Exigences relatives aux fichiers d’entrée de l’analyse
Local Run Manager exige que les fichiers suivants soient générés lors du séquençage pour effectuer une analyse ou pour remettre une analyse en file d’attente. Certains modules d’analyse exigent des fichiers d’entrée supplémentaires pour effectuer l’analyse. Pour obtenir plus de renseignements, consultez le guide du flux de travail correspondant au module d’analyse que vous utilisez.
Nom/Type de fichier
RTAComplete.txt
RunInfo.xml
Fichier de définition des bases (*.bcl)
Fichiers filtres (*.filter)
Fichier d’emplacement des amplifiats (*.locs)
Description
Un fichier de marqueurs indiquant que le traitement RTA est terminé. La présence de ce fichier indique à Local Run Manager de mettre l’analyse en file d’attente.
Contient des renseignements généraux sur lʼanalyse, tels que le nombre de lectures et de cycles de lʼanalyse de séquençage, et si une lecture est indexée ou non.
Contient la définition des bases et un score de qualité codé pour chaque amplifiat de chaque plaque, le tout rassemblé dans un fichier par cycle.
Indique si un amplifiat a franchi les filtres. Les renseignements de filtrage sont rassemblés dans un fichier de filtrage pour chaque lecture.
Contient les coordonnées XY de chaque amplifiat sur chaque plaque, rassemblées dans un fichier d’emplacement des amplifiats.
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Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
Index
A aide
documentation 3
aide, technique 81
alertes d’état 6
amplifiats passant le filtre 72
analyse
fichiers de sortie 74
logiciel 6
analyse, primaire
pureté du signal 72
arrêt de l’instrument 66
assistance clientèle 81 assistance technique 81
B
barre d’état 4
base de donnée dbSNP 11 base de donnée miRbase 11 base de donnée RefGene 11 bases de données, preinstallées 11
BaseSpace 2
connexion 34
icônes de transfert 39
BaseSpace Broker 40
bouton d’alimentation 5, 14
C cartouche de réactifs
préparation 27
présentation 8
réservoir nº 28 45
compartiment d’imagerie 4 compartiment de Flow Cell 4 compartiment de réactifs 4
compatibilité
Flow Cell, cartouche de réactifs 8 suivi RFID 8
composants
barre d’état 4 compartiment d’imagerie 4 compartiment de Flow Cell 4 compartiment de réactifs 4
configuration autonome 32
configuration de BaseSpace 34
configuration de l’analyse 30
configuration de l’analyse, option
avancée 15
considérations relatives à l’indexage 72
consommables 8
analyses de séquençage 20
cartouche de réactifs 8
consommables de lavage 45
eau de laboratoire 20 entretien de l’instrument 20
Flow Cell 8
fournis par l’utilisateur 20
Guide du système MiniSeq consommables fournis par
l’utilisateur 20
cycles d’une lecture 24
D définition des bases considérations relatives à
l’indexage 72
définition des bases, définition de base
deux canaux 71
dépannage 57
espace du disque dur 55
fichiers propres à lʼanalyse 52
options pour communiquer avec
nous 53
vérification avant analyse 54
dépannage du système
vérification du système 60
documentation 3, 81
durée de l’analyse 24
É
éliminer les consommables 15
E emplacement des amplifiats
fichiers 74
génération du modèle 70
emplacement du dossier 32
entretien de l’instrument
consommables 20
erreurs de vérification avant analyse 54
erreurs et avertissements 6
dans les fichiers de sortie 56
espace du disque dur 55
F fichier journal
GlobalLog 56
fichiers de définition des bases 74 fichiers de filtrage 74 fichiers de sortie 74 fichiers de sortie, séquençage 74 fichiers InterOp 52, 74
fichiers journaux
LaneNLog 56
fichiers locs 74
filtre de pureté 72
Flow Cell
aperçu 8
préparation 27
réhybridation 57
types 2
flux de travail
aperçu 25-26
cartouche de réactifs 27, 31, 35
77
78
configuration de l’analyse 30
connexion à BaseSpace 34
considérations relatives à
l’indexage 72
durée de l’analyse 24
hypochlorite de sodium 45
indicateurs de l’analyse 38
mode autonome 32
mode BaseSpace 34
option de chargement avancé 15
réactifs usagés 31, 35
séquençage 70
vérification avant analyse 33, 37
flux de travail de séquençage 70
formamide, position 6 42
formation en ligne 3
G
génération du modèle 70
génomes de référence
format de fichier 11
génomes personnalisés 65
preinstallés 11
gérer l’instrument
arrêt 66
H
hypochlorite de sodium, lavage 45
I icônes
erreurs et avertissements 6
état 6
imagerie à deux canaux 71 imagerie, séquençage à deux canaux 71
indicateurs
cycles d’intensité 38 cycles de densité des amplifiats 38
définition des bases 71
indicateurs de basse qualité 57
indicateurs de l’analyse 38
instrument
bouton d’alimentation 5
démarrage 14
paramètres de configuration 63
intensités 71
L lavage
automatique 41
composants de lavage 45
consommables fournis par
l’utilisateur 45 lavage manuel 45
lavage après analyse 41
lavage de l’instrument 45
Local Run Manager 6
logiciel
analyse 6
analyse d’images, définition des
bases 6 commande de l’instrument 6
durée de l’analyse 24
initialisation 14
mise à jour manuelle 50
paramètres de configuration 63
vérifier les mises à jour 16
logiciel de commande 6 logiciel Real-Time Analysis 2, 6
résultats 74
logiciels
mise à jour automatique 49
longueur de lecture 24
M
maintenance 44 maintenance préventive 44
mise à jour des logiciels 49
mise en phase empirique 70 mise en phase, mise en préphase 70
N nom d’utilisateur et mot de passe du
système 14
O
option de chargement avancé 15
P
paramètres de configuration 63
paramètres de l’analyse
mode autonome 32
mode BaseSpace 34 modifier les paramètres 34
passant le filtre (PF) 72
pince de Flow Cell 4
préventive 44
probabilité d’erreurs 72
Q
Q-scores 72
R réactifs
mise au rebut adéquate 31, 35
sous forme de trousse 8
réactifs usagés
élimination 31, 35, 47
Real-Time Analysis
mise en phase 70
recommandations à propos de l’eau de
laboratoire 20
réhybridation de primer 57 réhybridation, lecture 1 57
RTA v2
arrêt 68 présentation 68
RTA2
gestion des erreurs 56
RunInfo.xml 52, 74
S
scores de qualité 72 algorithme Phred 72
Sequencing Analysis Viewer 24
service de copie de l’analyse 39
suivi RFID 8
Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
T transfert des données
BaseSpace Broker 40
icônes d’activité 39 service de copie de l’analyse 39
V
vérification avant analyse 33, 37
vérification du système 60
Guide du système MiniSeq
79
80
Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
Assistance technique
Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Tableau 2 Coordonnées générales d’Illumina
Site Web
www.illumina.com
Courriel
[email protected]
Tableau 3 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina
Région Numéro de la personne-ressource
Amérique du Nord 1.800.809.4566
Allemagne 0800.180.8994
Australie
Autriche
Belgique
Chine
Danemark
Espagne
Finlande
France
Hong Kong
Irlande
1.800.775.688
0800.296575
0800.81102
400.635.9898
80882346
900.812168
0800.918363
0800.911850
800960230
1.800.812949
Région
Italie
Japon
Norvège
Nouvelle Zélande
Pays-Bas
Royaume-Uni
Singapour
Suède
Suisse
Taïwan
Autres pays
Numéro de la personne-ressource
800.874909
0800.111.5011
800.16836
0800.451.650
0800.0223859
0800.917.0041
1.800.579.2745
020790181
0800.563118
00806651752
+44.1799.534000
Les fiches signalétiques (SDS) sont disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html
.
La documentation produit est téléchargeable au format PDF sur le site web d’Illumina.
Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis sélectionnez
Documentation & Literature (Documentation et littérature).
Guide du système MiniSeq
81
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, California 92122 États-Unis
+(1) 800 809 ILMN (4566)
+(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) [email protected]
www.illumina.com
