Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Entrer des renseignements sur l’échantillon
1 Dans l’onglet Table (Tableau) ou l’onglet Plate (Plaque), saisissez les renseignements suivants pour chaque puits contenant un échantillon : a Identifiant de l’échantillon : saisissez un seul identifiant d’échantillon.
b Index 1 et Index 2 : spécifiez l’adaptateur d’index qui sera utilisé pour chaque lecture d’index.
c Manifest (Manifeste) : précisez le nom du fichier de manifeste qui contient les renseignements sur les
échantillons dans ce puits en particulier.
Pour plus de renseignements sur le fichier de manifeste, consultez la section
Pool d’oligos personnalisé à la page 5
.
2 [Facultatif] Pour enregistrer des renseignements plus détaillés sur les échantillons, saisissez un nom et une description.
3 [Facultatif] Pour identifier les contrôles sur la plaque, sélectionnez Negative (Négatif) ou Positive (Positif) dans le menu déroulant Control (Contrôle).
4 Accédez à l’onglet Plate Graphic (Graphique de la plaque) et utilisez les options Copy to Clipboard (Copier vers le bloc-notes) ou Print (Imprimer) pour capturer une image de la plaque d’échantillon.
5 Sélectionnez Finish (Terminer).
Hybridation du pool d’oligonucléotides
Préparation
1 Ramenez le pool d’oligos personnalisé, le Tampon d’hybridation, les échantillons d’ADN génomique et l’échantillon de contrôle positif à température ambiante.
2 Mélangez vigoureusement le pool d’oligos personnalisé et le Tampon d’hybridation pour vous assurer que tous les précipités ont été complètement dissous, puis centrifugez brièvement les tubes pour recueillir le liquide.
3 Réglez un bloc chauffant de 96 puits à 95 °C.
4 Préchauffez un incubateur à 37 °C.
5 Créez la plaque d’échantillon en fonction du graphique de la plaque imprimé à partir de Illumina Worklist
Manager.
Procédure
1 Préparez une nouvelle plaque PCR de 96 puits (ci-après dénommée la plaque HYB).
2 Ajoutez 5 µl d’échantillon ou de contrôle à 50 ng/µl (250 ng total) dans les puits appropriés dans la plaque
HYB. Suivez la disposition de la plaque générée pour une sélection appropriée des puits.
3 Ajoutez 5 µl de pool d’oligos personnalisé à tous les puits contenant l’ADN génomique.
4 Ajoutez 40 µl de Tampon d’hybridation à chaque échantillon dans la plaque HYB. Pipettez doucement vers le haut et le bas 3 à 5 fois pour mélanger.
5 Scellez la plaque HYB et centrifugez à 1 000 × g à 20 °C pendant 1 minute.
6 Placez la plaque HYB dans le bloc préchauffé à 95 °C et incubez pendant 1 minute.
7 Réduisez le bloc chauffant à 40 °C et continuez à incuber jusqu’à ce que le bloc chauffant atteigne 40 °C
(environ 80 minutes).
Le refroidissement progressif est très important pour une bonne hybridation; par conséquent, les thermocycleurs PCR avec refroidissement actif (p. ex. Peltier avec refroidissement thermoélectrique) ne sont pas recommandés pour ce processus.
POINT D’ARRÊT DE SÉCURITÉ
Après que le bloc chauffant a atteint 40 °C, la plaque HYB est stable lorsqu’elle est maintenue à 40 °C pendant
2 heures.
Février 2015
Référence 15039608, rév. B FRA
|
13
