Instrument MiSeqDx
MD
pour instruments avec configuration à amorçage double
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
N° de référence DX-410-1001
Utilisation prévue
Illumina MiSeqDx est un instrument de séquençage qui mesure les signaux de fluorescence des nucléotides marqués grâce à l’utilisation de Flow Cell et de réactifs spécifiques à l’instrument (Trousse universelle MiSeqDx 1.0), de matériel d’imagerie et d’un logiciel d’analyse de données. La plateforme MiSeqDx est destinée au séquençage ciblé d’ADN génomique humain provenant d’échantillons de sang total périphérique. La plateforme MiSeqDx n’est pas destinée au séquençage de génome entier ou de novo. MiSeqDx est destiné à être utilisé avec des tests de diagnostic in vitro et des trousses de réactifs fournis par Illumina.
Principes de la procédure
La plateforme Illumina MiSeqDx est destinée au reséquençage ciblé d’ADN génomique humain provenant d’échantillons de sang total périphérique à l’aide des consommables fournis par Illumina. L’ADN génomique est traité à travers les étapes de préparation de la librairie, qui amplifient spécifiquement les régions génomiques prévues de chaque échantillon en utilisant les oligonucléotides personnalisés conçus par l’utilisateur, tout en ajoutant les index et les séquences de capture des Flow Cell aux produits amplifiés. La préparation de la librairie comporte quatre étapes clés : l’hybridation, l’extension-ligation, l’amplification par PCR et la normalisation de librairie. Les librairies d’échantillons normalisées qui en résultent sont prêtes pour le séquençage sur l’instrument Illumina MiSeqDx à l’aide de la chimie SBS (séquençage par synthèse). La chimie SBS utilise la méthode basée sur des terminateurs réversibles pour détecter les bases de nucléotides uniques à mesure qu’elles sont intégrées aux brins d’ADN croissants. Le logiciel d’analyse en temps réel (RTA) exécute les analyses d’images et la définition des bases tout en affectant un score de qualité à chacune des bases de chaque cycle de séquençage. Lorsque l’analyse primaire prend fin, le logiciel MiSeq
Reporter sur l’instrument MiSeqDx traite les définitions de bases par le biais d’une analyse secondaire qui inclut le démultiplexage, la génération de fichiers FASTQ, l’alignement, l’appel des variants et la génération de fichiers VCF contenant des renseignements sur les variants trouvés à des positions spécifiques dans un génome de référence.
Limites de la procédure
1 Destiné au diagnostic in vitro uniquement.
2 Ce produit présente les limites suivantes :
— Sortie de séquençage >1 Gp
— Lectures > 3 millions
— Longueurs de lecture (dans une analyse à lecture appariée) 2 x 150 bp
— Bases supérieures à Q30 > 75 % (plus de 75 % des bases ont un score de qualité sur l’échelle Phred supérieur à 30, ce qui indique que la précision de la définition des bases est supérieure à 99,9 %)
3 Les variants dans les analyses homopolymères comptant plus de huit bases seront filtrés dans les fichiers VCF
(filtre R8).
4 Le système a été validé pour la détection des SNV et des délétions de trois bases maximum. L’évaluation des insertions d’une base a été limitée à trois insertions différentes sur trois chromosomes distincts.
5 Le système rencontre des problèmes de détection des insertions ou délétions d’une base dans les tronçons homopolymères (p. ex. le polyA).
6 Le système MiSeqDx est conçu pour offrir des résultats qualitatifs (c.-à-d. de génotype).
Mars 2015 nº 15070068 Rév. A FRA
|
1
