exemple, une analyse est arrêtée prématurément et que la Flow Cell est conservée pour une réhybridation ultérieure), un lavage manuel après analyse est requis.

Le lavage permet de rincer le système avec de l’hypochlorite de sodium à 0,12 % fourni par l’utilisateur et une solution de lavage composée d’eau de laboratoire et de Tween 20.

REMARQUE

Utilisez toujours une nouvelle dilution de NaOCI préparée au cours des dernières 24 heures.

Si vous préparez un volume supérieur à 1 ml, stockez la dilution restante entre 2 et 8 °C pour une utilisation dans les 24 heures suivantes. Sinon, jetez la dilution de NaOCl restante.

Un lavage manuel de l’instrument nécessite la cartouche de lavage et une Flow Cell de lavage fournie avec l’instrument. Vous pouvez également utiliser une Flow Cell usagée pour le lavage.

Figure 26 Cartouche de lavage

Préparer un lavage manuel après analyse

1 Combinez les volumes suivants pour obtenir une solution de NaOCI à 0,12 %.

} 5 % de NaOCl (31 µl)

} Eau de laboratoire (1 269 µl)

2 Ajoutez 1,3 ml de NaOCI à 0,12 % à la cartouche de lavage.

Le réservoir approprié correspond à la position nº 31 de la cartouche de réactifs préremplie.

Guide du système MiniSeq

Figure 27 Emplacements pour le NaOCI et la solution de lavage

A NaOCI à 0,12 %

B Solution de lavage

3 Combinez les volumes suivants pour obtenir une solution de lavage Tween 20 à

0,05 %.

}

Tween 20 à 100 % (40 µl)

} Eau de laboratoire (80 ml)

4 Versez 80 ml de solution de lavage dans la cartouche de lavage.

Le réservoir approprié correspond à la position nº 40 de la cartouche de réactifs préremplie.

5 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage), puis Manual

post-run wash (Lavage manuel après analyse).

Préparer un lavage rapide

1 Combinez les volumes suivants pour obtenir une solution de lavage Tween 20 à

0,05 %.

}

Tween 20 à 100 % (20 µl)

}

Eau de laboratoire (40 ml)

2 Versez 40 ml de solution de lavage dans la cartouche de lavage.

Le réservoir approprié correspond à la position nº 40 de la cartouche de réactifs préremplie.

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Figure 28 Emplacement pour la solution de lavage

A Solution de lavage

3 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage), puis Quick

Wash (Lavage rapide).

Charger la Flow Cell de lavage et la cartouche de lavage

1 Chargez la Flow Cell de lavage. Fermez la pince et la porte de la Flow Cell.

REMARQUE

Vous pouvez également charger une Flow Cell usagée.

2 Retirez la cartouche de réactifs usagée de la précédente analyse, le cas échéant.

3 Chargez la cartouche de lavage préparée.

4 Retirez le flacon de réactifs usagés et jetez le contenu conformément aux normes applicables.

AVERTISSEMENT

Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes

gouvernementales de sécurité en vigueur dans votre région. Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html

5 Faites glisser le flacon de réactifs usagés vide dans le compartiment jusqu’à la butée.

6 Fermez la porte du compartiment de réactifs.

7 Sélectionnez Next (Suivant).

Démarrer le lavage

1 Une fois la vérification terminée, sélectionnez Start (Démarrer).

2 Une fois le lavage terminé, sélectionnez Home (Accueil).

Guide du système MiniSeq

Après le lavage

Après le lavage, laissez les dispositifs d’aspiration en position basse afin d’empêcher l’air d’entrer dans le système. Laissez la cartouche en place jusqu’à l’analyse suivante.

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Mises à jour logicielles

Les mises à jour logicielles sont intégrées dans une offre groupée appelée System Suite, qui comprend :

}

MiniSeq Control Software

}

MiniSeq recipes

}

RTA2

} Local Run Manager

}

MiniSeq Service Software

}

Sequencing Analysis Viewer

}

BaseSpace Broker

Les notes de disponibilité des logiciels sont accessibles sur la page d’aide du système

MiniSeq sur le site Web d’Illumina.

Vous pouvez installer les mises à jour logicielles automatiquement à l’aide d’une connexion internet ou manuellement à partir d’un réseau ou d’un emplacement USB.

}

Automatic updates (Mises à jour automatiques) : pour les instruments connectés à un réseau doté d’un accès à Internet, l’icône d’alerte s’affiche sur le bouton Manage

Instrument (Gérer l’instrument) de l’écran d’accueil lorsqu’une mise à jour est disponible.

}

Manuel updates (Mises à jour manuelles) : permet de télécharger le programme d’installation de System Suite à partir de la page d’aide système MiniSeq du site Web d’Illumina.

REMARQUE

L’annulation d’une mise à jour avant la fin de l’installation interrompt la mise à jour au point atteint de l’installation. Les modifications effectuées jusqu’au moment de l’annulation ne sont pas désinstallées ou rapportées à la version antérieure.

Mise à jour automatique des logiciels

1 Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).

2 Sélectionnez Software Update (Mise à jour des logiciels).

3 Sélectionnez Install the update already downloaded from BaseSpace (Installer la mise

à jour déjà téléchargée à partir de BaseSpace).

4 Sélectionnez Update (Mettre à jour) pour commencer la mise à jour. Une boîte de dialogue apparaît pour la confirmation de la commande.

5 Suivez les instructions de l’assistant d’installation : a Acceptez l’accord de licence.

b Consultez la liste des logiciels inclus dans la mise à jour.

Le logiciel de commande redémarre automatiquement une fois la mise à jour logicielle effectuée.

REMARQUE

Si une mise à jour du micrologiciel est incluse, un redémarrage automatique du système est nécessaire après son installation.

Guide du système MiniSeq

Mise à jour manuelle des logiciels

1 Téléchargez le programme d’installation System Suite depuis le site Web d’Illumina et enregistrez-le dans un emplacement réseau. Vous pouvez également copier le fichier d’installation du logiciel sur une clé USB.

2 Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).

3 Sélectionnez Software Update (Mise à jour des logiciels).

4 Sélectionnez Manually install the update from the following location (Installer manuellement la mise à jour à partir de l’emplacement suivant).

5 Sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à l’emplacement du fichier d’installation du logiciel puis sélectionnez Update (Mettre à jour).

6 Suivez les instructions de l’assistant d’installation : a Acceptez l’accord de licence.

b Consultez la liste des logiciels inclus dans la mise à jour.

Le logiciel de commande redémarre automatiquement une fois la mise à jour logicielle effectuée.

REMARQUE

Si une mise à jour du micrologiciel est incluse, un redémarrage automatique du système est nécessaire après son installation.

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Annexe A Dépannage

Dépannage

Fichiers de dépannage

Erreurs de la vérification automatique

Erreurs RTA

Flux de réhybridation

Vérification du système

Paramètres de configuration du réseau

Génomes personnalisés

Arrêter l’instrument

Guide du système MiniSeq

Fichiers de dépannage

Un représentant de lʼassistance technique d’Illumina peut vous demander de fournir des copies des fichiers propres à lʼanalyse ou au balayage à des fins de dépannage. Les fichiers suivants sont généralement utilisés pour le dépannage.

Fichier clé

Fichier de renseignements sur l’analyse (RunInfo.xml)

Fichier des paramètres de l’analyse

(RunParameters.xml)

Fichiers de configuration RTA

(RTAConfiguration.xml)

Fichiers InterOp (*.bin)

Fichiers journaux

Fichiers journaux des erreurs (*ErrorLog*.txt)

Fichiers journaux globaux

(*GlobalLog*.tsv)

Fichiers journaux des lignes (*LaneLog*.txt)

Dossier

Dossier racine

Description

Comprend les renseignements suivants :

• Nom de l’analyse

• Nombre de cycles de l’analyse

• Nombre de cycles dans chaque lecture

• Lecture indexée ou non

• Nombre de témoins et de plaques sur la Flow

Cell

Contient des renseignements concernant les paramètres et les composants des analyses. Parmi les renseignements figurent le RFID, le numéro de série, le numéro de lot et la date de péremption.

Data\Intensities Comprend les paramètres de configuration RTA pour l’analyse.

Le fichier RTAConfiguration.xml est créé au début de l’analyse.

InterOp

Logs

RTA Logs

Les fichiers binaires sont utilisés pour le logiciel

Sequencing Analysis Viewer.

Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l’analyse.

Les fichiers journaux décrivent chaque étape effectuée par l’instrument au cours de chaque cycle et répertorient les versions de logiciels et de progiciels utilisées lors de l’analyse. Le fichier nommé [NomInstrument]_CurrentHardware.csv

répertorie les numéros de série des composants de l’instrument.

Journal des erreurs RTA.

Les fichiers journaux des erreurs sont mis à jour à chaque fois qu’une erreur se produit.

Journal de tous les événements RTA.

Les fichiers journaux globaux sont mis à jour tout au long de l’analyse.

Journal des événements RTA en cours.

Les fichiers journaux des lignes sont mis à jour tout au long de l’analyse.

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Ressources de dépannage

En cas de questions techniques, consultez les pages dʼassistance du système MiniSeq sur le site Web d’Illumina. Les pages d’assistance fournissent un accès à la documentation, aux téléchargements et aux foires aux questions.

Connectez-vous à votre compte MyIllumina pour accéder aux bulletins d’assistance.

En cas de problème avec la qualité ou la performance de l’analyse, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina. Consultez la section

Assistance technique à la page 81

Il est possible de partager un lien vers le résumé d’analyse dans BaseSpace avec l’assistance technique d’Illumina pour faciliter le dépannage.

État du traitement

Le logiciel de commande MiniSeq Control Software répertorie l’état d’au moins 3 analyses dans le dossier Temp du système. Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez Process status (État du traitement).

Pour chaque nom d’analyse, le système répertorie l’état des composants suivants :

}

Real-Time Analysis (RTA) : en fonction du traitement des fichiers BCL

} Local Run Manager : si Local Run Manager a été utilisé pour l’analyse

}

File Copy (Copie de fichiers) : en fonction du transfert des fichiers à l’aide du service de copie de l’analyse

}

BaseSpace : si BaseSpace a été utilisé pour l’analyse

Dossier d’archivage du séquençage

Le MiniSeq Control Software enregistre les fichiers de résumé de l’analyse sur l’ordinateur du système à l’emplacement D:\Illumina\MiniSeq Sequencing Archive pour chaque analyse effectuée sur l’instrument.

Ce dossier contient un sous-dossier pour chaque analyse effectuée sur l’instrument, qui luimême contient les fichiers suivants :

}

RunCompletionStatus.xml : contient l’état d’avancée, le nom du dossier de l’analyse, le nombre de cycles prévus et effectués, la densité des amplifiats, les amplifiats passant par le filtre et une estimation du rendement de l’analyse.

}

RunParameters.xml : contient des renseignements concernant les paramètres et les composants des analyses. Parmi les renseignements figurent le RFID, le numéro de série, le numéro de lot et la date de péremption.

Guide du système MiniSeq

Erreurs de la vérification automatique

Si des erreurs se produisent pendant la vérification avant analyse, utilisez les recommandations d’actions suivantes pour résoudre l’erreur.

Si une vérification avant analyse échoue, la RFID de la cartouche de réactifs n’est pas verrouillée et peut être utilisée pour une nouvelle analyse. Cependant, la RFID est verrouillée une fois que les opercules en aluminium sont percés.

Vérifications du système

Doors Closed (Portes fermées)

Consumables Loaded

(Consommables chargés)

Action recommandée

Assurez-vous que les portes des compartiments sont fermées.

Required Software

(Logiciel requis)

Instrument Disk Space

(Espace disque de l’instrument)

Network connection

(Connexions réseau)

Network Disk Space

(Espace disque réseau)

Les capteurs des consommables n’enregistrent rien. Assurezvous que chaque consommable est correctement chargé.

Sur les écrans de configuration de l’analyse, sélectionnez Back

(Retour) pour retourner à l’étape de chargement et recommencez la configuration de l’analyse.

Des composants essentiels du logiciel manquent.

Effectuez une mise à jour manuelle pour restaurer tous les composants du logiciel.

Le disque dur de l’instrument n’a pas assez d’espace libre pour réaliser l’analyse.

Effacez les données de l’analyse du disque dur de l’instrument.

La connexion à l’emplacement spécifié du dossier de sortie a

été interrompue. Même si la vérification indique la connexion réseau, le système vérifie la connexion à chaque emplacement spécifié du dossier de sortie situé sur un serveur, un disque externe ou le disque local.

Vérifiez l’état de la connexion à l’emplacement spécifié du dossier de sortie.

L’emplacement spécifié du dossier de sortie est plein. Même si la vérification indique l’espace disque réseau, le système vérifie tous les emplacements spécifiés du dossier de sortie situé sur un serveur, un disque externe ou le disque local.

Libérez de l’espace disque dans l’emplacement du dossier de sortie spécifié.

Température

Temperature ramp (Rampe de température)

Temperature Sensors

(Capteurs de température)

Fans (Ventilateurs)

Action recommandée

Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.

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Système d’imagerie

Imaging Limits (Limites de l’imagerie)

Z Steps-and-Settle (Étapes et installation Z)

Bit Error Rate (Taux d’erreur binaire)

Flow cell registration

(Enregistrement de la

Flow Cell)

Action recommandée

Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.

Il est possible que la Flow Cell ne soit pas correctement positionnée.

• Sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse), sélectionnez Back (Retour) pour retourner à l’étape de la

Flow Cell.

• Déchargez et rechargez la Flow Cell pour vous assurer qu’elle est correctement positionnée.

Distribution des réactifs

Valve response (Réponse de la vanne)

Pump (Pompe)

Action recommandée

Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.

Espace du disque dur

Le disque dur de l’ordinateur de l’instrument peut contenir environ 45 analyses si les données sont générées selon les paramètres suivants :

}

Un espace disque d’environ 5 à 6 Go est nécessaire pour 150 cycles d’analyse à lecture appariée.

}

Un espace disque supplémentaire de 10 Go est nécessaire pour les fichiers d’analyse en cas d’utilisation du module d’analyse de reséquençage Local Run Manager.

À chaque analyse effectuée, le logiciel crée un dossier temporaire d’analyse. Lors de l’écriture des fichiers dans ce dossier, les fichiers sont copiés dans le dossier de sortie.

Cela signifie que si le dossier de sortie que vous avez indiqué se situe sur le disque dur de l’instrument, deux copies de l’analyse s’inscrivent sur le disque dur. Le logiciel enregistre les trois dossiers temporaires d’analyse les plus récents.

Lors de l’utilisation du logiciel Local Run Manager pour l’analyse, les fichiers temporaires ne sont, par défaut, pas supprimés. La politique de conservation se règle manuellement dans l’écran des paramètres système de Local Run Manager.

Les fichiers temporaires peuvent finir par remplir l’espace du disque dur. Songez à utiliser un emplacement réseau pour stocker les données d’analyse et pensez à définir une stratégie de conservation raisonnable dans Local Run Manager en fonction du nombre d’analyses que vous comptez effectuer.

Guide du système MiniSeq

Erreurs RTA

Pour résoudre les problèmes RTA, vérifiez d’abord le journal des erreurs RTA stocké dans le dossier RTALogs. Ce fichier n’est pas présent pour les analyses réussies. Joignez le journal des erreurs lors du signalement des problèmes à l’assistance technique d’Illumina.

Gestion des erreurs

RTA2 crée des fichiers journaux et les écrit dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont enregistrées dans un fichier d’erreur au format *.tsv.

Les fichiers journaux et les fichiers d’erreurs suivants sont transférés vers leur emplacement final de sortie à la fin du traitement :

}

*GlobalLog*.tsv récapitule les événements importants survenus pendant l’analyse.

}

*LaneNLog*.tsv répertorie les événements relatifs au traitement. N est toujours 1 dans une Flow Cell MiniSeq.

} *Error*.tsv répertorie les erreurs survenues au cours d’une analyse.

}

*WarningLog*.tsv répertorie les avertissements reçus au cours d’une analyse.

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Flux de réhybridation

Une analyse de réhybridation peut être nécessaire si les indicateurs générés au cours des quelques premiers cycles montrent des intensités inférieures à 2 500. Certaines librairies à faible diversité peuvent montrer des intensités inférieures à 1 000, ce qui est attendu et ne peut pas être résolu par une réhybridation.

REMARQUE

L’utilisation de la commande End Run (Terminer l’analyse) est définitive. L’analyse ne peut pas reprendre, les consommables ne peuvent pas être réutilisés et les données de séquençage de l’analyse ne sont pas enregistrées.

Lorsque vous mettez fin à une analyse et enregistrez la Flow Cell, le logiciel effectue les

étapes suivantes avant la fin de l’analyse :

}

Il place la Flow Cell en état de sécurité.

}

Il déverrouille la RFID de la Flow Cell pour une future analyse.

}

Il attribue une date de péremption de réhybridation à la Flow Cell.

} Il écrit les journaux de l’analyse pour les cycles terminés. Un délai est normal.

}

Il ignore le lavage automatique après analyse.

Lorsque vous démarrez une analyse de réhybridation, le logiciel effectue les étapes d’analyse suivantes :

} Il crée un dossier d’analyse basé sur le nom unique de l’analyse.

}

Il vérifie que la date de réhybridation de la Flow Cell n’est pas arrivée à expiration.

}

Il amorce les réactifs. Un délai est normal.

} Il ignore l’étape de génération d’amplifiats.

} Il retire le primer de lecture 1 précédent.

}

Il hybride un nouveau primer de lecture 1.

}

Il continue la lecture 1 et le reste de l’analyse selon les paramètres de l’analyse spécifiés.

À quel moment arrêter une analyse pour réhybridation

Une réhybridation ultérieure n’est possible que si vous arrêtez l’analyse aux moments suivants :

}

Après le cycle 5 : les intensités apparaissent après l’enregistrement du modèle, qui nécessite les 5 premiers cycles du séquençage. Bien qu’il soit sûr d’arrêter l’analyse après le cycle 1, il est recommandé d’attendre la fin du cycle 5. N’arrêtez pas une analyse au cours de la génération d’amplifiats.

} Lecture 1 ou lecture d’index 1 : arrêtez l’analyse avant que ne commence la resynthèse appariée. La Flow Cell ne peut pas être enregistrée pour une réhybridation ultérieure après le début de la resynthèse appariée.

Consommables requis

Une analyse de réhybridation nécessite une nouvelle cartouche de réactifs MiniSeq, quel que soit le moment où l’analyse a été arrêtée.

Guide du système MiniSeq

Arrêter l’analyse en cours

1 Sélectionnez End Run (Arrêter l’analyse). Lorsque vous êtes invité à confirmer la commande, sélectionnez Yes (Oui).

2 Lorsque vous êtes invité à enregistrer la Flow Cell, sélectionnez Yes (Oui). Notez la date de péremption pour la réhybridation.

3 Retirez la Flow Cell enregistrée et placez-la à une température comprise entre 2 °C et

8 °C jusqu’à ce que vous soyez prêt à configurer l’analyse de réhybridation.

REMARQUE

Vous pouvez conserver la Flow Cell jusqu’à sept jours entre 2 et 8 °C dans le contenant de la

Flow Cell avec le couvercle fermé. Pour de meilleurs résultats, réhybridez la Flow Cell enregistrée sous trois jours.

Effectuer un lavage manuel

1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage).

2 Sur l’écran Wash Selection (Sélection du lavage), sélectionnez Manual Post-Run Wash

(Lavage manuel après analyse). Consultez

Effectuer un lavage manuel de l’instrument à la page 45 .

REMARQUE

Si vous n’avez pas encore retiré la cartouche de réactifs de l’analyse arrêtée, vous pouvez l’utiliser pour le lavage manuel. Dans le cas contraire, effectuez le lavage manuel avec la cartouche de lavage.

Configurer une nouvelle analyse dans l’onglet Prep (Préparation) de

BaseSpace

1 Si l’instrument est configuré pour BaseSpace ou BaseSpace Onsite, configurez une nouvelle analyse dans l’onglet Prep (Préparation) en utilisant les mêmes paramètres que ceux de l’analyse d’origine.

ASTUCE

Cliquez sur l’onglet Pools (Groupements), sélectionnez l’ID de groupement pertinent pour conserver les paramètres de l’analyse précédente, puis assignez un nom unique pour la nouvelle analyse.

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Configurer une analyse sur l’instrument

1 Préparez une nouvelle cartouche de réactifs.

2 Si la Flow Cell enregistrée a été stockée, placez-la de façon à ce qu’elle atteigne la température ambiante (15 à 30 minutes).

3 Nettoyez et chargez la Flow Cell enregistrée.

Le système lit la RFID de la Flow Cell comme une Flow Cell enregistrée et confirme une date de réhybridation valide.

4 Retirez le flacon des réactifs usagés et jetez le contenu de façon appropriée, puis rechargez le contenant vide.

5 Chargez la nouvelle cartouche de réactifs.

6 Sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse), sélectionnez l’une des options suivantes :

} Configuration BaseSpace, BaseSpace Onsite ou Local Run Manager : sélectionnez l’analyse et confirmez les paramètres de l’analyse.

}

Standalone configuration (Configuration autonome) : saisissez le nom de l’analyse et spécifiez des paramètres identiques à ceux de l’analyse d’origine.

7 Sélectionnez Next (Suivant) pour effectuer une vérification avant analyse et démarrez l’analyse.

Guide du système MiniSeq

Vérification du système

Une vérification du système n’est pas nécessaire lors du fonctionnement normal ou de l’entretien de l’instrument. Toutefois, un représentant de l’assistance technique d’Illumina pourrait vous demander de réaliser une vérification du système à des fins de dépannage.

REMARQUE

Si un lavage de l’instrument doit être effectué, effectuez le lavage avant de commencer la vérification du système.

Le fait de commencer la vérification du système entraîne la fermeture automatique du logiciel de commande et le lancement du logiciel d’entretien MiniSeq Service Software.

Celui-ci s’ouvre sur l’écran Load (Charger), qui est configuré pour une utilisation de l’option de chargement avancé.

Figure 29 Vérifications du système disponibles

Une fois le chargement des consommables effectué, l’écran Select (Sélectionner) s’ouvre et vous indique les vérifications du système possibles. Les cases non cochées sur l’écran

Select (Sélectionner) indiquent les tests nécessitant l’assistance d’un représentant de terrain

Illumina.

Réaliser une vérification du système

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System Check

(Vérification du système). Lorsque vous êtes invité à fermer le logiciel de commande, sélectionnez Yes (Oui).

2 Versez 40 ml d’eau désionisée dans la cartouche de lavage.

Le réservoir approprié correspond à la position nº 40 de la cartouche de réactifs préremplie.

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Figure 30 Emplacement pour la solution de lavage

A Solution de lavage

3 Chargez les consommables comme suit : a Si une Flow Cell usagée ne se trouve pas déjà sur l’instrument, chargez une Flow

Cell usagée.

b Videz le flacon de réactifs usagés et repositionnez-le sur l’instrument.

c Chargez la cartouche de lavage.

4 Sélectionnez Load (Charger).

Le logiciel positionne la Flow Cell et la cartouche de lavage.

5 Sélectionnez Next (Suivant). La vérification du système commence.

6 [Facultatif] Lorsque la vérification du système est terminée, sélectionnez View (Afficher)

à côté du nom de la vérification afin de visualiser les valeurs associées à chaque vérification.

7 Sélectionnez Next (Suivant).

Le rapport de vérification du système s’ouvre.

8 Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer le rapport dans un fichier compressé.

Naviguez vers un emplacement sur le réseau pour enregistrer le fichier.

9 Lorsque vous avez terminé, sélectionnez Exit (Quitter).

10 Lorsque vous êtes invité à fermer le logiciel d’entretien et à redémarrer le logiciel de commande, sélectionnez Yes (Oui).

Le logiciel de commande redémarre automatiquement.

Guide du système MiniSeq

Vérification des mouvements

Vérification du système

FCLM et FAM

Tests de la platine

Description

Vérifie le gain et la distance du mécanisme de chargement de la

Flow Cell (FCLM) et du module d’automatisation des liquides

(FAM) pour confirmer que les modules fonctionnent correctement.

Vérifie les limites de course et les performances de la platine XY et de la platine Z.

Vérification des composants optiques

Vérification du système

Enregistrement de la

Flow Cell

Description

Mesure l’inclinaison de la lame sur un plan optique, teste les fonctionnalités de la caméra, teste le module d’imagerie et vérifie l’enregistrement de la Flow Cell dans la position correcte d’imagerie.

Vérification de la fluidique

Vérification du système

Réponse de la vanne

Chute de pression

Débit

Description

Vérifie la précision des mouvements de la vanne et de la pompe ainsi que l’amplitude de mouvement de la seringue de la pompe.

Vérifie le taux de fuite d’un système fluidique étanche afin de confirmer que la Flow Cell est insérée correctement en position de séquençage.

Vérifie la fonctionnalité des capteurs à bulles, qui servent à détecter la présence d’air dans les lignes de réactifs. Mesure les débits pour vérifier la présence d’occlusions ou de fuites.

Vérification thermique

Vérification du système

Ventilateurs

Description

Sondes thermiques

Vérifie la vitesse des ventilateurs du système en impulsions par minute (imp/min) pour confirmer que les ventilateurs fonctionnent. Les ventilateurs qui ne fonctionnent pas renvoient une valeur négative.

Vérifie la température moyenne de chaque capteur thermique.

Les capteurs thermiques qui ne fonctionnent pas renvoient une valeur négative.

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Paramètres de configuration du réseau

Les paramètres réseau sont configurés lors de l’installation. Si le système doit être reconfiguré, vous pouvez modifier ou réinitialiser les paramètres sur l’écran de configuration réseau. Les paramètres de configuration comprennent l’adresse IP, l’adresse de serveur de noms de domaine (DNS) et le nom de domaine.

Définir la configuration du réseau

1 Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System

Configuration (Configuration du système).

2 Sélectionnez Network Configuration (Configuration du réseau).

3 Sélectionnez Obtain an IP address automatically (Obtenir automatiquement une adresse IP) pour récupérer l’adresse IP depuis un serveur DHCP.

REMARQUE

Le protocole DHCP (Dynamic Host Configuration Protocol) est un protocole réseau standard utilisé sur les réseaux IP pour la répartition dynamique des paramètres de configuration du réseau.

Vous pouvez également sélectionner Use the following IP address (Utiliser l’adresse IP suivante) pour connecter manuellement l’instrument à un autre serveur comme suit.

Communiquez avec votre administrateur réseau pour obtenir les adresses propres à votre établissement.

}

Saisissez l’adresse IP. L’adresse IP est une série de quatre nombres séparés par des points, par exemple 168.62.20.37.

} Saisissez le masque de sous-réseau, qui est une subdivision du réseau IP.

}

Saisissez l’adresse de la passerelle par défaut, c’est-à-dire le routeur du réseau qui se connecte à Internet.

4 Sélectionnez Obtain a DNS server address automatically (Obtenir une adresse de serveur DNS automatiquement) pour connecter l’instrument au serveur de noms de domaine associé à l’adresse IP.

Vous pouvez également sélectionner Use the following DNS server addresses (Utiliser les adresses des serveurs DNS suivantes) pour connecter manuellement l’instrument au serveur de noms de domaine comme suit.

}

Saisissez les adresses DNS de votre choix. L’adresse DNS est le nom du serveur utilisé pour traduire les noms de domaine en adresses IP.

}

Saisissez l’adresse DNS secondaire. L’adresse secondaire est utilisée si le DNS de votre choix ne peut pas traduire un nom de domaine particulier en adresse IP.

5 Sélectionnez Save (Enregistrer).

Configurer le domaine de l’ordinateur

REMARQUE

Le nom de l’ordinateur de l’instrument est attribué à l’ordinateur de l’instrument au moment de sa fabrication. Toute modification du nom de l’ordinateur peut nuire à la connectivité et nécessiter l’intervention d’un administrateur réseau.

1 Connectez l’ordinateur de l’instrument à un domaine ou à un groupe de travail comme suit.

Guide du système MiniSeq

} Pour les instruments connectés à Internet : sélectionnez Member of domain

(Membre du domaine) puis saisissez le nom de domaine associé à la connexion

Internet de votre établissement.

REMARQUE

Il faut un nom d’utilisateur et un mot de passe administrateur pour effectuer des modifications de domaine.

}

Pour les instruments qui ne sont pas connectés à Internet : sélectionnez Member of

work group (Membre du groupe de travail) puis saisissez un nom de groupe de travail. Le nom du groupe de travail est propre à votre établissement.

2 Sélectionnez Save (Enregistrer).

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Génomes personnalisés

Vous pouvez charger vos propres réference au format FASTA dans l’ordinateur de l’instrument. Vous pouvez charger plusieurs fichiers FASTA uniques ou un seul multifichier FASTA (recommandé), mais pas une combinaison des deux.

Pour résoudre des problèmes posés par un fichier de génome personnalisé, veuillez vérifier que les exigences suivantes sont respectées.

1 Assurez-vous que le fichier utilise l’extension *.fa ou *.fasta et est enregistré dans un dossier réservé à la réference.

2 Assurez-vous que le nom du chromosome ne contient aucun des caractères suivants :

# - ? ( ) [ ] / \ = + < > : ; " ' , * ^ | &

Pour de meilleurs résultats, n’employez que des caractères alphanumériques dans le nom des chromosomes.

Guide du système MiniSeq

Arrêter l’instrument

Dans des conditions normales, il n’y a aucune raison d’arrêter l’instrument.

1 Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).

2 Sélectionnez Shutdown options (Options d’arrêt).

3 Sélectionnez Shut Down (Arrêter).

La commande ferme le logiciel de manière sûre et coupe l’alimentation de l’instrument.

Attendez au moins 60 secondes avant de mettre à nouveau en marche l’instrument. Un lavage est nécessaire avant l’analyse de séquençage suivante.

ATTENTION

Ne déplacez pas l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un impact sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous devez déplacer l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina.

Support nº 20002370

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Annexe B Real-Time Analysis

Real-Time Analysis

Présentation de Real-Time Analysis

Fichiers d’entrée et de sortie

Flux de travail de Real-Time Analysis

Guide du système MiniSeq

Présentation de Real-Time Analysis

Real-Time Analysis est un logiciel qui fonctionne sur l’ordinateur de l’instrument, extrait les intensités des images pour effectuer la définition des bases, puis attribue un score de qualité à celle-ci.

Le système MiniSeq utilise une implémentation de Real-Time Analysis appelée RTA2. Le logiciel de commande du système et RTA2 communiquent par le biais d’une interface

Web HTTP et de fichiers en mémoire partagée. Si RTA2 est arrêtée, le traitement ne reprend pas et les données de l’analyse ne sont pas enregistrées.

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Fichiers d’entrée et de sortie

Fichiers d’entrée

Le logiciel Real-Time Analysis nécessite les données d’entrées suivantes pour fonctionner :

} Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.

} RunInfo.xml, qui est généré automatiquement au début de l’analyse, fournit le nom de l’analyse et le nombre de cycles, vérifie si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.

Le logiciel Real-Time Analysis reçoit des instructions du logiciel de commande, qui lui indique l’emplacement du fichier RunInfo.xml et si un dossier de sortie facultatif est spécifié.

Fichiers de sortie

Les images de chaque canal passent dans la mémoire sous forme de plaques. Les plaques sont de petites zones d’imagerie sur la Flow Cell qui constituent pour la caméra une unité de vision. À partir de ces images, le logiciel produit des fichiers de sortie qui prennent la forme d’un ensemble de fichiers de définition des bases dont la qualité est notée et de fichiers de filtrage. Les fichiers de sortie sont utilisés pour l’analyse en aval sur BaseSpace ou par les modules d’analyse Local Run Manager.

Type de fichier

Fichiers de définition des bases

Fichier de filtrage

Fichiers d’emplacement des amplifiats

Fichiers d’index de définition des bases

Description

Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier regroupant les définitions des bases (*.bcl) pour chaque ligne et chaque cycle. Le fichier cumulé de définition des bases contient la définition des bases ainsi que le score de qualité associé à chaque amplifiat dans cette ligne.

Chaque plaque produit des renseignements sur le filtre qui sont rassemblés dans un fichier de filtrage (*.filter) par ligne. Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi les filtres.

Les fichiers d’emplacement des amplifiats (*.locs) contiennent les coordonnées X et Y de chaque amplifiat dans une plaque. Lors de la génération du modèle, un fichier d’emplacement des amplifiats est créé pour chaque ligne.

Afin de préserver les renseignements d’origine sur les plaques, un fichier d’index de définition des bases (*.bci) est produit pour chaque ligne. Le fichier d’index contient une paire de valeurs pour chaque plaque, qui sont respectivement le numéro de cette plaque et le nombre d’amplifiats qu’elle contient.

RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockés dans des fichiers InterOp. Les fichiers InterOp sont des fichiers de sortie binaires contenant des indicateurs relatifs aux plaques, aux cycles et au niveau de lecture utilisés pour afficher des indicateurs en temps réel à l’aide du logiciel Sequencing Analysis Viewer.

Guide du système MiniSeq

Flux de travail de Real-Time Analysis

Génération du modèle

Enregistrement et extraction des intensités

Correction de la mise en phase

Définition des bases

Notation de la qualité

Établit les emplacements des amplifiats.

Enregistre l’emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell et détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat.

Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase.

Détermine une définition des bases pour chaque amplifiat.

Attribue un score de qualité à chaque définition des bases.

Génération du modèle

La première étape du flux de travail RTA est la génération du modèle, qui définit la position de chaque amplifiat dans une plaque à l’aide des coordonnées X et Y.

La génération du modèle nécessite les données d’image des cinq premiers cycles de l’analyse. Une fois l’imagerie du dernier cycle de modèle d’une plaque réalisée, le modèle est généré.

REMARQUE

Pour détecter un amplifiat pendant la génération du modèle, il doit y avoir au moins une base autre que G dans les cinq premiers cycles.

Le modèle est utilisé comme référence pour l’étape suivante d’enregistrement et d’extraction des intensités. Les emplacements des amplifiats sur toute la Flow Cell sont

écrits dans les fichiers d’emplacement des amplifiats (*.locs), un pour chaque ligne.

Enregistrement et extraction des intensités

L’enregistrement et l’extraction des intensités débutent après la génération du modèle.

}

L’enregistrement aligne les images produites par chaque cycle d’imagerie selon le modèle.

} L’extraction d’intensité détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat du modèle pour une image donnée.

S'il y a échec d’enregistrement de l'image d’un cycle, quelle qu'elle soit, aucune intensité n’est extraite et toutes les bases sont définies comme N pour cette plaque dans ce cycle.

Utilisez le logiciel Sequencing Analysis Viewer pour identifier les plaques et les cycles dont l’enregistrement a échoué. Les échecs d’enregistrement sont facilement identifiés, car la colonne P90 des plaques et des cycles indique 0 dans l’onglet Imaging (Imagerie).

Correction de la mise en phase

Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d’ADN dans un amplifiat s’étend d’une base par cycle. La mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu’un brin se retrouve hors phase par rapport au cycle d’incorporation en cours.

} La mise en phase se produit lorsqu’un brin a un retard d’une base.

}

La mise en préphase se produit lorsqu’un brin a une avance d’une base.

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Document nº 1000000002695 v00 FRA

Figure 31 Mise en phase et en préphase

A Lecture avec une base présentant une mise en phase

B Lecture avec une base présentant une mise en préphase

RTA2 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase. Ainsi, la qualité des données est optimisée à chaque cycle tout au long de l’analyse.

Définition des bases

La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d’une plaque donnée d’un cycle spécifique. Le système MiniSeq utilise le séquençage à deux canaux, qui ne nécessite que deux images, l’une du canal rouge et l’autre du canal vert, pour coder les données de quatre bases d’ADN.

Les intensités extraites d’une image et sa comparaison avec une autre image donnent quatre populations distinctes, chacune correspondant à un nucléotide. Le processus de définition des bases détermine à quelle population appartient chaque amplifiat.

Figure 32 Visualisation de l’intensité des amplifiats

Tableau 1 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux

Base

Canal rouge

Canal vert

Résultat

A 1

(allumé)

Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge que dans le canal vert.

C 1

(allumé)

(éteint)

Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal rouge.

G 0

(éteint)

Amplifiats ne montrant d’intensité dans aucun emplacement connu.

T 0

(éteint)

(allumé)

Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal vert.

Guide du système MiniSeq

Amplifiats passant le filtre

Au cours de l’analyse, RTA2 filtre les données brutes pour supprimer les amplifiats non conformes au seuil de qualité des données.

Dans le cas d’une analyse sur deux canaux, RTA2 utilise un système basé sur la population pour déterminer la pureté d’une définition de bases. Les amplifiats franchissent le filtre (PF) lorsqu’une seule définition de base au maximum présente une valeur de pureté inacceptable au cours des 25 premiers cycles. Les amplifiats qui ne franchissent pas le filtre ne servent pas à la définition des bases lors des cycles suivants.

Considérations relatives à l’indexage

Par rapport aux autres lectures, la définition des bases lors des lectures d’index s’effectue différemment.

Une lecture d’index doit contenir une base autre que G au moins dans l’un des deux premiers cycles. Si deux bases G sont définies au début d’une lecture d’index, aucune intensité de signal n’est générée. Il faut obtenir un signal dans l’un des deux premiers cycles pour assurer la performance de démultiplexage.

Pour accroître la robustesse de démultiplexage, sélectionnez à chaque cycle des séquences d’indexage qui fournissent un signal dans un canal au moins ou si possible dans les deux canaux. Suivez cette recommandation pour éviter les combinaisons d’index pouvant aboutir à l’obtention de bases G uniquement à n’importe quel cycle.

}

Canal rouge : A ou C

}

Canal vert : A ou T

Ce processus de définition des bases permet d’éviter les erreurs lors de l’analyse d’échantillons low-plex.

Notation de la qualité

Un score de qualité, ou Q-score, permet de prédire la probabilité d’une erreur dans la définition des bases. Un Q-score plus élevé signifie qu’une définition des bases est de meilleure qualité et a plus de chances d’être correcte.

Le score de qualité constitue un moyen simple de communiquer la probabilité de petites erreurs. Les scores de qualité sont représentés sous la forme Q(X), où X est le score. Le tableau suivant montre la relation entre le score de qualité et la probabilité d’erreurs.

Score de qualité Q(X)

Q40

Q30

Q20

Q10

Probabilité d’erreurs

0,0001 (1 sur 10 000)

0,001 (1 sur 1 000)

0,01 (1 sur 100)

0,1 (1 sur 10)

REMARQUE

La notation de la qualité s’appuie sur une version modifiée de l’algorithme Phred.

La notation de la qualité calcule un ensemble d’indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases, puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un tableau de qualité. Les tableaux de qualité servent à fournir des indicateurs de qualité extrêmement précis pour des analyses générées par une configuration spécifique de plateforme de séquençage et de version de chimie.

Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des fichiers de définition des bases (*.bcl).

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Annexe C Fichiers et dossiers de sortie

Fichiers et dossiers de sortie

Fichiers de sortie de séquençage

Structure des dossiers de sortie de séquençage

Exigences relatives aux fichiers d’entrée de l’analyse

Guide du système MiniSeq

Fichiers de sortie de séquençage

Type de fichier

Fichiers de définition des bases

Fichier index de définition des bases

Fichiers d’emplacement des amplifiats

Fichier de filtrage

Fichiers InterOp

Fichier de configuration

RTA

Fichier de renseignements sur l’analyse

Description des fichiers, emplacement et nom

Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases; ces fichiers sont rassemblés dans un fichier pour chaque cycle.

Le fichier rassemblé contient la définition des bases ainsi que le score de qualité codé associé à chaque amplifiat.

Data\Intensities\BaseCalls\L001

[Cycle].bcl.bgzf

, où [Cycle] représente le numéro à quatre chiffres du cycle. Les fichiers de définition des bases sont compressés à l’aide du logiciel de compression gzip.

Un fichier index binaire indique les renseignements sur la plaque d’origine dans une paire de valeurs pour chaque plaque, qui sont le numéro et le nombre d’amplifiats de la plaque.

Les fichiers index de définition des bases sont créés la première fois qu’un fichier de définition des bases est créé.

Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[Ligne].bci

Pour chaque plaque, les coordonnées XY de chaque amplifiat sont rassemblées dans un fichier d’emplacement des amplifiats. Les fichiers d’emplacement des amplifiats sont le résultat de la génération du modèle.

Data\Intensities\L001 s_[ligne].locs

Le fichier de filtrage indique si un amplifiat a franchi les filtres. Les renseignements de filtrage sont rassemblés dans un fichier de filtrage pour chaque lecture.

Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles de données.

Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[ligne].filter

Les fichiers binaires sont utilisés pour le logiciel Sequencing Analysis

Viewer. Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l’analyse.

Dossier InterOp

Créé au début de l’analyse, le fichier de configuration RTA indique les paramètres de l’analyse.

[Dossier racine] , RTAConfiguration.xml

Indique le nom de l’analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est une lecture d’index et le nombre de témoins et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur l’analyse est créé au début de l’analyse.

[Dossier racine] , RunInfo.xml

Support nº 20002370

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Structure des dossiers de sortie de séquençage

Le logiciel de commande génère automatiquement le nom des dossiers de sortie.

Configs

Data

Intensities

BaseCalls

L001 : fichiers de définition des bases rassemblés par cycle

L001 : fichier *.locs rassemblant les emplacements des amplifiats

Images

Mise au point

L001 : images mises au point

InstrumentAnalyticsLogs : fichiers journaux décrivant les étapes des analyses sur l’instrument

InterOp : fichiers binaires utilisés par le logiciel Sequencing Analysis Viewer

Logs : fichiers journaux décrivant les étapes de fonctionnement

Recipe : fichier de formule propre à l’analyse portant l’identifiant de la cartouche de réactifs

RTALogs : fichiers journaux décrivant les étapes de l’analyse

RTAComplete.xml

RTAConfiguration.xml

RunInfo.xml

RunNotes.xml

RunParameters.xml

Guide du système MiniSeq

Exigences relatives aux fichiers d’entrée de l’analyse

Local Run Manager exige que les fichiers suivants soient générés lors du séquençage pour effectuer une analyse ou pour remettre une analyse en file d’attente. Certains modules d’analyse exigent des fichiers d’entrée supplémentaires pour effectuer l’analyse. Pour obtenir plus de renseignements, consultez le guide du flux de travail correspondant au module d’analyse que vous utilisez.

Nom/Type de fichier

RTAComplete.txt

RunInfo.xml

Fichier de définition des bases (*.bcl)

Fichiers filtres (*.filter)

Fichier d’emplacement des amplifiats (*.locs)

Description

Un fichier de marqueurs indiquant que le traitement RTA est terminé. La présence de ce fichier indique à Local Run Manager de mettre l’analyse en file d’attente.

Contient des renseignements généraux sur lʼanalyse, tels que le nombre de lectures et de cycles de lʼanalyse de séquençage, et si une lecture est indexée ou non.

Contient la définition des bases et un score de qualité codé pour chaque amplifiat de chaque plaque, le tout rassemblé dans un fichier par cycle.

Indique si un amplifiat a franchi les filtres. Les renseignements de filtrage sont rassemblés dans un fichier de filtrage pour chaque lecture.

Contient les coordonnées XY de chaque amplifiat sur chaque plaque, rassemblées dans un fichier d’emplacement des amplifiats.

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Index

A aide

documentation 3

aide, technique 81

alertes d’état 6

amplifiats passant le filtre 72

analyse

fichiers de sortie 74

logiciel 6

analyse, primaire

pureté du signal 72

arrêt de l’instrument 66

assistance clientèle 81 assistance technique 81

barre d’état 4

base de donnée dbSNP 11 base de donnée miRbase 11 base de donnée RefGene 11 bases de données, preinstallées 11

BaseSpace 2

connexion 34

icônes de transfert 39

BaseSpace Broker 40

bouton d’alimentation 5, 14

C cartouche de réactifs

préparation 27

présentation 8

réservoir nº 28 45

compartiment d’imagerie 4 compartiment de Flow Cell 4 compartiment de réactifs 4

compatibilité

Flow Cell, cartouche de réactifs 8 suivi RFID 8

composants

barre d’état 4 compartiment d’imagerie 4 compartiment de Flow Cell 4 compartiment de réactifs 4

configuration autonome 32

configuration de BaseSpace 34

configuration de l’analyse 30

configuration de l’analyse, option

avancée 15

considérations relatives à l’indexage 72

consommables 8

analyses de séquençage 20

cartouche de réactifs 8

consommables de lavage 45

eau de laboratoire 20 entretien de l’instrument 20

Flow Cell 8

fournis par l’utilisateur 20

Guide du système MiniSeq consommables fournis par

l’utilisateur 20

cycles d’une lecture 24

D définition des bases considérations relatives à

l’indexage 72

définition des bases, définition de base

deux canaux 71

dépannage 57

espace du disque dur 55

fichiers propres à lʼanalyse 52

options pour communiquer avec

nous 53

vérification avant analyse 54

dépannage du système

vérification du système 60

documentation 3, 81

durée de l’analyse 24

éliminer les consommables 15

E emplacement des amplifiats

fichiers 74

génération du modèle 70

emplacement du dossier 32

entretien de l’instrument

consommables 20

erreurs de vérification avant analyse 54

erreurs et avertissements 6

dans les fichiers de sortie 56

espace du disque dur 55

F fichier journal

GlobalLog 56

fichiers de définition des bases 74 fichiers de filtrage 74 fichiers de sortie 74 fichiers de sortie, séquençage 74 fichiers InterOp 52, 74

fichiers journaux

Flow Cell

flux de travail

cartouche de réactifs 27, 31, 35

configuration de l’analyse 30

connexion à BaseSpace 34

considérations relatives à

l’indexage 72

durée de l’analyse 24

hypochlorite de sodium 45

indicateurs de l’analyse 38

mode autonome 32

mode BaseSpace 34

option de chargement avancé 15

réactifs usagés 31, 35

séquençage 70

vérification avant analyse 33, 37

flux de travail de séquençage 70

formamide, position 6 42

formation en ligne 3

génération du modèle 70

génomes de référence

format de fichier 11

génomes personnalisés 65

preinstallés 11

gérer l’instrument

arrêt 66

hypochlorite de sodium, lavage 45

I icônes

erreurs et avertissements 6

état 6

imagerie à deux canaux 71 imagerie, séquençage à deux canaux 71

indicateurs

cycles d’intensité 38 cycles de densité des amplifiats 38

définition des bases 71

indicateurs de basse qualité 57

indicateurs de l’analyse 38

instrument

bouton d’alimentation 5

démarrage 14

paramètres de configuration 63

intensités 71

L lavage

automatique 41

composants de lavage 45

consommables fournis par

l’utilisateur 45 lavage manuel 45

lavage après analyse 41

lavage de l’instrument 45

Local Run Manager 6

logiciel

analyse 6

analyse d’images, définition des

bases 6 commande de l’instrument 6

durée de l’analyse 24

initialisation 14

mise à jour manuelle 50

paramètres de configuration 63

vérifier les mises à jour 16

logiciel de commande 6 logiciel Real-Time Analysis 2, 6

résultats 74

logiciels

mise à jour automatique 49

longueur de lecture 24

maintenance 44 maintenance préventive 44

mise à jour des logiciels 49

mise en phase empirique 70 mise en phase, mise en préphase 70

N nom d’utilisateur et mot de passe du

système 14

option de chargement avancé 15

paramètres de configuration 63

paramètres de l’analyse

mode autonome 32

mode BaseSpace 34 modifier les paramètres 34

passant le filtre (PF) 72

pince de Flow Cell 4

préventive 44

probabilité d’erreurs 72

Q-scores 72

R réactifs

mise au rebut adéquate 31, 35

sous forme de trousse 8

réactifs usagés

élimination 31, 35, 47

Real-Time Analysis

mise en phase 70

recommandations à propos de l’eau de

laboratoire 20

réhybridation de primer 57 réhybridation, lecture 1 57

RTA v2

arrêt 68 présentation 68

RTA2

gestion des erreurs 56

RunInfo.xml 52, 74

scores de qualité 72 algorithme Phred 72

Sequencing Analysis Viewer 24

service de copie de l’analyse 39

suivi RFID 8

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

T transfert des données

BaseSpace Broker 40

icônes d’activité 39 service de copie de l’analyse 39

vérification avant analyse 33, 37

vérification du système 60

Guide du système MiniSeq

Support nº 20002370

Document nº 1000000002695 v00 FRA

Assistance technique

Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.

Tableau 2 Coordonnées générales d’Illumina

Site Web

www.illumina.com

Courriel

[email protected]

Tableau 3 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina

Région Numéro de la personne-ressource

Amérique du Nord 1.800.809.4566

Allemagne 0800.180.8994

Australie

Autriche

Belgique

Chine

Danemark

Espagne

Finlande

France

Hong Kong

Irlande

1.800.775.688

0800.296575

0800.81102

400.635.9898

80882346

900.812168

0800.918363

0800.911850

800960230

1.800.812949

Région

Italie

Japon

Norvège

Nouvelle Zélande

Pays-Bas

Royaume-Uni

Singapour

Suède

Suisse

Taïwan

Autres pays

Numéro de la personne-ressource

800.874909

0800.111.5011

800.16836

0800.451.650

0800.0223859

0800.917.0041

1.800.579.2745

020790181

0800.563118

00806651752

+44.1799.534000

Les fiches signalétiques (SDS) sont disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html

La documentation produit est téléchargeable au format PDF sur le site web d’Illumina.

Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis sélectionnez

Documentation & Literature (Documentation et littérature).

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Illumina

5200 Illumina Way

San Diego, California 92122 États-Unis

+(1) 800 809 ILMN (4566)

+(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) [email protected]