illumina HiSeq X MC Manuel utilisateur

Guide du système HiSeq XMC
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser à des fins de diagnostic.
EXCLUSIF À ILLUMINA
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Décembre 2015
Avec Custom Protocol Selector, élaborez un document de référence
personnalisé, court et inclusif de votre flux de travail.
support.illumina.com/custom-protocol-selector.html
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ii
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Historique des révisions
Document
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01
Nº 15050091 Rév. E
Guide du Système HiSeq X
Date
Description des modifications
Décembre 2015
Ajout de la structure de dossier pour les fichiers de
sortie et des informations sur le dossier d’analyse.
Ajout de la recommandation pour le service annuel de
maintenance préventive.
Correction des volumes attendus pour le lavage de
maintenance.
Juillet
2015
Mise à jour des descriptions logicielles pour le logiciel
HiSeq X Control version 3.3 :
• Mise à jour du protocole de lavage de maintenance.
Un lavage au Tween 20 et au ProClin 300 remplace le
lavage au NaOH en trois étapes.
• Remplacement du type de Flow Cell HiSeq X HD
version 2 par la Flow Cell HiSeq X à l’écran Flow
Cell Setup (Configuration de Flow Cell).
• Ajout de renseignements relatifs à un indicateur de
capteur affichant l’état du transfert des données pour
le logiciel RunCopyService.
Ajout d’instructions relatives à la préparation des
réactifs et des primers de séquençage utilisés pour
l’indexage et la resynthèse appariée.
Ajout d’une section intitulée Différences de flux de
travail pour Illumina SeqLab, décrivant où trouver les
instructions de préparation et de séquençage des
réactifs si vous utilisez Illumina SeqLab.
Ajout des numéros de référence pour les trousses
HiSeq X v2.5 et mise à jour du numéro de catalogue de
la trousse de réhybridation.
Mise à jour des instructions relatives à l’échelonnage
des analyses sur la Flow Cell A et la Flow Cell B.
Remplacement des descriptions des paramètres du
système par des instructions relatives à la
personnalisation des paramètres du système.
Déplacement des renseignements concernant le
dépannage vers l’annexe A et les renseignements
concernant le logiciel Real-Time Analysis vers
l’annexe B.
Retrait des fichiers de décalage et des fichiers RTA2de
mise en phase de la liste des sorties de séquençage.
Retrait du Guide d’aménagement du laboratoire et de
préparation du site du système HiSeq X Five
(référence 15067045) de la section Ressources
supplémentaires. Les renseignements relatifs à
l’aménagement du laboratoire et à la préparation du
site pour les systèmes HiSeq X Ten, HiSeq X Five et
Illumina SeqLab sont disponibles dans le Guide
d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du
système HiSeq X (document nº 15050093).
iii
Document
Nº 15050091 Rév. D
Référence 15050091 Rév. C
iv
Date
Description des modifications
Janvier
2015
Correction du nombre d’appels de bases inférieurs à
0,6 permis lors des 25 premiers cycles, de 2 à 1.
Mise à jour de la liste de trousses de réactifs HiSeq X :
inclusion des trousses de réactifs HiSeq X Ten et des
trousses de réactifs HiSeq X Five.
Changement du nom de la trousse 20-pack en trousse
10-pack. (Changement de nom uniquement, le
contenu n’a pas été changé.)
Ajout du Guide d’aménagement du laboratoire et de
préparation du site du système HiSeq X Five
(référence 15067045) à la section Ressources
supplémentaires.
Octobre 2014
Mise à jour des descriptions logicielles pour le logiciel
HiSeq X Control version 3.1 :
• Ajout du type de Flow Cell HiSeq X HD v2 à l’écran
Flow Cell Setup (Configuration de la Flow Cell).
• Ajout de la possibilité d’effectuer un lavage de
maintenance ou un lavage à l’eau après chaque
analyse. Un lavage de maintenance est recommandé,
mais n’est plus nécessaire après chaque analyse. Le
remplacement des joints n’est plus obligatoire lors
de chaque lavage de maintenance. Le remplacement
des joints doit être effectué avant le lavage de
maintenance requis tous les dix jours.
• Ajout d’une option de lavage des positions de
réactifs SBS uniquement.
• Retrait de l’identifiant de la trousse de réactifs
d’indexage de l’écran Reagents (Réactifs). Les réactifs
d’indexage sont emballés avec les réactifs appariés
dans les trousses de réactifs HiSeq X HD.
• Mise à jour de la commande Sequence (Séquencer)
sur l’écran de bienvenue.
Ajout de la remarque : une Flow Cell HiSeq X HD (v1)
et une Flow Cell HiSeq X HD (v2) peuvent être
séquencées simultanément comme Flow Cell A et
Flow Cell B.
Ajout de la remarque : il est nécessaire de spécifier un
dossier de sortie, même en cas d’utilisation de
BaseSpace pour le stockage et l’analyse.
Ajout d’un rappel : il est nécessaire de retourner
chaque flacon plusieurs fois avant de changer les
bouchons et de charger les réactifs SBS.
Mise à jour du numéro de référence des lingettes
alcoolisées VWR. Nouveau numéro : 95041-714.
Mise à jour de l’URL pour les fiches signalétiques
(SDS) : support.illumina.com/sds.html.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Date
Description des modifications
Référence 15050091, rév. B
Mai
2014
Mise à jour des renseignements suivants :
• Ajout de la description des amplifiats passant le filtre
en fonction des caractéristiques d’une Flow Cell
modélisée.
• Ajout de la description du compartimentage par
score de qualité.
• Mise à jour de l’espace disque requis.
• Remarque indiquant que le temps d’attente pour
l’initialisation des dispositifs de l’instrument est d’au
moins une minute ajoutée.
• Ajout des meilleures pratiques pour réaliser un
formatage rapide du lecteur O:\ après chaque
analyse.
• Correction de la référence du Guide de référence de la
trousse de réactifs HD HiSeq X sur le diagramme de
flux de travail pour 15050092.
Référence nº 15050091, rév. A
Guide du Système HiSeq X
Mars 2014
Publication originale.
v
Historique des révisions
Document
vi
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Table des matières
Historique des révisions
Table des matières
Chapitre 1 Vue d’ensemble
Introduction
Ressources supplémentaires
Composants de l’instrument
Présentation des consommables pour le séquençage
Chapitre 2 Premiers pas
Démarrer le HiSeq X
Personnaliser les paramètres du système
Afficher et envoyer les données de l’instrument
Consommables fournis par l’utilisateur
Chapitre 3 Préparation des réactifs
Introduction
Préparer des réactifs SBS
Préparer les réactifs d’indexage et appariés
Chapitre 4 Séquençage
Introduction
Flux de travail de séquençage
Saisir les paramètres d’analyse
Charger et amorcer des réactifs
Charger la Flow Cell de séquençage
Surveiller l’analyse
Décharger les réactifs
Réaliser un lavage à l’eau
Effectuer un formatage rapide du lecteur de sortie
Chapitre 5 Maintenance
Introduction
Réaliser un lavage de maintenance
Laisser l’instrument inactif
Arrêter l’instrument
Annexe A Dépannage
Fichier journal
Problèmes possibles de configuration de l’analyse
Réaliser une vérification de la fluidique
Suspendre ou terminer une analyse sur le HiSeq X
Décaler les analyses sur les Flow Cell A et Flow Cell B
Possible réhybridation du primer de lecture 1
Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail Real-Time Analysis
Guide du Système HiSeq X
iii
vii
1
2
3
4
9
11
12
13
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
27
32
36
37
38
39
41
42
43
46
47
49
50
51
52
53
55
56
57
58
60
vii
Annexe C Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Structure du dossier de sortie
Numérotation des plaques
65
66
67
68
Index
69
Assistance technique
73
viii
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Chapitre 1 Vue d’ensemble
Introduction
Ressources supplémentaires
Composants de l’instrument
Présentation des consommables pour le séquençage
Guide du Système HiSeq X
2
3
4
9
1
Chapitre 1
Vue d’ensemble
Vue d’ensemble
Introduction
Le système HiSeq XMC associe une ingénierie innovante et la chimie SBS éprouvée à la
puissance de séquençage du génome humain entier à l’échelle d’une population.
Caractéristiques
}
}
}
}
}
}
}
Imagerie à double surface : le HiSeq X utilise un système d’épifluorescence à deux
caméras et quatre capteurs avec une technologie de numérisation de pointe pour
permettre une imagerie à double surface.
Flow Cell modélisée : une Flow Cell modélisée permet de générer des amplifiats de
séquençage dans un arrangement ordonné, ce qui améliore les lectures de sortie et les
données générées.
Réfrigérant pour réactifs haute capacité : le compartiment de réactifs est un réfrigérant
haute capacité qui contient suffisamment de réactifs pour la réalisation de toute
l’analyse de séquençage.
Fluidique intégrée pour les analyses à lectures appariées : la fluidique appariée
intégrée fournit des réactifs à partir du compartiment de réactifs vers la Flow Cell pour
la resynthèse de la lecture 2 et le séquençage indexé.
Options de contrôle de l’interface : l’interface logicielle de l’instrument vous permet de
configurer une analyse et d’utiliser l’instrument à l’aide de l’écran tactile ou du clavier
intégré.
Définition des bases en temps réel : le logiciel de l’instrument extrait les intensités des
images et réalise la définition des bases dont la qualité est notée sur l’ordinateur de
l’instrument, ce qui vous permet de surveiller les indicateurs de qualité au cours de
l’analyse et d’économiser du temps durant l’analyse ultérieure des données.
L’analyse en aval des données de séquençage peut être effectuée avec le logiciel
d’analyse d’Illumina ou avec un logiciel tiers sur une infrastructure personnalisée.
Intégration de BaseSpaceMD : le flux de travail de séquençage est intégré à BaseSpace,
l’environnement informatique consacré à la génomique d’Illumina pour l’analyse des
données, leur stockage et leur partage. Au cours de l’analyse, les fichiers de sortie sont
transférés en temps réel vers BaseSpace.
Différences de flux de travail pour Illumina SeqLab
Si vous utilisez le système HiSeq X en tant que composant de la solution Illumina SeqLab,
votre flux de travail diffère des flux de travail décrits dans ce guide en raison de différences
apportées par Clarity LIMS X Edition. Toutes les étapes de la préparation de librairie au
séquençage sont affectées. Consultez la page d’assistance Illumina SeqLab sur le site Web
d’Illumina pour générer un guide du flux de travail personnalisé pour votre expérience.
2
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
La documentation suivante est disponible au téléchargement à partir du site Internet
Illumina.
Ressource
Description
Guide d’aménagement du laboratoire et de
préparation du site du système HiSeq X (document
nº 15050093)
Fournit les spécifications relatives à l’espace du
laboratoire, aux exigences électriques et aux
considérations environnementales.
Guide de sécurité et de conformité du système
HiSeq X (document nº 15050094)
Fournit des renseignements concernant
l’étiquetage de l’instrument, les certifications
de conformité et les questions de sécurité.
Consultez la page d’assistance du système HiSeq X sur le site Illumina pour accéder à la
documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux
questions. Pour des informations spécifiques à Illumina SeqLab, consultez la page
d’assistance Illumina SeqLab.
Guide du Système HiSeq X
3
Ressources supplémentaires
Ressources supplémentaires
Vue d’ensemble
Composants de l’instrument
Le système HiSeq X comprend l’instrument, l’écran, l’ordinateur de contrôle de
l’instrument et les accessoires, comme le clavier, la souris et le lecteur de codes à barres.
L’instrument compte quatre compartiments principaux : le module optique, le
compartiment de Flow Cell, le compartiment fluidique et le compartiment de réactifs. Une
barre d'état éclairée indique l'état de fonctionnement de l’instrument.
Figure 1 Composants externes
A
B
C
D
E
4
Module optique : contient les composants optiques qui permettent l’imagerie à double
surface de la Flow Cell et l’imagerie simultanée de A, C, G et T à l'aide de l’épifluorescence.
Le faisceau laser d’excitation passe à travers l’objectif et la fluorescence est recueillie
simultanément à travers le même objectif.
Compartiment de Flow Cell : contient la platine de Flow Cell commandée par dépression,
qui maintient la Flow Cell en place pendant les analyses de séquençage.
Compartiment fluidique : contient les pompes fluidiques qui envoient les réactifs à la
Flow Cell, puis au conteneur à déchets.
Barre d'état : indique l’état de l’instrument à l’aide de trois couleurs. Le bleu indique que
l’instrument effectue une analyse, l’orange, qu’il nécessite une intervention, et le vert, que
l’instrument est prêt à commencer l’analyse suivante.
Compartiment de réactifs : contient les supports des réactifs requis pour les analyses de
séquençage et la solution de lavage pour les lavages de l’instrument.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Composants de l’instrument
Compartiment de Flow Cell
Le compartiment de Flow Cell contient la platine de Flow Cell, les stations thermiques,
le système à vide et les connexions fluidiques vers chacune des Flow Cells.
Figure 2 Platine de Flow Cell avec deux Flow Cells
A
B
C
D
Flow Cell A
Flow Cell B
Levier de Flow Cell A
Levier de Flow Cell B
La Flow Cell A est située sur la gauche, la Flow Cell B sur la droite. Chaque Flow Cell est
positionnée sur la platine de Flow Cell, qui entre et ressort du champ d’action du module
optique sur instruction du logiciel de commande. Pour l'ouverture du compartiment de
Flow Cell et le chargement ou le retrait d'une Flow Cell, la platine de Flow Cell doit être
dans sa position la plus avancée.
Sur le portoir de Flow Cell, les ports d’entrée et de sortie de la Flow Cell sont orientés vers
le bas. La Flow Cell est maintenue par une dépression générée sous chaque portoir de
Flow Cell. Le levier de Flow Cell éclairé en face de chaque portoir de Flow Cell commande
cette dépression. Le levier de Flow Cell devient vert lorsque le joint de décompression est
hermétique.
Compartiment de réactifs
Le compartiment de réactifs est un réfrigérant pour réactifs haute capacité qui contient trois
supports de réactifs : deux pour les réactifs SBS et un pour les réactifs d’indexage et
appariés. Les poignées du dispositif d’aspiration abaissent les dispositifs d’aspiration dans
les flacons de réactif.
} Supports de réactifs SBS : contiennent des flacons coniques de 250 ml. Le support de
réactifs de la Flow Cell A est situé dans la position centrale et le support de la
Flow Cell B est situé dans la position la plus à droite. Chaque support de réactifs
présente des positions numérotées qui correspondent à des branchements sur la
soupape du sélecteur de réactifs interne.
Guide du Système HiSeq X
5
Vue d’ensemble
}
}
Support de réactifs d’indexage et appariés : situé dans la position de gauche. Il
comporte deux rangées de positions numérotées dans lesquelles se trouvent des flacons
coniques de 15 ml contenant les réactifs appariés et d’indexage. La rangée de gauche
est destinée à la Flow Cell A, et la rangée de droite, à la Flow Cell B.
Réfrigérant pour réactifs : le réfrigérant pour réactifs accueille les supports de réactifs
et se maintient à une température interne de 2 °C à 8 °C.
Figure 3 Compartiment de réactifs
A
B
C
D
Poignées du dispositif d’aspiration
Support de réactif pour les réactifs d’indexage et appariés
Support de réactif pour les réactifs SBS destinés à la Flow Cell A
Support de réactif pour les réactifs SBS destinés à la Flow Cell B
HiSeq X Logiciel
Trois applications logicielles sont installées sur l’ordinateur de l’instrument :
} HiSeq X Control Software : l’interface du HiSeq Control Software (HCS) vous guide
tout au long des étapes de configuration de l’analyse de séquençage. Au cours de
l’analyse, le logiciel de commande active le matériel de l’instrument, contrôle la
fluidique, définit les températures et présente un récapitulatif visuel des statistiques de
qualité.
} Logiciel Real-Time Analysis : intégré dans le logiciel de commande, RealTime Analysis effectue la définition des bases et attribue un score de qualité à chaque
base et pour chaque cycle. Pour plus de renseignements, consultez la section RealTime Analysis à la page 57.
} Logiciel Sequencing Analysis Viewer : le visualiseur d’analyse de séquençage (SAV)
fournit des statistiques détaillées de qualité.
6
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Des icônes d’état situées dans le coin supérieur droit de chaque écran affichent les
modifications des conditions, les erreurs ou les avertissements qui surviennent lors des
étapes de configuration de l’analyse ainsi que pendant l’analyse.
Icône d’état
Nom de l’état
État correct
Description
Aucun changement. Le système est normal.
Information
À titre d’information. Aucune action n’est requise.
Attention
Information qui nécessite peut-être votre attention.
Avertissement
Les avertissements n’interrompent pas une analyse, mais ils
requièrent peut-être une intervention avant de continuer.
Erreur
En règle générale, les erreurs interrompent l’analyse et
requièrent une intervention avant la poursuite de l’analyse.
Lorsqu’un changement de situation se produit, l’icône correspondante clignote afin de vous
alerter.
} Sélectionnez l'icône pour ouvrir la fenêtre d’état et afficher une description du
problème.
} Sélectionnez Acknowledge (Accusé de réception) pour accepter le message et Close
(Fermer) pour fermer la boîte de dialogue.
Indicateurs d’activité et de capteurs
L’écran de bienvenue contient une série d’icônes dans le coin inférieur droit de l’écran, qui
indiquent l’activité que l’instrument est en train d’effectuer, ainsi que l’état des composants
spécifiés selon les capteurs de l’instrument.
Figure 4 Indicateurs d’activité
De gauche à droite, les indicateurs d’activité représentent les moteurs X, Y et Z, la
fonctionnalité de l’électronique, la caméra, le système fluidique et les fonctions de
traitement.
Figure 5 Indicateurs de capteurs
De gauche à droite, les indicateurs de capteur représentent la température de la
Flow Cell A, la température du réfrigérant pour réactifs, l’état du nuage BaseSpace et la
température de la Flow Cell B.
Guide du Système HiSeq X
7
Composants de l’instrument
Icônes d’état
Vue d’ensemble
État du transfert des données
Un des indicateurs de capteurs, état de transfert des données, affiche l’état de Run Copy
Service, qui gère le transfert de données dans le dossier de sortie. L'état de transfert affecte
votre capacité à démarrer une nouvelle analyse ou à formater en toute sécurité le lecteur de
sortie
Icône d’état
Description
Les données sont en cours de transfert. Ne formatez pas le lecteur de sortie
avant que le transfert soit terminé.
Les données sont en cours de transfert, mais la connexion au réseau est lente.
Vous pouvez configurer une analyse de séquençage et formater le lecteur de
sortie une fois le transfert terminé.
Run Copy Service est inactif.
Run Copy Service est actif, mais n’effectue aucun transfert de données.
8
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Les trousses de réactifs Illumina sont nécessaires pour le séquençage sur le système
HiSeq X. Chaque trousse contient les réactifs de génération d’amplifiats utilisés sur le
système cBot, ainsi que les réactifs SBS, les réactifs d’indexage et les réactifs appariés
utilisés sur le système HiSeq X.
} Trousse Single-Pack : chaque trousse comprend des consommables pour le séquençage
de deux Flow Cells ou l’analyse d’une double Flow Cell. Les consommables sont
emballés dans deux ensembles complets. Chaque ensemble prend en charge
une Flow Cell.
} Trousse 10-Pack : chaque trousse comprend les consommables pour le séquençage de
20 Flow Cells ou dix analyses d’une double Flow Cell. Les consommables sont
emballés de façon à prendre en charge quatre Flow Cells à la fois.
Nom de la trousse du système HiSeq X
Nº de référence
Trousse de réactifs HiSeq X Ten v2.5 (300 cycles)
FC-501-2501
Trousse de réactifs HiSeq X Ten v2.5 (300 cycles), 10-pack
FC-501-2521
Trousse de réactifs HiSeq X Five v2.5 (300 cycles)
FC-502-2501
Trousse de réactifs HiSeq X Five v2.5 (300 cycles), 10-pack
FC-502-2521
Flow Cell modélisée
Le système HiSeq X utilise une Flow Cell modélisée contenant des milliards de nanopuits
classés fabriqués dans le verre de la Flow Cell. L’arrangement ordonné augmente le
nombre de lectures de sortie et la quantité de données de séquençage générées.
La Flow Cell modélisée est fournie dans Trousse de réactifs HiSeq X.
Figure 6 Exemple d’amplifiats sur une Flow Cell modélisée
Guide du Système HiSeq X
9
Présentation des consommables pour le séquençage
Présentation des consommables pour le séquençage
10
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Chapitre 2 Premiers pas
Démarrer le HiSeq X
Personnaliser les paramètres du système
Afficher et envoyer les données de l’instrument
Consommables fournis par l’utilisateur
Guide du Système HiSeq X
12
13
15
16
11
Chapitre 2
Premiers pas
Premiers pas
Démarrer le HiSeq X
1
Démarrez l’ordinateur de commande de l’instrument.
2
Connectez-vous au système d’exploitation à l’aide du nom d’utilisateur et du mot de
passe par défaut et attendez qu'il se charge.
} Nom d’utilisateur : sbsuser
} Mot de passe : sbs123
Si les valeurs par défaut ne fonctionnent pas, consultez l’administrateur de votre
installation pour connaître le nom d’utilisateur et le mot de passe propres à votre site.
3
Localisez le bouton d’alimentation situé sur le côté droit de l’instrument et commutezle en position ON (Marche).
Attendez au moins une minute que les dispositifs de l’instrument soient correctement
configurés et que le lecteur de l’instrument appelé DoNotEject (Ne pas éjecter)
s’initialise.
4
Fermez la fenêtre qui s’ouvre lorsque DoNotEject est initialisé. Si la fenêtre ne s’ouvre
pas, regardez dans Poste de travail pour trouver le lecteur DoNotEject.
REMARQUE
N’éjectez jamais le lecteur flash DoNotEject situé à l’intérieur du châssis de l’instrument
et ne modifiez jamais les fichiers qu’il contient. Ce lecteur contient des fichiers de
configuration du matériel et s’initialise à chaque mise sous tension de l’instrument.
5
Pour assurer un espace disque adéquat, archivez sur un emplacement réseau les
données issues des analyses précédentes présentes sur l’ordinateur de l’instrument.
6
Ouvrez HCS à l’aide du raccourci situé sur le bureau de l’ordinateur.
Lorsque le logiciel est initialisé, l’écran Welcome (Bienvenue) s’affiche et l’icône
d’initialisation apparaît dans le coin inférieur droit de l’écran.
Meilleures pratiques pour l’utilisation de l’instrument et de l’ordinateur de
commande
}
}
}
}
}
12
Ne mettez pas l’ordinateur sous tension lorsque l’instrument est en marche. Mettez
toujours l’ordinateur sous tension avant l’instrument.
Ne mettez pas l’instrument hors tension lorsque le logiciel de commande de
l’instrument est en marche.
Attendez une minute après avoir éteint l’instrument pour le remettre en marche.
Branchez les câbles USB de l’instrument, de l’écran et du clavier à l’arrière de
l’ordinateur avant de mettre celui-ci sous tension.
Branchez le lecteur de codes à barres et la souris aux ports USB situés à l’avant de
l’ordinateur.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Le logiciel de commande comprend des paramètres de système personnalisables pour les
dossiers d’analyse et les préférences LIMS. La fenêtre Menu Options (Options du menu)
fournit des paramètres permettant de définir le modèle d’identifiant d’analyse,
l’emplacement des dossiers par défaut, la possibilité d’envoyer des renseignements sur
l’état de l’instrument à Illumina, ainsi que l’authentification au serveur LIMS.
Pour personnaliser l’affichage de votre interface du logiciel de commande, sélectionnez
Menu | View (Menu | Affichage). Vous pouvez choisir d’afficher l’interface en plein écran
ou dans une fenêtre, ou de la réduire
Définir les paramètres du dossier d’analyse
1
Dans l’écran de bienvenue, sélectionnez Menu | Tools | Options
(Menu | Outils | Options) pour ouvrir la fenêtre Menu Options (Options du menu).
2
Pour personnaliser les règles d’attribution des noms pour les noms des dossiers
d’analyse, modifiez les paramètres dans le champ Run ID Template (Modèle
d’identifiant d’analyse). Sélectionnez Reset (Réinitialiser) pour vider le champ.
3
Pour paramétrer les emplacements de sortie par défaut, saisissez un emplacement pour
chacun des dossiers suivants :
} Default Output Folder (Dossier de sortie par défaut) : dossier de sortie par défaut
pour les analyses effectuées sur la Flow Cell A.
} Default Output Folder2 (Dossier de sortie par défaut 2) : dossier de sortie par défaut
pour les analyses effectuées sur la Flow Cell B.
REMARQUE
Illumina recommande de placer les dossiers de sortie à un emplacement réseau. Vous
pouvez toutefois indiquer un emplacement sur le lecteur O:\, à condition que
l’emplacement soit différent de celui du dossier HiSeq Temp. N’utilisez pas le lecteur S:\
ni le lecteur C:\. Le lecteur S:\ est réservé aux opérations de l’instrument et le lecteur
C:\ est trop petit.
4
Pour paramétrer un emplacement pour les formulaires d’échantillons LIMS, saisissez
un emplacement dans le champ Run Setup Folder (Dossier de configuration de
l’analyse).
5
Cliquez sur OK pour enregistrer votre travail et fermer la fenêtre Menu Options
(Options du menu). Cliquez sur Cancel (Annuler) pour fermer sans enregistrer.
Paramétrer les préférences LIMS
1
Dans l’écran de bienvenue, sélectionnez Menu |Tools | Options
(Menu | Outils | Options) pour ouvrir la fenêtre Menu Options (Options du menu).
2
Saisissez les paramètres LIMS suivants :
} LIMS Server (Serveur LIMS) : nom du serveur pour les interactions avec le système
LIMS d’Illumina pris en charge.
} LIMS User Name (Nom d’utilisateur LIMS) : nom d’utilisateur utilisé lors de
l’authentification sur le LIMS d’Illumina.
} LIMS Password (Mot de passe LIMS) : mot de passe utilisé lors de l’authentification
sur le LIMS d’Illumina.
Guide du Système HiSeq X
13
Personnaliser les paramètres du système
Personnaliser les paramètres du système
Premiers pas
3
14
Cliquez sur OK pour enregistrer votre travail et fermer la fenêtre Menu Options
(Options du menu). Cliquez sur Cancel (Annuler) pour fermer sans enregistrer.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Le bouton Menu (Menu) sur l’écran de bienvenue et la fenêtre Menu Options (Options du
menu) fournissent des options relatives à l’affichage et à l’envoi des données de
l’instrument.
} Pour afficher des renseignements sur le matériel de l’instrument, les versions de
logiciels et les coordonnées de l’assistance technique, sélectionnez Menu | About
(Menu | À propos).
} Pour permettre à l’instrument d’envoyer des renseignements à BaseSpace pour chaque
analyse (recommandé), sélectionnez Menu | Tools | Options (Menu | Outils |
Options), puis cochez la case Send instrument health data to Illumina to help
Illumina improve its products (Envoyer les données sur l’état de l’instrument à
Illumina afin d’aider Illumina à améliorer ses produits).
Tous les renseignements demeurent confidentiels.
Guide du Système HiSeq X
15
Afficher et envoyer les données de l’instrument
Afficher et envoyer les données de l’instrument
Premiers pas
Consommables fournis par l’utilisateur
Pour obtenir une liste complète des consommables fournis par l’utilisateur, consultez le
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X (document
nº 15050093).
Consommable
Lingettes alcoolisées, isopropyle
à 70 %
ou éthanol à 70 %
Bonbonne, au moins six litres
Gants, sans talc
Tissu de laboratoire peu
pelucheux
ProClin 300, 50 ml
Tubes de centrifugeuse, 250 ml
16
Fournisseur
Fournisseur de laboratoire
général
VWR, nº de référence 95041-714
Fournisseur de laboratoire
général
Corning, nº de référence 430776
Fournisseur de laboratoire
général
VWR, nº de référence 21905-026
Sigma-Aldrich, nº de
référence 48912-U
Fournisseur de laboratoire
général
Corning, nº de référence 430776
Tubes coniques, 15 ml
Fournisseur de laboratoire
général
Corning, nº de référence 430052
Tween 20, liquide visqueux,
100 ml
Brucelles en plastique à bout
carré
Eau de laboratoire, 18 M Ohm
Sigma-Aldrich, nº de
référence P7949
McMaster-Carr, nº de
référence 7003A22
Millipore
Utilisation
Nettoyage de la Flow Cell et
de la platine de Flow Cell.
Préparation de la solution de
lavage de maintenance.
Utilisation générale.
Nettoyage du portoir de
Flow Cell.
Lavage de maintenance.
Lavage de l’instrument.
Support de réactifs SBS,
position contenant la
solution PW1.
Collecte et mesure des
volumes de déchets.
Support de réactifs appariés,
position contenant la
solution PW1.
Lavage de maintenance.
Retrait des joints de la
Flow Cell.
Lavage à l’eau.
Support de réactifs SBS et
appariés, position contenant
la solution PW1.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Chapitre 3 Préparation des réactifs
Introduction
Préparer des réactifs SBS
Préparer les réactifs d’indexage et appariés
Guide du Système HiSeq X
18
19
20
17
Chapitre 3
Préparation des réactifs
Préparation des réactifs
Introduction
Avant de configurer l’analyse, préparez tous les réactifs nécessaires au séquençage :
réactifs SBS, réactifs d’indexage et réactifs appariés. Les instructions de préparation des
réactifs sont identiques pour toutes les versions de trousses. Chargez tous les réactifs
lorsque le logiciel vous y invite au cours de la configuration de l’analyse. Il n’est pas
nécessaire de revenir à l’instrument au moment de l’analyse pour charger des réactifs.
Les réactifs peuvent être préparés pendant la génération d’amplifiats. Pour obtenir des
instructions relatives à la préparation de la Flow Cell, à la préparation des réactifs de
génération d’amplifiats et à la réalisation de la génération d’amplifiats, consultez le guide
du système cBot (référence 15006165).
18
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Suivez les instructions ci-dessous pour décongeler et inspecter les réactifs SBS : HSM, HIM
et HCM. Utilisez PB1 et PB2 directement à partir du stockage.
Préparez la quantité appropriée de bouteilles de réactif SBS .
Réactif
PB1
PB2
PCM
PIM
PSM
Pour une Flow Cell
(Analyse de Flow Cell
unique)
1
3
1
1
1
Pour deux Flow Cells
(Analyse de double
Flow Cell)
2
6
2
2
2
Pour 4 Flow Cells
(Analyses de deux doubles
Flow Cells)
4
12
4
4
4
Décongeler les réactifs SBS
1
Retirez les PSM, PIM et PCM de leur lieu de stockage entre -25 °C et -15 °C et
décongelez-les entre 2 °C et 8 °C pendant environ 16 heures.
Vous pouvez également décongeler les PSM et PIM dans un bain d’eau désionisée à
température ambiante pendant environ 90 minutes. Décongelez le PCM dans un bain
d’eau séparé.
REMARQUE
Remplacez vos gants après avoir manipulé le PCM.
2
Retournez chaque flacon pour en mélanger le contenu.
3
Inspectez le PSM afin de vous assurer qu’aucun tourbillon n’est visible.
4
Réservez les PSM et PIM sur la glace. Réservez séparément le PCM sur la glace afin
d’éviter la contamination croisée.
Guide du Système HiSeq X
19
Préparer des réactifs SBS
Préparer des réactifs SBS
Préparation des réactifs
Préparer les réactifs d’indexage et appariés
Les réactifs d’indexage et les réactifs appariés sont utilisés pendant l’étape de resynthèse
pour la lecture 2 d’une analyse de séquençage à lecture appariée.
Préparez la quantité appropriée de tubes pour chaque réactif d’indexage et apparié.
Réactif
PRM
PLM2
PAM
PPM
PDR
HP11
HP12
Quantité pour une
Flow Cell
(Analyse de Flow Cell
unique)
1
1
1
1
1
1
1
Quantité pour deux
Flow Cells
(Analyse de double
Flow Cell)
2
2
2
2
2
2
2
Quantité pour quatre Flow
Cells
(Analyses de deux doubles
Flow Cells)
4
4
4
4
4
4
4
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant
probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent
survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse
de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les
conformément aux normes de sécurité gouvernementales en vigueur dans votre région.
Pour obtenir des renseignements relatifs à l’environnement, à la santé et à la sécurité,
consultez la fiche signalétique de cette trousse, mise à votre disposition sur
support.illumina.com/sds.html.
Décongeler les réactifs d’indexage et appariés
1
Retirez les réactifs suivants de leur lieu de stockage entre -25 °C et -15 °C : PRM, PLM2,
PAM, PPM, PDR, HP11 et HP12.
REMARQUE
Pour les librairies non indexées, le réactif HP12 n’est pas requis.
2
Décongelez les réactifs dans un bain d’eau désionisée à température ambiante pendant
environ 20 minutes, ou jusqu’à ce que les réactifs soient décongelés.
3
Placez les réactifs PRM, PLM2 et PAM sur la glace.
Préparer les réactifs PRM, PLM2, PAM, PPM, PDR, HP11 et HP12
20
1
Retournez chaque tube pour en mélanger le contenu.
2
Centrifugez à 1 000 tr/min pendant une minute.
3
Réservez les réactifs PRM, PLM2 et PAM sur la glace.
4
Réservez les réactifs PPM, PDR, HP11 et HP12 à température ambiante.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Chapitre 4 Séquençage
Introduction
Flux de travail de séquençage
Saisir les paramètres d’analyse
Charger et amorcer des réactifs
Charger la Flow Cell de séquençage
Surveiller l’analyse
Décharger les réactifs
Réaliser un lavage à l’eau
Effectuer un formatage rapide du lecteur de sortie
Guide du Système HiSeq X
22
23
24
27
32
36
37
38
39
21
Chapitre 4
Séquençage
Séquençage
Introduction
Pour effectuer une analyse sur le HiSeq X, préparez tous les réactifs, puis suivez les
indications du logiciel pour configurer l’analyse. Les étapes de configuration de l’analyse
consistent à entrer les paramètres de l’analyse, à charger et amorcer les réactifs, à charger la
Flow Cell et à procéder à une vérification de la fluidique.
Les étapes de configuration de l’analyse sont organisées en trois onglets : Run
Configuration (Configuration de l’analyse), Pre-Run Setup (Configuration avant analyse) et
Initiate Run (Lancer l’analyse).
} Les écrans de configuration de l’analyse contiennent des listes déroulantes, des cases à
cocher ou des champs de texte pour les paramètres de l’analyse. Utilisez le lecteur de
code à barres portatif pour balayer l’identifiant de la Flow Cell ou de la trousse de
réactifs, ou entrez l’identifiant à l’aide du clavier de l’écran tactile. L’icône du clavier
est située à droite des champs de texte.
} Sélectionnez Next (Suivant) pour passer à l’écran suivant ou Back (Retour) pour
revenir à l’écran précédent.
} À tout moment pendant les étapes de configuration de l’analyse, sélectionnez Cancel
(Annuler) pour abandonner la configuration de l’analyse et revenir à l’écran de
bienvenue.
Consultez la page des spécifications du HiSeq X sur le site Web d’Illumina pour en savoir
plus sur la durée des analyses ainsi que sur les autres caractéristiques de performance.
Décaler les analyses
Il est possible de démarrer une nouvelle analyse sur la Flow Cell A ou sur la Flow Cell B
lorsqu’une analyse est en cours sur la Flow Cell adjacente. Pour de plus amples
renseignements, consultez la section Décaler les analyses sur les Flow Cell A et Flow Cell B à la
page 55.
22
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Préparez la Flow Cell et les réactifs pour l’analyse.
Saisissez les paramètres de l’analyse en suivant les indications de l’interface
du logiciel de commande.
Chargez les réactifs SBS pour la lecture 1 et la lecture 2. Le cas échéant,
chargez les réactifs pour les réactifs d’indexage et appariés
Avec une Flow Cell utilisée, vérifiez que le flux est correct.
Amorcez les réactifs SBS et mesurez les déchets d’amorçage.
Chargez une Flow Cell HiSeq X en amplifiats et vérifiez que le flux est
correct.
Démarrez l’analyse de séquençage.
[Facultatif] Après le cycle 2, inspectez le rapport de la première base, puis
continuez la lecture 1.
Une fois l’analyse terminée, déchargez les réactifs.
Effectuez un lavage de l’instrument.
Guide du Système HiSeq X
23
Flux de travail de séquençage
Flux de travail de séquençage
Séquençage
Saisir les paramètres d’analyse
Commencez la configuration de l’analyse en saisissant les paramètres d’analyse dans une
série d’écrans sous l'onglet Run Configuration (Configuration de l’analyse). Le logiciel vous
guide à chaque écran au fur et à mesure que vous spécifiez la connectivité BaseSpace, que
vous saisissez les identifiants des consommables, que vous sélectionnez les options
d’indexage et que vous consignez d’autres paramètres pour l’analyse.
Écran Storage (Stockage)
1
Dans l'écran de bienvenue, sélectionnez Sequence (Séquencer) pour afficher l'écran
Storage (Stockage).
2
[Facultatif] Connectez-vous à BaseSpace de la manière suivante.
a
b
c
Sélectionnez Connect to BaseSpace (Connecter à BaseSpace).
Sélectionnez l’une des options BaseSpace suivantes :
} Storage and Analysis(Stockage et analyse) : envoie les données de l’analyse à
BaseSpace pour une surveillance et une analyse des données à distance. Cette
option requiert une feuille d’échantillons.
} Run Monitoring Only (Surveillance de l’analyse uniquement) : envoie
uniquement les fichiers InterOp à BaseSpace, ce qui vous permet de surveiller
votre analyse à distance.
Connectez-vous à BaseSpace avec l’adresse électronique et le mot de passe de votre
compte MyIllumina.
3
Sélectionnez Browse (Parcourir) pour sélectionner l’emplacement de dossier de sortie
de votre choix.
4
Confirmez que le paramètre des miniatures est réglé sur Save All Thumbnails
(Enregistrer toutes les miniatures).
Le logiciel enregistre automatiquement toutes les images miniatures. Une miniature est
un échantillon d’images en provenance de nombreuses plaques dans chaque colonne
de plaques, ou témoin, combinées en une seule image miniature.
5
Sélectionnez Next (Suivant).
Écran Flow Cell Setup (Configuration de la Flow Cell)
L’écran Flow Cell Setup (Configuration de la Flow Cell) consigne des renseignements sur la
Flow Cell utilisée pour l’analyse. Tous les champs sont requis.
1
Numérisez ou entrez l’identifiant de Flow Cell (numéro de code à barres) de la
Flow Cell à séquencer.
2
Confirmez que le type de Flow Cell est HiSeq X ou HiSeq X HD.
REMARQUE
Une Flow Cell HiSeq X et une Flow Cell HiSeq X HD peuvent être séquencées
simultanément comme Flow Cell A et Flow Cell B.
24
3
Saisissez le nom de l’expérience qui apparaîtra sur chaque écran pour aider à identifier
l’analyse en cours.
4
Saisissez un nom d’utilisateur.
5
Sélectionnez Next (Suivant).
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
1
[Facultatif] Cochez la case Confirm First Base (Confirmer première base).
Un rapport de la première base est généré automatiquement pour chaque analyse après
le cycle 2 et placé au niveau de la racine du dossier de l’analyse. En sélectionnant cette
option, vous pouvez confirmer le rapport de la première base avant de procéder à
l’analyse. Dans le cas contraire, l’analyse continue sans afficher la boîte de dialogue de
confirmation.
2
[Facultatif] Dans l’image de la Flow Cell, sélectionnez les lignes à retirer de l’analyse.
Toutes les lignes sont incluses par défaut. L’alignement PhiX s’exécute
automatiquement pour toutes les lignes.
REMARQUE
Vous n'avez pas besoin d'une ligne de contrôle dédiée, elle est facultative.
3
Sélectionnez Next (Suivant).
Écran Recipe (Formule)
Une formule est générée automatiquement à partir des renseignements saisis sur l’écran
Recipe (Formule).
1
Sélectionnez une option correspondant au type d’index :
} No Index (Sans index) : effectue une analyse à lecture appariée sans index.
} Single Index (Index unique) : effectue une analyse à lecture appariée avec lecture
d'indexage de 8 bp.
2
Saisissez le nombre de cycles de la lecture 1 et de la lecture 2 ainsi que la lecture
d’index, le cas échéant.
3
Confirmez les paramètres suivants, remplis automatiquement en fonction du type
d’index sélectionné :
a
b
c
SBS: HiSeq X SBS : indique la chimie SBS utilisée pour la lecture 1 et la lecture 2.
Index: HiSeq X Sequencing Primer (Primer de séquençage HiSeq X) : affiche la
chimie utilisée pour les lectures d’index, le cas échéant.
PE turnaround: HiSeq X PE (Rotation des paires appariées : HiSeq X PE) : affiche
la chimie utilisée pour la resynthèse appariée.
Écran Sample Sheet (Feuille d’échantillons)
Les feuilles d’échantillons sont facultatives, sauf si vous utilisez BaseSpace pour effectuer
l’analyse des données.
1
Sélectionnez Browse (Parcourir) pour sélectionner l’emplacement de la feuille
d’échantillons.
2
Sélectionnez Next (Suivant).
Guide du Système HiSeq X
25
Saisir les paramètres d’analyse
Écran Advanced (Paramètres avancés)
Séquençage
Écran Reagents (Réactifs)
L’écran Reagents (Réactifs) consigne des renseignements sur la trousse de réactifs utilisée
pour votre analyse.
1
Dans le champ Identifiant de la trousse de réactifs SBS, numérisez ou saisissez
l’identifiant du code à barres des boîtes de trousse de réactifs SBS suivantes :
} Trousse Single-Pack : boîte de la trousse de réactifs SBS n° 1 ou 2
} Trousse 10-Pack : boîtes de la trousse de réactifs SBS A à F
2
Dans le champ PE Reagent Kit ID (Identifiant de la trousse de réactifs appariés),
numérisez ou saisissez l’identifiant du code à barres de la trousse de réactifs appariés
à partir d'une boîte de trousses d’amplifiats appariés :
} Trousse Single-Pack : boîte de la trousse d’amplifiats appariés n° 2
} Trousse 10-Pack : boîte de la trousse d’amplifiats appariés C
3
Sélectionnez 300 cycles. Le nombre de cycles restants est défini sur 310 par défaut.
REMARQUE
Le logiciel effectue un compte à rebours du nombre de cycles saisi dans le champ Cycles
Remaining (Cycles restants). Lorsqu’il reste peu de cycles, le logiciel vous invite à
charger de nouveaux réactifs.
4
Sélectionnez Prime SBS Reagents (Amorcer les réactifs SBS) pour amorcer les réactifs.
Assurez-vous d’amorcer les réactifs avant de charger une Flow Cell en amplifiats.
5
Sélectionnez Next (Suivant).
Écran Review (Révision)
26
1
Vérifiez les paramètres de l’analyse à l’écran Review (Révision).
2
Sélectionnez Next (Suivant) pour continuer ou Back (Retour) pour modifier les
paramètres.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Une fois définis les paramètres de l’analyse, chargez les réactifs SBS, les réactifs d’indexage
et les réactifs appariés destinés à l’analyse, puis amorcez les réactifs dans le système
fluidique. Le logiciel vous guide dans ces étapes dans une série d’écrans de l’onglet PreRun Setup (Configuration avant analyse).
Charger les réactifs SBS
1
Retournez chaque tube de réactif plusieurs fois pour mélanger le réactif.
ATTENTION
Manipulez le réactif HCM en dernier, après avoir chargé tous les autres réactifs, afin
d’éviter une contamination croisée. Jetez toujours vos gants et remplacez-les par une
nouvelle paire après avoir manipulé le flacon de HCM.
2
Remplacez le bouchon de chaque flacon par un bouchon verseur.
3
Ouvrez la porte du compartiment de réactifs.
4
Relevez les dispositifs d’aspiration du support de réactifs de séquençage comme suit.
a
b
Tirez la poignée du dispositif d’aspiration vers vous, puis levez-la.
Relâchez la poignée dans la fente située en haut de la ligne. Veillez à ce que la
poignée soit bien fixée dans la fente.
5
Faites glisser le support de réactifs hors du compartiment de réactifs.
6
Placez chaque tube de réactif sur le support, dans la position numérotée pertinente.
Veillez à ce que l’extrémité conique du flacon repose dans l’encoche située à la base du
support.
Tableau 1 Positions des réactifs SBS
Position Réactif
Description
HIM
Mélange d’incorporation modélisé
1
PW1
25 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire
2
HSM
Mélange de balayage modélisé
3
PB1
Tampon SBS modélisé 1
4
PB2
Tampon SBS modélisé 2
5
PB2
Tampon SBS modélisé 2
6
PCM
Mélange de clivage modélisé
7
PB2
Tampon SBS modélisé 2
8
7
Enfilez une nouvelle paire de gants en latex sans talc.
8
Faites glisser le support de réactifs dans le compartiment de réactifs, en alignant le
support sur le guide surélevé du plancher du compartiment.
9
Abaissez les dispositifs d’aspiration dans les flacons de réactif de séquençage comme
suit.
a
b
c
Tirez la poignée du dispositif d’aspiration vers vous, puis abaissez-la.
Inspectez les dispositifs d’aspiration pour vérifier qu’ils ne se sont pas pliés une
fois abaissés dans les bouchons verseurs.
Relâchez la poignée dans la fente située à la base de la ligne.
Guide du Système HiSeq X
27
Charger et amorcer des réactifs
Charger et amorcer des réactifs
Séquençage
Charger les réactifs d’indexage et les réactifs appariés
1
Relevez les dispositifs d’aspiration du support de réactifs appariés comme suit.
a
b
Tirez la poignée vers vous, puis soulevez-la.
Relâchez la poignée dans la fente située en haut de la ligne. Veillez à ce que la
poignée soit bien fixée dans la fente.
2
Faites glisser le support de réactifs hors du compartiment de réactifs, à l’aide de la
poignée du support.
3
Placez des tubes coniques de 15 ml contenant 10 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire
dans les positions 12, 18 et 19 du support apparié.
4
Retirez les bouchons de chacun des tubes de réactifs et placez chaque tube sur le
support dans la position numérotée pertinente ou selon l’étiquette de couleur
correspondante.
Tableau 2 Positions des réactifs appariés
Position
Réactif
Description
PRM
Mélange de resynthèse modélisé
10
PLM2
Mélange de linéarisation modélisé 2
11
PW1
10 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire
12
PAM
Mélange d’amplification modélisé
13
PPM
Prémélange d’amplification modélisé
14
PDR
Réactif de dénaturation modélisé (contient du
15
formamide)
HP11
Mélange de primer, lecture 2
16
HP12*
Mélange de primer, lecture de l’index 1
17
PW1
10 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire
18
PW1
10 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire
19
* HP12 n’est nécessaire que pour les analyses indexées. Si HP12 n’est pas utilisé, chargez un tube
conique de 15 ml avec 10 ml de PW1 ou d’eau de laboratoire.
5
Faites glisser le support de réactifs dans le compartiment de réactifs, en alignant le
support sur le guide surélevé du plancher du compartiment.
6
Abaissez les dispositifs d’aspiration dans les tubes de réactifs appariés comme suit.
a
b
c
7
28
Tirez la poignée vers vous, puis abaissez-la.
Inspectez les dispositifs d’aspiration pour vérifier qu’ils ne se sont pas pliés une
fois plongés dans les tubes.
Relâchez la poignée dans la fente située à la base de la ligne.
Cochez la case PW1 (25 ml) loaded in Position 2 (PW1 [25 ml] chargé en position 2),
puis sélectionnez Next (Suivant).
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Les étapes d’amorçage des réactifs comprennent le chargement d’une Flow Cell
d’amorçage, la vérification de l’adéquation du flux et le démarrage de l’amorce.
ATTENTION
Utilisez toujours une Flow Cell usagée pour amorcer les réactifs. Vous pouvez utiliser la
Flow Cell d’une analyse précédente pour l’amorçage des réactifs en vue d’une analyse
ultérieure ou d’un lavage après analyse.
Charger une Flow Cell d’amorçage
1
Numérisez ou saisissez l’identifiant d’amorçage de la Flow Cell (numéro du code à
barres) de la Flow Cell d’amorçage.
2
Rincez la Flow Cell d’amorçage avec de l’eau de laboratoire. Séchez-la à l’aide d’un
chiffon pour nettoyage de lentilles ou d’un tissu non pelucheux.
3
Nettoyez la Flow Cell à l’aide de lingettes alcoolisées et d’un chiffon pour nettoyage de
lentilles.
4
Placez la Flow Cell sur son portoir, en orientant les ports d’entrée et de sortie vers le
bas et le code à barres vers la droite. Veillez à ce que la flèche sur le côté gauche de la
Flow Cell, qui indique le sens du flux, pointe vers l’instrument.
5
Faites glisser doucement la Flow Cell vers les broches de guidage supérieures et de
droite jusqu’à ce qu’elle s’enclenche.
Figure 7 Flow Cell positionnée contre les broches de guidage du haut et de droite
A
B
Broche de guidage supérieure
Broches de guidage droites
6
Retirez votre main de la Flow Cell afin d’éviter que l’alignement ne dévie avec le
temps.
7
Placez doucement le levier de Flow Cell en position 1 pour engager la décompression
et maintenir la Flow Cell.
Lorsque le levier de Flow Cell clignote en vert, la décompression est en cours. Si le
levier n’est pas vert, consultez la section Problèmes possibles de configuration de l’analyse à
la page 51
Guide du Système HiSeq X
29
Charger et amorcer des réactifs
Amorcer les réactifs
Séquençage
Figure 8 Levier de Flow Cell en position 1
8
Attendez environ cinq secondes, puis placez lentement le levier de Flow Cell en
position 2.
Lorsque le levier de Flow Cell est vert et ne clignote plus, cela signifie que les
collecteurs sont en place et que la Flow Cell est prête.
Figure 9 Levier de Flow Cell en position 2
9
Assurez-vous de cocher la case Vacuum Engaged (Décompression en cours), puis
sélectionnez Next (Suivant).
Vérifier que le flux est correct
La vérification du flux confirme que la Flow Cell et les joints sont correctement installés et
que le collecteur est engagé.
30
1
Sélectionnez la solution 2 dans la liste déroulante.
2
Vérifiez les valeurs par défaut suivantes :
} Volume : 125
} Aspirate Rate (Taux d’aspiration) : 250
} Dispense Rate (Taux de distribution) : 2 000
3
Sélectionnez Pump (Pompe).
4
Inspectez la Flow Cell à la recherche de bulles dans les lignes et de fuites à proximité
des collecteurs.
5
Si vous observez un excès de bulles, vérifiez que les joints ne sont pas obstrués,
réduisez le taux d’aspiration à 100 et pompez 125 µl d’eau supplémentaires vers la
Flow Cell. Si le problème persiste, retirez la Flow Cell, répétez les étapes de nettoyage,
puis rechargez la Flow Cell.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Charger et amorcer des réactifs
Positionner les tubes et démarrer l’amorçage
1
Retirez les tubes d’évacuation de chaque Flow Cell du conteneur à déchets.
Figure 10 Positionner les tubes
2
Placez chaque tube d’évacuation dans un tube vide distinct de 15 ml.
3
Sélectionnez Start Prime (Démarrer l’amorçage).
4
Vous pouvez surveiller la progression de l’étape d’amorçage dans l’écran d’amorçage.
5
Lorsque l’étape d’amorçage est terminée, mesurez le volume d’amorçage recueilli et
vérifiez que le volume est de 1,75 ml dans chaque tube.
Si vous recueillez des volumes d’amorçage dans un seul flacon pour chaque Flow Cell,
vérifiez que le volume est de 14 ml.
Les volumes sont calculés de la manière suivante :
} 250 µl pour chaque position SBS, sauf pour la position 2 (250 × 7 = 1,75 ml)
} 1,75 ml pour chaque ligne (1,75 × 8 = 14 ml)
6
Replacez le tube d’évacuation dans le conteneur à déchets.
7
Sélectionnez Next (Suivant). Vous êtes prêt à charger la Flow Cell en amplifiats.
Guide du Système HiSeq X
31
Séquençage
Charger la Flow Cell de séquençage
Les étapes de chargement de la Flow Cell de séquençage en amplifiats comprennent le
retrait de la Flow Cell utilisée pour l’amorçage, le nettoyage du portoir de Flow Cell, le
chargement de la Flow Cell en amplifiats et la vérification que le flux est correct.
Retirer la Flow Cell utilisée
1
Placez doucement le levier de Flow Cell en position 1 pour libérer les collecteurs.
Figure 11 Levier de Flow Cell en position 1
2
Passez doucement le levier de Flow Cell en position 0 pour désengager le joint de
décompression et libérer la Flow Cell.
Figure 12 Levier de Flow Cell en position 0
3
Soulevez la Flow Cell utilisée du portoir de Flow Cell.
Nettoyer le portoir de Flow Cell
32
1
Enfilez une nouvelle paire de gants en latex sans talc.
2
À l’aide d’un tissu non pelucheux imprégné d’eau de laboratoire, essuyez
soigneusement la surface du portoir de Flow Cell afin de retirer les sels.
3
À l’aide d’une lingette alcoolisée ou d’un tissu non pelucheux imprégné d’éthanol ou
d’isopropanol, essuyez la surface du portoir de Flow Cell. Veillez à ce que l’alcool ne
s’écoule pas dans les trous de décompression ou autour des collecteurs.
4
Le cas échéant, séchez la platine à l’aide d'un chiffon de laboratoire peu pelucheux.
5
Inspectez le portoir de Flow Cell pour vous assurer qu’il ne contient pas de peluche et
que les trous de décompression ne sont pas obstrués.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Charger la Flow Cell de séquençage
1
Placez la Flow Cell sur son portoir, en orientant les ports d’entrée et de sortie vers le
bas et le code à barres vers la droite. Veillez à ce que la flèche sur le côté gauche de la
Flow Cell, qui indique le sens du flux, pointe vers l’instrument.
2
Faites glisser doucement la Flow Cell vers les broches de guidage supérieures et de
droite jusqu’à ce qu’elle s’enclenche.
Figure 14 Flow Cell positionnée contre les broches de guidage du haut et de droite
A
B
Broche de guidage supérieure
Broches de guidage droites
3
Retirez votre main de la Flow Cell afin d’éviter que l’alignement ne dévie avec le
temps.
4
Placez doucement le levier de Flow Cell en position 1 pour engager la décompression
et maintenir la Flow Cell.
Lorsque le levier de Flow Cell clignote en vert, la décompression est en cours. Si le
levier n’est pas vert, consultez la section Problèmes possibles de configuration de l’analyse à
la page 51
Guide du Système HiSeq X
33
Charger la Flow Cell de séquençage
Figure 13 Inspectez les trous de décompression
Séquençage
Figure 15 Levier de Flow Cell en position 1
5
Attendez environ cinq secondes, puis placez lentement le levier de Flow Cell en
position 2.
Lorsque le levier de Flow Cell est vert et ne clignote plus, cela signifie que les
collecteurs sont en place et que la Flow Cell est prête à être utilisée.
Figure 16 Levier de Flow Cell en position 2
6
Assurez-vous de cocher la case Vacuum Engaged (Décompression en cours), puis
sélectionnez Next (Suivant).
Vérifier que le flux est correct
La vérification du flux confirme que la Flow Cell et les joints sont correctement installés et
que le collecteur est engagé.
34
1
Sélectionnez la solution 5 dans la liste déroulante.
2
Saisissez les valeurs par défaut suivantes :
} Volume : 250
} Aspirate Rate (Taux d’aspiration) : 250
} Dispense Rate (Taux de distribution) : 2 000
3
Sélectionnez Pump (Pompe).
4
Inspectez la Flow Cell à la recherche de bulles dans les lignes ou de fuites à proximité
des collecteurs.
5
Si trop de bulles sont présentes, vérifiez que les joints du collecteur ne sont pas
obstrués et recommencez la procédure à l’aide de la solution 6 afin d'éviter de vider la
position 5. Réduisez le taux d’aspiration à 100 et pompez 250 µl d’eau
supplémentaires vers la Flow Cell.
6
Sélectionnez Next (Suivant).
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Assurez-vous que le levier de Flow Cell est vert, puis fermez la porte du compartiment
de Flow Cell.
8
Vérifiez que les cases Vacuum Engaged (Décompression en cours) et Door Closed
(Porte fermée) sont cochées, puis cliquez sur Next (Suivant).
9
Sélectionnez Start (Démarrer) pour commencer l’analyse de séquençage.
Guide du Système HiSeq X
35
Charger la Flow Cell de séquençage
7
Séquençage
Surveiller l’analyse
Surveillez les indicateurs d’analyse à l’écran Run overview (Aperçu de l’analyse).
Figure 17 Écran Run Overview (Aperçu de l’analyse)
A
B
C
D
E
F
Barre de progression : surveillez le nombre de cycles terminés.
Image de la Flow Cell : suivez l’évolution de l’imagerie des lignes.
Graphique de la fluidique : développez la section de la fluidique pour surveiller les étapes
de la chimie.
Configuration de l’analyse : contrôlez les paramètres de l’analyse actuelle.
Graphique d’analyse : contrôlez les scores de qualité par cycle.
Graphique d’images : contrôlez les intensités par cycle. Une seule miniature est affichée pour
chaque témoin numérisé. Toutes les autres images n’apparaissent pas dans l’interface du
logiciel.
Rapport de la première base
Si vous avez sélectionné l’option Confirm First Base (Confirmer la première base) au
moment de la configuration de l’analyse, la boîte de dialogue de confirmation de la
première base s’ouvre automatiquement une fois l’imagerie du deuxième cycle terminée.
L’analyse s’interrompt à cette étape.
1
Vérifiez le rapport de la première base dans la boîte de dialogue de confirmation.
2
Si les résultats vous conviennent, sélectionnez Continue (Continuer).
Visualiseur d’analyse de séquençage
Lorsque des mesures d’analyse sont disponibles, SAV s’ouvre automatiquement et affiche
les mesures générées pendant l’analyse de séquençage. Les mesures apparaissent sous
forme de tracés, de graphiques et de tableaux. Pour afficher les mesures mises à jour,
sélectionnez Refresh (Actualiser) à tout moment pendant l’analyse.
Pour plus de renseignements, consultez le Guide de l’utilisateur du visualiseur d’analyse de
séquençage (SAV) (référence 15051736).
36
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
1
Une fois l’analyse terminée, ouvrez la porte du compartiment de réactifs.
2
Relevez les dispositifs d’aspiration correspondant au support SBS et au support
apparié en procédant comme suit.
a
b
c
Tirez la poignée du dispositif d’aspiration vers l’extérieur.
Soulevez la poignée du dispositif d’aspiration tout en la tirant vers l’extérieur.
Relâchez la poignée du dispositif d’aspiration dans la fente située en haut de la
ligne. Veillez à ce que la poignée du dispositif d’aspiration demeure de manière
sécurisée dans la fente.
3
Faites glisser chaque support de réactifs hors du compartiment de réactifs, à l’aide des
poignées des supports.
4
Retirez chaque flacon du support de réactifs.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant
probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent
survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux.
Portez un équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants
et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets
chimiques et éliminez-les conformément aux normes de sécurité gouvernementales
en vigueur dans votre région. Pour obtenir des renseignements relatifs à
l’environnement, à la santé et à la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette
trousse, mise à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html.
Guide du Système HiSeq X
37
Décharger les réactifs
Décharger les réactifs
Séquençage
Réaliser un lavage à l’eau
Un lavage à l’eau est obligatoire après chaque analyse de séquençage, avec la possibilité de
réaliser un lavage de maintenance à la place (recommandé). Pour les instructions,
consultez la section Réaliser un lavage de maintenance à la page 43.
Si l’instrument n’a pas été utilisé pendant au moins une journée, lavez-le à l’eau avant de
démarrer une nouvelle analyse de séquençage.
1
Depuis l’écran de bienvenue, sélectionnez Wash | Water (Lavage | Eau).
2
Sélectionnez Yes (Oui) pour laver les positions des réactifs appariés, puis sélectionnez
Next (Suivant).
3
Chargez l’instrument avec de l’eau de laboratoire :
a
b
Remplissez huit flacons SBS de 250 ml d’eau de laboratoire.
Remplissez dix tubes appariés de 102 ml d’eau de laboratoire.
4
Assurez-vous qu’une Flow Cell utilisée est chargée. Si nécessaire, chargez une
Flow Cell utilisée.
5
Sélectionnez Next (Suivant).
6
Effectuez une vérification de la fluidique :
a
b
c
Sélectionnez la solution 2 dans la liste déroulante. Acceptez les valeurs de pompe
par défaut.
Sélectionnez Pump (Pompe).
Inspectez la Flow Cell à la recherche de bulles dans les lignes et de fuites à
proximité des collecteurs.
7
Retirez du conteneur à déchets les tuyaux d’évacuation correspondant à la Flow Cell.
8
Rassemblez les tuyaux d’évacuation à l’aide d’un parafilm. Égalisez les extrémités.
9
Placez les extrémités des tuyaux groupés dans un flacon de 250 ml.
10 Sélectionnez Next (Suivant) pour démarrer le lavage à l’eau.
Positions
Huit positions SBS
Huit positions SBS et dix positions appariées
Durée approximative de l’analyse
20 minutes
60 minutes
11 Lorsque le lavage est terminé, mesurez le volume distribué.
Positions
Huit positions SBS
Huit positions SBS et dix positions appariées
Volume total
distribué
32 ml
72 ml
Volume distribué
par ligne
4 ml
9 ml
12 Détachez les tuyaux d’évacuation et replacez-les dans le flacon à déchets.
38
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Une fois le transfert de données terminé, effectuez un formatage rapide du lecteur de sortie
(O:\). Un formatage rapide permet de nettoyer le lecteur pour une analyse ultérieure, sans
supprimer les fichiers système ou les fichiers de maintenance de l’instrument.
Avant de pouvoir commencer une analyse, un espace minimum de 2 To est requis pour
une analyse de double Flow Cell. Si l’espace disque descend sous le seuil de sécurité au
cours d’une analyse, le logiciel interrompt l’analyse et met la Flow Cell en état de sécurité.
L’analyse reprend automatiquement lorsqu’un espace disque suffisant est disponible.
REMARQUE
Les journaux de maintenance de l’instrument sont enregistrés sur le lecteur C:\. C’est
pourquoi il n’est pas risqué de procéder à un formatage rapide du lecteur O:\ pendant un
lavage de l’instrument.
1
Dans Windows, ouvrez Computer (Ordinateur) pour afficher la liste des lecteurs de
l’ordinateur.
2
Faites un clic droit sur le lecteur O:\ et sélectionnez Format (Formater).
3
Dans la boîte de dialogue Format (Formater), cochez la case Quick Format (Formatage
rapide).
4
Sélectionnez Start (Démarrer).
Guide du Système HiSeq X
39
Effectuer un formatage rapide du lecteur de sortie
Effectuer un formatage rapide du lecteur de sortie
40
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Chapitre 5 Maintenance
Introduction
Réaliser un lavage de maintenance
Laisser l’instrument inactif
Arrêter l’instrument
Guide du Système HiSeq X
42
43
46
47
41
Chapitre 5
Maintenance
Maintenance
Introduction
Les procédures de maintenance garantissent des performances continues de l’instrument.
Arrêtez l'instrument ou laissez-le inactif pendant les périodes d'inactivité. Complétez les
lavages à l’eau réalisés à la fin d'une analyse par des lavages de maintenance réguliers.
Le lavage à l’eau effectué à la fin d’une analyse lave le système et contrôle la fluidique. Un
lavage de maintenance consiste à laver le système avec une solution préparée de Tween 20
et de ProClin 300. Les lavages d’instruments réguliers maintiennent les performances de
l’instrument en rinçant le système fluidique et en évitant l’accumulation de sel et la
contamination croisée des réactifs.
Maintenance préventive
Illumina recommande de réaliser une maintenance préventive tous les ans. Si vous n’êtes
pas lié par un contrat de services, veuillez communiquer avec le gestionnaire de compte de
votre région ou l’assistance technique d’Illumina pour organiser un service de maintenance
préventive facturable.
42
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Réalisez un lavage de maintenance lorsque vous y êtes invité par le logiciel tous les dix
jours ou après une analyse, lorsqu’un lavage de maintenance peut facultativement
remplacer un lavage à l’eau (recommandé).
Un lavage de maintenance dure environ 90 minutes et consiste à laver le système avec une
solution préparée de Tween 20 et de ProClin 300. Les lavages d’instruments réguliers
maintiennent les performances de l’instrument en rinçant le système fluidique et en évitant
l’accumulation de sel et la contamination croisée des réactifs et des librairies.
Si l’écran Load Gasket (Charger le joint) s’ouvre avant un lavage de maintenance,
remplacez les joints à huit ports dans les collecteurs avant et arrière avant de réaliser le
lavage.
Préparer la solution de lavage de maintenance.
Préparez cinq litres de solution de lavage de maintenance à utiliser sur un instrument. La
solution peut être stockée jusqu’à 30 jours à température ambiante et utilisée jusqu’à trois
fois au cours de cette période.
Éliminez la solution de lavage conformément aux normes de sécurité gouvernementales de
votre région.
1
Préparez 250 ml de Tween 20 à 10 % en combinant les volumes suivants. Ajoutez l’eau
en premier.
} Eau de laboratoire (225 ml)
} Tween 20 (25 ml)
2
Placez un barreau d’agitateur dans une bonbonne vide ayant une contenance minimale
de six litres.
3
Combinez les volumes suivants dans la bonbonne. Ajoutez l’eau en premier.
} Eau de laboratoire (750 ml)
} Tween 20 à 10 % (250 ml)
} ProClin 300 (1,5 ml)
Ces volumes donnent environ une solution de Tween 20 à 2,5 % et une solution de
ProClin 300 à 0,15 %.
4
Placez la bonbonne sur une plaque d’agitation et agitez jusqu’à ce que la solution soit
parfaitement mélangée.
5
Ajoutez à la solution quatre litres d’eau de laboratoire.
Ces volumes donnent environ une solution de lavage de Tween 20 à 0,5 % et de
ProClin 300 à 0,03 %.
6
Continuez l’agitation jusqu’à ce que la solution soit parfaitement mélangée.
7
Mettez-la de côté dans un contenant fermé et à température ambiante jusqu’à ce que
vous soyez prêt à remplir les tubes et les flacons de réactifs de solution de lavage ou à
les réapprovisionner.
Guide du Système HiSeq X
43
Réaliser un lavage de maintenance
Réaliser un lavage de maintenance
Maintenance
Lavage au Tween 20 et au ProClin 300
1
Dans l’écran de bienvenue, sélectionnez Wash | Maintenance (Lavage | Maintenance).
2
Si vous avez stocké une solution de lavage de maintenance provenant d’une analyse
précédente, préparez les composants de lavage comme suit.
a
b
3
Réapprovisionnez la solution stockée et renversez pour mélanger.
Chargez les flacons et les tubes sur l’instrument dans les positions attribuées du
support de réactifs.
Si vous utilisez une nouvelle solution de lavage de maintenance, préparez les
composants de lavage comme suit.
a
b
c
Remplissez huit flacons SBS de 250 ml de solution de lavage de maintenance.
Remplissez dix tubes appariés de 12 ml de solution de lavage de maintenance.
Attribuez une position de support de réactifs à chaque flacon et tube. Conservez ces
positions pour chaque lavage ultérieur afin d'éviter toute contamination croisée par
le réactif présent sur les dispositifs d’aspiration.
4
Videz le flacon à déchets.
5
Sélectionnez Next (Suivant).
6
Retirez la Flow Cell de la platine de Flow Cell et mettez-la de côté.
7
Enfilez une nouvelle paire de gants en latex sans talc.
8
Appliquez une légère pression sur l’un des côtés du joint jusqu’à ce que l’autre côté se
soulève. Utilisez des pinces brucelles pour attraper et retirer le joint. Répétez l’opération
pour retirer le joint arrière.
Figure 18 Retrait des joints de collecteur usagés
9
Placez un nouveau joint dans chaque fente située à l’avant et à l’arrière du portoir de
Flow Cell. Appuyez légèrement pour les mettre en place.
10 Chargez de nouveau la Flow Cell que vous avez retirée pour installer les nouveaux
joints.
11 Assurez-vous de cocher la case Vacuum Engaged (Décompression en cours), puis
sélectionnez Next (Suivant).
12 Effectuez une vérification de la fluidique :
a
b
44
Sélectionnez la solution 2 dans la liste déroulante.
Acceptez les valeurs par défaut de la pompe et sélectionnez Pump (Pompe).
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
d
Inspectez la Flow Cell à la recherche de bulles dans les lignes et de fuites à
proximité des collecteurs.
Si vous observez un flux continu de bulles, remplacez le joint et répétez l’opération
de vérification de la fluidique.
13 Retirez du conteneur à déchets les tuyaux d’évacuation correspondant à la Flow Cell.
14 Rassemblez les huit tuyaux d’évacuation à l’aide d’un parafilm. Assurez-vous que les
tuyaux soient identiques.
15 Placez les extrémités des tuyaux groupés dans un flacon de 250 ml.
16 Sélectionnez Next (Suivant) pour lancer le lavage.
17 Une fois le lavage terminé, sélectionnez Return to Start (Retourner au début).
18 Mesurez le volume distribué.
Positions
Huit positions SBS
10 positions appariées
Toutes les positions
Volume distribué
74 ml
52 ml
15,75 ml par ligne
REMARQUE
Tous les flacons et tous les tubes sont remplis au maximum de leur capacité de manière à
assurer un rinçage total des dispositifs d’aspiration. Cependant, le volume distribué dans
chaque position varie. C’est pourquoi les flacons et les tubes contiennent des volumes
différents lorsque le lavage est terminé.
19 Détachez les tuyaux d’évacuation et replacez-les dans le conteneur à déchets.
Guide du Système HiSeq X
45
Réaliser un lavage de maintenance
c
Maintenance
Laisser l’instrument inactif
Respectez les instructions suivantes pour préparer l’instrument à une période d’inactivité
pouvant aller jusqu’à dix jours. Pour les périodes de plus de dix jours, consultez la
rubrique Arrêter l’instrument à la page 47.
46
1
Procédez à un lavage de maintenance pour rincer le système. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez la section Réaliser un lavage de maintenance à la page 43.
2
Laissez la Flow Cell sur la platine de Flow Cell avec le levier de Flow Cell en
position 2. Cela maintient les collecteurs en position relevée
3
Chargez 10 ml d’eau de laboratoire dans chacune des positions dans les supports de
réactifs, puis abaissez les dispositifs d’aspiration.
4
Effectuez un lavage à l’eau avant d’utiliser à nouveau l’instrument. Pour obtenir plus
de renseignements, consultez la section Réaliser un lavage à l’eau à la page 38.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
N’arrêtez l’instrument que si vous envisagez de ne pas l’utiliser pendant au moins dix
jours. Si vous envisagez d’utiliser l’instrument dans les dix prochains jours, consultez la
section Laisser l’instrument inactif à la page 46
Utilisez la procédure suivante pour préparer la fluidique et arrêter le système en toute
sécurité.
1
Procédez à un lavage de maintenance pour rincer le système. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez la section Réaliser un lavage de maintenance à la page 43.
2
Retirez la Flow Cell de la platine de Flow Cell.
3
À l’aide d’une lingette alcoolisée ou d’un tissu non pelucheux imprégné d’éthanol ou
d’isopropanol, essuyez soigneusement la surface du portoir de Flow Cell.
ATTENTION
Veillez à ce que l’alcool ne s’écoule pas dans les trous de décompression ou autour des
collecteurs. Utilisez si besoin un chiffon de laboratoire peu pelucheux pour sécher la
platine.
4
Chargez 10 ml d’eau de laboratoire dans chacune des positions dans les supports de
réactifs, puis abaissez les dispositifs d’aspiration.
5
Mettez l’instrument hors tension.
6
Pour redémarrer l’instrument, chargez de l’eau dans toutes les positions de réactifs,
mettez l’instrument sous tension et effectuez un lavage à l’eau. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez la section Réaliser un lavage à l’eau à la page 38.
Guide du Système HiSeq X
47
Arrêter l’instrument
Arrêter l’instrument
48
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Annexe A Dépannage
Fichier journal
Problèmes possibles de configuration de l’analyse
Réaliser une vérification de la fluidique
Suspendre ou terminer une analyse sur le HiSeq X
Décaler les analyses sur les Flow Cell A et Flow Cell B
Possible réhybridation du primer de lecture 1
Guide du Système HiSeq X
50
51
52
53
55
56
49
Annexe A
Dépannage
Dépannage
Fichier journal
Le fichier journal répertorie toutes les erreurs qui se sont produites dans le logiciel de
commande. Utilisez ce fichier à des fins de dépannage.
1
50
Sur l’écran de bienvenue, sélectionnez Menu | Tools | Show Log File (Menu | Outils |
Afficher le fichier journal).
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Problème
Le logiciel ne s’est pas
initialisé.
Le levier de Flow Cell
est orange.
Le levier de Flow Cell
est clignotant.
Un voyant vert
clignote sur le levier de
Flow Cell.
Mauvaise distribution
de fluide
Guide du Système HiSeq X
Cause possible
Le logiciel n’a pas pu
initialiser des
périphériques internes.
Action
Fermez le message d’erreur, puis relancez le
logiciel de l’instrument.
Si le problème persiste, redémarrez l’ordinateur
de l’instrument. Avant de redémarrer
l’ordinateur, éteignez d’abord l’instrument pour
vous assurer que le lecteur DoNotEject est
correctement reconnu.
Si le problème persiste après le redémarrage de
l’ordinateur de l’instrument, arrêtez l’instrument,
attendez au moins 60 secondes, puis redémarrezle.
La Flow Cell n’est pas
Retirez la Flow Cell et répétez les opérations de
bien positionnée.
nettoyage.
La décompression n’est Assurez-vous que les joints sont présents et bien
pas étanche.
positionnés.
Les collecteurs ne se
Rechargez la Flow Cell.
lèvent pas.
Si les étapes précédentes ne fonctionnent pas,
remplacez les joints, puis rechargez la Flow Cell.
Une décompression a
Retirez la Flow Cell et répétez les opérations de
bien lieu, mais elle est
nettoyage.
inadéquate.
Assurez-vous que les joints sont présents et bien
positionnés.
Rechargez la Flow Cell.
Si les étapes précédentes ne fonctionnent pas,
remplacez les joints, puis rechargez la Flow Cell.
La pression négative
Basculez le levier de Flow Cell en position 2.
est satisfaisante.
Bulles potentielles dans
le système.
Repositionnez la Flow Cell et vérifiez que les
trous sont orientés vers le bas.
Recherchez la présence de précipité blanc autour
des joints. En cas de présence de précipité,
remplacez les joints. Remplacez toujours les
joints avant un lavage de maintenance de
l’instrument.
Confirmez que les ensembles de dispositifs
d’aspiration sont complètement abaissés et que
chaque dispositif d’aspiration est en contact avec
les réactifs.
51
Problèmes possibles de configuration de l’analyse
Problèmes possibles de configuration de l’analyse
Dépannage
Réaliser une vérification de la fluidique
Réalisez une vérification de la fluidique pendant l’installation de l’instrument et lors du
dépannage de problèmes de fluidique.
52
1
Sélectionnez Check (Vérifier) sur l’écran de bienvenue.
2
Numérisez ou saisissez l’identifiant de lavage de la Flow Cell (numéro du code à
barres) de la Flow Cell d’amorçage. Assurez-vous d’utiliser une Flow Cell usagée pour
cette étape.
3
Chargez la Flow Cell usagée sur l’instrument.
4
Remplissez huit flacons SBS de solution PW1 ou d’eau de laboratoire, puis chargez-les
dans le support de réactifs SBS correspondant.
5
Sélectionnez la solution 2 dans la liste déroulante.
6
Confirmez les valeurs par défaut suivantes :
} Volume : 250
} Aspirate Rate (Taux d’aspiration) : 250
} Dispense Rate (Taux de distribution) : 2 000
7
Sélectionnez Pump (Pompe).
8
Inspectez la Flow Cell à la recherche de bulles dans les lignes et de fuites à proximité
des collecteurs.
9
Si un trop grand nombre de bulles est présent, vérifiez les joints de collecteur à la
recherche d’obstructions, réduisez le taux d’aspiration à 100 et pompez 250 µl d’eau
supplémentaires vers la Flow Cell.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Terminer une analyse ne fournit pas l’option d’enregistrer les données ou de reprendre
l’analyse. Interrompre une analyse peut être nécessaire pour vérifier les composants d’une
analyse ou pour configurer une analyse sur la Flow Cell adjacente. Pour de plus amples
renseignements, consultez la section Décaler les analyses sur les Flow Cell A et Flow Cell B à la
page 55.
Interrompre une analyse
Il peut être nécessaire d’interrompre une analyse pour vérifier les composants de l’analyse
comme des volumes de réactifs. Lors d’un fonctionnement normal, interrompre une
analyse n’est pas nécessaire.
L’interruption temporaire d’une analyse permet de reprendre l’analyse sans perte de
données. RTA2 reprend automatiquement après l’interruption d’une analyse. Pour plus de
renseignements, consultez la section Real-Time Analysis à la page 57.
1
Sur l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse), sélectionnez Pause (Interrompre).
Figure 19 Options d’interruption
2
Sélectionnez Normal Pause (Interruption normale).
3
Sélectionnez Yes (Oui) pour confirmer.
Le logiciel termine la commande de chimie ou d’imagerie en cours et place la Flow Cell
en état de sécurité.
4
Sélectionnez Resume (Reprendre) pour reprendre l’analyse.
Changer des réactifs en cours d’analyse
Si vous avez commencé l’analyse avec un volume partiel de réactifs, utilisez la fonction
Change Reagents (Changer les réactifs) pour interrompre l’analyse et réapprovisionner les
réactifs.
REMARQUE
L’amorçage n’est pas nécessaire.
1
Sur l’écran Run Overview (Aperçu de l’analyse), sélectionnez Pause (Interrompre) pour
ouvrir le menu d'interruption.
2
Sélectionnez Change Reagents (Changer les réactifs).
3
Sélectionnez Yes (Oui) pour confirmer la commande d’interruption.
Le logiciel termine la commande de chimie ou d’imagerie en cours et place la Flow Cell
en état de sécurité, puis ouvre l’écran Reagents (Réactifs).
4
Saisissez les paramètres suivants :
} L’identifiant de la trousse de réactifs pour les nouveaux réactifs.
} Le nombre de cycles correspondant à la durée attendue des réactifs.
5
Sélectionnez Next (Suivant) pour passer au chargement des réactifs.
Guide du Système HiSeq X
53
Suspendre ou terminer une analyse sur le HiSeq X
Suspendre ou terminer une analyse sur le HiSeq X
Dépannage
Arrêter une analyse
Si l’analyse Real-Time Analysis est arrêtée, le logiciel ne reprend pas le traitement, et les
données de l’analyse ne sont pas enregistrées. Une analyse ne peut donc pas reprendre une
fois arrêtée.
ATTENTION
Arrêter une analyse sur le système HiSeq X est une action définitive.
1
Pour arrêter l’analyse, sélectionnez Abort (Abandonner). Confirmez ou annulez cette
commande.
2
Confirmer la commande d'abandon vous ramènera à l’écran de bienvenue.
3
Passez aux procédures après analyse.
REMARQUE
Si une analyse est arrêtée pendant la lecture 1, il est possible d’effectuer une
réhybridation de primer sur le système cBot. Après la réhybridation de primer,
démarrez une nouvelle analyse sur le système HiSeq X pour lancer le séquençage de la
Flow Cell.
54
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Lorsque vous décalez des analyses sur la Flow Cell A et la Flow Cell B, vous configurez
une nouvelle analyse et le logiciel interrompt et reprend automatiquement l’analyse sur la
Flow Cell adjacente au besoin. Le système est automatiquement placé en état de sécurité.
1
Configurez une nouvelle analyse.
REMARQUE
Si l’analyse adjacente est en train de terminer une étape d’imagerie, le logiciel interrompt
la Flow Cell adjacente avant de pouvoir charger et amorcer les réactifs.
2
Après le chargement de la Flow Cell de séquençage pour la nouvelle analyse, fermez la
porte du compartiment.
3
Sélectionnez Start (Démarrer) pour lancer la nouvelle analyse de séquençage.
Guide du Système HiSeq X
55
Décaler les analyses sur les Flow Cell A et Flow Cell B
Décaler les analyses sur les Flow Cell A et Flow Cell B
Dépannage
Possible réhybridation du primer de lecture 1
Si les mesures d’analyse de la lecture 1 montrent des nombres d’amplifiats faibles, des
intensités faibles ou tout autre problème, vous pouvez effectuer une réhybridation du
primer de la lecture 1 pour préserver la Flow Cell. La réhybridation du primer de la
lecture 1 est effectuée sur le cBot et n’endommage pas les amplifiats sur la Flow Cell.
L’hybridation du primer de la lecture 1 sur une Flow Cell HiSeq X modélisée requiert les
consommables Illumina suivants :
} Trousse de réhybridation multiprimers HiSeq X HD cBot (n° de référence GD-305-1001)
} Collecteur HiSeq cBot (n° de référence SY-401-2015)
Pour plus de renseignements, consultez Réhybridation du primer de la lecture 1 sur une
Flow Cell HiSeqX (n° de référence 15053711).
56
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail Real-Time Analysis
Guide du Système HiSeq X
58
60
57
Annexe B
Real-Time Analysis
Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
HiSeq X utilise une version du logiciel Real-Time Analysis appelée RTA2. RTA2 fonctionne
sur l’ordinateur de l’instrument et extrait les intensités des images, effectue les définitions
des bases et associe un score de qualité aux définitions des bases. RTA2 et le logiciel de
commande communiquent par le biais d’une interface Web HTTP et de fichiers mémoire
partagés. Si RTA2 est arrêtée, le traitement ne reprend pas, et les données de l’analyse ne
sont pas enregistrées.
REMARQUE
Les performances de démultiplexage ne sont pas calculées, ainsi l’onglet Index (Index) du
visualiseur d’analyse de séquençage (SAV) n’est pas rempli.
Fichiers d’entrée
RTA2 nécessite les fichiers d’entrée suivants :
} Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
} RunInfo.xml, que le logiciel de commande génère automatiquement au début de chaque
analyse. À partir de ce fichier, RTA2 lit le nom de l’analyse, le nombre de cycles, vérifie
si une lecture est indexée et lit le nombre de plaques sur la Flow Cell.
} RTA.exe.config, qui est un fichier de configuration logicielle au format XML.
RTA2 reçoit des commandes du logiciel de commande comprenant des renseignements sur
l’emplacement du fichier RunInfo.xml et en cas d’indication d’un dossier de sortie
facultatif.
Fichiers de sortie
Les images de chaque canal passent dans la mémoire jusqu'à RTA2 sous forme de plaques.
À partir de ces images, RTA2 produit des données de sortie primaires qui prennent la
forme d’un ensemble de fichiers de définition des bases dont la qualité est notée et de
fichiers de filtrage. Les autres fichiers prennent en charge la génération de fichiers de sortie
primaires.
} Fichiers de définition des bases : pour chaque plaque analysée, un fichier de définition
des bases compressé (*.bcl) est généré pour chaque plaque par cycle. Le fichier de
définition des bases contient la définition des bases et le score de qualité qui lui est
associé.
} Fichiers de filtrage : chaque plaque génère des renseignements sur le filtre inclus dans
un fichier de filtrage (*.filter) pour chaque plaque au cours de la totalité de l’analyse. Le
fichier de filtrage précise si les amplifiats ont franchi le filtre.
} Fichiers d’emplacement des amplifiats : un fichier d’emplacement des amplifiats
(s.locs) contient les coordonnées X et Y de chaque amplifiat sur la Flow Cell.
Les fichiers de sortie primaires sont utilisés pour une analyse ultérieure des données.
Utilisez le logiciel de conversion bcl2fastq pour le démultiplexage et la conversion FASTQ.
Pour convertir des données à partir du système HiSeq X, utilisez la version 2.14.03.07 de
bcl2fastq ou une version supérieure. Pour en savoir plus sur la version actuelle du logiciel
et télécharger des renseignements, consultez la page HiSeq Xd’assistance du système dans
le site Web d’Illumina.
RTA2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockés dans des
fichiers InterOp. Il s’agit de fichiers binaires regroupant les mesures relatives aux plaques
et aux cycles ainsi que les mesures réalisées lors des lectures. Ces fichiers sont nécessaires
pour afficher les mesures dans le visualiseur d’analyse de séquençage. Pour afficher les
mesures générées par RTA2, utilisez la version 1.8.37 du SAV ou une version supérieure.
58
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Gestion des erreurs
RTA2 crée des fichiers journaux et les écrit dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont
enregistrées dans un fichier d’erreurs au format *.tsv.
Les fichiers journaux et d’erreurs suivants sont transférés vers leur emplacement final de
sortie à la fin du traitement :
} *GlobalLog*.tsv récapitule les événements importants survenus pendant l’analyse.
} *LaneNLog*.tsv répertorie les événements relatifs au traitement de chaque ligne.
} *Error*.tsv répertorie les erreurs survenues au cours d’une analyse.
} *WarningLog*.tsv répertorie les avertissements reçus au cours d’une analyse.
Transfert de données
Tout au long de l’analyse, RTA2 requiert un transfert de données de Run Copy Service, le
logiciel qui gère le transfert vers l’emplacement du dossier de sortie spécifié. Si BaseSpace
est utilisé, le BaseSpace Broker gère le transfert des données vers BaseSpace. Si la connexion
réseau est interrompue, RTA2 continue le traitement et écrit les données localement. Le
transfert de données reprend lorsque la connexion est restaurée.
REMARQUE
Assurez-vous que votre connexion réseau correspond aux exigences minimales requises
pour le transfert de données d’analyse vers BaseSpace. Pour plus de renseignements,
consultez le Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site pour la
configuration de votre système HiSeq X. Consultez la section Ressources supplémentaires à la
page 3.
Une fois le traitement terminé, RTA2 crée un fichier de marqueurs nommé
RTAComplete.txt. Le transfert de données s’achève après la création de ce fichier. Un
indicateur de capteur affiche l’état du transfert au bas de l’écran Pour obtenir plus de
renseignements, consultez la section Indicateurs d’activité et de capteurs à la page 7.
Guide du Système HiSeq X
59
Présentation de Real-Time Analysis
Pour obtenir des détails concernant chaque fichier de sortie, consultez Fichiers de sortie de
séquençage à la page 66.
Real-Time Analysis
Flux de travail Real-Time Analysis
Génération du modèle
Enregistrement et
extraction des intensités
Cartes d’emplacement des amplifiats
Enregistre l’emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell
modélisée et détermine une valeur d’intensité pour chaque
amplifiat.
Correction par la matrice
de couleurs
Corrige les interférences entre les canaux.
Correction de la mise en
phase empirique
Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase.
Définition des bases
Détermine une définition des bases pour chaque amplifiat.
Notation de la qualité
Attribue un score de qualité à chaque définition des bases.
Génération du modèle
La génération du modèle définit la position de chaque amplifiat dans une plaque à l’aide
des coordonnées X et Y. Le modèle est utilisé comme référence pour l’étape suivante
d’enregistrement et l’extraction des intensités.
En raison du réseau ordonné de puits sur la Flow Cell modélisée, un nombre de rangées,
un nombre de colonnes et une distance entre les nano-puits prédéterminent la position des
amplifiats. Pour obtenir plus de renseignements, reportez-vous à la section Flow Cell
modélisée à la page 9.
Les positions des amplifiats de la totalité de l’analyse s’inscrivent dans un même fichier
d’emplacement des amplifiats (s.locs).
Enregistrement et extraction des intensités
L’enregistrement et l’extraction d’intensité commencent après la génération du modèle des
positions de l’amplifiat.
} L’enregistrement transforme les modèles d’emplacement des amplifiats en
l’emplacement sur l’image pour chacun des quatre canaux de couleur.
} L’extraction des intensités détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat du
modèle pour une image donnée.
Si l’enregistrement d’une image échoue au cours d’un cycle, aucune définition de base n’est
générée pour la plaque dans ce cycle. Utilisez le visualiseur d’analyse de séquençage pour
examiner les images miniatures et trouver les images dont l’enregistrement a échoué.
Correction par la matrice de couleurs
Après l’enregistrement et l’extraction des intensités, RTA2 corrige les interférences entre les
canaux. Les interférences se produisent par exemple lorsqu’un amplifiat possède une
intensité dans le canal C, mais également dans le canal A. À l’aide d’une matrice de
couleurs de 4 × 4, RTA2 génère des intensités corrigées par matrice avec une
communication croisée inexistante ou faible, puis équilibre les différences générales
d’intensité entre les canaux de couleur.
60
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d’ADN dans un amplifiat s’étend d’une
base par cycle. La mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu’un brin est déphasé
par rapport au cycle d’incorporation en cours.
} La mise en phase se produit lorsqu’un brin est en retard d’une base.
} La mise en préphase se produit lorsqu’un brin est en avance d’une base.
Figure 20 Mise en phase et en préphase
A
B
Lecture avec une base présentant une mise en phase.
Lecture avec une base présentant une mise en préphase.
RTA2 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase à l’aide de
l’algorithme de correction empirique de la mise en phase, qui optimise la qualité des
données à chaque cycle tout au long de l’analyse.
Définition des bases
Après la correction des intensités brutes en termes d’interférence, de mise en phase et de
mise en préphase, le canal de couleur dont l’intensité est la plus forte correspond à la
définition des bases pour cet amplifiat dans ce cycle. La définition des bases sur le système
HiSeq X à l’aide de RTA2 commence après le cycle 3.
La définition des bases consiste à déterminer une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat
d’une plaque donnée lors d’un cycle spécifique. Les définitions des bases sont enregistrées
dans des fichiers de définition des bases (*.bcl). Il s’agit de fichiers binaires comportant un
octet par définition et par score de qualité. Chaque fichier de définition des bases contient la
définition des bases et le score de qualité qui lui est associé. Pour qu’une base puisse être
définie pour un amplifiat, celui-ci doit d’abord franchir le filtre de pureté. Les amplifiats
qui ne passent pas le filtre ou qui ne peuvent pas être définis car ils sont en dehors de
l’image ou parce que l’enregistrement de l’image a échoué sont des « no-calls » (sans
définition). On représente un « no-call » par la mention « (N) ».
Amplifiats passant le filtre
Pendant les 25 premiers cycles de la lecture 1, le filtre de pureté supprime les amplifiats de
moindre qualité des résultats d’analyse. Les amplifiats passent le filtre s’il n’existe pas plus
d’une définition des bases présentant une valeur de pureté inférieure à 0,6 dans les
25 premiers cycles. La pureté est définie comme le rapport de l’intensité de base la plus
brillante divisée par la somme de l’intensité de base la plus brillante et de la deuxième
plus brillante. Dans les rapports d’analyse, on représente le pourcentage d’amplifiats
passant le filtre par la mention « %PF ».
Guide du Système HiSeq X
61
Flux de travail Real-Time Analysis
Correction de la mise en phase empirique
Real-Time Analysis
Le réseau d’amplifiats d’une HiSeq XFlow Cell modélisée est ordonné. Les puits vides ne
contenant pas d’amplifiat et les puits polyclonaux, où plus d’une séquence est présente,
sont inclus dans le décompte d’amplifiats bruts, mais ne passent pas le filtre. L’assemblage
ordonné sur une Flow Cell modélisée produit donc un pourcentage relativement faible
d’amplifiats passant par le filtre.
Figure 21 Puits vides et polyclonaux (compris dans le comptage d’amplifiats bruts)
Figure 22 Puits contenant des amplifiats autres que PF (indiqués en gris)
Notation de la qualité
Un score de qualité, ou « Q-score », permet de prédire la probabilité d’une erreur dans la
définition des bases. Un score de qualité plus élevé implique qu’une définition des bases
est de plus haute qualité et plus susceptible d’être correcte.
Le Q-score constitue un moyen simple de communiquer la probabilité de petites erreurs. On
représente un score de qualité sous la forme « Q(X) », où X est le score. Le tableau suivant
montre la relation entre le score de qualité et la probabilité d’une erreur.
Score de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Probabilité d’une erreur
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
REMARQUE
La notation de la qualité s’appuie sur une version modifiée de l’algorithme Phred.
La notation de la qualité calcule un ensemble d’indicateurs prévisionnels pour chaque
définition des bases, puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un
tableau de qualité. Les tableaux de qualité servent à fournir des indicateurs de qualité
extrêmement précis pour des analyses générées par une configuration spécifique de
plateforme de séquençage et de version de chimie.
Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des fichiers de
définition des bases (*.bcl).
62
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
RTA2 regroupe les scores de qualité selon des plages ou compartiments spécifiques et
attribue une valeur à chaque plage. Le compartimentage par score de qualité réduit
considérablement les besoins en espace de stockage, sans affecter la précision ou le
fonctionnement des applications en aval.
Le compartimentage par score de qualité contribue à l’efficacité du traitement des analyses
et du transfert de données associés au débit élevé du système HiSeq X. Le fichier *.bcl qui
en résulte est plus petit en raison des algorithmes de compression, qui parviennent à
mieux compresser le fichier. La quantité de données écrites sur l’ordinateur de l’instrument
est réduite. Les données sont transférées à un emplacement réseau, ce qui permet de copier
le fichier plus vite.
Guide du Système HiSeq X
63
Flux de travail Real-Time Analysis
Compartimentage par score de qualité
64
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Annexe C Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Structure du dossier de sortie
Numérotation des plaques
Guide du Système HiSeq X
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67
68
65
Annexe C
Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Type de fichiers
Description, emplacement et nom des fichiers
Fichiers de définition
des bases
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des
bases qui contient la définition des bases ainsi que le score de qualité
encodé.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : pour chaque ligne, les fichiers
sont enregistrés dans des dossiers par cycle.
s_[Ligne]_[Plaque].bcl.gz : « Ligne » représente le numéro à un chiffre
de la ligne et « Plaque » le numéro à quatre chiffres de la plaque. Les
fichiers de définitions des bases sont compressés selon la méthode
gzip.
Fichiers d’emplacement
des amplifiats
Pour chaque plaque, un fichier d’emplacement des amplifiats contient
les coordonnées XY de chaque amplifiat. Les fichiers d’emplacement
des amplifiats sont le résultat de la génération du modèle.
Data\Intensities : un fichier correspondant à l’analyse est enregistré
dans le dossier Intensities (Intensités).
s.locs
Fichiers de filtrage
Les fichiers de filtrage spécifient si les amplifiats ont franchi les filtres.
Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles
de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont enregistrés dans
un dossier pour chaque ligne et chaque plaque.
s_[ligne]_[plaque].filter
Fichiers InterOp
Ces fichiers de rapport binaires sont utilisés par le Visualiseur
d’analyse de séquençage. Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au
long de l’analyse.
Dossier InterOp
Fichier de configuration
de Real-Time Analysis
66
Créé au début de l’analyse, le fichier de configuration de Real-Time
Analysis indique les paramètres de l’analyse.
[Dossier racine]
RTAConfiguration.xml
Fichier de
renseignements sur
l’analyse
Indique le nom de l’analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la
lecture est une lecture indexée et le nombre de témoins et de plaques
sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur l’analyse est créé au
début de l’analyse.
[Dossier racine]
RunInfo.xml
Fichiers des miniatures
Image miniature pour chaque canal et plaque dans chaque témoin à
chaque cycle pendant l’imagerie.
Thumbnail_Images\L00[X]\C[X.1] : les fichiers sont stockés dans un
dossier pour chaque ligne et dans un sous-dossier pour chaque cycle.
s_[Ligne]_[plaque]_[canal].jpg : la plaque est représentée par un
nombre à quatre chiffres qui indique la surface, le témoin et la plaque.
Consultez la section Numérotation des plaques à la page 68.
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Config : paramètres de configuration de l’analyse.
Data
Intensities
BaseCalls
L00[X] : fichiers de définition des bases de chaque ligne, rassemblés dans
un fichier par cycle.
s.locs
Images
Focus
L00[X] : images de mise au point pour chaque ligne.
InterOp : fichiers binaires utilisés par le visualiseur d’analyse de séquençage.
Logs : fichiers journaux décrivant les événements liés au fonctionnement de
l’instrument.
Recipe : fichier de formule propre à l’analyse portant l’identifiant de la cartouche de
réactifs.
RTALogs : fichiers journaux décrivant les événements liés à RTA2.
Thumbnail_Images : miniatures des neuf emplacements de chaque plaque, générées
pour chaque cycle et pour chaque base.
RTAConfiguration.xml
RunInfo.xml
RunParameters.xml
Nom et chemin d’accès des dossiers de l’analyse
Le dossier d’analyse est le dossier racine pour la sortie d’une analyse de séquençage. Lors
de la configuration de l’analyse, le logiciel vous invite à saisir le chemin d’accès au dossier
de l’analyse. Par défaut, le dossier est nommé selon le format suivant :
AAMMJJ_<Nom Ordinateur>_<Numéro Analyse>_<Côté Flow Cell><Identifiant Flow
Cell>
Exemple : 110114_SN106_0716_A90095ACXX
La numérotation de l’analyse augmente par incréments de 1 à chaque fois que l’instrument
effectue une analyse de séquençage. Le côté de la Flow Cell (A ou B) et l’identifiant de la
Flow Cell saisis au cours des étapes de configuration de l’analyse sont ajoutés au nom de
fichier de l’analyse.
Le dossier d’analyse est écrit dans le chemin de sortie spécifié pendant la configuration de
l’analyse. Le dossier d’analyse temporaire pour la Flow Cell A est écrit sur le lecteur D: et le
dossier d’analyse temporaire pour la Flow Cell B est écrit sur le lecteur E: .
Guide du Système HiSeq X
67
Structure du dossier de sortie
Structure du dossier de sortie
Fichiers et dossiers de sortie
Numérotation des plaques
La Flow Cell modélisée HiSeq X est imagée en 96 plaques sur chaque ligne, en haut et en
bas, pour chaque cycle. Chacune des huit lignes comporte deux témoins, et chaque témoin,
24 plaques. Les plaques sont numérotées en fonction de leur position.
REMARQUE
Un témoin est une colonne de plaques dans une ligne de Flow Cell.
Le nom de la plaque est un nombre à quatre chiffres qui représente la position de la
Flow Cell.
} Le premier chiffre représente la surface :
} 1 indique le haut
} 2 indique le bas
} Le second chiffre représente le témoin :
} 1 indique le premier témoin
} 2 indique le second témoin
} Les deux derniers chiffres de 01 à 24 représentent la plaque. La numérotation des
plaques commence par 01 au niveau de la sortie de la Flow Cell et atteint 24 au niveau
de l’entrée.
Figure 23 Numérotation des plaques
Cet exemple montre une plaque depuis la surface supérieure d’une Flow Cell, le
deuxième témoin et la septième plaque.
68
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
%
%PF 61
A
aide
documentation HiSeq X 3
génération d'amplifiats 18
Illumina SeqLab 2-3
réhybridation de primer 56
SAV 36
aide, technique 73
alertes
descriptions 7
résolution 7
aligner sur PhiX 25
amorçage de Flow Cell 29
amorçage des déchets 31
analyses simultanées 55
apparier les positions des réactifs 28
applications, installées 6
arrêt par rapport à inactivité 47
arrêter l’instrument 47
assistance clientèle 73
assistance en ligne 3
assistance technique 73
attribuer un nom
analyses 24
dossier de l’analyse 67
plaques 68
Attribuer un nom
dossiers d’analyse 13
B
bain-marie 19-20
BaseSpace
connecter une analyse 24
feuilles d'échantillons 25
intégration 2
transfert de données 59
BaseSpace Broker 59
bcl2fastq, version 58
bouchons verseurs 27
brancher les câbles USB 12
broches de guidage 29, 33
bulles 30, 34
C
câbles USB, branchement 12
capacité de stockage
optimisation 63
capteurs 7
caractéristiques matérielles 2
changer les réactifs à mi-analyse 53
Clarity LIMS X Edition 2
compartiments 4
connexion 12
Guide du Système HiSeq X
Index
Index
connexion réseau 59
consigner les identifiants de la trousse
de réactifs 26
consommables
fournis par l’utilisateur 16
Illumina 9
consommables pour le séquençage 9
contamination croisée, prévention 19
Contamination croisée, prévention 44
conversion de données 58
conversion FASTQ 58
côté des Flow Cells 5
côté Flow Cell 5, 67
couleurs de la barre d'état 4
couleurs, barre d'état 4
créer des formules 25
cycles par défaut 26
cycles restants 26
D
décaler les analyses 55
démarrer l’instrument 12
démultiplexage 58
documentation 73
documentation supplémentaire, HiSeq
X 3
données
compression 63
conversion 58
transmission à Illumina 15
dossiers d’analyse, temporaire 67
dossiers de sortie
emplacements 13
structure 67
dossiers temporaires 67
É
écran Run Overview (aperçu de
l’analyse) 36
E
emplacement des amplifiats 9
emplacement du dossier d’analyse 67
Emplacements des amplifiats 60
emplacements des dossiers 13, 67
emplacements des fichiers 66-67
emplacements du dossier 67
emplacements du dossier par défaut 13
enregistrement des identifiants de Flow
Cell 24
enregistrement, dépannage 60
enregistrer les images miniatures 24
Erreurs 59
espace disque disponible 39
étapes de la chimie, surveillance 36
69
Index
étapes de séquençage, présentation 23
RTA 60
F
fenêtre Menu Options 13
feuilles d'échantillons, obligatoire 25
fichier de configuration 66
fichier de renseignements sur les
analyses 66
fichiers de définition des bases 61
fichiers de marqueurs 59
fichiers de sortie
emplacement 24
fichiers InterOp 66
Fichiers InterOp 58
fichiers journaux 66
fichiers mémoire 58
filtre de pureté 61
flow cell
réseau d’amplifiats 62
Flow Cell
modélisée 9
Flow Cell modélisée 2, 9, 60
Flow Cells 30, 34, 68
amorçage 29
positionnement 5, 29, 33
réseau d’amplifiats 60
formule 25
fuites 30, 34
H
HCS 6
afficher les options 13
journaux d’erreurs 50
navigation 22
ouverture 12
I
icônes 7-8
identifiant de Flow Cell,
enregistrement 24
Identifiant de la trousse de réactifs,
consignation 26
Illumina SeqLab 2-3
imagerie 68
images, enregistrer 24
inactivité par rapport à arrêt 47
inactivité, durée acceptable 46
incorporation de la première base 36
indicateurs d’analyse 36, 58
initialiser le logiciel 12
initialiser le logiciel, dépannage 51
inspection 30, 34
installation, vérification de la
fluidique 52
intensités, surveillance 36
interférences 60
J
joints 43
Joints, dépannage 51
journaux d’erreurs 50, 59
L
lavage de maintenance
fréquence 43
lavages
eau contre maintenance 42
exigences système 38, 43
solution de lavage de
maintenance 43
Lavages
avantages 42
lavages à l’eau
durée et fréquence 38
volumes délivrés 38
lavages de maintenance 43
réutilisation de la solution 43
réutiliser la solution 44
volumes distribués 45
lecteur de code à barres 22
lecteur de sortie 39
levier de Flow Cell 5
clignotant 51
orange 51
levier de Flow Cell clignotant 51
levier de Flow Cell orange 51
libérer de l’espace disque 39
ligne de contrôle 25
lignes
flow cell 25
Flow Cell 68
LIMS
Illumina SeqLab 2
paramètres 13
serveur 13
localiser les amplifiats 60
logiciel
applications installées 6
caractéristiques 2
Logiciel
dépannage 51
M
maintenance préventive 42
maintenance, préventive 42
miniatures 24, 66
mise en phase 61
mise en préphase 61
module optique 4
mot de passe, par défaut 12
N
nanopuits 9
nom d'utilisateur, par défaut 12
nom de l’expérience 24
nombre de cycles 25
par défaut 26
O
options d'indexage 25
options d’interruption 53
P
paramètres
HCS 13
LIMS 13
70
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Q
Q-scores, scores de qualité 62
qualité des amplifiats 61
R
rapport de la première base 25
rapports, incorporation de la première
base 36
réactifs
appariés 20
changer à mi-analyse 53
indexage 20
préparer 18
quantité par analyse 19-20
SBS 19
Réactifs
manipulation post-analyse 37
réactifs d’indexage
apparier 28
redémarrage de l’instrument 47
références catalogue
collecteurs 56
consommables fournis par
l’utilisateur 16
kits de réhybridation Illumina 56
trousses de réactifs Illumina 9
réfrigérant pour réactifs, température 6
réhybridation 54, 56
reprise d’une analyse 53
réseau d’amplifiats 62
resynthèse pour lecture 2 20
réutiliser la solution de lavage de
maintenance 44
RTA 6
RTA2
arrêt 58
arrêter une analyse 54
fichiers d’entrée 58
Run Copy Service 8, 59
onglet Index 58
version 58
scores de qualité
algorithme Phred 62
surveillance 36
solution de lavage de maintenance 43
spécifications des performances 22
spécifications, performance 22
stockage de la solution de lavage de
maintenance 43
structure du dossier 67
support de réactif 5
support, réactif 5
surveillance à distance 24
système à vide 5
système de fluidique
dépannage 52
système fluidique 5
accès 4
dépannage 51
entretenir 42
T
témoins 24, 68
température, réfrigérant pour réactifs 6
tourbillon 19
transfert de données 39, 59
transfert des données 8
trousses de réactifs 9
trousses, réactifs 9
tubes d'évacuation 31
tuyau d'évacuation 45
V
valeurs d’intensité 60
volumes attendus
amorçage 31
lavage de maintenance 45
lavages à l’eau 38
volumes délivrés
amorçage 31
lavages à l’eau 38
volumes distribués
lavages de maintenance 45
S
sans définition (N) 61
SAV 6
documentation 36
fichiers InterOp 66
Guide du Système HiSeq X
71
Index
paramètres de chimie 25
paramètres de l’analyse, vérification 26
perte de données 53-54, 58
PhiX
alignement 25
ligne de contrôle 25
plaques 58, 68
positionnement des Flow Cells 29, 33
positions des réactifs
support PE 28
support SBS 27
positions des réactifs SBS 27
positions, réactifs
indexage 28
SBS 27
préparation de l’amorçage 31
probabilité d’erreur 62
programme d’indexage 25
PSM, tourbillon 19
puits polyclonaux 62
Index
72
Support nº 20002066
Document nº 15050091 v01 FRA
Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique
d’Illumina.
Tableau 3 Coordonnées générales d’Illumina
Site Web
Adresse
électronique
www.illumina.com
[email protected]
Tableau 4 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina
Région
Numéro de la
Région
personne-ressource
Amérique du Nord
1.800.809.4566
Italie
Allemagne
0800.180.8994
Japon
Australie
1.800.775.688
Norvège
Autriche
0.800,296575
Nouvelle-Zélande
Belgique
0.800,81102
Pays-Bas
Chine
400.635.9898
Royaume-Uni
Danemark
80.882.346
Singapour
Espagne
900,812168
Suède
Finlande
0.800,918363
Suisse
France
0.800,911850
Taïwan
Hong Kong
800.960.230
Autres pays
Irlande
1.800.812949
Numéro de la
personne-ressource
800,874909
0.800.111.5011
800,16836
0.800.451.650
0.800,0223859
0800.917.0041
1.800.579.2745
020.790.181
0.800,563118
00.806.651.752
+44.1799.534000
Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse
support.illumina.com/sds.html.
Documentation produit : disponible en téléchargement au format PDF sur le site Web
Illumina. Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis cliquez
sur Documentation & Literature (Documentation et littérature).
Guide du Système HiSeq X
73
Assistance technique
Assistance technique
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, Californie 92122 États-Unis
+(1) 800 809 ILMN (4566)
+(1) 858 202 4566 (hors Amérique du Nord)
[email protected]
www.illumina.com
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