Trousse universelle MiSeqDx 1.0
5 Les changements dans l’apparence physique des réactifs fournis peuvent indiquer la détérioration des matières.
Si des changements dans l’apparence physique se produisent (p. ex. des changements apparents de la couleur des réactifs ou une trace de voile apparente montrant une contamination microbienne), n’utilisez pas les réactifs.
6 Les réactifs du Tampon d’hybridation, du Tampon de lavage rigoureux et du Diluant de normalisation de librairie peuvent former des précipités ou des cristaux visibles. Avant l’utilisation, secouez vigoureusement à l’aide d’un agitateur vortex, puis inspectez visuellement pour vous assurer qu’il n’y ait aucun précipité.
7 Suivez à la lettre les meilleures pratiques suivantes lors de la manipulation des Billes de nettoyage PCR et des
Billes de librairie :
— Les billes ne doivent jamais être congelées.
— Laissez les billes atteindre la température ambiante.
— Immédiatement avant l’utilisation, mélangez vigoureusement à l’aide d’un agitateur vortex jusqu’à obtenir une suspension adéquate et que la couleur apparaisse homogène.
— Mélangez bien l’échantillon une fois les billes ajoutées en pipettant de haut en bas 10 fois. Un agitateur peut être utilisé pour bien mélanger les échantillons.
— Incubez le mélange bille/échantillon à température ambiante pendant la durée totale indiquée.
— Suivez les instructions lorsque vous utilisez un support magnétique. Attendez que la solution soit claire avant d’aspirer. Gardez la plaque sur le support magnétique lorsque vous aspirez doucement le surnageant, en prenant soin de ne pas déranger les billes séparées.
8 La plaque d’amplification par PCR peut rester sur le thermocycleur toute la nuit, ou bien elle peut être conservée entre 2 °C et 8 °C pendant un maximum de deux jours. Avant le stockage de la plaque entre 2 °C et
8 °C, scellez-la bien.
9 Ne congelez pas les Billes de librairie ou ne les mélangez pas au réactif du Diluant de normalisation de librairie si elles ne sont pas utilisées immédiatement.
10 La plaque de normalisation de librairie terminée peut être conservée entre -25 °C et -15 °C pendant un maximum de trois jours.
11 La librairie d’amplicons regroupés peut être conservée entre -25 °C et -15 °C pendant un maximum de trois jours.
12 Chargez immédiatement le groupe d’amplicons fraîchement dilués dans la cartouche de réactifs. Le stockage du groupe d’amplicons dilués peut entraîner une réduction considérable de la densité des amplifiats.
Équipement et matériel
Équipement et matériels fournis, vendus séparément
1 Instrument MiSeqDx, nº de référence DX-410-1001
2 Trousse de montage de plaque d’index TruSeq, nº de référence FC-130-1005
3 Trousse de montage de plaque d’index TruSeq et de collier, nº de référence FC-130-1007
4 Bouchons de rechange pour l’adaptateur d’index, nº de référence DX-502-1003
Équipement et matériel nécessaires, non fournis
Équipement et matériel de pré-amplification
1 Bloc chauffant : un bloc chauffant pour une plaque à 96 puits est nécessaire. Le bloc chauffant doit être conforme aux spécifications de performance suivantes : vous pouvez utiliser des blocs chauffants avec couvercles chauffés.
— Plage de températures : ambiante +5 °C à 99 °C
— Régulation de température : ±0,1 °C à 37 °C; ±0,4 °C à 60 °C
2 Incubateur d’échantillons : un incubateur (four à hybridation) est nécessaire. L’incubateur doit être conforme aux spécifications de performance suivantes :
— Plage de températures : 10 °C à 100 °C
— Régulation de température : ±0,2 °C
Février 2015
Référence 15039608, rév. B FRA
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Trousse universelle MiSeqDx 1.0
3 Centrifugeuse de table : une centrifugeuse de table pouvant maintenir une température de 20 °C est nécessaire.
(une centrifugeuse séparée est nécessaire dans la zone de post-amplification). Vous pouvez utiliser n’importe quelle centrifugeuse pour plaques atteignant les vitesses indiquées par le protocole (280 à 2 400 × g).
4 Pipettes de précision : un ensemble de pipettes de précision est nécessaire. (Un ensemble séparé est nécessaire dans la zone de post-amplification). L’utilisation de pipettes de précision est nécessaire pour s’assurer d’une distribution précise des réactifs et des échantillons. Les pipettes monocanal ou multicanaux peuvent être utilisées si elles sont étalonnées régulièrement et sont précises à moins de 5 % du volume indiqué.
5 Consommables : les consommables suivants sont nécessaires.
— Plaques PCR à jupe à 96 puits, 0,2 ml, en polypropylène ou équivalent
— Plaques de stockage à 96 puits, 0,8 ml (plaques MIDI)
— Bassin de solution, sans PVC ni ADNase/ARNase (cuve)
— Opercule adhésif en aluminium
— Joint de plaque PCR approprié
— Pointes de pipette résistantes à l’aérosol
Équipement et matériel de post-amplification
1 Thermocycleur : un thermocycleur est nécessaire. Le thermocycleur doit avoir un couvercle chauffé et respecter les spécifications de performance suivantes :
— Plage de contrôle de la température : 4 °C à 99 °C
— Précision du contrôle : ±0,25 °C de 35 °C à 99 °C
2 Agitateur pour microplaques : un agitateur pour microplaques est nécessaire dans la zone du laboratoire de post-amplification. L’agitateur pour microplaques doit être conforme aux spécifications de performance suivantes :
— Vitesse de mélange maxi. : 3 000 tr/min
— Plage de vitesses de mélange : 200 à 3 000 tr/min
3 Centrifugeuse de table : une centrifugeuse de table pouvant maintenir une température de 20 °C est nécessaire.
(Une centrifugeuse séparée est nécessaire dans la zone de pré-amplification.) Vous pouvez utiliser n’importe quelle centrifugeuse pour plaques atteignant les vitesses indiquées par le protocole (280 à 2 400 × g).
4 Bloc chauffant : un bloc chauffant pour les tubes est nécessaire. Le bloc chauffant doit être conforme aux spécifications de performance suivantes :
— Plage de températures : ambiante +5 °C à 99 °C
— Régulation de température : ±0,1 °C à 37 °C; ±0,4 °C à 60 °C
5 Support magnétique : un support magnétique pour une plaque à 96 puits est nécessaire. Les meilleures performances sont atteintes lorsque les aimants sont du côté du support et non au fond.
6 Pipettes de précision : un ensemble de pipettes de précision est nécessaire. (Un ensemble séparé est nécessaire dans la zone de pré-amplification). L’utilisation de pipettes de précision est nécessaire pour s’assurer d’une distribution précise des réactifs et des échantillons. Les pipettes monocanal ou multicanaux peuvent être utilisées si elles sont étalonnées régulièrement et sont précises à moins de 5 % du volume indiqué.
7 Consommables : les consommables suivants sont nécessaires.
— Plaques PCR à jupe à 96 puits, 0,2 ml, en polypropylène ou équivalent
— Plaques de stockage à 96 puits, 0,8 ml (plaques MIDI)
REMARQUE
Assurez-vous que la plaque à 96 puits s’adapte parfaitement au support magnétique.
— Tubes coniques, 15 ml
— Tubes de microcentrifugeuse Eppendorf (bouchon vissé recommandé)
— Barrettes de huit tubes PCR
— Bassins de solution, sans PVC ni ADNase/ARNase (cuve)
— Opercules adhésifs en aluminium
— Joints de plaque adhésifs
— Pointes de pipette résistantes à l’aérosol
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
