illumina système cBot Manuel utilisateur
Guide du système cBot
MC
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EXCLUSIF À ILLUMINA
Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Janvier 2016
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ii
Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Historique des révisions
Document
Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02
Ressource nº 20000083
Document nº 15006165 v01
Date
Janvier 2016
Août 2015
Description des modifications
Ajout des volumes de PhiX et de librairie à la procédure de substance de contrôle PhiX pour les librairies générées sur une Flow Cell HiSeq 3000/4000.
Ajout de recommandations relatives au service de maintenance préventive annuelle.
Mise à jour des instructions concernant le déchargement des composants d’analyse pour y inclure des options de stockage de Flow Cell.
Ajout du Guide de configuration du système cBot (document
nº 1000000005301) dans les Ressources supplémentaires.
Mise à jour des descriptions du logiciel cBot v3.0, qui permet l’utilisation de la trousse d’amplifiats à lecture unique HiSeq 3000/4000.
Ajout de formules pour les Flow Cell suivantes : HiSeq X v2.5, HiSeq 3000/4000 à lecture unique, TruSeq v3 et GAIIx v2.
Ajout des renseignements suivants :
• Instructions par type de Flow Cell pour la préparation de réactifs de génération d’amplifiats.
• Instructions d’utilisation des Flow Cell HiSeq X et
HiSeq 3000/4000 dans les quatre heures suivant l’ouverture.
• Durée de la génération d’amplifiats pour les Flow Cell
HiSeq 3000/4000 à lecture unique.
• Fisher Scientific, nº de référence AB-0784 pour les barrettes de huit bouchons.
Mise à jour des instructions de réinitialisation du lecteur de codes à barres vers la configuration par défaut.
Déplacement des renseignements de dépannage vers l’Annexe A.
Suppression des descriptions des écrans du logiciel. Les descriptions sont contenues dans les étapes de génération d’amplifiats, selon les besoins.
Guide du système cBot
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Document
Référence 15006165, rév. O
Référence 15006165, rév. N
Date
Description des modifications
Février 2015
Mise à jour des trousses prises en charge pour inclure la trousse de réactifs HiSeq X Five v2, single-pack et 10pack, ainsi que la trousse d’amplifiats PE
HiSeq 3000/4000.
Ajout du nom des formules utilisées avec la Flow Cell
HiSeq X Five v2 et la Flow Cell HiSeq 3000/4000.
Mise à jour du flux de travail de la génération d’amplifiats pour inclure les Flow Cells HiSeq X Five v2 et les Flow Cells HiSeq 3000/4000.
Changement du nom de la trousse de réactifs
HiSeq X HD v2 en trousse de réactifs HiSeq X Ten v2 et changement du nom de la trousse 20-pack en trousse
10-pack. (Seuls les noms ont changé, mais pas le contenu.)
Suppression de l’Annexe A qui contenait les procédures de configuration. Concernant les procédures de configuration, consultez le Guide de préparation du site du
système cBot (document nº 15053710).
Correction de la durée de génération d’amplifiats pour les Flow Cells HiSeq v4 et HiSeq X d’environ 2,5 heures
à environ 3 heures.
Novembre 2014
Ajout de la trousse de chargement d’échantillon cBot double rapide HiSeq, qui prend en charge la génération d’amplifiats pour le mode d’analyse rapide v2 de HiSeq sur le HiSeq 2500 et le HiSeq 1500.
Ajout d’un type de Flow Cell rapide, HiSeq Rapid v2, ainsi que des formules compatibles.
Ajout de la durée de génération d’amplifiats pour les
Flow Cell rapides.
Ajout de la trousse de réactifs HiSeq X HD v2, singlepack et 20-pack.
Ajout de renseignements concernant l’orientation de la plaque des réactifs cBot pour la trousse HiSeq X.
Ajout d’une remarque indiquant qu’il est impossible de confirmer la distribution des réactifs à partir de la plaque des réactifs fournie avec la trousse de réactifs
HiSeq X HD v2.
iv
Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Document
Référence 15006165, rév. M
Référence 15006165, rév. L
Référence 15006165, rév. K
Référence 15006165, rév. J
Référence 15006165, rév. H
Référence 15006165, rév. G
Référence 15006165, rév. F
Date
Septembre 2014
Avril 2014
Octobre 2012
Juillet 2012
Avril 2012
Octobre 2011
Juin 2011
Description des modifications
Retrait de la trousse de réhybridation multiprimers
HiSeq v4 de la liste des trousses cBot. La trousse de réhybridation multiprimers HiSeq v4 est utilisée uniquement sur le système HiSeq.
Retrait du HiSeq X de la liste de flux de travail nécessitant des primers dans la position Primers
(Primers). La barrette de huit tubes contenant les réactifs et la librairie ExAmp dans le flux de travail
HiSeq X est chargée dans la position Templates
(Modèles).
Ajout du nom de la formule utilisée avec une Flow Cell rapide et de la trousse de chargement d’échantillon double rapide TruSeq aux formules cBot et aux types de
Flow Cell.
Correction de la fréquence du lavage de maintenance mensuel dans le cadre de la maintenance périodique.
Correction du titre des documents contenus dans
Ressources supplémentaires.
Mise à jour de l’URL pour les fiches signalétiques (SDS) : support.illumina.com/sds.html.
Passage à la version 2.0 du logiciel cBot, qui permet l’utilisation des trousses HiSeq v4 et HiSeq X.
Ajout des renseignements de flux de travail relatifs à l’usage des Flow Cells HiSeq v4 et HiSeq X.
Suppression de la procédure de dénaturation des librairies et de préparation d’un contrôle PhiX.
Consultez Dénaturation et dilution de librairies pour HiSeq
et GAIIx (référence 15050107).
Suppression des instructions de préparation des réactifs.
Pour les instructions de préparation des réactifs, notamment pour des renseignements sur les primers de séquençage, consultez les documents relatifs à la trousse.
Suppression des renseignements sur l’installation et la préparation du site. Consultez le Guide d’installation et de
préparation du site cBot (référence 15053710).
Ajout de renseignements sur l’hybridation de modèle sur une Flow Cell rapide TruSeq.
Ajout d’exigences relatives aux primers de séquençage pour les librairies à index double TruSeq HT.
Mise à jour des renseignements de séquençage de librairies à index double.
Ajout des procédures suivantes :
• Instructions de préparation de réactifs, y compris les instructions de préparation du HP10
• Procédure de réhybridation du primer
Ajout d’une nouvelle section intitulée Modifications de
séquençage à index double.
Mise à jour de la procédure de préparation du modèle d’ADN pour inclure les instructions relatives à des concentrations plus élevées et ajout d’une remarque sur une concentration élevée de NaOH.
Guide du système cBot
v
Document
Référence 15006165, rév. E
Référence 15006165, rév. D
Référence 15006165, rév. C
Référence 15006165, rév. B
Référence 15006165, rév. A
Date
Avril 2011
Octobre 2010
Mai 2010
Mars 2010
Octobre 2009
Description des modifications
Mise à jour des descriptions du logiciel cBot v1.4.
Ajout des renseignements suivants :
• Trousse d’amplifiats TruSeq v3 et numéro de référence
• Description de l’angle sectionné donnant une indication visuelle de l’orientation lors du chargement de la Flow Cell HiSeq v3
• Nouvelle section intitulée Compatibilité des versions des
composants de l’analyse répertoriant les logiciels compatibles et les versions de formule de divers types de Flow Cell.
Mise à jour du stockage du modèle d’ADN recommandé à une concentration de 2 nM et ajustement du protocole de préparation d’ADN à l’aide d’un modèle de 2 nM.
Mise à jour des descriptions de logiciel pour la version cBot v1.3.
Ajout des renseignements suivants :
• Densités d’amplifiat recommandées prenant en compte la version du logiciel d’analyse
• Instructions de mise à niveau du logiciel
• Instructions de récupération d’une analyse
Mise à jour des descriptions de logiciel pour la version cBot v1.1.
Ajout de recommandation de stockage de Flow Cell.
Augmentation du volume du lavage à l’eau à 12 ml et au DECON à 10 ml.
Correction des instructions relatives à la centrifugeuse pour la décongélation de la plaque des réactifs.
Ajout des renseignements suivants :
• Instructions de chargement de la Flow Cell HiSeq et des modèles et primers associés
• Instructions d’installation de la plaque d’adaptateur
• Descriptions de trousses et numéros de référence des trousses de génération d’amplifiats HiSeq
• Instructions de réglage de l’heure et de la date locales dans l’onglet Time (Heure)
• Procédure de lavage de maintenance mensuel
Publication originale.
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Table des matières
Chapitre 1 Présentation
Chapitre 2 Premiers pas
Compatibilité des versions des composants de l’analyse
Consommables fournis par l’utilisateur
Chapitre 3 Préparation des réactifs
Chapitre 4 Génération d’amplifiats
Flux de travail de génération d’amplifiats
Effectuer un lavage avant analyse
Effectuer une vérification avant analyse
Décharger les composants de l’analyse
Réaliser un lavage après analyse
Confirmer la distribution des réactifs (facultatif)
Chapitre 5 Entretien
Réaliser la maintenance périodique
Réaliser un lavage de maintenance mensuel
Changer la plaque d’adaptateur
Annexe A Dépannage
Mettre en pause ou annuler une analyse
Résoudre le problème de l’échec de la vérification du flux
Résoudre les problèmes d’analyse
Réinitialiser le lecteur de codes à barres
Guide du système cBot
vii
Index
Assistance technique
viii
Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Chapitre 1 Présentation
Présentation
Guide du système cBot
1
Introduction
Le cBot utilise une amplification afin de créer simultanément des centaines de millions de modèles d’ADN à molécule unique.
Le logiciel cBot distribue les réactifs et contrôle les délais de réaction, les débits des flux et les températures. La configuration et l’utilisation se déroulent sur instrument à partir de l’interface logicielle du cBot à l’aide de l’écran tactile. Un lecteur de codes à barres sur instrument enregistre les réactifs et la Flow Cell utilisés pour chaque expérience.
Figure 1 cBot
Plusieurs trousses d’amplifiats peuvent être utilisées sur le cBot. Choisissez une trousse compatible avec l’instrument de séquençage et le type d’analyse de séquençage à effectuer.
Pour obtenir une liste des trousses disponibles, consultez la section
Consommables Illumina à la page 8 .
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Ressources supplémentaires
Les documents suivants sont disponibles en téléchargement sur le site Web d’Illumina.
Ressource
Guide de préparation du site du système cBot (document nº 15053710)
Brochure de sécurité et de conformité cBot (référence 15012615)
Guide de dénaturation et de dilution de librairies des systèmes HiSeq et
GAIIx (document nº 15050107)
Description
Fournit les spécifications électriques, environnementales et en matière d'espace de laboratoire, ainsi que les instructions de configuration de l’instrument.
Fournit des renseignements concernant l’étiquetage de l’instrument, les certifications de conformité et les questions de sécurité.
Fournit des instructions pour la dénaturation et la dilution de librairies préparées avant le séquençage ainsi que pour la préparation d’un contrôle PhiX. Cette étape s’applique à la plupart des types de librairies et des Flow Cells.
Consultez la page d’aide du système cBot sur le site Web d’Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions.
Guide du système cBot
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Composants cBot
Le cBot utilise des capteurs pour détecter la présence des composants de l’analyse et vous prévient si un composant est manquant ou installé incorrectement. La platine thermique et la platine des réactifs sont situées sous le couvercle du cBot. Pour des raisons de sécurité, le logiciel vous invite à fermer le couvercle avant de continuer l’analyse.
Figure 2 Composants cBot
A Platine thermique : la platine thermique contient la Flow Cell et contrôle sa température au cours de l’analyse.
B Platine des réactifs : la platine des réactifs contient la plaque des réactifs du cBot, les modèles de librairies et les primers de spécialité.
C Compartiment du flacon à déchets : le compartiment du flacon à déchets contient un flacon
à déchets contrôlé par détecteur qui recueille les réactifs utilisés.
D Lecteur de codes à barres : le lecteur de codes à barres enregistre l’identifiant unique de la plaque des réactifs et de la Flow Cell utilisés à chaque analyse.
E Interrupteur d’alimentation : met en marche l’instrument. Le bouton de démarrage, situé sur la gauche du compartiment du flacon à déchets, démarre le logiciel de l’instrument.
F Écran tactile : l’écran tactile permet de configurer une analyse sur instrument et d’obtenir un rapport visuel sur le processus de génération d’amplifiats.
Platine thermique
La platine thermique contient la Flow Cell ainsi que le collecteur placé au-dessus de la
Flow Cell. La pince de Flow Cell maintient la Flow Cell et le collecteur en place.
AVERTISSEMENT
Ne touchez jamais au bloc thermique en aluminium situé sur la platine thermique. Tout contact avec le réchauffeur pendant son fonctionnement peut provoquer des brûlures graves. Pour plus de renseignements sur la sécurité, consultez la Brochure de sécurité et de
conformité du cBot (référence 15012615).
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Figure 3 Platine thermique
A Pince de sortie
B Pince de Flow Cell
C Flow Cell et collecteur
D Platine thermique
E Peigne d’aspiration
Le collecteur est un composant à usage unique qui distribue les réactifs provenant de la plaque des réactifs à la Flow Cell. Les dispositifs d’aspiration du peigne percent les tubes de réactifs recouverts d’un opercule en aluminium qui se trouvent sur la plaque des réactifs. L’extrémité de sortie du collecteur transfère les déchets vers le conteneur à déchets.
La pince de sortie maintient l’extrémité de sortie du collecteur à sa place.
Plaques d’adaptateur de Flow Cell
Le cBot effectue une génération d’amplifiats sur des Flow Cells GAIIx et HiSeq. Lors du passage d’un type de Flow Cell à un autre, changez la plaque d’adaptateur sur la platine de Flow Cell. Pour plus de renseignements, reportez-vous à la section
.
Platine des réactifs
La platine des réactifs contient la plaque des réactifs cBot. La plaque des réactifs est maintenue en place par le levier de la plaque des réactifs. Deux supports de barrettes de huit tubes situés devant plaque des réactifs contiennent les modèles de librairies préparés ainsi que des primers supplémentaires.
Figure 4 Platine des réactifs cBot
A Plaque des réactifs cBot
B Levier de la plaque des réactifs
Guide du système cBot
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C Rangée du modèle
D Rangée du primer
Logiciel cBot
L’interface du logiciel cBot génère des invites destinées à configurer l’instrument et à surveiller la progression de la génération d’amplifiats. Au cours d’une analyse de génération d’amplifiats, les écrans suivants sont utilisés : écran Start (Démarrer), écrans
Run Setup (Configuration de l’analyse) et écran Run Status (État de l’analyse).
À l’aide de l’interface du logiciel, vous pouvez configurer les exigences d’entrée, les préférences de lavage, les notifications par courriel et la surveillance à distance.
Icônes d’état des capteurs
En bas de l’écran, les icônes d’état des capteurs indiquent si un composant est correctement installé et prêt pour l’analyse.
Icône Indication
Plaque d’adaptateur de Flow Cell GAIIx installée.
Plaque d’adaptateur de Flow Cell HiSeq installée.
Type de plaque d’adaptateur de Flow Cell inconnu.
Le couvercle de l’instrument est ouvert.
Le couvercle de l’instrument est fermé.
Le flacon à déchets est en place et prêt à l’emploi.
Le flacon à déchets est plein.
Le flacon à déchets est manquant.
Le réfrigérant circule et le niveau de réfrigérant est bon.
Avertissement : le réfrigérant circule, mais le niveau de réfrigérant est bas.
Erreur : le réfrigérant ne circule pas, mais le niveau de réfrigérant est bon.
Erreur : le réfrigérant ne circule pas et le niveau de réfrigérant est bas.
Le collecteur est chargé et le peigne d’aspiration est en place.
Le collecteur est manquant ou le peigne d’aspiration n’est pas en place.
Configuration
À l’aide de l’interface du logiciel, vous pouvez configurer les paramètres du système, les exigences d’entrée et les préférences de lavage. Via une connexion réseau, vous pouvez activer la surveillance à distance, les alertes par courriel et la prise en charge de LIMS.
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Vous pouvez modifier les paramètres de configuration au besoin, avant le début de chaque analyse.
Pour obtenir des instructions sur la configuration, consultez le Guide de configuration du
système cBot (document nº 1000000005301).
Guide du système cBot
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Consommables Illumina
Les réactifs cBot sont fournis dans une plaque des réactifs qui les charge directement sur l’instrument après décongélation. Les plaques des réactifs cBot sont fournies dans les trousses d’Illumina suivantes :
La description du contenu des trousses et les autres documents relatifs aux trousses sont disponibles sur la page d’assistance du cBot sur le site Web d’Illumina. Pour obtenir des instructions sur la préparation des réactifs, consultez la section
Préparation des réactifs à la page 19 .
Trousses d’amplifiats pour le HiSeq
Chaque trousse contient une Flow Cell HiSeq, un collecteur spécifique à celle-ci et les réactifs requis pour y générer des amplifiats dans le cBot.
Nom de la trousse
Trousse d’amplifiats à lecture unique HiSeq 3000/4000
Trousse d’amplifiats PE HiSeq 3000/4000
Trousse d’amplifiats à lecture unique HiSeq v4
Trousse d’amplifiats PE HiSeq v4
Trousse d’amplifiats à lecture unique TruSeq v3 – HS
Trousse d’amplifiats PE TruSeq v3 – HS
Trousse de chargement d’échantillon cBot double rapide
HiSeq
Trousse de chargement d’échantillon cBot double rapide
TruSeq
Nº de référence de la trousse
Nº de référence GD-410-1001
Nº de référence PE-410-1001
Nº de référence GD-401-4001
Nº de référence PE-401-4001
Nº de référence GD-401-3001
Nº de référence PE-401-3001
Nº de référence CT-403-2001
Nº de référence CT-402-4001
Trousses d’amplifiats pour le HiSeq X
Chaque trousse contient plusieurs Flow Cells HiSeq X, des collecteurs spécifiques à celles-ci et les réactifs requis pour générer des amplifiats sur chaque Flow Cell dans le cBot. Les trousses Single-pack contiennent des consommables pour la génération d’amplifiats sur deux Flow Cells et les trousses 10-pack contiennent des consommables pour la génération d’amplifiats sur 20 Flow Cells.
Nom de la trousse
Trousse de réactifs HiSeq X Ten v2.5
Trousse de réactifs HiSeq X Ten v2.5 (10-pack)
Trousse de réactifs HiSeq X Five v2.5
Trousse de réactifs HiSeq X Five v2.5 (10-pack)
Nº de référence de la trousse
Nº de référence FC-501-2501
Nº de référence FC-501-2521
Nº de référence FC-502-2501
Nº de référence FC-502-2102
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Trousses d’amplifiats pour le GAIIx
Chaque trousse contient une Flow Cell GA, un collecteur spécifique à celle-ci et les réactifs requis pour générer des amplifiats dans le cBot. Pour une description du contenu des trousses ainsi que des instructions de préparation des réactifs, consultez les documents relatifs à la trousse.
Nom de la trousse
Trousse d’amplifiats PE TruSeq v2 – GA (cBot)
Trousse d’amplifiats à lecture unique TruSeq v2 – GA
(cBot)
Nº de référence de la trousse
Nº de référence PE-300-2001
Nº de référence GD-300-2001
Trousses de réhybridation
Utilisez une trousse de réhybridation cBot pour effectuer une réhybridation du primer de la lecture 1 lors de la récupération d’une analyse ou après un stockage prolongé de la
Flow Cell.
Nom de la trousse
Trousse de réhybridation multiprimers HiSeq X cBot v2
Trousse de réhybridation multiprimers
HiSeq 3000/4000 cBot
Trousse de réhybridation multiprimers TruSeq cBot v2
Nº de référence
Nº de référence GD-305-2001
Nº de référence GD-310-1001
Nº de référence GD-304-2001
Pour plus de renseignements, consultez le guide de réhybridation pour votre Flow Cell :
}
HiSeq X : réhybridation du primer de la lecture 1 sur une Flow Cell HiSeq X (document
nº 15053711)
}
HiSeq 3000/4000 : réhybridation du primer de la lecture 1 sur une Flow Cell
HiSeq 3000/4000 (document nº 15058794)
} TruSeq v3 ou TruSeq v2 (GAIIx) : réhybridation du primer de la lecture 1 sur une Flow Cell
TruSeq v3 ou TruSeq v2 (document nº 15018149)
Primer de séquençage de la lecture 1 pour les librairies Nextera
Le primer de séquençage de la lecture 1 (HP6) fourni dans les trousses suivantes n’est pas compatible avec les librairies Nextera :
}
Trousse d’amplifiats TruSeq v3 – HS
} Trousse d’amplifiats TruSeq v2 – GA
Si vous séquencez des librairies Nextera, utilisez le primer de séquençage de la lecture 1
(HP10), quel que soit le type d’analyse que vous réalisez. Le primer HP10 est fourni dans la
TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box (boîte de primers de séquençage à index double
TruSeq).
Guide du système cBot
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Nom de la trousse
Boîte de primers de séquençage à index double TruSeq, lecture unique
Boîte de primers de séquençage à index double TruSeq, lecture appariée
Nº de référence
Nº de référence FC-121-1003
Nº de référence PE-121-1003
Toutes les autres trousses cBot comprennent le primer HP10, qui est compatible avec les librairies TruSeq et Nextera.
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Plaques des réactifs cBot
La configuration de la plaque des réactifs varie selon les types de trousse, notamment le nombre de rangées contenant des réactifs.
Chaque barrette de huit tubes porte une étiquette indiquant le nom du réactif suivi d’un numéro. Le numéro indique la rangée qu’occupe le réactif sur la plaque des réactifs. Si une barrette de huit tubes est délogée, utilisez le numéro de rangée inscrit sur l’étiquette pour remettre la barrette de tubes à la position appropriée.
Type de
Flow Cell
HiSeq X et
HiSeq 3000/4000
Description de la plaque des réactifs
Contient 12 rangées de huit puits chacune. Chaque réactif occupe une rangée complète de huit puits. Les rangées ne contiennent pas toutes des réactifs.
HiSeq à débit élevé
(HiSeq v4)
Contient huit rangées de barrettes de huit tubes recouverts d’un opercule en aluminium et remplis de réactifs de génération d’amplifiats. Les rangées 9 à 12 sont vides.
HiSeq à débit élevé
(TruSeq v3)
Contient 11 rangées de barrettes de huit tubes recouverts d’un opercule en aluminium et remplis de réactifs de génération d’amplifiats. La rangée 12 est vide.
HiSeq Rapid Contient trois rangées de barrettes de huit tubes recouverts d’un opercule en aluminium, avec des réactifs d’hybridation de modèle et de première extension. Les rangées 4 à 12 sont vides.
Guide du système cBot
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AVERTISSEMENT
À l’exception de la plaque des réactifs utilisée avec HiSeq Rapid, ces ensembles de réactifs contiennent du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Mettez au rebut les conteneurs et tout contenu inutilisé conformément aux normes de sécurité gouvernementales en
vigueur dans votre région. Pour plus de renseignements, consultez la fiche signalétique de cette trousse, mise à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html
.
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Chapitre 2 Premiers pas
Premiers pas
Compatibilité des versions des composants de l’analyse
Consommables fournis par l’utilisateur
Guide du système cBot
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Démarrer le cBot
A
Bouton de démarrage
B
Bouton d’alimentation
1 Mettez le bouton d’alimentation situé sur le côté droit de l’instrument en position ON
(Marche).
2 Appuyez sur le bouton de démarrage situé à gauche du compartiment du flacon à déchets pour démarrer le logiciel.
Une fois la routine de démarrage terminée, l’écran Start (Démarrer) s’ouvre.
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Compatibilité des versions des composants de l’analyse
Pour des performances et des résultats optimaux, utilisez toujours des versions compatibles du logiciel et des trousses cBot.
Version de la trousse
Trousse d’amplifiats
HiSeq 3000/4000
Version de la formule
Formules version 1.0
Version du logiciel
cBot v3.0.46 ou ultérieure
(trousse à lecture unique) cBot v2.0.34 ou ultérieure
(trousse PE) cBot v2.0.29 ou ultérieure Trousse de réactifs
HiSeq X Ten v2.5
Trousse de réactifs
HiSeq X Five v2.5
Trousse d’amplifiats HiSeq v4
Trousse de chargement d’échantillon cBot double rapide HiSeq
Trousse de chargement d’échantillon cBot double rapide TruSeq
Boîte de primers de séquençage
à index double TruSeq
Formules version 2.0
Formules version 2.0
Formules version 9.0
Formules version R
Formules version R
Formules version 8.0
(HiSeq)
Formules version 7.0 (GA)
Formules version 8.0
Trousse d’amplifiats
TruSeq v3 – HS
Trousse d’amplifiats
TruSeq v2 – GA
Formules version 7.0
cBot v2.0.29 ou ultérieure cBot v2.0.16 ou ultérieure cBot v1.5 ou ultérieure cBot v1.5 ou ultérieure cBot v1.4.36 ou ultérieure cBot v1.4 ou ultérieure cBot v1.3 ou ultérieure
Types de Flow Cell et de formules cBot
Flow Cell
Flow Cell HiSeq 3000/4000 modélisée
Flow Cell HiSeq X Ten v2.5 modélisée
Flow Cell HiSeq X Five v2.5 modélisée
Flow Cell HiSeq v4
Nom de la formule principale
HiSeq_3000_4000_SR_HD_Exclusion_Amp_v1.0
HiSeq_3000_4000_HD_Exclusion_Amp_v1.0
HiSeq_X_HD_Exclusion_Amp_v2.0
HiSeq_X_HD_Exclusion_Amp_v2.0
SR_HiSeq_Cluster_Kit_v4_cBot_recipe_v9.0
PE_HiSeq_Cluster_Kit_v4_cBot_recipe_v9.0
Guide du système cBot
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Flow Cell
Flow Cell TruSeq v3
Flow Cell HiSeq Rapid v2
Flow Cell TruSeq Rapid
Flow Cell GAIIx v2
Nom de la formule principale
SR_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v8.0
PE_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v8.0
SR_Amp_Lin_Block_Hyb_v8.0
PE_Amp_Lin_Block_Hyb_v8.0
RR_TemplateHyb_FirstExt_vR¹
RR_TemplateHyb_FirstExt_vR¹
SR_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v7.0²
PE_Amp_Lin_Block_TubeStripHyb_v7.0²
SR_Amp_Lin_Block_Hyb_v7.0²
PE_Amp_Lin_Block_Hyb_v7.0²
¹ Uniquement utilisé avec les trousses Rapid Duo.
² Pour obtenir les formules v7, accédez à C:\Illumina\cBot\bin\Recipes\Hidden sur le disque de l’instrument. Copiez les formules sur C:\Illumina\cBot\bin\Recipes .
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Consommables fournis par l’utilisateur
Les consommables fournis par l’utilisateur suivants sont utilisés pour la préparation des réactifs de génération d’amplifiats fournis dans les trousses HiSeq X et HiSeq 3000/4000.
Les trousses HiSeq X et HiSeq 3000/4000 nécessitent une étape de dénaturation avant la génération d’amplifiats sur le cBot. Lorsque l’on utilise ces trousses, la dénaturation des librairies se fait dans la barrette de huit tubes avant l’ajout du mélange réactif ExAmp.
Composant
1 N NaOH
Tris-HCl 200 mM, pH 8,0
Eau de laboratoire
Barrettes de huit tubes, 0,2 ml
Barrette de huit bouchons, plat
Tube microcentrifuge de 1,5 ml
Fournisseur
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Millipore ou fournisseur de laboratoire général
Fisher Scientific, nº de référence AB-0264
Fisher Scientific, nº de référence AB-0784
VWR, nº de référence
20170-038*
Utilisation
À utiliser pour la dénaturation de librairies.
À utiliser pour la dénaturation de librairies après la dilution au NaOH 0,1 N.
À utiliser pour la dénaturation de librairies.
À utiliser pour la réaction ExAmp et le mélange de librairies sur le cBot.
À utiliser pour boucher les barrettes de huit tubes lorsqu’elles ne sont pas chargées sur le cBot.
À utiliser pour la préparation du mélange principal de la réaction ExAmp.
*ou équivalent
Guide du système cBot
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Chapitre 3 Préparation des réactifs
Préparation des réactifs
Guide du système cBot
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Introduction
Les instructions de préparation des réactifs dépendent de la trousse de réactifs que vous utilisez. Les instructions portent sur les Flow Cell HiSeq X, HiSeq 3000/4000, HiSeq à débit
élevé et HiSeq rapide; elles sont organisées par type. Pour obtenir des instructions sur la préparation des réactifs pour une Flow Cell GAIIx, consultez le guide de votre trousse d’amplifiats :
}
Guide de préparation des réactifs de la trousse d’amplifiats PE TruSeq v2 (référence 15019437)
}
Guide de préparation des réactifs de la trousse d’amplifiats SR TruSeq v2 (référence 15019436)
Après avoir préparé les réactifs de génération d’amplifiats, vous êtes prêt à les charger sur le cBot lorsque le logiciel vous y invite.
Meilleures pratiques
}
Portez une paire de gants neuve lors de la préparation des réactifs de génération d’amplifiats.
} Ne retirez pas le couvercle de protection en plastique transparent de la plaque des réactifs tant que vous n'êtes pas prêt à charger les réactifs sur le cBot. Veillez à ne jamais perforer les opercules en aluminium.
}
Tenez les plaques de réactifs contenant des barrettes de huit tubes par la base de la plaque, afin d’éviter de déloger les tubes de réactifs. Vérifiez que les tubes sont bien en place dans la plaque des réactifs avant d'avoir mélangé les réactifs par agitateur vortex ou retourné la plaque des réactifs et après ces actions. Des tubes mobiles peuvent endommager le collecteur du cBot.
}
Pour la génération d’amplifiats sur une Flow Cell HiSeq X ou HiSeq 3000/4000, préparez toujours du NaOH nouvellement dilué pour dénaturer les librairies. Cette
étape est essentielle pour le processus de dénaturation. Pour éviter les petites erreurs de pipetage, préparez au moins 1 ml de NaOH 0,1 N nouvellement dilué.
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Flow Cell HiSeq X
Préparez la Flow Cell modélisée HiSeq X, puis les réactifs de génération d’amplifiats. Pour préparer des réactifs de génération d’amplifiats, décongelez la plaque des réactifs cBot et préparez le mélange principal ExAmp.
Si vous utilisez la trousse 10-pack, préparez quatre Flow Cell et décongelez quatre plaques des réactifs cBot. Veillez à ce que quatre instruments cBot soient disponibles. Les réactifs ne peuvent pas être stockés après la préparation.
À propos des réactifs
}
Les réactifs ExAmp sont visqueux, en particulier EPX2 et EPX3. Aspirez et distribuez les réactifs lentement pour assurer la précision du pipetage.
} Le réactif EPX3 ne bouge pas lorsqu’il est inversé en raison de sa viscosité.
} N’agitez jamais les réactifs ExAmp et évitez de les recongeler après les avoir décongelés.
}
Le mélange principal ExAmp peut être trouble, ce qui est normal. Si la solution se sépare en une partie trouble et une partie transparente, pipettez-la lentement pour la mélanger.
Préparer la Flow Cell
1 Sortez un nouvel emballage de Flow Cell de son lieu de stockage entre 2 et 8 °C.
2 Laissez l’emballage de la Flow Cell à température ambiante pendant au moins
30 minutes.
REMARQUE
Si l’emballage en papier aluminium est intact, la Flow Cell peut rester à température ambiante durant 12 heures. Vous pouvez remettre la Flow Cell emballée au stockage à
2 à 8 °C pour une utilisation ultérieure une seule fois. Évitez les modifications de température répétées de la Flow Cell.
3 Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc.
4 Retirez l’emballage en aluminium en partant de l’extrémité, à l’aide de l’opercule angulaire. Utilisez la Flow Cell jusqu’à quatre heures après ouverture de l’emballage en aluminium.
Figure 5 Ouverture de l’emballage de la Flow Cell
5 Sortez l’emballage double coque de son emballage en aluminium.
Guide du système cBot
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Figure 6 Retrait de l’emballage en aluminium
6 Ouvrez l’emballage double coque et sortez la Flow Cell.
Figure 7 Retrait de la Flow Cell de l’emballage double coque
7 Nettoyez la Flow Cell avec un chiffon non pelucheux imbibé d’alcool. Séchez à l’aide d’un tissu non pelucheux.
8 Préservez à température ambiante.
Décongeler la plaque des réactifs cBot
1 Retirez la plaque des réactifs cBot du lieu de stockage à une température entre -25 et
-15 °C.
2 Décongelez dans un bain d’eau à température ambiante (environ 60 minutes).
Décongeler les réactifs EPX1, EPX2, EPX3 et RSB
1 Retirez un tube de chacun des réactifs suivants de leur lieu de stockage où la température se situe entre -25 et -15 °C.
}
Trousse single-pack : EPX1, EPX2, EPX3 et RSB. Chaque tube contient suffisamment de réactifs pour une Flow Cell.
}
Trousse 10-pack : EPX1M, EPX2M, EPX3M et RSB. Chaque tube contient suffisamment de réactifs pour quatre Flow Cell.
2 Décongelez à température ambiante pendant dix minutes.
3 Préservez sur la glace.
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Préparer une nouvelle dilution de NaOH
1 Mélangez les volumes suivants dans un tube de microcentrifuge pour préparer 1 ml de
NaOH 0,1 N :
}
Eau de laboratoire (900 µl)
}
Stockez 1 N NaOH (100 µl)
2 Inversez pour mélanger.
Dénaturer des librairies et ajouter un contrôle PhiX facultatif
La concentration de chargement d’une librairie dépend de la librairie à séquencer. Les instructions suivantes s’appliquent aux librairies d’ADN Nano TruSeq (350 bp) ou d’ADN sans PCR TruSeq (350 bp). Diluez à une concentration appropriée pour le type de librairie.
}
Une concentration de chargement d’ADN trop élevée entraîne une réduction du %PF.
}
Une trop faible concentration de chargement d’ADN entraîne une réduction du %PF ainsi qu’un pourcentage élevé de doublons qui affecte négativement la profondeur de couverture.
Répétez les instructions suivantes pour chaque Flow Cell à séquencer.
1 Diluez la librairie ou le groupement de librairies à la concentration appropriée :
}
Librairies d’ADN Nano TruSeq : diluez 2 à 3 nM dans le RSB.
} Librairies d’ADN sans PCR TruSeq : diluez en une solution de 1 à 2 nM dans le
RSB.
2 [Facultatif] Préparez des librairies non dénaturées en y ajoutant une substance de contrôle PhiX d’Illumina non dénaturée dans un rapport de 1 % :
}
Librairies d’ADN Nano TruSeq : ajoutez 0,5 µl de contrôle PhiX à 2 à 3 nM à 50 µl d’une librairie à 2 à 3 nM.
}
Librairies d’ADN sans PCR TruSeq : ajoutez 0,5 µl de contrôle PhiX à 1 à 2 nM à
50 µl d’une librairie à 1 à 2 nM.
3 Étiquetez les tubes d’une barrette de huit tubes de 1 à 8.
4 Dénaturez la librairie dans la barrette de huit tubes comme suit : a Ajoutez 5 µl de librairie non dénaturée au fond de chaque puits.
b Ajoutez 5 µl de NaOH 0,1 N nouvellement dilué. Pipettez lentement pour mélanger.
c Incubez à température ambiante pendant 8 minutes.
d Ajoutez 5 µl de Tris-HCl 200 mM pH 8,0. Pipettez lentement pour mélanger.
5 Réservez sur la glace jusqu’à ce que vous soyez prêt à ajouter le mélange principal
ExAmp.
ATTENTION
Préparez et ajoutez le mélange principal ExAmp dans un délai de 30 minutes.
Préparer la plaque des réactifs cBot
1 Inversez pour mélanger.
2 Agitez pour déloger les éventuelles bulles d’air piégées.
Guide du système cBot
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3 Tapotez la plaque des réactifs sur une surface dure pour recueillir les éventuelles gouttelettes de réactif. Vous pouvez également passer les tubes à la centrifugeuse à impulsions.
4 Préservez sur la glace.
Préparer la réaction ExAmp
Préparez le mélange principal de la réaction ExAmp immédiatement avant utilisation.
Suivez les instructions appropriées pour le nombre de Flow Cell que vous préparez.
Réaction ExAmp pour une Flow Cell (trousse Single-pack)
1 Inversez les réactifs EPX1 et EPX2 pour les mélanger.
2 Centrifugez brièvement les réactifs EPX1, EPX2 et EPX3.
3 Préparez le mélange principal ExAmp dans un tube de 1,5 ml comme suit.
a Ajoutez 210 µl du réactif EPX1.
b Ajoutez 30 µl du réactif EPX2. Pipettez lentement pour mélanger.
c Ajoutez 110 µl du réactif EPX3. Pipettez lentement pour mélanger. Assurez-vous que le fond du tube est exempt de bulles.
4 Ajoutez 35 µl du mélange principal au fond de chaque puits de la barrette de huit tubes. Pipettez lentement pour mélanger. Changez les extrémités entre les échantillons.
5 Centrifugez brièvement, puis réservez sur la glace jusqu’à ce que vous soyez prêt à charger le cBot.
ATTENTION
Vous avez 15 minutes pour charger la barrette de huit tubes sur le cBot.
Réaction ExAmp pour quatre Flow Cells (trousse 10-pack)
1 Inversez les réactifs EPX1M et EPX2M pour les mélanger.
2 Centrifugez brièvement les réactifs EPX1M, EPX2M et EPX3M.
3 Ajoutez les volumes suivants dans un tube de 1,5 ml dans l’ordre indiqué : a Ajoutez 756 µl du réactif EPX1M.
b Ajoutez 108 µl du réactif EPX2M. Pipettez lentement pour mélanger.
c Ajoutez 396 µl du réactif EPX3M. Pipettez lentement pour mélanger. Assurez-vous que le fond du tube est exempt de bulles.
4 Ajoutez 35 µl du mélange principal au fond de chaque puits des barrettes de huit tubes. Pipettez lentement pour mélanger. Changez les extrémités entre les
échantillons.
5 Centrifugez brièvement la barrette de huit tubes, puis réservez-la sur la glace jusqu’à ce que vous soyez prêt à charger le cBot.
ATTENTION
Chargez le mélange principal ExAmp et la solution de librairie sur le cBot dans un délai de 15 minutes.
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Flow Cell HiSeq 3000/4000
Préparez la Flow Cell modélisée HiSeq 3000/4000, puis les réactifs de génération d’amplifiats. Pour préparer les réactifs de génération d’amplifiats, décongelez la plaque des réactifs cBot et préparez le mélange réactif principal ExAmp.
À propos des réactifs
} Les réactifs ExAmp sont visqueux, en particulier EPX2 et EPX3. Aspirez et distribuez les réactifs lentement pour assurer la précision du pipetage.
}
Le réactif EPX3 ne bouge pas lorsqu’il est inversé en raison de sa viscosité.
}
N’agitez jamais les réactifs ExAmp et évitez de les recongeler après les avoir décongelés.
} Le mélange principal ExAmp peut être trouble, ce qui est normal. Si la solution se sépare en une partie trouble et une partie transparente, pipettez-la lentement pour la mélanger.
Préparer la Flow Cell
1 Sortez un nouvel emballage de Flow Cell de son lieu de stockage entre 2 et 8 °C.
2 Laissez l’emballage de la Flow Cell à température ambiante pendant au moins
30 minutes.
REMARQUE
Si l’emballage en papier aluminium est intact, la Flow Cell peut rester à température ambiante durant 12 heures. Vous pouvez remettre la Flow Cell emballée au stockage à
2 à 8 °C pour une utilisation ultérieure une seule fois. Évitez les modifications de température répétées de la Flow Cell.
3 Enfilez une nouvelle paire de gants sans talc.
4 Retirez l’emballage en aluminium en partant de l’extrémité, à l’aide de l’opercule angulaire. Utilisez la Flow Cell jusqu’à quatre heures après ouverture de l’emballage en aluminium.
Figure 8 Ouverture de l’emballage de la Flow Cell
5 Sortez l’emballage double coque de son emballage en aluminium.
Guide du système cBot
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Figure 9 Retrait de l’emballage en aluminium
6 Ouvrez l’emballage double coque et sortez la Flow Cell.
Figure 10 Retrait de la Flow Cell de l’emballage double coque
7 Nettoyez la Flow Cell avec un chiffon non pelucheux imbibé d’alcool. Séchez à l’aide d’un tissu non pelucheux.
8 Préservez à température ambiante.
Décongeler la plaque des réactifs cBot
1 Retirez la plaque des réactifs cBot du lieu de stockage à une température entre -25 et
-15 °C.
2 Placez la plaque des réactifs dans un bain dʼeau à température ambiante pendant
60 minutes.
Décongeler les réactifs EPX1, EPX2, EPX3 et RSB
1 Retirez les réactifs EPX1, EPX2, EPX3 et RSB du lieu de stockage où la température se situe entre -25 et -15 °C.
2 Décongelez à température ambiante pendant dix minutes.
3 Préservez sur la glace.
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Préparer une nouvelle dilution de NaOH
1 Mélangez les volumes suivants dans un tube de microcentrifuge pour préparer 1 ml de
NaOH 0,1 N :
}
Eau de laboratoire (900 µl)
}
Stockez 1 N NaOH (100 µl)
2 Inversez pour mélanger.
Dénaturer des librairies et ajouter un contrôle PhiX facultatif
La concentration de chargement d’une librairie dépend de la librairie à séquencer. Les instructions suivantes s’appliquent aux librairies d’Illumina prises en charge et sousentendent une taille d’insert type pour le type de librairie associé. Assurez-vous de diluer à une concentration appropriée pour le type de librairie.
}
Une concentration de chargement d’ADN trop élevée entraîne une réduction du %PF.
}
Une trop faible concentration de chargement d’ADN entraîne une réduction du %PF ainsi qu’un pourcentage élevé de doublons qui affecte négativement la profondeur de couverture.
1 Diluez la librairie ou le groupement de librairies à la concentration appropriée.
Type de librairie
ADN sans PCR TruSeq
ADN Nano TruSeq
Nextera Rapid Capture Exome
ARN total à brins TruSeq
ARNm à brins TruSeq
Dilution
Diluez à 1 à 2 nM dans le RSB.
Diluez à 2 à 3 nM dans le RSB.
2 [Facultatif] Préparez des librairies non dénaturées en y ajoutant une substance de contrôle PhiX d’Illumina non dénaturée dans un rapport de 1 %.
Type de librairie
ADN sans PCR TruSeq
ADN Nano TruSeq
Nextera Rapid Capture Exome
ARN total à brins TruSeq
ARNm à brins TruSeq
Substance de contrôle
Ajoutez 5 µl de contrôle PhiX de 100 à 200 pM à 45 µl d’une librairie de 1 à 2 nM.
Ajoutez 5 µl de contrôle PhiX de 200 à 300 pM à 45 µl d’une librairie de 2 à 3 nM.
3 Étiquetez une barrette de huit tubes de 1 à 8.
4 Dénaturez la librairie dans la barrette de huit tubes comme suit : a Ajoutez 5 µl de librairie non dénaturée au fond de chaque puits.
b Ajoutez 5 µl de NaOH 0,1 N nouvellement dilué. Pipettez lentement pour mélanger.
c Incubez à température ambiante pendant 8 minutes.
d Ajoutez 5 µl de Tris-HCl 200 mM pH 8,0. Pipettez lentement pour mélanger.
5 Réservez sur la glace jusqu’à ce que vous soyez prêt à ajouter le mélange principal
ExAmp.
ATTENTION
Préparez et ajoutez le mélange principal ExAmp dans un délai de 30 minutes.
Guide du système cBot
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Préparer la plaque des réactifs cBot
1 Inversez pour mélanger.
2 Agitez pour déloger les éventuelles bulles d’air piégées.
3 Tapotez la plaque des réactifs sur une surface dure pour recueillir les éventuelles gouttelettes de réactif. Vous pouvez également passer les tubes à la centrifugeuse à impulsions.
4 Préservez sur la glace.
Préparer la réaction ExAmp
Préparez le mélange réactif principal ExAmp juste avant son utilisation.
1 Inversez les réactifs EPX1 et EPX2 pour les mélanger.
2 Centrifugez brièvement les réactifs EPX1, EPX2 et EPX3.
3 Préparez le mélange principal ExAmp dans un tube de 1,5 ml comme suit.
a Ajoutez 210 µl du réactif EPX1.
b Ajoutez 30 µl du réactif EPX2. Pipettez lentement pour mélanger.
c Ajoutez 110 µl du réactif EPX3. Pipettez lentement pour mélanger. Assurez-vous que le fond du tube est exempt de bulles.
4 Ajoutez 35 µl du mélange principal au fond de chaque puits de la barrette de huit tubes. Pipettez lentement pour mélanger. Changez les extrémités entre les échantillons.
5 Bouchez les tubes et centrifugez-les brièvement.
6 Réservez sur la glace jusqu’à ce que vous soyez prêt à charger le cBot.
ATTENTION
Vous avez 15 minutes pour charger la barrette de huit tubes sur le cBot.
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Document nº 15006165 v02 FRA
Flow Cell HiSeq à débit élevé
Pour préparer les réactifs, décongelez et inspectez la plaque des réactifs. Environ
60 minutes sont nécessaires pour décongeler la plaque des réactifs dans un bain d’eau à température ambiante. Vous pouvez également décongeler les réactifs entre 2 et 8 °C pendant une nuit entière, sans dépasser 16 heures.
À propos des réactifs
} Lorsque vous agitez ou retournez la plaque des réactifs cBot, gardez une main sur le dessus des tubes.
Décongeler la plaque des réactifs cBot
1 Retirez la plaque des réactifs cBot du lieu de stockage à une température entre -25 et
-15 °C.
2 Veillez à ce que les barrettes de tubes soient bien installées dans la plaque.
3 Décongelez dans un bain d’eau à température ambiante (environ 60 minutes).
Préparer la plaque des réactifs cBot
1 Retournez la plaque cBot pour mélanger les réactifs.
2 Agitez pour déloger les éventuelles bulles d’air piégées.
3 Tapotez la plaque des réactifs sur une surface dure pour recueillir les éventuelles gouttelettes de réactif au fond des tubes. Vous pouvez également passer les tubes à la centrifugeuse à impulsions.
4 Assurez-vous que les tubes ne contiennent pas de bulles d’air, qu’ils sont bien en place et qu’ils sont alignés conformément à leur numérotation.
5 Procédez immédiatement à la configuration du cBot.
6 Si vous effectuez le séquençage des librairies Nextera sur une Flow Cell TruSeq v3, passez à la section
avant de configurer le cBot.
Préparer le HP10 (TruSeq v3)
Préparez le HP10 à utiliser sur le cBot uniquement lors de l’utilisation de librairies Nextera sur une Flow Cell TruSeq v3. Le HP10 est également compatible avec d’autres types de librairies d’Illumina.
1 Retirez le primer HP10 de son lieu de stockage entre -25 et -15 °C.
2 Décongelez-le dans un bécher contenant de l’eau désionisée à température ambiante pendant 20 minutes.
3 Ajoutez 150 µl de HP10 dans chacun des tubes d’une barrette de huit tubes.
4 Préservez sur la glace.
5 Procédez immédiatement à la configuration du cBot.
Guide du système cBot
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Flow Cell HiSeq Rapid
Pour préparer les réactifs, décongelez et inspectez la plaque des réactifs. Environ
30 minutes sont nécessaires pour décongeler la plaque des réactifs dans un bain d’eau à température ambiante. Vous pouvez également décongeler les réactifs entre 2 et 8 °C pendant une nuit entière, sans dépasser 16 heures.
À propos des réactifs
} Lorsque vous agitez ou retournez la plaque des réactifs cBot, gardez une main sur le dessus des tubes.
Décongeler la plaque des réactifs cBot
1 Retirez la plaque des réactifs cBot du lieu de stockage à une température entre -25 et
-15 °C.
2 Veillez à ce que les barrettes de tubes soient bien installées dans la plaque.
3 Décongelez dans un bain d’eau à température ambiante (environ 60 minutes).
Préparer la plaque des réactifs cBot
1 Retournez la plaque cBot pour mélanger les réactifs.
2 Agitez pour déloger les éventuelles bulles d’air piégées.
3 Tapotez la plaque des réactifs sur une surface dure pour recueillir les éventuelles gouttelettes de réactif au fond des tubes. Vous pouvez également passer les tubes à la centrifugeuse à impulsions.
4 Examinez la plaque pour vous assurer que les tubes ne contiennent pas de bulles d’air, qu’ils sont bien en place et qu’ils sont alignés conformément au numéro indiqué sur l’étiquette.
5 Procédez immédiatement à la configuration du cBot.
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Chapitre 4 Génération d’amplifiats
Génération d’amplifiats
Flux de travail de génération d’amplifiats
Effectuer un lavage avant analyse
Effectuer une vérification avant analyse
Décharger les composants de l’analyse
Réaliser un lavage après analyse
Confirmer la distribution des réactifs (facultatif)
Guide du système cBot
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Introduction
Toutes les étapes de génération d’amplifiats sont effectuées sur le cBot, à l’exception de la préparation de librairies pour le séquençage et de la préparation de la plaque des réactifs du cBot. La génération d’amplifiats pour une Flow Cell rapide consiste simplement en l’hybridation et en la première extension du modèle. Les étapes restantes sont effectuées sur l’appareil de séquençage.
La configuration du cBot pour la génération d’amplifiats comprend les étapes de sélection d’un protocole et de chargement des consommables. Numérisez la donnée d’entrée obligatoire comme l’identifiant de réactif et celui de la Flow Cell en utilisant le lecteur de codes à barres, ou sélectionnez l’icône du clavier et saisissez l’identifiant manuellement. La saisie manuelle et l’entrée effectuées par le système sont affichées sur l’écran.
Préparation de la librairie
Avant de configurer le cBot pour la génération d’amplifiats, préparez les librairies pour le séquençage. La procédure diffère selon le type de librairie et le type de Flow Cell.
}
La plupart des librairies sur les Flow Cell TruSeq et HiSeq nécessitent une étape de dénaturation et de dilution. Pour plus de renseignements, consultez le Guide de
dénaturation et de dilution de librairies des systèmes HiSeq et GAIIx (document nº 15050107).
} Le protocole de dénaturation diffère pour les Flow Cell modélisées HiSeq X et
HiSeq 3000/4000. Dénaturez les librairies à utiliser avec ces types de Flow Cell
uniquement comme décrit dans les instructions de préparation des réactifs pour votre type de Flow Cell. Pour de plus amples renseignements, consultez la section
32
Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Flux de travail de génération d’amplifiats
Préparez la plaque des réactifs et la Flow Cell. Consultez la section
Préparation des réactifs à la page 19
.
Préparez des librairies pour le séquençage et chargez les librairies dans une barrette de huit tubes.
Réalisez un lavage avant analyse.
Sélectionnez un protocole, numérisez et chargez les consommables, puis chargez les barrettes de tubes contenant les librairies préparées.
Sélectionnez Pre-Run Check (Vérification avant analyse) pour lancer la vérification avant analyse automatisée.
Sélectionnez Start (Démarrer). Surveillez la progression de l’analyse sur l’écran Run Status (État de l’analyse).
Déchargez les composants de l’analyse et vérifiez la distribution des réactifs.
Effectuez un lavage après analyse.
Guide du système cBot
33
Effectuer un lavage avant analyse
Il est recommandé d’effectuer un lavage avant de générer des amplifiats sur le cBot.
1 Sélectionnez User Name (Nom d’utilisateur).
2 À l’aide du clavier à l’écran, tapez votre nom puis appuyez sur la touche Enter
(Entrée).
3 Sélectionnez Start (Démarrer).
4 Si la case Manifold removed (Collecteur retiré) n’est pas cochée sur l’écran Wash
(Lavage), retirez le collecteur.
5 Soulevez le couvercle de l’instrument par son coin supérieur droit.
6 Mettez environ 12 ml d’eau désionisée dans le réservoir de lavage.
7 Fermez le couvercle de l’instrument.
8 Cochez la case Reservoir filled with water (Réservoir rempli d’eau).
9 Sélectionnez Wash (Laver).
10 Lorsque le lavage est terminé, épongez tout excès d’eau dans le réservoir de lavage avec un tissu non pelucheux.
Figure 11 Sécher le réservoir de lavage
11 Cochez la case Wash reservoir dry (Sécher le réservoir de lavage).
12 Sélectionnez Next (Suivant).
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Ressource nº 20004794
Document nº 15006165 v02 FRA
Sélectionner un protocole
1 Sélectionnez Experiment Name (Nom de l’expérience).
2 À l’aide du clavier à l’écran, tapez le nom de votre expérience, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée).
3 Sélectionnez la formule qui convient à votre expérience dans la liste des protocoles.
Faites défiler la liste pour voir tous les protocoles disponibles.
4 Sélectionnez Next (Suivant).
Guide du système cBot
35
Charger des consommables
Le logiciel vous guide à travers les étapes de chargement de la plaque des réactifs du cBot, de la Flow Cell, du collecteur du cBot et des barrettes de huit tubes contenant les librairies préparées. Selon le protocole de génération d’amplifiats que vous avez choisi, le logiciel peut vous inviter à charger une barrette de huit tubes contenant des primers supplémentaires.
Charger la plaque des réactifs
1 Retirez le couvercle en plastique transparent de la plaque des réactifs cBot.
2 Sélectionnez Scan Reagent ID (Numériser l’identifiant de réactif) pour activer le lecteur de codes à barres.
3 Soulevez le couvercle de l’instrument par son coin supérieur droit.
4 [Pour les réactifs de TruSeq v3 et TruSeq v2] Retirez l’opercule en aluminium rouge : a Maintenez chaque extrémité de la barrette de tubes de la rangée 10 et retirez l’opercule en aluminium rouge de la barrette de huit tubes. Éliminez l’opercule comme il convient.
b Cochez la case à l’écran pour indiquer que l’opercule a été retiré.
5 Tirez le levier de la plaque des réactifs vers vous et disposez la plaque des réactifs sur la platine des réactifs :
}
Toutes les plaques de réactifs à l’exception des plaques HiSeq X et
HiSeq 3000/4000 : disposez la plaque de sorte que la rangée 1 se trouve directement derrière les supports des barrettes de tubes. Le coin biseauté de la plaque est positionné dans le coin avant droit.
}
Plaques de réactifs HiSeq X et HiSeq 3000/4000 : disposez la plaque de sorte que l’étiquette code à barres soit orientée vers l’arrière de l’instrument. Les coins biseautés de la plaque sont positionnés directement derrière les supports des barrettes de tubes.
Figure 12 Positionner la plaque des réactifs
6 Libérez le levier pour fixer la plaque des réactifs.
7 Cochez la case à l’écran pour indiquer que la plaque des réactifs est chargée, puis sélectionnez Next (Suivant).
Charger la Flow Cell
1 Soulevez la pince de Flow Cell.
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2 Lavez la plaque d’adaptateur de la platine thermique avec une petite quantité d’eau désionisée et séchez-la à l’aide d’un tissu nettoyant non pelucheux.
3 Retirez la Flow Cell de son lieu de stockage :
} Toutes les Flow Cell, sauf HiSeq X et HiSeq 3000/4000 : retirez la Flow Cell du tube de stockage à l’aide d’une pince en plastique. Rincez la Flow Cell avec de l’eau désionisée et séchez-la doucement avec un chiffon pour nettoyage de lentilles.
Réservez le tube et le tampon pour un stockage ultérieur.
}
Flow Cell HiSeq X et HiSeq 3000/4000 : la Flow Cell modélisée est prête à l’emploi après préparation de la Flow Cell.
4 Sélectionnez Scan Flow Cell ID (Numériser l’identifiant de la Flow Cell) pour activer le lecteur de codes à barres.
5 Pour numériser l’identifiant de la Flow Cell, maintenez le tube ou l’emballage étiquetés de la Flow Cell à proximité du plateau du lecteur, le code à barres orienté vers l’instrument.
6 Positionnez la Flow Cell sur la platine thermique, les orifices du port de la Flow Cell vers le haut.
}
Flow Cell HiSeq et HiSeq X : la ligne 1 se situe du côté droit, près de l’angle sectionné.
}
Flow Cell GAIIx : la ligne 8 se situe du côté droit avec l’identifiant du code à barres.
7 Cochez la case pour indiquer que la Flow Cell est chargée, puis sélectionnez Next
(Suivant).
Charger le collecteur
Utilisez le collecteur fourni dans la même trousse d’amplifiats que la Flow Cell.
1 Inspectez les dispositifs d’aspiration du peigne d’aspiration pour déceler la présence de dommages. Assurez-vous que les joints en caoutchouc noir sont fixés uniformément.
2 Positionnez le collecteur au-dessus de la Flow Cell, le peigne d’aspiration orienté vers l’avant du cBot.
3 Alignez le collecteur et les broches de guidage sur la platine thermique, puis installez le collecteur sur la Flow Cell. Installez-le de manière uniforme pour que la jonction soit
étanche.
4 Cochez la case Manifold seated over flow cell (Collecteur placé au-dessus de la
Flow Cell).
5 Fermez la pince de Flow Cell pour maintenir le collecteur.
Figure 13 Fermer la pince de Flow Cell
6 Cochez la case Flow cell clamp closed (Pince de Flow Cell fermée).
Guide du système cBot
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7 Connectez l’extrémité de sortie du collecteur au port de sortie du réservoir de lavage.
Assurez-vous que l’extrémité de sortie est connectée de manière uniforme.
Figure 14 Sécuriser l’extrémité de sortie
A Port de sortie
B Pince de sortie
8 Clipsez la pince de sortie afin de maintenir l’extrémité de sortie du collecteur en place.
9 Cochez la case Outlet clamp closed (Pince de sortie fermée).
10 Alignez le peigne d’aspiration et les deux broches de guidage métalliques à l’avant de la platine thermique.
Figure 15 Sécuriser le peigne d’aspiration
A Broches de guidage métalliques
B Onglets en plastique
11 Maintenez le peigne d’aspiration en place à l’aide des onglets en plastique situés de part et d’autre du peigne.
12 Veillez à ce que les dispositifs d’aspiration soient droits et perpendiculaires à la plaque des réactifs et à ce que la case Sipper comb in place (Peigne d’aspiration en place) soit cochée.
13 Cochez la case Sipper comb in place (Peigne d’aspiration en place), puis sélectionnez
Next (Suivant).
Charger les modèles
1 Sélectionnez Enter Template Name (Saisir le nom du modèle).
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2 À l’aide du clavier à l’écran, saisissez l’identifiant du modèle, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée).
3 Chargez la barrette de huit tubes contenant les librairies préparées dans la rangée des modèles. Assurez-vous que l’ordre des tubes numérotés correspond à l’orientation des lignes de la Flow Cell.
} Flow Cell HiSeq et HiSeq X : les tubes sont numérotés de droite à gauche.
}
Flow Cell GAIIx : les tubes sont numérotés de gauche à droite.
HiSeq X, HiSeq 3000/4000,
HiSeq v4 et
TruSeq v3 (HiSeq)
HiSeq Rapid v2,
TruSeq Rapid (HiSeq)
TruSeq v2 (GAIIx)
4 Cochez la case pour indiquer que les modèles sont chargés.
5 Si vous utilisez des primers supplémentaires, passez à la section
.
Dans le cas contraire, fermez le couvercle du cBot et sélectionnez Next (Suivant) pour accéder à la section
Effectuer une vérification avant analyse à la page 40
.
Charger les primers
L’écran Load Primers (Charger les primers) s’affiche pour les flux de travail autorisant des primers personnalisés ou nécessitant des primers supplémentaires. Pour séquencer des librairies Nextera sur une Flow Cell TruSeq v3 ou TruSeq v2, vous devez charger une barrette de huit tubes contenant du HP10.
1 Sélectionnez Enter Primer Name (Saisir le nom du primer).
2 À l’aide du clavier à l’écran, tapez le nom du primer, puis appuyez sur la touche Enter
(Entrée).
3 Chargez la barrette de huit tubes contenant les primers dans la rangée des primers.
Assurez-vous que l’ordre des tubes numérotés correspond à l’orientation des lignes de la Flow Cell :
}
Flow Cell HiSeq et HiSeq X : les tubes sont numérotés de droite à gauche.
} Flow Cell GAIIx : les tubes sont numérotés de gauche à droite.
HiSeq X, HiSeq 3000/4000,
HiSeq v4 et
TruSeq v3 (HiSeq)
HiSeq Rapid v2,
TruSeq Rapid (HiSeq)
TruSeq v2 (GAIIx)
4 Cochez la case pour indiquer que les primers sont chargés et fermez le couvercle de l’instrument.
5 Sélectionnez Next (Suivant).
Guide du système cBot
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Effectuer une vérification avant analyse
La vérification avant analyse lit les capteurs de l’instrument pour détecter si les composants de l’analyse sont installés correctement. Elle effectue ensuite une vérification du flux à l’aide de capteurs à bulles afin de détecter la présence d’air dans les tubes. La vérification avant analyse dure environ trois minutes.
1 Après avoir correctement effectué une vérification avant analyse, sélectionnez Start
(Démarrer).
L’écran Run Status (État de l’analyse) s’ouvre et l’analyse démarre.
Erreurs de composants de l’analyse
Si la vérification avant analyse échoue en raison d’erreurs liées aux composants de l’analyse, suivez les étapes suivantes :
1 Vérifiez chaque composant de l’analyse associé à une erreur pour vous assurer de son existence et de son bon chargement.
2 Sélectionnez Rerun Check (Relancer la vérification) pour recommencer la vérification par capteurs.
3 Si la vérification échoue à nouveau, sélectionnez Cancel Run (Annuler l’analyse) pour terminer l’analyse et en configurer une nouvelle.
Échec de la vérification du flux
L’échec de la vérification du flux peut être provoqué par le mauvais chargement d’une
Flow Cell, un collecteur défectueux ou une obstruction dans les lignes. Avant de contourner la vérification du flux, consultez la section
Résoudre le problème de l’échec de la vérification du
.
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Surveiller l’analyse
1 Utilisez l’écran Run Status (État de l’analyse) afin de surveiller l’analyse en cours.
L’écran Run Status (État de l’analyse) vous communique l’état de l’analyse et les détails suivants :
}
Date et heure de début, date et heure de fin et temps restant
} Étapes du protocole de génération d’amplifiats avec barre d’état pour chaque étape
}
Réactif actuellement en cours d’utilisation
}
Température actuelle (°C)
}
État de la commande à l’étape actuelle
Figure 16 Écran Run Status (État de l’analyse)
2 Attendez la fin de l’analyse :
} HiSeq v4, HiSeq 3000/4000 PE ou HiSeq X : prévoyez environ trois heures.
}
HiSeq 3000/4000 SR : prévoyez environ quatre heures.
}
HiSeq Rapid v2 ou TruSeq Rapid : prévoyez environ une heure.
}
TruSeq v2 ou TruSeq v3 : prévoyez environ cinq heures.
3 Une fois l’analyse terminée, vous pouvez laisser la Flow Cell sur l’instrument pendant la nuit. Dans le cas contraire, passez au déchargement des composants de l’analyse.
Le cBot maintient la Flow Cell à 20 °C.
Guide du système cBot
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Rapport sur les données de l’analyse
Le rapport sur les données de l’analyse fournit un résumé de l’analyse en cours.
Il répertorie les renseignements suivants :
}
Nom du protocole
}
Identifiant de la Flow Cell
}
Identifiant de réactif
} Nom du modèle
}
Heure de démarrage et de fin
Vous pouvez afficher le rapport à tout moment pendant l’analyse. Sélectionnez Menu
(Menu), puis Run Data (Données de l’analyse).
À la fin de l’analyse, le rapport sur les données de l’analyse s’ouvre automatiquement pour vous signaler que l’analyse est terminée.
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Décharger les composants de l’analyse
1 Une fois l’analyse terminée, sélectionnez Unload (Décharger) pour continuer.
Figure 17 Analyse terminée, décharger les composants
2 Soulevez le couvercle de l’instrument.
3 Relâchez la pince de sortie sécurisant l’extrémité de sortie du collecteur.
4 Déconnectez l’extrémité de sortie du collecteur du port de sortie du réservoir de lavage.
5 Retirez le peigne d’aspiration des broches de guidage métalliques à l’aide des onglets en plastique sur chaque côté du peigne d’aspiration.
6 Relâchez la pince de Flow Cell.
7 Retirez le collecteur. Vérifiez que la Flow Cell se trouve toujours sur la platine thermique.
8 Soulevez la Flow Cell de la platine thermique.
9 Stockez la Flow Cell comme il convient :
} Flow Cell TruSeq v2, TruSeq v3 et HiSeq v4 : stockez dans un tampon de stockage dans le tube de Flow Cell à une température comprise entre 2 et 8 °C. La Flow Cell reste stable jusqu’à dix jours après l’hybridation du primer lorsqu’elle est correctement stockée dans son tube.
}
Flow Cell HiSeq et TruSeq Rapid : effectuez l’analyse de séquençage le même jour que le chargement de la librairie.
} Flow Cell HiSeq X et HiSeq 3000/4000 : stockez dans du tampon de stockage pendant 48 heures maximum à une température de 2 à 8 °C.
10 Pour relâcher la plaque des réactifs, tirez son levier vers vous. Retirez la plaque des réactifs de la platine des réactifs.
Guide du système cBot
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AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux.
Portez un équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes gouvernementales de sécurité
en vigueur dans votre région. Pour plus de renseignements relatifs à la protection de l’environnement, à la santé et à la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse sur support.illumina.com/sds.html
.
11 Retirez la barrette de huit tubes contenant les librairies.
12 Le cas échéant, retirez la barrette de huit tubes contenant les primers supplémentaires.
13 Cochez la case afin d’indiquer que vous avez déchargé les réactifs, les modèles et les primers.
14 Choisissez une option de lavage :
}
Sélectionnez Wash (Laver) afin de procéder au lavage après analyse.
} Sélectionnez Exit (Quitter) pour contourner le lavage après analyse, si l’option de contournement est disponible.
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Réaliser un lavage après analyse
1 Lavez la plaque sur la platine thermique avec de l’eau désionisée pour éliminer les sels. Séchez à l’aide d’un tissu nettoyant non pelucheux.
2 Mettez dans le réservoir de lavage environ 12 ml d’eau désionisée et fermez le couvercle de l’instrument.
3 Cochez la case pour indiquer la présence de l’eau, puis sélectionnez Wash (Laver).
4 Lorsque le lavage est terminé, épongez tout excès d’eau dans le réservoir de lavage.
Prenez soin de ne pas frotter les ports de sortie pour éviter que des fibres ne bouchent les orifices.
5 Cochez la case pour indiquer que le réservoir de lavage est sec, puis sélectionnez Exit
(Quitter).
L’écran Start (Démarrer) s’ouvre et votre cBot est prêt pour une autre analyse.
Guide du système cBot
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Confirmer la distribution des réactifs (facultatif)
Vous pouvez confirmer la distribution de chaque réactif provenant de la plaque des réactifs fournie dans n’importe quelle trousse, à l’exception des trousses HiSeq X et
HiSeq 3000/4000.
1 Examinez les opercules en aluminium de chaque barrette de tubes pour vous assurer que tous sont percés.
2 Retirez chaque barrette de tubes de la base de la plaque des réactifs de la façon suivante.
a Tenez fermement la plaque des réactifs en plaçant le bout de vos doigts sous la base.
b Poussez délicatement vers le haut les tubes centraux de la barrette de tubes.
3 Examinez chaque tube pour confirmer que tous contiennent un volume similaire restant.
REMARQUE
Il est normal de constater de légères différences.
Figure 18 Exemple de distribution réussie des réactifs (Flow Cell à huit lignes)
Figure 19 Exemple de distribution réussie des réactifs (Flow Cell à deux lignes)
4 Si la distribution des réactifs échoue et que les opercules en aluminium des tubes de réactifs sont percés, veuillez communiquer avec l’assistance technique d’Illumina.
5 Inspectez la barrette de huit tubes contenant le modèle de librairie.
6 Si vous avez utilisé des primers supplémentaires pour votre analyse, inspectez les barrettes de huit tubes les contenant.
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Chapitre 5 Entretien
Entretien
Réaliser la maintenance périodique
Réaliser un lavage de maintenance mensuel
Changer la plaque d’adaptateur
Guide du système cBot
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Réaliser la maintenance périodique
Accomplissez les étapes de maintenance élémentaires décrites dans cette section pour garantir des performances optimales de l’instrument.
Maintenance
Lavage de l’instrument
Vider le flacon à déchets
Nettoyer les surfaces
Fréquence
Après chaque analyse et si l’instrument est inactif pendant plus d’une journée.
Après chaque analyse.
Une fois par semaine.
Nettoyer la vitre du lecteur de codes à barres
Lavage de maintenance
Une fois par semaine.
Une fois par mois.
Vérifier le niveau de réfrigérant
Tous les trois mois.
Description
Effectuez toujours un lavage de l’instrument après chaque analyse pour éliminer les résidus salins et enzymatiques du matériel et pour éviter la formation de bouchons.
Si l’instrument n’a pas été utilisé pendant plus de
24 heures, un lavage avant analyse est recommandé.
Pour plus de renseignements, reportez-vous à la section
Effectuer un lavage avant analyse à la page 34
.
Pour éviter toute interruption de votre analyse, videz le flacon à déchets entre les analyses.
Utilisez de l’eau désionisée et un tissu nettoyant non pelucheux pour nettoyer la surface de la platine thermique et de la platine des réactifs. Nettoyez la surface des supports des barrettes de tubes contenant le modèle et le primer.
Utilisez de l’eau désionisée et un tissu nettoyant non pelucheux pour nettoyer la vitre du lecteur de codes à barres.
Utilisez une solution de DECON à 5 % (ou 100 mM de
NaOH) pour enlever les traces de réactifs sur les composants internes du cBot et pour empêcher la prolifération de microorganismes. Pour en savoir plus, reportez-vous à la section
maintenance mensuel à la page 49 .
Assurez-vous que le réfrigérant vert est visible à travers la vitre du réfrigérant, située sur le panneau arrière de l’instrument. Si nécessaire, utilisez un miroir pour voir la vitre du réfrigérant.
Si le niveau de réfrigérant est bas, utilisez une grande pièce de monnaie ou un tournevis standard pour retirer le bouchon du réservoir de réfrigérant et remplissez le réservoir jusqu’en dessous du bouchon du réservoir.
Utilisez uniquement le réfrigérant d’Illumina
(référence 1003709). Si vous avez besoin de réfrigérant supplémentaire, communiquez avec votre scientifique d’application sur le terrain (FAS) ou votre technicien d’assistance sur le terrain (FSE) d’Illumina.
Maintenance préventive
Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive chaque année. Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, communiquez avec le gestionnaire de compte commercial de votre zone ou avec l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance préventive facturable.
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Réaliser un lavage de maintenance mensuel
Effectuez un lavage de maintenance mensuel en utilisant une solution de DECON à 5 % pour enlever les traces de réactifs sur les composants internes du cBot et pour empêcher la prolifération microbienne. Si DECON n’est pas disponible, remplacez-le par du NaOH
100 mM.
Le lavage de maintenance consiste en quelque 10 minutes de manipulation, en quatre étapes : un lavage initial à l’eau, un lavage au DECON ou au NaOH et enfin deux lavages à l’eau.
Lavage à l’eau
1 Confirmez que tous les composants de l’analyse sont retirés.
2 À partir de l’écran Start (Démarrer), sélectionnez Menu (Menu), puis Manual
Commands (Commandes manuelles) afin d’ouvrir l’écran Manual Commands
(Commandes manuelles).
3 Sélectionnez Commands (Commandes) pour ouvrir l’onglet Commands (Commandes).
4 Mettez dans le réservoir de lavage environ 12 ml d’eau désionisée.
5 Sélectionnez Wash (Laver).
6 Lorsque le lavage est terminé, épongez tout excès d’eau dans le réservoir de lavage avec un tissu non pelucheux. Prenez soin de ne pas frotter les ports de sortie pour
éviter que des fibres ne bouchent les orifices.
Lavage au DECON (ou au NaOH)
1 Mettez 10 ml de DECON à 5 % ou de NaOH 100 mM dans le réservoir de lavage.
2 Sélectionnez Wash (Laver).
3 Une fois le lavage terminé, enfilez une nouvelle paire de gants.
4 Épongez le DECON à 5 % restant dans le réservoir de lavage à l’aide d’un tissu non pelucheux. Évitez les ports de sortie.
ATTENTION
Le DECON est hautement alcalin.
5 Procédez immédiatement au lavage à l’eau pour éviter au DECON de sécher et de boucher les orifices du réservoir de lavage.
Lavage à l’eau (premier rinçage)
1 Mettez dans le réservoir de lavage environ 12 ml d’eau désionisée.
2 Sélectionnez Wash (Laver).
3 Lorsque le lavage est terminé, épongez tout excès d’eau dans le réservoir de lavage avec un tissu non pelucheux. Évitez les ports de sortie.
Guide du système cBot
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Lavage à l’eau (dernier rinçage)
1 Mettez dans le réservoir de lavage environ 12 ml d’eau désionisée.
2 Sélectionnez Wash (Laver).
3 Lorsque le lavage est terminé, épongez tout excès d’eau dans le réservoir de lavage avec un tissu non pelucheux. Évitez les ports de sortie.
4 Fermez le couvercle de l’instrument.
5 Videz le flacon à déchets.
Votre cBot est prêt pour la prochaine analyse de génération d’amplifiats.
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Changer la plaque d’adaptateur
Vous pouvez utiliser une Flow Cell HiSeq ou GAIIx sur le cBot. Chaque type de Flow Cell nécessite l’installation d’une plaque d’adaptateur spécifique. Les icônes sur l’écran Start
(Démarrer) indiquent quelle plaque d’adaptateur est installée.
REMARQUE
Le cBot vous est livré avec la plaque d’adaptateur HiSeq déjà installée.
1 Ouvrez le couvercle de l’instrument en le soulevant délicatement par son coin supérieur droit.
2 Soulevez la pince de Flow Cell.
3 Dévissez les deux vis imperdables à tête cruciforme qui maintiennent la plaque d’adaptateur.
Figure 20 Plaque d’adaptateur de Flow Cell
A Vis imperdables
B Plaque d’adaptateur
4 Soulevez la plaque d’adaptateur actuelle, retirez-la de la platine thermique et mettez-la de côté.
5 Si vous constatez la présence de sels sur la platine thermique, essuyez avec un tissu nettoyant non pelucheux légèrement imbibé d’eau.
6 Positionnez la nouvelle plaque d’adaptateur sur la platine thermique. Alignez le bras du capteur sur la fente qui lui correspond du côté droit de la platine thermique.
Figure 21 Emplacement de l’élément détecteur
A Plaque d’adaptateur GAIIx
B Plaque d’adaptateur HiSeq
C Élément détecteur de la plaque d’adaptateur
Guide du système cBot
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7 Vissez les deux vis pour fixer la plaque d’adaptateur. Pour un transfert de chaleur optimal, assurez-vous que la plaque d’adaptateur est à plat et que les vis sont uniformément serrées.
8 Essuyez la plaque d’adaptateur installée avec un tissu nettoyant non pelucheux imbibé d’eau. Séchez à l’aide d’un tissu propre.
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Mettre à niveau le logiciel
À l’aide du logiciel cBot v1.3 ou de ses versions ultérieures, vous pouvez mettre à niveau le logiciel de l’instrument avec une clé USB.
1 Insérez la clé USB contenant le programme d’installation de la nouvelle version du logiciel (par exemple cBotSetupX86_1.3.1.0.exe) dans l’un des ports USB situés à l’avant de l’instrument.
Le programme d’installation doit être enregistré dans le répertoire racine de la clé USB, pas dans un dossier.
ATTENTION
Laissez la clé USB dans le port USB pendant la mise à niveau. N’interagissez pas avec l’instrument pendant la mise à niveau.
2 Sélectionnez Menu (Menu) dans l’angle supérieur gauche de l’écran Start (Démarrer), puis sélectionnez Configure (Configurer).
Figure 22 Menu de l’écran Start (Démarrer)
3 Utilisez le clavier à l’écran pour saisir le mot de passe par défaut, admin, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée).
4 Sélectionnez Menu (Menu), puis Upgrade (Mettre à niveau).
5 Une boîte de dialogue s’ouvre et affiche un message concernant la version logicielle :
Message
The software installer version is greater than the version currently installed on the cBot (La version du programme d’installation du logiciel est supérieure à la version actuellement installée sur le cBot) cBot cannot find a valid software installer (cBot ne trouve pas de programme d’installation valide du logiciel)
The software installer version is equal or lower than the version currently installed on the cBot (La version du programme d’installation du logiciel est inférieure ou identique à la version actuellement installée sur le cBot)
Action
Sélectionnez OK pour passer à l’installation de la nouvelle version.
Vous pouvez soit insérer une mise à niveau valide de cBot et sélectionner
OK pour réessayer, soit sélectionner
Cancel (Annuler) pour annuler la mise à niveau.
Sélectionnez Cancel (Annuler) pour annuler la mise à niveau ou OK pour passer à l’installation d’une version antérieure.
Guide du système cBot
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6 Vous pouvez retirer la clé USB dès que le redémarrage est terminé et que l’écran de connexion apparaît.
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Mettre à niveau les formules
Vous pouvez mettre à niveau les versions des formules indépendamment des mises à niveau du logiciel à l’aide d’une clé USB contenant le programme d’installation de formules.
1 Insérez la clé USB contenant le programme d’installation des nouvelles formules dans l’un des ports USB situés à l’avant de l’instrument.
Le programme d’installation doit être enregistré dans le répertoire racine de la clé USB, pas dans un dossier.
2 Sélectionnez Menu (Menu) dans l’angle supérieur gauche de l’écran Start (Démarrer), puis sélectionnez Configure (Configurer).
Figure 23 Menu de l’écran Start (Démarrer)
3 Utilisez le clavier à l’écran pour saisir le mot de passe par défaut, admin, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée).
4 Sélectionnez Menu (Menu), puis Upgrade Recipes (Mettre à niveau les formules).
Le cBot redémarre automatiquement une fois la mise à niveau effectuée. Le processus de redémarrage prend environ 10 minutes.
ATTENTION
Laissez la clé USB dans le port USB pendant la mise à niveau. N’interagissez pas avec l’instrument pendant la mise à niveau.
5 Vous pouvez retirer la clé USB dès que le redémarrage est terminé et que l’écran de connexion apparaît.
Guide du système cBot
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Éteindre le cBot
Le cBot est conçu pour fonctionner en état de veille à partir de l’écran Start (Démarrer); l’éteindre entre les analyses n’est donc pas nécessaire.
1 Sélectionnez Menu (Menu) dans l’angle supérieur gauche de l’écran Start (Démarrer), puis sélectionnez Configure (Configurer).
Figure 24 Menu de l’écran Start (Démarrer)
2 Utilisez le clavier à l’écran pour saisir le mot de passe par défaut, admin, puis appuyez sur la touche Enter (Entrée).
3 À partir de l’écran Configuration (Configuration), sélectionnez Menu (Menu), puis Shut
Down Station (Arrêter la station).
Le logiciel cBot s’arrête.
Figure 25 Shut Down Station (Arrêter la station)
4 Après l’arrêt du logiciel, mettez le bouton d’alimentation en position OFF (Arrêt).
Redémarrage en mode FSE
L’option de redémarrage en mode FSE ne doit être utilisée que par un scientifique application terrain (FAS) ou par un technicien d’assistance sur le terrain (FSE) d’Illumina formé aux mises à jour logicielles ou à la maintenance de l’instrument.
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Annexe A Dépannage
Dépannage
Mettre en pause ou annuler une analyse
Résoudre le problème de l’échec de la vérification du flux
Résoudre les problèmes d’analyse
Réinitialiser le lecteur de codes à barres
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Mettre en pause ou annuler une analyse
Utilisez les commandes de l’écran Run Status (État de l’analyse) pour mettre l’analyse en pause ou l’annuler.
}
Pause (Mettre en pause) : termine la commande actuelle du protocole, puis interrompt l’analyse. Attendez quelques minutes avant que l’analyse se mette en pause. Lorsque c’est le cas, les dispositifs d’aspiration sont soulevés des tubes de réactifs, la platine des réactifs revient à la position d’origine et le bouton Pause (Mettre en pause) se change en bouton Resume (Reprendre).
}
Lorsque l’analyse est active, sélectionnez Pause (Mettre en pause) pour interrompre l’analyse.
}
Lorsque l’analyse est en pause, sélectionnez Resume (Reprendre) pour reprendre l’analyse.
} Abort Run (Annuler l’analyse) : arrête l’analyse sans possibilité de la reprendre.
Sélectionnez Unload (Décharger) pour décharger les composants de l’analyse.
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Résoudre le problème de l’échec de la vérification du flux
Effectuez la procédure suivante pour déterminer le problème en cas d’échec de la vérification du flux. Ne sélectionnez pas l’option pour ignorer la vérification du flux avant d’avoir terminé cette procédure, afin de déterminer les conditions suivantes :
}
La Flow Cell est correctement positionnée sur l’instrument.
} Le collecteur et le matériel fonctionnent correctement.
REMARQUE
Contourner la vérification du flux peut entraîner l’échec de la génération d’amplifiats de certaines lignes.
Des types de Flow Cell différents utilisant des vérifications de flux différentes, assurez-vous que vous utilisez la bonne association de formule, collecteur et Flow Cell.
1 Assurez-vous que la quantité d’HT1 dans la rangée 1 de la plaque des réactifs est suffisante et réapprovisionnez-la au besoin.
2 Notez les lignes concernées par l’échec de vérification du flux. Vous trouverez ce renseignement dans le coin supérieur gauche de l’écran d’interface.
}
Si l’échec s’est produit sur l’ensemble des huit lignes, cela signifie probablement que la Flow Cell n’est pas chargée correctement. Retirez le collecteur. Vérifiez que les orifices de la Flow Cell sont orientés vers le haut et que l’orientation de la Flow Cell est correcte.
}
Si seules quelques lignes ont échoué, la Flow Cell n’est probablement pas bien en place. Retirez le collecteur, replacez la Flow Cell et réinstallez le collecteur.
3 Sélectionnez Rerun Check (Relancer la vérification) pour recommencer la vérification du flux.
4 Si la vérification du flux échoue une deuxième fois, observez quelles sont les lignes concernées et effectuez l’une des actions suivantes :
} Votre collecteur est vraisemblablement défectueux si l’échec s’est produit sur l’ensemble des huit lignes. Remplacez-le par un nouveau collecteur.
}
Si l’échec porte sur des lignes différentes, votre collecteur n’est probablement pas défectueux. Inspectez les volumes d’HT1 de la rangée 1 afin de vous assurer que les quantités dans les tubes sont égales.
5 Sélectionnez Rerun Check (Relancer la vérification) pour recommencer une troisième fois la vérification du flux.
} Si la vérification du flux échoue après remplacement du collecteur, rendez-vous à l’étape
.
}
Si la vérification échoue et que vous n’aviez pas besoin de remplacer le collecteur, rendez-vous à l’étape
.
6 Si la vérification du flux échoue une troisième fois après remplacement du collecteur, il est possible qu’un bouchon se soit formé à l’intérieur du matériel.
a Inspectez les volumes d’HT1 de la rangée 1 afin de vous assurer que les quantités dans les tubes sont égales. Des volumes plus élevés dans les tubes correspondant aux lignes concernées à plusieurs reprises par un échec de la vérification du flux indiquent un bouchon à l’intérieur du matériel.
b Déchargez les composants de l’analyse et effectuez un lavage de maintenance.
Guide du système cBot
59
c Une fois le lavage terminé, mettez l’instrument hors tension au moyen du bouton d’alimentation. Après quelques secondes, appuyez sur le bouton d’alimentation puis sur le bouton de démarrage pour redémarrer le logiciel. La mise hors tension de l’instrument réinitialise le nombre autorisé de tentatives de vérification avant analyse.
d Suivez les invites du logiciel pour recharger les composants de l’analyse et pour configurer celle-ci.
7 Si la vérification du flux échoue une troisième fois, vous pouvez contourner en toute sécurité la vérification du flux : a Sélectionnez Bypass Flow Check (Ignorer la vérification du flux) pour continuer l’analyse.
b Après l’analyse, vérifiez la distribution des réactifs depuis tous les tubes.
Organigramme de dépannage
L’organigramme suivant illustre la procédure de dépannage. Les étapes indiquant de procéder à une nouvelle vérification du flux portent un numéro afin d’indiquer le nombre de tentatives autorisées de vérification de flux effectuées à ce moment de la procédure.
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Document nº 15006165 v02 FRA
Figure 26 Organigramme de dépannage
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Résoudre les problèmes d’analyse
Utilisez le tableau suivant pour résoudre les problèmes d’analyse rencontrés au cours d’une analyse de génération d’amplifiats.
Problème
Température hors de la plage.
Le réfrigérant circule et le niveau de réfrigérant est bas.
Le réfrigérant ne circule pas et le niveau de réfrigérant est bas.
Le réfrigérant ne circule pas et le niveau de réfrigérant n’est pas bas.
Cause possible
Indique souvent que le cBot n’a pas atteint la température de consigne dans l’intervalle de temps alloué. Peut également indiquer une éventuelle panne du tableau de commande.
Le réfrigérant s’est lentement
évaporé jusqu’à atteindre un niveau bas.
Le niveau de réfrigérant est peut-être trop bas pour permettre sa circulation.
Possible panne de la pompe à réfrigérant.
L’instrument est verrouillé.
Possible erreur logicielle.
Action
Envoyez un courriel à l’assistance technique d’Illumina.
Ajoutez du réfrigérant Illumina
(référence 1003709) dans le réservoir de réfrigérant.
Ajoutez du réfrigérant Illumina
(référence 1003709) dans le réservoir de réfrigérant.
Envoyez un courriel à l’assistance technique d’Illumina.
Envoyez un courriel à l’assistance technique d’Illumina.
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Réinitialiser le lecteur de codes à barres
Le lecteur de codes à barres est prêt à l’emploi à la réception de votre cBot. Si le lecteur est réinitialisé d’après une configuration incorrecte, utilisez les instructions suivantes pour le restaurer d’après sa configuration par défaut.
1 Imprimez le code à barres.
Figure 27 Restaurer le code à barres par défaut
2 À partir de l’écran de démarrage, sélectionnez Menu (Menu), puis Manual Commands
(Commandes manuelles).
3 Sélectionnez l’onglet General (Général) pour accéder aux entrées pour le contrôle manuel du lecteur de codes à barres.
Figure 28 Manual Commands (Commandes manuelles), onglet General (Général)
4 Sélectionnez Turn Off (Désactiver), puis Turn On (Activer) pour activer le lecteur de codes à barres.
La raie laser doit être visible sur la plaque du lecteur, sous l’écran LCD.
5 Placez le code à barres sous le lecteur de codes à barres.
6 Sélectionnez Turn Off (Désactiver), puis Turn On (Activer) pour lire le code à barres.
Un bip sonore indique une lecture réussie.
Guide du système cBot
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Modifier des protocoles
Utilisez la fonction de modification des protocoles pour modifier les protocoles selon vos besoins. Par exemple, vous pouvez répéter les étapes d’un protocole ou modifier le nombre de cycles d’amplification dans la section Chemistry (Chimie).
Chaque protocole comprend deux sections principales :
} La section Chemistry (Chimie) : elle contient les instructions sur le pompage des réactifs, les modifications des températures et les durées d’attente. Cette section apparaît dans la partie supérieure de l’écran Protocol Editor (Modification des protocoles).
}
La section Protocol (Protocole) : elle contient une série d’étapes constituées de définitions chimiques. Cette section apparaît dans la partie inférieure de l’écran
Protocol Editor (Modification des protocoles).
Si vous modifiez un protocole existant, veillez à le renommer.
Protocol Editor (Modification des protocoles)
1 À partir de l’écran Start (Démarrer), sélectionnez Menu (Menu), puis Protocol Editor
(Modification des protocoles).
2 À partir de Protocol Editor (Modification des protocoles), sélectionnez Menu (Menu), puis sélectionnez la commande appropriée :
}
Sélectionnez Open (Ouvrir) pour ouvrir un protocole existant.
} Sélectionnez Load from Library (Charger à partir de la librairie) pour charger une définition chimique existante ou une étape du protocole stockée dans la librairie cBot.
}
Sélectionnez New Chemistry Definition (Nouvelle définition chimique) ou New
Protocol Step (Nouvelle étape du protocole) pour créer une nouvelle définition ou
étape et la stocker dans la librairie cBot.
3 Utilisez la flèche vers le bas située à gauche de l’étape pour développer les commandes de celle-ci. Utilisez la flèche du haut pour réduire les commandes.
4 Pour modifier une étape dans une définition chimique, mettez-la en surbrillance.
Les sélections permettant de modifier les commandes relatives à la pompe, à la rampe de température ou à l’attente apparaissent dans le panneau de droite.
5 Pour modifier une étape dans un protocole, mettez-la en surbrillance.
Les sélections permettant de modifier le nombre de cycles de la définition chimique sélectionnée apparaissent dans le panneau de droite.
6 Utilisez les icônes de Protocol Editor (Modification des protocoles) à droite du nom de l’étape pour réorganiser, supprimer ou copier des étapes et des commandes.
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Figure 29 Protocol Editor (Modification des protocoles), étapes développées
A Section Chemistry (Chimie)
B Section développée Chemistry (Chimie)
C Section Protocol (Protocole)
Icônes de Protocol Editor (Modification des protocoles)
Icône
Description
Déplace l’étape en surbrillance sous l’étape suivante du protocole.
Déplace l’étape en surbrillance au-dessus de l’étape précédente du protocole.
Supprime l’étape en surbrillance.
Répète l’étape en surbrillance.
Enregistre les modifications apportées à la librairie de protocoles.
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Index
A aide
assistance clientèle 69 assistance technique 69
C
collecteur
peigne d’aspiration 4, 38 pince de sortie 38
compatibilité des versions
consommables
consommables fournis par l’utilisateur
D
décongélation de la plaque des
dénaturation de librairies 23, 27
dépannage
échec de la vérification du flux
ignorer la vérification du flux 59
distribution des réactifs, échec 46
documents relatifs aux trousses 8
durée du lavage de maintenance 49
É
échec de la vérification du flux
échecs de vérification du flux 62
E
erreurs de composants de l’analyse 40
Guide du système cBot exigences d’analyse
F
Flow Cell
positionnement 37 préparation du chargement 37
flux de travail
formules
H
I icônes
L lavage
lavage après analyse 48 lavage avant analyse 48
lecteur de code à barres
librairies
concentration de chargement 23, 27 dénaturation 23, 27 dilution 23, 27
orientation de la barrette de tubes 39
logiciel
M
entretien périodique 48 maintenance préventive 48
meilleures pratiques
67
68
mise hors tension 56 mode FSE 56
modèles
orientation de la barrette de tubes 39
modification des protocoles 64
N
numéro de référence du réfrigérant 62
O
opercule en aluminium rouge 36
P
PhiX
% de substance de contrôle 23, 27 ajout 23, 27
plaque des réactifs, débit élevé
plaque des réactifs, rapid
plaques des réactifs
positionnement des Flow Cell 37
préparation de réactifs
primers
chargement 39 nom, saisie 39 orientation de la barrette de tubes 39 personnaliser 39
problèmes de collecteur 62 problèmes de réfrigérant 62
Protocol Editor (Modification des protocoles)
protocole
protocoles de chimie 64 protocoles, modification 64
R
rapport sur les données de l’analyse 42
réactifs de génération d’amplifiats
réactifs ExAmp
préparation, quatre Flow Cells 24 préparation, une Flow Cell 24
réactifs, préparation
réaction ExAmp
préparation, quatre Flow Cells 24 préparation, une Flow Cell 24
réfrigérant
retrait des barrettes de huit tubes 46
S
stockage de la Flow Cell 37, 43 stocker des Flow Cell 43
T
V vérification avant analyse
vérification du flux analyse
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Assistance technique
Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Tableau 1 Coordonnées générales d’Illumina
Site Web
www.illumina.com
Courriel
Tableau 2 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina
Région Numéro de la personne-ressource
Amérique du Nord 1.800.809.4566
Allemagne 0800.180.8994
Australie
Autriche
Belgique
Chine
Danemark
Espagne
Finlande
France
Hong Kong
Irlande
1.800.775.688
0800.296575
0800.81102
400.635.9898
80882346
900.812168
0800.918363
0800.911850
800960230
1.800.812949
Région
Italie
Japon
Norvège
Nouvelle-Zélande
Pays-Bas
Royaume-Uni
Singapour
Suède
Suisse
Taïwan
Autres pays
Numéro de la personne-ressource
800.874909
0800.111.5011
800.16836
0800.451.650
0800.0223859
0800.917.0041
1.800.579.2745
020790181
0800.563118
00806651752
+44.1799.534000
Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse support.illumina.com/sds.html
.
Documentation produit : disponible au format PDF en téléchargement sur le site Web d’Illumina. Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis sélectionnez Documentation & Literature (Documentation et littérature).
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69
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, Californie 92122 États-Unis
+(1) 800 809 ILMN (4566)
+(1) 858 202 4566 (hors Amérique du Nord) [email protected]
www.illumina.com
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