Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Tableau 1 Exemple de variant complexe
Contexte de la séquence (référence)
GAA GAA ATT
Séquence observée pour le variant
GAA T – – ATT
Variant attendu
Variant(s) rapporté(s) par le test
Délétion de GAA, insertion de T (les deux changements sur le même chromosome)
SNP (G>T); Délétion de AA
8 Le système MiSeqDx est conçu pour offrir des résultats qualitatifs (c.-à-d. de génotype).
9 Comme avec n’importe quel flux de travail à base d’hybridation, les polymorphismes, mutations, insertions ou délétions sous-jacents dans les régions de liaison d’un oligonucléotide peuvent affecter les allèles sondés et, par conséquent, les appels faits.
10 La couverture minimale recommandée par amplicon nécessaire pour un appel de variants précis (Q(max_gt | poly_site) >= 100) est de 75 ×.
Composants du produit
Le Trousse universelle Illumina MiSeqDx 1.0 comprend les composants suivants :
• Trousse universelle MiSeqDx 1.0 (nº de référence DX-103-1001)
Réactifs
Réactifs fournis
La Trousse universelle Illumina MiSeqDx 1.0 a été configurée pour deux analyses avec un maximum de 48 échantillons par analyse (jusqu’à 96 échantillons au total). Consultez les tableaux ci-dessous pour une liste complète des réactifs fournis dans cette trousse.
Trousse universelle MiSeqDx 1.0, boîte 1
Tableau 2 Boîte 1A : réactifs de pré-amplification
Composant Quantité
Volume de remplissage
Ingrédients actifs
Tampon d’hybridation 1 tube
4,32 ml
Solution aqueuse tamponnée contenant des sels et du formamide
Mélange extension-ligation
Primers d’index A (A501) - H
(A508)
Primers d’index 1 (A701) - 12
(A712)
Polymérase PCR
1 tube
1 tube par primer
1 tube par primer
1 tube
4,8 ml
192 µl
128 µl
56 µl
Solution aqueuse tamponnée contenant un mélange exclusif d’ADN polymérases, de ligase ADN et des dNTP
Primers PCR avec des séquences d’indexage et des adaptateurs de séquençage
Primers PCR avec des séquences d’indexage et des adaptateurs de séquençage
ADN polymérase exclusive
Mélange maître PCR 1 tube
2,8 ml
Solution aqueuse tamponnée contenant des sels et des dNTP
Stockage
-25 à -15 °C
-25 à -15 °C
-25 à -15 °C
-25 à -15 °C
-25 à -15 °C
-25 à -15 °C
Tableau 3 Boîte 1B : réactifs de post-amplification
Composant Quantité
Volume de remplissage
Ingrédients actifs
1 tube
4,6 ml
Diluant de normalisation de librairie
Tampon de dilution de librairie
Contrôle interne PhiX
1 tube
1 tube
4,5 ml
10 µl
Solution aqueuse tamponnée contenant des sels, du 2-mercaptoéthanol et du formamide
Solution aqueuse tamponnée
Solution aqueuse tamponnée contenant l’ADN génomique PhiX
Stockage
-25 à -15 °C
-25 à -15 °C
-25 à -15 °C
Février 2015
Référence 15039608, rév. B FRA
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Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Trousse universelle MiSeqDx 1.0, boîte 2
Tableau 4 Boîte 2 : réactifs de post-amplification
Composant Quantité Contenu
Cartouche de réactifs MiSeqDx 2 cartouches Cartouche à usage unique contenant des réactifs pour la génération d’amplifiats et le séquençage à utiliser avec le MiSeqDx, comprenant du formamide, du 2-mercaptoéthanol et < 2 % de DMSO
Stockage
-25 à -15 °C
Trousse universelle MiSeqDx 1.0, boîte 3
Tableau 5 Boîte 3A : réactifs de pré-amplification
Composant Quantité
Volume de remplissage
Ingrédients actifs
Tampon de lavage rigoureux 1 flacon
24 ml
Tampon de lavage universel 1 tube
4,8 ml
Solution aqueuse tamponnée contenant des sels, du 2-mercaptoéthanol et du formamide
Solution aqueuse tamponnée contenant des sels
Stockage
2 à 8 °C
2 à 8 °C
Tableau 6 Boîte 3B : réactifs de post-amplification
Composant Quantité
Volume de remplissage
Ingrédients actifs
Billes de nettoyage PCR
Lavage de normalisation de librairie
Billes de librairie
Flow Cell MiSeqDx
1 tube
2 tubes
5 ml
4,8 ml
Solution aqueuse tamponnée contenant des billes paramagnétiques en phase solide et du polyéthylène glycol
Solution aqueuse tamponnée contenant des sels, du 2-mercaptoéthanol et du formamide
1 tube
1,2 ml
Solution aqueuse tamponnée contenant des billes paramagnétiques en phase solide
2 conteneurs 1 Flow Cell Substrat en verre avec des oligonucléotides liés par covalence
Stockage
2 à 8 °C
2 à 8 °C
2 à 8 °C
2 à 8 °C
Trousse universelle MiSeqDx 1.0, boîte 4
Tableau 7 Boîte 4 : réactifs de post-amplification
Volume de
Composant Quantité remplissage
Solution SBS (PR2)
MiSeqDx
2 flacons
353,1 ml
Ingrédients actifs
Solution aqueuse tamponnée
Trousse universelle MiSeqDx 1.0, boîte 5
Tableau 8 Boîte 5 : réactifs de pré-amplification
Composant Quantité
Volume de remplissage
Ingrédients actifs
Plaque filtrante 2 plaques
S.O.
Plaque de microtitration en polypropylène avec une membrane en polyéthersulfone modifiée
Tableau 9 Boîte 5 : réactifs de post-amplification
Composant Quantité
Volume de remplissage
Tampon d’élution 1 tube
4,8 ml
Tampon de stockage de librairie
1 tube
3,5 ml
Ingrédients actifs
Solution aqueuse tamponnée
Solution aqueuse tamponnée
Stockage
2 à 8 °C
Stockage
15 à 30 °C
Stockage
15 à 30 °C
15 à 30 °C
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
