Préparation des échantillons. illumina MiSeqDx MD

Vous trouverez ci-dessous de brèves informations sur l'instrument MiSeqDx MiSeqDx. C'est un instrument de séquençage qui mesure les signaux de fluorescence des nucléotides marqués. La plateforme MiSeqDx est destinée au séquençage ciblé d’ADN génomique humain provenant d’échantillons de sang total périphérique et conçu pour le diagnostic in vitro.

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Instrument MiSeqDx

4 [Facultatif] Entrez une description pour identifier l’analyse.

5 Assurez-vous que la date correspond à la date de début de l’analyse. La date actuelle apparaît par défaut.

6 Sélectionnez Next (Suivant). L’écran Enter Sample Information (Entrer les renseignements sur l’échantillon) s’ouvre.

Saisir des renseignements sur les échantillons

1 Dans l’onglet Table (Tableau) ou l’onglet Plate (Plaque), saisissez les renseignements suivants pour chaque puits contenant un échantillon : a Identifiant de l’échantillon : saisissez un seul identifiant d’échantillon.

b Index 1 et Index 2 : spécifiez l’adaptateur qui sera utilisé pour chaque lecture d’index.

c Manifeste : précisez le nom du fichier de manifeste qui contient les renseignements sur les échantillons dans ce puits en particulier.

2 [Facultatif] Pour enregistrer des renseignements plus détaillés sur les échantillons, saisissez un nom d'échantillon et une description.

3 [Facultatif] Pour identifier les témoins sur la plaque, sélectionnez Negative (Négatif) ou Positive (Positif) dans le menu déroulant Control (Témoin).

4 Accédez à l’onglet Plate Graphic (Plaque graphique) et utilisez les options Copy to Clipboard (Copier dans le bloc-notes) ou Print (Imprimer) pour capturer une image de la plaque d’échantillon.

5 Sélectionnez Finish (Terminer).

Préparation des échantillons

Suivez les étapes suivantes conformément au mode d’emploi figurant dans la notice d’accompagnement de la trousse universelle MiSeqDx 1.0 :

• Hybridation des pools d’oligonucléotides

• Retrait des oligonucléotides non liés

• Extension-ligation des oligonucléotides liés

• Amplification par PCR

• Nettoyage PCR

• Normalisation de la librairie

• Groupement des librairies

Préparation de la cartouche de réactifs

1 Décongelez la Cartouche de réactifs MiSeqDx dans un bain d’eau contenant assez d’eau déionisée à température ambiante pour submerger la base de la cartouche de réactifs jusqu’à la ligne de délimitation de l’eau imprimée sur la cartouche de réactifs. Le niveau de l’eau ne doit pas dépasser la ligne de délimitation de l’eau maximale.

2 Laissez la cartouche de réactifs décongeler dans le bain dʼeau à température ambiante pendant environ une heure ou jusquʼà décongélation.

3 Retirez la cartouche du bain d’eau et tapotez-la doucement contre la paillasse pour retirer l’eau de la base de la cartouche. Séchez la base de la cartouche. Assurez-vous que lʼeau n’a pas éclaboussé la partie supérieure de la cartouche de réactifs.

Inspecter la cartouche de réactifs

1 Retournez la cartouche de réactifs 10 fois pour mélanger les réactifs décongelés, puis vérifiez visuellement que toutes les positions sont décongelées.

REMARQUE

Il est essentiel que les réactifs contenus dans la cartouche soient parfaitement décongelés et mélangés afin de garantir un séquençage correct.

2 Inspectez visuellement les réactifs des positions 1, 2 et 4 pour vous assurer quʼils sont complètement mélangés et ne contiennent pas de précipités.

Mars 2015 nº 15070068 Rév. A FRA

Caractéristiques clés

Séquençage ciblé d’ADN génomique humain
Mesure des signaux de fluorescence des nucléotides marqués
Utilisation avec des tests de diagnostic in vitro et des trousses de réactifs Illumina
Analyse des données avec logiciel d’analyse en temps réel
Démultiplexage, génération de fichiers FASTQ, alignement, appel des variants, génération de fichiers VCF

Questions fréquemment posées

L'instrument MiSeqDx est un instrument de séquençage qui mesure les signaux de fluorescence des nucléotides marqués pour le séquençage ciblé d’ADN génomique humain.

MiSeqDx est destiné à être utilisé avec des tests de diagnostic in vitro et des trousses de réactifs fournis par Illumina.

Le logiciel MiSeq Reporter traite les définitions de bases par le biais d'une analyse secondaire qui inclut le démultiplexage, la génération de fichiers FASTQ, l'alignement, l'appel des variants et la génération de fichiers VCF.