illumina MiSeqDx Manuel utilisateur

Guide de préparation du site
MiSeqDxMD
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
Introduction
Livraison et installation
Exigences relatives au laboratoire
Exigences électriques
Alimentation sans interruption
Contraintes environnementales
Considérations liées au réseau
Logiciel antivirus
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Assistance technique
EXCLUSIF À ILLUMINA
Nº de réf. 15038351, rév. B FRA
Février 2015
4
5
6
9
10
11
12
13
14
Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et à ses sociétés affiliées (« Illumina »); ils sont exclusivement
destinés à l’usage contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et ne
peuvent servir à aucune autre fin. Ce document et son contenu ne seront utilisés ou distribués à aucune autre fin et ne seront
communiqués, divulgués ou reproduits d’aucune façon sans le consentement écrit préalable d’Illumina. Par ce document,
Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de son droit d’auteur, de ses droits
traditionnels ou de droits similaires d’un tiers quelconque.
Les instructions contenues dans ce document doivent être suivies strictement et explicitement par un personnel qualifié et
adéquatement formé de façon à assurer l’utilisation correcte et sûre du ou des produits décrits dans les présentes. Le contenu
intégral de ce document doit être lu et compris avant d’utiliser ce ou ces produits.
NE PAS LIRE COMPLÈTEMENT ET NE PAS SUIVRE EXPLICITEMENT TOUTES LES INSTRUCTIONS CONTENUES
DANS LES PRÉSENTES PEUT ENTRAÎNER DES DOMMAGES AUX PRODUITS, DES BLESSURES AUX PERSONNES,
QU’ELLES SOIENT UTILISATRICES OU AUTRES, ET DES DOMMAGES AUX AUTRES BIENS.
ILLUMINA REJETTE TOUTE RESPONSABILITÉ RÉSULTANT DE L’USAGE ABUSIF DU OU DES PRODUITS DÉCRITS
DANS LES PRÉSENTES (Y COMPRIS LES PIÈCES DE RECHANGE DE CE OU CES PRODUITS OU LE LOGICIEL) OU
DE TOUTE UTILISATION DE CE OU CES PRODUITS QUI SORT DU CADRE DES LICENCES OU DES PERMISSIONS
ÉCRITES EXPRESSES ACCORDÉES PAR ILLUMINA QUANT À L’ACQUISITION DE CE OU CES PRODUITS PAR LE
CLIENT.
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
© 2015 Illumina, Inc. Tous droits réservés.
Illumina, Genetic Energy, MiSeqDx, Powered by Illumina, la couleur orange citrouille et la conception des bases en flux
continu sont des marques de commerce d’Illumina, Inc. ou de ses filiales aux États-Unis ou dans d’autres pays. Tous les
autres noms, logos et marques de commerce appartiennent à leurs propriétaires respectifs.
Historique des révisions
Nº
Révision
Date
15038351_FRA
B
Février 2015
Changement du nom du Guide de
préparation du site de l’instrument MiSeqDx,
qui devient le Guide de préparation du site
MiSeqDx.
Ajout d’une note sur le risque de blessure si
l’instrument tombe ou n’est pas manipulé
convenablement.
Changement du nom de la section Prises, qui
devient Branchements, dans la partie
Exigences électriques.
Ajout de renseignements relatifs à l’altitude, la
qualité de l’air et la ventilation aux contraintes
environnementales.
Ajout d’une note conseillant de ne pas installer
de logiciels supplémentaires sur le MiSeqDx.
Modifications touchant au marquage et à la
mise en forme.
15038351_FRA
A
Février 2014
Publication originale
Guide de préparation du site MiSeqDx
Description des modifications
3
Introduction
Ce guide fournit tous les renseignements nécessaires pour préparer votre site à
l’installation et à l’utilisation du MiSeqDx :
} Exigences spatiales du laboratoire
} Exigences électriques
} Contraintes environnementales
} Exigences informatiques
} Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Ressources supplémentaires
Les documents suivants sont disponibles en téléchargement sur la page d’assistance du
MiSeqDx sur le site Web d’Illumina. Un identifiant MyIllumina est requis.
} Guide de référence du MiSeqDx (nº de réf. 15038353_FRA) : donne un aperçu des
composants de l’instrument et du logiciel, les instructions pour effectuer des
analyses de séquençage ainsi que les procédures à suivre pour une maintenance et
un dépannage appropriés de l’instrument.
} Guide de sécurité et de conformité de l’instrument MiSeqDx (nº de réf. 15034477_FRA) :
fournit des renseignements concernant l’étiquetage de l’instrument, les certificats de
conformité et les questions de sécurité.
Pour consulter des documents, télécharger des logiciels, accéder à la foire aux questions
et à des cours de formation en ligne, visitez la page d’assistance du MiSeqDx sur le site
Web d’Illumina.
4
Nº de réf. 15038351, rév. B FRA
Un fournisseur de services agréé par Illumina fournit, déballe et installe le MiSeqDx sur
la paillasse du laboratoire. L’espace et la paillasse doivent être préparés avant la
livraison.
ATTENTION
Seul le personnel autorisé par Illumina est à même de déballer, installer ou déplacer le
MiSeqDx. Une mauvaise manipulation de l’instrument peut avoir une incidence sur
l’alignement ou endommager les composants de l’instrument.
ATTENTION
L’instrument est lourd. Si le MiSeqDx n’est pas déballé, installé ou déplacé
convenablement, cela risque :
} d’exposer les opérateurs à des blessures graves si l’instrument tombe ou
n’est pas manipulé convenablement;
} d’endommager ou de casser l’instrument.
Un représentant Illumina s’occupe de l’installation et de l’alignement de l’instrument. Si
vous prévoyez de connecter l’instrument à un système de gestion des données ou à un
emplacement réseau à distance, ayez en votre possession le chemin d’accès que vous
avez sélectionné avant la date d’installation pour le stockage de données. Le fait de
sélectionner préalablement le chemin d’accès permet à votre représentant Illumina de
tester la procédure de transfert de données au cours de l’installation.
ATTENTION
Une fois que votre représentant Illumina a installé et aligné le MiSeqDx, ne déplacez pas
l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un impact sur
l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous souhaitez déplacer
le MiSeqDx, communiquez avec votre représentant Illumina.
Dimensions et contenu de la caisse
Le MiSeqDx est livré dans une caisse. Consultez les dimensions suivantes pour
déterminer la largeur minimale de porte nécessaire pour accueillir la livraison.
•
•
•
•
•
•
}
Mesure
Dimensions de la caisse
Largeur
72,4 cm (28,5 po)
Hauteur
76,8 cm (30,25 po)
Profondeur
83,8 cm (33 po)
Poids
90,7 kg (200 lb)
La caisse contient l’instrument MiSeqDx et les composants suivants :
} Un flacon à déchets, un bac de sécurité et deux étiquettes pour les lieux soumis à des
restrictions d’expédition.
} Une trousse d’accessoires MiSeqDx contenant les éléments suivants :
Un plateau de lavage
Un flacon de lavage de 500 ml
Un bouchon pour le flacon à déchets (rouge)
Un tournevis hexagonal à poignée en T de 6 mm
Un tournevis hexagonal à poignée en T de 1,98 mm (5/64 po)
Un câble réseau blindé CAT6
Un cordon secteur
Guide de préparation du site MiSeqDx
5
Livraison et installation
Livraison et installation
Exigences relatives au laboratoire
Cette section décrit les exigences et recommandations permettant d’aménager
correctement l’espace de votre laboratoire pour le MiSeqDx. Pour plus de
renseignements, consultez la section Contraintes environnementales à la page 11.
Dimensions de l’instrument
Figure 1 Instrument MiSeqDx
Une fois installé, le MiSeqDx présente les dimensions suivantes :
Mesure
Dimensions de l’instrument
Largeur
68,6 cm (27 po)
Hauteur
52,3 cm (20,6 po)
Profondeur
56,5 cm (22,2 po)
Poids
57,2 kg (126 lb)
Exigences de positionnement
Le MiSeqDx doit être positionné de façon à permettre l’accès à l’interrupteur
d’alimentation et à la prise secteur, à assurer une ventilation adaptée et à offrir un accès
pour la maintenance de l’instrument.
} Assurez-vous de pouvoir atteindre le côté droit de l’instrument afin d’actionner
l’interrupteur d’alimentation situé sur le panneau arrière, près du cordon secteur.
} Placez l’instrument de façon à ce que le personnel puisse débrancher rapidement le
cordon secteur de la prise.
} L’instrument doit être accessible depuis tous les côtés, en appliquant les dimensions
minimales de dégagement suivantes :
Accès
Dégagement minimal
Côtés
Laissez au moins 61 cm (24 po) de chaque côté de l’instrument.
Arrière
6
Laissez au moins 10,2 cm (4 po) derrière l’instrument.
Nº de réf. 15038351, rév. B FRA
Dégagement minimal
Haut
Laissez au moins 61 cm (24 po) au-dessus de l’instrument. Si l’instrument
est placé sous une étagère, assurez-vous que l’espace minimal de
dégagement est respecté.
ATTENTION
Si vous souhaitez déplacer le MiSeqDx, communiquez avec votre représentant
Illumina. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un impact sur
l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données.
Recommandations à propos de la paillasse de laboratoire
Illumina recommande de placer l’instrument sur une paillasse de laboratoire sans
roulettes. La paillasse doit pouvoir supporter le poids de l’instrument, soit 57,2 kg
(126 lb).
Largeur
122 cm (48 po)
Hauteur
91,4 cm (36 po)
Profondeur
76,2 cm (30 po)
Roulettes
Non
Recommandations à propos des vibrations
ATTENTION
Le MiSeqDx est sensible aux vibrations.
Suivez les recommandations suivantes pour limiter les vibrations lors des analyses de
séquençage et garantir des performances optimales :
} Placez l’instrument sur une paillasse de laboratoire stable et immobilisée.
} Ne placez sur la paillasse aucun autre équipement susceptible de produire des
vibrations, tel qu’un agitateur, une centrifugeuse ou des instruments dotés de
ventilateurs lourds.
} N’installez pas l’instrument près de portes fréquemment utilisées. L’ouverture et la
fermeture des portes peuvent provoquer des vibrations.
} N’installez pas de plateau de clavier fixé sous la paillasse.
} Pendant une session de séquençage, ne touchez pas l’instrument, n’ouvrez pas la
porte du compartiment des réactifs et ne placez rien au-dessus de l’instrument.
Installation du laboratoire pour les procédures PCR
La procédure PCR (amplification en chaîne par polymérase) est utilisée afin de préparer
des librairies pour le séquençage d’amplicons. À défaut de précautions suffisantes, les
produits PCR peuvent contaminer les réactifs, les instruments et les échantillons, et
provoquer des résultats inexacts et non fiables. La contamination par des produits PCR
peut avoir un impact néfaste sur les procédures du laboratoire et retarder les opérations
normales.
ATTENTION
Vous devez établir des zones dédiées et des procédures de laboratoire pour éviter la
contamination du produit PCR avant de commencer à travailler dans le laboratoire.
Guide de préparation du site MiSeqDx
7
Exigences relatives au laboratoire
Accès
Espaces physiquement séparés dédiés
Assurez-vous que votre laboratoire est correctement installé pour réduire le risque de
contamination du produit PCR.
• Dédiez un espace du laboratoire de pré-PCR physiquement séparé pour effectuer
les procédures de pré-PCR (extraction d’ADN, quantification et normalisation).
• Dédiez un espace du laboratoire de post-PCR physiquement séparé pour
fabriquer et traiter les produits de post-PCR.
• N’utilisez jamais le même évier pour laver les matériels de pré-PCR et de postPCR.
• Ne partagez jamais le même système de purification d’eau entre les procédures
de pré-PCR et de post-PCR.
• Stockez toutes les fournitures utilisées dans les protocoles de pré-PCR dans la
zone de pré-PCR, et transférez-les vers la zone de post-PCR si besoin.
• L’instrument doit se trouver dans le laboratoire de post-PCR.
Équipements et fournitures dédiés
• Dédiez des trousses complètes et distinctes d’équipements et de fournitures
(pipettes, incubateur, bloc chauffant, agitateur, centrifugeuse, etc.) aux procédures
de laboratoire de pré-PCR et de post-PCR. Veillez à ne jamais les échanger entre
les procédures.
• Dédiez des espaces de stockage séparés (congélateurs et réfrigérateurs) aux
consommables de pré-PCR et de post-PCR.
8
Nº de réf. 15038351, rév. B FRA
Exigences électriques
Exigences électriques
Cette section répertorie les caractéristiques d’alimentation et décrit les exigences
électriques pour votre laboratoire.
Caractéristiques d’alimentation
Type
Caractéristique
Tension secteur
Courant alternatif de 100 à 240 V à 50/60 Hz
Consommation
d’électricité
400 W
Branchements
Votre établissement doit être équipé de l’infrastructure de câblage suivante :
} Pour une tension de 100 à 110 volts CA : une ligne électrique dédiée de 10 A mise à
la terre avec tension appropriée est requise.
Prise pour l’Amérique du Nord et le Japon : NEMA 5-15
} Pour une tension de 220 à 240 volts CA : une ligne électrique dédiée de 6 A mise à
la terre avec tension appropriée est requise.
} Si la tension varie de plus de 10 %, un régulateur de tension est requis.
Mise à la terre de protection
Le MiSeqDx dispose d’une connexion de mise à la terre de protection qui
passe par le boîtier. La prise de terre de sécurité du cordon secteur retourne
la mise à la terre protectrice à une référence sûre. La connexion de mise à la
terre de protection du cordon secteur doit être en bon état lorsque le
dispositif est utilisé.
Cordons secteur
Le système MiSeqDx est fourni avec une prise IEC 60320 C13 standard internationale et
est livré avec un cordon secteur adapté à chaque région.
Les tensions dangereuses ne sont supprimées de l’instrument que lorsque le cordon
secteur est débranché de la source d’alimentation CA.
ATTENTION
Ne jamais utiliser de rallonge pour brancher l’instrument à l’alimentation électrique.
Fusibles
Le MiSeqDx ne contient aucun fusible remplaçable par l’utilisateur.
Guide de préparation du site MiSeqDx
9
Alimentation sans interruption
L’utilisation d’une alimentation sans interruption (ASI) fournie par l’utilisateur est
hautement recommandée. Illumina ne peut être tenue responsable des analyses affectées
par une interruption de l’alimentation, que l’instrument soit équipé ou non d’une ASI.
Les groupes électrogènes standards ne sont généralement pas de type « sans coupure ».
Ainsi, l’alimentation peut être brièvement suspendue lors d’une coupure de courant et
provoquer l’interruption d’une analyse de séquençage.
10
Nº de réf. 15038351, rév. B FRA
Contraintes environnementales
Contraintes environnementales
Élément
Température
Humidité
Altitude
Qualité de l’air
Ventilation
Caractéristique
Transport et stockage : –10 à 40 °C (14 à 104 °F)
Conditions de fonctionnement : 19 à 25 °C (66 à 77 °F)
Transport et stockage : humidité sans condensation
Conditions de fonctionnement : 30 à 75 % d’humidité relative
(sans condensation)
Moins de 2 000 mètres (6 500 pieds)
Degré de pollution de l’environnement II ou meilleur
Remarque : un environnement dont le degré de pollution a
été évalué à II ne contient en général que des polluants non
conducteurs.
Consultez le service responsable de votre installation pour
connaître les exigences de ventilation correspondant aux
émissions de chaleur attendues de l’instrument.
Émission de chaleur
Puissance
mesurée
400 W
Puissance thermique
1 364 BTU/h
Niveau de bruit produit
Le MiSeqDx est un instrument refroidi par air. Le bruit provenant du ventilateur est
nettement audible lors du fonctionnement de l’instrument.
Niveau de bruit
produit (dB)
< 62 dB
Distance de l’instrument
1 mètre (3,3 pieds)
Le niveau de bruit d’une conversation normale est de < 62 dB à une distance d’environ
un mètre (3,3 pieds).
Guide de préparation du site MiSeqDx
11
Considérations liées au réseau
Une connexion réseau est recommandée en raison du volume de données générées par le
MiSeqDx.
} Un câble réseau blindé CAT6 d’une longueur de 3 mètres (9,8 pieds) est fourni avec
l’instrument.
Pour utiliser les fonctionnalités suivantes, des connexions réseau et Internet sont
requises :
} Réception et installation des mises à jour logicielles à partir de l’interface MiSeq
Operating Software (MOS).
} Accès aux fichiers de manifeste, aux feuilles d’échantillons et aux références se
trouvant sur le serveur en réseau à partir de l’interface MOS.
} Déplacement facile de données d’analyses précédentes vers un emplacement réseau
pour les stocker et gérer l’espace disque sur l’ordinateur MiSeqDx intégré.
} Contrôle et gestion de l’analyse secondaire à l’aide du logiciel d’analyse MiSeq
Reporter.
} Utilisation de Live Help, une fonctionnalité sur instrument qui vous connecte à
l’assistance technique Illumina pour le dépannage.
REMARQUE
Après vous être connecté à un réseau, configurez Windows Update afin que
MiSeqDx ne se mette pas à jour automatiquement. Si les mises à jour
automatiques restent activées, le MiSeqDx peut redémarrer au milieu d’une
analyse. Si cela se produit, recommencez l’analyse à zéro.
Assistance réseau
Illumina ne propose pas l’installation ni l’assistance technique pour la mise en réseau de
l’instrument.
Suivez les recommandations suivantes pour installer et maintenir une connexion
réseau :
} Utilisez une connexion d’un gigabit entre l’instrument et le système de gestion de
vos données. Cette connexion peut être établie directement ou par le biais d’un
commutateur réseau.
} Demandez à votre informaticien de vérifier les activités de maintenance du réseau
pour déterminer les risques de compatibilité potentiels avec le système.
REMARQUE
N’installez aucun logiciel supplémentaire sur l’instrument MiSeqDx. L’ajout
d’autres logiciels peut avoir des conséquences imprévues et perturber le
fonctionnement et les performances de l’instrument MiSeqDx.
12
Nº de réf. 15038351, rév. B FRA
Illumina vous recommande vivement d’installer un logiciel antivirus fourni par
l’utilisateur afin de protéger l’ordinateur des virus.
Pour éviter les interférences avec le fonctionnement de MiSeqDx ou la perte de données,
configurez les mises à jour du logiciel antivirus comme suit :
} Configurez des analyses manuelles (non automatisées).
} Lancez les analyses uniquement lorsque l’instrument n’est pas en cours d’utilisation.
} Autorisez le téléchargement automatique des mises à jour, mais empêchez leur
installation sans l’autorisation de l’utilisateur.
} N’autorisez pas le redémarrage automatique de l’ordinateur après une mise à jour.
} Excluez le lecteur des données et le répertoire des applications de la protection du
système de fichiers en temps réel.
Guide de préparation du site MiSeqDx
13
Logiciel antivirus
Logiciel antivirus
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Les consommables et l’équipement suivants sont nécessaires pour les analyses de
séquençage réalisées sur le MiSeqDx. Pour plus de renseignements, consultez le Guide de
référence du MiSeqDx (nº de réf. 15038353_FRA).
Consommables fournis par l’utilisateur
Vérifiez que les consommables fournis par l’utilisateur qui suivent sont prêts à l’emploi
avant de commencer une analyse.
Consommable
Lingettes alcoolisées, isopropyle à 70 %
ou
éthanol à 70 %
Chiffon de laboratoire peu pelucheux
Papier optique, 4 × 6 po
Tween 20
Brucelles en plastique à bout carré
(facultatif)
Eau sans DNase ni RNase
Objectif
Nettoyage du portoir de la Flow Cell
Nettoyage de la platine de la Flow Cell
Nettoyage de la Flow Cell
Lavage de l’instrument
Retrait de la Flow Cell de son conteneur
d’expédition
Lavage de l’instrument
Recommandations à propos de l’eau sans DNase ni RNase
Utilisez toujours de lʼeau sans DNase ni RNase pour réaliser des procédures sur
l’instrument. Nʼutilisez jamais dʼeau courante ou dʼeau déionisée. Tous les exemples
suivants sont acceptables :
} Eau 18 mégaohms (MΩ)
} Eau Milli-Q
} Eau Super-Q
} Eau de qualité biologie moléculaire
Équipement fourni par l’utilisateur
} Congélateur, de -25 à -15 °C, sans givre
} Seau à glace
} Réfrigérateur, de 2 à 8 °C
14
Nº de réf. 15038351, rév. B FRA
Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique
d’Illumina.
Tableau 1 Coordonnées générales d’Illumina
Site Web
Adresse électronique
www.illumina.com
[email protected]
Tableau 2 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina
Région
Numéro de la
Région
personne-ressource
Amérique du Nord
1.800.809.4566
Irlande
Allemagne
0800.180.8994
Italie
Australie
1.800.775.688
Norvège
Autriche
0800.296575
Nouvelle Zélande
Belgique
0800.81102
Pays-Bas
Danemark
80882346
Royaume-Uni
Espagne
900.812168
Suède
Finlande
0800.918363
Suisse
France
0800.911850
Autres pays
Numéro de la
personne-ressource
1.800.812949
800.874909
800.16836
0800.451.650
0800.0223859
0800.917.0041
020790181
0800.563118
+44.1799.534000
Fiches signalétiques
Les fiches signalétiques (SDS) sont disponibles sur le site Web d’Illumina, au
support.illumina.com/sds.html.
Documentation produit
De la documentation produit au format PDF est téléchargeable à partir du site Web
d’Illumina. Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis cliquez
sur Documentation & Literature (Documentation et littérature).
Guide de préparation du site MiSeqDx
Assistance technique
Assistance technique
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, Californie 92122 États-Unis
+1 800 809 ILMN (4566)
+1 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord)
[email protected]
www.illumina.com
Emergo Europe
Molenstraat 15
2513 BH La Haye
Pays-Bas
">