Instrument MiSeqDx
Appel des variants
Pour la Trousse universelle MiSeqDx 1.0, MiSeq Reporter utilise le paramètre d’appel des variants Starling qui appelle les SNP et les petits indels et résume la profondeur et les probabilités pour chaque site du génome. Starling génère des rapports au format html sur les SNP et les indels ainsi que des fichiers de texte séparé par des tabulations contenant des variants au format Variant Call Format (VCF). Pour obtenir des renseignements sur le calcul des résultats à partir des fichiers VCF, consultez le Guide de l’utilisateur de MiSeq Reporter (n° 15039188).
Caractéristiques de performance
Précision
Trois études distinctes ont été menées pour évaluer la précision de la plateforme MiSeqDx.
Étude 1
Cette étude a utilisé un test représentatif conçu pour étudier divers gènes couvrant 24 434 bases sur 19 chromosomes différents et contenant des exons potentiellement pertinents d’un point de vue clinique. Les 13 échantillons uniques utilisés dans cette étude proviennent de 2 parents et 11 enfants qui ont été fréquemment séquencés par plusieurs laboratoires et selon différentes méthodes de séquençage. Il y a six échantillons de sujets féminins et sept échantillons de sujets masculins. La précision a été déterminée pour les variants à simple nucléotide (SNV) en comparant les données de l’étude à une base de données de référence bien caractérisée. La séquence de la base de données de référence a été obtenue à partir de la combinaison de plusieurs méthodes de séquençage, de données accessibles au public et de renseignements héréditaires. Le tableau suivant permettant d’évaluer la précision du système a été établi à partir des données de la première analyse au cours de l’étude. Le test n’a pas été répété pour cette étude.
Les résultats de cette étude sont présentés ci-dessous.
8
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
8
9 8
10
11
12
13
14
6
7
4
5
2
3
15
16
17
Tableau 1 Données de précision de niveau amplicon de l’étude 1 pour la plateforme MiSeqDx
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon
3
1 1 132 13 15 132
2
2
3
2
2
2
2
2
2
2
2
1
2
3
3
3
114
129
131
110
131
117
121
128
133
119
127
135
122
130
130
117
-
-
-
-
-
Poly T (5)
Poly A (14)
-
Poly A (5)
Poly A (5),
Poly T (5)
Poly C (5),
63 % de GC
-
Poly T (5)
-
Poly T (5)
Poly A (6)
Poly T (5),
Poly C (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
114
129
131
110
130-131
117
121
128
133
119
127
135
122
130
130
117
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
130
130
117
128
133
119
127
135
122
Nombre d’appels corrects par
échantillon
5
132
Nombre d’appels incorrects
6
0
% d’appels corrects
7
100
114
129
131
110
130-131
117
121
0
0
0
0
0
0
9
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
99,54
100
100
9
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
23
24
25
29
30
27
28
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
18
19
3
3
136
131
20
21
22
26
31
3
3
3
3
3
4
4
4
4
4
4
4
123
117
119
120
129
133
135
123
134
132
121
125
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
Poly T (5)
Poly T (5),
SNV
Poly A (5)
13
13
15
15
13
13
15
15 Poly A (6),
Poly T (5),
Région homologue sur un chromosome différent
13 15
-
Région homologue sur un chromosome différent
Poly T (5)
Poly C (7),
66 % de GC
Poly C (5),
69 % de GC
13
13
13
13
15
15
15
15
-
SNV
-
-
Poly A (5),
SNV
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
136
131
123
117
119
120
129
133
135
123
134
132
121
125
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
136
131
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
% d’appels corrects 7
100
100
123
117
119
120
129
133
135
123
134
132
121
125
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
10
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
40
41
44
45
42
43
46 9
47
48
49
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
37
38
35
36
39
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
32
33
34
4
4
4
134
118
122
4
4
4
4
4
131
133
128
131
129
133
112
133
135
122
117
124
117
128
123
-
-
-
-
-
Poly T (5)
Poly A (7)
Poly A (6)
-
-
-
Poly T (6)
Poly A (5),
Poly T (5),
SNV
Poly T (5),
SNV
SNV
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
-
Poly T (5)
Poly A (5)
13
13
13
15
15
15
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
13 15
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
13
13
13
13
15
15
15
15
131
133
128
131
129
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
134
118
122
133
112
133
135
122
117
125
117
128
123
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
131
133
128
131
129
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
134
118
122
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
100
100
100
100
100
% d’appels corrects 7
100
100
100
133
112
133
135
122
117
125
117
128
123
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
11
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
67
68
65
66
63
64
61
62
59
60
57
58
55
56
53
54
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
50
51
52
4
4
4
133
112
129
4
4
5
5
5
5
5
5
120
119
118
112
126
132
131
119
5
5
5
5
5
5
5
5
135
131
121
132
120
120
115
112
-
Poly A (5)
CT(5)
SNV
Poly T (6)
63 % de GC
-
Poly A (6),
Poly T (8)
-
-
-
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
13
13
13
15
15
15
-
-
-
-
-
-
-
Poly A (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
135
131
121
132
120
120
115
112
120
119
118
112
126
132
131
119
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
133
112
129
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
0
0
0
0
0
0
0
0
135
131
121
132
120
120
115
112
120
119
118
112
126
132
131
119
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
133
112
129
100
100
100
100
100
100
100
100
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
12
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
69
70
71
72
7
7
7
7
133
120
135
126
73
74
75
82
83
84
79
80
81
76
77
78
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
134
122
127
123
125
133
116
135
118
136
131
119
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
-
-
60 % de GC
13
13
13
15
15
15
13 15
-
Poly A (5),
59 % de GC
Poly C (5),
63 % de GC
-
-
-
-
-
59 % de GC;
SNV
Poly A (5),
Poly T (5)
67 % de GC
58 % de GC
Poly G (6),
61 % de GC
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
133
120
135
126
134
122
127
123
125
133
116
135
118
136
131
119
0
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
133
120
135
126
0
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
0
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
134
122
127
123
125
133
116
135
118
136
131
119
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
13
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
94
95 10
96
90
91
88
89
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
85
86
87
7
7
8
122
123
127
9
9
8
9
129
130
116
119
92
93
97
98
99
9
9
9
9
9
9
9
9
121
117
114
129
114
122
127
133
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
Poly T (5)
Poly A (6)
60 % de GC
13
13
13
15
15
15
-
-
57 % de GC
Poly T (5)
Région homologue sur un chromosome différent
Région homologue sur un chromosome différent
-
Poly A (14)
-
Région homologue sur un chromosome différent
SNV
-
Poly A (5),
Poly C (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
129
130
116
119
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
122
123
127
121
117
114
130
114
122
127
133
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
129
130
116
119
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
122
123
127
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
100
100
100
100
% d’appels corrects 7
100
100
100
121
117
114
129 (sur 130)
114
122
127
133
0
0
0
15
0
0
0
0
100
100
100
99,23
100
100
100
100
14
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
100
101
102
103
9
9
9
9
138
139
116
133
104
105
110
111
112
113
114
115
106
107
108
109
9
9
9
10
10
10
10
10
10
10
10
10
138
136
118
128
120
139
118
123
121
129
122
124
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
-
-
64 % de GC 13
13
13
15
15
15
13 15 Poly A (5),
57 % de GC
57 % de GC
Poly C (5),
67 % de GC
70 % de GC
62 % de GC
60 % de GC
58 % de GC;
SNV
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
57 % de GC
Poly T (5)
-
26 % de GC
-
Poly T (5);
Région homologue sur un chromosome différent
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
138
139
116
133
138
136
118
128
120
139
118
123
121
129
122
124
0
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
138
139
116
133
0
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
0
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
138
136
118
128
120
139
118
123
121
129
122
124
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
15
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
118
128
129
130
131
124
125
126
127
132
119
120
121
122
123
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
116
117
10
10
135
135
10
11
11
11
11
11
11
11
11
11
10
10
10
10
10
119
125
131
117
116
129
117
117
113
129
121
123
127
136
132
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
CA (4)
Poly A (6);
Région homologue sur un chromosome différent
-
Poly C (5);
SNV
13
13
13
13
15
15
15
15
-
-
-
58 % de GC
Poly T (10)
Poly T (5)
-
Poly A (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
-
Poly T (5)
Poly A (6)
Poly T (6)
Poly T (5)
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
135
135
119
125
131
117
116
129
117
117
113
129
121
123
127
136
132
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
135
135
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
% d’appels corrects 7
100
100
119
125
131
117
116
129
117
117
113
129
121
123
127
136
132
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
16
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
135
136
137
138
142
143
144
145
139
140
141
146
147
148
149
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
133
134
11
11
115
117
11
11
11
11
12
12
12
12
11
12
12
13
13
13
13
134
131
133
137
131
131
128
133
136
124
122
122
116
133
117
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
-
Poly T (8);
19 % de GC
Poly A (5);
Poly T (5)
Poly A (5)
26 % de GC;
SNV
-
Poly T (8);
SNV
-
Poly A (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
15
-
Poly A (5)
-
59 % de GC
-
Poly C (5)
-
SNV
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
115
117
134
131
133
137
131
131
128
133
136
124
122
122
116
133
117
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
115
117
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
% d’appels corrects 7
100
100
134
131
133
137
131
131
128
133
136
124
122
122
116
133
117
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
17
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
161
162
163
164
157
158
159
160
165
152
153
154
155
156
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
150
151
13
13
124
123
166
167
17
17
16
17
16
16
13
14
17
13
13
13
13
13
17
17
115
125
121
123
114
119
122
122
121
123
119
119
135
116
123
116
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
Poly T (6)
Poly T (5);
26 % de GC
Poly A (5)
13
13
13
15
15
15
-
-
-
-
-
-
-
58 % de GC
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
-
Poly C (5)
-
61 % de GC
Poly C (6);
60 % de GC;
SNV
-
62 % de GC
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
124
123
115
125
121
123
114
119
122
122
121
123
119
119
135
116
123
116
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
124
123
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
% d’appels corrects 7
100
100
115
125
121
123
114
119
122
122
121
123
119
119
135
116
123
116
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
18
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
169
170
178
179
180
181
182
183
174
175
176
177
171
172
173
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
168 17 118
184
17
17
18
18
18
18
18
19
18
18
17
18
17
17
17
19
129
131
127
118
138
131
112
124
134
129
133
118
114
118
122
139
-
58 % de GC
-
Poly A (6)
-
-
-
60 % de GC
-
Poly G (6);
66 % de GC
64 % de GC
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
13 15
-
Poly C (5);
65 % de GC
Poly G (6);
67 % de GC;
SNV
61 % de GC
Poly C (5)
61 % de GC
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13 15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
118
129
131
127
118
138
131
112
124
134
129
133
118
114
118
122
139
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
118
Nombre d’appels incorrects 6
0
% d’appels corrects 7
100
129
131
127
118
138
131
112
124
134
129
133
118
114
118
122
139
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
19
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé 1
185
186
19
19
131
141
187
191
192
193
188
189
190
194
195
19
19
19
19
20
22
22
22
22
121
138
123
138
117
136
122
122
119
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés 2
67 % de GC
59 % de GC;
Région homologue sur un chromosome différent
-
Poly C (5);
72 % de GC;
Région homologue sur un chromosome différent
58 % de GC
64 % de GC
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
Poly T (5)
Poly A (7)
Poly A (5);
Poly C (5)
62 % de GC;
SNV
66 % de GC
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
Nombre d’appels pouvant être effectués par échantillon 3
131
141
121
138
123
138
117
136
122
122
119
0
0
Nombre d’aucunappel 4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
117
136
122
138
123
138
Nombre d’appels corrects par
échantillon 5
131
141
0
0
Nombre d’appels incorrects 6
% d’appels corrects 7
100
100
121
122
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
119 0 100
1
2
S'entend, par fragment analysé, la taille de la région génomique séquencée dans les bases, sans prendre en compte les primers spécifiques à la cible.
Le nombre total d’échantillons répertoriés est de 15, car 2 des 13 échantillons ont été analysés en 2 réplicats indépendants.
3
4
Le nombre d’appels par échantillon ayant été effectués est le nombre de bases ayant une qualité suffisante pour être définis par le système.
Le nombre d’aucun-appels est le nombre de bases dans un amplicon n'entraînant aucun appel dans l’analyse.
5 Le nombre d’appels corrects par échantillon est le nombre de bases dans l’amplicon qui ont été définies et ont obtenu des résultats correspondant à la séquence de référence du génome
6 humain version 19 et à la référence composite bien caractérisée.
Le nombre d’appels incorrects est le nombre total d’appels incorrects pour le SNV ou l’indel dans cet amplicon; des détails supplémentaires sur les appels incorrects sont présentés dans les notes de bas de page ci-dessous.
20
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
7
Le pourcentage (%) d’appels corrects correspond au taux d’appels corrects pour toutes les bases dans l’amplicon, où l’appel correct pour le SNV ou l’indel est basé sur les renseignements de référence composite bien caractérisée, et l’appel correct pour les bases dans le reste de la séquence de l’amplicon est basé sur la comparaison de la séquence de référence du génome humain version 19. Cette colonne peut afficher plus d'un résultat prévu pour un amplicon donné, si certains échantillons contiennent un indel et d'autres, non
8
(p. ex. amplicon 9). Le pourcentage (%) d'appels corrects pour les échantillons dont le résultat est incorrect est présenté dans le tableau.
L'amplicon 9 a une analyse d'homopolymères de 14 A, selon la séquence de référence du génome humain version 19. Toutefois, pour 7 des 13 échantillons, les renseignements de la référence composite bien caractérisée montraient 13 A dans cette analyse d'homopolymères. Dans ces sept échantillons, cette suppression d'une paire de bases représente un faux
9 négatif dans cette étude de précision de séquençage MiSeqDx.
L'amplicon 46 a une insertion de base qui est rapportée dans 9 échantillons de la base de données de référence bien caractérisée et correctement détectée dans tous les échantillons
10 analysés.
L'amplicon 95 a une analyse d'homopolymères de 14 A, selon la séquence de référence du génome humain version 19. Cependant, pour 13 échantillons sur 13, les renseignements de la référence composite bien caractérisée montraient 15 A dans cette analyse d'homopolymères. Dans ces 13 échantillons, cette insertion d'une paire de bases représente un faux négatif dans l’étude de précision de séquençage MiSeqDx.
21
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
Instrument MiSeqDx
Le tableau suivant contient les données de l’Étude 1, présentées avec la concordance positive et négative de un pour cent, où les résultats des variants sont comparés aux renseignements de la référence composite bien caractérisée pour le calcul de la concordance positive en pour cent (CPP). Étant donné que les renseignements de la référence composite fournissent uniquement des résultats pour les variants à simple nucléotide et les insertions/suppressions, les résultats des bases sans variants sont comparés à la séquence de référence du génome humain version 19 pour le calcul de la concordance négative en pour cent (CNP). Toutes les bases sans variants avaient un taux de concordance de 100 % avec la séquence de référence. Tous les SNV avaient un taux de concordance de 100 % avec la séquence de référence. Les variants qui ont été manqués étaient des insertions de base 1 ou de suppression de base 1 dans les régions d'homopolymères.
Tableau 2 Concordance des résultats des appels de bases de la plateforme MiSeqDx avec les données de référence pour
13 échantillons bien caractérisés
Échantillon
Nbre d’amplicons
% de couverture d’amplicons 1
Variants attendus par échantillon 2
Variants correctement appelés
Variants manqués 3
Bases sans variants appelées correctement
CPP 4
(%)
CNP 5 (%)
195
195
195
195
195
195
195
195
195
195
195
195
195
NA12877
NA12878
NA12879
NA12880
NA12881
NA12882
NA12883
NA12884
NA12885
NA12886
NA12887
NA12888
NA12893
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
24
20
22
19
21
19
16
24
19
20
22
19
20
23
18
20
18
20
17
15
23
17
18
20
17
19
24415
24416
24412
24417
24419
24412
24415
24417
24418
24417
24416
24417
24415
1
2
2
1
1
2
1
1
2
2
2
2
1
90,91
94,74
95,83
90,00
93,75
95,83
95,24
89,47
89,47
89,47
95,00
90,00
90,91
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
1 Le pourcentage de couverture d’amplicons est le nombre de bases dans les amplicons séquencées avec fiabilité.
2
3
Les variants prévus par échantillon comprennent les SNV et les indels.
Pour les variants manqués, veuillez consulter le premier tableau de l’étude 1 et les notes de bas de page 8 à 10.
4 Concordance positive en pour cent (CPP) = 100 x TP/(TP + FN), où les vrais positifs (TP) sont le nombre d'appels de variants positifs aux coordonnées génomiques où sont présents les variants selon la séquence de référence et l’allèle mutant appelé est concordant avec la séquence de référence (colonne nommée Variants appelés correctement) et les faux négatifs (FN) sont le nombre d'appels de variants négatifs aux coordonnées génomiques où sont présents les variants selon la séquence de référence (colonne nommée
5
Variants manqués).
Concordance négative en pour cent (CNP) = 100 x TN/(FP + TN) où les faux positifs (FP) sont le nombre d'appels de variants positifs aux coordonnées génomiques où sont absents les variants selon la séquence de référence, ou si l’allèle mutant appelé est discordant avec la séquence de référence (non référencé dans le tableau; aucun appel de variants faux positifs n’a été effectué dans cette étude) et les vrais négatifs (TN) sont le nombre d’appels de variants négatifs aux coordonnées génomiques où sont absents les variants selon la séquence de référence (colonne nommée Bases sans variants appelées correctement).
Mars 2015 nº 15070068 Rév. A FRA
|
22
Instrument MiSeqDx
Étude 2
Les résultats de séquençage pour le panel d’amplicons ci-dessus ont été comparés à un génotype d’une grande fiabilité
établi pour NA12878 par le National Institutes of Standards and Technology (NIST, Institut national des normes et de la technologie) (v.2.15
1 ). Sur les 195 amplicons, 184 amplicons étaient compris dans les appels de référence d’une grande fiabilité dans la séquence du NIST et ont été comparés. Des appels de bases sans variants ont été comparés à la séquence du génome humain de référence version 19.
Tableau 3 Comparaison des résultats de séquençage de la plateforme MiSeqDx pour l’échantillon NA12878 avec la base de données du NIST
Échantillon
Nbre d’amplicons
% de couverture d’amplicons 2
Variants attendus
Variants correctement appelés
Variants manqués
Bases sans variants appelées correctement
CPP 3
(%)
CNP 4
(%)
NA12878 184 100 17 16 1
5
23066 94,12 100
1 Zook, JM et al. Integrating sequencing datasets to form highly confident SNP and indel genotype calls for a whole human genome.
2 arXiv:1307.4661 [q-bio.GN].
Le pourcentage de couverture d’amplicons est le nombre de bases dans les amplicons séquencées avec fiabilité.
3 Concordance positive en pour cent (CPP) = 100 x TP/(TP + FN).
4
5
Concordance négative en pour cent (CNP) = 100 x TN/(FP + TN).
Le variant manqué est la délétion d’une paire de bases dans l’amplicon 9 d’une analyse homopolymère de 14 A non appelés par le
MiSeqDx présente dans la séquence NIST. Notez que la séquence NIST n’inclut pas l’insertion d’une paire de bases dans l’autre homopolymère de A qui était présent dans l’autre base de données de référence utilisée ci-dessus dans l’étude 1.
Étude 3
Une étude de précision supplémentaire a été réalisée pour évaluer les performances des petites insertions et délétions dans le cadre d’un test représentatif, le test de fibrose kystique à 139 variants MiSeqDx d’Illumina, qui comprenait un sous-ensemble de variations génétiques
CFTR significatives sur le plan clinique et analysées avec le logiciel MiSeq
Reporter en utilisant le flux de travail ciblé de séquençage de l’ADN associé à la plateforme MiSeqDx. Les insertions et délétions demandées ont été détectées à l’emplacement prévu avec une fiabilité élevée. Ces échantillons ont été caractérisés grâce au séquençage bidirectionnel Sanger utilisé comme méthode de référence pour établir la séquence prévue.
Tableau 4 Résumé de la détection des indels à l’aide de la plateforme MiSeqDx
Amplicon
Taille des inserts
Contenu génomique de l’amplicon
Nbre d’appels par
échantillon ayant été effectués
Nbre de bases appelées par
échantillon
Nbre d’aucunappel
Nbre d’appels corrects par
échantillon
1 129 130 130 0 130
2
3
4
154
167
134
Insertion d’une base
Délétion de trois bases
Délétion de deux bases
Délétion d’une base
151
165
133
151
165
133
0
0
0
151
165
133
Nbre d’appels incorrects
0
0
0
0
% d’appels corrects
100
100
100
100
23
| nº 15070068 Rév. A FRA
Mars 2015
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