Fichiers d’entrée et de sortie
Fichiers d’entrée
Le logiciel Real-Time Analysis nécessite les données d’entrées suivantes pour fonctionner :
} Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
} RunInfo.xml, qui est généré automatiquement au début de l’analyse, fournit le nom de l’analyse et le nombre de cycles, vérifie si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.
Le logiciel Real-Time Analysis reçoit des instructions du logiciel de commande, qui lui indique l’emplacement du fichier RunInfo.xml et si un dossier de sortie facultatif est spécifié.
Fichiers de sortie
Les images de chaque canal passent dans la mémoire sous forme de plaques. Les plaques sont de petites zones d’imagerie sur la Flow Cell qui constituent pour la caméra une unité de vision. À partir de ces images, le logiciel produit des fichiers de sortie qui prennent la forme d’un ensemble de fichiers de définition des bases dont la qualité est notée et de fichiers de filtrage. Les fichiers de sortie sont utilisés pour l’analyse en aval sur BaseSpace ou par les modules d’analyse Local Run Manager.
Type de fichier
Fichiers de définition des bases
Fichier de filtrage
Fichiers d’emplacement des amplifiats
Fichiers d’index de définition des bases
Description
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier regroupant les définitions des bases (*.bcl) pour chaque ligne et chaque cycle. Le fichier cumulé de définition des bases contient la définition des bases ainsi que le score de qualité associé à chaque amplifiat dans cette ligne.
Chaque plaque produit des renseignements sur le filtre qui sont rassemblés dans un fichier de filtrage (*.filter) par ligne. Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi les filtres.
Les fichiers d’emplacement des amplifiats (*.locs) contiennent les coordonnées X et Y de chaque amplifiat dans une plaque. Lors de la génération du modèle, un fichier d’emplacement des amplifiats est créé pour chaque ligne.
Afin de préserver les renseignements d’origine sur les plaques, un fichier d’index de définition des bases (*.bci) est produit pour chaque ligne. Le fichier d’index contient une paire de valeurs pour chaque plaque, qui sont respectivement le numéro de cette plaque et le nombre d’amplifiats qu’elle contient.
RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockés dans des fichiers InterOp. Les fichiers InterOp sont des fichiers de sortie binaires contenant des indicateurs relatifs aux plaques, aux cycles et au niveau de lecture utilisés pour afficher des indicateurs en temps réel à l’aide du logiciel Sequencing Analysis Viewer.
Guide du système MiniSeq
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