Système HiSeq X
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
Introduction
Livraison et installation
Principes de conception et de disposition du laboratoire de production
Exigences relatives à l’espace
Spécifications du laboratoire
Exigences électriques
Module d’alimentation sans interruption
Considérations environnementales
Ordinateur de commande de l’instrument
Considérations liées au réseau
Configuration nécessaire pour l’analyse et le stockage des données
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Production de déchets dangereux
Historique des révisions
Assistance technique
19
20
21
23
25
33
34
13
16
18
5
8
3
4
EXCLUSIF À ILLUMINA
Document nº 15050093 v02 FRA
Décembre 2015
Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et ses sociétés affiliées (« Illumina »), et sont exclusivement destinés
à l’usage contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et à aucune autre fin. Ce document et son contenu ne seront utilisés ou distribués à aucune autre fin ni communiqués, divulgués ou reproduits d’aucune façon sans le consentement écrit préalable d’Illumina. Illumina ne cède aucune licence en vertu de son brevet, de sa marque de commerce, de son copyright ou de ses droits traditionnels ni des droits similaires d’un tiers quelconque par ce document.
Les instructions contenues dans ce document doivent être suivies strictement et explicitement par un personnel qualifié et adéquatement formé de façon à assurer l’utilisation correcte et sûre du ou des produits décrits dans les présentes. Le contenu intégral de ce document doit être lu et compris avant l'utilisation de ces produits.
LE MANQUEMENT À LIRE COMPLÈTEMENT ET À SUIVRE EXPLICITEMENT TOUTES LES INSTRUCTIONS
CONTENUES DANS LES PRÉSENTES POURRA CAUSER DES DOMMAGES AUX PRODUITS, DES BLESSURES AUX
PERSONNES, UTILISATEURS OU AUTRES, ET DES DOMMAGES AUX AUTRES BIENS.
ILLUMINA DÉCLINE TOUTE RESPONSABILITÉ DÉCOULANT D’UNE UTILISATION INAPPROPRIÉE DU OU DES
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TruSeq, TruSight, Understand Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, la couleur orange citrouille et la conception des bases en flux continu sont des marques de commerce d’Illumina, Inc. ou de ses filiales aux États-Unis ou dans d’autres pays. Tous les autres noms, logos et marques de commerce sont la propriété de leurs détenteurs respectifs.
Introduction
Ce guide fournit toutes les spécifications et recommandations nécessaires pour préparer votre site à l’installation et à l’utilisation de l’instrument HiSeq X MC d’Illumina MD . Le système HiSeq X Ten comprend une série de 10 instruments HiSeq X. Le système
HiSeq X Five comprend une série de cinq instruments HiSeq X. Les deux configurations peuvent être utilisées dans un laboratoire équipé pour Illumina SeqLab.
REMARQUE
Pour calculer les dimensions et les caractéristiques d’un laboratoire pourvu d’un système
HiSeq X Ten ou HiSeq X Five, multipliez les exigences notées pour un instrument unique par le nombre total d’instruments à installer.
}
Espace requis pour le laboratoire
}
Exigences électriques
} Contraintes environnementales
} Spécifications informatiques
}
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Considérations relatives à la sécurité
Reportez-vous au Guide de sécurité et de conformité du système HiSeq X (document
nº 15050094) pour des renseignements importants en matière de sécurité.
Ressources supplémentaires
La documentation suivante est disponible au téléchargement à partir du site Internet
Illumina.
Ressource
Guide de préparation d’échantillons d’ADN TruSeq Nano (document n°
15041110)
Guide de préparation d’échantillons sans
PCR TruSeq (document n° 15036187)
Guide de sécurité et de conformité du système HiSeq X (document nº 15050094)
Guide du système HiSeq X (document nº 15050091)
Description
Fournit des instructions pour la préparation des librairies d’ADN TruSeq Nano
Fournit des instructions pour la préparation des librairies d’ADN sans PCR TruSeq
Fournit des renseignements concernant l’étiquetage de l’instrument, les certifications de conformité et les questions de sécurité.
Donne un aperçu des composants de l’instrument et du logiciel, les instructions pour effectuer des analyses de séquençage ainsi que les procédures à suivre pour une maintenance et un dépannage de l’instrument.
Consultez la page d’assistance du système HiSeq X sur le site Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions. Pour des informations spécifiques à Illumina SeqLab, consultez la page d’assistance Illumina SeqLab.
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
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Livraison et installation
Un fournisseur de services agréé livre le système, déballe les composants et installe l’instrument sur la paillasse du laboratoire. Assurez-vous que l’espace et la paillasse de laboratoire sont prêts avant la livraison.
ATTENTION
Seul le personnel autorisé est à même de déballer, installer ou déplacer l’instrument. Une mauvaise manipulation de l’instrument peut avoir une incidence sur l’alignement ou endommager les composants de l’instrument.
Un représentant Illumina s’occupe de l’installation et de la préparation de l’instrument.
Si vous connectez l’instrument à un système de gestion des données ou à un emplacement réseau à distance, assurez-vous que le chemin d’accès à l’espace de stockage des données a été défini avant la date d’installation. Le représentant Illumina pourra ainsi tester la procédure de transfert de données au cours de l’installation.
ATTENTION
Une fois que votre représentant Illumina a installé et préparé l’instrument, ne déplacez pas l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un impact sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous devez déplacer l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina.
Dimensions et contenu des caisses
L’instrument HiSeq X et ses composants sont expédiés dans trois caisses. Consultez les dimensions ci-dessous pour déterminer la largeur minimum de la porte pour accueillir les caisses d’expédition.
}
La caisse nº 1 contient l’instrument.
} La caisse nº 2 contient une alimentation sans interruption (Japon, Amérique du Nord ou version internationale).
}
La caisse nº 3 contient les éléments suivants :
}
Ordinateur de commande de l’instrument, écran et bras du moniteur
}
Supports de réactifs et flacon à déchets
} Panneaux de commande
}
Cordons d’alimentation : un pour un usage national et trois autres pour un usage international (R.U., UE et Chine)
Mesure Caisse nº 1 : instrument
Largeur
Hauteur
Profondeur
Poids
165 cm (65 po)
122 cm (48 po)
107 cm (42 po)
317 kg (698 lb)
Caisse nº 2 : alimentation sans coupure
78 cm (31 po)
51 cm (20 po)
61 cm (24 po)
81 kg (177 lb)
Caisse nº 3 : ordinateur, couvercles et cordons d’alimentation
115 cm (45 po)
102 cm (40 po)
82 cm (32 po)
125 kg (265 lb)
Configuration du système
Le système HiSeq X comprend un instrument, un écran, un ordinateur de commande de l’instrument, un lecteur de codes à barres, un clavier et une souris, ainsi qu’un cordon d’alimentation universel. L’ordinateur de commande de l’instrument est un soussystème dédié de l’instrument. Il n’est donc pas destiné à un usage général.
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Document nº 15050093 v02 FRA
Principes de conception et de disposition du laboratoire de production
Les recommandations suivantes sous-entendent que le matériel de départ est de l’ADN extrait et n’abordent pas l’extraction d’ADN à partir du matériel de départ. Si l’établissement de production pratique également l’extraction, un espace supplémentaire est requis.
Zones de laboratoire pré-PCR et post-PCR
} Pour éviter une contamination croisée, établissez une zone pré-PCR disposant de ses propres blouses de laboratoire dans des zones d’habillage séparées et d’une pression d’air positive.
}
Établissez des entrées dédiées à la zone pré-PCR. Assurez-vous que le personnel de laboratoire ne traverse pas la zone de laboratoire post-PCR pour accéder à la zone pré-PCR.
} Un passe-plat est recommandé pour le transfert de matière de la zone pré-PCR à la zone post-PCR.
}
Plusieurs catalogues scientifiques industriels proposent des passe-plats.
}
Exemple de commande : passe-plat, acrylique, l × P × H :
60,96 cm × 60,96 cm × 60,96 cm (24 po × 24 po × 24 po), fixation murale avec supports, Terra Universal.com, référence 1992-51D.
} Ne passez pas de matériel ou d’équipement de la zone post-PCR à la zone pré-PCR.
Achetez un équipement distinct pour chaque zone.
}
Assurez-vous que la zone post-PCR est pressurisée de façon négative.
Stockage au froid
}
Assurez-vous que les congélateurs et les réfrigérateurs sont équipés de systèmes de contrôle de température et de systèmes d’alarme qui s’activent en cas de défaillance du système et envoient une notification prévenant l’utilisateur qu’un évènement s’est produit.
}
Une combinaison congélateur/réfrigérateur de type chambre froide pour le stockage des réactifs est une solution économique dans le cadre d’activités de production.
}
Au sein d’une zone de laboratoire, laissez un espace de stockage au froid suffisant pour entreposer les réactifs nécessaires à trois jours de travail et les échantillons en cours de traitement de ces trois jours. Un espace de stockage au froid supplémentaire peut être aménagé à l’extérieur de la zone. Pour en savoir plus, reportez-vous à la section
Exigences relatives à l’espace à la page 8 .
Déchets
}
Prenez des dispositions pour la collecte et la mise au rebut des déchets dangereux liquides et solides. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la section
Production de déchets dangereux à la page 33
.
} Consultez les règlements locaux relatifs aux précautions universelles de manipulation du matériel biologique dangereux.
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
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Installations
} Assurez-vous que chaque zone du laboratoire dispose d’au moins un évier et qu’une machine à glace est présente dans les deux laboratoires.
}
Assurez-vous que chaque laboratoire a accès à de l’eau Milli-Q ou à une source d’eau équivalente.
}
Suivez les règlements locaux applicables aux systèmes d’extinction des incendies et aux douches de sécurité chimique.
Zone d’entretien
Pour une efficacité de production optimale, établissez une zone d’entretien pouvant être occupée si un instrument doit faire l’objet d’une intervention technique longue.
ATTENTION
Seul le personnel autorisé est à même de déplacer l’instrument. Une mauvaise manipulation de l’instrument peut avoir une incidence sur l’alignement ou endommager les composants.
Exemple de disposition d’un laboratoire HiSeq X Ten
La figure ci-dessous présente un laboratoire témoin aménagé pour dix instruments
HiSeq X, cinq instruments cBot, quatre robots de manipulation automatique des liquides et un équipement de laboratoire auxiliaire. Ce laboratoire témoin nécessite environ
84 mètres carrés (900 pieds carrés) :
}
28 mètres carrés (300 pieds carrés) pour la préamplification
} 56 mètres carrés (600 pieds carrés) pour la postamplification
Laissez un espace supplémentaire de 19 mètres carrés (200 pieds carrés) pour les besoins divers de stockage.
REMARQUE
Respectez les exigences de positionnement et les dégagements minimaux. Pour obtenir plus de renseignements, consultez les sections
Spécifications de positionnement à la page 13
et
Principes de conception et de disposition du laboratoire de production à la page 5 .
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Document nº 15050093 v02 FRA
Figure 1 Exemple de disposition d’un laboratoire HiSeq X Ten (non mis à l’échelle)
Disposition du laboratoire HiSeq X Five
Pour configurer votre laboratoire pour le système HiSeq X Five, utilisez la même disposition générale que pour le système HiSeq X Ten. Pour obtenir des détails concernant la mise en place de l’instrument et l’équipement auxiliaire, consultez la section
Exigences relatives à l’espace à la page 8
ainsi que la section
équipement fournis par l’utilisateur à la page 25
.
Équipement pour Illumina SeqLab
Bien que les laboratoires configurés pour Illumina SeqLab utilisent un équipement particulier, les dimensions générales ci-dessus et le positionnement illustré dans l’exemple de disposition du laboratoire s’appliquent. Pour connaître les exigences en matière d’équipement pour Illumina SeqLab, consultez la section
l’espace minimal estimé pour HiSeq X Ten à la page 8
ou la section
l’espace minimal estimé pour HiSeq X Five à la page 9 .
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
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Exigences relatives à l’espace
Le positionnement des instruments et la disposition du laboratoire dépendent de la configuration de votre espace de laboratoire. Toutefois, vous pouvez utiliser les exigences estimatives suivantes en matière d'espace afin de déterminer la meilleure disposition de laboratoire pour votre établissement.
REMARQUE
Respectez les exigences de positionnement et les dégagements minimaux. Pour en savoir plus, reportez-vous à la section
Spécifications de positionnement à la page 13 .
Les systèmes HiSeq X Ten et HiSeq X Five sont des systèmes à débit élevé qui peuvent nécessiter un espace de stockage important pour les consommables de séquençage selon vos besoins en matière de stocks. Afin de mener efficacement vos activités de production et de réduire les risques, conservez dans vos stocks les quantités minimales de consommables de préparation de librairies et de séquençage recommandées suivantes :
}
Si vous disposez d’un calendrier d’expédition des réactifs, conservez les consommables nécessaires pour deux semaines.
} En l’absence d’un calendrier d’expédition des réactifs, conservez les consommables nécessaires pour trois semaines.
Spécifications relatives à l’espace minimal estimé pour HiSeq X Ten
Zone de laboratoire
Pré-PCR
Post-PCR
Usage général
Covaris LE220
Automatisation de la manipulation des liquides
Fluorimètre
Centrifugeuse
Espace de paillasse
Instruments
HiSeq X
Automatisation de la manipulation des liquides
Instruments de qPCR
Instruments cBot
Centrifugeuse
Instruments d’analyse de fragments
Espace de paillasse
Équipement
Illumina SeqLab
Covaris LE220
Hamilton Microlab STAR
Lecteur de microplaques
SpectraMax (série M ou
Gemini XPS) de
Molecular Devices
Centrifugeuse
Espace de paillasse
Instruments HiSeq X
Hamilton Microlab STAR
Système de PCR temps réel LightCycler 480 de
Roche
Instruments cBot
Centrifugeuse
Caliper GX PerkinElmer
Espace de paillasse
Espace minimal
24,43 m²
(263 pi²)
60,67 m²
(653 pi²)
Espace recommandé
35,58 m²
(383 pi²)
71,81 m²
(773 pi²)
Le maintien d’un inventaire de trois semaines des consommables de préparation de librairie et de séquençage nécessite l’espace de stockage suivant.
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Document nº 15050093 v02 FRA
Zone de laboratoire
Pré-PCR
Post-PCR
(single-pack)
Post-PCR
(10-pack)
-25 à -15 °C
36 L (1,28 pi³)
1 639 L (57,89 pi³)
1 042 L (36,81 pi³)
2 à 8 °C
9,6 L (0,34 pi³)
41,3 L (1,46 pi³)
44,2 L (1,56 pi³)
15 à 30 °C
--
1,72 m³ (60,56 pi³)
1,75 m³ (62,04 pi³)
Spécifications relatives à l’espace minimal estimé pour HiSeq X Five
Zone de laboratoire
Pré-PCR
Post-PCR
Usage général
Covaris LE220
Automatisation de la manipulation des liquides
Fluorimètre
Centrifugeuse
Espace de paillasse
Instruments
HiSeq X
Automatisation de la manipulation des liquides
Instruments de qPCR
Instruments cBot
Centrifugeuse
Instruments d’analyse de fragments
Espace de paillasse
Équipement
Illumina SeqLab
Covaris LE220
Hamilton Microlab STAR
Lecteur de microplaques
SpectraMax (série M ou
Gemini XPS) de
Molecular Devices
Centrifugeuse
Espace de paillasse
Instruments HiSeq X
Hamilton Microlab STAR
Système de PCR temps réel LightCycler 480 de
Roche
Centrifugeuse
Caliper GX PerkinElmer
Espace de paillasse
Espace minimal
24,43 m²
(263 pi²)
43,20 m²
(465 pi²)
Espace recommandé
35,58 m²
(383 pi²)
54,35 m²
(585 pi²)
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
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Le maintien d’un inventaire de trois semaines des consommables de préparation de librairie et de séquençage nécessite l’espace de stockage suivant.
Zone de laboratoire
Pré-PCR
Post-PCR
(single-pack)
Post-PCR
(10-pack)
-25 à -15 °C
18 L (0,64 pi³)
819 L (28,94 pi³)
579 L (20,45 pi³)
2 à 8 °C
4,8 L (0,17 pi³)
20,6 L (0,73 pi³)
24,6 L (0,87 pi³)
15 à 30 °C
--
0,86 m³ (30,28 pi³)
0,97 m³ (34,47 pi³)
Dimensions de stockage des éléments de la trousse de réactifs singlepack
Les quantités et les dimensions suivantes décrivent les composants présents dans une trousse de réactifs single-pack HiSeq X Ten v2.5.
Composant de la trousse
Trousse d’amplifiats PE
(boîte 1 sur 2)
Trousse d’amplifiats PE
(boîte 2 sur 2)
Flow Cell modélisée
Collecteur d’hybridation
Trousse SBS
(boîte 1 sur 2)
Trousse SBS
(boîte 2 sur 2)
Trousse d’accessoires
Quantité
2
2
2
2
2
2
2
Stockage
-25 à
-15 °C
-25 à
-15 °C
2 à 8 °C
15 à 30 °C
15 à 30 °C
-25 à
-15 °C
15 à 30 °C
Longueur
19,7 cm
(7,75 po)
22,2 cm
(8,75 po)
19 cm
(7,50 po)
24 cm
(9,50 po)
20,3
(8,00 po)
20,3
(8,00 po)
22,2 cm
(8,75 po)
Largeur
14 cm
(5,50 po)
6,3 cm
(2,50 po)
10 cm
(4,00 po)
14 cm
(5,50 po)
13,3 cm
(5,25 po)
13,3 cm
(5,25 po)
6,3 cm
(2,50 po)
Hauteur
8,9 cm
(3,50 po)
15,2 cm
(6,00 po)
1,3 cm
(0,50 po)
8,5 cm
(3,38 po)
19 cm
(7,50 po)
19 cm
(7,50 po)
15,2 cm
(6,00 po)
10
Document nº 15050093 v02 FRA
Dimensions de stockage des éléments de la trousse de réactifs 10-pack
Les quantités et les dimensions suivantes décrivent les composants présents dans une trousse de réactifs 10-pack HiSeq X v2.5.
Composant de la trousse
Trousse d’amplifiats
PE
(boîte A)
Trousse d’amplifiats
PE
(boîte B)
Trousse d’amplifiats
PE
(boîte C)
Flow Cell modélisée
Collecteur d’hybridation
Trousse d’accessoires
(boîte A)
Trousse d’accessoires
(boîte B)
Trousse SBS
(boîte A)
Trousse SBS
(boîte B)
Trousse SBS
(boîte C)
Trousse SBS
(boîte D)
Trousse SBS
(boîte E)
Trousse SBS
(boîte F)
Quantité
1
1
1
20
20
1
1
1
2
6
2
2
2
Stockage
-25 à
-15 °C
-25 à
-15 °C
-25 à
-15 °C
2 à 8 °C
15 à 30 °C
15 à 30 °C
15 à 30 °C
15 à 30 °C
15 à 30 °C
15 à 30 °C
-25 à
-15 °C
-25 à
-15 °C
-25 à
-15 °C
Longueur
48 cm
(18,90 po)
10 cm
(4,00 po)
45,1 cm
(17,75 po)
19 cm
(7,50 po)
24 cm
(9,50 po)
24,9 cm
(9,80 po)
26,2 cm
(10,30 po)
40 cm
(15,75 po)
40 cm
(15,75 po)
40 cm
(15,75 po)
40 cm
(15,75 po)
40 cm
(15,75 po)
40 cm
(15,75 po)
Largeur
30,8 cm
(12,12 po)
8,1 cm
(3,20 po)
25,4 cm
(10,00 po)
10 cm
(4,00 po)
14 cm
(5,50 po)
19,7 cm
(7,75 po)
22,8 cm
(9,00 po)
17,8 cm
(7,00 po)
17,8 cm
(7,00 po)
17,8 cm
(7,00 po)
17,8 cm
(7,00 po)
17,8 cm
(7,00 po)
17,8 cm
(7,00 po)
Hauteur
11,3 cm
(4,44 po)
5,8 cm
(2,30 po)
14,2 cm
(5,60 po)
1,3 cm
(0,50 po)
8,5 cm
(3,38 po)
13,3 cm
(5,25 po)
12 cm
(4,75 po)
19,3 cm
(7,60 po)
19,3 cm
(7,60 po)
19,3 cm
(7,60 po)
19,3 cm
(7,60 po)
19,3 cm
(7,60 po)
19,3 cm
(7,60 po)
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
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Dimensions de stockage de la trousse de préparation de librairie
Les quantités et dimensions suivantes représentent les composants de la trousse d’ADN
Nano TruSeq et de la trousse sans PCR TruSeq.
Tableau 1 Trousse d’ADN Nano TruSeq
Composant de la trousse Quantité
Préparation d’échantillons d’ADN
Nano TruSeq
Boîte de billes de purification d’échantillon
Boîte de la plaque d’adaptateur
1
1
1
Stockage
-25 à
-15 °C
2 à 8 °C
-25 à
-15 °C
Longueur
21,5 cm
(8,5 po)
14,5 cm
(5,7 po)
14,5 cm
(5,7 po)
Largeur
14,5 cm
(5,7 po)
8,5 cm
(3,3 po)
8,5 cm
(3,3 po)
Hauteur
6 cm
(2,4 po)
5,5 cm
(2,2 po)
5,5 cm
(2,2 po)
Tableau 2 Trousse sans PCR TruSeq
Composant de la trousse
Quantité
Préparation d’échantillons d’ADN sans PCR
TruSeq
1
Boîte de billes de purification d’échantillon
Boîte de la plaque d’adaptateur
1
1
Stockage
-25 à
-15 °C
Longueur
21,5 cm
(8,5 po)
Largeur
14,5 cm
(5,7 po)
Hauteur
6 cm
(2,4 po)
2 à 8 °C
-25 à
-15 °C
14,5 cm
(5,7 po)
14,5 cm
(5,7 po)
8,5 cm
(3,3 po)
8,5 cm
(3,3 po)
5,5 cm
(2,2 po)
5,5 cm
(2,2 po)
Suivi des numéros de lot
À la réception de vos stocks, Illumina vous recommande de consigner les numéros de lot dans un système de suivi des stocks. Le suivi des numéros de lot permet de confirmer l’inventaire et de surveiller les dates de péremption. Mettez en place une politique
« premier entré, premier sorti » pour l’utilisation des réactifs, afin d’utiliser vos stocks de la manière la plus efficace possible.
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Document nº 15050093 v02 FRA
Spécifications du laboratoire
Utilisez les spécifications et recommandations suivantes pour déterminer l’espace de laboratoire.
Dimensions du HiSeq X
L’instrument et l’ordinateur de commande de l’instrument présentent les dimensions suivantes après installation.
Dimensions Instrument
Largeur
Hauteur
118,6 cm (46,7 po)
Le flacon à déchets rallonge l’instrument de 10 cm (4,0 po) sur son côté droit.
94 cm (37,0 po) minimum
La hauteur de l’instrument est réglable jusqu’à 1,27 cm (0,5 po) supplémentaire.
Profondeur
76 cm (30,0 po)
Le plateau du clavier ajoute
19 cm (7,5 po) à partir du panneau avant.
Poids
226 kg (498 lb)
Ordinateur de commande de l’instrument
18 cm (7,0 po)
45 cm (17,7 po)
28 cm (11,0 po)
34 kg (75 lb)
Spécifications de positionnement
Les exigences suivantes visent à permettre l’accès au bouton d’alimentation et à la prise secteur, assurer une ventilation adaptée et offrir un accès suffisant pour l’entretien de l’instrument.
}
Placez l’instrument de sorte que le personnel puisse atteindre le côté droit de l’instrument, afin d’activer ou de désactiver le bouton d’alimentation situé sur le panneau arrière, près du cordon secteur.
} Placez l’instrument de façon à ce que le personnel puisse débrancher rapidement le cordon secteur de la prise.
}
Assurez-vous que l’instrument est accessible depuis tous les côtés, en vous conformant aux dimensions minimales de dégagement suivantes.
Accès Dégagement minimal
Côtés
Laissez au moins 61 cm (24 po) de chaque côté de l’instrument.
Arrière
Laissez au moins 10,2 cm (4 po) derrière l’instrument.
Si les instruments sont placés dos à dos, laissez 21 à 38 cm (8 à 15 po) d’espace entre les instruments.
Haut
Laissez au moins 61 cm (24 po) au-dessus de l’instrument. Si l’instrument est placé sous une étagère, assurez-vous que l’espace minimal de dégagement est respecté.
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
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Recommandations relatives aux vibrations pour le HiSeq X
Suivez les recommandations suivantes pour limiter les vibrations lors des analyses de séquençage et garantir des performances optimales :
}
Placez l’instrument sur une paillasse de laboratoire solide et immobilisée.
}
N’installez pas l’instrument près de portes fréquemment utilisées. L’ouverture et la fermeture des portes peuvent provoquer des vibrations.
} N’installez pas de plateau de clavier sous la paillasse.
} Ne placez sur la paillasse aucun autre équipement susceptible de provoquer des vibrations, tel qu’un agitateur, une centrifugeuse ou des instruments dotés de ventilateurs lourds.
}
Ne posez aucun objet sur l’instrument.
Recommandations relatives à la paillasse de laboratoire pour le HiSeq X
Placez le HiSeq X sur une paillasse de laboratoire mobile équipée de roulettes à blocage et d’une étagère inférieure pouvant supporter l’ordinateur de commande de l’instrument.
La paillasse doit pouvoir supporter le poids de l’instrument et de l’ordinateur de commande de l’instrument.
Largeur
152,4 cm (60 po)
Hauteur
76,2 à 91,4 cm (30 à
36 po)
Profondeur
76,2 cm (30 po)
Roulettes à blocage
Oui
Pour les clients en Amérique du Nord, Illumina recommande la paillasse de laboratoire mobile suivante : Bench-Craft (www.bench-craft.com), réf. n° HS-30-60-30 P2 avec roulettes ou réf. n° HS-30-60-36 P2 avec roulettes.
} HS correspond à une paillasse standard
} 30-60-30 correspond à une dimension de 30 po de large × 60 po de long × 30 po de haut (76,2 × 152,4 × 76,2 cm)
}
30-60-36 correspond à une dimension de 30 po de large × 60 po de long × 36 po de haut (76,2 × 152,4 × 91,4 cm)
} P2 indique des prises situées à l’arrière de la paillasse
Vous pouvez commander les roulettes suivantes pour une utilisation avec l’une ou l’autre des paillasses de laboratoire recommandées.
Roulette
Roulettes de zinc
Roulettes composites de qualité médicale
Roulettes en acier inoxydable
Fournisseur
Bench-Craft, réf. n° C-ML4**TPS
Bench-Craft, réf. n° PZT40120GR-TPR33(GG)
Bench-Craft, réf. n° 94-20-DADI-M-PO-SS-TL
14
Document nº 15050093 v02 FRA
Recommandations relatives à la paillasse de laboratoire pour le
Hamilton Microlab STAR
Pour les laboratoires utilisant le Hamilton Microlab STAR (ML STAR) pour la préparation automatisée de librairies, placez l’instrument sur une paillasse de laboratoire fixe munie d’un cadre de support en A. Il est possible d’ajouter une étagère inférieure pour un espace de stockage supplémentaire. La paillasse doit supporter le poids de l’instrument et être suffisamment solide pour supporter les mouvements du bras de pipetage.
Largeur
243,8 cm (96 po)
Hauteur
91,4 cm (36 po)
Profondeur
91,4 cm (36 po)
Roulettes
Néant
Pour obtenir plus de renseignements sur le ML STAR, consultez le Guide de référence
Hamilton Microlab STAR (document nº 15070074).
Dimensions du cBot
Pour la génération d’amplifiats sur des Flow Cells, Illumina recommande l’utilisation d’au moins cinq instruments cBot avec le système HiSeq X Ten.
L’utilisation du système HiSeq X Five nécessite au moins deux instruments cBot pour la génération d’amplifiats sur des Flow Cells. Pour les laboratoires fonctionnant au maximum de leur capacité, au moins quatre à six instruments cBot sont recommandés pour une gestion efficace de la capacité.
Si vous prévoyez d’utiliser la trousse de réactifs 10-pack, au moins quatre instruments cBot sont nécessaires. La trousse de réactifs 10-pack est conditionnée pour la préparation simultanée de quatre Flow Cells, ce qui nécessite quatre instruments cBot disponibles pour la génération d’amplifiats.
Mesure
Hauteur (couvercle ouvert)
Hauteur (couvercle fermé)
Profondeur
Largeur
Poids
Dimensions de l’instrument
70 cm (27,5 po)
39 cm (15,5 po)
62 cm (24,5 po)
38 cm (15 po)
31 kg (68 lb)
Pour de plus amples renseignements sur le cBot, reportez-vous au Guide du système cBot
(référenceº 15006165).
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
15
Exigences électriques
Les spécifications suivantes décrivent les exigences électriques pour assurer le fonctionnement de l’instrument.
Caractéristiques d’alimentation
Type
Tension secteur
Consommation d’électricité
Caractéristique
100 à 240 V CA entre 50 et 60 Hz
Un total maximal de 1 500 Watts pour l’instrument, l’écran et la station de travail
Prises
En matière de câblage, vos installations doivent être équipées de ce qui suit :
} Pour une tension de 100 à 110 volts CA : une ligne électrique particulière de 20 A reliée à la terre avec tension appropriée et mise électrique à la masse est requise.
Amérique du Nord et Japon – Prise : NEMA 5-20
Prise Interpower Corp., nº 88030080 (ou équivalent)
} Pour une tension de 200 à 240 volts CA : une alimentation de 10 A minimum mise
à la terre avec tension appropriée et mise électrique à la terre est requise. Utilisez une tension nominale supérieure le cas échéant, afin de vous conformer aux exigences de votre région.
}
Si la tension varie de plus de 10 %, un régulateur de tension est requis.
Mise à la terre de protection
L’instrument dispose d’une connexion de mise à la terre protectrice dans le boîtier. La prise de terre de sécurité du cordon secteur retourne la mise à la terre protectrice à une référence sûre. La connexion de mise à la terre protectrice du cordon secteur doit être en bon état lorsque le dispositif est utilisé.
Cordons secteur
L’instrument est équipé d’une prise conforme à la norme internationale CEI 60320 C13 et il est livré avec un cordon secteur adapté à votre région.
Les tensions dangereuses ne sont supprimées de l’instrument que lorsque le cordon secteur est débranché de la source d’alimentation c.a.
Pour obtenir des prises équivalentes ou des cordons secteur adaptés aux normes locales, consultez un fournisseur tiers tel que Interpower Corporation (www.interpower.com).
ATTENTION
N’utilisez jamais de rallonge pour brancher l’instrument à l’alimentation électrique.
16
Document nº 15050093 v02 FRA
Fusibles
Seul le personnel Illumina sur le terrain est compétent pour remplacer les fusibles internes. Le module d’entrée de puissance comprend deux fusibles sur les lignes d’entrée haute tension. Ces fusibles sont de dimension 5 x 20 et de 10 A nominal, 250 V CA, à fusion lente.
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
17
Module d’alimentation sans interruption
L’instrument est livré avec un module d’alimentation sans interruption (ASI) adapté à votre région.
}
Japon : SmartUPS 2 200 VA d’APC, modèle SUA2200JB
}
Amérique du Nord : SmartUPS 2 200 VA d’APC, modèle SUA2200XL
} International : SmartUPS 2 200 VA d’APC, modèle SUA2200XLI
Caractéristique Japon Amérique du
Nord
1 980 W
International
1 980 W
Puissance maximale en watts
Intensité maximale
Tension d’entrée
(nominale)
Connexion d’entrée
1 980 W
2 200 VA
100 V CA
NEMA L5-30P
2 200 VA
120 V CA
NEMA 5-20P
28,5 minutes
2 200 VA
230 V CA
CEI-320 C20
Schuko CEE 7/EU1-
16P
British BS1363A
28,5 minutes
Durée de fonctionnement normale
(charge de 50 %)
Durée de fonctionnement normale
(charge de 100 %)
28,5 minutes
10,4 minutes 10,4 minutes 10,4 minutes
Pour obtenir une ASI équivalente qui respecte les normes locales des installations en dehors des régions référencées, consultez un fournisseur tiers, tel qu’Interpower Corporation (www.interpower.com).
REMARQUE
L’ASI ne peut pas faire fonctionner l’instrument lors d’une panne de courant prolongée.
Illumina recommande de raccorder la prise ASI à une source électrique de secours, telle qu’un générateur, afin de réduire la perte de données au cours d’une longue coupure de courant.
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Document nº 15050093 v02 FRA
Considérations environnementales
Élément
Température
Humidité
Élévation
Qualité de l’air
Ventilation
Caractéristique
Maintenez la température du laboratoire entre 19 et 25 °C (22 °C
±3 °C), soit la température de fonctionnement de l’instrument. Au cours d’une analyse, empêchez toute variation de la température ambiante de plus de ± 2 °C.
Maintenez une humidité relative sans condensation comprise entre 20 et 80 %.
Conservez l’instrument à une altitude inférieure à 2 000 mètres
(6 500 pieds).
N’utilisez pas l’instrument dans un environnement inférieur au classement pollution II. Un environnement de classement pollution de degré II est défini comme un environnement ne contenant en général que des polluants non conducteurs.
Consultez le service responsable de votre laboratoire pour connaître les exigences de ventilation adaptées aux spécifications de niveau de chaleur émise par l’instrument.
Niveau de bruit produit
Le niveau de bruit produit est de 65 dB à 1 mètre (3,3 pieds) de l’avant de l’instrument.
Émission de chaleur
La puissance mesurée est de 1 000 W pour chaque ensemble instrument-ordinateur-écran dans des conditions normales d’utilisation. La puissance thermique est de
3 400 Btu/heure.
ATTENTION
N’utilisez pas l’instrument HiSeq X Ten si l’un des panneaux a été retiré. Ne touchez pas le poste de température du compartiment d’imagerie. La température du réchauffeur à effet
Peltier utilisé dans la zone de la platine est normalement maintenue entre 22 °C
(température ambiante) et 85 °C. Une exposition à des températures situées à la limite supérieure de cette plage peut causer des brûlures.
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
19
Ordinateur de commande de l’instrument
L’instrument est livré avec un ordinateur de commande de l’instrument personnalisé de manière à suivre les toutes dernières spécifications du système. Pour plus de renseignements sur les spécifications de l’ordinateur, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
L’ordinateur de commande de l’instrument est un sous-système dédié de l’instrument.
Il n’est pas prévu pour être utilisé ou entretenu comme un ordinateur universel. Le chargement et l’utilisation de logiciels tiers peuvent entraîner un ralentissement du traitement, une perte de données ou des données non valides.
Connexions de données
Le HiSeq X comporte cinq connexions à l’ordinateur de commande :
}
Une connexion USB pour la communication entre l’instrument et l’ordinateur. Un connecteur USB standard de type A à type B est utilisé.
}
Quatre connexions à signalisation différentielle à basse tension (SDBT) CameraLink pour les deux caméras principales. Des câbles standard CameraLink sont utilisés.
Les caméras transfèrent des données brutes de l’instrument à l’ordinateur.
Logiciel antivirus
Il est recommandé d’installer le logiciel antivirus de votre choix afin de protéger l’ordinateur de commande de l’instrument contre les virus.
Afin d’éviter la perte de données ou les interruptions, configurez le logiciel antivirus comme suit :
} Paramétrez des analyses manuelles. N’activez pas les analyses automatiques.
}
Lancez les analyses manuelles uniquement lorsque l’instrument n’est pas en cours d’utilisation.
}
Autorisez le téléchargement des mises à jour sans autorisation de l’utilisateur, mais empêchez leur installation automatique.
} N’effectuez pas de mise à jour alors que l’instrument fonctionne. Effectuez la mise à jour uniquement lorsque l’instrument ne fonctionne pas et lorsqu’il est opportun de redémarrer l’ordinateur de l’instrument.
}
N’autorisez pas le redémarrage automatique de l’ordinateur après une mise à jour.
} Excluez le répertoire des applications et les lecteurs des données de la protection du système de fichiers en temps réel. Appliquez ce paramètre au répertoire C:\Illumina, au lecteur O:\ et au lecteur S:\.
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Document nº 15050093 v02 FRA
Considérations liées au réseau
Illumina ne propose ni l’installation ni l’assistance technique de la mise en réseau des ordinateurs de commande de l’instrument. Cependant, vous pouvez configurer et entretenir une connexion réseau sur l’ordinateur de commande de l’instrument après l’installation de l’instrument.
}
Utilisez une connexion d’un gigaoctet entre l’ordinateur de commande de l’instrument et le système de gestion de vos données. Cette connexion peut être
établie directement ou à l’aide d’un commutateur réseau.
REMARQUE
Illumina ne vous recommande pas et ne prend pas en charge l’utilisation d’une connexion supérieure à un gigaoctet par ordinateur de commande de l’instrument, telle qu’une carte PCI Fibre Channel.
} Si vous utilisez BaseSpace, Illumina recommande les connexions réseau minimales suivantes.
Utilisation de BaseSpace pendant l’analyse
Transfert des données des fichiers de définition des bases (BCL)
Envoi de l’état de l’instrument et surveillance de l’analyse uniquement
HiSeq X
(par instrument)
100 Mbit/s
HiSeq X Five
(pour cinq instruments)
0,5 Gbit/s
1 Mbit/s 5 Mbit/s
HiSeq X Ten
(pour dix instruments)
1 Gbit/s
10 Mbit/s
}
Après vous être connecté à un réseau, configurez Windows Update afin que le système ne se mette pas à jour automatiquement. Illumina vous recommande d’attendre un mois avant d’installer une mise à jour de Windows nouvellement disponible.
Assistance réseau
Illumina ne propose ni installation ni aide technique en ce qui concerne la mise en réseau de l’instrument.
Vérifiez que les activités d’entretien du réseau ne comportent aucun risque potentiel d’incompatibilité avec le système Illumina, y compris les risques suivants :
}
Retrait des objets de stratégie de groupe (GPO) : les GPO peuvent nuire au système d’exploitation des ressources connectées d’Illumina. Des modifications du système d’exploitation peuvent perturber le logiciel propriétaire des systèmes Illumina.
}
Les instruments Illumina ont fait l’objet de tests et de vérifications pour s’assurer de leur bon fonctionnement. Après la connexion aux GPO du domaine, certains paramètres peuvent perturber le logiciel de l’instrument. Si l’instrument ne fonctionne pas correctement, consultez l’administrateur informatique de votre
établissement à propos d’une possible interférence GPO.
} Activation du pare-feu Windows et de Windows Defender : ces produits Windows peuvent affecter les ressources du système d’exploitation qu'utilise le logiciel Illumina. Installez un logiciel antivirus afin de protéger l’ordinateur de commande de l’instrument.
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
21
} Modifications apportées aux privilèges des utilisateurs préconfigurés : conservent les privilèges existants des utilisateurs préconfigurés. Rendent les utilisateurs préconfigurés indisponibles si nécessaire.
Plusieurs instruments
}
Assurez-vous que la capacité du disque du serveur est suffisante pour le grand volume de données transférées à partir des différents instruments. Envisagez de configurer les instruments de sorte qu’ils effectuent des copies sur des serveurs différents.
} Assurez-vous que la connexion aux serveurs d’analyse est suffisante pour le grand volume de données transférées à partir des différents instruments. Pensez à configurer les instruments de telle sorte qu'ils utilisent des connexions différentes ou employez un lien à bande passante plus élevée pour la connexion partagée, par exemple 10 gigabits.
22
Document nº 15050093 v02 FRA
Configuration nécessaire pour l’analyse et le stockage des données
Pour chaque Flow Cell, une analyse de séquençage ainsi qu’une analyse secondaire ultérieure génèrent des fichiers dont les tailles approximatives sont les suivantes :
} Fichiers BCL : 620 Go
}
Dossier Thumbnail Images (Vignettes) : 60 Go
}
Dossier InterOp : 75 à 80 Mo
}
Fichiers FASTQ : 700 Go
} Fichiers BAM : 600 Go
}
Fichiers VCF : 28 Go
Les renseignements suivants sont fournis pour vous guider dans la construction d’une infrastructure destinée à prendre en charge les données créées grâce au système HiSeq X.
Les délais d’analyse fournis sont des exemples et ne représentent pas les spécifications
Illumina.
REMARQUE
Étant donné que la rétention effective de données peut faire l’objet de politiques locales, confirmez les conditions avant de calculer les besoins en matière de stockage.
Ces renseignements se basent sur le fait qu’une analyse de double Flow Cell génère
1,8 térabase (Tb) de données pour une utilisation à 100 % sur chaque instrument. Ajustez les chiffres fournis par le tableau pour un taux d’utilisation inférieur. Si vous envisagez d’effectuer une analyse répétée d’ensembles de données, augmentez le nombre de nœuds de calcul et le stockage de manière proportionnelle.
REMARQUE
Les recommandations suivantes ne comprennent pas le stockage destiné à la sauvegarde et à l’archivage des données.
Nombre de nœuds de calcul³
Durée de l’analyse de séquençage du génome entier 30X
Stockage en ligne
BAM
10 analyses/mois par système¹
Stockage en ligne VCF
10 analyses/mois par système
Stockage d’archives
BAM
120 analyses/an par système⁴
Stockage d’archives
VCF
120 analyses/an par système
Cinq
Algorithmes Illumina¹ instruments
Dix instruments
Par instrument supplémentaire
7 14 2
6 heures
60 To
1,5 To
720 To
18 To
6 heures
120 To
3 To
1 440 To
36 To
6 heures
12 To
0,3 To
144 To
3,6 To
Cinq instruments
43
BWA + GATK²
Dix instruments
85
Par instrument supplémentaire
9
38 heures
60 To
1,5 To
720 To
18 To
38 heures
120 To
3 To
1 440 To
36 To
38 heures
12 To
0,3 To
144 To
3,6 To
¹ Analyse de séquençage du génome entier à l’aide de HiSeq Analysis Software v2.0.
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
23
² BWA v 0.7.9a; GATK v1.6.
³ Par nœud, 20 cœurs de processeur à 2,8 GHz, 128 Go de mémoire, 6 disques durs de
1 téraoctet (To). Améliorez la vitesse en augmentant le nombre de cœurs ou la vitesse d’horloge du processeur. La couverture maximale prise en charge est > 240X.
⁴ Le stockage de données de séquençage brutes sous forme de fichiers BCL et FASTQ à long terme n’est pas nécessaire. Ces fichiers peuvent être supprimés après la création des fichiers
BAM/VCF. Si nécessaire, il est possible de recréer les fichiers FASTQ à partir des fichiers BAM.
24
Document nº 15050093 v02 FRA
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Les consommables et l’équipement suivants, fournis par l’utilisateur, sont utilisés pour la préparation de librairies, la génération d’amplifiats sur le cBot et le séquençage sur le
HiSeq X. Pour plus de renseignements, consultez le Guide du système HiSeq X (document
nº 15050091).
Consommables pour la préparation de librairies
Consommable
Plaques FLUOTRAC à
96 puits, noires
Plaques PCR à 96 puits
(HSP), à coque plastique rigide
Plaques PCR à 96 puits,
0,3 mL sans jupe, ou plaques PCR à 96 puits,
Twin.tec
Fournisseur
Fournisseur de laboratoire général
Greiner Bio-One, référence 655076
Fournisseur de laboratoire général
Bio-Rad, référence HSP-
9601
Fournisseur de laboratoire général
E&K Scientific, référence 480096
Eppendorf, référence 951020303
Thermo Scientific, référence AB-0800150
Usage mensuel
Variable
2 étuis (25 par
étui)¹
1 étui (25 par
étui)²
Plaques PCR à 96 puits
(TCY), 0,2 mL, collerette autour de chaque puits
Plaques de stockage à
96 puits (midi), puits rond de
0,8 mL
Thermo Scientific, référence AB-0859
Plaques de stockage à
96 puits (super midi), puits rond de 1,2 mL
Plaque PCR 384-C Axygen
Thermo Scientific, référence AB-0564
5 étuis (50 par
étui)¹
3 étuis (50 par
étui)²
5 étuis (50 par
étui)¹
3 étuis (50 par
étui)²
Variable
Flacon, 125 mL
Fournisseur de laboratoire général
VWR, référence 10011-
194
Fournisseur de laboratoire général
Trousse de réactifs d’ADN à haute sensibilité
PerkinElmer, référence CLS760672
Utilisation
Préparation des librairies :
ADN quantitatif sur
SpectraMax
Préparation des librairies : étapes de la
PCR
Préparation des librairies : étapes de la
PCR
Préparation automatisée des librairies : étapes de la PCR
Préparation des librairies
Préparation automatisée des librairies : étapes
PDP, quantification des librairies
Électrophorèse automatisée sur le
Caliper GX
Préparation automatisée des librairies : quantification de l’ADN
Préparation des librairies : contrôle qualité
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
25
Consommable
Couvercles
Chiffon non pelucheux
Éthanol 200 (absolu) pour la biologie moléculaire
(500 mL)
Éthanol à 70 %
Fournisseur
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Sigma-
Aldrich, référence E7023
Fournisseur de laboratoire général
Quantification fluorométrique avec réactifs de marquage des liaisons de l’ADN double brin
Opercule en aluminium
Fournisseur de laboratoire général
Covaris, référence 520073
Usage mensuel Utilisation
Préparation automatisée des librairies : stockage des plaques d’ADN
Préparation automatisée des librairies : maintenance ML STAR
Préparation automatisée des librairies
Préparation automatisée des librairies : maintenance ML STAR
Quantification des librairies
Puce à ADN LabChip HT de portée étendue
Trousse complète de quantification de librairie
KAPA (universelle)
ADN Lambda (λ)
PerkinElmer, référence 760517
KAPA Biosystems, référence KK4824
Life Technologies, référence 25250-010
Plaques multipuits (384 puits) pour LightCycler 480, blanches
Roche, référence 04729749001
Opercule en aluminium pour
LightCycler 480
Désinfectant Microside SQ à large spectre
Éprouvettes microTUBE, barrettes de huit tubes
(12 unités par paquet)
Scellés adhésifs
Microseal « B »
Roche, référence 04729757001
Hamilton, référence 3896-
01
Covaris, référence 520053
Bio-Rad, référence MSB-
1001
Variable
Variable
Préparation automatisée des librairies : coupe d’ADN avec Covaris
Préparation des librairies : contrôle qualité
Quantification des librairies
Préparation automatisée des librairies : quantification de l’ADN
Préparation des librairies : PCR sur le
LightCycler 480
Préparation automatisée des librairies : quantification des librairies
Préparation automatisée des librairies : quantification des librairies
Préparation automatisée des librairies : ML STAR maintenance
Préparation des librairies : coupe d’ADN avec Covaris
Préparation des librairies
26
Document nº 15050093 v02 FRA
Consommable
Scellés adhésifs
Microseal « F »
Pipettes, canal unique, 20 µL Fournisseur de laboratoire général
Pipettes, canal unique, 200 µL Fournisseur de laboratoire général
Pipettes, canal unique,
1 000 µL
Embouts de pipettes, filtre protecteur, 10 µL
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Embouts de pipettes, filtre protecteur, 20 µL
Embouts de pipettes, filtre protecteur, 200 µL
Embouts de pipettes, filtre protecteur, 1 000 µL
Embouts de pipettes,
Hamilton, avec filtre, stériles,
50 µL
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Hamilton, référence 235979
Embouts de pipettes,
Hamilton, stériles, 300 µL
Hamilton, référence 235938
Réactifs d’ADN double brin
Quant-iT PicoGreen
Réservoirs de réactifs, multicanaux, jetables, sans
RNase et DNase
Châssis du réservoir
Demi-réservoirs, 75 mL
Réservoirs, 60 mL
Fournisseur
Bio-Rad, référence MSF-
1001
Usage mensuel
Variable
Utilisation
Préparation des librairies : apposition des scellés sur les plaques quantitatives et protection des marqueurs quantitatifs, apposition des scellés sur les plaques PCR
Préparation des librairies
Préparation des librairies
Préparation des librairies
400 boîtes¹
200 boîtes²
400 boîtes¹
200 boîtes²
Variable
Préparation des librairies
Préparation des librairies
Préparation des librairies
Préparation des librairies
Préparation automatisée des librairies
Préparation automatisée des librairies : fractionnement des volumes de réactifs
Préparation automatisée des librairies : quantification de l’ADN
Préparation des librairies
Life Technologies, référence P11495
Fournisseur de laboratoire général
VWR, référence 89094-
658
Beckman Coulter, référence 372795
Beckman Coulter, référence 372786
Hamilton, référence 194051
Préparation automatisée des librairies : quantification de l’ADN
Préparation automatisée des librairies : quantification de l’ADN
Préparation automatisée des librairies
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
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Consommable
Réservoirs à 96 puits
RNaseZap
Tampon TE, 1X, qualité biologie moléculaire
Tubes coniques, 15 mL
Tubes pour microcentrifugeuse, 1,7 mL
Tween 20
Eau désionisée
Eau pour PCR
Fournisseur
Seahorse Bioscience, référence 201246-100
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Corning, nº de référence 430052
Fournisseur de laboratoire général
Sigma-Aldrich, référence P7949
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Usage mensuel
Variable
Utilisation
Préparation automatisée des librairies
Décontamination des surfaces
Préparation automatisée des librairies : quantification de l’ADN
Utilisation générale
Variable
Variable
Utilisation générale
Utilisation générale
Préparation automatisée des librairies : maintenance ML STAR
Préparation automatisée des librairies : quantification des librairies
¹ HiSeq X Ten
² HiSeq X Five
Équipement de préparation de librairies
Source Élément
Thermocycleur à 96 puits (avec couvercle chauffé)
• Bio-Rad S1000
• Bio-Rad C1000
• Eppendorf Mastercycler pro S
Lecteur de codes à barres portable
Covaris LE220
Bio-Rad, référence S1000
Bio-Rad, référence C1000
Eppendorf, référence 6325
Motorola, référence DS4208
Covaris LE220 (communiquez avec Covaris)
Covaris, référence 500191 Support Covaris pour barrette de huit microTUBE (12)
Microcentrifugeuse de paillasse
LabChip GX Touch 24 pour génomique
Fournisseur de laboratoire général
PerkinElmer
Quantité
4¹
2²
2
1
2
1 (minimum)
2 (recommandé)
2
28
Document nº 15050093 v02 FRA
Élément
Hamilton Microlab STAR, laboratoire pré-
PCR et laboratoire post-PCR
Incubateur de microéchantillons Hybex
Bac à glaçons
LightCycler 480 Instrument II, système à
384 puits
Support magnétique à 96 puits
Source
Hamilton, référence 95300-01
SciGene, référence 1057-30-0
Fournisseur de laboratoire général
Roche, référence 05015243001
Quantité
2 (minimum)
4 (recommandé)
4
1
Blocs chauffants pré-PCR
Système chauffant SciGene
• 115 V
• 220 V
Modèles SpectraMax Gemini XPS ou série M
Life Technologies, référence AM10027
VWR, référence 13500-890
1 (minimum)
2 (recommandé)
1 (minimum)
2 (recommandé)
2 Agitateur pour microplaques à grande vitesse (peut agiter à 1 800 tr/min)
Rouleau Microseal
Mini-agitateur
MiniFuge
Centrifugeuse pour plaques
Fournisseur de laboratoire général
VWR, référence 58816-121
VWR, référence 93000-196
Fournisseur de laboratoire général
Illumina, référence BD-60-601
2
2
2
2
4
2
Illumina, référence SC-60-503
Illumina, référence SC-60-503
Molecular Devices, référence XPS
Molecular Devices, série M
1 (minimum)
2 (recommandé)
¹ HiSeq X Ten
² HiSeq X Five
Consommables de génération d’amplifiats et de séquençage
Consommable Fournisseur Utilisation
1 N NaOH Fournisseur de laboratoire général
Usage mensuel
Variable
Barrettes de huit tubes de
0,2 mL
Barrettes de huit bouchons, plates
Thermo Scientific, référence AB-
0264
Thermo Scientific, référence AB-
0784
Variable
Variable
Dénaturation des librairies avant la génération d’amplifiats
Génération d’amplifiats sur le cBot
Fermeture des barrettes de huit tubes lorsqu’elles ne sont pas utilisées
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
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Consommable
Réservoirs de 60 mL
Réservoirs à 96 puits
Bonbonne, au moins six litres
Éthanol à 70 % ou
Lingettes alcoolisées, isopropyle à 70 %
Éthanol 200 (absolu) pour la biologie moléculaire
Gants jetables non poudrés
Tissu de laboratoire peu pelucheux
Fournisseur
Hamilton, nº de référence 194051
Seahorse Bioscience, référence 201246-100-01
Fournisseur de laboratoire général,
Corning, référence 430776
Fournisseur de laboratoire général
VWR, référence 95041-714
Fournisseur de laboratoire général
Sigma-Aldrich, référence 7023
Usage mensuel
Variable
Variable
Variable
Variable
Variable
Utilisation
Préparation d’une barrette de huit tubes de modèle de librairie sur le
ML STAR
Préparation d’une barrette de huit tubes de librairies groupées sur le
ML STAR
Préparation de la solution de lavage de maintenance
Nettoyage de la
Flow Cell et de la platine de Flow Cell
Utilisation générale
Fournisseur de laboratoire général Variable
Fournisseur de laboratoire général
VWR, référence 21905-026
Variable
Papier pour lentilles,
10,1 x 15,2 cm (4 x 6 po)
Embouts de pipettes, filtre protecteur, 10 µL
Embouts de pipettes, filtre protecteur, 20 µL
Embouts de pipettes, filtre protecteur, 200 µL
Embouts de pipettes, filtre protecteur, 1 000 µL
Pipettes, multicanaux,
10 µL
Pipettes, multicanaux,
20 µL
Pipettes, multicanaux,
200 µL
Pipettes, multicanaux,
1 000 µL
Pipettes, canal unique,
10 µL
Fournisseur de laboratoire général
VWR, référence 52846-001
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Variable
Variable
Variable
Variable
Variable
Variable
Variable
Variable
Variable
Variable
Utilisation générale
Nettoyage de la
Flow Cell et de la platine de Flow Cell
Nettoyage de la
Flow Cell
Utilisation générale
Utilisation générale
Utilisation générale
Utilisation générale
Utilisation générale
Utilisation générale
Utilisation générale
Utilisation générale
Utilisation générale
30
Document nº 15050093 v02 FRA
Consommable
Pipettes, canal unique,
20 µL
Pipettes, canal unique,
200 µL
Pipettes, canal unique,
1 000 µL
ProClin 300, 50 mL
Tubes pour microcentrifugeuse,
1,7 mL
Tween 20, liquide visqueux, 100 mL
Eau distillée
Eau de laboratoire
Eau pour PCR
Fournisseur
Fournisseur de laboratoire général
Usage mensuel
Variable
Utilisation
Utilisation générale
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Sigma-Aldrich, référence 48912-U Variable
Tris-HCl 10 mM, pH 8,0
Tubes pour centrifugeuse,
250 mL
Tubes coniques, 15 mL
Tubes coniques, 50 mL, autoportants
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Corning, référence 430776
Fournisseur de laboratoire général
Corning, référence 430052
Fournisseur de laboratoire général
Corning, référence 430921
Variable
Variable
Variable
Variable
Fournisseur de laboratoire général Variable
Lavage de maintenance de l’instrument
Utilisation générale
Lavage de l’instrument et lavage de maintenance mensuel
Collecte et mesure des volumes de déchets
Stockage des Flow Cells
(autre que les tubes de stockage fournis dans la trousse de réactifs)
Utilisation générale
Sigma-Aldrich, référence P7949
Fournisseur de laboratoire général
Millipore
Consultez la section
Recommandations à propos de l’eau de
laboratoire.
Fournisseur de laboratoire général
Variable
Variable
Variable
Variable
1 000 L
Variable
Utilisation générale
Utilisation générale
Lavage de maintenance de l’instrument
Utilisation générale
Lavages de l’instrument; positions vides des réactifs
Utilisation générale
Recommandations à propos de l’eau de laboratoire
Utilisez toujours de lʼeau de laboratoire pour réaliser des procédures sur l’instrument.
N’utilisez jamais d’eau courante ou d’eau désionisée. Voici des exemples d’eaux de laboratoire acceptables :
}
PW1 d’Illumina
}
Eau 18 mégohms (MΩ)
} Eau Milli-Q
}
Eau Super-Q
}
Eau de qualité biologie moléculaire
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
31
Équipement de génération d’amplifiats et de séquençage
Élément
Balance, chargement par le haut, numérique, capacité de 420 g
Support pour flacons, tube pour centrifugeuse de 15 mL, recouvert de résine
époxyde
Support pour flacons, tube pour centrifugeuse de 250 mL à 6 positions, recouvert de résine époxyde
Microcentrifugeuse de paillasse
Source
Sartorius, modèle CPA423S (ou
équivalent)
Fournisseur de laboratoire général
LabScientific, référence TR-15
Fournisseur de laboratoire général
LabScientific, nº de référence CBR-200
Fournisseur de laboratoire général
Congélateur, de -15 à -25 °C
Quantité
1
10¹
5²
10¹
5²
2 (minimum)
5 (recommandé)¹
3 (recommandé)²
Plusieurs
Boîtes de stockage pour congélateur,
étagères
(si non inclus)
Bac à glaçons
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Portoirs de microtubes à centrifuger
Centrifugeuse pour microplaques
Agitateur pour microplaques à grande vitesse (peut agiter à 1 800 tr/min)
• 110 V/120 V
• 230 V
Insert du bloc chauffant MIDI
Parafilm
Portoirs de tubes pour PCR
Réfrigérateur, de 2° à 8 °C
Brucelles, pointe carrée en plastique
Agitateur
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
VWR, référence 13500-890
VWR, référence 14216-214
Illumina, référence BD-60-601
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
McMaster-Carr, nº de référence 7003A22
(ou similaire)
Fournisseur de laboratoire général
1 (minimum)
2 (recommandé)
2
¹ HiSeq X Ten
² HiSeq X Five
32
Document nº 15050093 v02 FRA
Production de déchets dangereux
Type de déchets
Liquide
Solide
Solide
Catégorie de déchets
Identification du danger
Danger chimique Formamide, 10 mL/1,3 L, volume aqueux total
Danger chimique Formamide, plastiques de réactifs vides
Objets tranchants Objets tranchants en verre
Volume/mois par
HiSeq X Ten
1,3 L par analyse
110 à 120 L par mois
Volume/mois par
HiSeq X Five
0,62 L par analyse
55 à 60 L par mois
ATTENTION
Mettez au rebut les conteneurs et tout contenu inutilisé conformément aux normes de sécurité gouvernementales en vigueur dans votre région. Pour plus de renseignements, consultez la fiche signalétique (SDS) pour cette trousse sur support.illumina.com/sds.html
.
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
33
Historique des révisions
Document
Document nº 15050093 v02
Document nº 15050093 v01
Nº 15050093, rév. H
Nº 15050093, rév. G
Date
Décembre 2015
Septembre 2015
Juillet
2015
Janvier
2015
Description des modifications
Mise à jour des directives de paillasse de laboratoire pour le
HiSeq X Ten afin d'inclure une option de paillasse de laboratoire supplémentaire et des roulettes pour chaque option de paillasse.
Ajout des quantités minimales et recommandées pour la microcentrifugeuse de paillasse.
Correction du poids de l’instrument et du poids de l’instrument dans sa caisse.
Correction des spécifications relatives à la chaleur émise.
Le guide a été renommé afin de spécifier le système HiSeq X.
Ce guide s’applique au système HiSeq X Ten et au système
HiSeq X Five, y compris les configurations pour
Illumina SeqLab.
Remplacement du logiciel Isaac Genome Alignment + Isaac
Variant Caller par le HiSeq Analysis Software v2.0 comme produit utilisé pour l’analyse de séquençage du génome entier.
Ajout des renseignements suivants :
• Recommandations relatives à l’utilisation de zones d’habillage séparées et à la conservation de l’équipement dans la zone du laboratoire pré-PCR ou post-PCR appropriée.
• Exemple de disposition du laboratoire pour le HiSeq X Ten ainsi que pour les instruments et l’équipement auxiliaires.
• Recommandations relatives à la paillasse de laboratoire pour le Hamilton Microlab STAR
Mise à jour des renseignements suivants :
• Exigences minimales d'espace pour accueillir l’équipement propre à Illumina SeqLab.
• Dimensions de stockage nécessaire pour les trousses de réactifs HiSeq X v2.5.
• Configuration nécessaire pour l’analyse et le stockage des données : Versions BWA et GATK, nombre de nœuds de calcul et temps d’analyse.
Mise à jour des consommables et équipement fournis par l’utilisateur :
• Séparation des éléments par application : préparation de librairie ou génération d’amplifiats et séquençage.
• Ajout des éléments nécessaires à Illumina SeqLab.
Ajout de renseignements relatifs aux spécifications relatives à l’espace minimal estimé pour l’espace de laboratoire pré-PCR, l’espace de laboratoire post-PCR et le stockage des consommables à des températures spécifiques.
Mise à jour de la configuration nécessaire pour l’analyse et le stockage des données : nombre de nœuds de calcul, temps d’analyse à l’aide des algorithmes Illumina et stockage de fichiers VCF en ligne et sur serveur d’archives.
Correction de la configuration nécessaire pour le stockage des fichiers VCF.
34
Document nº 15050093 v02 FRA
Document
Nº 15050093, rév. F
Nº 15050093, rév. E
Nº 15050093, rév. D
N° 15050093, rév. C
Nº 15050093, rév. B
Nº 15050093, rév. A
Date
Novembre
2014
Octobre
2014
Août
2014
Juillet
2014
Mai
2014
Mars
2014
Description des modifications
Mise à jour des températures de stockage des réactifs SBS
PW1, PB1 et PB2 à température ambiante (15 à 30 °C).
Ajout de la dénaturation des librairies comme étant une des utilités du NaOH fourni par l’utilisateur. La dénaturation des librairies est une étape de préparation lors de l’utilisation de la trousse de réactifs HiSeq X HD v2.
Ajout des dimensions de stockage des trousses de préparation des librairies.
Mise à jour de la recommandation relative au logiciel antivirus : inclusion des noms des lecteurs.
Ajout de recommandations relatives à la compatibilité pour les activités de maintenance du réseau.
Mise à jour du numéro de référence des lingettes alcoolisées
VWR. Nouveau numéro : 95041-714.
Mise à jour du lien vers les fiches signalétiques (SDS).
Nouveau lien : support.illumina.com/sds.html.
Ajout de la section intitulée « Principes de conception et de disposition du laboratoire de production » qui répertorie les bonnes pratiques d’aménagement du laboratoire.
Ajout des consommables et de l’équipement utilisés pour la préparation des librairies, la génération d’amplifiats et le séquençage dans le cadre d’une activité de production.
Mise à jour de la température de stockage des réactifs SBS
(boîte 1 sur 2). Nouvelle plage : de 2 °C à 8 °C comme
étiqueté.
Mise à jour de l’URL pour les fiches signalétiques : support.illumina.com/sds.ilmn.
Publication originale.
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
35
Remarques
Assistance technique
Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Tableau 3 Coordonnées générales d’Illumina
Site Web
www.illumina.com
Adresse
électronique
Tableau 4 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina
Région
Amérique du Nord
Allemagne
Australie
Autriche
Belgique
Chine
Danemark
Espagne
Finlande
France
Hong Kong
Irlande
Numéro de la personne-ressource
1.800.809.4566
0800.180.8994
1.800.775.688
0.800,296575
0.800,81102
400.635.9898
80.882.346
900,812168
0.800,918363
0.800,911850
800.960.230
1.800.812949
Région
Italie
Japon
Norvège
Nouvelle-Zélande
Pays-Bas
Royaume-Uni
Singapour
Suède
Suisse
Taïwan
Autres pays
Numéro de la personne-ressource
800,874909
0.800.111.5011
800,16836
0.800.451.650
0.800,0223859
0800.917.0041
1.800.579.2745
020.790.181
0.800,563118
00.806.651.752
+44.1799.534000
Fiches signalétiques (SDS) : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse
support.illumina.com/sds.html
.
Documentation produit : disponible en téléchargement au format PDF sur le site Web
Illumina. Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis cliquez sur Documentation & Literature (Documentation et littérature).
Guide d’aménagement du laboratoire et de préparation du site du système HiSeq X
*15050093*
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, California 92122 États-Unis
+(1) 800 809 ILMN (4566)
+(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord) [email protected]
www.illumina.com
Emergo Europe
Molenstraat 15
2513 BH La Haye
Pays-Bas
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